1UG6A

Structure of beta-glucosidase at atomic resolution from thermus thermophilus hb8
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
426
structure length
426
Chain Sequence
NAEKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDAFAQRPGAIRDGSTGEPACDHYRRYEEDIALMQSLGVRAYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLASGITPFLTLYHWDLPLALEERGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRFFLDPILGKGYPESPFRDPPPVPILSRDLELVARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGTLPVRYLPPEGPATAMGWEVYPEGLYHLLKRLGREVPWPLYVTENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRFGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Beta-Glucosidase at Atomic Resolution from Thermus Thermophilus Hb8
rcsb
molecule keywords beta-glycosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus
total genus 165
structure length 426
sequence length 426
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ug6A00
1E4LA 3MUY1 2VCCA 1DWGM 5BXPA 5A95A 2DGAA 1CEOA 1BG4A 5M5DA 3BXWA 5BXTA 4QLJA 3T0BA 3VDHA 4JCMA 3TA9A 2DQXA 4KWUA 1WCGA 1HN1A 1W32A 1Q6GA 2WCAA 4HU0A 2F8QA 4TXEA 2JIWA 3VUPA 4KMQA 3RO8A 3WH7A 5BWFA 1XYZA 3AIRA 2EO7A 4PUEA 2VI0A 3MS8A 2J7BA 3ZJ6A 3EDJA 1WDPA 1PIGA 2ZUNA 2VCBA 4PEEA 1EDGA 4P7NA 1J9YA 1UD2A 1RD6A 1XGZA 1E56A 4J3VA 1JYNA 5A2BA 1JYWA 1H1NA 3N13A 4CN6A 3GXIA 3HN3A 3WH8A 4CU6A 2O9PA 1ZBKA 3L4ZA 2VRKA 4PUDA 3PN8A 1DTUA 4MB5A 2X1IA 4JFUA 2VTFA 2Y4SA 2CBUA 4HA3A 1VEPA 3VGEA 2XVLA 1G9HA 2VX5A 2VJXA 2Z1KA 4Q22A 4JKKA 4F66A 4UTFA 3VIHA 2E40A 3VD5A 1M03A 1PBGA 1CZ1A 3BAIA 4IPLA 5KZ6A 2BHZA 2C7FA 2CBJA 1C8YA 2WWDA 3DHUA 3PZOA 4H41A 1WZAA 1TA3B 4CD4A 1UWTA 1S46A 4LQ1A 3WD2A 1CDGA 2XYLA 3GTNA 3AHZA 1YHTA 3ARTA 3VMPA 4JFSA 1P6WA 3OBAA 1EHNA 4XZWA 2BNJA 2NSXA 4WKHA 4YN5A 3GNRA 5DO8A 1MQRA 3RILA 3EYPA 1HJVA 2OSYA 3AXXA 1KCKA 4MAZA 1BG9A 4MNLA 3GM8A 2W61A 2DSUA 3S2CA 1K9EA 4NF7A 4W7WA 4MB4A 1BSIA 3WQVA 1WB0A 3LPFA 4LYRA 1KXVA 3MANA 4J7RA 5D9OA 3PZVA 3W29A 1UKPA 1WDQA 1UR0A 3T2PA 2DSZA 3W82A 4PTMA 3VM7A 1GJUA 2CPUA 4NI3A 4WF7A 1V6WA 1GUVA 1D3CA 4JFTA 3WDPP 7TAAA 5E0FA 1KQZA 2XFFA 3FHQA 3ZIZA 1IV8A 4W86A 2WMIB 5HOSA 2VL4A 4UCFA 5IFTA 1IZKA 2DT0A 3OGVA 4KRUA 3SUWA 4F79A 4Q7NA 1HKMA 1V3HA 3VX1A 4FK9A 1NQ6A 2QMJA 2EPKX 1TFVA 1ODUA 1TE1A 1TR1A 2WKGA 5A94A 5A8OA 1A47A 1FH8A 3POCA 1U2YA 5A69A 3AISA 3MMDA 2J7HA 4H2CA 2V38A 2WHMA 2WC4A 4U3CA 4UR9A 5KEZA 4BA0A 1EA9C 1RPKA 1G94A 3CZGA 4CN4A 3OG2A 3CBWA 1GOKA 5HNNA 4AZBA 1LJYA 2OYLA 3WSUA 1E9LA 2D0GA 3WFLA 5ABEA 1W3KA 2CKSA 5IHSA 3KZSA 5FL1A 1TMQA 1DHKA 5A6KA 1GVYA 1NH6A 4IPNB 4UFHA 1KB3A 4EANA 1G0CA 3VNZA 5FD0A 3KL0A 2Q8XA 2QHAA 1FA2A 3W53A 3WDRA 4B15A 4B16A 2W92A 3TTOA 2OWCA 2DT2A 2VC9A 3NUKA 2NT0A 3ARVA 3B8SA 3OIHA 3PZMA 4KGLA 1GOMA 3QOKA 2J74A 2VNCA 5GPRA 5A6LA 4J3TA 3WNPA 1B3WA 3AI0A 1LLOA 5CJ5A 5CGMA 1U33A 3NSMA 1EDQA 4ZE5A 4FLSA 3PZ9A 5AYIA 3WDHA 3U7BA 4HOWA 5I2UA 5A8QA 1I1WA 1VRXA 3PBGA 2ZXAA 1E70M 4M1RA 5ABFB 3THDA 1EGZA 2EPOA 2E8YA 1M53A 3GYCA 4RE4A 2OYMA 1CTNA 4E8CA 5EFDA 3WBEA 1JD7A 1UYQA 2PI6A 2XGBA 3W4RA 4U3AA 1B0IA 3ZR6A 2J79A 4UQ9A 4M81A 5CPTA 2O9OA 3N15A 2MANA 4OOUA 1G5AA 2UWFA 5JBDA 4PMXA 2WMGA 1JL8A 3WD4A 4AMCA 4MJ4A 3FY1A 4U33A 3RMEA 3W6MA 2ZX8A 4TX8A 1QPKA 4X9YA 4UFIA 1MXDA 3WFZA 4GQRA 4L4PA 2ZXBA 2G3IA 2ZX5A 2HISA 1MXGA 5IHRA 1LWHA 1E6XM 1PPIA 1QVBA 2VUYA 3DYMA 3OLGA 1B3VA 4IISA 4AD0A 4XUYA 4JZ5A 2YBUA 2ZUUA 3AHXA 2XUCA 5CQ1A 4IUGA 1B3YA 2A3BA 4P7QA 2XM2A 4HZ7A 1V3JA 3SUUA 2XPKA 3KE0A 3BGAA 1HL8A 2WMHA 4PSRA 5BCAA 3ARWA 4PRWA 1EDTA 1OB0A 1OGBA 4CCCA 4NZCA 2J7EA 1CNVA 1MYRA 1M7XA 3AQUA 2EQDA 4JFVA 1B3ZA 2XSAA 2Y2WA 2JEPA 3ZJ7A 2FH6A 3HU7A 1Q6EA 1GCYA 4DUVA 2ZUWA 4Z2KA 4F9DA 4CU8A 1E1FA 1X6LA 1FP8A 3AMCA 5BRQA 1HF6A 1GPFA 1BTCA 4D6JA 4WLCA 3K4AA 1KXTA 3BH4A 4FMVA 2D22A 3AICA 4W93A 3DYPA 3FN9A 1E6RA 1AQHA 1B9ZA 1W9UA 2FDMA 4NRSA 2BS9A 2JF6A 1VEMA 3CTTA 1HJWA 1WO2A 1W3HA 3WELA 1QOXA 3QOMA 3UR8A 3AMLA 1VENA 3PZIA 2IXUA 2BVYA 2W62A 1RP8A 4UQEA 1DWJM 3FXYA 4GINA 3WD0A 2XSBA 3WD3A 3SCTA 1EQCA 3WBAA 2FHFA 2X05A 1NOUA 4CCDA 1UKSA 2J75A 3TTSA 2BVDA 1E6QM 1TVPA 1A3HA 5ABFA 2V3FA 3SURA 3BMVA 2ZWZA 3MKKA 1LL4A 4AIEA 1CGWA 3SUSA 3WH5A 2XJ7A 4HPHA 4D71A 4CKQA 2PC8A 2VCAA 4W8AA 1UUQA 4BQ5A 3IJ7A 4GI9A 4PYSA 5GNXA 3VO0A 1XH0A 2WZEA 1XC6A 4YHGA 1HXJA 3O2LA 4UFKA 2X0HA 3CUIA 2WLYA 3ZO9A 4JL2A 3NJ3A 2HVMA 4WSJA 2GVYA 3AZRA 4D6DA 5JBEA 3L4TA 4CN1A 1OGGA 1XD1A 2EPLX 1H09A 4UQAA 4WKAA 4D72A 1VBRA 4WKFA 5JIPA 3K46A 5I3DA 3FHAA 3K8LA 2J4GA 2XGIA 7A3HA 1MQQA 1BPLB 1Y7VA 4TUFA 5CLTA 4CGTA 4AZHA 1V6UA 1TUXA 3NYDA 4CD8A 3BSGA 3ZR5A 2GDVA 1JZ8A 5FL0A 3WF3A 1KWKA 3IAQA 2DH2A 5ECUA 3CO4A 2TAAA 2WK2A 1FOBA 4GZEA 4ATLA 1FHDA 4HTYA 1XHGA 2CESA 1VJSA 2XIBA 1JI2A 4JHZA 4U5IA 1OIFA 1IZJA 3MMWA 2CYGA 2F61A 3N9KA 1AVAA 1LG1A 4M24A 3PTMA 4ACZB 1O7AA 2OLHA 1W1YA 3VMOA 3K4DA 1RH9A 2CITA 1SR0A 2XFRA 2J77A 2WVVB 2CNCA 3CHCA 1I1XA 2V3EA 2WB5A 4WSKA 2V3GA 1V08A 4DM1A 2J47A 1ZBVA 4ML4A 1GONA 3SCSA 2QMKA 4EKJA 3SCVA 1SFSA 1WE5A 2WVSA 3CPUA 1J18A 1BVNP 1EIBA 4PN2A 1HVQA 3OA5A 8CGTA 3ARQA 4AZ6A 3LMYA 2X09A 3BMWA 5D9PA 3CHFA 2UY2A 4W8BA 1UKTA 3UETA 3VNYA 5F7UA 2VZVA 3VIFA 4AZCA 1OSEA 1KGWA 2E9MA 5I23A 2ZWYA 5DT5A 2GFTA 4NRRA 2ZIDA 2C8NA 2VOTA 1GORA 1QNQA 3WF2A 4BQ3A 3W27A 3WMBA 5A6BD 1M01A 4BQ2A 1C91A 1G1YA 1RP9A 1WP6A 1WDRA 3GBEA 1VJZA 1J10A 1W1PA 3UERA 4PMOA 4HA4A 2J62A 3OB8A 2GK1B 5A8PA 1ZU8A 1GZJA 3POHA 3BAXA 1CIUA 4DM2A 2UY3A 2QF8A 3ZSSA 1O6IA 3AIUA 3UR7A 1JZ7A 2VX4A 1EO5A 3WENA 4AW7A 3W38A 1JNDA 4RE2A 4HMEA 1BLIA 2C0HA 3CH9A 4W5ZA 1ECEA 2XWDA 4R5EA 2FGZA 4PMNA 3RM4A 1JYXA 1R8LA 2XHYA 4CUCA 1ISYA 4D6HA 1YQ2A 2CKRA 2WHJA 3CHDA 1XH2A 1HNYA 4D6IA 1CXLA 1KGXA 3GH5A 3IANA 1WPCA 4MJ2A 1HKJA 4BS0A 5LYRA 3U57A 2WKLA 4MDPA 1VFOA 3O6AA 3S6TA 2RGLA 1C3FA 3AROA 1EQPA 3RCNA 4PMRA 1UOKA 1PAMA 3GNOA 4OZOA 5M3WA 3SCQA 3WDQA 4A3HA 4AIUA 3EDKA 4XV0A 1QNOA 3M07A 3VIPA 1FFRA 3GH4A 4K68A 3A3HA 3MUAA 4PMDA 5AC5A 2YL8A 3WKZA 3BLKA 4ATWA 3EDFA 4GZIA 4UZUA 3ARZA 3VDCA 3AIEA 1MWOA 1UD5A 2BVTA 1HJSA 2FGLA 3VD3A 4C7DA 4D6EA 2WHLA 3F4VA 2YDRA 5CLWA 1XYFA 2EPNA 4JAWA 3T0AA 1J0KA 2XG9A 3B9DA 4QCFA 1UR9A 2J7CA 3SCNA 3RPMA 1JGIA 3RDKA 4DUXA 2D0FA 3J7HA 2ZICA 1XCXA 2JEQA 3VX0A 5M03A 3QHMA 1CBGA 1BYCA 1J0HA 3SEPA 1XSJA 1VFFA 3A4WA 4HA1A 1BGAA 1GQKA 3VINA 4CCEA 4M29A 3THCA 1XSIA 3KL5A 1B2YA 4AEFA 5HPCA 4AYSA 5A6MA 2DH3A 4M56A 2JFEX 1W3LA 1ESWA 1DWAM 2B31A 5CPSA 1V6XA 9CGTA 3CZJA 3GBDA 5GQBA 3U7VA 1MFVA 2BXYA 1CXIA 3TOPA 1E6PA 2GJXB 3EBVA 1MW0A 1LL6A 1C7SA 2UY4A 2O92A 3RJXA 4MB3A 5C70A 2GSJA 2YDQA 4PMQA 4H04A 1EH9A 2GJPA 3CZ8A 4TVDA 2PWGA 2YA0A 1QBBA 2BY0A 4HZ8A 5EB8A 2WZHA 1KXQA 2YLAA 3AZSA 4MNJA 3OGRA 2OYKA 5BXRA 2WHKA 3CMJA 1UWSA 1GOWA 1TCMA 5HPOA 3AS0A 1V6YA 2VVSA 4QCEA 2BY2A 1XD0A 2YDSA 5BYWA 3ALGA 1UH3A 2PF0A 1TA3A 3L4WA 3AMGA 1TZ7A 1ITXA 4OUEA 4B3KA 3FAWA 4JIEA 4V2XA 1WAWA 1FH7A 5I77A 1XRVA 1UD4A 1LWJA 2ZUMA 4ZE4A 1EO7A 3TONA 3PZGA 5D9MA 3ALFA 2PWHA 3EMCA 2BY1A 1Q6DA 2X8RA 1QI2A 1UR1A 4UNIA 3PZTA 5AC4A 2ZUVA 3WQ4A 1VAHA 4UQDA 3AHYA 4GI6A 1MQPA 3VU2A 4ZFMA 2O9RA 3UCQA 3WF1A 4ACYA 1JD9A 2WBKA 1OT1A 1NP2A 1FH9A 3WD1A 1V0LA 1KR1A 1NARA 4UOJA 3QHOA 1AMYA 4LYQA 1R7OA 1NOWA 1KWGA 2WMIA 3JUGA 4GKLA 1KGUA 1US3A 2CHNA 3A4AA 3VPLA 4GIAA 5HBFA 2CHOA 2DSKA 4FLRA 1UQYA 5C8BB 4MADA 1E4IA 3AHTA 3D5HA 3W28A 3DHPA 3WUGA 4OIFA 2WZIA 4ZEPA 3DC0A 2WVTA 3WNLA 1I75A 2XIIA 1CXHA 4XZBA 4HOZA 3M7SA 1E72M 3G6LA 3CLWA 4D6FA 4A3YA 4URIA 4AC1X 5C71A 1KFWA 4AEEA 3TP4A 3ZT7A 2CBIA 4MTVA 1BAGA 1W1TA 3N1AA 1JAEA 1KBKA 1ISWA 3N12A 2VQUA 2VX7A 5E09A 1JDDA 1JZ5A 3AYSA 2BY3A 1UH4A 3WNOA 4HMDA 3OGSA 1E4MM 3PZNA 1MFUA 2VVNA 4J27A 4WK9A 4UZSA 5A1AA 2ZUTA 1PEZA 1J11A 1HKKA 1QBAA 3OZOA 3A4XA 1OWQA 3AFBA 3UG3A 5A6BA 4CD5A 4H8UA 1E40A 1CGYA 1UG6A 2YOCA 1Q6FA 1PX3A 3T2OA 2BFGA 2WVUA 1R86A 4QP0A 2PBOA 1UH2A 1GHRA 5GNZA 4C7FA 3VDBA 1HJQA 2E0PA 2AAAA 4AISA 1UKQA 3WUBA 1XSKA 3AJ7A 1GQLA 4AZ5A 2A3HA 4MNKA 2WANA 1K9FA 2XVPA 4Z2IA 1UR8A 1WZKA 3WEMA 2A3AA 3VGBA 4QLKA 2WSKA 4XB3A 2W91A 1JIBA 1H2JA 1JYVA 2VO5A 2VQTA 4MAVA 3VGFA 4PTWA 1W3JA 2E9BA 5D8ZA 4W5UA 1ZS2A 1JZ2A 4L4OA 1KQYA 1TVNA 2D3LA 3ARPA 4S3KA 1JF5A 1W9PA 3AMDA 1OM0A 4CD7A 2YIHA 1HP4A 1E73M 3KWXA 4HMCA 1PIFA 4FLOA 4ATDA 5BXSA 2RGMA 3UESA 3U5YA 1CPUA 2F2HA 3WNNA 2O9TA 2ZX7A 4LXFA 3AS2A 3NDYA 3WEOA 2J25A 4AZGA 1W9XA 3D3AA 5TD4A 3RM9A 4P8XA 4KRTA 3AYRA 3IJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E4L A;  3MUY 1;  2VCC A;  1DWG M;  5BXP A;  5A95 A;  2DGA A;  1CEO A;  1BG4 A;  5M5D A;  3BXW A;  5BXT A;  4QLJ A;  3T0B A;  3VDH A;  4JCM A;  3TA9 A;  2DQX A;  4KWU A;  1WCG A;  1HN1 A;  1W32 A;  1Q6G A;  2WCA A;  4HU0 A;  2F8Q A;  4TXE A;  2JIW A;  3VUP A;  4KMQ A;  3RO8 A;  3WH7 A;  5BWF A;  1XYZ A;  3AIR A;  2EO7 A;  4PUE A;  2VI0 A;  3MS8 A;  2J7B A;  3ZJ6 A;  3EDJ A;  1WDP A;  1PIG A;  2ZUN A;  2VCB A;  4PEE A;  1EDG A;  4P7N A;  1J9Y A;  1UD2 A;  1RD6 A;  1XGZ A;  1E56 A;  4J3V A;  1JYN A;  5A2B A;  1JYW A;  1H1N A;  3N13 A;  4CN6 A;  3GXI A;  3HN3 A;  3WH8 A;  4CU6 A;  2O9P A;  1ZBK A;  3L4Z A;  2VRK A;  4PUD A;  3PN8 A;  1DTU A;  4MB5 A;  2X1I A;  4JFU A;  2VTF A;  2Y4S A;  2CBU A;  4HA3 A;  1VEP A;  3VGE A;  2XVL A;  1G9H A;  2VX5 A;  2VJX A;  2Z1K A;  4Q22 A;  4JKK A;  4F66 A;  4UTF A;  3VIH A;  2E40 A;  3VD5 A;  1M03 A;  1PBG A;  1CZ1 A;  3BAI A;  4IPL A;  5KZ6 A;  2BHZ A;  2C7F A;  2CBJ A;  1C8Y A;  2WWD A;  3DHU A;  3PZO A;  4H41 A;  1WZA A;  1TA3 B;  4CD4 A;  1UWT A;  1S46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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