1UJPA

Crystal structure of tryptophan synthase a-subunit from thermus thermophilus hb8
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
271
structure length
243
Chain Sequence
MTTLEAFAKARSEGRAALIPYLTAGFPSREGFLQAVEEVLPYADLLEIGLPYSDGPVIQRASELALRKGMSVQGALELVREVRALTEKPLFLMTYLNPVLAWGPERFFGLFKQAGATGVILPDLPPDEDPGLVRLAQEIGLETVFLLAPTSTDARIATVVRHATGFVYAVSVEVKDLVRRIKARTALPVAVGFGVSGKATAAQAAVADGVVVGSALVRALEEGRSLAPLLQEIRQGLQRLPLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8: X-ray crystallographic analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
molecule tags Lyase
source organism Thermus thermophilus
total genus 92
structure length 243
sequence length 271
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2003-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ujpA00
4DBEA 3DBPA 4NJKA 1A5AA 3GVGA 2Z6IA 5G4EA 2VOMA 4OWGA 1H7WA 1VJIA 5AYZA 1Z42A 4Z1AA 2VFHA 3W1MA 4ZQPA 3ZS4A 3G1FA 1F5ZA 1L2UA 2QUTA 4A2RA 5AC6A 1FWWA 1W5OA 3CT7A 1NAL1 1GVSA 1UASA 4H3DA 3M5ZA 4M7SA 1LRQA 2RDWA 3S1WA 2OJPA 2ZRXA 3HOJA 3CWOX 4POCA 5D2XA 5LKYA 5CPOA 2Z2UA 1Q6RA 2QCGA 2YSWA 2E77A 4MJMA 1SFJA 4EVZA 4K8EA 1GG0A 3JS3A 1GVOA 1NFBA 3RK8A 4NZFA 3TU9A 4Y96A 4J9JA 3NPUA 5H91A 5G1YA 1HUVA 3USBA 3LCHA 3SSJA 1O5KA 3LRMA 2ISVA 3C2OA 2VC6A 4UTMA 3GDLA 4U4MA 2O7SA 4AF0B 2YXGA 3DXIA 3NM1A 1BTMA 1FDZA 4KFPA 1HL2A 5D37A 3BW3A 1H7OA 2FFCA 4E2BA 1AMKA 1OFPA 3EXSA 2W79A 4OT7A 4LWWA 4NVTA 1HG3A 5HJLA 1KLYA 1ZAIA 2WV8A 4JY8A 4O10A 1TQJA 2I9EA 5K9XA 4K39A 1SO6A 5L9FA 3Q94A 1X1OA 2YX0A 4JIPA 3EXRA 3CIWA 3F4WA 3PUDA 3EX1A 1M7PA 2ZRUA 3QQ1A 3N2MA 2CLEA 4HHPA 3W76A 4IGHA 5D03A 1TTQA 3E12A 3BV4A 4HPJA 3S8HA 1KM0A 5LNVA 1OFRA 4DELA 3LV6A 1LBFA 4S1FA 1SPQA 3TFXA 3BPWA 3QSRA 1PS9A 5K9CA 3S0CA 3KAOA 3SIZA 1OF8A 1Y0EA 4MVAA 3L9CA 2KZHA 2WSQA 3DU0A 5EL1A 4CQ8A 1IIGA 1ZAJA 3CEUA 4UTHA 3GXTA 4MY1A 3SY5A 2RKXA 5HNRA 1OX4A 3HGRA 4NX5A 3DZ1A 1YPFA 3H53A 5D38A 3OVRA 3ATZA 5C5YA 2QJHA 1IXNA 3W85A 3G3MA 3MP5A 4NNAA 4RR4A 5SWUA 4P61A 1BEUA 3LHUA 2P0OA 4CNOA 4AHOA 2PURA 5LHEA 1ICSA 2XN2A 1LOLA 4KWVA 3C61A 2BX7A 1HFBA 3N9SA 4ORMA 2E5DA 1RQEA 1OFEA 2ZYFA 3C2VA 3NR0A 3SZ8A 5H2ZA 3LCGA 3L0NA 3M7WA 3LBMA 5FEPA 5FI8A 3LCIA 3QFEA 4D2JA 2DJXA 3O6DA 4CNNA 3NQAA 4AEOA 2JK2A 3OG3A 4K37A 3L67A 2V2HA 2QJGA 1H5YA 1BWKA 5C6MA 5F1VA 4AHQA 1ZJIA 4O1BA 3R8RA 4JTUA 5BMWA 3W9ZA 4LOCA 1SO4A 5CGQA 3CM4A 5AC8A 2H6RA 3OIXA 4GUHA 3AJXA 3TV8A 1YDOA 2XN1A 3LHYA 1FDJA 2A6LA 1NF7A 2GPTA 3ZWSA 2CZDA 5IM51 5KINA 4O8RA 1EB3A 4ZQNA 1SW7A 2Z1BA 2R91A 4GUGA 1JVNA 1FXQA 3CTLA 5HINA 5KZMA 5F4SA 1WAUA 1W3NA 4FNQA 4HPXA 3VKJA 5C54A 4O0KA 1TSIA 1L9WA 2B7OA 4NJGA 1EP3A 5K4ZA 4YXGA 5CZJA 2EGZA 4JY9A 4Z1BA 1P5BA 2GUUA 4FB7A 1ICQA 1H51A 1XDMA 4ONVA 5I3FA 3EWWA 3KVKA 3W2NA 1X8FA 3ATYA 3KXQA 4UFLA 3MI2A 3NPVA 2Y88A 2D73A 3U6WA 4BI6A 1SW0A 3L66A 1TYGA 2QDGA 1J4EA 2W6RA 2YDAA 3A22A 2GQ8A 1QPOA 2DZTA 3VE9A 5AYXA 1KV5A 2C6QA 1G4SA 3NOEA 1WBHA 2Z0IA 4S2BA 2WOQA 5FESA 1EIXA 4UTKA 1YLVA 4RXFA 1XL9A 1W3IA 2F7FA 2CLIA 4K36A 2I1OA 1C8VA 3EXTA 4JIQA 1LRNA 4OE7A 2WKJA 3LTSA 4O28A 3RU6A 1OX5A 2QCDB 3MW7A 4JD4A 3UWVA 3QZEA 1KM4A 1EEPA 3LOTA 3DFOA 1DKWA 4ZL1A 4O13A 3NDOA 2G96A 2ZA1A 3EWZA 3WJYA 1IIHA 1J2WA 1O60A 2RDUA 5L6UA 1TPDA 2QJIA 4PH6A 4L4MA 2NXGA 1VPXA 5D02A 4N02A 3B06A 1KTNA 3KVMA 5HWJA 5CPNA 3W1NA 3TMQA 3D0CA 4UXDA 3NQCA 3UXAA 3CU2A 3RF9A 4FX6M 3TQKA 5LGXA 3NQEA 3QF0A 3R5EA 2X30A 5KTLA 4LVBA 3ABSA 3HBLA 1H7RA 4JTKA 4WD0A 5BOOA 4GRSA 1PIIA 3P80A 2A0NA 3L0GA 5DCDA 3C3NA 3TK7A 3LHWA 3PG8A 2JBMA 4GUFA 3W2JA 3PC0A 3P60A 2CLOA 2CZEA 3W7MA 4LS2A 5I3KA 1F76A 3W1LA 1H60A 1QAPA 3DI0A 5EPDA 4XKYB 1VQTA 4S2CA 1ZALA 3A21A 3WFAA 4XZ9A 4MYXA 3EX6A 5F2GA 2Y7FA 3JR2A 3UPWA 1CW2A 2VFIA 2GOUA 3FYPA 3A24A 1T99A 5DLCA 4UCGA 3G18A 1W31A 5AHFA 2YCEA 3I7RA 3B4UA 4JGDA 3S1XA 4Y9AA 5FEZA 1UBSA 3FFSA 3M1ZA 1SO3A 1VZWA 2FQIA 2I14A 2YR1A 1M7OA 1WA3A 3SFKA 2FPVA 4NNCA 4EOUA 2RH9A 1WYIA 1GEQA 1OFDA 3UWQA 2Y63A 4FNSA 1IXQA 4JDYA 4LV9A 2NV1A 1I2PA 2E6DA 3OBKA 3B03A 2Q8ZA 1N55A 3IGXA 1GPWA 1XC4A 3T4CA 2X16A 3H54A 3MWAA 1W3TA 2QCMA 3T55A 4X22A 3EB2A 2OX1A 4LTSA 1PE1A 2X1SA 5BRBA 3HQ1A 4UTUA 4MOZA 1I2QA 2Y62A 2V8ZA 1XFBA 5D2TA 3TE9A 2EPHA 1WX0A 2J6XA 3DKJA 3G8EA 3RFAA 3GKFA 1JCMP 1UCWA 4O57A 4ZQOA 3G1SA 3GNNA 4IQLA 5KZEA 4ICNA 3L2IA 4WXZA 3KX6A 4FXSA 5FEXA 4UFIA 1OF6A 3S5YA 3DFPA 3PBYA 1DQWA 1B4EA 3NL3A 3UWWA 3SW6A 1TRDA 3OA3A 1KFBA 1KFEA 4M6QA 1AL8A 4MZ8A 4ADUA 3ELFA 1WOBA 1R2RA 1A5CA 1GOXA 3W2UA 3O1NA 1PCWA 3ZWTA 4EIVA 1W56A 4RCXA 1XBYA 1H7PA 3NQDA 1FBAA 4UNLA 1SW3A 3DFSA 4GC4A 1SSDA 3NO5A 4AF0A 2VEKA 1H7XA 3B0VC 5LNWA 3W86A 3W1TA 1B3OA 3IGSA 5C2XA 4X3ZA 4BI7A 3RMJA 4GE8A 4O19A 1OYAA 1MSSA 4MPQA 1GWJA 1D3HA 5FF3A 1ONRA 1LTDA 3TUUA 1KLZA 3BGJA 4X9SA 1ME7A 3U8GA 4QIUA 3PR2A 4FO4A 2E68A 1TPB1 1TPH1 3I68A 1H50A 3VCRA 3EWBX 3GXNA 4JR5A 1VYPX 3QEZA 4JX6A 4LUIA 3GAYA 2ZRZA 5HUPA 2FTPA 2Y85A 3N9RA 1ZHAA 1ZY9A 3P7YA 3WJZA 3PG9A 2A21A 3ABOA 1SQ7A 1W0MA 2B7PA 1EPXA 1IGSA 3T44A 3QQ0A 5HWMA 1JJKA 4UTJA 3CPRA 3GNDA 4UMCA 1K8XA 1VC4A 4HIBA 2DZVA 1JUKA 3INPA 3LBCA 2ISSA 3G1YA 5CPMA 4DO6A 3TAOA 1LDCA 3CB8A 2A7RA 4UFHA 2C14A 2X1RA 3DAQA 3LRKA 4IXHA 3G8RA 4IXXA 5MHBA 4K7VA 4GFSA 4BWLA 4RK8A 5FEWA 3HGOA 3I7QA 5DCEA 2QCCA 1NSJA 2Z6JA 4PCFA 2Q3OA 1OJXA 3KFTA 3O16A 3DHFA 3P5ZA 1YXCA 5DN1A 1VLIA 1UUOA 4JTTA 2QAFA 4PL2A 2JGYA 1KV8A 4TR9A 3FKRA 3IIPA 1A5BA 3UD6A 2CLLA 3DHDA 1FXPA 1QO2A 3GIYA 4M5PA 1XUUA 4WQ6A 5D32A 4RZ5A 4X2RA 4HNUA 5LNUA 1IF2A 1ML1A 3W7EA 4A2SA 2X2GA 4M6VA 3TQVA 1QMLA 4OGZA 3C8FA 3NAVA 4WZHA 1VRDA 4LW7A 2G5WA 2CFFA 4A29A 5K3VA 1XCFA 3O6CA 3PB2A 3O05A 2DORA 5DY2A 1PVNA 2V82A 3MHFA 1VH7A 3W7CA 3FEMA 5AHNA 4ZQRA 1S3HA 3TR2A 5KSWA 3E96A 3L5LA 1FWSA 5HMSA 3ANYA 3S1VA 3P8JA 1TV5A 3TSBA 3EWUA 3U2OA 3P84A 4CNPA 3W1PA 2QKFA 4LC6A 3M41A 1GTEA 1LP6A 5F4WA 1RPXA 4UC5A 2C13A 4UMAA 3UZ5A 3PB0A 5DXYA 4MY9A 3KHJA 2PE4A 1B9BA 3NQ8A 5G2WA 3CEPA 3V1PA 3W73A 1FX6A 1HO4A 4MZ1A 4Q33A 3Q58A 4W9TA 3W7OA 3W7LA 1RQHA 4WX2A 3W7HA 4O53A 1RQBA 2GQAA 4UFMA 3STGA 2UV8G 2V9DA 2ZRYA 5E0KA 4N2YA 1VHCA 4IJBA 2JKAA 3QRHA 4LS0A 4O15A 3V75A 3LCFA 3IVUA 3NZRA 4WY0A 4XWUA 1S5TA 3TXVA 2YW4A 3RNDA 5C55A 1ME8A 1L6YA 4EWND 1SR9A 4RZ4A 3PBUA 2EHHA 3UXDA 2QCNA 4ORIA 4JEQA 2H8XA 2BXVA 1DOSA 4GUJA 2O7QA 2WNQA 1GZGA 3G0UA 1SZNA 1M6JA 2A5HA 5AHMA 1GJPA 1F6PA 3AO0A 3DFQA 3EX2A 3N19B 1JR1A 5DXXA 2Y6ZA 1LOSA 2A2IA 3LB0A 4N9CA 3F03K 2WSYA 1LZOA 3NNTA 4DPPA 1RR2A 5I3HA 2ISWA 5HQEA 3WK2A 3TFCA 1TPEA 1K8YA 3LTYA 3M5XA 3LV5A 1BKSA 4FNPA 4IMCA 1ZNNA 4JX5A 4LV4A 3TJLA 1XBVA 1I4NA 4OQVA 5DCBA 3TX9A 3KRSA 1F2JA 4ALDA 4PFMA 4OV9A 4ZQCA 5AC7A 1QO5A 4CLMA 4IPJA 3DFNA 2DP3A 3GLCA 4JTFA 1VGAA 4EF8A 2E5CA 3PF3A 1SFLA 3EWXA 4MY8A 3MBDA 1F05A 1KBIA 3T40A 2TYSA 3STEA 2NLIA 3BLEA 3H55A 2V0TA 1KBJA 2FB3A 3FA5A 5D33A 4LVFA 5AB3A 4QSHA 1KM3A 1IXOA 1K02A 4O54A 5CSRA 4KFOA 4GUIA 4K38A 4DQWA 1W1ZA 2LLEA 3W2LA 2YZRA 1OK4A 2WNNA 5AOUA 3W83A 2ZBTA 3TMLA 2VFGA 1V7YA 1OX6A 3BARA 5LZLA 1YADA 3ZR4A 1DQXA 1N7KA 4QISA 1X6UA 4O1AA 3THAA 3W1RA 1QR7A 1TPUA 3BLFA 1FCUA 5D2WA 2VXNA 4GWEA 1AK5A 4BK9A 3E02A 2DJLA 5BMXA 1YPIA 2VEIA 5G4WA 5CPLA 2NXIA 1GYLA 4DBDA 3I7SA 3HO8A 4MZYA 3GX9A 4OHQA 2FPYA 2PRHA 3G0SA 5G5IA 1AW5A 3DENA 2YPIA 4IUOA 4Y90A 1JRCA 1FQ0A 3P62A 3A23A 3S5NA 1WXJA 4LUJA 4O1CA 2FDSA 5CZSA 4M19A 1SZFA 2Y61A 4CQ9A 2DZPA 1J5TA 4O17A 3M0ZA 3W7DA 3E49A 5F1UA 4ZZ9A 2BWGA 3LI0A 4RXGA 2TMDA 4NXKA 3M9YA 4DF1A 3L0KA 1LCOA 3R12A 1GVFA 2VELA 4GNJA 3GDTA 4AXKA 4RV8A 4RZ6A 3PSVA 2QCFA 3IVTA 1G7VA 1G6CA 1VCVA 1VYRA 4Z0JA 1RV8A 4AWUA 5HWNA 1GTHA 4PL1A 1S5VA 3G1HA 3K30A 2CU0A 4NQ1A 2RFGA 3LLFA 1TRIA 1Q3NA 4ZVJA 4PODA 3C52A 4LVDA 1ICPA 3S5ZA 1H1ZA 4UTWC 4FEZA 1DORA 2ZRVA 3GKAA 1SSGA 1VYSX 3MHGA 3W7KA 1LRTA 1JCLA 1VHNA 2W0UA 1LLZA 4WUIA 1LROA 3VE7A 2J27A 3DFTA 1IXPA 2DZUA 2VEPA 4JNMA 4LC8A 3L5AA 2VFDA 3IGUA 1VCGA 4NX0A 1OX4B 2J9XA 5LNSA 3BG9A 3MYOA 1EX5A 3MMTA 3QMTA 3M47A 2QF7A 2GVLA 1KFLA 3TJXA 3UWUA 4N6EA 4N4PA 4O1DA 5TBOA 5I3GA 3FJ6A 3L68A 4LVGA 1TQXA 4U28A 4XBSA 4TO8A 4KWWA 1W5MA 5F2LA 1U83A 4FX7A 5E1QA 3UY8A 1TJPA 3W88A 1MO0A 3GZ3A 2V2DA 3STFA 5FF2A 1OYBA 1KM6A 3SGZA 1OK6A 3B05A 3IVSA 1VCFA 2C16A 3LCLA 4JTEA 3NM3A 3OEXA 5J5RA 2TRSA 3EEGA 1T0OA 3WK1A 1X7FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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