1V7Y | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	268
structure length	248
Chain Sequence	MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFATLRAFAAGVTPAQCFEMLALIRQKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYAQCEKVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGYTYLLSRAGALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKIIEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATRS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__882810202316555__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__882810202316555__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1V7Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__882810202316555__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"882810202316555","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1V7Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__882810202316555__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Conformational Changes in the alpha-Subunit Coupled to Binding of the beta(2)-Subunit of Tryptophan Synthase from Escherichia coli: Crystal Structure of the Tryptophan Synthase alpha-Subunit Alon pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
total genus	83
structure length	248
sequence length	268
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2003-12-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1v7yA00

5I3FA 3GK0A 3DH7A 2YXGA 2ZZ3A 3OVPA 2RHGA 2YGYA 1H1ZA 1OVDA 3M1ZA 4QQ3A 1L6SA 5KTLA 4JDBA 1QOPA 3CWNA 1X1OA 4AVFA 1LLWA 3BPWA 5BRBA 4TMBA 1QOQA 2IQTA 4GJ1A 4JTTA 4NZJA 4A2SA 3ABOA 2QJHA 1WX0A 3UWZA 3LCXA 4CQ9A 5K4ZA 5G5IA 4EF9A 1LTDA 4O18A 3LI1A 1W31A 4I7VA 3EX2A 3W2LA 4PODA 1VR6A 3LX9A 3KOFA 1OYCA 5AC6A 4FNQA 1A5AA 4E38A 1MEHA 4Q4KA 2R94A 2QUVA 1W3TA 1VRDA 1UUMA 3DAQA 1WOAA 3NQFA 2V0TA 4N9CA 1EP2A 1TTJA 3LCIA 4RK8A 3LV5A 4UFKA 1HG3A 4NXKA 1R30A 3MYPA 4LT9A 1Y0EA 2QCHA 3MP5A 1YYAA 3W7KA 2QEZA 3GIYA 1M6JA 2ISSA 4YLWA 2EF9A 1XDMA 3HPZA 1ME9A 2JKPA 2A6LA 2FIQA 1HTIA 3N2MA 2F7FA 2AQWA 3DZ1A 5KINA 1NF0A 2FB3A 2VENA 4YMZA 5I3GA 5K3VA 2PRLA 1TTIA 4IX2A 4A21A 1JCLA 2HSAA 2WNNA 3STEA 4O15A 2E68A 2G96A 3G24A 3HGSA 3KVJA 4IGHA 3TCEA 4K8EA 5DXYA 1OX6A 3NL6A 4JYEA 3NQ6A 5HWNA 1KBJA 2VFEA 2GVJA 3W7OA 2Q8ZA 1K03A 1LOLA 5HINA 3EXTA 3G1FA 1QWGA 2Y7EA 1Z48A 4M6VA 3EWXA 1TIMA 3E12A 1FDJA 2CLOA 1WBHA 3NM3A 1LBMA 1VGAA 3W7HA 2Z1BA 3LHZA 2Z2UA 2VEIA 3PBYA 3NL5A 3DFOA 3HJZA 1YDNA 5D33A 2QJGA 3N73A 5AHIA 3A5FA 3TAOA 3R12A 3TFCA 5D37A 1WOBA 2J24A 4CCCA 1UBSA 1K7EA 2P1FA 1TRIA 3PUOA 4WY0B 1QNVA 4WD0A 1GVQA 3LXAA 3MUXA 1A5SA 3KFTA 4OV9A 3ABSA 1VPXA 3GDLA 4JY9A 3LCGA 3SJ3A 1XKYA 1NSJA 1SR9A 4PTNA 3LXCA 2QCDA 3L65A 4ZQRA 5LGXA 4ZQOA 1LM1A 2DZXA 3BG3A 5DLCA 3IIOA 3P62A 3LB0A 1ML1A 1K3UA 2BLEA 3DU0A 1KFJA 3T55A 3I6RA 4HNTA 5K7JA 1OFQA 5KSWA 4HSOA 1KFBA 2V30A 4ZQMA 1FDZA 3DKJA 1H51A 4NXSA 4LVGA 4E0CA 4IX0A 2NX3A 2C3ZA 3NDOA 3TQ0A 4PFMA 2J9ZA 3Q94A 1A53A 1DORA 1YXDA 5DCDA 5AHLA 3ABRA 2FPYA 1DHPA 2NUWA 3UZ5A 5LGZA 1IXNA 3PAJA 3DHDA 3TXZA 2R8WA 1H63A 2E5CA 2JK2A 3N2XA 1I4NA 2QUTA 3FKRA 4JX5A 4LTSA 4ONVA 4LOCA 3DI1A 1B4KA 3P74A 3W1UA 1IXPA 3W7IA 1Q6LA 4H6KA 5LNWA 3M7WA 3W7JA 3IIXA 5I3IA 3UWWA 2Y89A 4FNUA 3BLEA 3SR7A 3W6YA 2GVLA 5DELA 3LCHA 1Q45A 4CCDA 2E6YA 4I7UA 1AMKA 3QW3A 2HS8A 2GUUA 1MSSA 5CG7A 1HL2A 1H7NA 1MEIA 1RV8A 5DCBA 3QM3A 3PS7A 4LVAA 1SQ7A 3T40A 1Q6QA 3RK8A 1F74A 4MOZA 1QAPA 2E09A 2CLMA 1Q6OA 4EWND 1QPRA 3ANYA 1VCVA 3O15A 2YCEA 2DZSA 3O1NA 4UFLA 4N6FA 1ZFJA 5CZ0A 1B9BA 4O17A 3CM4A 3M5XA 1T0OA 3W1MA 4O52A 4A22A 4XBKA 2QUUA 1H7WA 3PULA 1OX4A 2TMDA 3THAA 3U6WA 3PSVA 3C4UA 4MLJA 2PCQA 4N02A 4YCPA 1PCWA 5K9CA 1GOXA 3LHTA 3LTSA 1G4TA 3AO0A 3W23A 2R14A 5HR6A 2A4AA 4GFSA 2NXIA 1SUXA 3UYCA 4QITA 4WXYA 4FXRA 3M0ZA 3F4WA 2CLFA 5DXXA 3W76A 3W74A 1DVJA 4FB7A 4LC8A 2RFGA 3LERA 1K8ZA 3G1SA 3W9ZA 1SO3A 1TMHA 2WKJA 3KRZA 5IBXC 3IVTA 4I9AA 1GVSA 3MWAA 4MIMA 4NT0A 6TIMA 2X16A 3KX6A 1GVOA 3STCA 2X2GA 3G1VA 3IV3A 4OGZA 4Y8FA 1VYSX 2JBMA 2HS6A 3NQEA 3SFKA 3BGGA 1FCVA 5MHBA 1TPEA 3MI6A 4K7VA 3EKZA 2GPTA 2A2IA 2VEKA 4BI6A 5KZMA 2DZVA 3N9SA 4GRSA 5E1QA 1HFBA 1PHQA 2A7PA 3Q37A 4Q32A 3ATZA 2ZZ4A 4MJZA 2WJZA 3G3DA 1XC4A 1NF7A 1BWLA 1X8FA 1L6WA 2V2CA 4FX7A 4UCGA 3KHJA 1IGSA 3DFNA 1GPWA 3A24A 3DXIA 2XN2A 2V5BA 1FCBA 3QSTA 2YW3A 2I9EA 4L4MA 4N9BA 3K30A 3HF3A 3MO7A 4O4WA 4YCOA 4UR7A 4K38A 2VKZG 1FQ0A 4QM1A 4HNVA 2A7NA 3PC0A 1J5TA 2XN0A 3PB0A 3RLVA 1YPIA 1P5BA 3W72A 1IF2A 3NXFA 4GNJA 4R34A 5U7SA 1FXPA 4M7TA 1XBZA 3EWBX 5D2XA 3CB8A 5J5DA 2F84A 3CPRA 2X1UA 4DO5A 2VC6A 4DBEA 1SZNA 2C1HA 3JR2A 4JTEA 3LLDA 1OX5A 1TRDA 4UFHA 1YTKA 4KFNA 3I7QA 3TSDA 3ATYA 3TUUA 1KFKA 5CPMA 4PA8A 3C3NA 2GQ8A 1L6YA 3L5MA 4GUHA 4LW7A 7TIMA 4E2DA 2DZUA 3TDFA 3GDRA 3G1XA 2VEPA 3MI3A 3CIXA 4Y6GA 2WOQA 4ZZ9A 3BW2A 3ELFA 2OT1A 4QIUA 1KTBA 1H61A 4H4IA 3P8JA 1JCJA 1NFBA 2J27A 4CCEA 4NVTA 5IBXA 2V82A 3NPXA 3CLMA 1TO3A 3EWYA 1JJKA 3TMLA 4FO4A 5HUPA 1F73A 4KWWA 4O12A 2ZTJA 4CLMA 5F2IA 1I45A 5EYWA 5F4XA 1PCKA 4W9TA 4E2BA 3W1PA 1EEPA 1QCWA 1RD5A 3EX6A 1KM1A 3M43A 1O5KA 4O28A 4IMEA 1JCMP 1KM4A 5KITA 1DV7A 2ZA1A 2RDUA 4FIQA 2NV1A 1R2SA 3BW3A 3TX9A 4ZQPA 5LSMA 4FNPA 5BNKA 4AXKA 5D05A 3S0CA 1SZGA 4S2BA 1TCDA 4ALDA 3R13A 4UFJA 1WBJA 3TC7A 4NUWA 1EIXA 1FWWA 2Z6IA 3M5YA 3R5EA 3VE7A 4EF8A 2W0UA 1AG1O 2I1OA 4HIBA 1U83A 3F1QA 2WSRA 3HMJG 2D73A 1KA9F 2VOMA 4JGDA 2C13A 4KFOA 4AHPA 1TB3A 5AHFA 2W79A 3UWVA 4O0ZA 4LRSA 3UD6A 2CZ5A 4TR9A 2RKXA 2ZBTA 3R2GA 4EVZA 2X30A 3HIJA 2J6XA 2RDWA 3S1VA 4RZ4A 3W71A 4M6QA 5TIMA 3TSMA 5AB3A 1ZHAA 4RX0A 4PL1A 4P2VA 1WAUA 2ISVA 4NJKA 3SW6A 1ZY9A 1YTEA 3OG3A 5FESA 4MZ1A 3TV8A 4DO4A 3FLUA 1KM3A 3CTLA 3AJXA 2ZZ5A 4FNSA 5LNSA 2ZRZA 1PVNA 3QEZA 2ZZ7A 1QPOA 1GTEA 3GXNA 2ZZ1A 2B7NA 3S5ZA 1LBFA 4NU7A 5HWJA 3FYPA 1JR1A 3IGUA 4M19A 1H7PA 3A5VA 2QDGA 4IWWA 4NX0A 4RCXA 5GVJA 4AWSA 3W75A 4FNTA 1SZEA 3R89A 2Q3OA 1OFBA 5FEXA 3EB2A 1OFPA 2GQ9A 4BK9A 4WXZA 4ICNA 4MFEA 1KFLA 3TAKA 4PCFA 4IMDA 3G22A 3GB6A 1XBVA 1JRCA 2NZLA 3HO8A 2C16A 4UTUA 2V5LA 3B04A 3MYOA 1LRTA 1WDWA 3O8AA 4X22A 5BMWA 3DKLA 4JTSA 4ML9A 3C8FA 3ZWSA 5DBUA 1ALDA 1W5QA 1QR7A 1LDCA 3DI0A 3PBWA 3GKAA 3H55A 3W1QA 4N4QA 1JCYA 3BG9A 1AL7A 3EX4A 4U28A 1QMLA 4WUIA 2ZZ2A 1KM5A 4XTIA 3I7RA 4WJEA 4QISA 2CLKA 5DY3A 1AK5A 1RVGA 2C19A 3WK3A 4WQ6A 2QCNA 1OHLA 3MHFA 1GG1A 3HOJA 2CZDA 4HPXA 3G0XA 3NQAA 3VCRA 1FWTA 5H91A 2WV8A 5C6MA 3TQVA 1KTCA 5EBUA 2ISWA 4O50A 3UZJA 2FTPA 4X2RA 5E93A 5G4WA 5FEZA 3GDKA 1JUEA 3W70A 3NG3A 4O54A 3E49A 5K2ZA 3O07A 4JTIA 3C2EA 5FF7A 1FUYA 3LRLA 3W7PA 4N4PA 2R91A 4PC8A 3QMTA 3TW7A 2VFDA 3EWWA 4O53A 5CSSA 1UCWA 2OMAA 3QH2A 1SSGA 3SI9A 5LHFA 5HMSA 4DELA 3S6DA 2DJXA 3WJSA 3JRKA 2H8XA 3S9YA 3NPVA 2ZCGA 5I3HA 5C5YA 4G1KA 4U4MA 4FHAA 2FPTA 5D03A 1BTMA 2WSYA 3NL3A 3B0UX 3L5AA 3WFAA 5EA9A 1KW1A 2EAWA 3W1RA 3PG9A 1L2UA 1LOSA 2DZPA 3E96A 1EP3A 1PS9A 2YZRA 1A5BA 1A5CA 3T7VA 3L66A 3P5YA 5D30A 1Z44A 1G4EA 3HB9A 3GLCA 3WJWA 1KBIA 5FEWA 5G2WA 3P60A 1NAL1 2V2DA 4J9JA 3FEMA 3EKLA 1RR2A 6ALDA 3E0IA 5DCEA 1W5MA 4EIVA 2C18A 1LZOA 2KZHA 4BI7A 1OFAA 1EP1A 2Y63A 4K7YA 3C2VA 5HR7A 2DP3A 4IJBA 4UIOA 3GXPA 3HQ1A 3NA8A 5K9XA 2CW6A 3L0GA 4ORIA 2CZEA 3B4UA 4R33A 3CIWA 3DFTA 3IIPA 5K4XA 3LHWA 5CZSA 4GC4A 1QO5A 3P80A 4UTTA 3P67A 5D2WA 1ICSA 3LDVA 1SO6A 3SIZA 3MBFA 2QDHA 1GG0A 2DZWA 5TQLA 2QF7A 2H90A 2E77A 4LUIA 4RZ5A 3DBPA 4IPIA 1P0KA 4O11A 3NVTA 5L6UA 1P4CA 2RH9A 4BF9A 3W7RA 4NZFA 4QAIA 2VFGA 3G1AA 3LV6A 3HGRA 3O63A 3DENA 1KLYA 4N9EA 4KFPA 2NV2A 1G4PA 4IMFA 1UUOA 2YPIA 4IMGA 1MO0A 2CLIA 2TYSA 1P0NA 3NQ2A 4PH6A 2WPBA 5AYYA 2DORA 2ATMA 4OU1A 3ZS4A 1VHCA 3T44A 2CFFA 3L2IA 1G4SA 2BXVA 2WO5A 1W5NA 4LVDA 1S5TA 3GR8A 1A50A 8TIMA 3DFSA 3G0SA 3HG4A 4X9SA 2QAPA 3BK0A 2NXHA 4UFIA 4UMBA 1D3GA 1LORA 1K8YA 4MZYA 2QJIA 1VH7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1V7YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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