1V3IA

The roles of glu186 and glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase
Total Genus 178
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGQNALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
publication title The Roles of Glu186 and Glu380 in the Catalytic Reaction of Soybean beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
total genus 178
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v3iA00
4W8BA 3SUWA 2VR4A 4HTYA 4HA1A 5DT7A 3W37A 4AZ7A 1UOKA 4WIWA 1ZBCA 1M53A 1KGWA 3GXIA 4W89A 3CHFA 3W82A 1E55A 1EIBA 2DDXA 3SCUA 5BRPA 1HN1A 2CESA 3PZIA 4JCMA 4JFWA 3UEQA 2FGZA 1NP0A 1JDAA 5JBDA 1XD1A 1G01A 3CH9A 5TD4A 5D4YA 2DSZA 2JFEX 1WKYA 2BY0A 3WDIA 1V0LA 1R7AA 2UY3A 3VD3A 4W93A 4WF7A 4Z2KA 3WH9A 1VFFA 4U33A 1AVAA 3W24A 1NP2A 1WE5A 2ZX5A 3L4ZA 4P7OA 1CGTA 3AIUA 3WY1A 4MAZA 4LPCA 3W29A 1RH9A 3AIBA 3CGTA 2BFGA 2E8YA 1XH1A 5GNZA 3W27A 3WDPP 1TG7A 2XFYA 4HA4A 3WENA 1HP4A 1NOWA 5JIWA 2YA0A 4DM2A 2YBUA 1KBKA 1FP9A 3AXIA 2PC8A 6A3HA 1GJWA 5E09A 3MUZ1 2D1ZA 4HMDA 4ZENA 5BRQA 2DH2A 4YPJA 1HT6A 4BF7A 1E40A 1EOMA 3WF1A 4AD4A 4P8XA 5CSUA 1UKQA 4NRRA 2WHMA 3N18A 3RIKA 2Y2WA 1J11A 3SCNA 3CZJA 3NDZA 4ZXLA 1VB9A 4UZSA 2VZTA 1H09A 2WWDA 1UKTA 1F4HA 2W67A 4YHGA 4GZJA 1TR1A 4PTWA 3HU7A 2PWHA 4AEEA 1V3KA 2DSKA 4CCDA 3PHAA 3WD3A 4AC1X 5M5DA 4CVWA 1NOFA 4DUVA 1K9TA 1UWQA 1TVNA 2YL6A 3QHOA 2WVUA 3CUFA 4XZWA 3WNLA 2AOSA 2VZVA 4AYSA 4TX8A 2CBUA 2BVDA 1E0WA 4WLCA 1GQJA 2X8RA 1WZKA 1W3JA 3RCNA 2VNCA 4RL3A 3N1AA 1NOUA 2WYSA 4UNIA 3CPUA 4MDPA 2XSAA 1E4LA 2RGMA 1CXFA 4EK7A 4J3XA 2BV9A 1NM9A 3GH4A 3LMYA 3PTKA 1B0IA 4ACYA 4EE9A 5JIPA 5E70A 1GPFA 2XWEA 4PBGA 3WH6A 1GQLA 2FHFA 3VD9A 3CZ8A 4DWSA 2PB1A 3AMDA 1M03A 4UTFA 2G8ZA 2GUYA 1U33A 1IZJA 3PZUA 3VIGA 2WW5A 3CUJA 5ABFA 3VDBA 2ZOXA 1UD5A 2EPLX 3VIMA 1OT1A 1O6IA 5I2UA 1EO7A 3SCSA 4LXFA 1PPIA 2EJ1A 3CBWA 4XZBA 1NWUA 4DUXA 1ZB5A 5HPCA 3QR3A 2YJQA 5A95A 1ODZA 2V3DA 3WH5A 4V28A 2Z1KA 1UR1A 3AMGA 4Q22A 1J0HA 3FAWA 2YL9A 3CTTA 3VINA 1VFUA 4UCFA 4M81A 5LA0A 1BTCA 5A8PA 4AD0A 1J9YA 1V02E 5DO8A 1IZKA 1KWKA 3L2MA 1DP0A 4N42A 4XV0A 2D23A 1W9PA 3BH4A 5A2CA 3DHPA 4M29A 5AYBA 1US3A 3AJ7A 4HMEA 2J7FA 1JIBA 3AISA 1UD4A 3B9EA 3WNOA 3UETA 3CHCA 5GQBA 2E4TA 1VFMA 2IXUA 4U5KA 1UHVA 1QHOA 4NRSA 3WMBA 5F7UA 1JFXA 5GNYA 2D2OA 2VX5A 1EOKA 4R27A 3AFBA 4PSPA 3AMCA 4UQCA 2WMGA 1ISVA 4Z2LA 3UESA 4U3CA 1B9ZA 3VIJA 4ATWA 5I24A 1BYBA 1CNVA 5I78A 2NSXA 4U2YA 2VT0A 3GXMA 4PTMA 4FF5A 1JDDA 1XSKA 2GDUA 3VGHA 3ARUA 4URIA 1BAGA 4AZCA 4W86A 4HU0A 2OYKA 3FHQA 2JE8A 2CIPA 4QCEA 4W7WA 1GORA 1Q6EA 4UFIA 5ABGA 3OA5A 3RPMA 1KCKA 4H8VA 1QI3A 5ABFB 1V03A 3IK2A 1OBAA 1JG9A 4PSRA 1DWGM 1HXJA 1QVBA 2PWDA 3GXFA 3WQ4A 1JD7A 3UG3A 1W9BM 2WMHA 3QOMA 3SURA 1LLOA 1N82A 3EDJA 3VX0A 4BZYA 1V08A 3GXDA 3WEZA 3W26A 1OB0A 3T08A 4LQ1A 1BPLB 5FKYA 1PEZA 1JI2A 4D1JA 2VL4A 1PIGA 2XM1A 1WB0A 8CGTA 3TTYA 1J12A 4D6FA 3D3AA 1UH4A 2GFTA 4N0RA 2WKGA 3THCA 4CU8A 1UD2A 3PZVA 3WFLA 3VU2A 1LL6A 4H04A 3WUGA 2J78A 1PBGA 3I3EA 1ZS2A 2A3AA 3W38A 3ARRA 4D6CA 5A8QA 4UQAA 3VGGA 2V3EA 1C3FA 2WCSA 3ZJ6A 2VX6A 5AC4A 3WH8A 5I0DA 1KB3A 1ZBKA 4ZFMA 2WMJA 2OYLA 2F2HA 2V5DA 2W66A 2Y5EA 3A4WA 4D71A 5EBAA 1V0MA 4MNJA 3TTQA 4D1IA 3VIIA 3U7BA 3L4XA 3EMZA 1K9FA 3AZTA 1GUVA 4GQQA 3ZOAA 2XFFA 5CXPA 4CCEA 3RILA 5A2BA 1KQZA 4KH2A 2X1IA 3CZKA 1GHRA 3WF3A 1L8NA 2YDSA 1M04A 3K4DA 1YQ2A 2G3MA 2OWWA 4IISA 1EDGA 1JDCA 1E6PA 3KL0A 3MV01 2VVSA 2VZSA 5I6SA 2QHAA 1KWGA 1NWTA 3ARXA 3TA9A 1V6WA 2QMJA 4WJXA 1R86A 1HKKA 1VEMA 4AZCB 5ABEA 2GDVA 3AHVA 4GPNA 3WIJA 1JF5A 3VIOA 3NJ3A 2X0HA 4AZBA 1EXPA 3SUSA 3BAWA 4K68A 3VNYA 2EO7A 3AIWA 1RPKA 1L0PA 2DT2A 4PYSA 3AYRA 1OSEA 1DHKA 1V3HA 4PMXA 4MB5A 1JZ5A 3S6TA 3WF2A 3KL3A 4OZOA 4P7NA 3CMJA 1AMYA 2XUCA 4OJYA 2D22A 4UFLA 4U2ZA 1QNPA 3UCQA 3WDQA 2XSBA 4FLSA 1BFNA 1QI5A 1B3XA 3LPFA 1ZU8A 1W9VA 2GK1A 1XSIA 1HKIA 3VPLA 1JZ4A 2VCAA 1LQ0A 3VGBA 4Z2JA 4OBSA 5A94A 1ISWA 4D6DA 1WZLA 3BCDA 3BAIA 4X9YA 3BC9A 3W4RA 4H41A 4M56A 3EDEA 3OLGA 2XIBA 3PZNA 2DSUA 3WL0A 1CWYA 1E43A 2PWEA 4TVDA 1H49A 4NZCA 1SFSA 2J7GA 3TOPA 1JNDA 1TFVA 2A3HA 5DEZA 5A6LA 3BLKA 1MWOA 4PTXA 4B3KA 1GOQA 1C7SA 2BHYA 4KGJA 1H41A 3MS8A 2BXZA 5DMYA 1F4AA 5M3WA 5I5RA 1RP8A 5A6KA 3W6MA 3RDKA 4A3YA 3PTMA 3RM9A 1E6ZA 3AI0A 4ZE5A 2WMKA 1DTUA 5KZ6A 1V0KA 2MANA 4CGTA 2YA2A 1CPUA 1BG9A 2NT1A 1K9EA 1UKOA 2ZWZA 3WD0A 2XG9A 2YL8A 1ITXA 4QP0A 4GINA 3WUEA 5CQ1A 5D9PA 2BHUA 3M6DA 4JIEA 1CXEA 1E5JA 3BMVA 4X0VA 2QPSA 3GM8A 4MADA 3WDJA 4AMCA 1IT0A 4IPLA 2BS9A 4JFSA 4OIFA 4LYRA 1E15A 3T2PA 3N17A 1MFVA 2D3NA 2QPUA 1W3KA 3SUVA 3VIFA 1BG4A 1BVZA 1CGXA 2FHBA 1OGSA 1UH2A 1E56A 3EDFA 1PX8A 1XYFA 5A6MA 4JL2A 4CD8A 1ISYA 3EDDA 5FD0A 1GONA 4W8LA 3VMNA 2G3IA 1M01A 4F66A 4JHZA 5M03A 4J3WA 2EPOA 1JZ6A 4H8UA 1IV8A 3T0BA 1A47A 1BGAA 3OLIA 3WNKA 4AW7A 4CU6A 1HF6A 1ESWA 3JUGA 4TOQA 4WSKA 3QHNA 1HJUA 4Y7EA 4L4OA 1GOMA 1V3IA 5CPSA 4MDOA 4AZIA 1CTNA 4W8AA 3CHDA 2EPKX 1CEOA 1YHTA 2XJ7A 2CBIA 1ZJBA 4HP5A 3CO4A 2WC7A 2D0HA 1H3GA 1VFOA 1JZ2A 3PZTA 1G5AA 2BNJA 4AZGA 1UG6A 3CLWA 4F79A 3OZOA 1FFQA 3SCRA 2J25A 1MXDA 1OD8A 3WF0A 1B2YA 4PCTA 2ZX9A 4E4PA 1AQMA 3IANA 2D0GA 4MJ2A 5GNXA 1CYGA 5EMYA 2ZE0A 1UA3A 3WD4A 4B15A 1UR9A 2DPEA 2DIJA 3WMCA 4AZ6A 3AHZA 5GPRA 4E8DA 3FY1A 4MB3A 1MVYA 4MNMA 1W1YA 2NW0A 1TUXA 1HJVA 4HZ7A 3WQ5A 5HNNA 4AD5A 3CUGA 4QLJA 4Q7NA 3NUKA 5JUVA 2PBOA 1UKPA 5A6SA 3MMUA 1DWJM 1E0XA 1E0VA 4BQ5A 3EMQA 3ECQA 1E4NA 1UWRA 1XSJA 4F9DA 4WK9A 2PWFA 1VIWA 4C7FA 4EAMA 4JL1A 3ARSA 3WL1A 2VX7A 1H5VA 5LYRA 3OIHA 3TTSA 2UY5A 3BLPX 1VJZA 2O9OA 5EB8A 3A6OA 2VCCA 4W88A 4J7RA 1DEDA 3CUIA 2JEQA 3N11A 3E1F1 1I1XA 4HZ8A 5E6YA 4GXPA 1DWIM 5CLTA 2D0FA 2UWFA 1ODUA 4OOZA 3OLDA 1WZAA 4ACZA 2XIIA 3AICA 4HOZA 1BGGA 4W84A 3OG2A 3UR7A 4J3UA 1C90A 4GO8A 3VGEA 3F5KA 3MKKA 4CN6A 3MV11 3KL5A 3VX1A 3WQVA 2PWGA 4BQ4A 4DUWA 3BAJA 2VRJA 1D3CA 2JF6A 4RE4A 2WSPA 1BHGA 3NIYA 2XVGA 4UOJA 5CSYA 4AIUA 2VX4A 4WKAA 1MQRA 2DSWA 1QHPA 3WUFA 2DIEA 2Q8XA 3N15A 1CGVA 3O6AA 4D6GA 3VUPA 1Q6CA 2DT1A 1XH0A 1XGZA 4WSJA 1MFUA 4CN4A 5DT5A 2XHYA 3B9DA 1CLVA 3AROA 3L4UA 4BA0A 1EGZA 3ZT5A 5A6BD 1BSIA 4H2CA 4EKJA 2VRQA 2V3GA 5FL0A 3ARTA 4PUEA 1QNRA 2WZIA 1Q6GA 3AS0A 1MQQA 4DWSC 1UD8A 1E3XA 3OZPA 5BXTA 4W85A 1LWHA 2J4GA 4OOUA 3T0AA 4HOWA 4QAWA 6TAAA 5E0CA 1ISXA 4UFJA 5BXSA 1MW2A 1LL4A 2WCGA 1FOBA 1ZBWA 5FCZA 1P6WA 3AHXA 2XFRA 5E6ZA 1OWQA 1SYTA 2IXVA 3ARPA 1W3HA 5KEZA 1H4PA 2CETA 1RP9A 1KXVA 1S46A 5CJ5A 2VO5A 4CUCA 4W7UA 1Q6FA 3ZR6A 4U5IA 2E8ZA 1C91A 1MW3A 2W62A 2PI6A 1FHDA 3W6LA 1FH8A 5LA1A 1OM0A 4F9JA 2WWCA 2ZXAA 2BVTA 5BXPA 1X1NA 1V3MA 3F5JA 3OGVA 7A3HA 5HXMA 4S3KA 4P8VA 3AZRA 4M80A 1CGYA 5A69A 2J7HA 5A1AA 3VMOA 1MW1A 3AMKA 2XWDA 4X0NA 2UY4A 3AS2A 3ZM8A 4RE2A 4AZ5A 4D72A 2ZICA 4ACZB 2D3LA 2WC3A 5LA2A 3T09A 1KQYA 1E3ZA 2FGLA 2VRKA 1ZJAA 1KBBA 1KXTA 3BAYA 3MO4A 1HIZA 2WC4A 2YIHA 2VZUA 3DYMA 1BVNP 3WQ8A 7CGTA 4QCFA 1GOOA 2ZUUA 2FHCA 1TMQA 5A8MA 3II1A 4DWSB 3AHTA 2UY2A 3RJXA 2G3NA 3BCFA 1E4MM 3GH7A 1SMDA 1X6NA 1UZ1A 1B31A 5EFDA 3GTNA 4ATLA 3CZLA 1TVPA 2J75A 1HJWA 1KR1A 1XHGA 3NYDA 3AS1A 1UR4A 2ZX6A 1JNEA 5C71A 1CBGA 1MXGA 3ARYA 4BQ3A 2VQTA 4KRUA 1WP6A 1DWHM 1NWRA 2QV4A 3WDHA 1KCLA 2WCAA 4KWUA 3QHMA 3GDBA 4OKDA 2BY1A 2EEXA 4JKMA 2NT0A 1KFWA 2TAAA 3LPOA 3SCWA 3GYCA 3GNOA 3WN6A 4WKFA 1XCWA 5DFAA 1CECA 4GI9A 2VQUA 2WVVA 1E6XM 4FMVA 2WHLA 5C70A 2VOTA 1JYVA 3D5HA 1VF8A 2DSVA 4W5ZA 3ZJ8A 1J0IA 4Z2GA 1GOIA 4PMQA 2WK2A 2VC9A 2OSWA 3SUTA 4P7QA 4D6HA 1J0ZA 1HL8A 1EHNA 1JF6A 1JAKA 1VEPA 4UFKA 4J28A 2J62A 1B3ZA 1R85A 1G9HA 1QNQA 3ZO9A 2QF8A 2DQXA 1G1YA 5A3HA 3KZSA 2OLHA 5JBEA 1B3YA 3SCQA 1G0CA 1FA2A 1I75A 1PX3A 3RM8A 1JZ7A 1MQPA 4MAVA 2OWXA 3WEMA 1E5NA 3GNPA 2J47A 3MU7A 3DECA 1CIUA 3BGAA 4LYPA 2WVSA 3AXXA 3DYOA 4PMUA 3VDCA 1CZ1A 1GNXA 2F8QA 4HPGA 1EA9C 1PAMA 1B90A 1E4IA 1EO5A 1SMAA 1JYXA 1C8XA 2W91A 3VD7A 4QLLA 3VD4A 1VAHA 1CGWA 3ALFA 3AYSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W8B A;  3SUW A;  2VR4 A;  4HTY A;  4HA1 A;  5DT7 A;  3W37 A;  4AZ7 A;  1UOK A;  4WIW A;  1ZBC A;  1M53 A;  1KGW A;  3GXI A;  4W89 A;  3CHF A;  3W82 A;  1E55 A;  1EIB A;  2DDX A;  3SCU A;  5BRP A;  1HN1 A;  2CES A;  3PZI A;  4JCM A;  4JFW A;  3UEQ A;  2FGZ A;  1NP0 A;  1JDA A;  5JBD A;  1XD1 A;  1G01 A;  3CH9 A;  5TD4 A;  5D4Y A;  2DSZ A;  2JFE X;  1WKY A;  2BY0 A;  3WDI A;  1V0L A;  1R7A A;  2UY3 A;  3VD3 A;  4W93 A;  4WF7 A;  4Z2K A;  3WH9 A;  1VFF A;  4U33 A;  1AVA A;  3W24 A;  1NP2 A;  1WE5 A;  2ZX5 A;  3L4Z A;  4P7O A;  1CGT A;  3AIU A;  3WY1 A;  4MAZ A;  4LPC A;  3W29 A;  1RH9 A;  3AIB A;  3CGT A;  2BFG A;  2E8Y A;  1XH1 A;  5GNZ A;  3W27 A;  3WDP P;  1TG7 A;  2XFY A;  4HA4 A;  3WEN A;  1HP4 A;  1NOW A;  5JIW A;  2YA0 A;  4DM2 A;  2YBU A;  1KBK A;  1FP9 A;  3AXI A;  2PC8 A;  6A3H A;  1GJW A;  5E09 A;  3MUZ 1;  2D1Z A;  4HMD A;  4ZEN A;  5BRQ A;  2DH2 A;  4YPJ A;  1HT6 A;  4BF7 A;  1E40 A;  1EOM A;  3WF1 A;  4AD4 A;  4P8X A;  5CSU A;  1UKQ A;  4NRR A;  2WHM A;  3N18 A;  3RIK A;  2Y2W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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