1V02E

Crystal structure of the sorghum bicolor dhurrinase 1
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
484
structure length
484
Chain Sequence
RLSPWEIPRRDWFPPSFLFGAATSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHNFPEWIVDRSNGDVAADSYHMYAEDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTLAGGINEKRVEYYNKLIDLLLENGIEPYITIFHWDTPQALVDAYGGFLDERIIKDYTDFAKVCFEKFGKKVKNWLTFNEPETFCSVSYGTGVLAPGRCSPGVSCAVPTGNSLSEPYIVAHNLLRAHAETVDIYNKYHKGADGRIGLALNVFGRVPYTNTFLDQQAQERSMDKCLGWFLEPVVRGDYPFSMRVSARDRVPYFKEKEQEKLVGSYDMIGINYYTSTFSKHIDLSPNNSPVLNTDDAYASQETKGPDGNAIGPPTGNAWINMYPKGLHDILMTMKNKYGNPPMYITENGMGDIDKGDLPKPVALEDHTRLDYIQRHLSVLKQSIDLGADVRGYFAWSLLDNFEWSSGYTERFGIVYVDRENGCERTMKRSARWLQEFNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sorghum bicolor
molecule keywords DHURRINASE
total genus 190
structure length 484
sequence length 484
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2004-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v02E00
4M80A 2QHAA 3ARWA 1NP2A 3AMGA 3NDYA 1AMYA 3F5LA 1C3FA 1CLVA 2DSKA 1FFRA 3A3HA 1FOBA 1YQ2A 3JUGA 4LYPA 1Q6GA 5A2AA 4GZIA 3WNKA 3VIOA 4H04A 2WKGA 1XH2A 2ZUUA 4QLLA 3VGBA 3K8KA 4CCCA 1BYDA 1J10A 3SCRA 4ATDA 1LWHA 4F9JA 3SEPA 5DT7A 4HMCA 2WMIA 2DSZA 2J4GA 2AMGA 1JD9A 3FXYA 3T0BA 4KRUA 4TTUA 2DDXA 1Q6EA 1LF1A 4AY1A 1JAEA 1XD1A 2WBKA 4TUFA 5A8PA 1E4LA 4U3AA 1UYQA 1DWAM 4XX6A 4E4PA 4LGXA 4ZFMA 1JXKA 1QI3A 4TTGA 1CTNA 3CO4A 1I1WA 4TOQA 3BC9A 2OWWA 2G4FA 4PMVA 4P8XA 1JFXA 1UR4A 1BG9A 1QHPA 2F8QA 2J7BA 3KWXA 2A3CA 5C70A 1G01A 3RM9A 5KZ6A 4MTVA 1JDCA 3D3AA 5AC4A 4UOJA 3NUKA 2WC7A 3RMEA 4W86A 1E9LA 2EEXA 4AXNA 2DH3A 4F9DA 2WVVA 2WC3A 1X6NA 3AROA 2XVGA 2NW0A 1OT2A 2ESCA 1UA3A 1W9BM 3HMCA 1K9TA 2C0HA 5CGTA 3LPFA 4DWSA 3OLEA 2EPKX 2JF6A 3L4ZA 3MMDA 3M46A 2XFFA 4RE3A 5A6BD 2OYMA 1X6LA 1QNSA 3SUUA 4J3WA 4A3YA 7TAAA 1FHDA 3AFBA 1GUVA 2RGLA 2E9LA 3K8LA 1W9DM 2QPSA 4TXEA 4PTXA 1R8LA 4CGTA 5CSUA 2DT3A 2WYSA 2FGLA 4AZHA 3W27A 3APGA 4CKQA 2E3ZA 3ZQ9A 1U30A 4KGJA 2X2YA 2EXOA 4ZE4A 2CPUA 4XZWA 1RPKA 2ZUMA 2Y8VA 3ALFA 1LG2A 3PZMA 3SCVA 3VD4A 2WHJA 3G6MA 1CDGA 7A3HA 1V02A 2X1IA 3AHYA 1X1NA 4MAVA 1KGUA 2VNCA 2XSBA 4UZUA 1E4IA 1HKIA 3F5JA 2C8NA 4W8LA 3VIMA 2F2HA 3MV01 1E3ZA 1FA2A 4TX8A 2GJPA 6A3HA 1ZU8A 3I3BA 3ARYA 3OGVA 3TP4A 4OZOA 3CZJA 2Z1KA 5JBFA 2GJXA 2PB1A 1OSEA 2ZUSA 3L4VA 3VMOA 2UWFA 1XCWA 5E09A 3TOPA 4MNLA 2E8YA 2PWDA 5I0DA 2ZUTA 2GDUA 3MKKA 2NT0A 6CGTA 2D0GA 7CGTA 1VEPA 1ZJAA 1UWUA 2WCSA 3RO8A 1FH9A 4TVDA 2J77A 2JF7A 4JFSA 1XSKA 3U5UA 1W3KA 5BRPA 2Y8KA 4PBGA 1EHNA 2X09A 5D9NA 4HOXA 1ZJBA 1BYBA 1GOQA 1ZL1A 2W92A 3UG5A 1UH4A 3AIWA 5A6BA 3OGRA 3L4UA 1AQ0A 3WF0A 1G94A 3K1DA 3SCSA 5M5DA 4NRRA 3MV11 4N0RA 3ZJ8A 1V3IA 3E1F1 1CGWA 4EKJA 2HVMA 4LYRA 5D8WA 3WDIA 4PN2A 3SCPA 2WZHA 1E71M 3AZTA 4JKMA 5A2CA 4MNMA 3CZKA 2UY4A 1OBAA 2WCAA 3NIYA 1WB0A 1ITCA 3WEZA 3PTMA 3FAXA 2XHYA 5A8OA 3VIKA 1B31A 4C7FA 3W25A 3DHUA 3WNMA 4MDPA 1H41A 2E0PA 4M82A 1W9PA 4AD4A 2W66A 1LWJA 3PZIA 3WF1A 4WSJA 3ARTA 1WP6A 2O9TA 4UFIA 5IFPA 1OIMA 3WBEA 3WDHA 4CU7A 1E56A 2YBTA 1B9ZA 3AOFA 1V3LA 1E4MM 1H09A 2GSJA 3W24A 1NWSA 3WELA 2DGAA 3W81A 3GH5A 5HDRA 4CN1A 1FFQA 2A3HA 2EPNA 1IZKA 2Y4SA 2GFTA 5JBDA 1V6XA 4HMDA 5D9PA 5CZKA 3DYMA 1HNYA 2QPUA 1A3HA 2ZUVA 2XVLA 5BCAA 3PZQA 2DSVA 4W7UA 1EDTA 2XJ7A 4UFJA 3AI0A 1QOXA 4QCEA 5IFTA 3BAYA 1CZ1A 1BFNA 3FW6A 2VJXA 4UFHA 4OUEA 4WSKA 1HL8A 2PBOA 2V5DA 3VMPA 3A4WA 3FAWA 1QI0A 4QCFA 2DEPA 1UH3A 2OYLA 1E6ZA 2FHCA 4X0VA 4BCEA 1QW9A 1QNQA 2O92A 3BLPX 1ISYA 1W91A 3QOMA 3TTOA 1BGAA 3CHFA 3SCQA 2ZICA 1M03A 1IZJA 2VI0A 3THCA 3GNPA 4UQDA 3ARRA 5C8BB 2FH8A 1CWYA 1GQIA 4JAWA 1E1FA 3ZSTA 2FGZA 2V38A 1VJZA 2D0FA 3VGEA 4Z2KA 2VTFA 4DWSB 1GJUA 3AS0A 1KGWA 2OLHA 1QI2A 3PTQA 1RP9A 2V5CA 1EDGA 3UR8A 4BZYA 1CGVA 1R85A 3AIVA 1NARA 1JNDA 1EOKA 2J7GA 2J7HA 3VGDA 4CD6A 4CU8A 4UCFA 2WVSA 5HBFA 4EK7A 4AZGA 4A3HA 2J7EA 4PTVA 1G0CA 1ECEA 3GBEA 3ZR6A 4CD7A 4AZ5A 2BV9A 1PBGA 4QP0A 5ECUA 2A3EA 4U2ZA 2J62A 4B16A 3EBVA 3SCOA 1O6IA 1WAWA 5JUVA 2W4XA 1KFWA 1VFOA 4PUEA 1W1VA 4V2XA 4JL2A 3UERA 4AD5A 1B3XA 4D6EA 3ARQA 4W8BA 3WF4A 3RIKA 2W62A 4Q22A 1LL6A 4V27A 5JIWA 3AMDA 5LA0A 3BH4A 4ATLA 4DWSC 2IUZA 1K6AA 1W3LA 3BAXA 2GJXB 3AHXA 3N12A 3DHPA 4AEEA 1E0VA 4JCMA 4D6DA 2JEPA 1E73M 3BAIA 4E8CA 3AYRA 2ZXBA 3GYCA 1QHZA 5IDIA 1KBBA 3WF3A 2XM1A 1JF5A 3WUGA 1HF6A 5GNXA 1JG9A 3AZSA 4PSPA 5I3DA 2O9PA 2ZUWA 2ZIDA 1BTCA 3L2LA 5FOOA 4DM1A 2XM2A 3GDBA 1SMDA 4J3UA 3KL0A 1NP0A 1JZ4A 3A47A 5A6JA 4GO8A 3RCNA 4UZSA 1GHSA 4KMQA 3FN9A 1UD2A 4PTMA 1HJSA 2CHNA 3WUEA 3BCFA 3ALGA 3U7BA 2J8GA 1R86A 1UR2A 4M29A 3WQVA 2BHYA 1XYFA 4MB3A 1PZ2A 3WQ5A 2DIEA 3BMVA 4H41A 1XGZA 4V28A 2G3MA 2FDMA 3CIVA 1Y7VA 2BS9A 4CVUA 2ZX9A 5FL1A 4HZ6A 3PZGA 3VD3A 3AIBA 2F61A 3EMZA 4N42A 2VX4A 4HMEA 1TA3A 3ARZA 5A69A 1VFFA 3IJ8A 4JKLA 1MFVA 1R7AA 1U33A 3PBGA 1UA7A 3CLWA 2E4TA 2CYGA 2YL5A 3ARSA 1B3ZA 4LYQA 1JL8A 3ZJ6A 1KXQA 1CBGA 1XD0A 1XCXA 2J7DA 4Z2GA 3RJXA 1UD3A 4HU8A 5ABGA 3W6LA 2CETA 4WIWA 4HOZA 1JI2A 3SIMA 4YHEA 1OWQA 4HP5A 4Z2JA 4E2OA 1JZ5A 1HX0A 2E8ZA 4UQBA 2EQDA 4HZ8A 5FL0A 4A4AA 3QR3A 3FHQA 4WK9A 1HJWA 4PCSA 3KEHA 3GXIA 4IUGA 2WW5A 1E4NA 3FNDA 4WLCA 3AICA 3J7HA 3WH6A 2QF8A 1HP5A 1WZLA 5IHSA 1UR8A 5C71A 3CZEA 1YHTA 1UD8A 1UZ1A 1C93A 1OGBA 4HA4A 3AIEA 5JIPA 4GQRA 3AIRA 4GZJA 1MXDA 1UD5A 1VENA 3VM7A 2WK2A 2YJQA 2D3LA 5GQBA 3AHVA 5A6SA 4S3JA 1AQHA 3U7VA 5BYWA 1PZ3A 3ZSSA 3WN6A 1W1TA 4AZCB 1MQQA 3GM8A 4QLKA 3CHCA 1H2JA 4UQ9A 1NH6A 1C8YA 5DMYA 1N82A 1CYGA 1V0MA 4AD0A 5AY7A 5CPQA 3BXWA 3MMUA 2J7CA 3PZUA 3QOKA 1JNEA 2G41A 2J75A 2CBVA 4OBSA 1HKMA 1OINA 3WD0A 1C7TA 3B9EA 4H8VA 4GKLA 1ITXA 3QHOA 2WSKA 4F8XA 2XG9A 1UQZA 2VT0A 2JALA 3AS1A 3T08A 4DUWA 3K8MA 2CBIA 4YPJA 3DECA 4AIUA 1GVIA 4CCDA 2XFRA 2JFEX 3VNYA 5ABFA 3WH5A 2WANA 3ZO9A 1D2KA 1O7AA 1US2A 3BCDA 4JCLA 2PWGA 3NJ3A 1GNXA 2ZUNA 1F4HA 1W3HA 1ISXA 4W5UA 3AXIA 2BY2A 3VIFA 1JD7A 3BMWA 4CD4A 1JDAA 3GBDA 1OB0A 3NYDA 2XGIA 4MB5A 5A95A 2J74A 1ISWA 1UUQA 4JHZA 1Q4NX 1V6UA 3AIQA 3ARVA 1SR0A 1H5VA 4JFUA 3T2OA 3VGHA 1CXKA 1E5JA 2VZSA 3WNNA 2VZUA 3W6MA 4P7NA 4JIEA 3VINA 3WENA 3A4XA 3GH7A 2BXYA 3QHMA 2YA2A 1GONA 3IAPA 4FLOA 3EDFA 2EO7A 2YL8A 2XVKA 1HN1A 4PUDA 4IM4A 4AZ7A 3WBAA 5D8ZA 1WE5A 4Z2LA 1V0KA 1PX4A 1GVYA 1MQPA 3WEOA 1L8NA 4U5IA 5DT5A 1JZ6A 4P8UA 1KR1A 4J3TA 1XSIA 5I23A 4J27A 4MNJA 1JZ8A 4DM2A 4URIA 2WLYA 5I6SA 3VKKA 1OT1A 3VGFA 1HKKA 3CUJA 1E6QM 4AIEA 4J3VA 3ZT7A 2EBNA 3OBAA 2QMKA 3SCTA 4L4PA 4JL1A 4Y7EA 2CBUA 4UFKA 3SCUA 1J9YA 4FLSA 4H2CA 1B3VA 3M07A 3OB8A 2D20A 3OZOA 2QLYA 1C90A 2D3NA 2PI6A 3B8SA 3NSXA 1KWKA 1VEMA 2EPLX 3WFLA 2GVYA 3SUSA 3PZNA 4ACYA 2DSWA 1JDDA 1I1XA 5LA2A 1SYTA 1J0JA 3SUVA 3W29A 2WWCA 2ZOXA 1MW3A 3AMKA 3WD4A 2PWEA 4LPCA 3DYOA 4KWUA 3CUHA 2B31A 2JIEA 2YBUA 3AIUA 3RJYA 3VDAA 1EQCA 1TA3B 4GINA 3EDEA 2WXDM 1ISVA 4WF7A 5CJ5A 3W37A 1HJQA 1V08A 1E43A 4W7VA 4WKFA 1VJSA 1J18A 1EXPA 3SUWA 3ZOAA 4AC1X 3WH9A 3O2LA 1CECA 3AXXA 4NF7A 1JGIA 3VGGA 4S3KA 1M01A 4MJ2A 1PX3A 3CMJA 1GJWA 4CVWA 2VR5A 4LQ1A 3WDQA 3WQ4A 2HISA 1D7FA 4PMQA 3OIHA 3S6TA 1EOMA 3K46A 5ABHA 1LL7A 4PMNA 5M17A 5A3HA 1DWGM 3N1AA 3IK2A 1DWHM 3VILA 2VO5A 5BRQA 1J0ZA 5HPCA 4FMVA 1MW1A 3BSHA 3HN3A 5DFAA 2DT0A 1DWFM 1V6YA 1W9VA 4M8UA 1WZKA 4W7WA 3RM4A 3D5HA 3UG4A 3WH7A 2GDVA 3OLDA 5CQ1A 1WDRA 3AMCA 1TVPA 1ZBWA 3WSUA 3L4YA 4IISA 4QLJA 3CTTA 1OIFA 4D6IA 3AS3A 3WUBA 5A8NA 3I3DA 5M3WA 4DUVA 5A94A 2WMIB 1BHGA 2UY5A 4D1JA 3AXHA 4AEFA 1G5AA 3VIIA 5EBAA 4HA1A 1FP9A 4NSBA 3AMLA 4D71A 3MUY1 5D9OA 2VCCA 3UCQA 1OD0A 4JKKA 4BA0A 4ZEPA 1W9UA 1NM9A 4B9YA 2BY3A 5A6AA 4D72A 2WVTA 2YDQA 2GK1A 1HIZA 4AD1A 2XWDA 2G3NA 5DEZA 2C7FA 2YLLA 4TVCA 1HVQA 2BFGA 4JZ5A 4RE4A 4U31A 1BG4A 4GPNA 1QBBA 2VCAA 1NOFA 5FCZA 1EGZA 4HA3A 4D6GA 1M53A 3BGAA 4NZCA 4PMUA 3RILA 3MUAA 1TCMA 3U57A 1JZ2A 3SUTA 1IV8A 2XIBA 1EO5A 2OSXA 4EAMA 3MMWA 5ABFB 1UWSA 3VOCA 3PHAA 2WVVB 3EMQA 1PIFA 4PMDA 3VM5A 4GI6A 1JIBA 1V0LA 3MUIA 2OSWA 4Q7NA 2YA1A 4JFTA 3VIGA 3WMSA 4D6CA 2YDRA 2WMKA 2D2OA 4UNIA 4R5EA 1UD6A 1TR1A 4D6HA 1GHRA 2FHBA 4NI3A 1V6WA 3TTSA 1XV8A 3NSMA 1UR0A 4GI8A 4AZBA 5A8QA 5D4YA 1VBUA 1JAKA 3N15A 1PAMA 1XH1A 2E40A 2EPMX 2X05A 2VURA 3DC0A 5IXEA 1KCKA 2CBJA 1GW1A 5EFFA 2WSPA 1KB3A 2CNCA 3OA5A 3TONA 3POHA 4YN5A 3N11A 3PZ9A 3IJ9A 3ZJ7A 3O6AA 2BVYA 3BLKA 5EFDA 5CSYA 5I77A 1GOKA 1UOKA 4GI9A 1WO2A 4UFMA 1TZ7A 4U2YA 9CGTA 4RE2A 5HPOA 4BQ4A 2XSAA 3ZR5A 5GPRA 5A2BA 3T2QA 1CNVA 3WEMA 3KL5A 4M56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M80 A;  2QHA A;  3ARW A;  1NP2 A;  3AMG A;  3NDY A;  1AMY A;  3F5L A;  1C3F A;  1CLV A;  2DSK A;  1FFR A;  3A3H A;  1FOB A;  1YQ2 A;  3JUG A;  4LYP A;  1Q6G A;  5A2A A;  4GZI A;  3WNK A;  3VIO A;  4H04 A;  2WKG A;  1XH2 A;  2ZUU A;  4QLL A;  3VGB A;  3K8K A;  4CCC A;  1BYD A;  1J10 A;  3SCR A;  4ATD A;  1LWH A;  4F9J A;  3SEP A;  5DT7 A;  4HMC A;  2WMI A;  2DSZ A;  2J4G A;  2AMG A;  1JD9 A;  3FXY A;  3T0B A;  4KRU A;  4TTU A;  2DDX A;  1Q6E A;  1LF1 A;  4AY1 A;  1JAE A;  1XD1 A;  2WBK A;  4TUF A;  5A8P A;  1E4L A;  4U3A A;  1UYQ A;  1DWA M;  4XX6 A;  4E4P A;  4LGX A;  4ZFM A;  1JXK A;  1QI3 A;  4TTG A;  1CTN A;  3CO4 A;  1I1W A;  4TOQ A;  3BC9 A;  2OWW A;  2G4F A;  4PMV A;  4P8X A;  1JFX A;  1UR4 A;  1BG9 A;  1QHP A;  2F8Q A;  2J7B A;  3KWX A;  2A3C A;  5C70 A;  1G01 A;  3RM9 A;  5KZ6 A;  4MTV A;  1JDC A;  3D3A A;  5AC4 A;  4UOJ A;  3NUK A;  2WC7 A;  3RME A;  4W86 A;  1E9L A;  2EEX A;  4AXN A;  2DH3 A;  4F9D A;  2WVV A;  2WC3 A;  1X6N A;  3ARO A;  2XVG A;  2NW0 A;  1OT2 A;  2ESC A;  1UA3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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