1VC4 | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	MRPDLSRVPGVLGEIARKRASEVAPYPLPEPPSVPSFKEALLRPGLSVIAEVKRQSPSEGLIREVDPVEAALAYARGGARAVSVLTEPHRFGGSLLDLKRVREAVDLPLLRKDFVVDPFMLEEARAFGASAALLIVALLGELTGAYLEEARRLGLEALVEVHTERELEIALEAGAEVLGINNRDLATLHINLETAPRLGRLARKRGFGGVLVAESGYSRKEELKALEGLFDAVLIGTSLMRAPDLEAALRELVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Thermus thermophilus HB8: implications for thermal stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Thermus thermophilus
total genus	94
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2004-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vc4A00

4JTKA 1DQWA 1TSIA 1LLZA 5CZTA 1G7UA 1K3UA 3NL6A 5LGZA 4U4MA 4UTKA 1VH7A 3UWYA 2ZYFA 1OHLA 3DFTA 1VCGA 2RH9A 5U7SA 2GQ8A 3VE7A 5FEWA 3OVPA 3CLMA 5K4ZA 1OVDA 3B8DA 3GXNA 3KRZA 4NJGA 4QSHA 4WOQA 2JGYA 4EVZA 3EX1A 3G1VA 4KFOA 1B57A 5HUPA 2JK2A 2Q3RA 3NA8A 1A50A 1WYIA 4BFAA 2CZFA 1GVFA 4RX0A 2DZWA 3TX9A 1MEWA 5L6UA 3TQ0A 2E6FA 1WOBA 2EHHA 2AAMA 1VPXA 3LHVA 3BG9A 1AW5A 3S1UA 1O5KA 1QPRA 1VCFA 5AHNA 3B06A 4XTDA 1LYXA 5IM51 3I68A 5I3JA 1TPC1 5AYYA 3P82A 1FWTA 2CZEA 2ZTKA 3OIXA 3DFQA 3BLIA 3TJLA 1V5XA 1S3HA 4WXZA 5A8GA 5G4EA 2Y62A 3BVJA 4XKYA 3NL5A 3A21A 4OE7A 3UYCA 2J27A 2B0MA 1LBFA 3PB0A 4AWTA 5E1QA 1XUUA 2ZZ7A 1LBLA 5D2TA 2QCCA 3W2UA 2EPHA 1FWSA 1B9BA 1BKSA 4N6EA 3UPWA 4UTWC 3QW4B 3O05A 1Q3NA 1QNVA 1G69A 5CKSA 3DFSA 4AHQA 1DKWA 4LRSA 4HPXA 2ZTJA 3LX9A 1NSJA 1KM1A 1TPDA 5C2XA 3TAKA 3VNDA 5FF0A 3IIPA 3W1MA 5AHFA 1CI1A 2VXNA 2C3ZA 2WNZA 1NF0A 4A21A 3LCLA 1NF7A 1K7XA 3HG2A 1QPQA 4KWWA 1XUZA 8TIMA 1AG1O 4HSOA 4UFIA 2VEMA 3RLVA 4UNLA 4N2YA 5D33A 3NQ7A 3N73A 3MYPA 4FX6M 4GUJA 1EUAA 3LTPA 4BI5A 4O53A 4RZ5A 5D2VA 5T26A 5AHIA 2V5LA 3O6CA 1OX6A 2ZZ6A 2C14A 4IXXA 4ZQRA 4LS2A 3UXDA 4IJBA 4LV4A 3G0UA 1JCXA 3KRSA 3SGZA 2VFHA 4NZJA 3PY2A 3GLCA 4FNQA 4MKNA 4AB4A 2NWSA 3GK0A 1SZEA 5FF2A 2R14A 1OF8A 2H8ZA 3TSDA 4PODA 2ATSA 4JX4A 1YTKA 4O0KA 2LLEA 3IVTA 4WXYA 4J9JA 5DN1A 5AHMA 4N9BA 2ISSA 3M5ZA 1JCJA 3DZ1A 1TPB1 1H7WA 3CHVA 4HNVA 4LVFA 2B7QA 1WDWA 3I6RA 3LCGA 4O54A 3HOJA 2FIQA 2NX1A 1EEPA 3H53A 2Z6JA 2B7OA 2Q3OA 1TPUA 3MHFA 3C2RA 3HPXA 2FPTA 2Y7FA 3LXBA 4GUFA 4ADUA 1F5ZA 3N9SA 1W5MA 4I9AA 3P62A 3NOEA 1F6KA 2G5WA 3HQ1A 1A5BA 1KM0A 1AK5A 4M6QA 3DKJA 5AYZA 4P2VA 1QO2A 3NM3A 1WQ5A 2BZNA 2VOMA 3OVQA 3YPIA 3GZ3A 1AW2A 3M5YA 4LU0A 3TIMA 5DXYA 4ORMA 5D32A 2VFFA 4TMBA 3C2OA 5I3IA 2DJXA 2O7SA 2QAFA 2ZCGA 5D2YA 1ZAHA 4DO4A 3IV3A 3DHDA 2ZA1A 1W8SA 1F2JA 4JIQA 1JQXA 3TE9A 3LCIA 5D02A 2PCQA 4DXVA 3W7CA 3MP3A 4BWLA 3QEZA 5F1UA 1OFBA 5C6MA 4LWWA 2W79A 1GVQA 1T99A 1OX4B 3W7QA 3HJZA 2E5CA 3O06A 1FCQA 4K8EA 3T55A 4D2JA 3F4NA 2YW4A 2E77A 1X7FA 3NAVA 3BK0A 3LCXA 2JKEA 3SR7A 4CNPA 4CLMA 3GXPA 2EAWA 3TK7A 2BX7A 1FUYA 1AL7A 3CEUA 1SU5A 3STCA 3C56A 3UWWA 1J2WA 1FCUA 1KLYA 4NJIA 3U2OA 3BG5A 3ANYA 3E49A 1QAPA 1J5TA 3EX2A 4Z1CA 1XBVA 3L2IA 2ABBA 3N2XA 2CZDA 3GDMA 4WY0A 3UWZA 3JRKA 1SZGA 2V82A 3W1XA 1TV5A 2CLFA 3HG4A 1H7PA 3H55A 5BOOA 3I7QA 3FEMA 1FXQA 4NU7A 4N9DA 4KWVA 4O8RA 1F7BA 4UUIA 3MI6A 2A7RA 1DVJA 3G1FA 2Z6IA 4O52A 5KZDA 2A0NA 3TFXA 2TSYA 2CLOA 4WY0B 5EKYA 3HMJG 1C9DA 4UCGA 1CX9A 1R47A 1UASA 1OYBA 5F2GA 4AAJA 1PIIA 5BNKA 2YW3A 3VE9A 1GTHA 4JXCA 3BG3A 3SSJA 3NG3A 1SR9A 5D09A 4NX0A 4O17A 3W9ZA 2CLEA 1FY6A 2QJHA 1LM1A 4ZMGA 1B4EA 3IGUA 1Y0EA 2D73A 3EX6A 4LVAA 3S1XA 1KFCA 4HPJA 2RKXA 2J9XA 1LP6A 1K8ZA 1N8FA 1K03A 3M41A 3NQ8A 2Y7GA 5HUOA 2Y89A 4MFDA 2H90A 2QDHA 2ZQ0A 4O1DA 1W37A 4OV9A 4LUJA 4XBKA 3F03K 5KZEA 3RFAA 2Q8LA 2Y70A 4K6AA 1W31A 2NV1A 2GQAA 4Y96A 3BV4A 5LGXA 1P5BA 1Q6LA 3W2JA 2YX0A 3NL2A 2EF9A 1QWGA 2HTMA 4JYFA 3W70A 4NJJA 3MHUA 4MY9A 3CU2A 2OT1A 1F6PA 3EB2A 3L9CA 4MJMA 2QCHA 4BI6A 1TTIA 2ZRWA 1QOQA 3P8IA 5F2LA 4AHPA 3WJSA 1LOQA 3ABRA 4ZQNA 4OBTA 3MJYA 4FF7A 4X3ZA 3Q94A 1GWJA 2E6DA 1SFJA 4UFMA 5A5WA 3G8EA 3W83A 4M19A 1X1ZA 3M43A 1JJKA 1IIHA 2Q8ZA 2PURA 5AC7A 1WBHA 5CZJA 4A2SA 3LCWA 4O4VA 2OZ0A 1VQTA 3W71A 5EA9A 4ZL1A 1TV8A 1WAUA 1EP2A 2V8ZA 4AWUA 4ONVA 5U4NA 1BEUA 5HWMA 2J24A 1M6JA 4GFSA 3FKKA 1X6UA 3P7YA 3S42A 1GYNA 3RNDA 1B4KA 3LV6A 2X1RA 5D05A 2DZSA 3L67A 3QFEA 1THFD 4AH7A 3FLUA 1ZJIA 4LS0A 1YPFA 2HS6A 3B05A 3R12A 4PCFA 5DY2A 2Y63A 4MJZA 1SO4A 4S2CA 2Y7EA 1Z42A 3LOTA 3FIGA 3P80A 4QJ1A 1SW3A 4QQ3A 4JR5A 4MY1A 5KINA 3GDTA 3W87A 1FDZA 1FBAA 1XL9A 5FEPA 3F1QA 2OJPA 3M1ZA 4TU1A 3QM3A 3PULA 3E9AA 3IEBA 2F7FA 4ZQPA 5DCEA 1KV5A 3TSBA 1RQBA 3G8RA 3M47A 4K7YA 2BTMA 4P61A 3W6YA 5C5YA 1MEIA 3PSWA 1DQXA 2CLIA 1NVMA 3LLDA 3HGRA 4JY9A 1HUVA 2QEZA 4YXGA 5CPNA 2GVLA 2DZXA 2RHGA 3W7HA 1HG3A 3IVUA 4GXMA 5DELA 1FX6A 1TPVA 1WX0A 3NM1A 3EWWA 4JN6A 4CNNA 2QF7A 4MUZA 1PCWA 3HGOA 4TIMA 3T4CA 5AN7A 2FB3A 4MYXA 2E5DA 1U83A 4LY8A 1PV8A 2NX9A 5G1YA 4S2BA 1YDVA 3ABQA 4FNUA 4A2RA 5IBXC 1OFOA 3WJXA 1HTIA 1ZALA 1H7XA 4RLIA 5BRBA 1KFEA 5HJLA 5EYWA 3OVRA 5LZLA 1H7RA 1NAL1 4NUWA 4GUIA 3EWZA 1AL8A 1W5NA 1LRTA 1YXCA 3HO8A 4GBUA 5AFDA 4O18A 1O60A 2J88A 1FQ0A 1G4TA 1LCOA 4HNNA 1M5WA 1TTJA 3LHTA 3UZJA 3S9YA 2QAPA 1UCWA 1XM3A 3IIZA 4N02A 3TSMA 2CLLA 1K02A 1TPFA 4WX2A 3HGJA 4GE8A 4O15A 3RLUA 5HWJA 2NX3A 2ISVA 1GZGA 1UBSA 2FB2A 1QPOA 4JTJA 2QUVA 4HIBA 3W7OA 3W7IA 4LRTA 3TA6A 5DBTA 2C0AA 5FF3A 3SECA 1OYCA 2X1TA 4DF2A 1U5JA 4HHPA 4PL1A 4Y9AA 2C18A 3M9YA 5FI8A 1GG1A 3A9IA 2YYUA 2ALDA 1Q6QA 5AYXA 3IIXA 1A53A 1XFBA 2GPTA 4LTSA 4LC6A 4MZYA 4H6KA 3Q58A 3C52A 1RR2A 4JTTA 1KTNA 3ZS4A 4NNBA 1LOLA 3IIOA 3UNDA 3GKFA 1TO3A 3GXTA 1QPNA 2ZRVA 4IPIA 3KAOA 4UTMA 3C6CA 3NNTA 5HQEA 1FDJA 3DAQA 5G2HA 3W7JA 1KTBA 4TO8A 4IX0A 4M6PA 3GIYA 5D37A 4O10A 3FKRA 4GNJA 1GJPA 1N7KA 3DGRA 4FNPA 1RPXA 4K39A 2A1YA 2E6AA 5BW6A 5TIMA 1F76A 2VELA 1JUEA 5LNVA 4TR9A 1LBMA 2J9YA 4IMGA 1UB3A 3O15A 3LLFA 3HG3A 3UY8A 1VLWA 1H50A 4X2RA 4JD4A 1S5TA 4K7VA 3PSVA 2ZFAA 4E2BA 2FLIA 4OV4A 1WV2A 4M5PA 3W73A 3KX6A 3STGA 2PRLA 1W1ZA 3NPWA 3L0NA 3WK0A 4HNUA 3JR2A 5EY5A 4QITA 3DFOA 1L2UA 4XKYB 1QMLA 1PHQA 1RQHA 1ME9A 4BK9A 3WK3A 4UTUA 3QSTA 1LRNA 2ATMA 4Q32A 1UUMA 2WPBA 3S5NA 4DBEA 3O16A 4AF0A 1Z41A 3EX4A 2I9EA 2OX1A 3PS7A 4MLJA 2HSAA 1ICSA 3W07A 3MBFA 5L9FA 5MHBA 3NPXA 2V81A 1SW0A 1WOAA 5ABTA 4UFLA 3W7KA 3BGGA 4X9SA 3GR7A 1SZFA 4AF0B 5D03A 1KBJA 4BI7A 3LXCA 1DOSA 2R91A 3A5VA 1QCWA 3GNDA 1MSSA 5GVJA 4LVGA 4QNWA 4O11A 2CZ5A 5G5IA 5HR6A 3W1UA 3C2EA 3NZRA 3QSRA 1KM6A 5LKYA 3NYZA 4FXSA 2NUXA 3U8GA 4MVAA 2BSLA 1VYPX 4WY0F 3CWOX 1QDSA 4EF9A 3E12A 5CPLA 4UTWA 1SO3A 3THQA 4AMAA 3LERA 4XZ9A 3BGJA 1QOPA 3TV8A 2E09A 3GX9A 3B04A 4O0ZA 2I1OA 3AO0A 4Z08A 4FXRA 1XDMA 2PRMA 2NV2A 3W7RA 1RVGA 1P0KA 1UUOA 3QW3A 3BW3A 4DQWA 1H63A 5CSSA 4ZVJA 2YDAA 3VCRA 2FQIA 1I45A 5H91A 4S1FA 1HO1A 3W74A 4CNOA 1W3TA 2G95A 5CZSA 3ABOA 5HNRA 2A5HA 3KOFA 4EOUA 4NNAA 4CQ8A 1R2RA 4GUGA 1KM5A 1OFDA 2OT0A 3EXTA 4O19A 5FF7A 3TJXA 2OMAA 3VFLA 4BWLC 4RK8A 5AHEA 1W3IA 3NO5A 3OA3A 3QMRA 3N34A 4AXKA 4KKXA 1FXPA 4RCXA 1TQJA 4R34A 4JTFA 5DY3A 3B0VC 1HL2A 2A7PA 3ATZA 1TMHA 1H1YA 5AC6A 1OFPA 3NVTA 1Q6RA 3M0ZA 4JS3A 1V7YA 3VI2A 1TPH1 3C2VA 2AQWA 3W7NA 4CCCA 1PCKA 2F84A 4FO4A 2XN2A 3KXQA 3LB0A 2VFGA 3MBDA 1PE1A 4NZFA 3DI0A 4OHQA 3P5YA 3GYEA 4I7UA 5F4XA 2GJNA 2BWGA 3S5YA 1VCVA 2HMCA 1OFAA 4JEQA 2RDTA 4MZ1A 3KRUA 4DPQA 1ZNNA 1OABA 3W75A 3GDKA 5K4XA 3UZ5A 1H60A 1X8FA 1W56A 4PL2A 1C8VA 1J4EA 1SUXA 5AHLA 1ZAJA 3ZWTA 1I2OA 3S5ZA 1EPXA 1EB3A 4IX2A 4WZHA 4QIUA 1GG0A 1WA3A 2C1HA 4IPJA 4IUOA 3W2NA 1GEQA 3NQEA 4IOTA 1I2QA 2C13A 3GNNA 3V75A 1I2NA 3O07A 1H1ZA 4IMFA 2CFFA 1XXXA 1VS1A 5G4WA 4DELA 1OFRA 3QPZA 5CG7A 1GVRA 4ADSA 1L6YA 3G0SA 4W9TA 1K7FA 4FNRA 7TIMA 2YGYA 2QCDA 2X16A 2NXIA 2TMDA 1KM2A 3TNOA 1ML1A 2YZRA 3W2MA 2ZZ3A 1PL9A 1KBIA 5LNWA 2C6QA 2E1DA 1O94A 4NNCA 2V2CA 4ZQOA 1Q45A 3LRLA 3MMTA 2X1SA 4UFHA 3DBPA 4OGZA 4OU1A 3W1LA 3TXVA 3W1NA 2ZZ5A 4NVTA 4NJKA 4UTIA 1KA9F 5K3VA 4DEFA 1GVSA 2ZZ1A 5EMUA 4RXFA 2VC6A 3PUOA 4JICA 4PC8A 5F1VA 3G1HA 5E93A 3DFNA 1GVOA 4JX5A 4XWUA 1KFKA 3FFSA 3M44A 3QZEA 3O6DA 2QDGA 2J6XA 4JTIA 5DCDA 1TRDA 2KZHA 3BPWA 3UWUA 3TQVA 3DHFA 3DH7A 3MP5A 4DF1A 4UTTC 1ICPA 3Q37A 5D04C 3PBVA 2H6RA 2DZUA 4JTUA 3PF3A 1JCLA 2IQTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1VC4A

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