1VCFA

Crystal structure of ipp isomerase at i422
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
310
structure length
299
Chain Sequence
KTTTGLEGFRLRYQALAGLALSEVDLTTPFLGKTLKAPFLIGAMTENGERINLALAEAAEALGVGMMLGSGRILLERPEALRSFRVRKVAPKALLIANLGLAQLRRYGRDDLLRLVEMLEADALAFHVNPLQEAVQRGDTDFRGLVERLAELLPLPFPVMVKEVGHGLSREAALALRDLPLAAVDVAGAGGTSWARVEEWVELCEIGIPTARAILEVREVLPHLPLVASGGVYTGTDGAKALALGADLLAVARPLLRPALEGAERVAAWIGDYLEELRTALFAIGARNPKEARGRVERV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of IPP isomerase at I422
rcsb
molecule keywords isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Thermus thermophilus
total genus 88
structure length 299
sequence length 310
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2004-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vcfA00
3LXBA 5DY3A 1IIGA 2QDHA 1K3UA 2QJIA 4RR4A 5D38A 1G67A 4XTIA 1LP6A 5AYYA 4BR1A 3ELFA 5K7JA 1VYRA 2YW4A 2A7PA 2C15A 5CZTA 2Q8LA 1VR6A 1KA9F 1U5JA 1AL8A 1R47A 4O4VA 4GC4A 5I3KA 2FLIA 4MPQA 3MW7A 5F4WA 1RQBA 1F74A 1WV2A 2ISVA 2YYUA 2EF9A 1Y0EA 1HG3A 3NPXA 3UPWA 3W7OA 3C56A 1W1ZA 1C9DA 3THQA 4NX5A 4LV4A 3SSJA 3IRDA 1TTPA 3PBVA 4UTHA 4LNYA 4ML9A 3CWNA 4ZQCA 2FB2A 3GLCA 1UJPA 1KFKA 1ME8A 4NJKA 1L9WA 4LUIA 1K7XA 3G3MA 3HPZA 1X1ZA 4BK9A 4TMCA 2Y7FA 3FKRA 3P5ZA 4RJEA 1QPNA 2CFFA 8TIMA 5J5DA 4N9BA 3SGUA 3OG3A 3LM7A 4CCDA 2DJLA 4Y9AA 3R89A 1VZWA 3NQMA 1OJXA 1YTDA 3P84A 4JX6A 5D2YA 3W85A 4O0KA 2NWSA 3LI1A 3HPXA 3M5ZA 3MBFA 1SW7A 5D37A 1SO5A 5F4SA 5D2VA 3U2OA 3MO7A 2NXGA 1YDVA 5EMUA 3MBDA 1VYPX 3NO5A 1M7OA 1SZFA 1XUUA 1OFDA 2ZYFA 1SSGA 3HGRA 1G7UA 4LUJA 2CLFA 1P5BA 3TW6A 4RCXA 4UTWC 1Q45A 3EWYA 3C0JA 4XUGA 4GUHA 1VLIA 3LGEA 4AWSA 3A9IA 4NU7A 4FB7A 3FKKA 1VGAA 1SO4A 3ABQA 2FJKA 3DKLA 4TIMA 4W9TA 1LZOA 1ZJIA 3OA3A 5F2GA 1OFAA 1S5TA 4IGHA 2GVLA 3TSBA 3O05A 1N7KA 3DFQA 3QEZA 1LOLA 5MHBA 5KZMA 4MUZA 4IMEA 3PR2A 2J9YA 4JTFA 2DORA 2B7QA 5HWJA 1R2SA 1UASA 2HMCA 2QCEA 3TMQA 4PTNA 4JY9A 5F1UA 3A21A 1FX6A 1R2TA 5HR7A 1PHWA 4DBDA 4CLMA 1MO0A 3CIWA 3BGGA 3MYOA 3TUUA 1QPOA 5DXYA 3KFTA 4DF2A 3GYEA 4GUFA 3DFNA 1XI3A 4P61A 1T96A 4FIRA 3KXQA 3F03K 3P80A 3W7IA 2RFGA 3QZEA 4UFJA 2B0MA 1PL9A 4X2RA 3RFAA 5DCDA 1JCNA 4PL1A 3W1XA 3TIMA 1KBIA 1QNVA 3GDTA 3GVGA 3N34A 1KM4A 4GXMA 3W83A 1KM0A 1OF6A 3GZ3A 2DZVA 3SECA 3NQ6A 4PC8A 1WAUA 4AWUA 1RR2A 2YFNA 1JRCA 3DAQA 5AHLA 2GPTA 1XXXA 3M5VA 4E2BA 2DJXA 1JQVA 2JKEA 3DENA 1DQWA 3TC7A 3VFLA 3C3NA 4GBUA 3MHFA 4GUJA 4C1KA 1XUZA 4UUIA 1G7VA 3E9AA 3LTPA 5FEWA 3PB0A 3W74A 3TA6A 3DI1A 1FWNA 1JQXA 2GQ9A 4FNUA 2LLEA 3TJXA 1JR1A 1I8JA 1X8FA 1OFRA 1WXJA 1VCGA 3FFSA 3OVQA 5D33A 5F2MA 4UTMA 3G22A 3IIVA 4UTJA 4A22A 3GXNA 3MHGA 1KFCA 2J27A 5D32A 2Q3RA 3TQVA 3W7NA 5I3IA 3TU9A 5LKYA 2X1SA 4IUOA 3NL3A 1W5QA 3LBCA 1TPEA 4NUWA 2Y62A 1LBLA 3OEXA 3LLFA 3USBA 1EWEA 5FF7A 1SR9A 1DQXA 3SFKA 2CW6A 5I3FA 4JTSA 1OFOA 2WSRA 1SZNA 1F6KA 4EIVA 1Q6QA 1FDYA 1VC4A 3LV5A 4LRTA 1AL7A 4TU1A 3TCEA 1WX0A 3G0UA 4L4MA 3C4UA 2X16A 3QRHA 3IGUA 3NQVA 1PVNA 3TQ0A 1KTCA 2C0AA 3PSWA 4MOZA 3HPSA 3KVJA 3LERA 1O5XA 4UFIA 4XTDA 4CQ9A 1DHPA 1D3GA 3W7JA 1YXDA 3PY2A 4O12A 4CNPA 1JJKA 2ZRWA 3BARA 2PRMA 3OVPA 2YXGA 3TFCA 1OX4B 2XN0A 5C55A 1YXYA 3OHIA 1ZNNA 1TPFA 2NX3A 4FX6M 1PCKA 3KVKA 5F2LA 2QUUA 1J2WA 2Z2UA 4RZ6A 1OVDA 2YDAA 4UC5A 4NXSA 4KKXA 1W5MA 1JUEA 2NXHA 2A6LA 2QAPA 2Z6IA 4Z1AA 1GJPA 4FNRA 2YPIA 4OBTA 5H91A 3FA5A 5E0KA 4QNWA 2RKXA 5F4XA 3I65A 2ZCGA 1KTNA 4NNCA 3NZ1A 1H50A 2C18A 1SQ7A 3PB2A 3A5VA 5LHFA 4LVDA 4H4IA 4O1BA 4AWTA 2X2GA 4LY8A 1TJRA 2Y63A 3B06A 3P67A 4K39A 4HNUA 2ZTJA 4ZQRA 3T4CA 3M44A 3RMJA 3TJLA 3TAKA 3O06A 4S2CA 5K9DA 4U28A 3M7WA 1Z42A 3GDLA 5AHIA 2OCZA 3ABSA 3GAYA 5ABTA 1WA3A 5D04C 2V8ZA 2ZRUA 2DZWA 1W54A 4ZL1A 2TMDA 1H63A 2VXNA 1GQNA 3CM4A 4TR9A 2TRSA 2JBMA 2H3DA 4O14A 4ORIA 3CPRA 3GXTA 1OX6A 1LOQA 3L2IA 4MVAA 1PV8A 4ZQMA 5KINA 4MYAA 5FEXA 1FCVA 4A29A 4AH7A 4C1LA 1GOXA 5LZLA 2VC6A 3MMTA 1Z44A 2E68A 3W88A 1TQJA 2C1HA 2RDTA 3NL5A 1GVRA 3LRKA 3Q58A 2CLOA 5CZ0A 2GJLA 3RK8A 4FXRA 2H8ZA 5E93A 5C54A 1QPRA 4IMFA 2QR6A 3PULA 1L2UA 1M5WA 3TFXA 2QCFA 4XQ6A 5EY5A 2QCLA 3P7YA 1H7WA 3HGOA 1TPDA 3NVTA 3CIXA 3SJ3A 2WNNA 5U4NA 3BG5A 4OE7A 3IGSA 4OQVA 2QKFA 2YR1A 1JCMP 1NAL1 1YLVA 2OX1A 1VS1A 3HG4A 2V2HA 1K02A 3R5EA 3WK1A 3CQ0A 3LHZA 3QQ0A 3M5XA 3TROA 2E6FA 5DELA 4N9EA 1K03A 2ATSA 1GZGA 2Y70A 4M6QA 5CPMA 3PUDA 2V5LA 4KFPA 4IJBA 1XFBA 1MEWA 6ALDA 2WKJA 4RZ4A 5G2IA 2BLEA 3TAOA 4QIUA 3CB8A 1IF2A 4IPJA 4MLJA 2DZXA 3M0ZA 3PG8A 4MKNA 3W2NA 2NX1A 2FPYA 2GQAA 1T0OA 1OABA 3C2RA 3P74A 4CNNA 1XM3A 1LRQA 1GVFA 3TX9A 2Q8ZA 3NNTA 5AHMA 1KFBA 1LBFA 4CQ8A 5DY2A 2VFGA 1EX5A 4AHQA 4AF0B 4UFLA 2R8WA 4PFMA 4GJ1A 1A5BA 4JTTA 4UNLA 3QMTA 5FEPA 3W71A 3GK0A 2X30A 4NNAA 5U7SA 4O0ZA 3PVFA 2J6XA 4YMZA 5HR6A 5AC8A 1TTQA 3A23A 4RLIA 1HL2A 1MSSA 3M5YA 1JCLA 4RX0A 3W2LA 3BPWA 3GAKA 3NA8A 1F76A 1HO4A 3PAJA 2OJPA 3KRSA 4UFHA 4LTSA 2WO5A 2G5WA 2IQTA 1LORA 3K30A 3NR0A 4TO8A 4MZ1A 3LHUA 2FB3A 2YCEA 3PM6A 4IOTA 4WY0A 3IVUA 2A5HA 4D2JA 1LYXA 4JYFA 2FPTA 4JD4A 2G95A 1CI1A 4N02A 4CCCA 3A24A 3JR2A 1JRBA 3LTYA 3NPUA 3ZS4A 1FUYA 2CLIA 3OVRA 2PC4A 1I2NA 1CX9A 5G4EA 3A22A 2X1TA 4IXHA 3M16A 4TX9A 3CLMA 4QQ3A 1FWSA 4KFNA 5EL1A 3R8RA 4YWIA 5TIMA 1TPC1 1IXOA 3IIOA 3P61A 1RVGA 3W7KA 4UCGA 1X1OA 3W7RA 3LHTA 3NXFA 3QJAA 2HS8A 1VQTA 2A7RA 3ATYA 1VHNA 4RXGA 4QAIA 1A5CA 3E49A 2W6RA 4DXVA 4NX0A 2CZDA 1CW2A 3W23A 2Y88A 3H53A 3DFOA 2WJZA 4N4PA 2E6AA 3FYPA 4UMBA 1DKWA 3O16A 1OX4A 2CWNA 4UR7A 3GR7A 2E5BA 4UTIA 2R91A 5CPLA 4O4WA 1BWLA 2NUXA 1MXSA 1LTDA 3EWZA 3G1VA 1F2JA 3B04A 1KM2A 3TMLA 3N2XA 3FEMA 1Q3NA 4FO4A 4XBKA 5D2TA 3S42A 4AXKA 2VFFA 1XBYA 2CZ5A 5LNVA 2QUTA 1HFBA 2WSQA 4K7YA 1R46A 1DV7A 3W7PA 1KM1A 4LC6A 5AHNA 3W73A 1DBTA 3B4UA 4XKYB 3I7RA 5HWMA 1X6UA 3EX6A 3M41A 4PH6A 1TTIA 1FCQA 1T99A 1UUMA 1M6JA 2EAWA 1FDJA 2I9EA 1FDZA 2A6NA 4BI6A 4XZ9A 4NXKA 1H51A 1SW3A 1RPXA 3UY7A 4AHPA 2WQPA 4QISA 3MP3A 3WJWA 2QAFA 3O8AA 4LWWA 1Q6OA 2H6RA 3GDRA 4EF8A 1KFEA 3MJYA 4ADTA 3O6DA 2E5DA 2OZ0A 4O50A 1AW5A 3QF0A 4PA8A 4IXXA 5FF0A 1SW0A 1TV7A 2GUUA 4DPQA 3RLUA 2QCNA 3FJLA 1LCOA 2A0NA 3NPWA 3LCWA 3UZJA 3W1MA 4LRSA 2VEKA 2C3ZA 3NQFA 1DJQA 4OHQA 3T78A 3FS2A 3TV8A 1EWDA 1LRNA 1GVOA 1O60A 2O7QA 5DBUA 2JGYA 3G1HA 1PE1A 2UV8G 1OHLA 1FXQA 5FF4A 7TIMA 3GX9A 2XN2A 3UWYA 1ICSA 2ZZ4A 1IXPA 1EEPA 5DCBA 1B4KA 1PCWA 1LLZA 1WBJA 1QO5A 3EWWA 4Y8FA 2P10A 1QFEA 1WDWA 4ADSA 2YFOA 5CPOA 1OFQA 3W6YA 5I3GA 4HSNA 2X1UA 2F84A 2JGQA 3SW6A 1OF8A 2NLIA 1NF0A 4UTKA 3IVSA 2V0TA 2YGYA 2ZBTA 5H2ZA 4ZQNA 4O1CA 5TBOA 5IBXA 4OT7A 2R94A 4M6PA 2RDWA 3SI9A 1FXPA 2CLMA 5D09A 3S1WA 4LV9A 4NJJA 4FHAA 1YDNA 4R7JA 3DI0A 5D2XA 5L6UA 1WOAA 4J9JA 2CZFA 3LI0A 4H6KA 1GG0A 3N2MA 1JUBA 1S3HA 2Z6JA 4R34A 2QCCA 3N14A 3P8IA 2QUVA 4N9CA 4HNTA 4XWUA 2BXVA 3W70A 2ZRVA 3L0GA 3WK3A 2VFIA 1L6WA 2J9ZA 1FY6A 1H61A 1J5TA 5FF3A 4UIOA 4ZMGA 3T7VA 3PC0A 3BK0A 2H3BA 1FQ0A 1OYBA 4KFOA 3ZWTA 1H7XA 1SO3A 3GNNA 1EP1A 1RQEA 1OK6A 3L9CA 5DLCA 4NJIA 1V5XA 3ANYA 3B0UX 3LDVA 2XFWA 4LS2A 4UXDA 3S1UA 3PBYA 2VEMA 3W86A 3G1XA 1IXQA 1KLZA 4MFEA 2NV2A 3O6CA 1F5ZA 2FQIA 4FXSA 4AF0A 3W75A 1OFBA 3W3OA 4FNSA 3L0NA 2NUYA 2ZZ1A 1UUOA 3ZFHA 1QCWA 1QMLA 1KW1A 2P0OA 3EXTA 2DZSA 1ICQA 3G1AA 3LV6A 1KFJA 1O5KA 3R13A 4Q4KA 4JTKA 3EWUA 1ME9A 4HT3A 5IM51 1P0KA 3NQEA 5LHEA 3GXPA 3NEVA 1C8VA 3R12A 4O8RA 5HNRA 1FWWA 3SY5A 3LCGA 4I9AA 2Y89A 1LOSA 4ONVA 1EPXA 2G96A 2QCMA 4WOZA 5AYXA 4L4LA 3KOFA 3LLDA 3CEUA 1B57A 5KTLA 2ZRZA 2WNZA 3S0CA 1W3NA 3YPIA 4AEOA 3UYCA 3STGA 4JDYA 3L21A 4NJHA 1Q6LA 3CC1A 4N2YA 3C2VA 4MZ8A 4YXGA 2J9XA 1D3HA 3S5NA 1GWJA 4M5PA 1H7OA 4K7VA 4FNQA 3KAOA 2B4GA 4UFMA 5D02A 5D05A 5EA9A 3GKAA 5G5IA 5K9CA 4HHPA 3S5OA 4HNVA 4LVGA 4O19A 3NOEA 1VPXA 1A53A 3G8RA 1U83A 1ZENA 3M47A 3PUEA 3AJXA 4NNBA 4MJZA 4NZJA 1G6CA 4UMCA 2NV1A 4KWVA 4RXFA 5GVJA 1G69A 3G0SA 3G0XA 3C6CA 3HGJA 3LRLA 3N73A 5HINA 5DN1A 4UNKA 2QF7A 1LLWA 2ZRXA 3HB9A 3W72A 4R33A 1O94A 1TPVA 1F73A 3QC3A 4WXYA 4YL2A 5G2WA 3G1YA 2PURA 3MUXA 2V81A 4R53A 2NWRA 2NX9A 2WSYA 1GG1A 4FF7A 4FIQA 3OBKA 3R2GA 5LNUA 4JTEA 2YW3A 4K6AA 2VFHA 1I2OA 3LTSA 1SFLA 2I14A 5CZSA 2YSWA 2A21A 1RZMA 1L6SA 3DH7A 1LROA 3C2FA 2E6DA 3S6DA 3S8HA 4AMAA 3IEBA 3WJZA 3UWWA 4O18A 5BOOA 4O53A 3EX2A 2B7NA 3QPZA 3VNDA 4E38A 4JYEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M56 A;  5DY3 A;  1ZBW A;  3ELF A;  2A7P A;  2Q8L A;  1UD8 A;  3BLP X;  5FJO A;  2PDP A;  4F0R A;  2WAG A;  4O4V A;  1A3X A;  5F4W A;  1QT1 A;  1RQB A;  1F74 A;  3ZVH A;  4J3W A;  2EF9 A;  2XTK A;  2QZR A;  3NPX A;  1X1N A;  3AIS A;  3W7O A;  2FZN A;  1XGZ A;  3QFW A;  3THQ A;  3PJT A;  4NX5 A;  5BRQ A;  2PWG A;  3MO4 A;  3IRD A;  5HAT A;  1OIF A;  3T9P A;  3PBV A;  4UTH A;  4LNY A;  3CWN A;  1W32 A;  4ZQC A;  1UJP A;  2HK1 A;  5CGM A;  1GOR A;  1FWA C;  3L4W A;  3EWD A;  1L9W A;  1UWR A;  1K7X A;  3HPZ A;  4HD5 A;  1OGS A;  3GH4 A;  4BK9 A;  4HU8 A;  4WDW A;  1XRV A;  3DOP A;  1NDZ A;  1XIJ A;  1EC9 A;  3ID7 A;  2BBF A;  2KX9 A;  4CCD A;  3R89 A;  1NIU A;  3VM5 A;  2NWS A;  3VUP A;  3LPP A;  3BLK A;  2ZID A;  1SO5 A;  3IAN A;  4Y9O A;  4IZG A;  3MBD A;  1VYP X;  1GHR A;  3R0K A;  1XLH A;  4XUY A;  1NEL A;  3H2M A;  1OFD A;  3IK2 A;  1GVY A;  5FKY A;  2CLF A;  3TW6 A;  4RCX A;  1Q45 A;  3M4H A;  1VLI A;  1RPK A;  3ITL A;  4S3E A;  4NU7 A;  1SFS A;  2FJK A;  2VUN A;  2J78 A;  4FPS A;  3UZZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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