1V02A

Crystal structure of the sorghum bicolor dhurrinase 1
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
484
structure length
484
Chain Sequence
RLSPWEIPRRDWFPPSFLFGAATSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHNFPEWIVDRSNGDVAADSYHMYAEDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTLAGGINEKRVEYYNKLIDLLLENGIEPYITIFHWDTPQALVDAYGGFLDERIIKDYTDFAKVCFEKFGKTVKNWLTFNEPETFCSVSYGTGVLAPGRCSPGVSCAVPTGNSLSEPYIVAHNLLRAHAETVDIYNKYHKGADGRIGLALNVFGRVPYTNTFLDQQAQERSMDKCLGWFLEPVVRGDYPFSMRVSARDRVPYFKEKEQEKLVGSYDMIGINYYTSTFSKHIDLSPNNSPVLNTDDAYASQETKGPDGNAIGPPTGNAWINMYPKGLHDILMTMKNKYGNPPMYITENGMGDIDKGDLPKPVALEDHTRLDYIQRHLSVLKQSIDLGADVRGYFAWSLLDNFEWSSGYTERFGIVYVDRENGCERTMKRSARWLQEFNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
molecule keywords DHURRINASE
molecule tags Hydrolase
source organism Sorghum bicolor
total genus 193
structure length 484
sequence length 484
chains with identical sequence B, C, D, F
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2004-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v02A00
2VCBA 4W88A 1GUVA 1CPUA 2GVYA 6CGTA 1LF1A 5M17A 3SCNA 1GZJA 1QVBA 3ARSA 4PMXA 3DHPA 3ALGA 2VRQA 4D6DA 1O6IA 4WKFA 2EEXA 2VMFA 4MADA 4HA1A 2W66A 3CUIA 5EFFA 1BGGA 1XCXA 3PN8A 2GJRA 2XGIA 3AS3A 1JL8A 3TONA 2HISA 4M56A 2UY4A 1UOKA 2GDUA 2DQXA 1JZ4A 3RO8A 3VUPA 4RE4A 3WENA 4C7GA 1W9XA 2CNCA 1BLIA 2WMGA 4CN4A 5CLWA 2J79A 4FLOA 3U7BA 5FD0A 1KR0A 1BPLB 1CLXA 1B3ZA 1UQZA 1UWRA 2CBVA 4AZ6A 3K8MA 5JBDA 1H41A 4CD4A 3A3HA 3EMCA 4IUGA 3N15A 1ISXA 2WMIB 1CGYA 2PI6A 5A8PA 1KGUA 1HXJA 1JF5A 5TD4A 4RE3A 2YOCA 1BYAA 5M3WA 1W1VA 1AQHA 5A8QA 4D6CA 3PTQA 3TTOA 2G4FA 2GFTA 3OA5A 1PAMA 1G5AA 1UQYA 4UQCA 1E3ZA 4W5ZA 3PZQA 2VZUA 1NOWA 1KB3A 3RPMA 4W84A 3FN9A 1E40A 4AISA 1NWSA 1CIUA 1X6LA 2FDMA 3WN6A 1Q6CA 1TR1A 5I2UA 2WMIA 4AZGA 1OIFA 3KL0A 4BQ4A 3CLWA 3ARQA 1E3XA 1WZAA 3G6LA 2Q8XA 3AIUA 4MDOA 4FMVA 1UG6A 1UD2A 2WMHA 4U5KA 1W91A 3WQ6A 1GVIA 2Y8VA 1VFMA 3ARTA 1UWIA 1FFQA 2XFFA 3SCWA 3WKZA 1G94A 3K4AA 4X0NA 5I77A 3ARRA 2IXUA 4GKLA 1QNSA 2QMJA 3L4YA 4ATLA 1P6WA 4HPHA 5BRPA 3GDBA 1ZJBA 4X0VA 4WSKA 1HP5A 1XYFA 4WLCA 3WSUA 4HOXA 4CGTA 3WQWA 3MU7A 3WNMA 2YL8A 4BQ5A 1B30A 1NH6A 1PZ3A 2HVMA 1ODZA 3MUIA 1GOKA 1GQKA 3II1A 3AIRA 5JBEA 4J3UA 2VI0A 1JDAA 3NYDA 4GI6A 3BAXA 1W2VA 1J12A 2VL4A 1US2A 3MUZ1 1UKOA 3W24A 3ZOAA 5D9MA 3B9EA 1BGAA 4GI8A 2CEQA 4UR9A 3TOPA 2VCAA 1MFVA 3ZR5A 4N0RA 4QCFA 4HA4A 1DHKA 3FY1A 1W9PA 4JFUA 3AFBA 4DM2A 4DWSD 2WKLA 3ZT7A 3HU7A 3ZIZA 1J11A 3M07A 3ZSSA 3SCPA 4QLJA 2W92A 4AXNA 2EO7A 3U57A 1V0LA 3WEMA 4QCEA 5JIPA 3LPOA 1UYQA 4UZSA 5A8OA 4ATWA 4HU8A 1PEZA 3FXYA 3DYPA 5EB8A 4HOWA 1NARA 2UWFA 2G3NA 3MANA 4WJXA 5JBFA 4OOUA 2D2OA 1JZ7A 4V28A 5ECUA 1EXPA 3O9NA 1JYNA 1JZ2A 2OWXA 2OWWA 4MNLA 2DSZA 4GINA 4KH2A 4OBRA 5E0CA 2J78A 4U31A 5CPTA 1J10A 3W6MA 3CHEA 3BSGA 5E6ZA 1GJWA 3IJ8A 7TAAA 2VX4A 5IHSA 3AHTA 1RP9A 5CLTA 1ZBWA 4JCMA 1G1YA 1BAGA 1HP4A 1E73M 2MANA 4H7VA 4CVUA 1VFOA 5I3DA 1JZ3A 1GQJA 4MNMA 2DPEA 2X09A 3OLEA 1QOXA 1HF6A 3VD9A 2BY2A 3FHQA 1UH2A 3EYPA 3ARPA 1AVAA 2CYGA 2PWGA 3L4WA 3WMCA 3AMCA 1MXGA 1QNRA 2DSVA 4BZYA 4QAWA 4AIUA 1E6ZA 1QHOA 2WK2A 2WLZA 4WKAA 2YA1A 2PWHA 3VGHA 1E6SM 3N04A 3QHMA 4AMCA 1FH8A 1UWSA 1V03A 3PHAA 1LQ0A 2A3BA 4B9YA 5I0DA 4HMCA 1LG1A 1V6WA 3WUFA 1H5VA 1KXHA 1TA3B 4B3LA 1XD1A 1W3LA 5M5DA 3FAWA 1FOBA 2XPKA 1JF6A 2W4XA 1FP8A 4PCSA 1UH4A 1UR1A 3CHDA 2BFGA 4TVCA 4MB3A 1XCWA 4U2YA 5A8NA 3M6DA 2VT0A 2WZIA 7A3HA 5CZKA 1TA3A 3CZGA 3APGA 1E71M 2CERA 2Y2WA 1H4PA 1GOWA 5HBFA 4WIWA 3O2LA 1WZKA 2GDVA 4JFSA 1DWGM 4XV0A 2D0GA 3WH9A 1HJUA 1Z32X 1HL8A 2WCGA 1H2JA 5KEZA 3O6AA 4KRUA 2EJ1A 2WKGA 4GQRA 4ML4A 3VDAA 3VIIA 1JYWA 1HKIA 3BAIA 3VD4A 4NF7A 3EMZA 1XRVA 5A2AA 2ZUTA 1V6VA 4DM1A 3WY1A 3DECA 3KWXA 4M80A 1V02E 5ABHA 1C93A 4LPCA 3SCVA 3GXMA 1DEDA 1PZ2A 1GOMA 1JD9A 1W2PA 4QFUA 2WC7A 3IK2A 3BGAA 1CDGA 3SUUA 1V0MA 4YHEA 3BMWA 5FIPA 2UY3A 3W38A 1KGXA 1GJUA 5BRQA 2V38A 3W26A 1M01A 3F5LA 1IZJA 1B9ZA 2VRKA 2ZX9A 2ZIDA 5DF0A 1NP0A 4A4AA 1HJVA 2ZXQA 1XSJA 1QBBA 1V3HA 3WH8A 2WVVB 1VFFA 1CTNA 3PZTA 2YDRA 3S6TA 1AQMA 4MJ4A 1X6NA 1E4LA 2XFRA 1WO2A 1WDPA 4CUCA 3K8KA 2XIBA 1E1FA 2X05A 2XM2A 1XH0A 1VEOA 1DWIM 1UUQA 3W37A 3AZSA 2VZSA 4P7NA 5A3HA 3UEQA 4DWSC 1SFSA 2YBUA 1DP0A 1PX3A 4H41A 3ZJ6A 2WVVA 3FNDA 2C0HA 3U7VA 1UR8A 2BV9A 2J47A 4TOQA 2VZTA 4TUFA 1GHRA 2DSUA 3WD1A 4UZUA 1E1EA 1CXLA 2WVUA 1YQ2A 5E09A 1W9UA 3VGGA 2QLYA 3PZMA 3GYCA 2EQDA 2D1ZA 3ZJ8A 4MPKA 5BXTA 2PBOA 4JKKA 4PMNA 5ABGA 1CGUA 4P7RA 3AICA 4LXFA 1V0KA 2PWFA 3VU2A 4BQ2A 2WBGA 5I24A 1KBKA 3WDHA 4AD3A 2EPNA 1Q6EA 4AD0A 1MYRA 2DDXA 4TTGA 3IJ9A 4AZ7A 2VR4A 5M03A 3NSMA 3TTYA 5D9OA 3VIOA 3VMNA 1CXFA 1A47A 1D2KA 3VKKA 4P7LA 4AZHA 1A3HA 2WHLA 4P7OA 1R7OA 1WNOA 4CCDA 4W85A 3PTMA 3T2OA 2F61A 4JFVA 1ZB5A 3WH5A 3W25A 1FA2A 1NOUA 2E3ZA 4UQAA 2V5CA 3NSNA 1CGWA 4W8BA 4AZCB 4PMVA 2J7EA 1E56A 4UFLA 2WBKA 3OIHA 2VNCA 4X9YA 3KZSA 4MDPA 1B3VA 1KWKA 1V6UA 1QI0A 3VVGA 1JI1A 1EIBA 1JXKA 3WQ4A 1KCKA 2E9MA 3W4RA 4CCEA 1VRXA 1IT0A 1C8YA 1CXHA 4UQ9A 1D3CA 5FOOA 4D6EA 3AXHA 4AZCA 4MJ2A 2XTKA 4P8UA 1UD6A 2J7BA 1V08A 2PC8A 3CIVA 4J3XA 4B9ZA 5ABFB 1IZKA 2J7GA 2O9PA 3GBEA 2WM0A 1GVYA 3NSXA 3N9KA 1VFUA 1UH3A 2DH3A 3G6MA 1TZ7A 4RL3A 3SUTA 5EBAA 4JAWA 3AYRA 3UR8A 4PMRA 5E9AA 4D6FA 4BCEA 4F66A 2F2HA 4GZJA 2D3NA 3D3AA 3THCA 1E72M 1FHLA 2YA2A 3N17A 1JNDA 4M81A 3I3EA 4EAMA 1DWAM 1ODUA 2O92A 5ABFA 1VBUA 1UA3A 4L4PA 1LL4A 3WUBA 2D0HA 3MUY1 3WFLA 3N11A 1TMQA 4BS0A 2ZUSA 2FHBA 3M7SA 1CXKA 3UG4A 3BSHA 1BSIA 2QPUA 1OSEA 4AEEA 2ZX8A 5IDIA 2J7HA 4D6IA 1NWTA 3LPFA 2IXVA 5KZ6A 3VX0A 2YL9A 2VOTA 4LYPA 4W8AA 4ZXLA 3ZMRA 1CLVA 3THDA 3LPPA 4UQEA 5BROA 4JL2A 1F4AA 1LG2A 5I79A 1CENA 5BWFA 3W28A 1JZ5A 4TVUA 4CD7A 3L4XA 2F8QA 4MAVA 2ZX7A 4GO9A 3GH4A 4F9DA 1DWFM 2DEPA 1OGSA 2XVGA 5CXPA 1KXQA 2DT3A 2JIEA 3MV01 4J28A 2XYLA 2BY1A 1VEPA 3GNOA 3N13A 4MNKA 6TAAA 3U5UA 1V3JA 2ZWYA 3VD3A 1WZMA 3GXFA 4W86A 2D24A 4PTXA 2XVLA 4TXEA 1XSIA 3D5HA 1KQZA 4FK9A 1KGWA 4GZIA 2VC9A 4HA3A 4R5EA 1JAEA 1NM9A 1UR2A 3BXWA 4KWUA 1CXIA 5FCZA 4Y7EA 1TFVA 2CKSA 1HKJA 1UKPA 5C70A 2X0YA 4W7UA 3MMDA 1GOIA 1BYCA 3GZAA 1YHTA 2BXYA 3CTTA 2PWEA 5CPQA 1GOOA 2CITA 1VJZA 4XUYA 4UQBA 1JFHA 3CUFA 4FF5A 4NRRA 3VX1A 2O9OA 4F8XA 2PF0A 5I23A 3AROA 4D6JA 2E8ZA 3WNNA 1CNVA 4UFIA 3RMEA 3WDRA 1BG9A 3NDYA 4H8HA 3BLKA 4GQQA 5CJ5A 3CUGA 3EDEA 3PBGA 1ITXA 1AQ0A 3ZT5A 2UY2A 2VX7A 1LWHA 3DHUA 3CUJA 5HPOA 2CXGA 5CGMA 3WD0A 1EA9C 5DT7A 5IXEA 1OGGA 1ISVA 2X0HA 3GH5A 2WNWA 2XM1A 3UERA 1E0VA 3WNLA 2EPOA 5A6KA 1L0PA 4UCFA 1BHGA 1PIFA 3TTQA 1EH9A 3W53A 1QHZA 2VVSA 2G3MA 5FL1A 5DMYA 3MSGA 2BY0A 2WWCA 1V02A 2OSYA 1MFUA 2D23A 1ISWA 5AY7A 2BHYA 2OYMA 3VDBA 4KGLA 2D20A 5HXMA 2J7DA 2UY5A 3EDFA 1OT1A 3KL5A 4GPNA 1VIWA 3AI0A 1EDQA 3HN3A 3QOMA 4J3WA 3VD5A 5CSUA 2J77A 5C71A 3F4VA 4ATDA 3EMQA 5A95A 2VVNA 3CHFA 1HVXA 4Z2GA 2YBTA 4H8UA 1TG7A 2JALA 3VIJA 3ARVA 2VUYA 3BAJA 3VM5A 2AAAA 1V0NA 3N1AA 2PBGA 1TE1A 4WF7A 2BS9A 1XGZA 3W0KA 2E9BA 1DWHM 2CHOA 1VF8A 4UFHA 5E6YA 5HNNA 4LQ1A 2BVYA 5FKYA 4HZ7A 2Y5EA 1U2YA 1VBRA 4MNJA 4MB4A 2YJQA 4PUDA 3I3BA 3VIHA 2J25A 5A8MA 2WANA 2NT0A 5CGTA 3WL0A 1C3FA 4U3CA 3T0DA 1M7XA 3A4AA 3J7HA 1OIMA 4WKHA 1V3MA 1B0IA 2VX5A 1Q4NX 1H0GA 2CHNA 2WC4A 4ACZB 3A4XA 4JZ5A 1QNPA 2O9RA 3K8LA 4ACYA 5A1AA 5EMYA 4UFJA 3VNYA 2XIIA 4H8VA 1ZBCA 3NUKA 4PUEA 4B3KA 3VM7A 3VNZA 2W91A 2XGBA 4M8UA 5I78A 1JDDA 3AZTA 4HP5A 4ACZA 4AZ5A 4PMDA 9CGTA 2BHZA 1C91A 1NQ6A 3WD3A 1V3KA 3WEOA 3QR3A 1DWJM 3T08A 2YDQA 2OLHA 3AISA 4PMOA 3WF1A 3DYOA 1KXVA 2GK1B 3OB8A 3WDQA 1JFXA 1RH9A 2GSJA 4Z2LA 2G3JA 4A3YA 4JFWA 1L8NA 3DC0A 1W1PA 2Y4SA 1EQCA 3HJEA 4GIAA 2QMKA 1W9VA 2WLYA 2GK1A 3MSDA 4MAZA 1I1XA 5HPCA 2J7FA 5GPRA 4QLKA 3GNPA 4XX6A 3QOKA 4TX8A 4TTUA 1VAHA 2IUZA 3ECQA 2AMGA 2G8ZA 2W62A 3QHNA 3ZT6A 3WD2A 1C8XA 1OCQA 1DTUA 3WNKA 1E6PA 1B3XA 2ESCA 1MWOA 4LX4A 2YL5A 4P8WA 3ZJKA 5LYRA 3VILA 3WEZA 5A6AA 3L2LA 2FH6A 3PZVA 1ZS2A 3BAKA 3T0AA 2XWDA 4URIA 1W32A 1GPFA 4HTYA 1C92A 3AMGA 4HMEA 3SCRA 4W93A 3ZM8A 5A6BA 3MMWA 4U5IA 3POHA 5GNXA 1H09A 3SIMA 3MO4A 2YLLA 1B1YA 1MQQA 1XH2A 1CYGA 2VTFA 1MW3A 1SYTA 4BA0A 2XUCA 2WVTA 3LMYA 3TP4A 5GQBA 2PB1A 3AIWA 1E0WA 4W7VA 3SCOA 1CXEA 2CCRA 4UOZA 1EQPA 1WP6A 3OZPA 1E4NA 3RM4A 1V6XA 4DUVA 3BCDA 1WDQA 2DGAA 4GO8A 3K46A 3TTSA 1KFWA 2VX6A 3ZSTA 3BAYA 1BVZA 3L4ZA 1X1NA 2A3AA 4CN6A 4J3VA 4JL1A 1R8LA 3OGRA 2JF6A 3RJXA 4AD4A 1OWQA 2WMKA 4U2ZA 3CZEA 4KRTA 2JEQA 4MB1A 5GNYA 4J7RA 5LA1A 1MW0A 4ZE4A 3CMGA 1K9TA 2WHMA 2NW0A 4V27A 2JEPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VCB A;  4W88 A;  1GUV A;  1CPU A;  2GVY A;  6CGT A;  1LF1 A;  5M17 A;  3SCN A;  1GZJ A;  1QVB A;  3ARS A;  4PMX A;  3DHP A;  3ALG A;  2VRQ A;  4D6D A;  1O6I A;  4WKF A;  2EEX A;  2VMF A;  4MAD A;  4HA1 A;  2W66 A;  3CUI A;  5EFF A;  1BGG A;  1XCX A;  3PN8 A;  2GJR A;  2XGI A;  3AS3 A;  1JL8 A;  3TON A;  2HIS A;  4M56 A;  2UY4 A;  1UOK A;  2GDU A;  2DQX A;  1JZ4 A;  3RO8 A;  3VUP A;  4RE4 A;  3WEN A;  4C7G A;  1W9X A;  2CNC A;  1BLI A;  2WMG A;  4CN4 A;  5CLW A;  2J79 A;  4FLO A;  3U7B A;  5FD0 A;  1KR0 A;  1BPL B;  1CLX A;  1B3Z A;  1UQZ A;  1UWR A;  2CBV A;  4AZ6 A;  3K8M A;  5JBD A;  1H41 A;  4CD4 A;  3A3H A;  3EMC A;  4IUG A;  3N15 A;  1ISX A;  2WMI B;  1CGY A;  2PI6 A;  5A8P A;  1KGU A;  1HXJ A;  1JF5 A;  5TD4 A;  4RE3 A;  2YOC A;  1BYA A;  5M3W A;  1W1V A;  1AQH A;  5A8Q A;  4D6C A;  3PTQ A;  3TTO A;  2G4F A;  2GFT A;  3OA5 A;  1PAM A;  1G5A A;  1UQY A;  4UQC A;  1E3Z A;  4W5Z A;  3PZQ A;  2VZU A;  1NOW A;  1KB3 A;  3RPM A;  4W84 A;  3FN9 A;  1E40 A;  4AIS A;  1NWS A;  1CIU A;  1X6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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