1TZ7 | Genus

Total Genus 184

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	184
sequence length	488
structure length	488
Chain Sequence	GSHMRLAGILLHVTSLPSPYGIGDLGKEAYRFLDFLKECGFSLWQVLPLNPTSLEAGNSPYSSNSLFAGNYVLIDPEELLEEDLIKERDLKRFPLGEALYEVVYEYKKELLEKAFKNFRRFELLEDFLKEHSYWLRDYALYMAIKEEEGKEWYEWDEELKRREKEALKRVLNKLKGRFYFHVFVQFVFFKQWEKLRRYARERGISIVGDLPMYPSYSSADVWTNPELFKLDGDLKPLFVAGVPPDFFSKTGQLWGNPVYNWEEHEKEGFRWWIRRVLHNLKLFDFLRLDHFRGFEAYWEVPYGEETAVNGRWVKAPGKTLFKKLLSYFPKNPFIAEDLGFITDEVRYLRETFKIPGSRVIEFAFYDKESEHLPHNVEENNVYYTSTHDLPPIRGWFENLGEESRKRLFEYLGREIKEEKVNEELIRLVLISRAKFAIIQMQDLLNLGNEARMNYPGRPFGNWRWRIKEDYTQKKEFIKKLLGIYGREV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__193557069129925__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__193557069129925__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TZ7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__193557069129925__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"193557069129925","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TZ7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__193557069129925__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Structural influences on product specificity in amylomaltase from Aquifex aeolicus rcsb
molecule keywords	4-alpha-glucanotransferase
total genus	184
structure length	488
sequence length	488
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2004-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tz7A00

2CESA 3WEZA 5D4YA 4RE2A 4FLRA 1OIFA 1ZS2A 4W88A 1JNDA 5D9PA 8CGTA 3EDFA 1LJYA 4OZOA 1V6YA 1AQMA 2DSVA 1GQLA 1JZ2A 1WDQA 2VZUA 3EBVA 5LA2A 3ARQA 2WHJA 4D72A 1QVBA 5C71A 1W1TA 2BY0A 3ZIZA 1HT6A 1CLVA 1QW8A 2ZUSA 5GNZA 1J0YA 1H1NA 1E4NA 3VX1A 1E3XA 2UY2A 4BF7A 3UG5A 2D22A 1UKQA 4D6IA 4WF7A 3ZM8A 2V3DA 3WELA 3W0KA 5GPRA 4IPNB 3OGVA 1JZ6A 3EDDA 4HOXA 1JXKA 2QMKA 3SUWA 4PTXA 4H7VA 4L4OA 1KWKA 2NSXA 1ZU8A 1GJWA 2OYKA 2E9MA 1WZLA 1ISWA 3W38A 3JUGA 5A69A 4PUDA 3A4AA 3VIFA 1W3LA 4U5IA 3CBWA 3VPLA 1NWUA 1JGIA 3K8MA 3CH9A 3IANA 4LX4A 4M80A 3BSHA 1MYRA 2DSZA 1V6UA 1B90A 5JBEA 4Z2IA 1UD5A 4JL1A 1BQCA 3WDRA 2WZEA 3AJ7A 4UQEA 4NRSA 2X05A 2YDQA 4AZCB 3SCTA 1GHSA 3NYDA 2YL9A 2VURA 2Y4SA 4S3KA 1H3GA 2UY5A 2W67A 1VBRA 2PC8A 5HPOA 4U2ZA 4CUCA 3WNKA 7TAAA 4XB3A 3MUIA 1O6IA 4TTGA 3AS1A 2WVUA 1JZ7A 3VGDA 4W8AA 1UD6A 4CD4A 4B15A 4YHGA 1AQHA 2DPEA 7CGTA 3FAXA 1H09A 1E6PA 3VDAA 5ABFA 4F79A 2WLYA 4CCEA 5AYBA 1BYCA 1ESWA 3ZT6A 4R5EA 2EXOA 4HA1A 4TXEA 2XFRA 5A1AA 1VFOA 1UWTA 4Q7NA 3RJXA 3UCQA 1G1YA 1GOKA 2VVSA 1EO7A 4RE4A 1XH1A 1J11A 5JUVA 2WC7A 1LG2A 4XX6A 1J10A 4W8LA 4UR9A 5E0FA 4MB3A 3CZJA 5HOSA 3VX0A 4D6GA 1KXQA 1CBGA 4BQ4A 3CUIA 5IFTA 3SUTA 2EEXA 5E09A 3WQ4A 2C8NA 4ATDA 3T0BA 4B16A 1JFXA 1I1WA 1UZ4A 2VX4A 1LL4A 3DECA 3CUGA 3A4WA 1MW3A 1BVNP 4MNMA 4AEFA 1J9YA 4NF7A 4MNJA 3MO4A 7A3HA 4M29A 3RMEA 3VO0A 3VMOA 1IT0A 3AMCA 1UD4A 5IDIA 1ZBKA 1OD0A 3AOFA 2C0HA 1ZB5A 3BAWA 1GCYA 1CLXA 3GNPA 5IFPA 1I75A 4KGLA 2CYGA 3M6DA 1UKOA 3WD3A 1S46A 3B8SA 1E6NA 3RM4A 4JFSA 4KRUA 2PBOA 5A2AA 1E4IA 1TVPA 1TMQA 1H49A 2VZSA 5CGTA 1GPFA 2OYLA 4AWEA 5A3HA 3VMNA 3RCNA 4AZIA 2B31A 3A47A 2V38A 1XD0A 4LPCA 1FHLA 3POCA 4JAWA 1NM9A 2GJPA 1XYZA 1FH7A 1VENA 3BMVA 2PBGA 5CPTA 3ZR6A 1VFFA 4PMQA 3LPOA 4H2CA 3WD4A 2Y8KA 2O9OA 2FH8A 2UY3A 4PMXA 5CPSA 2ZUNA 1LWHA 3VGFA 2WM0A 3RILA 1W9VA 2WMJA 3AROA 4PMUA 1GW1A 3RPMA 2EQDA 2VQTA 1EXPA 1W9XA 1E1FA 3N13A 1Q6FA 2NT1A 1UOKA 2D24A 3W29A 3WN6A 1CNVA 1V6XA 1QI5A 4JIEA 4PYSA 1DP0A 4JCLA 5D9MA 2GJXA 2XYLA 3AZSA 3UEQA 3VIHA 3WL1A 1NH6A 1KXHA 4MJ4A 4PN2A 5BWFA 5A8MA 3AMLA 1MFUA 4ZXLA 2E0PA 2WC3A 3TTYA 2NT0A 3CUFA 1E4LA 2DQXA 3ARXA 5JIPA 2Q8XA 3GH7A 2WXDM 1JYVA 5CJ5A 1R86A 1PX4A 3CO4A 1W9DM 3T2QA 2EO7A 3AS2A 2PWGA 4CKQA 1GJUA 3GH5A 3ZJKA 4EE9A 1Y7VA 2CXGA 1RD6A 1SMDA 2YOCA 3F5LA 1VB9A 4RL3A 3ZSTA 4WKAA 4MNLA 2BY3A 3PZTA 3QOMA 1FP8A 2FGLA 1CXIA 2WMIB 3VINA 3HJEA 4UZUA 2VOTA 1DWGM 3D3AA 1XCWA 2GVYA 4YHEA 2BY1A 2PWDA 4TVUA 2V5DA 1KXVA 1GQJA 4EK7A 5DFAA 4QCEA 2YA0A 3A3HA 4HMCA 3EMQA 1MWOA 3WQ8A 5A6LA 1CGYA 2W92A 2J4GA 2XG9A 3CZKA 1VF8A 3IJ8A 5CSUA 4IPLA 5A6BD 1JYNA 1VIWA 3OLGA 3CIVA 4P8XA 5TD4A 2CHOA 1PBGA 3HN3A 3S2CA 2J7HA 4FK9A 1IZJA 1MW1A 5AY7A 4W7VA 3L4VA 1CENA 3ARSA 1ITXA 1GORA 2DH3A 4XZWA 1LL7A 4BCEA 4WJXA 5GQBA 2RGMA 5ABHA 1UR9A 4AIOA 1BYAA 1E0XA 5C8BB 2ZUUA 1W9BM 4P7LA 4ACYA 2WPGA 1I1XA 3WUEA 1R87A 1IV8A 2GK1A 3G6LA 1ZJAA 1OIMA 5M17A 4A3YA 1HP5A 4EKJA 1HKKA 3GDBA 1QNPA 1JFHA 4U31A 1UWSA 5JBDA 4MTVA 1UD3A 2XGIA 1VEPA 2QMJA 3CHDA 3VIGA 1X1NA 2VCCA 4YPJA 2WHMA 1BAGA 1NOUA 4PUEA 2WKGA 4JCMA 3VD3A 3WQ5A 4M82A 1VRXA 3VDHA 4AIEA 4CN6A 1TCMA 1J18A 1H5VA 3HU7A 3VGGA 2J7EA 5BROA 2IUZA 3GZAA 4GZIA 2J7GA 3O2LA 5BXSA 3MSDA 1C3FA 2V3FA 4UQCA 1PEZA 1DWIM 2W66A 1EHNA 1ISYA 1JZ8A 4F9DA 2ZX7A 3W81A 5LA1A 2JF7A 2VT0A 4W89A 3CZLA 3I3DA 2CITA 2E3ZA 1OWQA 3DYOA 3AISA 5A8OA 1CWYA 2ZUVA 3ALFA 3VDBA 3NDYA 4CU8A 2XJ7A 2YA2A 4WKHA 3NSMA 3PZQA 3AYRA 3TA9A 1CXFA 1FA2A 1AMYA 2GDUA 2J7BA 4NZCA 2BVYA 3ZJ8A 4DWSC 1FHDA 4AZGA 1FP9A 5CLWA 5A94A 4IM4A 5FL0A 3SUSA 4PEEA 1X6LA 4AZHA 1WB0A 3VTRA 2X2YA 2ZXAA 3QHOA 4GZEA 1E40A 1W9UA 2J47A 5AYIA 4AW7A 3GH4A 2JIEA 1XRVA 1W3HA 1OT1A 4D6DA 2W5FA 1W1VA 2ZXQA 2PWHA 4J3TA 1JDDA 2VVNA 2G4FA 2YDRA 1E43A 3CUHA 2WHKA 1WKYA 1JZ5A 2WSPA 2E9BA 4X0VA 3VDCA 1NP2A 1CPUA 1R7OA 3U5YA 4BQ3A 2CBJA 2WHLA 1H41A 4NI3A 1GZJA 3VU2A 4BZYA 3RDKA 3W4RA 4BS0A 5A95A 3VNZA 2ZXBA 2D3NA 4MADA 3LPPA 2HISA 3K1DA 1CGXA 1UR0A 4HPHA 4D1JA 3SUVA 4PTVA 1QOXA 2GK1B 2VX6A 5I23A 2ZICA 2JEQA 2G3MA 4UQBA 3RM8A 3BC9A 5C70A 2YL6A 2AOSA 4YN5A 2D23A 3W24A 1W91A 3FHAA 3ZR5A 2FHCA 3ARUA 1E6RA 2XWEA 4U3AA 2GJRA 2WCAA 2OWCA 3W37A 2BHUA 2ZXDA 3VIMA 3WY1A 1KBKA 4UQAA 1HJUA 1PIGA 3OLDA 3ARYA 1YHTA 1HF6A 4M1RA 1JDCA 4AD5A 3PN8A 2WVVA 2ZWZA 1B3ZA 5A6SA 3OZOA 3ARVA 4PSPA 6CGTA 1LQ0A 3AZRA 1C92A 3AMGA 3A6OA 2WYSA 4CVWA 1W2VA 3WUGA 3AHVA 1PAMA 1HJWA 1PX3A 3K4DA 3WF3A 4GINA 3FY1A 1UD8A 4CD7A 3AS0A 4OKDA 3VIJA 3VIKA 4ATWA 4J3SA 1ZBCA 3WH5A 1US2A 1HX0A 2VZVA 2WVSA 1JDAA 1WDPA 4PMYA 4UQDA 1EO5A 1HKMA 2DH2A 3KEHA 3ALGA 2CERA 3RJYA 1SMAA 4TX6A 3LPGA 3WNNA 4MPKA 1B3XA 1W3JA 2W4XA 2WAGA 3MSGA 2VNCA 2X09A 4GQRA 3ZJ6A 1CECA 1P6WA 4AISA 4MAVA 2WCGA 2F2HA 3AHYA 1B0IA 4KRTA 2Z1KA 3GBDA 4R27A 5CGMA 1B3VA 1DWFM 2A3EA 3CTTA 1WE5A 4LYPA 2OWWA 4UFKA 2D20A 3NSNA 4HPGA 2WWCA 4UQ9A 2CBVA 2C7FA 3T08A 4GI9A 5I24A 1JF5A 3N04A 2WANA 2CEQA 2YDSA 3PZUA 4JKKA 4E8DA 3AXXA 4ML4A 2CBIA 1BVZA 2WSKA 3W27A 1BYBA 1BGAA 1VFUA 5BXPA 4CU7A 2GDVA 1C8XA 1EQPA 1WAWA 3ZSSA 4FF5A 3CMGA 3PZNA 3VM5A 3N12A 2A3AA 2VX5A 1CDGA 1GOWA 1Q4NX 3WBEA 3WF2A 5F7UA 2WMGA 3EYPA 5EBAA 1N82A 2EJ1A 1J0IA 1UH3A 2DT3A 1OT2A 5CSYA 3KL0A 1E3ZA 1TR1A 1CXKA 4PSRA 3VD7A 4U5KA 3TP4A 1UD2A 1FOBA 1VEMA 5A8NA 1UA7A 5FOOA 3KZSA 1HIZA 3T09A 4AZ6A 4J3VA 1C91A 3THDA 1KBBA 2VZOA 3ZQ9A 3N17A 1K9TA 2Y5EA 1KQYA 1ISVA 5LA0A 4CVUA 5IHRA 1BGGA 1G9HA 1R8LA 1VBUA 2CETA 3N9KA 1TE1A 1XGZA 2D3LA 2EPMX 1EIBA 2V3EA 3VKKA 4Z2JA 2XVKA 1A3HA 3BAJA 1TVNA 3NSXA 3PZMA 2E4TA 4FMVA 4AD0A 3UETA 3T0AA 3OGSA 4CGTA 5DT7A 4MNKA 1UWQA 4C7DA 5I5RA 3WF1A 1OD8A 1UQYA 3OZPA 5A2BA 4JFWA 1E9LA 3L2MA 3WUBA 2JALA 4H8UA 1H0GA 4PMVA 5CPQA 4Y7EA 2PWEA 1E55A 1EOMA 3BAXA 1B9ZA 1UKPA 2XSBA 3O9NA 3VIPA 4LYQA 1GOMA 3AXIA 1OM0A 3KE0A 2ZIDA 1XSKA 1E6QM 4H8VA 3PHAA 3W6MA 1VAHA 5HDRA 2O9TA 5EMYA 1C90A 3N1AA 4D6JA 1C93A 4JKLA 3PZVA 3ZT5A 1CEOA 1ISXA 2XPKA 3MMWA 3WMSA 1US3A 4ZE5A 9CGTA 3GYCA 1JYXA 3AZTA 3SCQA 3AHZA 1GOQA 3MKKA 3BAKA 4WLCA 1UR1A 5ABFB 1QHZA 4AXNA 4B3LA 1J12A 1F4AA 3L4ZA 3RIKA 1WPCA 2OYMA 3ARPA 3FNDA 4AD3A 4AYSA 3QHNA 4HP5A 3BMWA 5E6YA 5A2CA 2BHYA 2VR5A 4UFLA 1JYWA 3ECQA 2E8ZA 1GNXA 4J3UA 1HN1A 2G8ZA 1QW9A 1OSEA 3WH8A 2DDXA 4PMOA 2MANA 3E1F1 4JHOA 4JFVA 4JHZA 1WZKA 3QGVA 3IJ7A 2W62A 4QCFA 3WKZA 3BSGA 2XFFA 4AMCA 4GI6A 3WH6A 4A3HA 2DEPA 5KEZA 3IJ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NV1 A;  2A4A A;  4KKX A;  5BWA A;  1PKL A;  1LRN A;  3W7N A;  1OIF A;  1JCJ A;  5EA9 A;  4LU0 A;  1JND A;  5D9P A;  3EDF A;  3JS3 A;  3MP4 A;  3FDG A;  4F40 A;  4U10 A;  2WHJ A;  3R13 A;  3GDK A;  3S5N A;  1IZC A;  6PTD A;  4HKP A;  1HT6 A;  5CAH A;  3VA8 A;  5K4X A;  5GJN A;  1QAP A;  3M64 A;  2D22 A;  1TWS A;  3TW6 A;  3GU2 A;  3W0K A;  5GPR A;  4IPN B;  3W3O A;  1HFB A;  2QMK A;  3W1A A;  2GOK A;  2YXO A;  4FEZ A;  5EL1 A;  2ADA A;  2OYK A;  4KCT A;  3TC6 A;  1SO3 A;  3UZ5 A;  2E6F A;  3VIF A;  4M51 A;  4XIS A;  3RX3 A;  4X2P A;  1NWU A;  5FJJ A;  1JGI A;  3K8M A;  3CH9 A;  4F0R A;  4LVF A;  4DXK A;  3Q2D A;  1YAD A;  1XFC A;  3GFX A;  1MYR A;  1V6U A;  1XJB A;  3JZU A;  4Z2I A;  3UCC A;  1BQC A;  3WDR A;  3DGR A;  3AJ7 A;  1ADD A;  3CEP A;  1QO2 A;  1PO9 A;  4LT9 A;  5G1Y A;  3SCT A;  1GHS A;  2NUX A;  4IQL A;  5CPL A;  2PS2 A;  2UY5 A;  3IRS A;  4MJZ A;  2PC8 A;  2F6U A;  7TAA A;  1PTD A;  4EWJ A;  4IFO A;  1M9H A;  4IH3 A;  4TTG A;  4MGG A;  4CD4 A;  4B15 A;  4H7C A;  1AQH A;  2DPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TZ7A

Total Genus

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