1UQZ | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	GLKSAYKDNFLIGAALNATIASGADERLNTLIAKEFNSITPENCMKWGVLRDAQGQWNWKDADAFVAFGTKHNLHMVGHTLVWHSQIHDEVFKNADGSYISKAALQKKMEEHITTLAGRYKGKLAAWDVVNEAVGDDLKMRDSHWYKIMGDDFIYNAFTLANEVDPKAHLMYNDYNIERTGKREATVEMIERLQKRGMPIHGLGIQGHLGIDTPPIAEIEKSIIAFAKLGLRVHFTSLDVDVLPSVWELPVAEVSTRFEYKPERDPYTKGLPQEMQDKLAKRYEDLFKLFIKHSDKIDRATFWGVSDDASWLNGFPIPGRTNYPLLFDRKLQPKDAYFRLLDLKRLEH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__44192749527572__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__44192749527572__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1UQZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__44192749527572__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"44192749527572","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1UQZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__44192749527572__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio mixtus
publication title	The Mechanisms by which Family 10 Glycoside Hydrolases Bind Decorated Substrates pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOXYLANASE
total genus	142
structure length	348
sequence length	348
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2003-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1uqzA00

4U2YA 4J3VA 2WW5A 3TTOA 3RILA 5A1AA 2CHNA 4WKFA 3ARZA 5I79A 2Y4SA 3K8MA 3POHA 2GDVA 1OM0A 4CD6A 1KGWA 3NYDA 1HJXA 4A3HA 1AQMA 4CCDA 2GK1A 4MJ4A 3ZOAA 4DWSD 1SYTA 2YL9A 3K8KA 3NSXA 2DSVA 4H2CA 4PUEA 3ARQA 1CWYA 4NF7A 4PMYA 5ABHA 1H0IA 4HTYA 2FH6A 4IISA 4S3JA 3U5UA 4UQCA 2W61A 4B16A 2ZXBA 4KWUA 4OZOA 3N12A 1IZJA 3BAIA 1EXPA 2X0HA 5A6JA 4AYSA 1PJ9A 4NRSA 1E6SM 6CGTA 1E6PA 3ZSSA 5E6YA 1CTNA 2X0YA 3TP4A 4ZEPA 1KR1A 1GORA 3K46A 1VRXA 4AZ7A 4W8BA 2YBTA 2ZUWA 4WKHA 2PWGA 4LX4A 4NZCA 5A6KA 3PTKA 1GCYA 3LPFA 3MMWA 4MB4A 3WDRA 1GVIA 1UQZA 4MAZA 3VILA 2D3LA 1W32A 2CBVA 3AIUA 3CHEA 4XV0A 2V38A 4XX6A 4F66A 1EQPA 4HZ8A 4D1JA 3VGHA 2CKSA 3GM8A 1J0KA 2FDMA 3ALFA 4J3WA 1QNOA 1ESWA 2IXVA 3CUFA 3ARYA 1LF1A 2C0HA 5CG0A 3AROA 4W7UA 5GNXA 3WF0A 1CXFA 2NSXA 3EDFA 1HKIA 1EGZA 2BY1A 2XYLA 3FN9A 1KXVA 1UQYA 4AD5A 2W5FA 1WDRA 4IPNB 5EFDA 1TVPA 3WD2A 1PBGA 1FP9A 2MANA 1E73M 5A6AA 4U33A 3WF3A 5A3HA 3KL0A 1V0NA 3VGBA 1H4PA 2YDRA 4JFWA 3VIOA 2ZUUA 2VX5A 3L2LA 1VEOA 5BROA 3RO8A 3CZGA 2O92A 1E15A 2CEQA 4TUFA 3A47A 1JDCA 1FH7A 2OSYA 4C7DA 1UH2A 2VVSA 3ZQ9A 2X8RA 4JFUA 3EBVA 1NOFA 3GBDA 1MXGA 4JCMA 1UR2A 4U5KA 4FLQA 3KEHA 3FHAA 3VDHA 2J77A 1JFXA 1LQ0A 2AOSA 2Y8KA 2J74A 4QLLA 2TAAA 3MKKA 1V0MA 3UG5A 2E9LA 3PZGA 3T2OA 1JGIA 3WDJA 1QHOA 2J7DA 4X0VA 1V3KA 4UTFA 1J0IA 1ZBKA 2PWDA 3ARPA 3BAJA 5CZKA 3VIPA 1FH8A 4AW7A 2WPGA 3VX1A 1Q6FA 4Q7NA 1UR9A 1UR4A 4MPKA 1LL6A 4W84A 1E6ZA 1UWSA 4CGTA 1EOMA 4CU7A 1Y7VA 1C7SA 3U5YA 4AD4A 2X05A 5EBAA 2WVSA 3WEOA 2BVTA 3VO0A 4J27A 1DWGM 3WD4A 4RE3A 4ZFMA 3VMPA 2EO7A 3N13A 5E9AA 2CERA 4JFVA 3CGTA 2EPOA 4UFKA 1E55A 4M24A 5BXSA 1I1WA 4CN4A 4DUVA 3NJ3A 2CBIA 1MW3A 3F4VA 2XG9A 3GH7A 1HJQA 4TOQA 1V6UA 3B9AA 5ECUA 3ARUA 3WD3A 2WHMA 2VO5A 4GZJA 1BQCA 2QMKA 1OT1A 2O9PA 3PTQA 1OIFA 1GJWA 2EXOA 4MAVA 1CGWA 4QAWA 2BHYA 1E4NA 4ATDA 5CLTA 4FLRA 5DF0A 5BXPA 1TA3A 3CUIA 4DWSB 1H49A 3DHUA 3ZO9A 1CXLA 2CBUA 3PZMA 4D72A 1RP9A 2JIEA 4GZEA 1HKKA 2VR5A 4BZYA 1GQKA 1SR0A 3L4TA 1QW8A 3WH8A 3B8SA 1KQYA 4OJYA 1CGVA 1J12A 3PTMA 1TE1A 3A4XA 1S46A 2BY0A 3WSUA 3VIFA 3S6TA 3BAXA 5A8MA 2YA2A 5M5DA 1UR8A 4CD5A 3GTNA 2CYGA 3AMDA 1H1NA 1W2PA 1UWRA 2J75A 3AXXA 1EHAA 1XRVA 4RE2A 2O9TA 4W8LA 3CMGA 1BAGA 2VQTA 4IM4A 1B1YA 5I3DA 4P7NA 1UWQA 3W82A 4D1IA 3ZT5A 3VIMA 3WUBA 1CIUA 4PEEA 3ZSTA 4Z2KA 2D0HA 2DPEA 4CD7A 2UY4A 1VB9A 3BGAA 4AZGA 1C8QA 3WEZA 1TCMA 4ZENA 1JI2A 3CTTA 1KWGA 1KGXA 4P8VA 2J79A 2DSZA 4XZWA 1OWQA 2WSKA 2ZX5A 3APGA 4J28A 3AIRA 4MDPA 1H0GA 1WZAA 1E5NA 1PIGA 3F5LA 4PSRA 4PMXA 4N42A 4AZCB 3W4RA 1VF8A 2BVYA 3SURA 2A3HA 3WMSA 2DIEA 3ZR6A 1XD1A 1E4MM 3UG3A 4AZIA 2FGZA 1V6YA 2XGIA 5A94A 1H2JA 1EA9C 5I23A 4NI3A 4AIOA 3VM5A 3AOFA 2AMGA 2WKGA 2VCAA 5C70A 1ZBVA 2V3FA 1L8NA 4J3TA 3BXWA 3CUGA 1R8LA 3SCRA 3WQVA 3W27A 2W62A 1U2YA 4PTMA 1XH2A 1CXEA 1B3XA 4EANA 4MB3A 4V28A 1FOBA 3FXYA 2Y8VA 3GBEA 2YL6A 1ITXA 4AD0A 1UWUA 3II1A 1R7AA 1CLVA 2WVVB 3AXHA 3NSMA 4OOUA 3SUSA 1NM9A 3CUHA 2OYKA 1VJZA 1CNVA 3RM4A 4KGLA 1O6IA 1J0ZA 1JD9A 3ARXA 2OWWA 1JZ4A 5M17A 1KCKA 1UKPA 5A8QA 2XVLA 2VX7A 3WH6A 1PPIA 3QOKA 4PMOA 4QP0A 1GZJA 3SCOA 3IK2A 3HJEA 1C91A 3WEMA 2ZXQA 1HJUA 3WDIA 3AICA 2DSKA 3SCTA 3BSHA 3OLGA 1BTCA 1GQIA 2VOTA 4IPLA 1UZ1A 2J78A 4WSJA 3CHDA 3VIJA 1D2KA 5A6MA 1CZ1A 1O7AA 1J01A 3L4VA 1XC6A 3FAWA 4JIEA 3WQ6A 1XCWA 2ZUNA 4HA3A 3AIVA 5IFTA 3TTYA 4AZBA 3ZR5A 3CZKA 3OLIA 1E1EA 4J3UA 5HOSA 3VGEA 3L4UA 4M80A 2WBKA 3DHPA 1OINA 2J7GA 3OGRA 1FP8A 2V3GA 2XUCA 2PB1A 1X6LA 1QI0A 4JZ5A 3WFLA 3O6AA 4S3KA 3EDDA 2VRKA 2XPKA 3K4AA 3D3AA 1E6NA 3M7SA 3T0AA 2XIIA 1MQRA 4TX6A 3K1DA 1QW9A 4CD8A 2J7HA 3BH4A 5IXEA 4OBSA 2BFGA 2JF6A 2OYLA 3W37A 3MSGA 4W85A 1XSKA 2BY2A 1EHNA 1BPLB 2GFTA 1V02A 4UR9A 2E9MA 4H8UA 2BNJA 1FFQA 1B31A 5CJ5A 1CECA 3BMVA 1XCXA 4HPGA 4PMVA 1GHRA 4N0RA 5A6BA 1MFVA 4D6FA 3AI0A 1E40A 2WWDA 4HU0A 3DC0A 1E3ZA 5C71A 2ZX7A 5A8PA 3GXMA 4BQ2A 3AIBA 4PMRA 1A3HA 4FK9A 3AZSA 3MU7A 5AYBA 3CHCA 5GNYA 1BLIA 4ATWA 2BY3A 5I6SA 4ACYA 2J7BA 4E2OA 3UESA 3VD9A 3SEPA 3WNKA 1M7XA 4Q22A 2CXGA 3DECA 5E0CA 1EO5A 1QOXA 4W5ZA 3L4ZA 4M1RA 3WQ8A 3NDYA 5HPOA 3VMOA 2G8ZA 3WL1A 4CD4A 3FNDA 4P7QA 1W9XA 4J7RA 1HX0A 2RGMA 2GK1B 2CETA 4QDMA 1JZ8A 1UWTA 4ZE5A 4GI8A 2IUZA 1J9YA 1B3ZA 3N9KA 3EYPA 4CCEA 1W1TA 1CXHA 4YPJA 1B9ZA 1FHLA 5CGMA 3POCA 4HOXA 4HOZA 1ZS2A 5KEZA 4D6EA 1MQQA 1QNRA 1GVYA 1CDGA 5AC5A 7TAAA 1W9VA 2XWDA 1HP4A 4DUWA 2V5DA 3JUGA 4E8DA 1V03A 1NQ6A 3IJ9A 3BMWA 1V3JA 3VGDA 1QBBA 4HPHA 3CH9A 4TX8A 1E70M 3U7BA 5I77A 4B15A 3PZQA 4AZ5A 4M8UA 2J8FA 1YHTA 3B9DA 1LJYA 4PCTA 3VPLA 1AVAA 2NT0A 2W91A 2J7FA 2YLAA 1QVBA 4P7LA 1UD5A 3AXIA 2WK2A 1TFVA 2VMFA 2EPNA 4ATLA 4PMDA 3RIKA 3A3HA 4ZXOA 3M46A 5JBDA 3ZM8A 3VGFA 3MMUA 1UKOA 2XVNA 1V08A 1UWIA 3PZNA 1IV8A 5HDRA 1JF5A 3WIJA 1WO2A 3OB8A 3DYMA 4H8HA 2VZTA 2VR4A 2G3IA 3UCQA 4W93A 2E3ZA 1I1XA 2CBJA 3WD1A 2ZWZA 5F7UA 3A4WA 3OGSA 2BHZA 3MO4A 3GNOA 4AC1X 1WE5A 1HT6A 5I78A 5IFPA 1C8YA 4JL1A 2W67A 1JZ2A 1EDGA 3WF4A 3W38A 1G5AA 4LYQA 2FH8A 4CU8A 3PZ9A 1W9BM 3ZJ7A 1J18A 1GOWA 3AQUA 3A6OA 3AHYA 3L4YA 2VQUA 4F9JA 4D6CA 4GI6A 1G0CA 4AIEA 3VD3A 2DEPA 2VUYA 3WENA 2V3EA 3CUJA 3W28A 4UNIA 1WDPA 4U31A 4DM2A 4FF5A 3PN8A 5I5RA 1HVXA 2WMFA 1QNPA 1V02E 2UY2A 5GNZA 1Q4NX 1I75A 1BHGA 3VDCA 1V0LA 2V5CA 1V3LA 1KR0A 2YDQA 2WZEA 3AMLA 3M07A 2F8QA 1M03A 2XWEA 1DWJM 2VCBA 2WLYA 1RPKA 1IZKA 1GOMA 5KZ6A 1XGZA 2XSBA 1GONA 2WKLA 2D20A 4Y7EA 4QCFA 3FY1A 4UFJA 1C3FA 1UR0A 3BAYA 4AZ6A 1HKMA 4UFIA 1LG2A 4JKMA 1K6AA 1UZ4A 1CENA 3AZTA 1D3CA 1V6VA 3VIHA 2VX6A 3WUGA 1GUVA 5I0DA 5BRPA 1K9TA 3THDA 2J4GA 4BA0A 4ML4A 1UR1A 2HISA 4HP5A 1RP8A 3BCFA 3VX0A 4KGJA 3WH7A 4HMDA 5DFAA 2VC9A 1NWSA 1LG1A 2J7CA 4IUGA 1JL8A 5M3WA 3G6MA 3KL5A 4D71A 3PZVA 2GJXA 2ZUTA 3UERA 3WQ5A 2WC4A 3CZEA 1E0VA 4W88A 4PMZA 4KH2A 4KRTA 3T0BA 3MUZ1 1B90A 5DEZA 1GW1A 1VBUA 4ACZA 2WSPA 3SCVA 3WELA 1MW1A 3VIIA 1JDAA 1DWAM 4P8XA 3AMKA 4MNKA 1OGGA 2QV4A 1TA3B 1TG7A 2WBGA 2PBGA 1ISZA 4J3XA 3AFBA 2W63A 4HA1A 2W66A 3SUUA 4EE9A 3E1F1 1R87A 4PMNA 1CGTA 1E6RA 1V3HA 3AHVA 3L2MA 4EKJA 2FHFA 3W0KA 3J7HA 4K68A 4M81A 1HN1A 3VU2A 5BWFA 1VJSA 3VD5A 5DT7A 6A3HA 4GPNA 4PRWA 1PZ2A 4Z2GA 3GNRA 1W9PA 3N04A 3KL3A 1Q6EA 2UWFA 1K9DA 3UR7A 2G3MA 3AS3A 3D5HA 1MXDA 5CPSA 3HU7A 1JZ3A 4B3LA 4PCSA 3AYSA 3W24A 4Z2JA 3BSGA 1E5JA 3WDPP 4WF7A 1CGXA 1LL4A 2WCSA 3CHFA 3DYPA 5A6BD 2G3JA 3W26A 1ZB5A 4RE4A 3PZUA 4ZXLA 2VZVA 3WY1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1UQZA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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