1V08A

Crystal structure of the zea maze beta-glucosidase-1 in complex with gluco-tetrazole
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
MLSPSEIPQRDWFPSDFTFGAATSAYQIEGAWNEDGKGESNWDHFCHNHPERILDGSNSDIGANSYHMYKTDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTKEGGINPDGIKYYRNLINLLLENGIEPYVTIFHWDVPQALEEKYGGFLDKSHKSIVEDYTYFAKVCFDNFGDKVKNWLTFNDPQTFTSFSYGTGVFAPGRCSPGLDCAYPTGNSLVEPYTAGHNILLAHAEAVDLYNKHYKRDDTRIGLAFDVMGRVPYGTSFLDKQAEERSWDINLGWFLEPVVRGDYPFSMRSLARERLPFFKDEQKEKLAGSYNMLGLNYYTSRFSKNIDISPNYSPVLNTDDAYASQEVNGPDGKPIGPPMGNPWIYMYPEGLKDLLMIMKNKYGNPPIYITENGIGDVDTKETPLPMEAALNDYKRLDYIQRHIATLKESIDLGSNVQGYFAWSLLDNFEWFAGFTERYGIVYVDRNNNCTRYMKESAKWLKEFNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Zea mays
total genus 193
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.182: 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside
pdb deposition date 2004-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v08A00
1NOUA 5CXPA 4W7UA 3K46A 1E0VA 1B1YA 4CD4A 4P8UA 2WKGA 1UWTA 3IJ9A 3WH9A 2WVUA 4P7NA 3FW6A 5I2UA 3GM8A 1XSIA 1B3YA 3FNDA 2IXUA 1OB0A 2WC3A 2XM2A 4B9YA 4CCDA 1RP8A 1AQMA 3AIEA 2C0HA 1ISYA 4HOWA 5HXMA 1VEMA 4AZGA 3WD1A 6A3HA 1FHDA 2OYMA 2ZUSA 2OLHA 1GQIA 3W38A 3QGVA 4TOQA 4UOZA 3OLDA 4PTVA 1UYQA 4CU6A 2WLZA 4OBRA 4UQBA 3MV11 1UR8A 3CLWA 2ZWZA 4AZ6A 2VCCA 1E72M 1E4LA 1BFNA 2WMGA 1E6NA 2CKRA 2Y5EA 4CD7A 2W67A 4MJ4A 3UETA 2XSAA 4C7FA 2ZX7A 3M7SA 2J77A 4W8AA 1PX4A 4ACYA 1C91A 3WNKA 2VRKA 3ARRA 4UQEA 1EHAA 1NH6A 1UR4A 1E4NA 1UUQA 1B2YA 4FLRA 4FLSA 2JFEX 3AZSA 5M17A 4QP0A 1A3HA 5E0FA 4NRSA 3A3HA 2X8RA 1W9XA 3ARPA 3ZJ8A 3U7VA 3WMBA 3KL3A 2WXDM 4DM2A 3UG5A 4MNJA 5LA0A 2Y24A 5GNYA 3RDKA 1XC6A 3UR8A 3B9EA 4WF7A 3B9DA 1XHGA 3WDPP 4ATWA 3EMZA 4BF7A 2BY2A 2VVNA 2WCSA 2BXYA 2XTKA 1GVIA 4EK7A 1NWUA 3ZMRA 2WW5A 1I75A 2FDMA 3VVGA 1UH2A 3AHVA 3WF0A 3ZSSA 1QNPA 2VTFA 1J11A 1J0YA 4QCEA 1CXFA 1V08A 3ZJ6A 5BWFA 4GZJA 4H8UA 1V0MA 5FL1A 2DQXA 4M1RA 3RM4A 4UFIA 4PMQA 3W37A 4CN6A 4MAVA 3CUJA 4PMVA 1UWIA 4P8XA 4HOXA 4EAMA 4MB4A 1E5JA 3SURA 1P6WA 3L4VA 4DWSB 1HJQA 1E73M 1RPKA 4GI9A 1MQQA 1FP9A 2YKKA 1JDAA 1JXJA 4XUYA 3WNNA 1EQCA 5I0DA 3WH8A 4JL1A 2EEXA 1DWAM 4D1IA 1EQPA 2F61A 1E4MM 1SR0A 1AVAA 4B3KA 1RP9A 1TZ7A 2UY3A 1CEOA 3JUGA 4KRUA 1C8QA 3FAWA 1PIGA 2QHAA 1C3FA 1E0WA 3B8SA 3W29A 4DWSD 1M01A 4K68A 2VX5A 1E6QM 2UWFA 2OSWA 3UR7A 2YLLA 3QHOA 4U31A 3W27A 1V3LA 1J18A 1CNVA 4JHZA 2HVMA 3AISA 2J62A 1PJ9A 2D0GA 4CU8A 3SCWA 2ZX8A 2FGZA 3W82A 1V0LA 4D6GA 5GNZA 3EDDA 1HKIA 3AHZA 3GXFA 2ZE0A 1TVPA 3L4ZA 3PTQA 3NUKA 3O6AA 2JEPA 3BAIA 3BSGA 3BSHA 1O6IA 1MYRA 2XYLA 1K6AA 4EANA 3FHAA 1ITXA 4IPNB 4PCSA 4BQ3A 2VR4A 5JUVA 1KXTA 5AC5A 3WUFA 2V3GA 1DWIM 2PWEA 1WKYA 5E6YA 5A8MA 4PCTA 2CPUA 1R8LA 4BA0A 1FHLA 1D2KA 3TONA 4PUDA 2ZIDA 3OLEA 4CD8A 4PMUA 1W91A 4H8VA 5AY7A 1QVBA 2YJQA 1MQPA 3WBAA 2DH2A 4V27A 4YN5A 2DH3A 4MB3A 4W89A 1KCLA 8A3HA 2YL9A 3HN3A 3ZJ7A 3PZGA 5CZKA 5BCAA 4MNMA 3ALFA 1QI2A 5IHSA 2W63A 5A2AA 4W5ZA 1ZU8A 1BYDA 3AMCA 2VX4A 3PZOA 5I78A 4D6IA 4CU7A 2OYLA 3VIPA 3VGGA 3DYPA 4F9DA 4WK9A 1C7TA 2ZWYA 1ZJAA 3POHA 3PN8A 3DYOA 2CKSA 1GVYA 1UA3A 2GK1B 2WVVA 4FK9A 1W1VA 1CXKA 4AZ5A 3D3AA 1PIFA 3AXXA 2HISA 2Z1KA 3OB8A 3A4WA 3W4RA 3VM5A 1L8NA 1TG7A 4W88A 3RPMA 1Y7VA 3BXWA 1C7SA 3WMCA 3ZM8A 4URIA 2EPMX 4C7DA 3RM9A 3MV01 1H5VA 3GTNA 1I1WA 2W62A 2GSJA 1BF2A 4UFKA 2WMKA 1B9ZA 5DEZA 1K9TA 2YDRA 3M07A 1B30A 5HDRA 2PWFA 1W1PA 2O9OA 3DC0A 1GOMA 4C7GA 1GNXA 4N0RA 5CSYA 3S2CA 1QI4A 2QPUA 3K4DA 2GJPA 2XVPA 4AYSA 3WEZA 2BHUA 4J3UA 2ZXQA 3W6MA 3WEMA 3F5LA 1UWSA 1BQCA 1UWRA 3GXDA 3SUWA 2W91A 4PMNA 3W25A 3CIVA 1R87A 5CGMA 3PZ9A 1EXPA 1XSKA 3GNPA 4PN2A 1VIWA 3S6TA 3WQ8A 2QPSA 3CZLA 2ZUNA 4B9ZA 1LF1A 2PBGA 3VX1A 1LWJA 5M5DA 3BGAA 3T0AA 3CO4A 2DSUA 4UFLA 2VQUA 2VRQA 2ZICA 4UQDA 4JFTA 4W8LA 5ABGA 4Z2JA 2WBKA 1C8YA 1GOOA 3N12A 3WD0A 4F66A 3ZT6A 3UERA 1U33A 4W84A 3PHAA 2Y4SA 2J75A 1CXHA 4CCCA 5ABEA 2DSKA 2GDVA 5I23A 5BXRA 1C92A 3IAPA 3VD9A 4MAZA 2DSZA 5CSUA 3F4VA 3FN9A 2OYKA 1HN1A 3AFBA 1VRXA 3L4TA 4PBGA 1U2YA 3D5HA 3MS8A 4LX4A 3GYCA 1C8XA 4J27A 4W7VA 4RL3A 4CD6A 1LL7A 5A6BA 7CGTA 5GQBA 1J0IA 5I5RA 1QI0A 2BVTA 4TX8A 3SCSA 1J12A 3NYDA 1YQ2A 3ARVA 1UHVA 4D6CA 3RJXA 1ODUA 3E1F1 1OM0A 4H04A 1B3XA 1NOWA 3CUGA 4PRWA 3VGFA 4AISA 1W9VA 5A69A 3DECA 1K9DA 2F8QA 1WPCA 4J7RA 1WDRA 2D24A 4UZSA 2J8GA 4KH2A 4TUFA 3AXHA 5A6MA 2D3NA 4AEFA 1E70M 2QLYA 4MJ2A 3TTQA 5AC4A 3F5KA 2ZXBA 4F79A 2D0FA 3NSMA 5AYBA 3GXMA 2JIEA 3MKKA 4GO8A 4DM1A 3NCOA 5D9PA 4WKAA 4UOJA 2ZX5A 2Y8KA 4W85A 4AXNA 5A6JA 1G01A 2BVYA 2E9LA 2E8YA 2YDSA 4W7WA 1TA3B 1JZ5A 4CD5A 4QCFA 2CESA 3K8KA 3CZ8A 4R5EA 3WDHA 5IFTA 1W1TA 2VUYA 2J7FA 4U3AA 2FH8A 1JAEA 4NZCA 5A2BA 2WKLA 3GBEA 3LPGA 4AZCB 3VIKA 4WSJA 4ATLA 1WZLA 1MXGA 3CHFA 3WUEA 3A6OA 3MSDA 3AIUA 2DPEA 2JIWA 5HBFA 4RE2A 1LLOA 4MDPA 2V38A 1DEDA 3THCA 2FHCA 2CCRA 1PBGA 4CCEA 1UD8A 2VZTA 2ZUVA 4M8UA 5EFDA 1TR1A 2NW0A 1ITCA 2WZIA 2PWGA 1V3IA 2BXZA 5E9AA 3MUZ1 1KBBA 1GQJA 1FH8A 3HU7A 3OLIA 3WKZA 4U5KA 3WUBA 1HF6A 5KZ6A 1EDTA 2XHYA 1UD5A 1E15A 4OKDA 3VX0A 2A3CA 4MTVA 4P8VA 4UQAA 4ZEPA 3GXIA 5HPOA 4GKLA 5HNNA 3UCQA 4R27A 2EPLX 3TA9A 2EPKX 1V02A 2BVDA 1RD6A 1WP6A 5EMYA 5A6LA 1FP8A 1BYAA 4M24A 3VIOA 1BVNP 4ZE4A 1OD0A 1CXEA 2ZXAA 4HOZA 3ECQA 1LJYA 1VAHA 3ZQ9A 1C93A 1WZMA 1JZ6A 1CWYA 1HJWA 3WUGA 1XV8A 3K1DA 3WQ4A 3RMEA 1ISZA 3SCVA 3T08A 2VCAA 5E70A 2OWXA 3PBGA 4GINA 1V3MA 2O9PA 2VX6A 4WKFA 1EIBA 2YL8A 2UY4A 4AZBA 3VDCA 1ZBCA 4YHGA 1DHKA 1JXKA 2PWHA 5JIPA 1MW1A 2DT3A 2AOSA 2WVTA 2WMHA 4B3LA 5FCZA 1CDGA 3MO4A 4HZ6A 4HZ8A 1US3A 1XGZA 2J7DA 5BROA 3WL0A 4JFSA 1UR1A 3U7BA 3MUY1 2WYSA 4AZ7A 1GJUA 3TOPA 2PC8A 1H0GA 1E40A 1VJZA 3ARUA 1E56A 4MDOA 4A3YA 2VZUA 3VGDA 1BHGA 2GK1A 1JFXA 1JZ4A 5M03A 1V6YA 2VVSA 4L4PA 1OGSA 3WDRA 2JF7A 3VIFA 4D6FA 3HJEA 1CTNA 1OIFA 2J4GA 4KMQA 3AS2A 1V3KA 1EGZA 1VJSA 1Q6CA 5ECUA 3WSUA 3CHCA 3BLPX 2YDQA 2DGAA 1XD1A 2UY2A 2WSKA 1F4HA 4QLJA 1JZ3A 4XV0A 4X0NA 1JDCA 1NWSA 1W3JA 3CGTA 2G41A 4MPKA 3WY1A 3VIHA 1CLXA 1M53A 2Z1SA 4XX6A 1X1NA 1WE5A 4JIEA 2ZUWA 1I1XA 2WMIB 4LGXA 1XH2A 3DHPA 4DUVA 1UH4A 1UD2A 4AD0A 2XPKA 4V28A 1XH1A 1QNSA 3WDJA 4WIWA 5GNXA 3MMDA 1EDQA 4BQ5A 4Y7EA 3BAYA 2AAAA 2XWDA 3VGBA 5A6KA 2E0PA 1H41A 3T09A 3KEHA 5CLTA 3VIJA 2QMJA 1E5NA 1V6XA 3AIRA 3NSNA 3AIVA 1V6VA 4AWEA 3APGA 1X6NA 1RH9A 4AD5A 3IK2A 3NJ3A 3AQUA 3PZQA 4NI3A 1QNRA 2J7BA 3SUTA 3OBAA 5IFPA 4CN1A 4AIEA 3K8MA 3VGHA 2WZHA 5BYWA 3W53A 4JHOA 3CZEA 5A95A 1IV8A 4TTUA 2E40A 1UZ4A 8CGTA 3TTOA 3ZJKA 1VFUA 2X09A 3KL0A 1PPIA 3N18A 4J3XA 4Z2IA 1QBAA 4B15A 3L2LA 3WF1A 1GJWA 1FH9A 1OT2A 3FY1A 4JFVA 3AYSA 3BMVA 1E6SM 1EHNA 3NSXA 1KQZA 1ZL1A 3PTKA 3VM7A 3WDQA 2BNJA 2YOCA 1V0NA 4GIAA 1NARA 4U2YA 1J0HA 3BH4A 1HVQA 2CERA 3CZGA 3GNOA 1O7AA 3A4XA 1AQ0A 2A3AA 3AMDA 3VPLA 1D3CA 2EQDA 1KCKA 3OG2A 1H11A 4QLLA 2DDXA 3SIMA 2CETA 2EO7A 2VZSA 4ZXLA 3N17A 4BCEA 1GHSA 2CBUA 2BHYA 3WL1A 3U5UA 2DT2A 1V3JA 1ZBVA 2WANA 3L4YA 3BC9A 5ABHA 3CZJA 3WQWA 4FMVA 1KGUA 1OBAA 4UOQA 1V6UA 2GJXA 2W66A 1MW2A 1K9EA 1R86A 2YBUA 3RO8A 1CZ1A 1TA3A 4OOUA 3WD4A 1WB0A 2YA0A 4PMXA 4U33A 2WBGA 4ACZB 5LA1A 1E6PA 2J7CA 3FHQA 6CGTA 5EFFA 4UQ9A 3KE0A 1KGXA 3OLGA 1V03A 1BAGA 1E6RA 4JCMA 4GI8A 2DT0A 2VR5A 2WHMA 1QOXA 2W4XA 1TE1A 1JI2A 3VD4A 1HJSA 1US2A 3BAWA 1JAKA 1J0KA 3LMYA 4UCFA 1X6LA 5FD0A 5F7UA 2F2HA 4KGJA 1JNEA 3EMCA 4Z2HA 1KXVA 4PTWA 5EBAA 4PMRA 1KXHA 3SCOA 4F9JA 3O9NA 1WCGA 3WIJA 1QW9A 1CYGA 4BZYA 2WMJA 3OZOA 3AROA 1K9FA 2J7EA 2IXVA 1DWFM 3WBEA 4Z2LA 5A6AA 4HU8A 2OWCA 2WHKA 3J7HA 3VKKA 1PX3A 2XFYA 5C71A 4ZFMA 1B0IA 5FKYA 2G3NA 4IM4A 3WMSA 1KWKA 2TAAA 3W24A 3TTSA 3WELA 3DHUA 1W3KA 2D2OA 3IJ8A 4WJXA 4D6HA 2X0HA 4MADA 1EO5A 1DTUA 1GZJA 1OGGA 4AMCA 1BG9A 2X2YA 3MUAA 3L4WA 3L4UA 1JD7A 2W5FA 3T2OA 4BQ2A 4PSRA 1D7FA 3VGEA 5C70A 4J3SA 4D6EA 2EXOA 3GDBA 2O92A 5A1AA 3F5JA 1DWJM 1JGIA 3BCDA 5LYRA 2VMFA 4AIOA 1W9BM 2E3ZA 2ESCA 1G94A 3W26A 3UESA 2E4TA 2MANA 3OGRA 4PTMA 1CXIA 1UR2A 3AICA 4L4OA 1E3XA 1LWHA 3M46A 1KR0A 3CZKA 2W92A 4RE3A 1QW8A 4OOZA 2GFTA 1JZ2A 4MB5A 2J74A 2C7FA 4KWUA 4BQ4A 2NT1A 1KR1A 5A8NA 1PEZA 3AS1A 2VCBA 3VOCA 2B31A 1H1NA 1CGWA 3L2MA 3G6LA 3WH5A 2WLYA 3WQ5A 4CUCA 5DT7A 3ARQA 2CBVA 2BHZA 4CVUA 1GUVA 2QF8A 4QLKA 1CECA 1SMAA 1JYWA 5TD4A 1J0ZA 2D3LA 4NRRA 1H49A 1W2VA 3VMOA 3W81A 3I3DA 4UFJA 3WFLA 4AZHA 5LA2A 1UWUA 1HKJA 3MU7A 3ZT5A 2JALA 4D1JA 3AMGA 2WK2A 3AYRA 3GNRA 3GZAA 1B31A 1M04A 4W86A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NOU A;  5CXP A;  4W7U A;  3K46 A;  1E0V A;  1B1Y A;  4CD4 A;  4P8U A;  2WKG A;  1UWT A;  3IJ9 A;  3WH9 A;  2WVU A;  4P7N A;  3FW6 A;  5I2U A;  3GM8 A;  1XSI A;  1B3Y A;  3FND A;  2IXU A;  1OB0 A;  2WC3 A;  2XM2 A;  4B9Y A;  4CCD A;  1RP8 A;  1AQM A;  3AIE A;  2C0H A;  1ISY A;  4HOW A;  5HXM A;  1VEM A;  4AZG A;  3WD1 A;  6A3H A;  1FHD A;  2OYM A;  2ZUS A;  2OLH A;  1GQI A;  3W38 A;  3QGV A;  4TOQ A;  4UOZ A;  3OLD A;  4PTV A;  1UYQ A;  4CU6 A;  2WLZ A;  4OBR A;  4UQB A;  3MV1 1;  1UR8 A;  3CLW A;  2ZWZ A;  4AZ6 A;  2VCC A;  1E72 M;  1E4L A;  1BFN A;  2WMG A;  1E6N A;  2CKR A;  2Y5E A;  4CD7 A;  2W67 A;  4MJ4 A;  3UET A;  2XSA A;  4C7F A;  2ZX7 A;  3M7S A;  2J77 A;  4W8A A;  1PX4 A;  4ACY A;  1C91 A;  3WNK A;  2VRK A;  3ARR A;  4UQE A;  1EHA A;  1NH6 A;  1UR4 A;  1E4N A;  1UUQ A;  1B2Y A;  4FLR A;  4FLS A;  2JFE X;  3AZS A;  5M17 A;  4QP0 A;  1A3H A;  5E0F A;  4NRS A;  3A3H A;  2X8R A;  1W9X A;  3ARP A;  3ZJ8 A;  3U7V A;  3WMB A;  3KL3 A;  2WXD M;  4DM2 A;  3UG5 A;  4MNJ A;  5LA0 A;  2Y24 A; 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