1UBS | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	268
structure length	257
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of a mutant (betaK87T) tryptophan synthase alpha2beta2 complex with ligands bound to the active sites of the alpha- and beta-subunits reveal ligand-induced conformational changes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE
molecule tags	Lyase/peptide
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	89
structure length	257
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1995-12-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ubsA00

4MJZA 4XWUA 2RFGA 3QYQA 3LV6A 5HINA 3L0NA 3UWYA 5BNKA 3M44A 5HR6A 4UC5A 1SFJA 3S5OA 1ZENA 4QNEA 4UTLA 3GNNA 3G1FA 1TTIA 5DBUA 4NQ1A 3SW6A 1XCFA 3LGEA 4Z1DA 3C2OA 2E1DA 4H6KA 3N2XA 1HFBA 4R53A 3UXDA 1QWGA 3F03K 2ABAA 5KITA 1HG3A 1ME7A 1SZEA 5KINA 3M5XA 1WYIA 3C52A 1ICSA 4MLRA 1R47A 1EUNA 2C3ZA 5LNSA 4MYXA 2YW3A 3UWZA 4NT0A 1EP3A 1F74A 3GLCA 2QJIA 3N3MA 5DCEA 2W79A 3UPWA 5G1YA 2ISVA 1RZMA 4O13A 3F4NA 3HGRA 1MZHA 3MP4A 1I4NA 5A5WA 1Z48A 2ZZ4A 3O15A 1JUKA 2WNNA 2RH9A 1SO3A 4EIVA 3W1NA 3CIWA 4UXDA 3S9YA 3TC6A 3ZWSA 3ATYA 4D2JA 4LW7A 4QSHA 2Q3RA 3I68A 4UTMA 3W72A 4IMCA 3TMQA 3UPBA 3TROA 3QMSA 1Q3NA 2ATSA 3GXTA 4UR7A 1V5XA 1ZCOA 1FDZA 1LORA 3SI9A 2PURA 4TR9A 4RZ6A 2VEPA 4CCDA 1LOQA 5CGQA 2I14A 3R13A 3W07A 3CTLA 3DZ1A 2E09A 1KA9F 4FXRA 3W73A 4OBTA 1WBJA 1GG0A 4CCCA 4K8EA 1FDJA 1P0KA 1L2UA 1CI1A 2A7NA 4E38A 1F2JA 1WDWA 1YTEA 4QM1A 4O1DA 1ZHAA 1Z42A 4I7VA 3LCLA 3W1MA 1H7WA 3M43A 4P2VA 4YWIA 5CZSA 3E02A 1OFQA 5K2ZA 1QO2A 3W7PA 4MUZA 3W1LA 5LNRA 4FEZA 1JRBA 1O60A 3UZ5A 4ZQOA 4QQ3A 2RDUA 5H2ZA 3HG4A 3NQ6A 3TV8A 1P1XA 3QW4B 4NNCA 4W9TA 4DPPA 2J88A 3M47A 4I7UA 3LCIA 4TMBA 1JCLA 1LROA 2C19A 2WSYA 5LGZA 1NAL1 4N4QA 4RXFA 1YXDA 3MBFA 1D3HA 1H7XA 1SO6A 4GC4A 4DF0A 1WXJA 4Q33A 3NNTA 3PSVA 3T78A 2JBMA 3C8FA 2VXNA 4FIQA 1XDMA 3F1QA 4K39A 2QCHA 4YL2A 5EPDA 5L9FA 3BGGA 3HG3A 4O12A 2JKEA 1F6KA 4S1FA 4HNUA 3N73A 1KLYA 2GVGA 4ZZ9A 3OIXA 1KBJA 4R34A 4N4PA 3H54A 1TPFA 3G3MA 2FPVA 3RLUA 1W3IA 3C4UA 2PE4A 4NX0A 1H60A 1PIIA 3E12A 5C6MA 3W7IA 2YX0A 2A5HA 3DKLA 4WOZA 1DBTA 1F76A 1GVOA 5LNWA 1OFAA 3D0CA 1QPQA 1JQXA 2BTMA 2Y89A 1NEYA 3PBUA 2NZLA 4LVGA 3V75A 5LHFA 3P61A 4JYDA 1G7VA 3NPWA 5L6UA 1VCVA 4FXSA 1YDNA 3OA3A 3NAVA 1J5TA 2I9EA 3M5VA 3WJYA 1DORA 2A7PA 2G95A 1F05A 4DF2A 3HG2A 2FQIA 3QPZA 3E49A 3P84A 1W1ZA 3HF3A 3KRSA 3C3NA 3NZ1A 1OYBA 2WNQA 4Y90A 3MMTA 1QFEA 4E2BA 2WQPA 1K8YA 5HMSA 1X1OA 1OX4B 4NZJA 3VI2A 5BW6A 2KZHA 4M19A 3LHYA 1I2QA 3M41A 4K38A 2WOQA 2ZZ5A 2WV8A 5BMWA 4JIQA 3W2KA 2FB2A 4LVAA 2PRMA 1CW2A 1H61A 2BXVA 2OMAA 2VC6A 3MWAA 4LS1A 3BW2A 3R12A 4DQWA 4JTTA 5DBTA 5KZMA 3FA5A 1TQXA 3MW7A 3A22A 4IJBA 3DGRA 4A2SA 2H8XA 3L67A 3LCFA 4UTTA 3LXBA 3DI1A 5EY5A 4M6VA 3PG8A 1G4PA 3IGUA 4OV9A 1W5MA 3HGJA 4MZ8A 1I2RA 4M7TA 4BFAA 4NJGA 2H3BA 3THQA 3PM6A 3DHDA 2WNZA 2ZZ1A 2HMCA 2FLIA 3QQ0A 3MI6A 4AF0B 3K30A 5FEWA 1WAUA 2E5DA 4KFNA 5C5YA 1PHWA 4N9EA 4X22A 4IMEA 4HNTA 4YXGA 1TV7A 3HQ1A 4QIUA 4LRSA 1JCMP 1B9BA 3GR8A 3GYEA 1YLVA 1R2RA 3W7NA 2Y6ZA 3B03A 2ZFAA 1K03A 1KFBA 2V5LA 3W7DA 4AB4A 5K7JA 4JD4A 3M0ZA 4NJIA 5HWJA 3NQCA 5DCBA 1OYAA 3KVJA 1N55A 3GDTA 3W7QA 4LVBA 1OHLA 3L68A 1Q45A 3GAYA 3LI1A 1SO4A 1MEIA 2TMDA 1W8SA 4JTLA 2CZ5A 3W71A 1K8ZA 4UTWA 4MVAA 2A7RA 1DQXA 3PS7A 1VYRA 1KM2A 1T99A 1OABA 1M6JA 3O6YX 5TIMA 1XFBA 1KFEA 1UUOA 3MBDA 2GUUA 2Z6JA 1OK4A 1Q6LA 2B7OA 1JQVA 4Z1CA 5IBXA 2IQTA 1FWWA 5CPMA 3TAKA 3W23A 2ISWA 3NM3A 4KKXA 1I8JA 2PCQA 1BWKA 2NX3A 3WFAA 1EX5A 3TK7A 2QUTA 3NGJA 3L66A 5I3IA 4ONVA 1LM1A 1KTCA 1JCYA 1OFDA 1PE1A 2NX1A 1DJQA 4NXSA 1FWRA 3PG9A 2FDSA 5BRBA 5F4WA 1NF7A 2C6QA 5D09A 1VYSX 4RV8A 2QCFA 1SZGA 1W5QA 3OG3A 3QRHA 4UFKA 2XFWA 1GOXA 3QZEA 4TIMA 5AHIA 3W6YA 3NO5A 1TREA 1XBYA 1HTIA 4JYEA 5U7SA 4IXXA 1VC4A 1TPUA 2E68A 2F7FA 3NZRA 3TW6A 5CPOA 5LZLA 3UWQA 1M7OA 2VFEA 1C8VA 4A21A 3ANYA 5I3JA 3WK3A 1FCBA 1ZNNA 5EYWA 1JCNA 4RR4A 3ZFHA 2V81A 1YXYA 3W84A 1SQ7A 3LTSA 3NPUA 3MUXA 4KWWA 3S5YA 4DO5A 4M6PA 4O54A 5MHBA 5DXYA 2LLEA 2QUUA 4ZQNA 2OT0A 4Z1AA 1GVSA 1QPRA 3QJAA 3W7HA 1QNVA 5AYXA 3W1XA 4Q4KA 3ABOA 4JN6A 1VHCA 2ZZ6A 3O16A 4BWLC 1FWNA 4NNBA 3W2LA 4A29A 3WJSA 3CWNA 1C9DA 2C0AA 3W1PA 3SFKA 4XTIA 4O57A 1LBFA 3CM4A 3DFOA 4MFEA 4OU1A 3TMLA 4O1CA 2CLLA 4Y6GA 4OHQA 1NFBA 5AYZA 3W7LA 4BF9A 3S5NA 1LBLA 1N7KA 2ATMA 3TSDA 1EA0A 2YFOA 4FO4A 5DLCA 4JXCA 1OFRA 3BW4A 3HB9A 3HBLA 1RVGA 3CU2A 3LXAA 1X8FA 3PR2A 4H4IA 3IVTA 1VLWA 4Y9AA 2WSQA 4JDYA 1G67A 3LHUA 1WV2A 1GVQA 2DORA 2O7SA 2EAWA 1OFPA 5LHEA 1OFEA 2CLIA 5D2VA 1GG1A 1EPXA 3SGUA 1OF8A 4LS2A 3FOKA 1VCFA 4JDBA 4GNJA 4FX6M 1WOBA 2EHHA 5AC7A 2OCZA 3LB0A 4XTDA 1ZALA 3GB6A 3W2MA 2C15A 3NL2A 1X6UA 3QF0A 3P80A 4UTJA 5AB3A 3E0IA 1XKYA 2DU2A 4WY0F 3EEGA 1TV8A 4FNRA 3BK0A 3ZWTA 4WY0A 2DZVA 1ME8A 3EWXA 4JR5A 4MZ1A 4LVFA 1FCQA 5AC6A 3W2JA 2RDWA 4MY1A 1LZOA 3SR7A 3LLFA 5D2XA 3TE9A 2WPBA 4ORMA 3SY5A 1AW2A 2PRHA 3WJWA 1OJXA 1SSDA 3P60A 4AHOA 1LOSA 1GZGA 5BMXA 4AXKA 3V1PA 4DBEA 3P74A 4O10A 3JRKA 2WKJA 1LOLA 4GUJA 1W56A 1VQTA 1QR7A 3W7RA 2ZQ0A 4XKYB 5F1VA 1H50A 1ONRA 1GT8A 1EIXA 3THAA 4N6FA 3DFTA 1Q6QA 3LXCA 2DZXA 2G97A 4RZ5A 4ADTA 5EA9A 1K02A 3E96A 3PF3A 3T44A 4WJEA 1SO5A 4BI5A 3LRMA 4DPQA 1R46A 3P8IA 3HJZA 4GUHA 4FNSA 3C2VA 3HGOA 5AHNA 4O28A 2QCCA 1ADOA 2FTPA 3GAKA 1GEQA 3NVTA 5AN7A 3TNOA 2QCMA 3GXNA 4IPIA 1H7RA 5KMYA 2E77A 4LUJA 2EGZA 4GE8A 1QO5A 2GVJA 3EXSA 2X1SA 2C14A 2OZ0A 1XXXA 3MYOA 3C61A 4M5PA 4LNYA 4XZ9A 3GKFA 3HPXA 1UB3A 1ZJIA 1EWEA 3EX3A 5G2WA 4LRTA 2QAPA 3PVFA 1KLZA 1ALDA 4JNMA 5IM51 4IUOA 5BOOA 1I2NA 5DY2A 1KW1A 3W88A 2Y70A 1KM5A 2ZA2A 1SUXA 4FF7A 2CLMA 3PB0A 3NR0A 3GDKA 2A0NA 1H63A 3P62A 3UXAA 3UWWA 4QAIA 1QOPA 3P81A 4FIRA 1TYGA 2HS8A 1FXPA 4UCGA 3MJYA 1G6CA 2NUYA 1LRNA 3IIOA 3NQ2A 5FESA 5G1TA 3CIXA 1TCDA 1A5AA 2TYSA 1DHPA 1H62A 3BG5A 3OHIA 5AHEA 5K4ZA 2X1TA 5D38A 4GUIA 4DEFA 1VYPX 1KFLA 5CPLA 5J5RA 3CLMA 4PFMA 4N9DA 1OG0A 2C18A 3LCGA 4UMAA 4WZHA 3BO9A 4N9CA 3MHFA 3B0UX 3NQ8A 3W9ZA 5U4NA 3H55A 4OGZA 2CFFA 4UFHA 3S0CA 3U6WA 3DXIA 3A23A 4K37A 3NQAA 1ZAJA 1OYCA 2V30A 2ISSA 1XUUA 3CHVA 3RLVA 1H7NA 4AHPA 3TA6A 3HO8A 1HL2A 3SGZA 2Y7FA 3QPYA 3TR2A 1VJIA 4MLJA 3STCA 3KVLA 1PVNA 4O19A 4FHAA 2NUXA 4CQ8A 1YDVA 4GRSA 4JIPA 4JTSA 4RKAA 3O05A 3QC3A 2DJXA 3RF9A 1XBZA 2QEZA 2J6XA 4RLIA 4JGDA 4AAJA 3TFCA 4MOZA 3W2UA 5C2XA 1FXQA 4MKNA 3N34A 1SR9A 4L4LA 4CQ9A 2CZFA 1H1ZA 4X2RA 1TQJA 5CPNA 2NWSA 5D32A 2O7QA 3DFQA 4K6AA 1W31A 5G4WA 3G0XA 2WSRA 3ABQA 1WA3A 4MPQA 3P5ZA 4R7JA 2V82A 2BX7A 3CPRA 5GVJA 3CT7A 3GZ3A 3HG5A 2E6YA 1LLWA 1FY6A 3SIZA 1THFD 3LLDA 2NUWA 3DU0A 3ABRA 1NSJA 3BV4A 3EXTA 3P5YA 4BK9A 3TDFA 2CLOA 4OE7A 3GXPA 3W85A 2Y7EA 3VFLA 3G1HA 4IPJA 2CWNA 2DZPA 3NDOA 3QEZA 2EF9A 2VEMA 3STGA 3TSMA 5HWMA 1BTMA 2GPTA 4LV4A 1R30A 3CC1A 1QOQA 4U4MA 3EXRA 3BARA 4JY9A 1RV8A 1BKSA 1ZAHA 4QJ1A 3C2FA 3FEMA 5I3HA 3DAQA 1A5CA 1TMHA 1VZWA 1P0NA 1T96A 5HNRA 1EP2A 3N2MA 4HPXA 3EWWA 1RQBA 4O14A 2PRLA 3W76A 3L0KA 4AMAA 3PBYA 1VH7A 4RX0A 3UNDA 4YCOA 1VS1A 1X1ZA 4R33A 1OF6A 5T26A 3HPZA 3G1YA 3EX4A 1L6SA 5F2LA 1XM3A 3W3OA 3P82A 3FIGA 4O0ZA 4M6QA 4RJEA 2DZWA 4E0CA 2P1FA 2A6LA 5CZTA 3M6YA 2HS6A 3FLUA 1PL9A 2Q3OA 4JICA 3VE9A 1T0OA 1MEHA 1GVFA 3TFXA 1LBMA 1MXSA 2QCGA 4MYAA 2J9YA 1K3UA 2CLKA 2Q8LA 3GVGA 3R2GA 1GWJA 1TPH1 3VKJA 5CG7A 2VEKA 1KV5A 3KXQA 5AFDA 3W7KA 1LRQA 4N2YA 1F7BA 1IGSA 3PUOA 1OX5A 4PODA 4GXMA 3NL5A 2VELA 4IXHA 5FF7A 1LTDA 3GR7A 1ML1A 2YYUA 1OVDA 3UWUA 1HUVA 3LBMA 1TB3A 4P61A 1JJKA 3C2RA 5C54A 3W7EA 5G5IA 4Z0SA 3FJ6A 4HN4A 3RNDA 3TSBA 1G7UA 2ZDRA 1SSGA 3FJLA 2G96A 5AHLA 3M5YA 1IXPA 3B4UA 5LKYA 3G0UA 5HQEA 1L6YA 3LERA 1F5ZA 1FDYA 4IX2A 3RU6A 3L65A 1NVMA 2V5BA 5SWUA 5FEZA 2H90A 2RDTA 1TO3A 2GQ9A 1M7PA 1R2SA 5D05A 1W54A 4UTKA 3NA8A 1IXOA 3GIYA 1XL9A 4CLMA 5E1QA 4LUIA 2JK2A 3IIXA 5LSMA 5DCDA 1W5OA 3PUDA 1AW5A 4OWGA 2VFFA 1RD5A 4C1KA 2AGKA 4WXYA 4NZFA 3W1RA 3N19B 3O06A 1VCGA 3BLEA 2YFNA 2Z2UA 2CU0A 3PSWA 2QCDA 2DP3A 3VE7A 2E5CA 2GJLA 3NEVA 3TU9A 4O8RA 3LCXA 4TX9A 4UFJA 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1O4UA 4ZQMA 4CNPA 1IF2A 4FX7A 1SFLA 3VNDA 4WXZA 4RXGA 1Y0EA 5F1UA 1A53A 1VHNA 4PEKA 1HO1A 4WY0B 5LNVA 3Q37A 3OVQA 2E6FA 3NPVA 3DKJA 3NM1A 3AJXA 1GVRA 3TAOA 2CW6A 5DELA 3MHGA 3FKKA 4JTEA 3N9RA 3NQVA 3S1UA 1F6PA 3DI0A 1OFBA 7TIMA 1BEUA 4EVZA 1JULA 1QCWA 1AG1O 4IMFA 3L2IA 3OVRA 2ZA3A 2BWGA 4FNPA 3IVUA 4ZVJA 4GBUA 4UTTC 2DZUA 3T4CA 5K3VA 3KRUA 4O1AA 3UQNA 3C2EA 3PB2A 3P67A 3KVKA 2QF7A 2B7QA 2E6AA 2H8ZA 4O50A 3KRZA 1XBXA 4O11A 2W6RA 4Z08A 3UYCA 5K9CA 2FIQA 3VCRA 2A85A 3N9SA 3FYOA 1K7XA 1OX6A 5FF4A 2QDGA 3I65A 3L0GA 3LX9A 4EOUA 1E51A 1X7FA 3RMJA 5EKYA 3MP3A 5D2TA 1FWSA 3GX9A 2C1HA 2TRSA 2XN2A 3S1WA 2QJHA 1GYLA 1G4EA 3I7SA 3PWAA 2X2GA 1H5YA 5KZEA 2ZBTA 4AHQA 1FX6A 1O95A 4ALDA 3L5LA 3TJLA 4LC6A 5F4XA 3A5VA 1YXCA 5AYYA 4YLWA 5EMUA 3R5EA 1Q6OA 4MY8A 4HIBA 4PH6A 4GFSA 3UZJA 4X9SA 4NNAA 2NLIA 1GTHA 3JR2A 4JS3A 4LT9A 4HPJA 4XQ6A 3I7RA 2RHGA 4JX5A 4O1BA 4UMBA 1TTQA 1PCKA 2A4AA 3STFA 1TJRA 1KV8A 4UTWC 4UIOA 3KFTA 1G69A 3EKZA 4N9BA 4DO6A 1FBAA 1WQ5A 2Y88A 3NQFA 3UY8A 2QKFA 2J9ZA 4WX2A 3IIZA 1TRDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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