1V3HA

The roles of glu186 and glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGQLRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Roles of Glu186 and Glu380 in the Catalytic Reaction of Soybean beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
total genus 181
structure length 491
sequence length 491
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v3hA00
3WDHA 4ZFMA 4IM4A 4UFMA 1UR1A 2F61A 1GHRA 1MQQA 4RL3A 4JL2A 2WSKA 4Z2GA 1V6VA 1XH1A 2BV9A 3AXXA 1IZKA 3VPLA 3CGTA 3ARRA 2V5DA 1UD5A 3AHTA 1EXPA 3ALFA 2WKGA 1JI2A 1XCXA 4W88A 4AD0A 4KGJA 1E6XM 2HISA 2ZUNA 3VD5A 1DWAM 1E6SM 3CZ8A 3NCOA 4XUYA 3CBWA 1VAHA 4WKAA 2DT1A 4QP0A 1UD2A 1MFVA 4MDOA 3CZKA 1V03A 3KWXA 3VILA 2F8QA 3WNOA 2CBIA 4GI9A 2ZXBA 3PZTA 3BLKA 1W9PA 2CERA 3N12A 3SCQA 1KWGA 4LGXA 4U2ZA 3WNLA 4M24A 1GOQA 3PZOA 4F9JA 2AMGA 3U5UA 4EKJA 1MW1A 3D3AA 1RP8A 1UWUA 3NIYA 3SUUA 3VU2A 1W3LA 3A47A 1OIMA 2W4XA 4U33A 2ZX6A 1ZU8A 3I3BA 3ZJKA 1BYDA 4IPLA 1FP9A 4U3AA 3PHAA 2NSXA 3VMOA 1E1EA 3WQ6A 2WC4A 2GJXA 4CD6A 4P8XA 4MNMA 1WZAA 3O6AA 5FD0A 5GNZA 1HJXA 2J7DA 4J28A 4LQ1A 1GPFA 3OZPA 2WC7A 4MJ4A 4TUFA 4TVCA 2EXOA 2EBNA 2GJXB 3MMWA 4AZGA 1E70M 3WFZA 1WO2A 3AS1A 4UOZA 4PBGA 3VGHA 1JYVA 4Q7NA 3IJ8A 3ALGA 3N15A 1JAEA 3HU7A 2Z1SA 4WSKA 1JNEA 3EYPA 1VBUA 3WH5A 5AC4A 1H49A 1VF8A 1W9DM 2J8GA 1CDGA 4BA0A 3ZOAA 3SCPA 1SMAA 3WBAA 3ZM8A 3O9NA 2CBJA 3BC9A 4AZCB 3PTKA 1QBAA 5LA1A 3KZSA 3WDQA 1O7AA 4B3LA 2EEXA 2VZTA 1K9DA 1US2A 5CSYA 2DT3A 4CVUA 2YLLA 2YDRA 2YA0A 1E4NA 5IHSA 1KXTA 5CPTA 4J3SA 3OGVA 4FLQA 1BFNA 2E3ZA 3LPPA 3NDZA 1H2JA 3POCA 2XVPA 3L4XA 1DWFM 1OINA 1E56A 1K9TA 5A6MA 1KBBA 3IJ9A 2YJQA 4D6JA 1Q6CA 5I78A 1UD4A 3K8MA 1CECA 1FP8A 3AIWA 2C0HA 2IUZA 1KGXA 2JALA 5FOOA 1GVIA 3GNRA 4JCMA 3VDAA 1A3HA 3KL5A 3VDHA 2PC8A 3CTTA 1QHZA 3WN6A 2V3GA 4QCEA 4H8HA 4PTXA 5A8QA 1JF5A 1ZJBA 2GK1A 5CSUA 3WF4A 3FW6A 4RE3A 2OSYA 1E72M 2CIPA 4PMOA 3VIMA 2CHNA 2BXZA 2FGLA 2VX4A 3OLDA 3AZTA 3A3HA 1MQRA 3UR8A 1GJWA 3L4ZA 2FH8A 5I79A 2GK1B 1JL8A 5A6BD 4TTGA 1C93A 1PZ3A 2FH6A 1DP0A 4C7DA 2X0YA 1ZBWA 3PTMA 3VTRA 3B9EA 2ZUWA 4TTUA 2PF0A 3WDRA 4F8XA 1C91A 2EPLX 3NSNA 2WMIA 3RPMA 4N0RA 4WK9A 1JGIA 1PJ9A 2QPUA 3T0AA 1Q6FA 2YDQA 1X6LA 1XRVA 2UWFA 1J0IA 5E6YA 3AHVA 4W86A 4D6FA 1B3YA 2J8FA 3BXWA 3K46A 4BQ5A 5EBAA 5D8WA 2BVYA 3EDEA 1H1NA 1W32A 2D0FA 2WMIB 1XC6A 3VGBA 2G3IA 1UKOA 4GIAA 1KBKA 1WB0A 5D9NA 2XGBA 1DEDA 2BVTA 3UEQA 1UKQA 3QOKA 4B15A 3BAKA 3OZOA 1M01A 3AYRA 4UQAA 5DMYA 3E1F1 4HA1A 4NZCA 3WELA 3SURA 2WWDA 3W0KA 3SCVA 4GZEA 1B30A 3N13A 2V3EA 3IANA 1K9FA 3EMCA 4AZ5A 8A3HA 4PUEA 3WNMA 1IV8A 4D72A 4PSPA 1DWIM 1V6YA 2JE8A 3CHFA 3NSXA 4HZ6A 3WL0A 3T0BA 2A3EA 3GXFA 1UUQA 5ABFA 3PN8A 1J12A 3AS3A 1GOIA 1HX0A 2A3BA 1E3XA 2WHJA 1UD8A 4J3UA 1WCGA 1PX8A 4W5ZA 3U57A 1WDSA 2XIBA 5ABFB 1OD0A 4HMDA 1TMQA 2DH2A 1QI2A 2VUYA 2WSPA 1FFRA 2YOCA 5CGTA 1E5NA 5HOSA 1GCYA 4L4PA 1U33A 2J62A 4JFSA 4LYPA 4TOQA 1ESWA 4W84A 1HIZA 2JFEX 1BYBA 4CU8A 2WCSA 4D6EA 1QBBA 2ZUSA 3AS2A 3WQ5A 2VVNA 3W28A 2W91A 1QI5A 1NQ6A 1AVAA 1QPKA 1VFMA 3RJYA 3JUGA 1JAKA 1WZMA 3POHA 4QDMA 3CIVA 3MUIA 1B1YA 1W91A 2VCAA 3CO4A 1E9LA 1XSKA 1AQMA 4UFLA 5A8PA 1C3FA 3SUTA 5BCAA 5F7UA 1GQLA 4AZHA 1NOWA 4P7NA 1E4IA 1BG9A 2ZUUA 2FHFA 1BSIA 1QW8A 3FXYA 3FHAA 2BS9A 2VX5A 3SCNA 3AYSA 1RD6A 2HVMA 1V6UA 2WCAA 2VO5A 3WMSA 5CXPA 1HT6A 2FHBA 5IFPA 2J4GA 2BHUA 1HF6A 2Y5EA 1QI3A 2VCBA 1DWJM 3LPFA 4H04A 1QW9A 2GVYA 3WUBA 1KQZA 1WDPA 3BAWA 4GINA 2WBKA 3WD4A 1AQ0A 1XSIA 4MB5A 2D3LA 3GNOA 3T2PA 3DYOA 4D6GA 1E6QM 2DSWA 3VM5A 4KWUA 4HP5A 1K9EA 3CUGA 2OYLA 1OM0A 1J10A 3N04A 3ARSA 4CN4A 4AIOA 4JAWA 1E3ZA 4GZJA 4W8LA 1JFXA 2XJ7A 3WH8A 2E0PA 3WEMA 1JD9A 1MXDA 4P8UA 1AMYA 4CN6A 2BY0A 2WZHA 5LA0A 1S46A 3TTSA 3WQ4A 4H41A 1GJUA 4HA4A 3SUWA 2ZXQA 1GW1A 4PMRA 2WCGA 3WNPA 2V38A 1MXGA 2WMJA 3HMCA 2OSXA 3W37A 3VX1A 1J0ZA 3RO8A 3BAYA 9CGTA 1KCLA 3A4XA 4TVUA 3TONA 2ZE0A 1F4HA 2VC9A 3ZJ8A 1CIUA 3OIHA 1JZ4A 3VIOA 1OGSA 1R85A 3BSHA 1EHAA 3T2OA 3DC0A 3MSGA 3PZVA 4C7FA 2X0HA 2VJXA 4JFVA 5D4YA 3GXMA 1WE5A 1UWIA 2XWDA 1XH0A 4Z2HA 1QNPA 3PZIA 2WW5A 1TA3A 3AMGA 1JXKA 1BGAA 2CNCA 1HP4A 1UYQA 5EFDA 2ZUMA 2FGZA 1UD6A 4PCTA 3AXIA 2CKSA 1WKYA 1TUXA 3D5HA 1G94A 5AYBA 4OOUA 1Q6EA 4PN2A 3ZJ6A 1MW2A 3G6MA 4HMEA 3QR3A 4CU6A 5EFFA 4J3XA 3ZSTA 1G01A 4DWSA 5I77A 4DUXA 1ZBKA 4W7VA 4W8BA 2O9OA 2W62A 1XGZA 5DT5A 3VDBA 2O9PA 5M3WA 2WZIA 2EPKX 3VVGA 2XM2A 4OUEA 1H3GA 2G8ZA 3W27A 1GQKA 4DWSB 4NRRA 4ZXLA 3K4AA 4H7VA 1QOXA 4RE4A 3W6MA 2YL8A 4NRSA 3ZIZA 1UWRA 2UY2A 3UR7A 3WIJA 3VGEA 4AD5A 1VB9A 4W85A 4CD7A 3LPOA 2GSJA 2PWDA 5JUVA 2CESA 3NJ3A 4UOJA 2EQDA 2X8RA 4UQCA 3PZ9A 1C8YA 2GFTA 2YBTA 4KGLA 1UKTA 4CD8A 3BAIA 5HDRA 1NWUA 4X9YA 5CG0A 5HPCA 3VIKA 1W2VA 4CN1A 3VUPA 2WK2A 2X09A 1FHLA 1UA3A 3WF1A 2G3NA 2MANA 5CJ5A 4KRTA 4OJYA 1JYXA 4R27A 1SYTA 3L2MA 3GH5A 5DFAA 1DWGM 3KL3A 4R5EA 1D3CA 1E5JA 2NT1A 4UTFA 1B3WA 4P7OA 3CLWA 1KB3A 3U7BA 2OWXA 5A8NA 4P8VA 2B31A 2JIEA 1W3HA 2J7EA 1G5AA 1CXEA 3OBAA 3TTOA 3RM4A 1WP6A 5EMYA 4HA3A 1V3KA 4BCEA 4M80A 1E55A 1FOBA 4MDPA 4J7RA 4M82A 4A4AA 2E8YA 1GOKA 1MFUA 1J0JA 3ZT7A 1KWKA 4PTWA 2RGMA 1KQYA 4AZCA 1NM9A 5LA2A 2WMGA 1QNSA 4FF5A 5JBEA 1B9ZA 1UH4A 3AOFA 5IHRA 2CHOA 1L8NA 2E40A 2VTFA 1G9HA 1B90A 4LPCA 2BXYA 1R86A 2VR5A 4FK9A 1CNVA 1CLXA 1ZL1A 2D22A 1W1PA 5AY7A 3AIRA 1R8LA 4HU8A 4YN5A 3SUSA 3GH4A 5A6AA 3IAPA 4OZOA 3VGGA 3GH7A 4D6HA 3WMBA 1UR4A 3A6OA 1GNXA 3F5KA 3F5JA 4UOQA 4BF7A 5A6SA 4KRUA 4BZYA 2CBVA 3DHPA 1EDGA 1GOWA 5ABGA 3RM8A 1W1VA 3OLIA 2YLAA 4JKMA 1ISWA 4AD3A 2C7FA 4X0VA 4W87A 1B3ZA 2A3HA 2WANA 3UESA 3WQ8A 1KXQA 2VZSA 1DHKA 4Y7EA 5I23A 3KL0A 3WDJA 1W1TA 3WDPP 2W61A 3MV01 4AC1X 1UWSA 2J79A 1FHDA 3N9KA 3SCRA 3SEPA 5FIPA 4WIWA 3PZNA 1H4PA 1BVNP 3WF2A 4E2OA 4JFUA 2ZOXA 1V3HA 2IXUA 2XUCA 3SIMA 2XGIA 5GNXA 1QNRA 4GXPA 3WUEA 1VFFA 3WBEA 2YA1A 3AZRA 2Y2WA 2IXVA 5IXEA 1B3XA 5M17A 2WHLA 2V3DA 1EOKA 1ZJAA 4UR9A 5BYWA 3KEHA 3RM9A 2E9LA 1ODUA 1E71M 1W3JA 3TP4A 2UY3A 4XZWA 1HJUA 3LMYA 1JZ3A 2BFGA 3AMLA 6TAAA 1E6RA 5A69A 3L4UA 1HKIA 2J7CA 2FHCA 1QHPA 3FNDA 1LWJA 1VFUA 2G3MA 4MNLA 4F9DA 3K1DA 3AXHA 2A3AA 2VX6A 2XPKA 1ISVA 1CBGA 3CZLA 1BVZA 3J7HA 1CXHA 5GPRA 4TX6A 2WVUA 4UQEA 1BYAA 1WDRA 3ARXA 4KH2A 1E0VA 3GBDA 5DO8A 3CH9A 1QI0A 3DECA 1B2YA 4S3JA 5FL0A 4DUVA 3U7VA 3WH6A 3B9DA 3SCOA 1OGBA 4CKQA 1XYFA 4AXNA 1NWTA 2WC3A 3OA5A 2CEQA 3QHMA 1JZ6A 4D6DA 3U5YA 3PTQA 3NDYA 3O2LA 5E09A 4AIEA 1OT1A 2ZICA 3M6DA 2XVLA 1WZKA 4H2CA 1HXJA 1WZLA 2VT0A 5C8BB 2ESCA 5E0FA 1ITCA 4ATDA 1I1WA 1C7SA 1QNQA 4JHZA 1EO7A 3UG5A 4PTVA 7A3HA 2O9TA 4MAVA 3BGAA 5A6KA 4CGTA 1BHGA 1UKSA 4JKKA 1BLIA 1US3A 4IUGA 1CLVA 3WNKA 4UNIA 2BY1A 2VZVA 1E6NA 2DEPA 2VI0A 1HVXA 2CXGA 3T08A 3BAJA 3QHNA 2WHMA 2ZWYA 1VEOA 2BHZA 5JIWA 5BWFA 2UY4A 1D2KA 1V6XA 2OYMA 4IISA 2CYGA 3WUFA 4M56A 5A2CA 1SR0A 2PI6A 1V02E 1U30A 5I3DA 1LL4A 3MUZ1 5KEZA 3AS0A 2XYLA 4GO8A 4OKDA 2GJPA 1DTUA 5CQ1A 3W53A 4AD1A 3MMUA 1BQCA 3BCFA 3VM7A 4N42A 1V3MA 1E0XA 1CGYA 5D9MA 4AZBA 4U5KA 1N82A 1UHVA 1H09A 1GHSA 5FKYA 4ZENA 3WF3A 4FLOA 3BLPX 2ZUVA 4E4PA 4PEEA 1H0IA 1EIBA 1SFSA 2YKKA 3A4AA 1ISZA 1CXLA 2E4TA 1IT0A 3OB8A 4HMCA 3AHYA 3ZSSA 2VRJA 4OBRA 1HJVA 5A8OA 5M5DA 1R7OA 5E9AA 1LF1A 3WD3A 1VBRA 3FHQA 4U3CA 2XTKA 2JEQA 2OSWA 3M46A 4GI8A 4X0NA 1BYCA 2YIHA 1KXHA 6CGTA 4QLJA 3TOPA 3AIEA 1BG4A 1MW0A 1H41A 3AROA 1E15A 2VZUA 2ZX7A 2W63A 4WLCA 1UZ1A 4CD4A 3HN3A 3BH4A 4PRWA 4AEFA 1JZ7A 3WY1A 1UD3A 1V3IA 1E0WA 4UQDA 2Z1KA 3CUIA 2CKRA 3UERA 4URIA 1LL7A 2QLYA 3DYMA 1XH2A 1PAMA 2QPSA 1CGWA 4CCCA 3NUKA 4E8CA 4GPNA 3GTNA 1ISXA 3NYDA 2QHAA 3PBGA 2XG9A 4M1RA 4EE9A 4E8DA 1OD8A 5CZKA 2XHYA 3GDBA 1EDQA 4EANA 2VZOA 3EBVA 4GI6A 2GDUA 2Q8XA 3S6TA 5JBFA 3MV11 1F4AA 1UZ4A 3GM8A 5HPOA 2EJ1A 3RCNA 2WLYA 1UR0A 1FFQA 4HOWA 1EO5A 5FCZA 1UA7A 4U2YA 4UCFA 1CGVA 1QNOA 2BVDA 2AOSA 3CZJA 3CUFA 3SUVA 3N1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WDH A;  4ZFM A;  4IM4 A;  4UFM A;  1UR1 A;  2F61 A;  1GHR A;  1MQQ A;  4RL3 A;  4JL2 A;  2WSK A;  4Z2G A;  1V6V A;  1XH1 A;  2BV9 A;  3AXX A;  1IZK A;  3VPL A;  3CGT A;  3ARR A;  2V5D A;  1UD5 A;  3AHT A;  1EXP A;  3ALF A;  2WKG A;  1JI2 A;  1XCX A;  4W88 A;  4AD0 A;  4KGJ A;  1E6X M;  2HIS A;  2ZUN A;  3VD5 A;  1DWA M;  1E6S M;  3CZ8 A;  3NCO A;  4XUY A;  3CBW A;  1VAH A;  4WKA A;  2DT1 A;  4QP0 A;  1UD2 A;  1MFV A;  4MDO A;  3CZK A;  1V03 A;  3KWX A;  3VIL A;  2F8Q A;  3WNO A;  2CBI A;  4GI9 A;  2ZXB A;  3PZT A;  3BLK A;  1W9P A;  2CER A;  3N12 A;  3SCQ A;  1KWG A;  4LGX A;  4U2Z A;  3WNL A;  4M24 A;  1GOQ A;  3PZO A;  4F9J A;  2AMG A;  3U5U A;  4EKJ A;  1MW1 A;  3D3A A;  1RP8 A;  1UWU A;  3NIY A;  3SUU A;  3VU2 A;  1W3L A;  3A47 A;  1OIM A;  2W4X A;  4U33 A;  2ZX6 A;  1ZU8 A;  3I3B A;  3ZJK A;  1BYD A;  4IPL A;  1FP9 A;  4U3A A;  3PHA A;  2NSX A;  3VMO A;  1E1E A;  3WQ6 A;  2WC4 A;  2GJX A;  4CD6 A;  4P8X A;  4MNM A;  1WZA A;  3O6A A;  5FD0 A;  5GNZ A;  1HJX A;  2J7D A;  4J28 A;  4LQ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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