1TVP | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	AVEKLTVSGNQILAGGENTSFAGPSLFWSNTGWGAEKFYTAETVAKAKTEFNATLIRAAIGHGTSTGGSLNFDWEGNMSRLDTVVNAAIAEDMYVIIDFHSHEAHTDQATAVRFFEDVATKYGQYDNVIYEIYNEPLQISWVNDIKPYAETVIDKIRAIDPDNLIVVGTPTWSQDVDVASQNPIDRANIAYTLHFYAGTHGQSYRNKAQTALDNGIALFATEWGTVNADGNGGVNINETDAWMAFFKTNNISHANWALNDKNEGASLFTPGGSWNSLTSSGSKVKEIIQGWGG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__248798373159396__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__248798373159396__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TVP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__248798373159396__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"248798373159396","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TVP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__248798373159396__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc1f36e7ef679294de0485/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc1f36e7ef679294de0485/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc1f36e7ef679294de0485/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc1f36e7ef679294de0485/pdb.gz): 434 ms

reading 293 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

293 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:292});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Pseudoalteromonas haloplanktis
publication title	Structure of a Full Length Psychrophilic Cellulase from Pseudoalteromonas haloplanktis revealed by X-ray Diffraction and Small Angle X-ray Scattering pubmed doi rcsb
molecule keywords	cellulase
total genus	119
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2004-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tvpA00

3AMGA 4RE3A 1J0ZA 1JNEA 2D0FA 1HF6A 4GXPA 2BY1A 3T0BA 4AD0A 5EB8A 2XHYA 4BQ3A 1W3KA 1R87A 2DGAA 2UY5A 2GSJA 3L2LA 3OLGA 2E8ZA 5ECUA 2PI6A 3I3EA 2NT1A 2WW5A 1B9ZA 2Y8KA 1Q6GA 3GNRA 1NOWA 2J7FA 1WP6A 3RPMA 1UG6A 1HXJA 1W9VA 4FLQA 5LYRA 2WM0A 4AZ5A 4DM1A 1BGGA 4DM2A 3NIYA 3KE0A 3N18A 4AEFA 4CGTA 1LWHA 1N82A 2V3EA 1CXHA 1BVNP 4UFJA 2RGLA 1HJWA 1CGWA 1C3FA 1QHOA 1JYWA 1PPIA 1VEMA 4J27A 1JDCA 2WBGA 1GORA 4EANA 1CGUA 1KQZA 3K4AA 5LA1A 1V6WA 4D6GA 1JZ7A 2UY2A 1R86A 5FL0A 1NARA 1H4PA 3ZO9A 1KBKA 1UD3A 2J47A 1JFXA 3VX1A 2WAGA 2QF8A 3GXFA 5EMYA 1HKJA 5JBDA 1Y7VA 3W29A 5A8PA 2VRKA 1EGZA 1GOQA 2DH3A 4PMYA 3RJXA 2A3BA 4X9YA 1XCWA 3L4WA 1KFWA 2XM1A 5CSUA 3UERA 1AMYA 5E0CA 5A6LA 1PAMA 1FP8A 4AISA 1V6UA 1UR9A 2WCAA 2JEPA 1C92A 1W91A 3TTOA 1TVNA 4UTFA 1UR8A 5CQ1A 3UG3A 3WEOA 4V27A 3DYPA 2EPLX 1AVAA 3PHAA 4MNJA 5BCAA 2J79A 4P8WA 7TAAA 4UR9A 3WNKA 3ARTA 5AC4A 1BVZA 3ZJ6A 1OGBA 3VIPA 1XYFA 2BXZA 3E1F1 1E43A 1ZBVA 1B0IA 1V6VA 4A3YA 1XYZA 4HOWA 4PUDA 2J75A 1HL8A 4H7VA 1B3YA 1E6RA 3DHPA 1YQ2A 4D6FA 2CKSA 5M03A 2VC9A 3T2PA 4PMQA 2Z1KA 4XB3A 1JZ3A 2BVYA 2UY3A 2X2YA 3D5HA 5AY7A 1PBGA 3U5YA 4AC1X 5BRQA 3AS0A 2WVUA 1X6LA 2UWFA 2WC4A 2X1IA 3AMCA 4B15A 3WD4A 2VUYA 3ARSA 4YHEA 5I78A 4JZ5A 3ARRA 1TA3A 3W6MA 1F4AA 1ITCA 4N0RA 4HA3A 4JCLA 3K8LA 3U57A 4DUVA 2PWGA 5A2CA 3CMGA 3LPFA 1OSEA 1GONA 2F61A 3VVGA 4J3XA 3WY1A 3ZT7A 1U30A 4H04A 4ZXLA 3PBGA 2VZVA 2V5DA 1NWSA 4EK7A 2ZICA 2YLLA 2D1ZA 3HU7A 1B30A 4GKLA 2BY3A 1WDRA 3QR3A 3I3BA 3PZNA 3MANA 2WSPA 2OSXA 4D72A 1TG7A 4AD3A 3VGEA 4Y7EA 3JUGA 3RIKA 2ZUVA 4HPHA 2QMJA 3O9NA 2BY0A 1KWGA 4ACZA 4U2ZA 2G4FA 3M7SA 3OLEA 1BF2A 2WCGA 4AD1A 1E4MM 1CYGA 2XGIA 4AY1A 2XPKA 1LL6A 2Y5EA 4M24A 1QHPA 2VZTA 3LMYA 2WHJA 3ZM8A 2ZUTA 3CUGA 4AMCA 4MAZA 3PZVA 5CSYA 3ARVA 1H0GA 1ISZA 4PYSA 1WZAA 4MADA 3BMVA 2CEQA 4M1RA 1PEZA 1GOMA 2BFGA 4U33A 1B3VA 3VM5A 3AZRA 2VCCA 3KL3A 4Q7NA 5D9PA 1TA3B 3VGBA 4BQ4A 3SCVA 3W25A 3W37A 2CBVA 4CN4A 3OB8A 3QHNA 3CH9A 1V0KA 2VRQA 3FY1A 1DP0A 2VX4A 3T2QA 5FKYA 4WLCA 4GQQA 3OLDA 2MANA 2YL8A 2OWCA 2CESA 3AXHA 5GNZA 1UOKA 1VF8A 2CIPA 1BHGA 1VENA 1E1FA 3IJ9A 1SMAA 2J62A 4B9YA 4L4PA 4D1JA 2XVPA 1WDPA 1HKKA 3VU2A 3AMDA 3MSDA 2YA0A 1O6IA 3HJEA 3AIRA 3TONA 2EPOA 3AHZA 4UZSA 3W4RA 5A8QA 5BXPA 2V3FA 2YL5A 2VX5A 3SUUA 3PZQA 1LF1A 4IM4A 2D3LA 4ACZB 3WUFA 3OGRA 2WWCA 4GO8A 4HZ7A 3MU7A 3AXIA 2XWDA 3N17A 1B3WA 1C7SA 4U2YA 1Q6DA 3ZJ7A 1LL7A 2QLYA 4HZ8A 1V3IA 3AOFA 1E6PA 2J7HA 2YJQA 3VNYA 3AICA 5E6YA 2UY4A 1HJSA 4JL2A 5JIWA 3DYMA 2XGBA 4GZIA 4PN2A 1C8YA 1ISXA 1PZ2A 1E6NA 1V0LA 2A3AA 3QOMA 1NM9A 4HMEA 5I79A 5CJ5A 3BH4A 4R27A 2GK1A 4W8BA 4M81A 3IJ8A 3AS2A 3WF3A 4UCFA 3AHVA 1CBGA 5IDIA 3A4WA 2EO7A 1J9YA 1ZS2A 4PMDA 4H8UA 4UQCA 1FH8A 4TX6A 4W88A 1P6WA 1KGUA 5D8WA 1V6YA 1O7AA 3MV11 5ABHA 2OYKA 2PB1A 1BYBA 2ZX9A 1JDDA 3VO0A 4GI8A 1KQYA 3FAWA 2G41A 3EDKA 3A4AA 1B31A 2PBOA 2ZXAA 3UCQA 5FD0A 5M5DA 3AS1A 1VFFA 9CGTA 1V3LA 1EH9A 3ARUA 2NT0A 3GTNA 4D6CA 4UQAA 3WH6A 1GVYA 4CKQA 4QCEA 4D6IA 4TOQA 4OOZA 1QNRA 3BGAA 2PWEA 4UFKA 4TTUA 1HJUA 4MB3A 4FMVA 4A4AA 4JFSA 2WMKA 2O92A 1XGZA 2IXUA 1Q6CA 3WNMA 2D3NA 2XVNA 1E6ZA 2FHFA 5IHSA 1YHTA 4QCFA 1KXQA 3RM9A 1GOKA 1LG2A 3WBAA 3WDJA 1FFRA 3VDAA 4NRRA 2JIWA 5BROA 4M82A 3APGA 1UH2A 1QNOA 3IAPA 1QNPA 4E8CA 2WC3A 2GK1B 2O9OA 2J77A 3ZJKA 3VKKA 5EFDA 1PX3A 1HVXA 2E40A 2WMHA 3VD9A 1UQZA 3A4XA 2VNCA 3VD5A 2GJPA 2EJ1A 1CGXA 1IZKA 1XD1A 3ARZA 1HJVA 3U5UA 2BXYA 1Q6EA 4MDPA 2WXDM 3TP4A 3GBEA 4W5ZA 4W86A 3VDBA 1C8XA 2W67A 1D7FA 2VR4A 1CGTA 4UQEA 3GZAA 3IJ7A 1RP8A 3EBVA 1E70M 2PC8A 4JIEA 1H11A 3ARQA 4HZ6A 2WLYA 2ZX7A 4AEEA 1L0PA 4DWSC 5A6SA 3ALFA 5BXRA 2V3DA 1EOKA 5C71A 2CITA 1KXVA 4PTMA 4CN6A 3W6LA 4FF5A 2DSWA 3WDRA 3WSUA 3ZIZA 4OUEA 1RP9A 1I75A 3I3DA 1NWTA 5BRPA 1Q4NX 1CTNA 1H09A 4AIOA 2PWHA 3UR7A 1UD2A 3W24A 1DWIM 1I1WA 1M53A 1NH6A 2ZUUA 1E15A 1UZ1A 3ZR6A 1UYQA 5DF0A 5LA2A 4KH2A 4LYPA 3GDBA 2JFEX 4C7FA 3WENA 1HVQA 1VFMA 4HOXA 2VZUA 3G6LA 1UKPA 2Z1SA 3MUAA 3CPUA 4H41A 1K9TA 2EQDA 3TTSA 1A3HA 2OLHA 5GNYA 3CZEA 4GINA 4AXNA 4W7UA 2J7CA 4P7RA 2DQXA 5KZ6A 1EHAA 1QOXA 2EPMX 1H49A 5AYIA 4EAMA 4ZFMA 2PWFA 1CENA 3AMLA 3THDA 1BAGA 1H5VA 4P7QA 1PJ9A 3WNPA 1MQQA 1LWJA 4FK9A 4FLSA 1IT0A 4F79A 1B3ZA 1XH0A 4UFHA 1MQRA 1DWHM 1TZ7A 1WPCA 4EKJA 5JBEA 5I5RA 3L4XA 5D4YA 3VIFA 3WEMA 5HPOA 1CZ1A 1XV8A 3OBAA 2O9TA 1LL4A 2DT0A 2O9PA 2VRJA 2XVLA 3OGSA 5CXPA 6TAAA 4CCDA 1MW1A 2YA1A 1CGYA 1GNXA 1UD4A 3VILA 2J78A 3WQ5A 2Y4SA 2CHOA 1CEOA 1G1YA 1JXJA 2IUZA 3NCOA 2YOCA 1JZ2A 3WQVA 1E4IA 1UUQA 1V03A 2XG9A 4TUFA 4C7GA 4WKFA 4CN1A 4F8XA 1CIUA 4CCCA 2YBTA 2YDRA 2D22A 4R5EA 3ZQ9A 3AYSA 3MUIA 1OGGA 1VJZA 1MYRA 4XZBA 4MAVA 2J7GA 2AAAA 2WVVA 1JFHA 1WE5A 2V5CA 2A3EA 3CLWA 4JAWA 3BAWA 5EFFA 1W1VA 4J3WA 1TVPA 1QNQA 2WNWA 3NJ3A 4E4PA 1JYNA 5TD4A 3F4VA 1QBAA 4HPGA 1ZB5A 3FNDA 1JZ6A 3W26A 2VX6A 3BCDA 2DT2A 1QI5A 2FDMA 3VGFA 5A6AA 4S3KA 4M56A 3RDKA 2GDVA 3RM8A 1K9FA 3SCUA 2PWDA 4MB5A 1B3XA 1W3JA 4GO9A 4DUWA 4MNMA 3AI0A 1V3JA 1UKTA 2VL4A 4OOUA 3FAXA 2OYLA 4P8UA 1G94A 3VIJA 1EDQA 2EXOA 3PZGA 3GXDA 5HOSA 1DWAM 1G5AA 3OA5A 4L4OA 3VDHA 1R8LA 3ARWA 1ZL1A 4P7NA 1NWUA 1OD8A 3WKZA 2WWDA 2CBUA 3FHAA 4FLOA 1AQHA 1UD8A 5HPCA 3VIMA 2D23A 3DYOA 2XVKA 1CXFA 4MPKA 6CGTA 1QNSA 1BYDA 5CG0A 4PMUA 1JDAA 3KEHA 1OT1A 2WK2A 2JF6A 2JE8A 2XSAA 1JYXA 1HNYA 1E40A 1UQYA 1UR0A 3FW6A 3AIUA 1CLVA 1US2A 2WVVB 3PTQA 3MS8A 3LPPA 2PF0A 2VX7A 1UKSA 4CU8A 2NSXA 2W5FA 4JHZA 1BG4A 1LG1A 1PIFA 1RD6A 3F5JA 1GUVA 1BQCA 4U3AA 1W1TA 1QI4A 3THCA 1J0HA 2G3NA 1MFVA 4AZHA 1WAWA 4IUGA 2BHYA 2J8GA 4E8DA 1GJUA 3SUWA 1BG9A 3TTYA 4CUCA 3GH5A 1LJYA 4OBSA 1OGSA 1OCQA 4Z2GA 1W9UA 3RCNA 4B3LA 3BLPX 2X0HA 1JIBA 1EDTA 5ABEA 4GI6A 1XH2A 3AIWA 4AZGA 1UR2A 1EXPA 4W85A 2DT1A 3CIVA 2A3CA 1XSIA 4W87A 2WMFA 3VD7A 2YDSA 3N1AA 3CZGA 2ZX8A 3PZOA 2WC7A 3RO8A 4PMOA 2CXGA 2XM2A 1U2YA 1E0XA 2CBJA 5FIPA 1G9HA 3B9DA 1DWFM 3M07A 4W8LA 1WCGA 3WF4A 3BAKA 4AW7A 5C70A 1K9DA 5A94A 2QMKA 3L4YA 4AD5A 4WIWA 2FH8A 2ZXBA 4RE4A 2YIHA 4W8AA 3N12A 2G3MA 2G3JA 4Z2KA 4Z2IA 1S46A 5FL1A 3PTKA 3WMBA 4AYSA 1JYVA 5I24A 1GCYA 4KGLA 2OWWA 3CMJA 1GOOA 5A8OA 2QV4A 3WD2A 1HP5A 2D0GA 4Z2LA 2VMFA 1W9PA 4NZCA 2XFFA 2W61A 1ODUA 3BAYA 1D2KA 2W66A 4CD5A 2TAAA 3POHA 4M8UA 1E0WA 2ZE0A 3LPOA 3AIVA 2WZIA 1CXLA 5F7UA 5CPSA 2D0HA 3VIKA 3VIOA 1E3XA 3A3HA 5A2BA 1X6NA 4F66A 1KCLA 1LLOA 2C8NA 3W81A 4PMNA 1OBAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2AMG A;  1DWG M;  1JAE A;  4XX6 A;  3WQ6 A;  3T0A A;  3EDE A;  3BC9 A;  1UD6 A;  5LA0 A;  3PN8 A;  1GHR A;  3K8M A;  1XH1 A;  3BSG A;  1WO2 A;  1JZ5 A;  1VEO A;  1UHV A;  5CGT A;  3AIS A;  1UH3 A;  4QAW A;  1ZBW A;  2VJX A;  1TR1 A;  1V0M A;  3L2M A;  2A3H A;  3W0K A;  3U7B A;  3VD4 A;  5A2A A;  2PBG A;  2BV9 A;  2DDX A;  1UR1 A;  2X8R A;  4AD2 A;  3CBW A;  2CER A;  4J3U A;  2W63 A;  1G01 A;  1EO7 A;  2DIE A;  5KEZ A;  1TUX A;  1V3H A;  5FCZ A;  1GZJ A;  4WSJ A;  3AHT A;  4UFI A;  3VMN A;  5A3H A;  1AQM A;  4UOJ A;  6A3H A;  3TOP A;  3WQ4 A;  3L4Z A;  3AJ7 A;  1W2P A;  4D1I A;  4D6E A;  3NSM A;  2CNC A;  4AWE A;  1KR1 A;  5DO8 A;  3WQW A;  3BSH A;  3UET A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M6Y A;  4QJ3 B;  4HJF A;  2BY1 A;  4AD0 A;  2Y1H A;  3SJ3 A;  3E2S A;  4LF1 A;  3VE9 A;  3R0U A;  1B9Z A;  1BWK A;  1Q6G A;  3KAO A;  4LTS A;  4JTG A;  1NOW A;  2GQ3 A;  1UG6 A;  4D2J A;  4XKY B;  1W9V A;  4UTT A;  2WM0 A;  4LUI A;  1BGG A;  4WGX A;  3NIY A;  1F3X A;  3C2O A;  4IHC A;  4CGT A;  1LWH A;  4YXG A;  1XQK A;  4LT9 A;  1DYS A;  3KTX A;  4JTS A;  1BVN P;  2J6X A;  4UFJ A;  4GBD A;  2FKP A;  2RGL A;  4JQ2 A;  1HJW A;  4B5U A;  1QHO A;  1JYW A;  1VEM A;  4FXJ A;  3IGU A;  3GG8 A;  1CGU A;  3M47 A;  1D8C A;  3K4A A;  3GHU A;  1V6W A;  4A05 A;  4D6G A;  2UY2 A;  5JH1 A;  5KMY A;  4J35 A;  4REQ A;  2GOU A;  3DGR A;  1NAR A;  1X96 A;  3LI0 A;  1H4P A;  4QGC A;  3WBY A;  1UD3 A;  3B06 A;  4H6E A;  2J47 A;  3R79 A;  4Q7I A;  1W17 A;  3GR4 A;  4NNA A;  3VX1 A;  1Y5W A;  3A21 A;  4ZQM A;  3KDO A;  2B7P A;  2HK0 A;  3SQM A;  3R0K A;  3W29 A;  4WZH A;  2VRK A;  2QUM A;  1FHU A;  3RJX A;  3I6E A;  1XCW A;  1KFW A;  2C16 A;  3RN6 A;  2XM1 A;  3UER A;  1KC7 A;  1Q66 A;  3U2C A;  1FP8 A;  4AIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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