1UJPA

Crystal structure of tryptophan synthase a-subunit from thermus thermophilus hb8
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
271
structure length
243
Chain Sequence
MTTLEAFAKARSEGRAALIPYLTAGFPSREGFLQAVEEVLPYADLLEIGLPYSDGPVIQRASELALRKGMSVQGALELVREVRALTEKPLFLMTYLNPVLAWGPERFFGLFKQAGATGVILPDLPPDEDPGLVRLAQEIGLETVFLLAPTSTDARIATVVRHATGFVYAVSVEVKDLVRRIKARTALPVAVGFGVSGKATAAQAAVADGVVVGSALVRALEEGRSLAPLLQEIRQGLQRLPLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8: X-ray crystallographic analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
molecule tags Lyase
source organism Thermus thermophilus
total genus 92
structure length 243
sequence length 271
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2003-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ujpA00
2Y63A 1FXQA 1M7PA 3W1UA 2CLEA 4UTTA 2ZA2A 3MI3A 3W2KA 4FNUA 2PURA 2ZYFA 1K8YA 2G97A 4UTTC 3MBFA 5BMWA 1A5BA 2QUVA 3LCGA 4RK8A 1WOBA 2QCDB 3M47A 3CT7A 3ATYA 4CQ8A 3AJXA 3A22A 2CW6A 2FDSA 5K3VA 4ICNA 4GBUA 2QCHA 3TCEA 3L5MA 3L68A 2B7NA 2ZRUA 2YX0A 5FESA 3N2XA 3R89A 1G67A 1WV2A 3W7LA 4IMFA 2VEKA 2Z2UA 4S2CA 4GC4A 1EB3A 4WY0A 3DU0A 2BWGA 4UTMA 4ORIA 1X8FA 4FHAA 1SZGA 4IQLA 3QYQA 3TFXA 2WSQA 3LV5A 1G4TA 1BEUA 3HGOA 2D73A 3O6YX 4I9AA 3HMJG 4MYAA 3KHJA 2WNQA 1TSIA 3P7YA 1OFEA 1DV7A 3FYOA 1QR7A 1K8XA 4ML9A 3VCRA 1NEYA 4FX8A 1FWTA 4UR8A 3TAKA 3S5ZA 1OYCA 3I7RA 3G1FA 2V2CA 1PV8A 1UCWA 2J9XA 4IJBA 2QJHA 3C52A 4C1LA 3TKFA 3PVFA 3VI2A 5I3FA 1I2NA 2FPTA 4XWUA 2B0MA 2OX1A 1MEHA 3TNOA 4UNKA 5H2ZA 1J5TA 4NUWA 4YWIA 1MO0A 3S42A 1YLVA 3PC0A 4UTWA 1W5OA 4LU0A 5BW6A 1SZEA 1XBVA 2A85A 4UTWC 5AYZA 3B06A 3AO0A 2QUTA 4ZL1A 4YCPA 5D2VA 3RLUA 3BG5A 1H50A 2ISVA 4LV9A 3NO5A 3LLDA 3EXRA 5CGQA 4QM1A 1TRDA 4XBKA 3E02A 4QAIA 3O6DA 4GJ1A 4G1KA 2EKCA 3OA3A 3W73A 2BX7A 4QISA 2WO5A 4FNSA 3UWZA 3O15A 5FF7A 5D38A 1NAL1 2Z6JA 1ADOA 5BNKA 4Q32A 4GWEA 1OX4B 3SY5A 4BI7A 4UFLA 2PC4A 3LRLA 3SJ3A 2EGZA 1GG0A 3R13A 1KM1A 1TPC1 3IIVA 3P5YA 2BXVA 4MVAA 5FEWA 1K7EA 4O10A 3LGEA 1RR2A 2VXNA 4BI5A 4R53A 2GQ9A 4K7YA 3IIZA 4GE8A 3EX4A 2BLEA 4WY0B 4J9JA 4FX6M 3W7OA 1Q6LA 2QEZA 2F7FA 2ZBTA 5F2IA 2NZLA 3OBKA 2LLEA 1K7FA 4MZ8A 1HUVA 4NU7A 5AHMA 5LZLA 4TO8A 3KRZA 4LV4A 3G1DA 3TROA 4AWTA 1K7XA 3DXIA 3OEXA 4ZZ9A 3ABQA 4OBTA 3RFAA 3NQVA 3W1MA 3TMLA 2C15A 3FEMA 3W88A 2WNZA 1MZHA 4O1AA 2KZHA 3LCLA 3U2OA 1L9WA 5G4WA 4HIBA 2ZCGA 5AN7A 4DO6A 4KKXA 1ZENA 4ONVA 1SO3A 1ZNNA 2QDGA 3DBPA 4CQAA 2Q3OA 4QSHA 3B0VC 4CCCA 1TQXA 4XKYA 1FCQA 5CZ0A 1M6JA 4ALDA 1GQNA 5KSWA 3OHIA 5G1YA 3MI2A 4XZ9A 1G4SA 4IWWA 4O8RA 5AOUA 4ZQNA 3FJLA 2V81A 1VYSX 3NQAA 5I3JA 4ORMA 4PTNA 2FIQA 5BOOA 3E96A 5CZJA 1TPDA 4WJEA 3LCHA 5CSRA 2V5BA 3CHVA 1WQ5A 3M9YA 2AGKA 3W1LA 1LORA 2NX1A 3L67A 2JGQA 2Y70A 3TQ0A 2PRLA 2A21A 1H7OA 1MEWA 1YDVA 2A7RA 4MJMA 3GB6A 5DXYA 3NQ8A 4TMCA 2C14A 2V8ZA 3UZ5A 1SO5A 1H5YA 5KMYA 3PF3A 1G4PA 4NJHA 6ALDA 2CU0A 5TQLA 1OABA 1LTDA 4LUJA 3MYPA 2E6FA 3OG3A 4JTEA 5G4EA 2DP3A 3NQ7A 1JCLA 1TTIA 2ZZ5A 1ZHAA 2DZXA 4AVFA 3W7QA 4DPQA 4A2SA 3IGXA 1GVQA 4KFOA 3S1WA 2PCQA 4P2VA 1W1ZA 4O53A 2C16A 2FLIA 1HO1A 2YXGA 5DCBA 1O60A 1RZMA 1O94A 3QFEA 1DJNA 3U8GA 5HINA 2J24A 3LCFA 2A1YA 1KTCA 3A24A 4AMAA 3NL2A 1U5JA 2VFDA 1WAUA 2NX9A 1ONRA 1OYBA 3LXBA 1O4UA 2YFNA 4JX5A 2DJLA 3Q2DA 3TIMA 1GT8A 1F74A 3UWVA 1W5PA 3TJLA 5BRBA 1TMHA 2NWSA 2ZRXA 4FIQA 3P61A 3NZRA 4N6FA 4PEKA 3UXDA 1TJRA 4Y90A 2VC6A 4YXGA 4XKYB 2F84A 4BWLA 1IXNA 2B4GA 2XN1A 4HNTA 3FOKA 4BWLC 5EKYA 2GQAA 2QKFA 1K3UA 1X6UA 4ZQMA 3WJXA 1OVDA 4UUIA 5SWUA 2FTPA 3G22A 1G6CA 1TPH1 4EIVA 3GR7A 2QJIA 3QEZA 4DF1A 1DQWA 4IUOA 5I3HA 2QAFA 1JRCA 5CPMA 3GYEA 1Q6QA 2OCZA 3MP3A 3W2JA 1B57A 1U83A 3LCWA 2B7OA 4GUGA 4NX5A 4JEQA 3EXSA 4YLWA 3SGUA 1FWNA 1VS1A 1OF8A 3C0JA 3W1QA 3FA5A 2RDUA 2Z6IA 2C6QA 3MO7A 4E0CA 1TPB1 3GVGA 4JYFA 2WSRA 1PHWA 1VHCA 3W7KA 3DI1A 1H7XA 4N9BA 2A7PA 4O57A 4JTGA 5G2IA 1F73A 1SZNA 1S3HA 3BLFA 3W71A 1V5XA 4UR7A 5HR6A 2HS6A 2QAPA 3KFTA 3B8DA 4M6QA 1QNVA 1VGAA 3EWWA 3TJXA 4BF9A 4KFPA 1LRTA 2ZTKA 4JD4A 3I68A 2I9EA 1EWEA 4IX2A 3LDVA 3BLEA 4NQ1A 1WX0A 3RNDA 1EEPA 3UWWA 3USBA 3W3OA 3DFQA 3ZR4A 4UXDA 4M6PA 2E09A 3UQNA 2NUYA 1WDWA 3DH7A 3NQMA 4Z0SA 3CQ0A 2A5HA 2V9DA 4Q4KA 1SZFA 4M5PA 4MKNA 1LOQA 4JTUA 3R8RA 1UUMA 1YTKA 2E5CA 2ZA3A 1QPNA 3W7JA 3DHDA 1I2RA 1FX6A 5IBXC 4M7SA 2GVLA 5AC8A 1F6PA 4Z1DA 1ICQA 1T96A 5IM51 1SO6A 3TC6A 4MZ1A 1R46A 3P8JA 1X1OA 3WK1A 2JKPA 2VENA 2C13A 2P0OA 1I45A 1JUBA 3CC1A 1Q45A 3PR2A 1PCWA 3CIXA 4RJEA 4UFJA 5HUOA 3T7VA 3RK8A 2E6YA 3W9ZA 3GDMA 1GZGA 3JS3A 4A22A 3QRHA 5KZMA 3IIOA 4MOZA 1H60A 1OJXA 4O16A 1K02A 5FF4A 1KM2A 2YSWA 3G0UA 1FBAA 4JNMA 4RLIA 1HTIA 4N02A 1C9DA 3W85A 4PA8A 5MHBA 3P82A 3W84A 1SQ7A 1VR6A 2VFIA 1RVGA 4LC8A 2XN0A 2X16A 4WXZA 3BPWA 3HOJA 3QW4B 4CNPA 1H7PA 4AB4A 3UY7A 3DAQA 3N73A 1N55A 3TC7A 3G1HA 2HMCA 3W7RA 3VE7A 1K03A 2ZDRA 2J6XA 4UMAA 1RQHA 4A2RA 3W1RA 4E2DA 3HGSA 4PC8A 4O4VA 4FEZA 3LRKA 4QNWA 4LS1A 3NGJA 4MY1A 4CLMA 1XCFA 5K9DA 1KM3A 3LLFA 1JRBA 1GVOA 5HWJA 4LVBA 4RV8A 4O11A 3QH2A 3G8RA 2GUUA 4RZ4A 1XC4A 1XDLA 2RH9A 3LHWA 4UFKA 5L6UA 3IV3A 3T4CA 3LTSA 1FCBA 4M19A 5D05A 3HG2A 3F4NA 1VYRA 4UCGA 4MIMA 1DBTA 1SW7A 3GAKA 1TPUA 1OX5A 2QJGA 3DFSA 4TMBA 3ABSA 1JULA 5FEPA 3ZWTA 3P80A 3N14A 1UJPA 1LBFA 3LXCA 4HPJA 1H7WA 1QO5A 5CSSA 3FS2A 3STGA 5FF2A 3LX9A 2NXGA 3BO9A 3HBLA 3NG3A 5EPDA 2YPIA 3O16A 4AWUA 3BLIA 2ZZ3A 4AAJA 3OVPA 1IGSA 3KRUA 1OG0A 1WA3A 1V7YA 3TQVA 4X22A 1NVMA 4AHOA 2BZNA 2FFCA 1OX4A 1K8ZA 3EX2A 3IVTA 4DBEA 3PUDA 4AXKA 3N9RA 4UFIA 1W31A 2WQPA 3MUXA 5D30A 1JVNA 3W1XA 2Q8ZA 2VEIA 2EAWA 4LVGA 3OVRA 5FEXA 4LVFA 4PL2A 4A21A 4XTDA 4FXSA 1QOQA 4WQ6A 2XN2A 5AHNA 3SW6A 4H4IA 1KFJA 3TUUA 4LC6A 5D02A 4I7UA 1OFAA 2YYUA 2NV2A 2O7SA 3LERA 4O0ZA 3W1AA 3FJ6A 2DU2A 3GIYA 3SI9A 4LW7A 3M44A 1EP3A 2ALDA 4O17A 2C1HA 1RQEA 5DBTA 1F5ZA 1ZALA 4FNPA 3SGZA 2Y7FA 3WK2A 4P61A 1T8XA 3N3MA 3Q94A 3QQ0A 3T40A 3H53A 1OFOA 4O4WA 3W1TA 2VEPA 3CEUA 2NLIA 4JXCA 3TK7A 3K30A 5CG7A 1OFBA 3O05A 4DO5A 1JQXA 3FIGA 1C8VA 1ZJIA 2I14A 3TXZA 2V30A 4DEFA 3L5AA 3W6YA 3LTPA 3NQ2A 4UFMA 3DFOA 3DGRA 3M5ZA 3B4UA 3EKLA 4AH7A 4HN4A 5LHFA 1AMKA 3NXFA 1XBYA 1YADA 1N8FA 2C19A 5F2LA 3MHUA 1DJQA 2CLKA 5F2GA 3P8IA 4LRTA 2QCEA 1OYAA 2Q8LA 3LTYA 3DZ1A 1W5QA 1M7OA 3W2UA 2R8WA 5EY5A 3M0ZA 1TREA 3T78A 4AF0B 3CM4A 1RQBA 3IIPA 1IIGA 1OHLA 3STCA 3N9SA 3IIXA 3EKZA 4YL2A 4RR4A 1JCMP 5K4ZA 3L21A 3M41A 3OVQA 3IRDA 1S5TA 2EPHA 3MWAA 3NEVA 1HO4A 1VLWA 5D03A 1H7NA 3KAOA 4CNOA 4LUIA 3W7DA 3IVUA 4M7TA 5LGXA 3UZJA 1F7BA 3HO8A 4LS0A 1BWKA 1TQJA 1G4EA 1L2UA 4LWWA 4FX7A 4ZQPA 2FJKA 6TIMA 1GWJA 4IX0A 4GNJA 4R34A 4TIMA 2UV8G 1CX9A 1TB3A 4Z0JA 1Z42A 5J5RA 3P62A 3W7IA 2B7PA 2GJLA 2ZRVA 1LRQA 1D3HA 3PUOA 1DORA 2OT0A 2C18A 1IXQA 4N9EA 5EBUA 3Q58A 3TW6A 2Y88A 2G96A 4D2JA 1KM6A 5G1TA 3PULA 4IMCA 3C8FA 4R7JA 4PFMA 2OT1A 3HG4A 2VFFA 1NFBA 1FQ0A 5C2XA 5C54A 3L65A 4LRSA 1ZAHA 3CWNA 4Y9AA 1SO4A 1UB3A 3LBCA 4OWGA 4UMCA 4O15A 4JN6A 2RFGA 2WKJA 3GX9A 3NZ1A 3W7NA 3SECA 1FDZA 1OFRA 4WX2A 4JX4A 3UPWA 4LVAA 5FI8A 3M5VA 1BWLA 3U6WA 4XQ6A 4JX6A 1NF0A 4JGDA 1W3TA 4RZ6A 4XTIA 1YPIA 2Q3RA 2W79A 2CLLA 3GZ3A 2DZVA 4BK9A 5AHFA 2BTMA 2BSLA 1PHQA 3O06A 3LHZA 2X1UA 1VRDA 3MW7A 3C2OA 1LBMA 3EWYA 4WY0F 1YDNA 5K2ZA 3M5YA 4NT0A 2W0UA 4JYDA 1S5WA 2VELA 2TYSA 4UTIA 4BFAA 3OIXA 1RV8A 4MFEA 1JCJA 4FF7A 4X2RA 5FF3A 4ZQCA 2J27A 4GFSA 2H8XA 5T26A 1X7FA 1VZWA 3MBDA 4MY8A 1FDYA 4N9CA 5D32A 1FWRA 4MLJA 8TIMA 3L5LA 3QZEA 1R47A 4ZMGA 3LCIA 4JTHA 5D2WA 2A7NA 3TR2A 1KFCA 4QNEA 3L0KA 1I2PA 3CTLA 1VH7A 4IGHA 2FQIA 4MUZA 4AEOA 3NQCA 4POCA 2NV1A 4DF0A 3E49A 1BKSA 1GVSA 1GYLA 3R2GA 3GK0A 1W37A 5D2XA 1P1XA 1N7KA 2NWRA 3O63A 4I7WA 3W7HA 3MJYA 1XM3A 2ZQ0A 1QAPA 3W7MA 1PVNA 2J88A 1G7UA 1QO2A 3LHUA 2QF7A 4JTSA 2VOMA 1R2RA 1HL2A 4Z08A 3CPRA 4L4MA 1LM1A 3C2VA 1JCNA 3DFPA 3EWZA 3UWYA 2WNNA 4JTIA 2VFEA 3W7PA 1XUUA 3G24A 3LXAA 5H91A 1TPVA 5HULA 1TTQA 3L9CA 1F2JA 3L0GA 3CEPA 2ABAA 3TA6A 5AC7A 1OK4A 5LNUA 1FY6A 4H3DA 3G1AA 2E5BA 4WD0A 3NQDA 1P0KA 1OF6A 3S1VA 4LNYA 2NX3A 1KFBA 3PSWA 4GXMA 2CZFA 2DZTA 3LRMA 4JIPA 1LCOA 4ADSA 5TBOA 2NUXA 1TTJA 2PRHA 3RLVA 3FKRA 4UTJA 4DQWA 2QUUA 2HTMA 1EIXA 1TPWA 3TW7A 1H1YA 4XUGA 1QPRA 3IVSA 2DZSA 3ATZA 3A5VA 3W1PA 2CZ5A 3TAOA 4UNLA 1ZFJA 5EYWA 2X2GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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