1UWU | Genus

Total Genus 199

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	199
sequence length	489
structure length	483
Chain Sequence	MYSFPNSFRFGWSQAGFQSEMGTPGSEDPNTDWYKWVHDPENMAAGLVSGDLPENGPGYWGNYKTFHDNAQKMGLKIARLNVEWSRIFPNPLPRPFDESKQDVTEVEINENELKRLDEYANKDALNHYREIFKDLKSRGLYFILNMYHWPLPLWLHDPIRVRRGDFTGPSGWLSTRTVYEFARFSAYIAWKFDDLVDEYSTMNEPNVVGGLGYVGVKSGFPPGYLSFELSRRAMYNIIQAHARAYDGIKSVSKKPVGIIYANSSFQPLTDKDMEAVEMAENDNRWWFFDAIIRGEITKIVRDDLKGRLDWIGVNYYTRTVVKRTEKGYVSLGGYGHGCERNSVSLAGLPTSDFGWEFFPEGLYDVLTKYWNRYHLYMYVTENGIADDADYQRPYYLVSHVYQVHRAINSGADVRGYLHWSLADNYEWASGFSMRFGLLKVDYNTKRLYWRPSALVYREIATNGAITDEIEHLNSVPPVKPLRH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Sulfolobus solfataricus
publication title	Structural studies of the beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus in complex with covalently and noncovalently bound inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-GALACTOSIDASE
total genus	199
structure length	483
sequence length	489
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date	2004-02-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1uwuA00

4R5EA 3RJYA 3AZRA 5KZ6A 1HKMA 3MMWA 4TVCA 1CWYA 2G3IA 3SCQA 3HN3A 4HP5A 4JHOA 1UUQA 4D6CA 4GINA 5A6AA 3PZQA 4PCTA 3WD0A 4P7NA 4W88A 3ARUA 3S6TA 1R86A 1R7AA 4NZCA 3B9AA 4CU7A 3WNPA 4ZXOA 1G5AA 1EO5A 1SR0A 4F66A 3WQVA 2J77A 2EPKX 2X0HA 4NF7A 1RH9A 3M6DA 1JDCA 2VZVA 1CGWA 2J7FA 1VIWA 1QI0A 4N42A 1UKPA 4GQRA 3VOCA 4PTXA 3AXXA 3OGVA 3MS8A 2JALA 1E4MM 1RP8A 3L4UA 2DH2A 2OWWA 1JAKA 1M04A 2W92A 1OT1A 1ZJBA 1E56A 3GDBA 3PZIA 3GTNA 1GNXA 4HU8A 4CN6A 5IHRA 1E55A 2DT1A 1PX3A 3HMCA 2WMGA 4H8HA 4UQBA 2BVTA 2XYLA 1UYQA 2FGZA 1E6SM 3PZVA 3BC9A 3UERA 1KGXA 1TA3A 1TCMA 2WMHA 2YA0A 3WDPP 3VMNA 5AC5A 3N13A 3S2CA 1KBKA 2J7GA 4LQ1A 1KFWA 3ALGA 2XSBA 2WKLA 4P7OA 2ZE0A 2WM0A 1WO2A 2YLAA 1GOQA 3CGTA 3WIJA 3BAKA 3BGAA 2ZX6A 1ZBCA 4PUDA 3GM8A 2VZUA 3KE0A 3MUZ1 1I1XA 1S46A 2QHAA 3FHAA 4YN5A 1V6VA 1V3IA 5A94A 1BG4A 3LPFA 1C8YA 1B90A 1MW3A 3ARVA 2YA1A 1G94A 4D1JA 3CHDA 4HZ6A 4HPHA 3CBWA 5CQ1A 5LA2A 1JD7A 1B3VA 3WF4A 2CPUA 2WC7A 3WQ4A 4M82A 4TXEA 3E1F1 1UKOA 3FN9A 4U2YA 4PUEA 3T08A 3OG2A 2ZICA 4F79A 1MVYA 2D23A 3J7HA 4MDOA 1WZMA 2PC8A 1HJSA 1KCKA 3UG5A 4AZ7A 1QBBA 5AY7A 1CGTA 2BY1A 1MQRA 3ZMRA 4ACZB 1W3KA 2DQXA 2EBNA 4UQCA 3OLEA 4GPNA 5CPSA 4OBRA 3AS0A 1FP9A 3BAXA 4PMRA 2JE8A 2TAAA 5A6KA 5D4YA 1QHZA 2W67A 1BSIA 4UQ9A 3A4WA 4CD5A 4FLOA 2OYMA 4HMDA 3QHNA 2WVVA 1W9DM 4IUGA 1UD4A 5HXMA 3WMSA 1FHLA 3ZJ8A 1H5VA 1UD6A 4AZIA 4P7LA 1VB9A 2VCCA 2BS9A 1H41A 2BY3A 5JBFA 1ISXA 1MWOA 3ZIZA 4CVUA 1DEDA 2BHUA 4TOQA 2BXZA 5ABEA 2DT3A 3ZSSA 1F4AA 1G9HA 2G41A 3WD3A 1V08A 4IPLA 4PMUA 4OIFA 2J7HA 4Z2IA 2J79A 4RE4A 3WUBA 3GYCA 5CLTA 3DYOA 1KWKA 1UR1A 4GQQA 1HX0A 3L2MA 1VEMA 3EBVA 3AHVA 1BLIA 1W3JA 2WCSA 3QGVA 2D3LA 3MMDA 2NW0A 2WXDM 3VMPA 4MB4A 1DTUA 5HPOA 1DP0A 1BGGA 2Y4SA 3WH7A 1FH9A 2GUYA 1KXQA 2WLZA 3THDA 2VRKA 5IDIA 1LWHA 3AOFA 3SCWA 3GXMA 3G6LA 2V3GA 2WVSA 5A8QA 2ZUWA 1E6XM 4DWSD 4LYQA 4PMQA 1BHGA 2EPOA 2E4TA 4GXPA 1ZS2A 1UR8A 4QAWA 2QMKA 4PEEA 4XV0A 4W8BA 1XD1A 4M29A 5E70A 5E09A 3T0DA 3WBAA 1G0CA 3SCSA 2HVMA 4L4OA 1B3ZA 4Z2GA 1CLXA 2UY3A 4X0VA 1FA2A 1KR0A 4YPJA 1WNOA 4J27A 1KQYA 2PWEA 1L0PA 1WZAA 3K8LA 3OLIA 2QV4A 4AMCA 1NH6A 4AZCA 1BGAA 5DT7A 4Z2KA 3ZQ9A 4DM2A 1QHPA 2F8QA 1XCXA 3NUKA 1E4LA 4UOQA 1QBAA 1BF2A 2YL6A 3AI0A 4GO8A 4HOWA 4AZBA 2BNJA 2B31A 4PN2A 5M17A 3BMWA 1VJZA 3WY1A 2WHKA 4ML4A 3AMDA 7A3HA 1TA3B 2C0HA 2Y8VA 3W82A 2GK1B 4LYPA 1UD2A 1EH9A 4HU0A 1KWGA 1BYCA 1QVBA 5I79A 3AMCA 3EDJA 4J3VA 2X09A 8CGTA 2PWDA 2CITA 4ZE4A 3BMVA 4CD7A 3A6OA 1UWQA 1E9LA 1E4IA 4J3XA 2WW5A 3SUVA 1BYDA 3VMOA 5JIWA 5I77A 2ESCA 3N11A 3W27A 1K9TA 1GQJA 3RM8A 4TVDA 3LPPA 1LL7A 1HVXA 2QPUA 1EHAA 3CUHA 3MMUA 1CXFA 4F9DA 4W86A 7CGTA 2VUYA 1P6WA 3MUY1 2J4GA 4Z2JA 5E0FA 1E0WA 5LYRA 4FLQA 4CCCA 4MAZA 2FHCA 2ZIDA 3IJ8A 1HNYA 3WH8A 3EMZA 3W25A 4LX4A 2BFGA 4PYSA 1H11A 3WEOA 1EA9C 1V02E 3AROA 3PZUA 2VR4A 2WB5A 2E9BA 1W9VA 2ZUUA 2PB1A 5A6BA 3GNPA 4JKLA 4IM4A 3MV11 5BCAA 1GQLA 1V3HA 2BVYA 2CCRA 2WBGA 1AMYA 1CXKA 1JDDA 1R85A 4AISA 1A47A 1JL8A 5D9MA 4EANA 1PIFA 4HTYA 5E0CA 1V03A 1UR2A 4OOUA 1WE5A 2F2HA 1AQHA 1UH3A 4H41A 7TAAA 2VX5A 5M3WA 3ZT6A 2WLYA 3ARZA 4AIUA 1ISZA 2XHYA 1LJYA 2DDXA 2FHFA 3D5HA 1CZ1A 3NDYA 2VZSA 1VFMA 1E43A 4D6FA 5FOOA 1E72M 3SCVA 1KXHA 3AIRA 1W2VA 4PMYA 5DEZA 2ZXBA 2UY5A 1UWIA 1V3MA 4QP0A 2J7EA 4CCDA 2DIEA 4JFUA 3AXHA 1HKKA 4RE2A 3GNRA 2WWDA 1UZ1A 1WPCA 3B9EA 1CXLA 2O9PA 2WMJA 2W62A 1UH4A 3AHXA 1DWAM 3WMBA 1IT0A 3T0AA 1E5NA 4MNLA 4UZSA 3WFZA 4F8XA 5BXRA 1CXHA 3GH4A 2V3EA 4GZEA 4FLSA 4DWSC 4P8XA 2XSAA 4AC1X 1M53A 2VI0A 3HJEA 3T2QA 4ZEPA 1EOKA 1W91A 2JF7A 3VGFA 1HJUA 4FLRA 2XVGA 2X0YA 1B3XA 4UQDA 4OZOA 4UCFA 2D0HA 3EDDA 3GXFA 4J7RA 3UETA 1JZ4A 1TZ7A 1MFVA 4CD8A 3CH9A 4PSRA 5GNYA 5EFFA 2NSXA 2PWHA 1E3XA 4D6DA 3O9NA 1JYNA 1JAEA 3AHZA 1EO7A 1UOKA 2A3EA 1HP4A 4V28A 5CZKA 1TFVA 3VD5A 1CYGA 4UFIA 5IFPA 1V3JA 1I1WA 1US3A 3PTKA 3POHA 5BWFA 1K9DA 3QOMA 2EPNA 5LA0A 3CMJA 1OM0A 3UG4A 3PZNA 1VAHA 1HXJA 1ISWA 1M01A 1XC6A 2PBOA 4UNIA 3WQ8A 3WUFA 5HOSA 4LGXA 1HIZA 4BS0A 2CKSA 3NSMA 4U31A 4MJ2A 5CGMA 5I23A 3BAWA 4CKQA 5A69A 1V6XA 4S3JA 1J0HA 1E6RA 4AZ6A 2BY0A 3NSXA 4EK7A 2ZXAA 1UD3A 1GOKA 2IXVA 4AEFA 3A3HA 2EPMX 1OINA 2G8ZA 4B9ZA 1D3CA 2O9RA 4URIA 3W6LA 3ZM8A 4MAVA 3RO8A 3W37A 1E73M 1QNRA 2DT0A 4MNJA 5CGTA 3CHFA 2WC3A 1OD8A 4D6EA 1M03A 3WMCA 3RDKA 3IAPA 1FFRA 3VVGA 4ZXLA 1RP9A 2DIJA 4JAWA 2IUZA 5A2AA 1JZ7A 4D71A 1JZ6A 2WCAA 2E3ZA 2Z1KA 5HPCA 4AZHA 3VNZA 1G1YA 4WKAA 3DHPA 1J0KA 1R87A 3TTSA 3EDFA 1LL6A 5ABHA 4Q7NA 4LPCA 2GJRA 4CGTA 4J28A 1UG6A 3B8SA 3ZJKA 2VCBA 3WQWA 3ARRA 1XSJA 2VVNA 2YOCA 1GQIA 3CIVA 1SYTA 3WH9A 1CGUA 4W93A 3SCTA 5LA1A 1W32A 1E70M 3WUGA 2J25A 2XFRA 1UKSA 3IK2A 3M07A 1RPKA 3WF2A 2VCAA 1GQKA 2WVUA 4QLJA 5BROA 2GJXA 1R8LA 2OSWA 1UA7A 1KCLA 3I3BA 4RL3A 1KR1A 4YHEA 2J74A 4GZIA 3VIJA 4KMQA 4X0NA 2EQDA 2WNWA 1U2YA 2XGIA 1IZKA 3AZSA 1TG7A 3PZMA 4EE9A 3N18A 1VFFA 3OGSA 1UWRA 1UWTA 5I0DA 1JZ5A 5FD0A 5FL1A 4CU6A 1GOMA 1HJXA 1PZ3A 1JXKA 1NM9A 2O9TA 1VEOA 1E5JA 4EAMA 1DWHM 5I3DA 1K9EA 3THCA 2DSUA 1KGUA 1EDQA 4TTUA 3A4AA 1JZ2A 3VILA 3SURA 1Q4NX 2VTFA 2ZX8A 4ZENA 1HF6A 2JEPA 2VRQA 3VGBA 1BYAA 1WZLA 3T2OA 1J9YA 1EXPA 1XV8A 2BXYA 3AFBA 2XIIA 1MW0A 5CPTA 5FKYA 3EMCA 2CIPA 3AMLA 3W29A 5A8OA 2WMIA 1TE1A 4JCLA 3BAIA 5C8BB 4A3HA 3W81A 4PTWA 2CKRA 3WL0A 4JHZA 1TR1A 2Y8KA 5IFTA 1NWSA 3N1AA 4BQ5A 2EPLX 2WKGA 3AYSA 2ZOXA 3L4XA 3ARSA 3CZKA 1W2PA 3RILA 4MB3A 3AHYA 1EOMA 3JUGA 2YA2A 2VZTA 3ARXA 4WSKA 2XFYA 2W91A 1VFOA 1H3GA 3CZGA 3AHTA 2WVTA 4MNMA 1QNSA 2VNCA 3MSGA 4JIEA 1UQYA 5IXEA 4PSPA 1TVNA 1L8NA 1XSKA 2BHYA 4M24A 1XHGA 3WSUA 2FGLA 2OLHA 3VDBA 2ZUTA 1UHVA 3GH7A 1VENA 5C70A 1C7TA 5CSYA 2D20A 1E6QM 3SIMA 2ZXDA 3WENA 4AD4A 5D8WA 2VC9A 2W5FA 1EQPA 6A3HA 1C8QA 1UA3A 5A1AA 1JF6A 4DWSA 3PTMA 3MU7A 2CXGA 2ZX9A 1PX8A 1QW8A 2ZWZA 4W7VA 3KL3A 4XUYA 3WDJA 3WNLA 3POCA 3WD4A 4HA3A 1CXIA 3F5KA 1K6AA 4WIWA 5EFDA 3WNKA 2CHNA 4QFUA 4W87A 1PJ9A 1U30A 1Q6CA 3VGEA 4E8CA 2VX4A 4PBGA 1HL9A 1GCYA 1MW2A 1Y7VA 4JFSA 3GZAA 2YBUA 1HKIA 2YDQA 2QF8A 4KWUA 1ODZA 2VQUA 4AIOA 1ITXA 2UWFA 1KQZA 3W6MA 2RGLA 5CPQA 3LPGA 5D9OA 4CUCA 2J8GA 1DWIM 1QI2A 1JYXA 3OZPA 1W1VA 2XM1A 4UZUA 1W1YA 1NOFA 3T2PA 1ZL1A 1BAGA 2EJ1A 3L4VA 1HVQA 2D1ZA 3MO4A 1OWQA 5CG0A 4WKHA 1MQPA 3WDQA 3PTQA 1PPIA 2GFTA 2VR5A 2A3AA 2D0FA 1E1FA 3I3DA 5CLWA 6CGTA 1DWGM 4CD6A 4PMZA 3TONA 4OBSA 5A8NA 3FW6A 3SUSA 4C7GA 5HBFA 5JBEA 1ODUA 1J0ZA 1ECEA 5ECUA 2CEQA 2OSXA 1JZ3A 1W3LA 4P8UA 1J12A 5A6LA 3N12A 1WB0A 2V5DA 1QHOA 1R7OA 2WBKA 1NARA 4D6JA 4E8DA 2WCGA 2Q8XA 3UESA 3VM7A 4WJXA 5EBAA 1V6WA 3TTQA 3UCQA 2CESA 2XUCA 2XVKA 5IHSA 4MNKA 1W1PA 3DECA 2VQTA 2XVNA 2VOTA 3SUWA 3CHCA 1EHNA 3AS3A 2WWCA 4JCMA 1N82A 4Z2HA 3RJXA 4D6HA 2XJ7A 3QR3A 1BVZA 5DF0A 2XG9A 5DO8A 4D6GA 2EEXA 2GSJA 3WUEA 3AS2A 5AYIA 1NQ6A 1OIMA 2VO5A 4DM1A 3OB8A 2WSPA 3W4RA 3VIOA 3CZLA 5I78A 1QW9A 4AD2A 4OJYA 2VX7A 1XGZA 2VL4A 2YL5A 3DHUA 1M7XA 4GO9A 4HZ8A 4W5ZA 3PZ9A 1F4HA 5GQBA 3VIIA 2XM2A 3U5UA 3ARQA 1H0IA 3PN8A 3EDEA 2DPEA 5TD4A 5E6ZA 2O9OA 4BZYA 2DSKA 3AIWA 1X1NA 4IPNB 1H09A 4U33A 2G4FA 3VKKA 1XCWA 1UZ4A 3VDAA 2DSWA 3MV01 2WHLA 3D3AA 4D72A 2J7CA 2UY2A 5BXTA 5KEZA 1Q6GA 2WZHA 3W53A 4U3AA 5DMYA 1TMQA 2WZIA 2WANA 2EO7A 3MKKA 1FH8A 4W7WA 1PAMA 4QCFA 1B30A 1GOIA 2CETA 3WDHA 1UQZA 3FNDA 4A4AA 4MDPA 2BY2A 3ARPA 3N17A 5A6JA 2Y2WA 1HKJA 1GORA 4M80A 3VUPA 2WVVB 4TX8A 4HMEA 3HU7A 3ECQA 2VZOA 3DYPA 4P8WA 2OYKA 3VGHA 4UTFA 4BQ4A 4AXNA 1QOXA 4DWSB 2CBIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2WC4 A;  5C71 A;  5GNZ A;  1AQ0 A;  1E15 A;  3BCD A;  3ZT7 A;  1UD5 A;  2A3C A;  2VRJ A;  2WK2 A;  4C7F A;  1CGY A;  5I5R A;  4UFK A;  3U7B A;  3NYD A;  3WNM A;  4DUX A;  3BXW A;  4M1R A;  2YIH A;  1NWU A;  4BQ3 A;  4P7Q A;  4ATW A;  3VDC A;  4PMO A;  3AIB A;  3UR8 A;  1E0V A;  2OWC A;  1CLV A;  1H2J A;  1Z32 X;  2G3J A;  1D2K A;  1QI3 A;  4AZ5 A;  4M56 A;  3IJ9 A;  1YQ2 A;  5CJ5 A;  1BVN P;  3PHA A;  1JNE A;  2EXO A;  3CUJ A;  4OUE A;  1WDS A;  3WNO A;  2O92 A;  4P8V A;  4TVU A;  1ESW A;  3MSD A;  2D0G A;  4H04 A;  1PEZ A;  4ATD A;  2CBU A;  1WDQ A;  2DSZ A;  2RGM A;  4V27 A;  2AOS A;  3W24 A;  2X1I A;  5AC4 A;  1U33 A;  4MAD A;  2UY4 A;  1SMD A;  1J01 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LPF A;  1RCO B;  3H70 A;  4C65 A;  1B90 A;  4B5N A;  3N25 A;  3GG8 A;  3TSB A;  2AQV A;  3TLL A;  2WC7 A;  3T08 A;  3DX5 A;  4E0C A;  2FTP A;  1O4U A;  2D23 A;  1RUS A;  3KBJ A;  3GO2 A;  3UG5 A;  4JTE A;  4NUW A;  4HNC A;  2PFH A;  3T6C A;  1MQR A;  4CNS A;  2VDH A;  4GJJ A;  3ZMR A;  4ACZ B;  1RZM A;  1W3K A;  2DQX A;  1EB3 A;  1PWM A;  4UQC A;  4JQ3 A;  1YPI A;  1BEU A;  4UIO A;  1QHZ A;  2W67 A;  1BSI A;  2YB4 A;  1BF6 A;  4IP7 A;  3M7W A;  4CD5 A;  2OYM A;  3TYA A;  4LBS A;  1QWG A;  1RR2 A;  4IQJ A;  3S42 A;  2WVV A;  2SFP A;  4HHH A;  1W9D M;  4IUG A;  3W01 A;  4ZQN A;  2V2D A;  1VB9 A;  7PTD A;  2BS9 A;  1H41 A;  1PHW A;  3PNU A;  4ZB0 A;  3ZIZ A;  1T5A A;  3R89 A;  3STP A;  1F4A A;  2I17 A;  1G9H A;  1M7P A;  4IUO A;  4RPP A;  1V08 A;  1KCZ A;  4Q8U A;  2V2C A;  4OIF A;  2J7H A;  4PZV A;  3GTI A;  1TV4 A;  3DYO A;  1UR1 A;  4GQQ A;  3S1X A;  3ATY A;  2DOR A;  2C13 A;  2BOE X;  2W79 A;  2ATS A;  3MMD A;  3QGV A;  2NW0 A;  1P6C A;  3VMP A;  4MB4 A;  2OCZ A;  4F3H A;  2Y4S A;  2Y7F A; 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