1V02A

Crystal structure of the sorghum bicolor dhurrinase 1
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
484
structure length
484
Chain Sequence
RLSPWEIPRRDWFPPSFLFGAATSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHNFPEWIVDRSNGDVAADSYHMYAEDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTLAGGINEKRVEYYNKLIDLLLENGIEPYITIFHWDTPQALVDAYGGFLDERIIKDYTDFAKVCFEKFGKTVKNWLTFNEPETFCSVSYGTGVLAPGRCSPGVSCAVPTGNSLSEPYIVAHNLLRAHAETVDIYNKYHKGADGRIGLALNVFGRVPYTNTFLDQQAQERSMDKCLGWFLEPVVRGDYPFSMRVSARDRVPYFKEKEQEKLVGSYDMIGINYYTSTFSKHIDLSPNNSPVLNTDDAYASQETKGPDGNAIGPPTGNAWINMYPKGLHDILMTMKNKYGNPPMYITENGMGDIDKGDLPKPVALEDHTRLDYIQRHLSVLKQSIDLGADVRGYFAWSLLDNFEWSSGYTERFGIVYVDRENGCERTMKRSARWLQEFNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
molecule keywords DHURRINASE
molecule tags Hydrolase
source organism Sorghum bicolor
total genus 193
structure length 484
sequence length 484
chains with identical sequence B, C, D, F
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2004-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v02A00
3ZSTA 1WCGA 2BY3A 1NARA 1UHVA 3VUPA 1G5AA 5GNZA 2WWDA 4TVCA 1J0JA 3SCPA 4B9YA 1V6YA 4J3VA 1HJXA 4AD1A 1Q6FA 1L8NA 4LYRA 3EBVA 1B30A 1JD7A 3PZOA 3W28A 2BVYA 2W91A 4ZE5A 4HZ7A 1KBKA 3AIEA 4J27A 1NWSA 2QV4A 3L4VA 5BXTA 3CZ8A 2G3MA 2WHMA 2UY3A 4W5UA 4WSJA 1QNQA 1OGBA 3BMWA 3VVGA 3MUZ1 2YBUA 3UG3A 3W24A 1CPUA 3WBAA 1PZ3A 3WBEA 2XSBA 4YHEA 4B16A 4MJ4A 4MB3A 3ARWA 3ARXA 1CXHA 2VRJA 3VMPA 1UH3A 3WELA 2YIHA 1OIMA 3ZJKA 4PTXA 4HMCA 2ZXAA 1ISXA 3WQ6A 4AC1X 2J4GA 2ZUUA 2C8NA 4YHGA 4PMNA 5I3DA 1W1TA 2VOTA 2WBKA 4UFKA 3VGFA 1LF1A 4ZXOA 1HX0A 1ODUA 3AICA 4H8UA 3TTYA 3UG4A 1CGYA 1J01A 1RP8A 3AMGA 1LL6A 1HKMA 1J0KA 2AMGA 5EMYA 2GUYA 4GI6A 4H2CA 1VFOA 4BQ2A 5CG0A 3QHNA 3MSDA 1EDQA 4U2ZA 1QBBA 1I1XA 1E9LA 4Z2JA 4CD5A 1CYGA 2DIJA 3VNZA 5BWFA 2HISA 2WMKA 1GW1A 3CMGA 2XTKA 4GIAA 4B3KA 4C7GA 2YL6A 1XH2A 1KR1A 1TMQA 1G0CA 3CUHA 1BLIA 3AYRA 1B1YA 1J9YA 4LQ1A 4PMQA 3ZR6A 4ZE4A 2BHUA 3N11A 4JFSA 4PTWA 2VR5A 3VILA 2AAAA 2WMJA 4B9ZA 1E6ZA 1FHDA 3TONA 1JXJA 2YDSA 2FH8A 1V6UA 4P7RA 1QVBA 2GVYA 1WO2A 3AS2A 2YL5A 4JFTA 4W93A 4AD3A 3OB8A 3CMJA 4TOQA 3OLDA 4OOUA 4GO8A 1XV8A 2CKSA 1ZB5A 1BYCA 1GQKA 3CHDA 1U30A 2UY5A 3EDDA 2VQUA 3BAJA 1KQZA 3GDBA 2CBVA 2A3AA 4CD6A 2XIBA 4BA0A 2YLLA 1E72M 1XD1A 3FW6A 3W26A 1UQYA 2JALA 3VO0A 3ZJ6A 1UWSA 8CGTA 3W37A 3THCA 4AIEA 1KXQA 4WKFA 4U5IA 2PWFA 4J3UA 4P8WA 2VI0A 4W7UA 1XH0A 1Y7VA 3M6DA 4PUDA 4CVUA 3D3AA 4RE3A 3MU7A 1MW3A 1JZ7A 4PEEA 1KFWA 1VBUA 1ZBKA 3NDYA 1MW1A 4Z2GA 3GYCA 2XFYA 4JCMA 2ZX8A 3AHVA 3LPGA 3VDHA 5GPRA 3VIIA 2D1ZA 4HMDA 4PTMA 4PMXA 4BF7A 5HXMA 4MB4A 2WB5A 1LG2A 2VRQA 1ESWA 3VX1A 1KWGA 1MQRA 4WK9A 1V08A 2W66A 2WPGA 3M46A 5I6SA 5ABGA 1EIBA 3APGA 1J0YA 4DWSC 2D2OA 3SIMA 2YA2A 1V02A 2WC3A 2BFGA 3CUFA 1CEOA 3RJYA 1QI3A 5A2CA 6A3HA 4DUWA 4IUGA 2YL9A 1ISWA 2UWFA 4MAZA 4ACZA 1UR2A 1CIUA 2PWDA 1MQQA 4AZBA 3T2PA 2O9RA 3BXWA 3WEMA 1BYBA 1NQ6A 5A6AA 2XYLA 4MNLA 3WUFA 1OB0A 4U3AA 2Z1KA 2VX6A 4AD5A 1LWJA 1OT2A 2G3NA 1M53A 3PZNA 1W3JA 4AZCB 2W62A 4KGJA 3W25A 4CU7A 1WDRA 3MMWA 4WJXA 1SMDA 4D6FA 3AXIA 2VZOA 1G1YA 1V0NA 3N15A 3W6MA 1B3YA 2XVNA 3ZT5A 3FNDA 3POCA 4DM1A 4FLOA 2VX5A 5I24A 2DEPA 3RPMA 3CUGA 5IFPA 3AMDA 5FIPA 3WUBA 3LPOA 5AYIA 4GI9A 5A6BA 5FD0A 3WNPA 5A6BD 1Q6DA 7CGTA 1E4IA 4GZJA 3OZOA 3CHFA 1JFHA 4HOWA 4PSPA 1JNDA 1BYDA 3CZLA 1L0PA 2UY2A 1R7AA 1D3CA 2QHAA 1US2A 2WSPA 4UTFA 3RM4A 3BAIA 2GSJA 4TX8A 2Q8XA 2DSUA 3VINA 2XJ7A 2DSVA 2FHFA 2JF6A 2J79A 3GXFA 5C70A 1FFRA 4MPKA 4CKQA 2DH3A 2XWDA 4QCFA 2J7CA 1JF6A 4TTUA 4PMVA 4F66A 4UCFA 1GCYA 2J25A 1K9FA 3HMCA 2CCRA 3AHZA 1Q6EA 1OT1A 3OG2A 1J11A 3L4ZA 1G94A 4P7QA 1GUVA 1TZ7A 2XWEA 5F7UA 2X1IA 4H8VA 3WD4A 2D24A 3CBWA 3S6TA 4P7LA 2GJPA 1I75A 1M03A 3U57A 1WZLA 1ITCA 5AY7A 5CLWA 1LJYA 1VAHA 2DT2A 2W67A 4J28A 4M29A 3W29A 3WQ8A 2VURA 5JBEA 1UD8A 3LPFA 1E43A 3WFLA 4J3WA 3VDAA 3T09A 3ZT6A 1PBGA 1CLVA 3NSXA 4B15A 3FHAA 3VIPA 3GZAA 4JIEA 5I23A 5CQ1A 3OGRA 4HA3A 3A4AA 1JDDA 1HP5A 1CECA 2J8GA 2ZE0A 4AEEA 4PMRA 3M07A 3WF3A 4KMQA 3GXMA 2QPUA 3BAYA 4MJ2A 1R86A 3AOFA 4PBGA 1YQ2A 3UESA 1GQLA 1E6NA 2XHYA 4L4PA 1D7FA 2J7BA 1H49A 5A3HA 4JAWA 1WDQA 2D0HA 3CZGA 3VIOA 4ATDA 5A6SA 1IT0A 3WNKA 3SUWA 2XGIA 3ZOAA 5D9PA 3UCQA 3VD5A 1NOUA 2O9TA 3ARRA 5E6YA 4XV0A 1HL8A 5ABEA 2XM2A 4U5KA 2DPEA 5AC4A 1PAMA 1B3ZA 3QGVA 3O2LA 5DEZA 1JYXA 1HJWA 3TTQA 5CSUA 2WC4A 1AQHA 1JD9A 3MUIA 4AYSA 1ECEA 5I78A 1KR0A 2W63A 3N12A 4AZ6A 2WMIA 4UFLA 4MNJA 2OYLA 4AISA 3AJ7A 2OSXA 3VTRA 1V03A 3ZQ9A 1BGGA 4Z2HA 4MNMA 2WVVB 3WEZA 4CCEA 4OKDA 4M56A 4M81A 4P7NA 3ARPA 4UFHA 2JFEX 1M7XA 4HA4A 3QHOA 2D0FA 3SCNA 5GNXA 3WD3A 1V6XA 5E6ZA 5ABHA 5CPTA 2VVSA 4W7WA 2XVPA 1Q4NX 3WL1A 1B3VA 2EQDA 5DO8A 4RE4A 5BCAA 3K8MA 3ARUA 1W3LA 1GPFA 4MDOA 4CVWA 3ARYA 1KGXA 1WDPA 1R87A 2B31A 5GQBA 4AIOA 3SCRA 1OGGA 3BAXA 5FL0A 1EXPA 1RP9A 3WDRA 3TOPA 3EMZA 1J12A 1FOBA 1BF2A 3B9AA 1ISZA 2VTFA 3W4RA 1E1FA 3L2LA 1JGIA 5CZKA 1VF8A 1JZ6A 2WVUA 3PHAA 4BQ3A 3DYMA 2WCSA 3MKKA 2RGLA 1AVAA 3U7VA 3K4DA 2ZUVA 5I0DA 1GQIA 2J7EA 3KL5A 2WXDM 5KZ6A 3ARZA 1XC6A 1EDGA 1BPLB 1B3XA 4HOZA 3OLEA 1H11A 2Y5EA 2CYGA 1BSIA 2ZOXA 3II1A 4RE2A 1BFNA 3TA9A 1UR1A 1QNOA 1JYNA 1VRXA 1H09A 2ZX6A 3RJXA 2GJRA 4EK7A 1GZJA 1NP0A 2XPKA 5BYWA 3EDKA 4M80A 3O9NA 3MMUA 1UKTA 2O9PA 2PI6A 1UUQA 3L4UA 1NWRA 4UR9A 1FH9A 5E9AA 5A95A 1CXKA 4B3LA 1EO5A 3VIJA 1UD4A 1QW8A 2X0HA 5DT5A 2TAAA 2ZUNA 2PBGA 4MAVA 1CGVA 2XVGA 3ALFA 4GXPA 1TA3A 3RCNA 3WENA 3U7BA 1QOXA 3NSMA 3CHCA 2V3DA 3WH5A 1W9VA 4X0VA 1JAKA 2X09A 4M24A 2PBOA 1LL4A 2F61A 3DHUA 1E3ZA 1W91A 1MVYA 3SCSA 1UOKA 2BHYA 1E4LA 3SUTA 5M3WA 3GBEA 1E3XA 1UWUA 3BSGA 3N18A 4FF5A 5FCZA 4U3CA 3EYPA 2WLYA 4D6IA 4W86A 1BG9A 1BVZA 3AHTA 1BYAA 3AIQA 3GNPA 1UKOA 5BXSA 4FLSA 2HVMA 4XZBA 1OD0A 3IAPA 4Z2KA 2V3EA 1MFUA 2WW5A 1VJZA 2EO7A 2CXGA 3OA5A 4D1JA 1V0LA 4GZEA 1H3GA 2YA1A 5D9NA 2BHZA 3WEOA 1TVPA 2G3JA 1GOWA 4D6EA 3LMYA 3WMBA 3ZT7A 3AQUA 1MQPA 1XCXA 4IPNB 4KRTA 1C93A 2E9BA 1US3A 1V3LA 3CZJA 1QHZA 2C7FA 3F5LA 4J3SA 3VD7A 4GO9A 4AMCA 2DSWA 4NZCA 1U2YA 3QHMA 4JKKA 1FH7A 4JCLA 3AMKA 2D3LA 3K46A 3WH9A 3SCQA 3GTNA 4HPGA 3WH7A 1KWKA 1KXHA 3SEPA 4M82A 4P8VA 2YLAA 1ISVA 2GJXA 2ZWYA 1ODZA 4LX4A 2J74A 1JZ4A 3TP4A 1CZ1A 3WD2A 5I77A 3ZO9A 3T0AA 2WHKA 3BCDA 4KGLA 3WF2A 5M03A 1BVNP 2OYKA 3J7HA 4V27A 3TTSA 1TE1A 2EXOA 2XVLA 3AS3A 3WH6A 1W2VA 1EGZA 1E0WA 4AWEA 4ZXLA 2MANA 1WE5A 2D22A 3VX0A 3WUEA 4E8CA 4PRWA 2CITA 2J7GA 2BVDA 2E9MA 4KRUA 3VPLA 5A8OA 2X0YA 2WWCA 1WP6A 2OSYA 1X6NA 2QPSA 3MV11 5CXPA 4EANA 3CPUA 1CGXA 3NIYA 4F8XA 2OSWA 1WDSA 5CSYA 4FLRA 4AZIA 4OZOA 2YKKA 3PZQA 3SCOA 1AQMA 1HJQA 3K8KA 4JHZA 3AROA 1J10A 4NI3A 4NSBA 4U33A 1HKJA 4ACZB 2J7HA 5E09A 2CHOA 4AW7A 4HPHA 1NWUA 1MW2A 4JFUA 1IV8A 3THDA 1ZBCA 3W0KA 4A4AA 3BLKA 1UG6A 2BY2A 4XB3A 3I3DA 2ZUMA 6CGTA 4NF7A 4N42A 4WKAA 3AMCA 4ZENA 3AHYA 4UQBA 5HPCA 5IHRA 3PZVA 2V3GA 5LA2A 2GFTA 4W7VA 4F9DA 2WLZA 3IK2A 1K9DA 1QI2A 5A6MA 4AZ7A 4PN2A 1EQPA 3NSNA 5LYRA 5A6LA 3DYOA 3A4WA 2NW0A 2VCCA 2GK1B 2WKGA 1RPKA 1OM0A 2Y8VA 4UQ9A 2QMJA 3GXDA 4Y7EA 3PZUA 1Z32X 3RILA 2A3EA 2DSKA 3W53A 2VT0A 2NT1A 3CUJA 1TR1A 1LWHA 1J0IA 1UD3A 1XH1A 1X1NA 1YHTA 3UG5A 2DIEA 4DUVA 1GOMA 1ZS2A 1LG1A 3VDCA 3WDIA 2WZEA 1BGAA 1V3HA 4V2XA 1QI0A 2VQTA 3MSGA 5DFAA 4IPLA 3IAQA 1EOKA 1HKKA 1UKQA 1HJSA 2XUCA 3W27A 1Q6GA 5HDRA 4LYPA 4GQRA 1HJUA 1E71M 2GK1A 1P6WA 4QLKA 4S3JA 3VNYA 3L4YA 5C8BB 5I5RA 3A4XA 1HVXA 1GORA 4H41A 1QNSA 2DT3A 5DF0A 1UR8A 1V0MA 2D20A 4ML4A 2WYSA 1C91A 5I79A 1K9TA 4YN5A 4D1IA 1JYWA 3UR8A 5EB8A 1PIGA 1GOQA 1PPIA 4OOZA 3WMCA 4UOJA 3WFZA 5A8QA 5DT7A 3W38A 3GNOA 4P7OA 5A2BA 3W6LA 1O7AA 3WQVA 3F5JA 3ARTA 4HP5A 3EMQA 3NDZA 2DQXA 2WCGA 4LGXA 2WVSA 4HA1A 3AIRA 3HN3A 4DWSD 2EEXA 3PTMA 1V3KA 1JZ8A 1W2PA 4OIFA 5M17A 2JIWA 4AZGA 1C7SA 1GHSA 4S3KA 2CETA 1W1YA 2VX4A 3WQWA 3DECA 5EFDA 5D8WA 4UFJA 1FP8A 1KGUA 2XGBA 4R27A 1HNYA 2X2YA 3NUKA 3A47A 1CXLA 2YJQA 3N13A 1V3MA 3KL3A 1PJ9A 3ZJ7A 1U33A 2QF8A 1VFFA 1HIZA 3WQ5A 3SCUA 5AC5A 4URIA 3MV01 3T08A 3IJ9A 1S46A 2WANA 1K6AA 5BRPA 2Y4SA 1I1WA 4WKHA 4E4PA 1R85A 2V5CA 4UZSA 1FH8A 1OIFA 4AD0A 2E40A 2CBJA 4ZEPA 1HVQA 1JG9A 1BQCA 4FK9A 2J8FA 4PTVA 4PCTA 4CU6A 3DHPA 3SCTA 2W4XA 1RH9A 3QOMA 1QNPA 1XGZA 3KL0A 4W87A 3WF1A 4PMYA 2WMIB 2WK2A 4D6DA 4CGTA 1QHPA 3GNRA 4LXFA 4OBSA 4UNIA 3RM9A 3WF0A 1ZBVA 4L4OA 3U5UA 3VOCA 1W9UA 4XX6A 1E6RA 2E4TA 1AMYA 4PSRA 5ABFB 2VCBA 1V02E 2CHNA 2VZVA 1GNXA 3OLIA 4W85A 1H41A 5FKYA 4QLLA 3T2QA 2WCAA 3PTKA 1E0XA 2JEPA 3RDKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZST A;  1WCG A;  2BY3 A;  1NAR A;  1UHV A;  3VUP A;  1G5A A;  5GNZ A;  2WWD A;  4TVC A;  1J0J A;  3SCP A;  4B9Y A;  1V6Y A;  4J3V A;  1HJX A;  4AD1 A;  1Q6F A;  1L8N A;  4LYR A;  3EBV A;  1B30 A;  1JD7 A;  3PZO A;  3W28 A;  2BVY A;  2W91 A;  4ZE5 A;  4HZ7 A;  1KBK A;  3AIE A;  4J27 A;  1NWS A;  2QV4 A;  3L4V A;  5BXT A;  3CZ8 A;  2G3M A;  2WHM A;  2UY3 A;  4W5U A;  4WSJ A;  1QNQ A;  1OGB A;  3BMW A;  3VVG A;  3MUZ 1;  2YBU A;  3UG3 A;  3W24 A;  1CPU A;  3WBA A;  1PZ3 A;  3WBE A;  2XSB A;  4YHE A;  4B16 A;  4MJ4 A;  4MB3 A;  3ARW A;  3ARX A;  1CXH A;  2VRJ A;  3VMP A;  1UH3 A;  3WEL A;  2YIH A;  1OIM A;  3ZJK A;  4PTX A;  4HMC A;  2ZXA A;  1ISX A;  3WQ6 A;  4AC1 X;  2J4G A;  2ZUU A;  2C8N A;  4YHG A;  4PMN A;  5I3D A;  1W1T A;  2VOT A;  2WBK A;  4UFK A;  3VGF A;  1LF1 A;  4ZXO A;  1HX0 A;  1ODU A;  3AIC A;  4H8U A;  3TTY A;  3UG4 A;  1CGY A;  1J01 A;  1RP8 A;  3AMG A;  1LL6 A;  1HKM A;  1J0K A;  2AMG A;  5EMY A;  2GUY A;  4GI6 A;  4H2C A;  1VFO A;  4BQ2 A;  5CG0 A;  3QHN A;  3MSD A;  1EDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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