1V0L | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	ESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNGG

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9046818701908586__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9046818701908586__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1V0L/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9046818701908586__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9046818701908586","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1V0L/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9046818701908586__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc3ce2e34c94b25220d688/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc3ce2e34c94b25220d688/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc3ce2e34c94b25220d688/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc3ce2e34c94b25220d688/pdb.gz): 356 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces lividans
publication title	Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
total genus	134
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2004-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1v0lA00

5AY7A 4AD3A 4Z2LA 3PZVA 4F9DA 4E4PA 1FH7A 4UOJA 1ISZA 1HJSA 3W29A 2ZUSA 4FLSA 5BWFA 3WKZA 1V02E 1U30A 2VL4A 1UD3A 2G3NA 4PSRA 3ZJKA 4UOZA 1GOIA 2D22A 1CXFA 1CDGA 1WZLA 2Y8KA 1WCGA 1KXVA 3ARZA 3VIIA 3ARYA 4TOQA 3PZQA 1JDCA 3AHVA 2OYLA 1IV8A 4UQBA 1XSKA 2WKLA 1CPUA 1XHGA 1MW2A 4P7QA 5EMYA 1OD8A 4CCCA 2GJPA 2WMIB 5IHRA 3WH7A 4AZ7A 1MFUA 5CPSA 4YN5A 3AMDA 2F61A 4JFUA 3OZPA 1SMDA 3QOKA 1FHDA 3MO4A 4YPJA 1OGGA 1Q6CA 2ZOXA 1FOBA 7A3HA 1R87A 3GNRA 4DWSD 1QNSA 2ZWYA 4C7GA 5ABFB 3W27A 5I23A 1ZBWA 4AIOA 1QBAA 1VF8A 1E6PA 3O6AA 2PC8A 2YL8A 4HA4A 3EDKA 1D7FA 3CLWA 1YHTA 2WC3A 2WMGA 3S2CA 4QCFA 5M17A 3ALGA 1XSJA 2CESA 4HTYA 1MW1A 3ZJ8A 1HP4A 2WVVA 2YL5A 2WBGA 1MQQA 4F9JA 2F2HA 1G9HA 1UQZA 1JFXA 3W37A 1H0IA 4FLQA 1MYRA 3I3BA 1J9YA 5GNXA 3T0AA 2WMHA 3WH8A 3WUGA 2V5CA 1E72M 1J10A 2DIEA 4GZIA 1H4PA 2WM0A 4W86A 4AZ5A 3OGVA 3VOCA 1E0VA 4IISA 1ZBKA 3EMZA 4ACYA 4N0RA 4DUXA 2OLHA 2W5FA 3TP4A 3VDAA 1DWFM 1D2KA 5JBEA 3EDFA 3WBAA 4HU0A 4E2OA 3WSUA 2ZUWA 3DYPA 4DWSB 1JZ3A 4QLLA 3ZMRA 4MAVA 3OGRA 4PMRA 3AYRA 3CZJA 4CU7A 4L4PA 5D9PA 4DM2A 1I75A 1A3HA 1W9XA 4CN4A 1BSIA 3VUPA 2GDVA 1RD6A 3WD1A 1AQMA 1IZJA 4BQ2A 4MJ2A 2BY2A 5M5DA 2D0FA 1QBBA 2J77A 4R5EA 4QLKA 3QGVA 2YA1A 4X0VA 3D5HA 2CBVA 4AD2A 5HPCA 2WWDA 2D3NA 2XGBA 2YIHA 2CBUA 3ZT6A 4BQ3A 4E8DA 5F7UA 3GTNA 2VMFA 1F4HA 1PZ2A 2DSKA 1UKOA 2J8FA 1KGXA 2BFGA 2V3GA 5A3HA 1J12A 5EFDA 4E8CA 1XGZA 1K6AA 3WH9A 1KR1A 1CGTA 3GBDA 3AFBA 2BXYA 1MFVA 4WKFA 1N82A 4Z2JA 2JEPA 1QHZA 4GI6A 1VEOA 4HOXA 2J4GA 1EDTA 3SUTA 1TMQA 5GNYA 1HNYA 1ITCA 1TFVA 2XSBA 5TD4A 3BGAA 4IM4A 4OKDA 4H8VA 1OD0A 1HT6A 1EO5A 3UETA 3VU2A 5ABEA 5A6AA 1HJQA 2VZOA 3PZGA 3GZAA 1GQJA 2WHJA 3LPFA 3SCUA 3SURA 3VD9A 3FW6A 1QOXA 1K9DA 4WSJA 1KGUA 2CHOA 3ZQ9A 1GONA 1ZS2A 1VBRA 4RE2A 4B16A 1O6IA 3CTTA 3MSDA 2EPMX 2W63A 2O9OA 4JCLA 2OWCA 3MANA 3GYCA 4GIAA 5JBFA 2A3AA 2X0HA 2D1ZA 3B9EA 4HA1A 4JFVA 4PTVA 3NDYA 3ZSTA 3EDEA 4JKMA 4DWSC 1HJWA 1CTNA 3A4WA 1PEZA 2WHKA 1E5JA 2PWFA 1TVPA 1AQHA 1BVNP 3ZOAA 4D6EA 4D72A 2BXZA 4LX4A 2WK2A 1FH9A 1HL8A 3VGBA 3A47A 4ZFMA 3CUGA 1BYCA 1LF1A 1M04A 1A47A 1J0HA 4U31A 1KXTA 1VFFA 1JAEA 1CLVA 1EQCA 4PYSA 3RM4A 2ZICA 1EOMA 1OIMA 1SFSA 4UQDA 4MNLA 4S3KA 2VQTA 3L4VA 1WDPA 3ARVA 1XSIA 3GH4A 4HMCA 2XFYA 3CH9A 1E71M 4QP0A 3AZSA 1UD4A 4UR9A 1VJZA 9CGTA 2NSXA 2VRKA 4D71A 4P8UA 4BZYA 2VCAA 4Q22A 3AHZA 4B3LA 3F5JA 1E56A 3AS3A 5I78A 4XV0A 1QHOA 3UG5A 2CKSA 3MKKA 3ZO9A 4X0NA 2ZX6A 4LGXA 4AD1A 3BAYA 4QFUA 4ACZA 1AQ0A 4TXEA 2DT1A 1EHAA 1HJUA 2WLZA 3AHTA 1V3MA 4WSKA 2PBGA 5A8MA 2BS9A 3WL0A 5A6BA 4W85A 4LYRA 3AMGA 2DQXA 5IXEA 5ABGA 4UFLA 1ITXA 3AIRA 2CBJA 4U5IA 1JF5A 4LPCA 3AXXA 1KQZA 1KXHA 3TTSA 4W8BA 1XV8A 2J7CA 2XVLA 2Y24A 3ARUA 2G3IA 2FHFA 2FHCA 4WLCA 2A3CA 2EPNA 4W7UA 3VNYA 3M07A 1BYDA 3TTYA 2VO5A 4P7RA 1DEDA 4KH2A 3WBEA 1WPCA 4GZJA 2GJRA 3VDBA 1JZ4A 3PTQA 3B9AA 2WSPA 4M8UA 3BC9A 3WH5A 1EIBA 2E40A 1PAMA 2XUCA 4AEEA 1GVYA 4LQ1A 4CD7A 1H0GA 1UH2A 3L2MA 3VINA 4HOWA 4AZHA 1VENA 4OIFA 4J3SA 1E4NA 3BAWA 2WMJA 5A69A 6CGTA 3GXFA 1B1YA 3UEQA 5GQBA 4MDOA 1KR0A 2DT3A 2VQUA 2WZHA 3BSGA 1UWTA 8CGTA 2XYLA 4C7DA 3ARPA 1LL7A 1XD0A 3U5UA 5AC4A 2AAAA 2E0PA 2D2OA 1NP0A 2YBTA 1PX8A 3WD0A 1ZU8A 1NP2A 3VMPA 1CNVA 3GBEA 1JDAA 1JGIA 2XVGA 4LYPA 3NSNA 1CENA 4ZE4A 3M6DA 7TAAA 4KRUA 3N18A 3F5LA 1M01A 3VM7A 4JIEA 4MAZA 3EDJA 2VCCA 3BAXA 1CXKA 1K9EA 4TX6A 1OCQA 3A6OA 2ZX9A 1GORA 1W3KA 4V28A 2A3BA 3L2LA 1HVXA 3OBAA 1EXPA 2D24A 4D6HA 1OINA 2FDMA 4P7OA 4J7RA 3N1AA 5I6SA 1XH0A 3WUEA 4ATDA 5FD0A 5KZ6A 2ZIDA 3N04A 2VRQA 2XVPA 3WELA 4PMZA 5JIWA 2VRJA 3OA5A 1PZ3A 2CHNA 3AIEA 1H5VA 5BRPA 2B31A 1BGAA 2WZEA 1GHRA 3DYOA 1FA2A 1RP8A 1UWUA 1Y7VA 1ECEA 3IJ8A 5DO8A 2NW0A 1GJWA 1G0CA 2VVSA 2GK1A 5I77A 4EK7A 4ML4A 2D3LA 3O2LA 1JFHA 2VR5A 5HNNA 3POHA 4P8XA 1ZBCA 4CN1A 3OLDA 4CU6A 4W7WA 2YL9A 3CUIA 1QNQA 1VAHA 2PBOA 1UKPA 1W3LA 1GUVA 3VGFA 2AMGA 3AIWA 4KGJA 2CKRA 2VUYA 4OZOA 4AIEA 1HJVA 1V3IA 4U2ZA 4NRRA 4F66A 3U57A 1H49A 3BAJA 3ALFA 4Q7NA 1QI0A 3ZT7A 2WXDM 3UESA 4CGTA 3T09A 1MW3A 4MB3A 1QW8A 5I0DA 1OGSA 1WKYA 1I1XA 4GZEA 1UYQA 5D8WA 2CCRA 1QPKA 2VR4A 3F5KA 1V3JA 2GSJA 3K8LA 4U2YA 3VO0A 3SCWA 3IJ9A 4NSBA 1QW9A 1HXJA 1RP9A 2WSKA 4AWEA 4TVCA 1JD7A 1BFNA 4HA3A 3VGEA 1EDGA 3WNOA 1ZJAA 1MW0A 5IFPA 3WQWA 6TAAA 7CGTA 1V3HA 2ZXBA 5CGTA 1M53A 3O9NA 1W2PA 3KL0A 4UQEA 1BHGA 2BHYA 3D3AA 3GNOA 4D6IA 3WD2A 1NWSA 4KWUA 4UOQA 4H2CA 1NQ6A 4M24A 2VZUA 3HU7A 2YDRA 3TTOA 4R27A 3L4UA 3ZR6A 1DWAM 4AW7A 5A6LA 1GOWA 3W28A 4OBRA 3LPOA 1JI2A 4QLJA 3KL3A 1D3CA 4IPNB 2Z1SA 1UD2A 1NOFA 2BHZA 2YL6A 2CITA 2QHAA 3DYMA 1KWKA 2EJ1A 1C8QA 1ODUA 1MVYA 2DH2A 3EMQA 1MQPA 3S6TA 2V3DA 3WF0A 4OOUA 3RIKA 4FMVA 1ISVA 3MU7A 3N13A 2BNJA 2G8ZA 2J7EA 2XVNA 2ZX5A 1C90A 3WD3A 3SUVA 5CGMA 2YLAA 3ZIZA 3J7HA 4MNMA 3CHDA 5FIPA 3W6MA 1JYNA 4BA0A 1MXGA 2IXUA 3IK2A 1ZBVA 3TOPA 5A8QA 3MMUA 1PJ9A 4B3KA 2CETA 4J3VA 5CJ5A 2GJXB 2V5DA 2VZVA 1KWGA 1UOKA 1AVAA 3EDDA 1J0YA 2JFEX 3CUFA 3MSGA 2DSZA 1LWJA 1C92A 1E55A 1W9VA 5DEZA 3DC0A 1W9PA 1UWSA 4PMVA 1Z32X 3UG3A 2PWDA 5GPRA 3SCNA 2W61A 2WCAA 3MS8A 1FH8A 1BG4A 4UFIA 3B8SA 1E5NA 3NDZA 3NCOA 2VVNA 2WB5A 3L4WA 4M81A 1HKKA 3RCNA 4AD4A 2X8RA 3W26A 1KCKA 4W89A 5A1AA 5JUVA 5DT7A 3SCOA 3JUGA 1KBKA 5CQ1A 4CD6A 3NIYA 3WQ5A 2XM1A 1TR1A 1LG1A 2Q8XA 1CGUA 1WE5A 2D0GA 1GPFA 1B3WA 3T0DA 2XSAA 3ARQA 3VX1A 1GQLA 3T0BA 2WC7A 3CHEA 3RJXA 1TA3B 1OGBA 4A3YA 3UCQA 1HVQA 4HMEA 4HPHA 1DWIM 5A6JA 4FK9A 2C0HA 1NWRA 1NOUA 3SUUA 4MNJA 1CGVA 4H8UA 4JFWA 4UNIA 3BXWA 1BVZA 1PIGA 5E9AA 3OG2A 2WVSA 1Q4NX 4CCDA 3CO4A 2DH3A 3I3EA 4P8WA 2BY1A 3VM5A 1KXQA 5EFFA 1UR4A 3GXIA 1VB9A 3DHUA 1UKQA 4PTWA 4CU8A 1W3JA 2WVUA 4MDPA 1VRXA 3WMSA 3THCA 4UQ9A 2VTFA 2E8ZA 4D6GA 4DUWA 1GZJA 2W66A 3OZOA 4U3CA 3AROA 3WF1A 2XWEA 3K1DA 1UR0A 3UR8A 1V6UA 4ATLA 3PZOA 4AISA 5FOOA 3FAXA 3WD4A 3WDQA 3ECQA 2DSWA 3T08A 4AYSA 1KB3A 4P8VA 5GNZA 2JE8A 4LXFA 1QI4A 1W9BM 3WDRA 2WCGA 4D1JA 3FNDA 1L8NA 4BS0A 2J47A 4J28A 2ZX8A 2E4TA 1G94A 4CVUA 1C91A 3PZTA 4FLRA 3ARSA 1OSEA 5CZKA 2ZWZA 3AXIA 2OSYA 1B30A 3CUHA 1OWQA 4TVDA 4MB1A 4HP5A 5IDIA 3FN9A 3GH5A 3EMCA 1ZB5A 5BXRA 2WANA 1HJXA 3VGDA 3GXDA 1JL8A 3WDJA 2CERA 4MPKA 5C8BB 5LA0A 3II1A 1C8XA 1KQYA 3VVGA 1E6XM 3AYSA 1V08A 3RJYA 1GOKA 4CD4A 3KE0A 1CXEA 2NT0A 1JZ2A 4A4AA 2DSUA 4M56A 2WYSA 1CGWA 3AS2A 5HPOA 4PBGA 2WAGA 1DWGM 2OSXA 5A2AA 1CWYA 3T2QA 5A6BD 1NWUA 3CZ8A 4J3TA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1V0LA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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