1VCG | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	324
structure length	311
Chain Sequence	KHLEACLEGEVAYQKTTTGLEGFRLRYQALAGLALSEVDLTTPFLGKTLKAPFLIGAMTERINLALAEAAEALGVGMMLGSGRILLERPVRKVAPKALLIANLGLAQLRRYGRDDLLRLVEMLEADALAFHVNPLQEAVQRGDTDFRGLVERLAELLPLPFPVMVKEVGHGLSREAALALRDLPLAAVDVAGAGGTSWARVEEWVRFGEVRHPELCEIGIPTARAILEVREVLPHLPLVASGGVYTGTDGAKALALGADLLAVARPLLRPALEGAERVAAWIGDYLEELRTALFAIGARNPKEARGRVERV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of IPP isomerase at P43212 rcsb
molecule keywords	isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Thermus thermophilus
total genus	93
structure length	311
sequence length	324
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2004-03-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vcgA00

5CZ0A 3WJXA 3FJ6A 4ALDA 1PL9A 4O19A 5DY3A 4Z0JA 4ZVJA 2VC6A 3C2EA 1DV7A 4JNMA 1KM2A 2C6QA 2QJHA 3S1XA 3NZRA 3GKAA 3BARA 2WSYA 3R8RA 3HB9A 5I3GA 1DKWA 3LCWA 3P62A 5E93A 5J5RA 3T78A 1PCKA 1XBZA 3L21A 1FCBA 3MHGA 1XUUA 1W3NA 1AL8A 1IXNA 4FNPA 1MEHA 5G2WA 1UBSA 3IEBA 1WBJA 3MI2A 1FDZA 5D09A 1FCUA 3EX3A 5D02A 1VPXA 3W7JA 4HNUA 1LOSA 4R33A 2FFCA 2QCLA 2NUWA 2C16A 2CZEA 2VFGA 4XBKA 3MP5A 3W7CA 2J88A 5G2HA 1GVOA 5AN7A 2BX7A 3SFKA 6ALDA 5LNRA 3LCHA 2CLIA 3UY8A 1GVFA 3S1VA 2FQIA 2X16A 2ZTKA 3MHFA 4A29A 4O54A 5DCEA 1PHWA 4AHPA 4S1FA 3DHDA 4IMCA 2Y85A 3BLIA 1RD5A 2VEIA 2V81A 3DKJA 2CW6A 1LBLA 1IF2A 1KFBA 1JUBA 3KHJA 2BWGA 1VH7A 1I4NA 4N9CA 1OFAA 5AHFA 1G4TA 1GOXA 1WXJA 4UMCA 1Q6QA 3UPWA 3W07A 1EIXA 4GC4A 1IXOA 1LOQA 2I14A 3LXAA 1FWRA 2QDHA 5MHBA 4O1BA 2QF7A 2G97A 4LC8A 4WQ6A 3L5AA 1H60A 5AFDA 5D32A 2FPTA 3R12A 3L9CA 3N19B 1G69A 3B0UX 3WJZA 2ZRYA 2EF9A 5C6MA 3G1DA 1H50A 5LKYA 5EY5A 1SZFA 4KFNA 4JTEA 5HR6A 3W85A 5D30A 2V9DA 1VLWA 3G8EA 2H3DA 1SR9A 3PG9A 5IBXC 3P80A 4LW7A 5F2GA 2A7RA 2NUYA 3TCEA 1W0MA 4WX2A 5DLCA 3W1RA 4IXHA 4UTJA 5F2IA 3TSBA 4UFIA 3OBKA 4Q33A 3LTSA 1S5TA 3M7WA 1W5MA 1F6PA 3M9YA 4WZHA 5AHEA 3DFTA 5AHMA 3BK0A 4L4LA 2NWSA 3QC3A 1ML1A 4LS1A 4D2JA 2GJLA 4AF0A 4I7UA 3W2LA 1M5WA 2RDTA 3ABSA 5EMUA 1ZAJA 4LVDA 1Q6OA 1KV8A 1H7PA 1SSGA 2DZUA 5A5WA 1OJXA 2CZDA 3LRLA 5G4EA 3C2FA 4HSNA 1OFPA 2I9EA 5KZEA 1XM3A 1Y0EA 3SIZA 3DZ1A 3NNTA 3GNNA 2QUVA 3DU0A 4Z1CA 3HGRA 3N9SA 2ZTJA 3O8AA 1MSSA 4YCPA 4JEQA 3V1PA 1ME8A 1F05A 2JKEA 4MY8A 1G6CA 4K38A 1HO4A 4MPQA 3O07A 4ZQRA 3QH2A 1Q45A 2ZQ0A 4X9SA 5AOUA 1L9WA 5HMSA 4IXXA 3PBUA 3IGUA 3PM6A 5CPMA 1KLYA 4FHAA 2ZRXA 1THFD 3IVTA 3RNDA 3TX9A 1JUEA 2CZFA 1IIHA 4ORIA 3DFQA 4MFDA 1QCWA 3HO8A 3VI2A 1R30A 4LOCA 3NR0A 2CLOA 3PC0A 3STGA 3NG3A 3P82A 3C61A 3TFXA 1H63A 5I3KA 3G0XA 4ADUA 4H4IA 3B4UA 3FEMA 2CFFA 3LBMA 2NX1A 3CEUA 4JTFA 4LNYA 4NJGA 4BI6A 2ZRWA 4MJZA 3IGXA 4FIRA 1LROA 1VJIA 1WYIA 3TR2A 2OJPA 3HG3A 3TQKA 3TA6A 2Y63A 3W7HA 5L9FA 3G3MA 4KWWA 3WJWA 4ICNA 3LTYA 3B04A 4RZ6A 4MY1A 3CWNA 3SGUA 1KBJA 3LCIA 3BW3A 3EX2A 1F7BA 2PURA 3GB6A 4ZQPA 1KM4A 3H54A 4MIMA 1HG3A 3QMSA 1H5YA 3W86A 4C1KA 4IPIA 1SSDA 3ABQA 4M5PA 1TPEA 4JXCA 4MZ8A 4A3UA 3S1UA 3W2MA 4N2YA 3RLVA 2PCQA 3LDVA 4H3DA 3MBFA 2ZDRA 5KITA 3STFA 4QNEA 3C2RA 1FY6A 1XFBA 4IMGA 4BK9A 2W6RA 5AYXA 5BOOA 2W0UA 1IIGA 1JCLA 2ZZ2A 1IXQA 4GRSA 4S2CA 5HUOA 2XN2A 4P2VA 3NZ1A 2VENA 4DO4A 3QW3A 1PHQA 3BLEA 4EF8A 3USBA 4O4VA 3OVPA 1FCQA 3LBCA 3G1FA 1OFDA 5CG7A 4NNCA 4FX7A 3RF9A 3N2XA 4ZQMA 4A2RA 5D2YA 3OG3A 1B9BA 2YFOA 4HPJA 3ATZA 4OV4A 2GUUA 3ELFA 3PSWA 4HN4A 2NLIA 1HO1A 2TMDA 3W1NA 1P5BA 3L5LA 4MVAA 5K7JA 2Y61A 1XDMA 1DQXA 1OF8A 2WNQA 1H7NA 2OT0A 2ATSA 5D2XA 3NPXA 3E12A 4A22A 3LLDA 1RQEA 4JTHA 2GOUA 3SGZA 7TIMA 2Q3RA 4GUIA 1S5WA 4ORMA 3CC1A 5I3FA 2FB3A 4FNTA 5AB3A 2QCFA 4DELA 1MO0A 2CZ5A 3R2GA 2I1OA 1K8XA 5F1VA 2C13A 3G1XA 4WOQA 3MUXA 4MZYA 4IPJA 3SJ3A 4A2SA 3QYQA 3UXDA 4G1KA 2QCCA 3KVJA 3CIWA 4GFSA 4EIVA 5LHFA 3W1PA 3BG9A 3EWUA 1SO6A 2VFFA 1TO3A 3CQ0A 4K8HA 3RMJA 4DF2A 1W3IA 2Y7GA 3ZWTA 5BMWA 3HJZA 4RZ5A 3L66A 3O06A 4IQLA 4UUIA 1DL3A 3W7IA 2WOQA 2Z0IA 4UMBA 3QMTA 3NL3A 1OFOA 3PS7A 2VFIA 3W2NA 2VELA 1EPXA 1P4CA 2YW4A 3GR8A 5FESA 2RDWA 3DFSA 1OFBA 5DXYA 3QRHA 1XKYA 3P7YA 3NL2A 3QPZA 1TTQA 1H7OA 3NQ2A 3THQA 5KINA 1W54A 5CSSA 1O5XA 1GWJA 5DELA 1KFEA 3W1LA 4HNNA 1K8YA 5D2WA 1TJPA 1NF0A 3W76A 3BPWA 2WPBA 5K9CA 2DZVA 3TAOA 3TC6A 3DFOA 1DQWA 1EP1A 3BG3A 5CZTA 2V82A 3BO9A 5LGXA 1WAUA 4BR1A 2ZA2A 2O7SA 4ONVA 3KX6A 4FNSA 3B03A 3EX1A 5LHEA 1GTEA 1GVQA 1LLZA 1VGAA 5G5IA 2Y89A 1MEIA 3LXBA 5I3JA 2V2DA 2OX1A 3OHIA 1K7EA 3RFAA 1EB3A 4WD0A 2DJLA 2G96A 3LI0A 1KM6A 4QSHA 5GVJA 4MOZA 3BW4A 4BFAA 4ZQOA 3RU6A 3NPWA 5KTLA 2DZSA 3FA5A 3W88A 3HOJA 3I6RA 2E5BA 2V2CA 2QDGA 4NVTA 1SZNA 4KWVA 3I7QA 3GK0A 1E51A 1JCNA 2YW3A 4X3ZA 2Z2UA 1GVRA 5LNVA 1LRNA 5F2MA 3G8RA 2B7NA 3S1WA 1EUAA 3TSMA 4LTSA 3GDKA 3IV3A 1ZAIA 1W1ZA 4O18A 4AWTA 5D33A 1Q6RA 3EXTA 3LHYA 3ZFHA 1JRCA 3LRMA 3GYEA 2J6XA 8TIMA 1QPRA 3QSRA 1JCJA 3W83A 4QNWA 4OU1A 4JY9A 3M5VA 3FIGA 4JTKA 2Y88A 3G1HA 1YDVA 3VFLA 5F4WA 4OT7A 1YADA 4E0CA 2NX3A 3LHVA 2VEMA 3T40A 5HWJA 3STEA 4O16A 3LB0A 2ISSA 3NOEA 2PE4A 3G1AA 4LS0A 1CW2A 1AW2A 1JVNA 1ICQA 1LBFA 3QF0A 5HUPA 2RKXA 5FI8A 3UWQA 3TNOA 3PY2A 4NUWA 3TUUA 3TV8A 3TQVA 4GE8A 2E77A 4MUZA 4MYXA 2B7PA 2FPYA 4DQWA 4Y90A 2DP3A 1C29A 3L67A 3NQ7A 2GPTA 1EEPA 5AYZA 2E6DA 1OHLA 2ZCGA 2HS6A 1VCGA 2JGQA 4JX5A 1SUXA 4K7VA 1T8XA 3W22A 3E49A 1H61A 1H7RA 2NV1A 2ABBA 4POCA 4YMZA 4ADTA 4LU0A 1QOQA 1DBTA 4MLJA 1NAL1 2NXHA 4AAJA 3UWYA 5H2ZA 4K36A 4DEFA 3CIXA 1WX0A 1WOBA 1YXDA 3R89A 1TTJA 3ABOA 4FB7A 2E5CA 3PAJA 3S5NA 2V8ZA 3HPSA 3AJXA 1KM3A 3G3DA 2CWNA 4M19A 3OIXA 1D9EA 2R14A 4TMCA 5FF3A 3CM4A 4E2BA 3L68A 3GVGA 2Q8LA 3HMJG 2RHGA 4GUHA 4UR7A 3NYZA 3W2KA 3F03K 3W6YA 3FJLA 1GYNA 2JK2A 1LBMA 3S9YA 4NU7A 4UTIA 1QAPA 4OWGA 2QCMA 2QKFA 3TAKA 1K02A 2GQ9A 1VCVA 3DI1A 3N73A 1A50A 1L2UA 1VHNA 5CZSA 2ALDA 4JYEA 3T7VA 1TPDA 4JTSA 3SZ8A 1XDLA 4UTTC 4LVFA 4EOUA 4Y8FA 5HWMA 4UCGA 1BWKA 3HPXA 4LT9A 3P8IA 3LTPA 4WXZA 3G1YA 4MYAA 4GUGA 3NXFA 4UTTA 3NPVA 3C52A 3FKRA 3NQAA 5AC7A 3E9AA 4LUIA 4O50A 4RXGA 1OF6A 2P1FA 4W9TA 3TE9A 1O94A 5HQEA 2G95A 3P60A 3JRKA 3BGGA 4WJEA 3MW7A 1H1YA 3BLFA 3GDTA 3W73A 3D0CA 1SFLA 2RDUA 2ZZ5A 3W2UA 2V0TA 1SU5A 4O15A 4XQ6A 1B3OA 2NV2A 3C4UA 4JICA 1LRQA 2W79A 1XI3A 2YX0A 5D03A 3IVUA 4FX8A 1ME9A 3HGOA 3KVLA 4AXKA 1ZALA 3EX6A 3W84A 1OK6A 4FIQA 5CPLA 1G4SA 1QWGA 3ATYA 4XTDA 1BTMA 1SW0A 3EKLA 1P0NA 4JGDA 2QAFA 1FWSA 1MEWA 1VCFA 3FYOA 4CQAA 1W5NA 1BKSA 5IBXA 4O12A 2H8ZA 3M6YA 1FXQA 3Q58A 4MZ1A 3P84A 3DXIA 2DZXA 3HGJA 2H90A 5U4NA 5DCDA 2NXIA 3W71A 3TC7A 1XXXA 4K7YA 1TYGA 4NJJA 4RV8A 4BWLC 3PWAA 3PSVA 4N9DA 3NQEA 3PBWA 1AG1O 1DORA 3MO7A 4UFMA 4DBEA 3BV4A 1U5JA 2WV8A 3HBLA 4HSOA 2YXGA 2HTMA 2VEPA 1M6JA 3G0SA 1VHCA 2A6LA 3S5OA 1V7YA 2JGYA 1J5TA 1ONRA 2ZZ3A 4GXMA 4O17A 4JDYA 1KM5A 4DF0A 2QCDA 1OG0A 4K6AA 3L0NA 4O53A 1YXCA 3TKFA 2G5WA 3CPRA 2Y70A 4JTGA 1LORA 1LLWA 4I7VA 5K3VA 1R2RA 2PRMA 4IUOA 3LX9A 2DZTA 1RQBA 4XUGA 1V5XA 4M6PA 2EPHA 1BEUA 3THAA 2X1TA 1I2RA 3FKKA 2BTMA 1A5SA 1OX4B 3W2JA 2ZZ7A 1BWLA 1ZNNA 1WA3A 4EWND 3BW2A 1I8JA 3M5XA 3T55A 4CNPA 3GR7A 4TIMA 5SWUA 1GT8A 1VR6A 5BW6A 1RVGA 1HUVA 2GVJA 1TPWA 4ZMGA 1M7PA 2GVGA 4JTJA 3TQ0A 4O11A 1RV8A 5FF4A 2NUXA 1UUOA 1SFJA 3UZJA 1Q6LA 3S0CA 1W56A 1DOSA 2HS8A 1ALDA 3UWVA 2YFNA 5DN1A 2QCGA 1KTCA 5LZLA 3NM1A 3ZS4A 4DBDA 1FQ0A 2E6FA 1P0KA 1LM1A 1OYAA 3E96A 4O57A 2NXGA 2QJGA 3A22A 3P8JA 2J27A 3MWAA 1NSJA 2A7PA 4NQ1A 3LGEA 1R46A 1ZHAA 2H3BA 2ZZ1A 4HNTA 3W7DA 3JS3A 4JTTA 3A5FA 2VFHA 2OMAA 3W7OA 2BXVA 2AAMA 5I3HA 3C8FA 3GAYA 3LCXA 4LVGA 1SZGA 4UTHA 5G1YA 5AHNA 1G67A 4K37A 2B0MA 2A2IA 3PBYA 3O15A 1QFEA 3F1QA 2YSWA 1WQ5A 4JYDA 1FX6A 3LM7A 3FS2A 4Z1AA 3G24A 5D05A 4OE7A 3W1QA 1KM1A 2A7NA 2WJZA 1W5QA 3TDFA 3MP3A 4NX5A 3CB8A 5DY2A 1H1ZA 1QO5A 1TRDA 3GIYA 3ABRA 2X1RA 3NGJA 4Q4KA 5LNWA 2CLFA 3EXRA 5U7SA 3R5EA 2C14A 4P61A 3WJSA 3C56A 4XZ9A 2ZZ4A 3NQDA 3B8DA 1ICSA 1OABA 3M43A 5TBOA 3HIJA 3W7GA 4PCFA 4FNUA 4TO8A 3L0GA 3NL5A 3P61A 2R91A 4L4MA 3QZEA 1JUKA 3NPUA 1GG0A 2E6AA 2PRHA 3L0KA 4RLIA 3DENA 4DF1A 1C9DA 1Z44A 5D38A 1NF7A 3SI9A 1F73A 5C5YA 1TQJA 2IQTA 1ZCOA 2DORA 3NQ8A 4PC8A 1YXYA 1K3UA 2WNNA 4NXKA 3Q94A 4NX0A 3LV5A 1UJPA 1WOAA 3HG4A 4HT3A 4CNOA 2YPIA 2OT1A 1K7XA 2WNZA 5BRBA 1SO3A 1QOPA 1DHPA 3KVKA 1LP6A 1F2JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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