1VCFA

Crystal structure of ipp isomerase at i422
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
310
structure length
299
Chain Sequence
KTTTGLEGFRLRYQALAGLALSEVDLTTPFLGKTLKAPFLIGAMTENGERINLALAEAAEALGVGMMLGSGRILLERPEALRSFRVRKVAPKALLIANLGLAQLRRYGRDDLLRLVEMLEADALAFHVNPLQEAVQRGDTDFRGLVERLAELLPLPFPVMVKEVGHGLSREAALALRDLPLAAVDVAGAGGTSWARVEEWVELCEIGIPTARAILEVREVLPHLPLVASGGVYTGTDGAKALALGADLLAVARPLLRPALEGAERVAAWIGDYLEELRTALFAIGARNPKEARGRVERV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of IPP isomerase at I422
rcsb
molecule keywords isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Thermus thermophilus
total genus 88
structure length 299
sequence length 310
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2004-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vcfA00
4DPPA 3R89A 3WFAA 3QMRA 3HG2A 3NXFA 5LSMA 4I7VA 2PRLA 3RNDA 4BI6A 1W37A 2WNQA 2WPBA 5IBXC 1JUEA 1G4EA 3M5ZA 4NU7A 4EIVA 4JYDA 4WY0B 5EL1A 2QCNA 5SWUA 4AXKA 3GDMA 2HTMA 2CZDA 2NWRA 3LXAA 3N34A 3W1RA 1TJPA 3GDTA 1RZMA 4FNUA 4GBUA 3EXTA 3LCGA 2J6XA 1RQHA 3JS3A 4IUOA 3CHVA 4I7WA 3IVTA 4H4IA 4O4WA 3JR2A 1AW5A 4UFKA 4BR1A 1YPIA 3T78A 4Y8FA 3Q94A 1YTDA 2BSLA 1HO4A 2W0UA 4IPIA 5CZSA 1S5WA 3W22A 4WOZA 2EF9A 4IOTA 3RLUA 4O13A 4K39A 4LTSA 2ABAA 3LV5A 3TJLA 2QDGA 3W74A 4CCEA 4W9TA 2YFOA 3W9ZA 4E38A 1XFBA 1I2QA 4U4MA 4Q33A 3UY8A 3GZ3A 5LZLA 4LWWA 5D32A 4N6FA 3EWXA 1P4CA 2ISVA 1MEHA 3NQEA 1ICQA 1OFPA 2W79A 3GDLA 4RJEA 3GR8A 2DZSA 4MZYA 4O50A 4AF0B 1IXQA 1FCUA 3BW4A 1TTJA 3ZWSA 6ALDA 4CNOA 4GRSA 4MY1A 1RQBA 4Z1DA 4FIRA 3MJYA 1WQ5A 2O7SA 1KBIA 4I7UA 1UASA 2DZXA 4KFPA 5D2XA 3IIPA 2QCMA 4K6AA 4PH6A 3DENA 2E77A 1KM6A 3BLIA 4S2BA 1OYBA 1X7FA 3B0VC 1UUMA 3UNDA 1I8JA 3STFA 1VJIA 2YGYA 4LRTA 4E2DA 1NAL1 3QSRA 4U28A 1XM3A 2DJXA 1R2TA 1YXCA 3QF0A 1NSJA 4XBSA 1YXYA 2Z6JA 2GVJA 5C54A 5AYYA 1AG1O 1LYXA 1R2RA 4JTGA 3VKJA 3NQ7A 1QDSA 1H51A 4QISA 1QPRA 3G8RA 4FB7A 2BLEA 3WJYA 1KM3A 3WK0A 4ALDA 5K9DA 5DXYA 4JXCA 3SSJA 3O16A 3QPZA 5J5DA 1VZWA 3W7GA 1EUAA 2H3BA 4M19A 3BW2A 5FF0A 3ABRA 2PCQA 1NVMA 3EKLA 2BXVA 3W1PA 4CNPA 2LLEA 3QW4B 3IIVA 1R30A 2V2DA 3ANYA 5D02A 3NPWA 4EF8A 3NR0A 1LP6A 1T96A 2DU2A 1G6CA 4ML9A 3N2MA 3DFOA 3NL2A 2DZTA 1ZHAA 3CPRA 3MYOA 4Z1AA 4CQ9A 3EXRA 4IXHA 2FQIA 1B3OA 3VNDA 1GQNA 2A1YA 2KZHA 2QJGA 3G0UA 1D9EA 3W7MA 3D0CA 3G22A 3W1XA 3W2NA 4LT9A 3CC1A 3P84A 2G95A 3G0SA 3HGSA 1OX6A 3A22A 5I3HA 1KFCA 2E5DA 4JDYA 4QITA 2ZA1A 5K2ZA 1LCOA 3W7LA 4AB4A 4GNJA 3HB9A 4LVAA 1O5KA 4NQ1A 4GWEA 2YPIA 3ABOA 1D3HA 4AEOA 3KOFA 3M5XA 1F6PA 3KVLA 5DCEA 2ZRVA 1P5BA 2C6QA 4LV4A 1DORA 5F4WA 3VI2A 3IIOA 3A5FA 4TO8A 2YFNA 3H54A 5AOUA 2QUVA 2PE4A 4JTSA 2F7FA 3VFLA 5DCDA 3FIGA 3W7OA 3TNOA 2A7NA 5BOOA 1X1OA 2WSRA 1TYGA 1JCMP 3W2UA 2A5HA 4KKXA 2E6YA 1JRCA 5CSSA 1ME9A 2YX0A 3CU2A 1SO5A 5IBXA 2PRMA 2VEKA 1U5JA 5LHFA 1JR1A 3S42A 2QCFA 3NEVA 3ELFA 1EUNA 1TRDA 1H7PA 2QAFA 2ZZ6A 1Q6RA 4R7JA 4EVZA 5D30A 4UFJA 1U83A 1EP2A 4UTMA 1JCYA 3UWYA 1DQWA 1S3HA 3R13A 4WX2A 1BWLA 1C29A 3UXDA 5I3KA 4C1LA 4RLIA 3NQ8A 1P0KA 2DJLA 4QNEA 4KFOA 2NV2A 3WK1A 3LXCA 2QJIA 4AHQA 4AH7A 1KM5A 3L21A 3TX9A 2FTPA 5D33A 1X6UA 2QCLA 1NF0A 4RZ6A 1SO4A 2QUTA 3W70A 4JICA 4LU0A 5HULA 3TSBA 1FBAA 4UTHA 4MY8A 2FIQA 3N9SA 1F05A 3G0XA 4FNSA 1W5NA 4RZ5A 2I1OA 1LBLA 2TMDA 2A4AA 3QJAA 5BNKA 1UUOA 4K37A 2CZEA 1GG0A 4TR9A 3GDRA 4LOCA 4UFLA 2H8XA 3E9AA 3UWQA 3PC0A 4JS3A 5CSRA 1RD5A 1RPXA 2NLIA 1TV8A 1IXNA 4JIPA 3W23A 4QNWA 2FJKA 4GJ1A 3GYEA 3OVRA 4L4LA 3B8DA 3RLVA 1PCKA 1ZENA 1TPH1 5HR7A 3UYCA 5TBOA 1I2PA 1H62A 2NX1A 1H5YA 1K8ZA 1I2OA 3PAJA 2J24A 5G4WA 4BWLA 3M0ZA 1TTIA 4Z0SA 2FB3A 2E5BA 1OFBA 5G2WA 3TW6A 3FEMA 4HNVA 2WKJA 3NL5A 4N02A 3LI1A 1WOAA 3N14A 1G4TA 4O11A 3RF9A 1W3TA 2NUXA 1MSSA 3QFEA 2H6RA 4NX5A 3HQ1A 5CZTA 2VFGA 3P5YA 4NNBA 5BW6A 3GIYA 1WAUA 3W84A 4PODA 3NQMA 1GZGA 5LGZA 3NGJA 4BF9A 1UJPA 3HMJG 4JTFA 3EXSA 2QR6A 5AHNA 5T26A 2ZBTA 3PBWA 4ZQOA 4NNAA 4P2VA 3B04A 3H55A 5D05A 1O94A 2WJZA 3LCIA 3MYPA 4XKYB 4ADSA 3NZRA 2ZA2A 1H7XA 1OF8A 1PCWA 1T8XA 2NUYA 4DBDA 5FF3A 1LLWA 3NL6A 5DLCA 3KVKA 3SI9A 3C6CA 1F2JA 4O15A 4ONVA 1VHCA 3FKKA 3M47A 4NJGA 3KRSA 4RX0A 4RXFA 4M6QA 3L0GA 3EEGA 1IGSA 3IEBA 1H50A 3DU0A 3TA6A 4JX4A 4CNNA 3MI3A 4BK9A 3P60A 3DBPA 1WX0A 2E6DA 1VR6A 4ZQMA 3Q37A 3GB6A 1J5TA 1TTPA 3FA5A 1K7XA 5EPDA 4MY9A 2H8ZA 4TMBA 2C0AA 3HF3A 5HR6A 3GAKA 3TMLA 3FYPA 4CQ8A 1SW7A 3WJXA 2EKCA 1DJNA 4AF0A 1EPXA 4IMEA 1QWGA 4XZ9A 2VEMA 4OBTA 3FYOA 2ZZ1A 3TQVA 5KITA 3M43A 3PSWA 1TSIA 2F84A 2EGZA 1C9DA 2OT0A 4O14A 3S5ZA 1JCXA 4WXYA 2X1RA 3UQNA 1P1XA 3G18A 3MO7A 2CZFA 2A7RA 3G1YA 3G3DA 1SZGA 3E0IA 4N9EA 3NNTA 2B0MA 4O52A 1RV8A 4GUJA 1SPQA 2RDWA 3K30A 1JRBA 1YDVA 3SZ8A 2E09A 3S1VA 4UTKA 1FWTA 2C18A 2YSWA 4TU1A 4MIMA 1HO1A 1W5PA 4WY0F 2CZ5A 4NXSA 1YTKA 3P80A 3QMSA 5C5YA 3L66A 1AW2A 4AHOA 1XC4A 4UMCA 1LBMA 3TH6A 2VXNA 3TQKA 4DPQA 4E2BA 3EWBX 5EYWA 3NPXA 3DHFA 4FNRA 3GKAA 3L67A 1HFBA 3CLMA 3N19B 3S5NA 4ORMA 1ALDA 1VYPX 2ATMA 2Z0IA 3BG5A 4MJZA 3IIXA 3MI6A 2QCGA 3SIZA 3W7RA 3AJXA 1VPXA 4OT7A 1G7VA 2NWSA 3LBMA 3W87A 3W72A 5HINA 1TPUA 3TXZA 1PL9A 4C1KA 4NXKA 4IX2A 4YL2A 1OFQA 2W6RA 4LC6A 1LOLA 4UR8A 3LM7A 4IJBA 3QMTA 3OEXA 1WOBA 5G1YA 3QH2A 4WD0A 5LNVA 4AAJA 5F1UA 4YWIA 3IVSA 3DI1A 3EX2A 1Q6OA 4G1KA 1W31A 1VLWA 1QPOA 3PG9A 4NZFA 3SJ3A 3FJ6A 1JJKA 3RFAA 4N4PA 1FCQA 2NX9A 2E5CA 5F2LA 2VEIA 1VLIA 3P82A 2ALDA 3LLFA 3CWNA 1DKWA 4IPJA 1DL3A 3ZWTA 4Y6GA 1G4SA 3B4UA 4BI5A 3LXBA 3PG8A 5AYXA 3T44A 5KTLA 3T55A 4MPQA 3W2MA 3QZEA 1EWDA 3SFKA 1MXSA 2NV1A 3IVUA 1QAPA 3HPXA 4XTIA 5FF4A 4EF9A 2Q8ZA 1L6SA 1OYAA 4O1AA 1SZFA 3EWUA 2QAPA 1JQVA 2V2HA 4N6EA 2UV8G 4JYFA 3UWWA 2H3DA 4M7SA 5HQEA 2C13A 3UD6A 2NZLA 4Z08A 5BRBA 2GJLA 3I6RA 4M5PA 3CWOX 1H1ZA 1VCFA 1FCBA 4LVGA 2NXHA 1FWRA 3BG9A 2DP3A 2Z1BA 1GYLA 4Y96A 4D2JA 2NXIA 3UPBA 4UFIA 4HNTA 2TPSA 3PUEA 4LV9A 1VCVA 1PE1A 1K03A 1MEWA 2TSYA 3HG5A 3C2EA 3LCHA 2Y7DA 3W7PA 1W3IA 5GVJA 4A22A 4Y9AA 1I2RA 4Q4KA 4AWSA 1JUBA 1D3GA 4BWLC 3KHJA 5CGQA 3LCWA 4JNMA 5AHIA 1Q6LA 4HHPA 1SU5A 2ZZ5A 2HSAA 1QOQA 3OVPA 2Y7FA 2GQAA 3C4UA 3MP3A 3PR2A 4B5NA 4HNNA 1SW3A 1H7WA 3FKRA 2CW6A 5C6MA 5LNSA 4K36A 3TXVA 1OFRA 4OGZA 3LHZA 1KFJA 3EWWA 3G1SA 3W1MA 5K7JA 5I3JA 4QJ1A 1R2SA 4HNUA 3NOEA 1VC4A 1W54A 4UTWA 5LNUA 3LCXA 1R47A 1XDMA 2ZYFA 1KFEA 4FNPA 1XBZA 4A2RA 4MZ8A 3TQ0A 5A8GA 1OG0A 3I7SA 4OU1A 1Y0EA 5LHEA 4JTLA 4A29A 3H53A 3HGJA 3EKZA 1SFLA 4Q32A 1EEPA 4CLMA 3TU9A 2QKFA 3CTLA 4UTTC 3F4WA 5FF7A 3M16A 1OABA 1JCNA 3M44A 4IMFA 4ZZ9A 4L4MA 1VRDA 2ABBA 4WUIA 3G3MA 4XWUA 5F2IA 3MMTA 4Z1BA 5AC7A 4ICNA 1SUXA 3PB0A 1VQTA 4ZQPA 3U6WA 3W7QA 4YCOA 2X30A 2VFEA 3W1TA 4LNYA 3G1VA 1GOXA 3SY5A 3G8EA 3BO9A 4KFNA 4HIBA 4RCXA 5D09A 3PUOA 2QJHA 1X1ZA 2J9XA 2CU0A 1HG3A 3LDVA 4O53A 3BK0A 1G4PA 4JIQA 4S1FA 3WJZA 2J9YA 3I65A 4DF1A 2A0NA 5HWNA 1SZEA 3W7KA 4OHQA 4UUIA 4O8RA 1F7BA 4XBKA 1H7RA 4UFMA 1J4EA 1G69A 3T40A 3TK7A 3W2KA 1W5QA 3TMQA 4QSHA 2RHGA 4UNLA 2GOUA 2J27A 3EWYA 3W7NA 5KSWA 2NXGA 5H91A 1FXPA 5CPOA 4OV4A 5F4XA 3G1XA 4PTNA 4OE7A 2Y70A 1THFD 1PHWA 1HUVA 1W5OA 3W1UA 4O54A 2Y7GA 1YDNA 1TV5A 4LS1A 1LOSA 4O28A 3WJSA 3L0KA 3W75A 1EA0A 3N73A 3IV3A 3NO5A 3TAOA 2V81A 4X9SA 5CPLA 2Y7EA 3OHIA 1XUUA 4FEZA 3TE9A 2G96A 2B4GA 4FHAA 1K3UA 1O5XA 1LRTA 1JUKA 1TPC1 2VFDA 1KV5A 1OFDA 2YR1A 5LNWA 3M1ZA 4JDBA 3TFXA 3LOTA 3LHTA 4EOUA 3EX4A 1TIMA 2JBMA 1MO0A 2D73A 1SSDA 3G1AA 4PFMA 2VELA 4JX6A 2J9ZA 4H6KA 3NZ1A 1ML1A 3A5VA 1GPWA 1AW1A 1GVSA 1N55A 2CFFA 2EHHA 1FXQA 1DHPA 2DZPA 1LORA 1OVDA 4OV9A 5D38A 3E96A 3R8RA 3UZJA 4O10A 1F76A 3KAOA 3ZR4A 3BARA 2E1DA 1M7PA 3PVFA 1UCWA 2QCEA 3TC7A 4Z1CA 2YYTA 1GVQA 2Y85A 4FXSA 1VH7A 3CQ0A 2Y6ZA 5L6UA 2CWNA 3QPYA 2PURA 2V2CA 5KZMA 5DBUA 1LROA 2CLHA 5D2WA 5CZ0A 4O1BA 3UWVA 3PBYA 1Q6QA 2Z6IA 3DI0A 2B7NA 2ZRZA 3S5YA 2G5WA 1OJXA 4UXDA 4A3UA 5F4SA 3LCFA 5TQLA 1TTQA 4UCGA 1LM1A 4JR5A 3W7HA 3DXIA 5G1TA 2A6NA 3L68A 3HJZA 2V9DA 1TPWA 1VS1A 3NM1A 5HUOA 3B0UX 3L9CA 2WSYA 3CIWA 3L2IA 2A6LA 3S9YA 3ZS4A 1LZOA 2BZNA 3UWZA 3VCRA 5L9FA 2OZ0A 2CLMA 2QCHA 1TRIA 3CM4A 3LHWA 1TQXA 5HWMA 4HT3A 3UPWA 2X1UA 3NQGA 4GXMA 4X22A 4LVFA 1KFKA 4O0ZA 1W0MA 3QRHA 4NZJA 4LVBA 1ZJIA 3W1AA 2WNNA 4WY0A 2AAMA 3E49A 3IIZA 3QSTA 4ZMGA 1A53A 3A21A 1K7FA 2VC6A 1M7OA 4QM1A 3NQFA 1A50A 1ZAHA 1ZAJA 4ADUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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