1V0LA

Xylanase xyn10a from streptomyces lividans in complex with xylobio-isofagomine at ph 5.8
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
ESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces lividans
total genus 134
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v0lA00
4UCFA 4UQAA 5FOOA 3FY1A 1XRVA 1QPKA 1JZ3A 3WQ6A 4JCMA 1BYBA 3ZJ8A 2BHUA 4W88A 1UD4A 3K4AA 2WW5A 5I5RA 2WCAA 1GOIA 3GBEA 3NJ3A 3N17A 3IJ8A 3VD5A 3RIKA 3N11A 5I0DA 2W67A 2CYGA 1ZBVA 3EDDA 4ML4A 1K9EA 2DEPA 4AZ5A 1E4NA 3THDA 1V3MA 2G3MA 1KXHA 1FOBA 2BV9A 4PCSA 1H09A 4FLOA 2XSBA 4HMCA 1KGWA 1J0JA 5I2UA 2FHFA 1OM0A 2WCGA 1W1VA 5A2CA 3WNOA 3ARVA 3WEMA 4UOQA 3QOKA 2VX6A 2VZOA 1V08A 1BFNA 3PN8A 3AYSA 1MWOA 3WFZA 2AAAA 1QNPA 5BCAA 1HJWA 2X0HA 1M04A 4DM1A 5CG0A 4BS0A 2X05A 1I1WA 4QP0A 3VIHA 3VNZA 1BPLB 4MJ2A 1V3LA 1BAGA 3VOCA 4IPNB 2PWFA 3VNYA 1ODUA 4JIEA 1W9VA 1GHRA 5A6LA 7TAAA 4MAZA 3GZAA 3F4VA 4P7NA 4M81A 3T0DA 1GORA 5DF0A 1UZ4A 1CEOA 1CIUA 3AS2A 2VRKA 2X8RA 1G01A 3IAPA 3BCFA 4DM2A 1Y7VA 3I3DA 1K9DA 3N15A 4MDOA 3WY1A 1CNVA 3ARXA 4AZCA 2OSYA 2E40A 4E2OA 1JNDA 4A3YA 1UR2A 4PMYA 4QCFA 3CHEA 1J01A 4JZ5A 1GW1A 1QI2A 3K1DA 1ZBWA 4C7DA 2E9MA 1FH9A 1WZAA 4PMVA 3WL1A 1BGGA 3FAXA 9CGTA 2A3BA 5JIWA 1W32A 2BVDA 2EBNA 2J7BA 3S2CA 4GZJA 3ZIZA 2WMFA 1FHDA 2WM0A 1VFFA 2GSJA 2J79A 4AD0A 5E0CA 2B31A 5E6YA 2PC8A 1G94A 4ZENA 4HMEA 3MUZ1 3VIKA 2OSXA 2OWCA 2CCRA 2XFYA 4OJYA 4C7GA 4PTVA 3KEHA 2Y5EA 4M56A 4BF7A 4CD5A 3FNDA 5EMYA 3BC9A 3PZGA 3OA5A 2GK1B 1TG7A 1E0XA 4GO8A 1JAKA 3CO4A 4WK9A 1NWTA 2J8GA 1J11A 3UEQA 1UKPA 2Z1KA 4N0RA 1LWJA 3BCDA 3TP4A 3L4YA 2DT1A 3W0KA 1UR8A 4LX4A 2ZWZA 4OKDA 2XFFA 2WPGA 1OB0A 5GNXA 4U33A 1UR1A 4JHOA 3SUUA 5A1AA 1G1YA 2DSWA 2ZE0A 4OIFA 1VFOA 4F79A 2Y8VA 2XVKA 3PHAA 3TTQA 3AJ7A 3WH5A 1W91A 1FH7A 3AS3A 5I3DA 3W38A 5CQ1A 3J7HA 3VGBA 1E1EA 5FIPA 1GJUA 1BVNP 1VIWA 4MB3A 4PMRA 2AOSA 3RM8A 4TUFA 1OWQA 2WMJA 2VX7A 4E4PA 1E6RA 4IM4A 4OBRA 4W8LA 1DWGM 3B9EA 2DDXA 3N18A 3CZLA 2OWWA 5A8MA 4MJ4A 1V0NA 1VAHA 1QHOA 3KL0A 4Z2LA 4GPNA 5I6SA 1I1XA 1HKMA 2E8YA 4XUYA 3WD2A 3WKZA 2WZEA 3ZSTA 2E3ZA 1VB9A 3L4ZA 4YPJA 1JDDA 3L4WA 2DGAA 2DH2A 2WKGA 1OSEA 1H4PA 1L8NA 4UFLA 2GFTA 1E5JA 2J4GA 1Z32X 5IFPA 4V27A 5DMYA 5CPTA 4JFWA 2WSPA 5GNZA 3POCA 3BMWA 1EOKA 2OYKA 1SMAA 2PWDA 2CBJA 3QGVA 1B30A 2EJ1A 2GDVA 3AMDA 1NQ6A 2C8NA 4ZE4A 2BXZA 2GVYA 2VO5A 3CUGA 4UFIA 4F66A 3FAWA 3WFLA 3CGTA 1CXIA 3ARRA 3VKKA 3U7VA 1JI2A 1UWTA 4H8UA 1DEDA 1UYQA 4P8XA 5BXTA 2DPEA 3VGHA 3OZPA 2V3GA 4MNJA 5LYRA 4KRTA 1DP0A 3CMGA 1EGZA 3MMUA 3WD3A 5BRPA 3VIIA 1IZJA 4UOJA 3PBGA 1W9PA 1KQYA 3ZO9A 4PUDA 2A3EA 4KRUA 2QPSA 5IFTA 3AOFA 4U3AA 3WBEA 2BY0A 2XM1A 2CBIA 3VILA 3DYMA 5A8QA 1TE1A 4CD4A 3AIEA 3AQUA 2J62A 1E6XM 1C3FA 4AD4A 1OD0A 1KFWA 4F9DA 1TMQA 5FL1A 3QHOA 3KL5A 4B9YA 1IV8A 1V6UA 5FD0A 3AIBA 4YN5A 1X6NA 4XZWA 3GDBA 1XHGA 4KGLA 2CXGA 3WMBA 1CXEA 4AD2A 4LGXA 3ZM8A 3F5LA 5GPRA 4J3SA 3ARTA 4CD6A 5EB8A 1J12A 4URIA 2CNCA 3IJ9A 3O6AA 3ZSSA 4CUCA 1JF5A 3THCA 2BVYA 1CGXA 3VM7A 2ZWYA 1TFVA 2MANA 2ZX8A 2D20A 1UR4A 2WZHA 1QNQA 4X0NA 4RE4A 2FHCA 1BG4A 1KWKA 3RJYA 4PSPA 5E0FA 3WDRA 1UWUA 2CERA 1D3CA 4JL1A 5C71A 3NSNA 1RP8A 3GXDA 1HF6A 1NOWA 1PPIA 4GKLA 3SUWA 3GM8A 3VIMA 2WZIA 1SFSA 3LMYA 5HNNA 1UQYA 3CUFA 3L4TA 2DSKA 5DT5A 4C7FA 1JZ5A 2VVSA 1OT2A 1UZ1A 2C0HA 5AC5A 1WZMA 2WHKA 8CGTA 4Z2JA 2XWDA 4QDMA 1H41A 1CGTA 2JF7A 2F8QA 1ISYA 3VUPA 4D6FA 4D6GA 4EANA 3ZMRA 1V6VA 1UWIA 2VI0A 1OIFA 3CHCA 2YLAA 3DC0A 4H41A 3ECQA 3SUSA 5HBFA 2CHNA 3WDQA 4U31A 4TOQA 3AHVA 1BGAA 1LQ0A 4K68A 1XD1A 1LJYA 3MUAA 2VCCA 4J7RA 5E09A 2BXYA 3VVGA 4PMZA 4EE9A 1EXPA 2DQXA 4L4PA 4UFKA 3W53A 4AW7A 4M8UA 1LG1A 4M80A 1E6ZA 3WSUA 1Q6DA 1MW3A 3KE0A 3GTNA 3AZSA 1GNXA 3O2LA 1QOXA 1CWYA 1CXKA 1U2YA 1UHVA 1BYCA 1C7SA 2GJRA 4FLRA 3WQWA 5DO8A 1CGUA 1NH6A 1H0IA 4J28A 5BRQA 5LA0A 4Z2KA 2DH3A 3BAWA 2QMJA 2JIWA 4AZBA 2YA1A 4XV0A 4FLQA 4WSJA 4HOWA 1B0IA 4AWEA 3SURA 4J3VA 4CCDA 3QHMA 5D9NA 1H11A 2VT0A 5GNYA 1J9YA 1ECEA 2ZUSA 1W1TA 1NARA 2CEQA 4GINA 5EFDA 3EDEA 3FHQA 3K8MA 3W29A 1O6IA 4F8XA 2XSAA 2QV4A 3WF1A 3LPOA 1HJXA 2ZXQA 3VU2A 1CXHA 2E9LA 3QHNA 4AEEA 1D7FA 5KEZA 1NOUA 2W62A 3A3HA 1GZJA 1HX0A 4P7LA 3DYOA 1E5NA 4CKQA 1K9FA 1E4MM 1Q6GA 3CUIA 1E3XA 2UY4A 2FHBA 1B3VA 1CXLA 1G0CA 3BAJA 4QLKA 5A8OA 1E4IA 5CLTA 4UQDA 3PTMA 2JFEX 1K9TA 5EBAA 4GI6A 2XIBA 1W3HA 2WMGA 3ARYA 3ZR5A 1PAMA 2BNJA 4UOZA 4GI9A 1B3ZA 3EBVA 4OZOA 1M03A 1V0MA 2VQUA 4J3XA 3OG2A 1VEMA 4GQRA 4HMDA 4DWSD 3VDAA 3WN6A 1JFHA 3N1AA 1EO5A 4W7UA 3GH4A 3A4WA 3WNKA 4KMQA 4DUXA 4D6EA 2VVNA 1MYRA 1ITCA 3VGEA 1MFVA 1W3LA 1ZBKA 1WPCA 2ZXAA 2WC7A 2GJXA 2ZXBA 4PYSA 4W7WA 3T0AA 1W9XA 4AD5A 3K4DA 4HU8A 2W5FA 4J27A 3PZUA 5BROA 2GJXB 3VX1A 2PWGA 4TX6A 1JYNA 5TD4A 4CN4A 4BZYA 3WD0A 2W66A 1ISWA 2XFRA 4CD7A 3POHA 1WE5A 1UWQA 3RPMA 4OOUA 1ZB5A 3CBWA 2VMFA 1UD3A 5AY7A 4NRSA 4NF7A 4AC1X 1PJ9A 1GUVA 3ZJ7A 2OWXA 2WAGA 3AXHA 4Z2GA 3SEPA 1QBAA 1GONA 4UFMA 1B31A 3HU7A 3D3AA 5I78A 2XG9A 3UG3A 1DWAM 1MW2A 4PMXA 3VGDA 2AMGA 1WNOA 2WB5A 4GZEA 2VX5A 1C92A 2ZUMA 3PZIA 2XHYA 2JIEA 2Y24A 4WKHA 1XYZA 1FP9A 1X1NA 3IANA 3CZEA 2WCSA 4PTXA 1GVYA 3MANA 3F5KA 3BSGA 1C90A 1Q4NX 2WHMA 2FH6A 1GHSA 4AXNA 1CLXA 3GNRA 1KCLA 5AYBA 1IZKA 1XSJA 1BYDA 4HPGA 1UH4A 1E1FA 2J7CA 2WVVA 3APGA 3BLKA 2J25A 4H04A 1QNRA 3MKKA 4HA3A 2VURA 3EMCA 3TOPA 4AZCB 1D2KA 3AIVA 1W1PA 4PEEA 2ZUTA 3CTTA 1OBAA 2WVUA 2VL4A 1DWHM 1QBBA 4W84A 3VGGA 2BY2A 3AZRA 1JDCA 4GI8A 2WNWA 3ARPA 3GXIA 2G3IA 1ZJAA 4AIOA 2YKKA 2VX4A 2YA0A 1XH2A 2QPUA 1RP9A 3MV11 1TVNA 2HISA 5JIPA 1KXVA 4P8VA 4XB3A 1UQZA 2PWHA 1CYGA 2J7GA 3GBDA 1CTNA 4H7VA 1EOMA 1JZ6A 2XTKA 1XGZA 4H8VA 3VIPA 3GXFA 3WEZA 3WUEA 4R27A 1W3JA 1XSKA 2CITA 2BY1A 3AMCA 4GQQA 3ZQ9A 4D1JA 6A3HA 1WP6A 5IXEA 2WMHA 3SCRA 2ZX6A 3KL3A 4PBGA 1JXKA 3BGAA 4M82A 2Y2WA 2BVTA 4MB4A 3PZQA 3AS1A 2VZTA 5CSYA 1UR0A 3L4VA 3CZ8A 3SCOA 3E1F1 4L4OA 1ZU8A 2Y4SA 1HKKA 3W6LA 3U5YA 1C91A 4RL3A 4P8WA 4CCEA 1LL7A 1G5AA 1XV8A 1CECA 2CBUA 2IUZA 4U5KA 3T0BA 1H2JA 5A6BA 3BAIA 3WQ8A 4J3UA 3WNLA 1RH9A 1HP5A 3VDBA 2CHOA 1GVIA 1WZKA 1HL9A 3ARWA 1E55A 5A6AA 4IUGA 3PTKA 4V28A 4AMCA 4UTFA 4TVCA 1MXGA 3ARSA 5FKYA 3PZMA 3L2MA 4UZUA 1W9DM 1US3A 3VMPA 3VD3A 4D71A 1QW8A 3EDKA 3KZSA 2BS9A 1W2PA 2A3HA 3VTRA 4GO9A 1FA2A 1EDGA 1V02E 1HT6A 5JUVA 5BWFA 1XYFA 2J7FA 3BXWA 1FFQA 3WMSA 2XWEA 4MTVA 2J74A 4IISA 4XX6A 3FW6A 2TAAA 1J0ZA 1JZ7A 1FP8A 1U33A 3WF2A 2XGBA 3CIVA 3NSMA 4AIUA 1HN1A 2UY2A 1V3JA 3W27A 3RM9A 1E6NA 3NDYA 4UR9A 2NT0A 1VEOA 4KH2A 2EO7A 4CGTA 2J78A 1LLOA 1HVXA 4JFVA 2NT1A 4B3LA 2X09A 3IAQA 2YOCA 4BQ2A 2PF0A 3W37A 1PX3A 3CUHA 4MB5A 3AHTA 1AMYA 3SCNA 1UA7A 1UOKA 5E70A 4TVUA 2D1ZA 1HVQA 3PZOA 1F4HA 1NWUA 2D23A 5CPSA 1UKOA 1GCYA 3ZJKA 2DSVA 1OD8A 3AIUA 3ZOAA 3EDJA 4D6CA 2XVPA 2WXDM 3AHZA 5A3HA 4J3WA 1EA9C 3UESA 2WKLA 4PSRA 1JYVA 4JFTA 3BAKA 2YL6A 1CPUA 3UG4A 3T08A 3W4RA 1E3ZA 1VJSA 1VBRA 4W93A 1W1YA 4BA0A 3ZT6A 3OB8A 3WF3A 1B3WA 3EMZA 4S3JA 1B1YA 2QF8A 5HPOA 5A69A 4U5IA 4MDPA 4S3KA 1QNOA 2WBGA 5M3WA 4AY1A 1B3XA 3WQVA 1GJWA 2IXVA 2RGMA 3SCVA 2ZICA 5D9MA 3ALGA 1GPFA 1E70M 2XJ7A 3VIFA 3U57A 3EYPA 2VJXA 3OLIA 1VBUA 2ZUVA 5E9AA 1UH2A 3W28A 3T2OA 2ZUWA 3WENA 4HOZA 3AS0A 3SCSA 4PCTA 1UKTA 3TTSA 4B3KA 3ARQA 4CN1A 4ATWA 2W91A 3AFBA 5BXSA 4Q7NA 2OYMA 4ATDA 1ZS2A 1VENA 1PIGA 2BY3A 2ZIDA 1JZ8A 3MU7A 4DWSA 4W87A 4AZ7A 4HA1A 3A47A 1W9UA 2UY3A 4WF7A 3ARZA 4LYRA 3SCPA 5ECUA 1KB3A 4DWSB 1FH8A 2ZUNA 1E72M 4NI3A 1BTCA 4H8HA 1JF6A 4H2CA 2VTFA 3PZ9A 2WK2A 3VO0A 1W3KA 3BAYA 3AISA 3M07A 3N9KA 1HKIA 4PMOA 2WHLA 1C8XA 3FHAA 2A3CA 1HKJA 2W63A 1GOWA 4B15A 2HVMA 5A6SA 1UD6A 1V03A 1E43A 3AZTA 2DIEA 4LYPA 1QNSA 4P8UA 5AYIA 4NSBA 1Q6CA 3LPPA 4NZCA 3ZT5A 1ISZA 3ZR6A 3SIMA 4HP5A 1HJUA 4UNIA 5HPCA 1KWGA 4LXFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UCF A;  4UQA A;  5FOO A;  3FY1 A;  1XRV A;  1QPK A;  1JZ3 A;  3WQ6 A;  4JCM A;  1BYB A;  3ZJ8 A;  2BHU A;  4W88 A;  1UD4 A;  3K4A A;  2WW5 A;  5I5R A;  2WCA A;  1GOI A;  3GBE A;  3NJ3 A;  3N17 A;  3IJ8 A;  3VD5 A;  3RIK A;  3N11 A;  5I0D A;  2W67 A;  2CYG A;  1ZBV A;  3EDD A;  4ML4 A;  1K9E A;  2DEP A;  4AZ5 A;  1E4N A;  3THD A;  1V3M A;  2G3M A;  1KXH A;  1FOB A;  2BV9 A;  4PCS A;  1H09 A;  4FLO A;  2XSB A;  4HMC A;  1KGW A;  1J0J A;  5I2U A;  2FHF A;  1OM0 A;  2WCG A;  1W1V A;  5A2C A;  3WNO A;  3ARV A;  3WEM A;  4UOQ A;  3QOK A;  2VX6 A;  2VZO A;  1V08 A;  1BFN A;  3PN8 A;  3AYS A;  1MWO A;  3WFZ A;  2AAA A;  1QNP A;  5BCA A;  1HJW A;  2X0H A;  1M04 A;  4DM1 A;  5CG0 A;  4BS0 A;  2X05 A;  1I1W A;  4QP0 A;  3VIH A;  3VNZ A;  1BPL B;  4MJ2 A;  1V3L A;  1BAG A;  3VOC A;  4IPN B;  2PWF A;  3VNY A;  1ODU A;  4JIE A;  1W9V A;  1GHR A;  5A6L A;  7TAA A;  4MAZ A;  3GZA A;  3F4V A;  4P7N A;  4M81 A;  3T0D A;  1GOR A;  5DF0 A;  1UZ4 A;  1CEO A;  1CIU A;  3AS2 A;  2VRK A;  2X8R A;  1G01 A;  3IAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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