1V0K | Genus

Total Genus 133

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	301
structure length	301
Chain Sequence	ESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__248826914433015__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__248826914433015__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1V0K/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__248826914433015__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"248826914433015","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1V0K/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__248826914433015__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc403fb10d181fa068ea4e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc403fb10d181fa068ea4e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc403fb10d181fa068ea4e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc403fb10d181fa068ea4e/pdb.gz): 169 ms

reading 301 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

301 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:300});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces lividans
publication title	Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
total genus	133
structure length	301
sequence length	301
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2004-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1v0kA00

1O7AA 5BROA 1PBGA 2VVSA 4IISA 2YOCA 3OLIA 1BHGA 1JYXA 1KQYA 2V5CA 3TA9A 1UD2A 3NJ3A 1P6WA 1CIUA 1JYVA 1ZJBA 3VDBA 1K6AA 4KMQA 4F8XA 4TX8A 2OYMA 1FFQA 3ZT7A 3HN3A 4D6GA 5CXPA 1EQCA 1X6NA 3CO4A 5A2AA 4UOQA 3WN6A 1C8QA 4B15A 1B3WA 2A3AA 4MADA 1CXHA 2EQDA 4QLJA 4BQ3A 3UESA 4HOZA 4J3XA 2CETA 1AMYA 1DWFM 3NSNA 1S46A 2AOSA 2YL5A 2VURA 5CPQA 1HT6A 3F5JA 4F9DA 3AS1A 3WDIA 1VEPA 2X0HA 2D22A 3T0AA 1JXJA 1KCLA 1V6WA 1JZ8A 1HX0A 5BWFA 4QFUA 3VM5A 1UKQA 3WF2A 1I1WA 1LWHA 4MB4A 2VUYA 2OSYA 4U33A 5DEZA 4AZ5A 3MO4A 4GI9A 1GUVA 1W2PA 4AD0A 2UY2A 3WEMA 5CGTA 1VFUA 1E5JA 5A1AA 1C91A 1J0YA 2UWFA 4Z2LA 3ARPA 1J0KA 1OM0A 3U5YA 1ECEA 1SMDA 1W9XA 1UKPA 4ML4A 4UQ9A 2OLHA 3WQ6A 3VGGA 2UY5A 4J3VA 4URIA 1NQ6A 3PN8A 2V5DA 4AZ7A 4P7NA 2A3HA 2C8NA 1J18A 3WDRA 3TTOA 1PPIA 1QHPA 3AOFA 2QMJA 4CN6A 3MSGA 4JAWA 3W38A 5KZ6A 1E6PA 1W3HA 5BXSA 3MS8A 4HMDA 2PWEA 3WDJA 1XC6A 3ARRA 2W63A 4XZWA 2J77A 3M6DA 5A8MA 5CSUA 3VMPA 4UFLA 4JIEA 2PI6A 1NWSA 3I3EA 4ZEPA 4PTXA 1CBGA 3N12A 4MJ2A 1XGZA 2WC3A 3RMEA 2GJPA 3VGDA 3SUSA 1HJSA 3FAWA 3M7SA 1BTCA 2QF8A 2ZUUA 4JFSA 1XSKA 2WLZA 3QGVA 3VIJA 2ZICA 1W3LA 3KL3A 4NF7A 5AYBA 2PF0A 1W32A 3BLKA 2HVMA 3IK2A 4QAWA 1HKJA 4KGJA 1W3KA 4H41A 2XVPA 5D9PA 5HNNA 3SUUA 3OB8A 2CHOA 4FK9A 3AYSA 1TA3B 2Z1SA 5HBFA 5BXPA 4GZIA 4H04A 3MUZ1 4AIOA 4FLOA 4L4PA 2WVTA 3EDDA 2E0PA 2YDQA 2PWDA 1UA3A 2GK1A 3BCDA 5BXTA 1JYWA 2ZWZA 5I24A 1JD7A 1E3XA 1R85A 4LYRA 5ABEA 1JDCA 2RGMA 2JFEX 5EFFA 4WKAA 4W7UA 2ZUTA 1BG4A 3CMGA 3WBAA 4F9JA 1GOIA 4D6DA 1DP0A 8CGTA 1GONA 3WNNA 3VDCA 5IHSA 1H5VA 2GSJA 3ZJ8A 1XRVA 1H1NA 5TD4A 1V08A 3DC0A 4UQAA 1EOMA 2WANA 4CGTA 2J8GA 2CBVA 3ZIZA 3RJYA 2J7CA 4PMUA 1B1YA 4ZFMA 2J78A 1W2VA 3ARVA 1MFVA 3G6LA 3W27A 2CEQA 3AMCA 2CXGA 4DM1A 2VZTA 1M01A 1OIMA 3WH7A 1TFVA 2VZVA 3QR3A 4CVWA 5A95A 3N9KA 3NDYA 4FLRA 3BSHA 2EEXA 3K4AA 4RE2A 4GQQA 4HA1A 1V3MA 2JF7A 2XFYA 2YL8A 1GQLA 3WF3A 4D6IA 3EMQA 4FMVA 3VILA 5ABGA 4PTVA 1WP6A 1BYDA 4H7VA 2ZXBA 3CZJA 1A47A 3U57A 2D24A 3VKKA 1TG7A 1XCWA 4WKHA 5A8OA 3J7HA 3ECQA 4W7VA 2EJ1A 1WKYA 1DWGM 4K68A 1UR8A 3RPMA 1V6UA 1CNVA 1CGWA 4ATDA 4LYPA 4AEFA 3AIWA 2XSBA 3CMJA 1YHTA 4ZXLA 1UR9A 4WLCA 4PUDA 3GNOA 4E8CA 3GXFA 2W67A 1GHRA 1ZU8A 2WMHA 2VZSA 3F5KA 3OLDA 1CGUA 1QHZA 2V3EA 3B8SA 2VVNA 1NOUA 4MNLA 1C8YA 3UR8A 2V38A 3TOPA 3WENA 3OGRA 1OINA 2E9LA 4HMCA 3FAXA 3UG4A 5CJ5A 3U5UA 4JHOA 1GVYA 1KXHA 3EYPA 3CUGA 4H8VA 1GNXA 2X8RA 1VFMA 4E2OA 3PZNA 5JBFA 1WZLA 4R27A 1AQMA 1NOWA 3L4XA 2YA1A 3CH9A 4PSPA 2WMKA 1E72M 2EXOA 1UKSA 9CGTA 1KGWA 1DWJM 1BGAA 3S6TA 4AZGA 5BRQA 1US2A 4UFIA 4GKLA 1I75A 3OZOA 1OSEA 4Q22A 5I78A 1UD3A 4AZHA 3WNLA 1KR0A 3VX0A 3L4WA 1M53A 4OJYA 1BQCA 1Q4NX 1B9ZA 3ARQA 1G5AA 2D0HA 2MANA 1LQ0A 2WYSA 4BZYA 1E6NA 4AY1A 3T2QA 1UWIA 2OYLA 3WH9A 3BAXA 4R5EA 2TAAA 1JYNA 4P8XA 1HVQA 3CUFA 3RJXA 2WHJA 4NI3A 4PRWA 3L4UA 4P7LA 4B3KA 4FF5A 4QDMA 1BPLB 1XD1A 3N1AA 2G3JA 4IPLA 3A47A 1KWKA 4D6EA 3WQ8A 5FCZA 2BHZA 1FH7A 1OD8A 3ZMRA 3VD9A 4YPJA 1QI0A 1E40A 4KGLA 4V2XA 4C7FA 2CKRA 4CCCA 1BF2A 3PBGA 3CIVA 1EXPA 5I77A 3W37A 4GO9A 3OGVA 5A2CA 2WMJA 4JFWA 1E5NA 4PYSA 1IZJA 1JG9A 2D1ZA 2XWEA 4D6HA 3CHFA 1PX8A 4PMZA 1UD6A 3ZQ9A 3MUY1 4KRTA 3BGAA 2C0HA 2D2OA 3N17A 2X0YA 4D6FA 5KEZA 1UZ1A 4HPHA 2W5FA 4AW7A 4OOUA 1LLOA 1GOQA 2EPNA 1GCYA 2XTKA 2WZEA 1HKKA 3L4TA 3AS3A 4W86A 4MNMA 1JNDA 1WDQA 1WZKA 5AC4A 1LG1A 5A8PA 4KWUA 4H2CA 5A69A 4W84A 5FOOA 3T2PA 2GJRA 5E6YA 3I3DA 5I23A 2G3MA 1BLIA 1X6LA 1UR2A 4QLKA 4D6CA 7TAAA 1LG2A 1US3A 1E55A 1WCGA 3T0BA 4PMYA 1J01A 3WDPP 4OUEA 1M03A 1DTUA 3TTSA 1E56A 3PTMA 5IFTA 1F4AA 1V6VA 4CD6A 4CN1A 2VZUA 3MSDA 1UWSA 2CPUA 1OGSA 4DWSD 2ESCA 3AZSA 4EKJA 4J3TA 5CSYA 2ZUNA 3S2CA 1UR1A 3QOKA 1NARA 1K9EA 5A6LA 4ATWA 3K4DA 2W92A 2WWCA 1R87A 2BFGA 1U2YA 5D4YA 1A3HA 2Y24A 5A2BA 1E0WA 3WD2A 1UR0A 1E4MM 2XSAA 3OLGA 3IAQA 4WSKA 4P8WA 1XHGA 1UH2A 1GOOA 2G4FA 3AHTA 1NP2A 4DWSA 1W9UA 3AIBA 1V03A 1QNRA 3CBWA 3SURA 1AQ0A 2PC8A 3VGBA 3BC9A 2ZE0A 1B0IA 1OIFA 3WH5A 2NT1A 2XVKA 4Z2IA 2ZUMA 4WJXA 3AIQA 4GPNA 2WMFA 4AZBA 2WPGA 1HKMA 4CD4A 5CQ1A 1Q6GA 2CESA 1VB9A 4GIAA 3POCA 4H8HA 3VIFA 1ZBVA 1TE1A 4D71A 3OLEA 2OSWA 1GOKA 1QNOA 1H41A 1SFSA 3EDFA 4AZIA 3CZGA 3L2LA 5JIPA 1CGTA 4TXEA 3RCNA 3T08A 5ABFA 1OCQA 3OIHA 3AS2A 1UKTA 1C92A 1HP5A 1OD0A 2QMKA 2BS9A 2O9OA 4RL3A 2G3IA 5E9AA 3IJ7A 4CCDA 1UD4A 1TR1A 3UEQA 5JBDA 2VOTA 5A6BD 4HPGA 1PZ3A 3VGEA 1V3KA 1UOKA 2YA0A 3ZO9A 3FN9A 5CLTA 2CBJA 1UUQA 2DSKA 3MMUA 1UA7A 4S3KA 2DSWA 4DUXA 4D1JA 5JUVA 4UQBA 2F8QA 2BVDA 3NSMA 3VTRA 3IJ8A 5HXMA 1XYZA 1GJWA 1NWRA 5CGMA 2E40A 3F5LA 4W5UA 2Y8VA 5ECUA 3W29A 5M17A 4CD8A 2FGZA 4JCLA 3KZSA 1MYRA 1OT2A 5A6BA 1HJUA 3IANA 3WMBA 1EOKA 1E6ZA 3CZKA 1H09A 2ZXDA 3CUJA 1CGVA 3AIVA 3W6MA 2GJXB 4OZOA 3OA5A 3WNMA 1QVBA 2D3LA 3NSXA 3AYRA 2EPKX 1FOBA 1CDGA 3WD1A 4CN4A 5AC5A 4PMDA 1RPKA 2OWXA 1OGBA 1FH9A 1KR1A 3AIEA 2CBIA 4YHEA 4A4AA 1I1XA 3LPGA 2CKSA 2XGBA 3VNYA 3ZT6A 3WFZA 4AZCA 3EDEA 2EO7A 4P8VA 2XG9A 5CG0A 1JF5A 3KL5A 1CENA 1ODZA 4UCFA 4BF7A 5M3WA 2JEQA 1EDGA 4M24A 3PZUA 1JZ6A 3F4VA 3ARSA 3SCVA 3AHZA 4PMOA 1JD9A 1ZL1A 1MXDA 1KWGA 1PEZA 1PZ2A 2O9RA 3AROA 2Y5EA 1HIZA 4CU8A 1UHVA 1HL8A 2ZX8A 3BAWA 6TAAA 3UG3A 4HOXA 4PEEA 2FDMA 2J75A 2O9TA 4AMCA 1E6QM 2Y8KA 4XB3A 3BMWA 1W9VA 5DT5A 2GUYA 2VZOA 1XSJA 1QNSA 5LA0A 3WD0A 5C70A 1VJZA 1UWUA 1G94A 2DT1A 1B2YA 4D72A 3ZR6A 1DWIM 3AFBA 4L4OA 1PJ9A 1QPKA 4WSJA 2ZUSA 1IV8A 4QLLA 4AYSA 3VOCA 3UERA 1BGGA 1JAKA 1UD5A 1C90A 1H0IA 4U2ZA 1IZKA 2JALA 3QOMA 2VR5A 2PWGA 5DF0A 4PMQA 5LA2A 3TTYA 1UQZA 3A3HA 1ZS2A 3M46A 3N15A 2J7GA 2WZHA 5A8QA 3W28A 4W93A 2PWHA 3PZOA 3OZPA 5IFPA 1Q6CA 3D3AA 3ZSSA 4DWSC 4JKKA 2JIWA 4B9YA 1WPCA 3UG5A 1UKOA 3QHNA 2DSVA 4W85A 1W91A 2G41A 1H4PA 3PZGA 5I79A 3ZSTA 2QPSA 1DWAM 2DT3A 2WLYA 1H49A 1WE5A 1WO2A 1BSIA 2VC9A 4GO8A 1BAGA 2J74A 3HJEA 1PX4A 1FP9A 2EPLX 4DWSB 2E8ZA 3A4AA 2FHCA 3OBAA 3VU2A 3FHQA 1JZ2A 3DECA 1E0VA 4Q7NA 3AQUA 4H8UA 2F61A 3ZJ6A 2DIJA 1UZ4A 5EMYA 4GQRA 4X9YA 4CCEA 3EMCA 4ZE4A 2QPUA 3EMZA 2D23A 4C7GA 4M56A 3VD3A 3GXMA 5DT7A 4WF7A 4KH2A 3BAIA 2VQUA 1KCKA 2EBNA 2WVVA 2WMIA 3T2OA 3GM8A 1LWJA 2BY3A 3VMNA 1JGIA 1KXVA 1E6SM 3SCWA 4IUGA 3BH4A 1CPUA 1HJWA 1MQQA 4MJ4A 1PX3A 1K9DA 3BSGA 3E1F1 2BXZA 2ZOXA 5ABFB 1MQPA 3VNZA 4UZUA 1WDSA 4EANA 2GDUA 3WNPA 1QI3A 3KEHA 2VRQA 3L4YA 4XUYA 2XWDA 1AQHA 3FXYA 1Q6FA 2YKKA 4D1IA 4Z2KA 1V3IA 2BY1A 3MKKA 4XX6A 4C7DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3JUG A;  4MDP A;  2X05 A;  2WMI B;  2Y4S A;  3HU7 A;  1D3C A;  2UY3 A;  4AD5 A;  4UQE A;  4J3S A;  1CXL A;  3A4X A;  3WEL A;  4CVU A;  3VPL A;  3W82 A;  5DMY A;  3U7V A;  1HJX A;  2VCA A;  5E6Z A;  5JBE A;  4BQ5 A;  3DYM A;  2GFT A;  1V02 A;  2BNJ A;  4M81 A;  2OSX A;  3APG A;  4UFH A;  4MDO A;  4UOJ A;  1MWO A;  4W8L A;  3WUB A;  2WW5 A;  1J0Z A;  2OWC A;  2DPE A;  4MTV A;  4MPK A;  3MMW A;  4ZXO A;  3WEO A;  5D9M A;  1PIG A;  2XII A;  2D0F A;  2VR4 A;  1N82 A;  4N42 A;  1XH2 A;  5A94 A;  4HU0 A;  3RM8 A;  4YHG A;  2WKG A;  1B31 A;  1C7T A;  4U3A A;  1JF6 A;  1JZ5 A;  4J27 A;  2BV9 A;  2BXY A;  2F2H A;  3A4W A;  5GNZ A;  3L4Z A;  4NZC A;  3N11 A;  4QCF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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1V0KA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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