1V0NA

Xylanase xyn10a from streptomyces lividans in complex with xylobio-isofagomine at ph 7.5
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces lividans
total genus 132
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v0nA00
1JI1A 1VB9A 5TD4A 5A3HA 4PRWA 3VD9A 2ZUUA 1E55A 1QPKA 1G5AA 1CLVA 4QLJA 2EBNA 4B9ZA 4FK9A 4GO8A 2ZUMA 1VEPA 4P8VA 1UUQA 1J10A 4UQAA 1CXEA 3J7HA 1KB3A 3IANA 4D71A 1ZJBA 1E6ZA 4A4AA 2CYGA 2OWXA 4PMOA 3O6AA 4AD5A 2EQDA 5M17A 2Y8VA 4HP5A 1M01A 4YN5A 3WH9A 1MW1A 4MB5A 5DO8A 2G4FA 2VC9A 4OKDA 2X0YA 4TUFA 4X0NA 3NSNA 2VJXA 3WQ6A 1V3KA 2YOCA 3TP4A 2BS9A 2VQTA 3WBEA 4NF7A 1O7AA 4ZXLA 4HOZA 1VFFA 2BHUA 5A6LA 2JEPA 3WH6A 3CHDA 2VZOA 3WFLA 1PX3A 3AIBA 1QBBA 3SCNA 1BVNP 1Y7VA 4ZE5A 4Z2KA 1OGGA 1XHGA 4YHEA 3OIHA 3CH9A 1W91A 4LPCA 3PZQA 4MNLA 3TONA 3OGSA 3IJ9A 3ARUA 3TTYA 2VRJA 1GQLA 3EMZA 1NWTA 1JXJA 2V3FA 3F4VA 1CGUA 3NUKA 4OIFA 4UFJA 3BAYA 1Q6EA 3PZOA 1UKSA 2CPUA 3I3EA 4YPJA 2J7DA 3AMLA 1DWJM 5CJ5A 3CLWA 3POCA 4GQQA 4DWSA 4MJ4A 5D9OA 2GDUA 1WDQA 3QHNA 4WKHA 3AROA 2C0HA 1QNSA 2O92A 1OD8A 4AIEA 2ZX6A 4E2OA 3ZO9A 3OZOA 2D0HA 2FHCA 1H5VA 3PBGA 3W27A 2VTFA 1H09A 3K46A 5ABGA 4GIAA 4UOZA 4RE3A 5CSUA 3BSHA 1H1NA 2X1IA 1YHTA 3K4DA 1HJQA 4LQ1A 3VIIA 3W6MA 2DEPA 5CSYA 3WDRA 2A3AA 4QFUA 3U5UA 4HOXA 2BNJA 3BAJA 1WKYA 1E6QM 4J7RA 4HMEA 1J12A 3WNKA 5AY7A 4JFVA 3A3HA 4L4OA 3UG4A 3D3AA 1HF6A 1HXJA 3B9EA 2YJQA 4TXEA 4ATDA 1MW0A 3ARPA 2XSAA 2IUZA 4H8UA 1CGTA 3MV01 2XGIA 1G1YA 3THCA 4PTMA 5HXMA 4XZWA 5CLTA 3ZT6A 1UHVA 4Q7NA 4F66A 4Z2HA 2WPGA 2Y5EA 1ESWA 3A4AA 2OLHA 3KEHA 1GVIA 3OBAA 1ODZA 2PWDA 4B16A 2WMFA 1OGSA 3GXMA 3FNDA 4WSKA 3T2PA 1E4LA 3L4VA 5A8MA 5CLWA 2WCSA 3ZT5A 1KGXA 2GJPA 2DSWA 8CGTA 3BXWA 4C7GA 4D6FA 2YL8A 1MQPA 1US3A 3WDQA 2WC4A 2O9PA 5IFTA 1H41A 1OCQA 3WD4A 2YDQA 3GM8A 2BXZA 3ARZA 3I3BA 1H0IA 1GQKA 1E15A 3AISA 3WN6A 2O9TA 4WLCA 2WCAA 3OGRA 5A8NA 3DYMA 1DTUA 1CXFA 2WNWA 4TVUA 3ZSTA 2CHNA 3N1AA 4XB3A 1ECEA 1C90A 1OBAA 2GSJA 1XSKA 4J27A 5I24A 5A6BA 1JZ8A 1UG6A 3L4UA 1ZL1A 1E4MM 1WZMA 2DQXA 3PZTA 1AQ0A 1J01A 1CDGA 3RMEA 2JE8A 1WB0A 1CGWA 1KBBA 5LA2A 2A3HA 3EDEA 3WSUA 2FGZA 2VX6A 2VCCA 1W9DM 3PN8A 3II1A 2JFEX 1ZU8A 3MMWA 2JF7A 1CXHA 1B2YA 1E0WA 1CXKA 4CCEA 1UWQA 3QHMA 1E6SM 3LPOA 1Z32X 3BAKA 2UY4A 4QCFA 2VOTA 1VF8A 1E56A 3FHAA 1XH2A 2AAAA 1AMYA 4DUXA 3VGGA 2WMKA 4L4PA 1VJSA 2EJ1A 3RM8A 5IXEA 4J3TA 2O9RA 3BC9A 3RILA 1FH7A 4HA4A 3SUSA 1UWIA 2E9MA 4D6GA 2WMJA 3WQVA 1F4HA 1WZKA 2FGLA 3HMCA 1UKOA 3W81A 3ZJKA 1FA2A 3VGDA 1G01A 3MUY1 3IJ8A 4KMQA 2GFTA 1E9LA 2CETA 4ZE4A 1NP2A 4YHGA 4CU8A 3DC0A 3CTTA 4UQDA 4AEFA 3MS8A 3BH4A 4AZCA 1GOOA 4F8XA 3VDCA 4LYPA 1VFMA 2OWWA 5JBFA 2ZIDA 5ABEA 1XSJA 2WMHA 1HJXA 1DEDA 3AIVA 4PCTA 4D6HA 4PUEA 1C7SA 1W9BM 1CXIA 3CZGA 3BAXA 4PTWA 2J78A 2ZXAA 2GUYA 2ZUWA 2PBOA 2VR4A 4R27A 4J3WA 1PEZA 2OSYA 4UQ9A 2QV4A 3U5YA 1V3JA 5A95A 1GOKA 1XGZA 3VMNA 1E70M 3W38A 2YL9A 3OLGA 5A2BA 2VX4A 3VVGA 3RIKA 5FD0A 4B3KA 1PBGA 1E43A 2Y24A 1V3IA 1NWSA 5HBFA 3GXIA 3MSDA 1E73M 4MB1A 1WPCA 1US2A 4WF7A 1CECA 4JHZA 2VCBA 3KL3A 3ARXA 1R7AA 5AYBA 5IDIA 3WY1A 1A3HA 3PZVA 2GVYA 5BXTA 2J62A 2XJ7A 1R8LA 2ZUVA 3VMOA 4EKJA 1E3ZA 2F61A 4URIA 1GOWA 4ZENA 5GNXA 3LMYA 2NSXA 3APGA 1J11A 2XSBA 3K1DA 4NI3A 5DT5A 1RPKA 2WKLA 4AD1A 1E4IA 2RGMA 2VR5A 2VUYA 4W89A 4WSJA 1WE5A 2WZIA 1HJWA 6CGTA 4KGJA 4M1RA 3N18A 1QBAA 1W9PA 3S6TA 3K4AA 1QI5A 3BAIA 3AZRA 2CERA 1WZAA 3VGEA 1E40A 1GJWA 2WWDA 1E1EA 3BLPX 5LYRA 4PSPA 3BSGA 1V0NA 3DYOA 3SCQA 4MADA 3UG5A 1JNDA 1JXKA 4PMNA 5IFPA 5DEZA 5D9PA 1O6IA 1IZKA 4QCEA 3A4XA 3GNPA 5EFFA 3POHA 4U5IA 1WP6A 5CGTA 2ZXQA 5E0FA 3NJ3A 4AISA 1WO2A 1OWQA 3VO0A 2QPUA 4GZJA 2XTKA 1I75A 1UWTA 1UA7A 1V02E 1HP4A 1V03A 3MUAA 4M29A 4MDPA 3AIRA 1UD6A 4HU0A 3PZIA 3IAPA 3WUEA 2DT3A 3MUIA 2A3BA 3RCNA 1UKTA 1RP8A 3HJEA 3ZOAA 2OYLA 1K9FA 2WZEA 3VIMA 2J74A 3TTOA 1B90A 1V0MA 5CPSA 2XWEA 1QOXA 3UETA 1OSEA 1NARA 1CIUA 2QPSA 4N0RA 4P8WA 2HVMA 5D9NA 1TA3B 1P6WA 1TFVA 2AOSA 1H3GA 1LL7A 1VBRA 3S2CA 3KWXA 4BZYA 1J0ZA 2PB1A 1LL6A 4AIUA 4AZIA 3M6DA 4EANA 2F2HA 4AZCB 1JGIA 3KE0A 2NW0A 3ZJ8A 1KCKA 3ZR6A 1EDTA 3WF0A 3VD5A 4JFSA 1JNEA 1X6LA 4AZ7A 2IXUA 4DM2A 3WD3A 3GBDA 5JBDA 4FLQA 4PN2A 4H8VA 1QNRA 3ECQA 1ZB5A 1W1YA 4TX6A 4PMZA 3UEQA 3M46A 1XYFA 3VNZA 1JI2A 4DM1A 1UH4A 1B0IA 1BG9A 3SIMA 1OT1A 3DHPA 5I6SA 4JFTA 1HKJA 1E5NA 4PSRA 1GHRA 2VZTA 1UZ1A 5A94A 1B3VA 1HIZA 2FH8A 1UR2A 4W5ZA 1SMAA 1B1YA 2WLYA 3EMCA 1V3MA 2W91A 3IJ7A 4KRTA 3CUIA 1W9VA 3FY1A 2YBUA 3AIWA 3VD4A 4AD4A 4E8CA 1HKIA 5I5RA 1S46A 1JYXA 5KZ6A 4GQRA 4CD7A 4JFWA 2DSKA 3OLEA 4NRSA 1UR8A 1MXGA 2YL5A 5I0DA 4KH2A 3GBEA 1CENA 1HL9A 3VIKA 3WF2A 1DWGM 1ZBCA 1TMQA 3CHEA 4B15A 1E6PA 4Z2LA 1BGAA 5M5DA 3VX0A 6A3HA 3ALFA 4UCFA 3AXHA 1C91A 1KFWA 1NWRA 2D1ZA 5I79A 1MW2A 2D24A 1HJUA 4HTYA 1KBKA 2PWFA 4ACZB 1NWUA 2DT2A 5A6AA 2W5FA 1NM9A 2QMKA 4PUDA 4JCMA 3U7BA 1C92A 2BVYA 1V02A 4MDOA 3AIUA 4W7VA 2ZE0A 2BY3A 3CMJA 3ZT7A 2WVSA 3O2LA 1FHDA 1QI2A 1UWSA 2J7GA 2A3EA 2D3LA 4J3SA 3T09A 4R5EA 4B9YA 1GVYA 3AYRA 1QI3A 3WEMA 1IT0A 2E8YA 2XVKA 1JZ4A 1H49A 3TA9A 2VZSA 2DH2A 1GJUA 2XGBA 1D3CA 5E6ZA 4M80A 1UR4A 4W93A 1W3JA 3W26A 4ATWA 1K9EA 1EDGA 2CKRA 3WIJA 3W28A 2EPLX 4H8HA 1C8QA 3CHCA 4MPKA 3A47A 3T0AA 1LL4A 2J7BA 1QHZA 1GOIA 1MVYA 5JIPA 3VU2A 2YKKA 1L8NA 5FOOA 1UA3A 1WDSA 2TAAA 1NOWA 2VX7A 1BLIA 4P8UA 3WUGA 2WVVB 3SEPA 2Q8XA 2UWFA 2CCRA 2GK1A 1F4AA 2VRQA 1SR0A 2BY1A 1ISXA 2EPMX 3WUBA 1L0PA 4TOQA 1W1VA 2X2YA 4CN1A 2EXOA 2WBKA 1G94A 4AMCA 1JZ7A 4UZSA 3WL1A 3WNPA 3RPMA 3CUGA 3ZIZA 3GH4A 5LA1A 2DPEA 3AFBA 1NOFA 4PTXA 1DWFM 1XD1A 4XUYA 3EDKA 3AMCA 3WNMA 2DSVA 4HPGA 2YA2A 1OINA 3VM7A 2EPOA 1B3YA 3NSMA 1EA9C 5DF0A 2D23A 5AC5A 2JIWA 1BF2A 1CZ1A 2G3IA 1NP0A 3AQUA 4AXNA 1E0VA 2HISA 4M82A 5C71A 3L4ZA 4P7LA 2X05A 1SYTA 1ITCA 3W53A 2JEQA 5D8WA 3ARQA 1OGBA 2GJXB 3PHAA 3QOKA 4HZ7A 3WKZA 1BGGA 3CO4A 2WYSA 5FL1A 1QHOA 4V2XA 2V38A 4PBGA 3ZJ7A 4PEEA 5BYWA 1PPIA 1EOKA 2OSWA 4N42A 3UR7A 2WSKA 5EFDA 2XM1A 4AZBA 2FH6A 4ZEPA 2BVDA 2YL6A 3AIEA 4AC1X 2VQUA 1KR0A 2RGLA 4GPNA 5CPTA 2W62A 3BMWA 2DSUA 1CEOA 3GDBA 1Q6FA 3NCOA 3N04A 1GQJA 1TG7A 3AMKA 4AW7A 4BQ5A 1W3HA 4H7VA 1CGVA 1ZJAA 3AHXA 4TTGA 3CHFA 2Z1SA 3B9DA 1XC6A 3CZEA 4EK7A 4JL2A 3DHUA 4CGTA 4MAZA 2WXDM 3OB8A 4CU7A 3WQ5A 3JUGA 3D5HA 3L2LA 5F7UA 4WKAA 3T08A 1XSIA 1WAWA 1DWHM 1E5JA 3ZJ6A 5JIWA 1B31A 1E71M 5ABHA 3MMDA 4DWSD 3ZQ9A 2D20A 3AHYA 3AMDA 5E70A 4Z2GA 5A2AA 4JIEA 4IM4A 1C3FA 3IAQA 3TTSA 3HU7A 1UD3A 4GI8A 7TAAA 3ARVA 3K8KA 2VMFA 4DUWA 3N12A 2YLAA 4XZBA 2W63A 1J0KA 1UR9A 2ZWZA 3SCVA 3W0KA 1GNXA 4CN6A 1Q6CA 4AD0A 3VIPA 2V3EA 5BWFA 1E4NA 1E6XM 4BA0A 4QAWA 2XFRA 1BPLB 4JL1A 1UWUA 1EHNA 1JF5A 1JF6A 2XIIA 2ZUNA 1KXQA 4P8XA 2J79A 1LG1A 1X6NA 3FAWA 4QDMA 3MV11 1G0CA 1CGXA 4ML4A 3M7SA 4H04A 5A8PA 1B3WA 2WANA 2D22A 4D6EA 3RDKA 4DWSB 2OYKA 1E6NA 1FH8A 4MTVA 2YIHA 2WMGA 5JUVA 1E6RA 3WDJA 2GJRA 1BYCA 3WF4A 2CBIA 2WC7A 1VRXA 4HMCA 2CEQA 2W4XA 4TX8A 1J9YA 1EGZA 2D3NA 9CGTA 3IK2A 3MMUA 3RJXA 5A8QA 4D6IA 3VIJA 2PC8A 1BYDA 1JYVA 1MQQA 2V5CA 1GHSA 4IPLA 3SUWA 4M8UA 4OOZA 1RD6A 5M3WA 1UKQA 1RP9A 2F8QA 5LA0A 1VJZA 4NZCA 3AS0A 4U2YA 2FDMA 3WD2A 3ARWA 4PMXA 4S3KA 4AEEA 3VPLA 3RO8A 4UR9A 3WH7A 2WCGA 2OYMA 4C7FA 2G3NA 2QLYA 4PMYA 1U33A 3W24A 4A3HA 3WDHA 4Z2IA 3N17A 4UFHA 4U5KA 5BRPA 4CU6A 1C8YA 2ZXBA 3WNNA 1EO7A 4PMDA 3OZPA 3L4WA 3WDPP 1WDPA 2X0HA 1IV8A 2FHBA 2XYLA 3WEZA 5A6BD 1QW9A 1ISZA 3NDZA 3QHOA 1AQHA 3WENA 4F9JA 1NOUA 4W7UA 1R86A 1K9DA 1GCYA 2XVGA 1HKKA 4QLLA 4TVCA 3AS3A 4IUGA 4LXFA 4CD6A 1JFHA 3FW6A 2WW5A 3VILA 1B3ZA 1M53A 1TR1A 3MUZ1 4PMUA 1KXHA 1QVBA 1M03A 3UG3A 2X8RA 4D1JA 1XYZA 3NYDA 2Y2WA 2ZWYA 5D8ZA 1FFQA 3WH5A 4UOQA 1EH9A 1I1WA 2C8NA 1H2JA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JI1 A;  1VB9 A;  5TD4 A;  5A3H A;  4PRW A;  3VD9 A;  2ZUU A;  1E55 A;  1QPK A;  1G5A A;  1CLV A;  4QLJ A;  2EBN A;  4B9Z A;  4FK9 A;  4GO8 A;  2ZUM A;  1VEP A;  4P8V A;  1UUQ A;  1J10 A;  4UQA A;  1CXE A;  3J7H A;  1KB3 A;  3IAN A;  4D71 A;  1ZJB A;  1E6Z A;  4A4A A;  2CYG A;  2OWX A;  4PMO A;  3O6A A;  4AD5 A;  2EQD A;  5M17 A;  2Y8V A;  4HP5 A;  1M01 A;  4YN5 A;  3WH9 A;  1MW1 A;  4MB5 A;  5DO8 A;  2G4F A;  2VC9 A;  4OKD A;  2X0Y A;  4TUF A;  4X0N A;  3NSN A;  2VJX A;  3WQ6 A;  1V3K A;  2YOC A;  3TP4 A;  2BS9 A;  2VQT A;  3WBE A;  4NF7 A;  1O7A A;  4ZXL A;  4HOZ A;  1VFF A;  2BHU A;  5A6L A;  2JEP A;  3WH6 A;  3CHD A;  2VZO A;  3WFL A;  1PX3 A;  3AIB A;  1QBB A;  3SCN A;  1BVN P;  1Y7V A;  4ZE5 A;  4Z2K A;  1OGG A;  1XHG A;  4YHE A;  3OIH A;  3CH9 A;  1W91 A;  4LPC A;  3PZQ A;  4MNL A;  3TON A;  3OGS A;  3IJ9 A;  3ARU A;  3TTY A;  2VRJ A;  1GQL A;  3EMZ A;  1NWT A;  1JXJ A;  2V3F A;  3F4V A;  1CGU A;  3NUK A;  4OIF A;  4UFJ A;  3BAY A;  1Q6E A;  3PZO A;  1UKS A;  2CPU A;  3I3E A;  4YPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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