1VCVA

Structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from pyrobaculum aerophilum
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
226
structure length
226
Chain Sequence
MIHLVDYALLKPYLTVDEAVAGARKAEELGVAAYCVNPIYAPVVRPLLRKVKLCVVADFPFGALPTASRIALVSRLAEVADEIDVVAPIGLVKSRRWAEVRRDLISVVGAAGGRVVKVITEEPYLRDEERYTLYDIIAEAGAHFIKSSTGFAEEAYAARQGNPVHSTPERAAAIARYIKEKGYRLGVKMAGGIRTREQAKAIVDAIGWGEDPARVRLGTSTPEALL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sequential aldol condensation catalyzed by hyperthermophilic 2-deoxy-d-ribose-5-phosphate aldolase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 86
structure length 226
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2004-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vcvA00
2DZVA 1TQJA 2QEZA 4P61A 4O18A 1T0OA 2C0AA 5KMYA 2CZDA 2ZTJA 1GVRA 3KX6A 1W5NA 4HIBA 3LCHA 2Y7GA 5LGZA 3A5FA 4IXHA 4EVZA 1W31A 4E2BA 2C3ZA 4KFPA 5KSWA 2ZRXA 1I8JA 2GQ8A 2PRLA 5AHFA 2NLIA 3NQ8A 3PS7A 4IMCA 2ISWA 4UTTC 4O1CA 4JYEA 2NZLA 3LBMA 5DXXA 4Z1CA 4DPQA 1GJPA 3NPWA 4FNUA 3U6WA 4RXGA 4NZFA 3W1MA 3VCRA 3W87A 1GVFA 3HB9A 5C6MA 1Q6LA 5FF7A 3OA3A 4JIPA 1SSDA 3MO7A 5F2LA 2C6QA 1J4EA 3NL2A 3W70A 3KOFA 3NEVA 1O5XA 3NQDA 3DHFA 4RZ5A 1LROA 3PULA 4XTIA 2A21A 5HR7A 3SECA 2J6XA 3MHGA 3W85A 1Q6RA 3WK2A 1YDVA 3CWOX 5AHEA 3LV5A 5D38A 3GXTA 1V5XA 3THQA 3LHYA 3S1XA 3GKFA 1B4KA 1SSGA 3LRKA 5AN7A 3TJXA 5HJLA 2A0NA 3S5YA 4M19A 4MZYA 3FEMA 3ATYA 3FJLA 5K2ZA 2I1OA 3SIZA 4ZVJA 3DFQA 3JRKA 1IF2A 3QFEA 2Q3RA 3NPVA 1VZWA 3LCXA 3DXIA 3HO8A 3IGSA 4MY8A 4N4PA 4WZHA 1SFLA 3LXCA 3L65A 1PCKA 2NX3A 3ZR4A 4RKAA 1W54A 3CIWA 3MP5A 4IMDA 4CCDA 5LNVA 3VFLA 4Y6GA 3M1ZA 1H60A 3OEXA 1R47A 3TX9A 2XFWA 3HGJA 2D73A 1YDNA 4PL2A 2QKFA 3PBUA 4RR4A 5AB3A 4JTHA 3F1QA 3W1RA 1AMKA 4LS1A 1SW7A 3QMTA 1P1XA 2WPBA 1VRDA 3NPXA 3IIOA 1OX4B 4NX5A 3W71A 4XBSA 5BMWA 4FNPA 4JYDA 4ZL1A 2CZ5A 4UNKA 1LBLA 1EP2A 1F5ZA 4NJGA 5SWUA 1F7BA 3L66A 3W23A 3VKJA 1Z41A 1TPFA 1UUMA 3W3OA 4DBEA 4O1BA 1UBSA 4EIVA 1OX4A 1I45A 1ONRA 4RK8A 5HMSA 2NWRA 1YXYA 3W7NA 2CLLA 3PUOA 1A5CA 4UFMA 1ADOA 5F2MA 4AH7A 1KBIA 5F2IA 4AVFA 2XN1A 1IXPA 3A9IA 3TU9A 3PF3A 3YPIA 4BI7A 3ABOA 4LVBA 3QQ0A 5GVJA 1PVNA 1OFEA 4XTDA 1ZAHA 1OX5A 3BW3A 3GLCA 3M16A 4Q32A 2DJLA 5BRBA 3O8AA 3Q94A 1PV8A 1A50A 1XCFA 4QITA 3TC6A 1SZFA 1FXPA 3LOTA 2ZZ6A 3P62A 1CW2A 5CG7A 5J5DA 1F6KA 3MI6A 2QCCA 1H62A 3RLVA 4LTSA 5F4WA 2YR1A 4O19A 1WOBA 2E5BA 4AHOA 1Q45A 3M47A 4GXMA 3GAYA 4YCPA 2FDSA 1XM3A 1TYGA 1BWKA 3L0NA 1O5KA 3KHJA 2ZDRA 3W75A 1T99A 3SY5A 1DV7A 1FCBA 1FXQA 3QMRA 2Y88A 4LRTA 4MYXA 2W6RA 4KFOA 3W1XA 1MXSA 1PL9A 1X1OA 3CIXA 1OK6A 3IGXA 3R8RA 1GQNA 2ATSA 3TNOA 3FYOA 3W7MA 3KRUA 3W83A 1VLWA 3T40A 3QMSA 3UWUA 1QFEA 5A5WA 1F73A 3CC1A 3HIJA 4LC6A 3LCGA 2DZWA 3N14A 3TUUA 1GWJA 3LX9A 3KVJA 2V5LA 4MFEA 4R34A 4H4IA 5CZSA 1I4NA 2QAFA 4O1DA 4GRSA 2DZSA 1VYPX 3KVKA 5D09A 2CLFA 3P81A 4XWUA 3W1AA 1BTMA 1FY6A 1SW3A 2YCEA 4GUJA 2E68A 2YYUA 3T44A 2ZBTA 4DQWA 3B8DA 3PBWA 5C55A 1Q3NA 1TJPA 4S2BA 1M7PA 1QO5A 2QCFA 2CFFA 3BW2A 4OV4A 1FDYA 2WV8A 1EWEA 2ZRVA 2Z6IA 4MZ8A 1VR6A 4LV9A 1KM1A 1WBJA 4WXZA 2TPSA 3EX3A 2H3BA 2YSWA 4JTKA 4I7VA 1LDCA 3RMJA 2QCDB 3S1VA 3EXSA 1H1ZA 3QPYA 1JULA 5J5RA 4HNUA 2H8XA 4K7VA 2GVJA 2C1HA 3MYPA 1RR2A 2C13A 2HSAA 2NUWA 1OFAA 2AAMA 3DAQA 3C2VA 2BXVA 1C29A 4Y96A 4JTJA 4TU1A 2NX1A 1X7FA 3UWYA 3UWWA 2F7FA 5CZ0A 3O1NA 4IPIA 2WSQA 5DY2A 2ZZ2A 4ZZ9A 1JQXA 3HPZA 4ICNA 1DBTA 1KM2A 5U4NA 2WNZA 5FI8A 1M7OA 3HG5A 4HNVA 3IIPA 5AC6A 1OVDA 2RHGA 4ORIA 2Y62A 3NQ6A 3LHZA 2EHHA 3W2NA 2V81A 3HOJA 3QM3A 3NYZA 3EB2A 3FKKA 1YXDA 2ZZ5A 4CQ9A 4ZQOA 4ZQPA 5EBUA 3L0GA 1TSIA 3FA5A 4RCXA 4R53A 3GDMA 2R94A 2B7QA 3TCEA 1TV5A 4GUIA 2OCZA 3NQVA 1XUUA 3EX6A 4CQ8A 3L68A 3S8HA 1YPIA 3P5ZA 1GTEA 2E09A 1C8VA 1I2QA 1TTJA 2VEKA 2ZZ1A 4GJ1A 2J24A 3EWBX 2E5DA 2C16A 4CQAA 4WX2A 5K3VA 3WJZA 2OX1A 1G7UA 2RKXA 1K8YA 4O28A 4I9AA 4Y90A 5DBTA 2ZRWA 2NXGA 3KAOA 4EOUA 3LDVA 4D2JA 1SU5A 4OBTA 2ZZ4A 2DORA 3DI1A 3G1FA 1TMHA 4WUIA 3IV3A 4UTUA 5I3FA 2KZHA 4WD0A 4MVAA 1ZFJA 1KM6A 1GZGA 3OBKA 4JS3A 1QAPA 5HUOA 2VEPA 1U83A 1DORA 1NVMA 4FX6M 2R8WA 4YL2A 2CZFA 2VENA 3ANYA 3GXNA 1MZHA 1S3HA 4H3DA 4LC8A 6ALDA 4EF9A 1FWWA 1QR7A 3SZ8A 1I2RA 1EX5A 3I68A 4BI6A 5L6UA 1EP3A 4NNBA 4MIMA 5LKYA 4UMCA 3RLUA 3W7RA 2JKEA 4UTWA 3LXBA 4QNEA 1R2SA 4NVTA 3DFSA 2VFGA 5AHNA 4TMCA 1ICQA 1TRIA 1QPRA 1EP1A 1Q6OA 3NO5A 3CEPA 3JR2A 4A2SA 3W2LA 3IVSA 4AAJA 5D32A 2E6AA 4IX0A 2G95A 4JR5A 4ZQCA 1SZEA 3VE7A 4ZMGA 3A23A 1KFLA 1ZY9A 2H8ZA 5FF0A 1G4TA 3HPXA 2Y70A 3PM6A 3E0IA 4OU1A 3PG9A 3LCLA 3S5NA 4UMAA 1MEIA 2XN2A 4S1FA 3GNDA 1K8ZA 2WJZA 4HHPA 2VFHA 5G2HA 4OV9A 4O50A 1JUKA 1W3NA 4Z1DA 1TTIA 2F84A 4O16A 4PFMA 1XDMA 3R89A 1XI3A 3MP3A 1ALDA 3GVGA 1XBZA 2YFNA 1KM3A 5EPDA 3TAOA 5D2TA 2Q3OA 4R7JA 2OT0A 2ZCGA 4UUIA 3MYOA 3WJYA 3LV6A 3P8JA 4JTTA 1JUEA 4PTNA 5KINA 4CLMA 4UFJA 3TKFA 1I2NA 1TQXA 1OABA 3VE9A 5HWMA 3DENA 5FEWA 2BX7A 3KRZA 3Q2DA 4OGZA 3T55A 2FB3A 5E0KA 4BWLC 2NV1A 4UXDA 4OWGA 2J27A 4IUOA 4HPJA 1M6JA 5CKSA 3W86A 2RDTA 1K02A 3G1HA 1ZENA 3C2EA 4NT0A 1OG0A 2VEMA 4ZQMA 2EAWA 4K39A 3O63A 2WQPA 1XL9A 1NSJA 1T96A 3G22A 4C1KA 4BI5A 1K7FA 5E1QA 4WQ6A 5I3KA 3P60A 3O06A 4ADTA 3TXVA 1S5TA 2GPTA 4FNRA 2QAPA 3AO0A 2QCHA 3I7SA 2X2GA 4X3ZA 3OHIA 1TPVA 5IBXA 3C0JA 2YX0A 5K4XA 1VGAA 4NJIA 3UNDA 1I2PA 3G18A 2O7QA 3UQNA 4IMGA 3M5XA 1QNVA 3FKRA 2DZPA 1LRTA 2ZA3A 3SSJA 1QOQA 2ATMA 3F03K 3L5MA 1N7KA 1VJIA 1XC4A 3L5LA 3HQ1A 1KTBA 3C3NA 3NXFA 1L2UA 1VPXA 1H1YA 2FJKA 2QUVA 3KVMA 3M6YA 4FIRA 5BOOA 3UWQA 1O60A 3FIGA 2DZUA 3IIXA 1VHNA 2OT1A 4LY8A 4JIQA 1FUYA 4XKYB 3PR2A 4MKNA 1W5PA 5CPMA 3O6DA 2Y89A 2GUUA 2X1RA 4JTUA 2YW3A 4JN6A 1PHWA 4JTEA 2W79A 4UFLA 3LGEA 3P82A 2UV8G 2CLOA 4AXKA 5F1UA 3TSMA 3G1DA 5ABTA 3LLFA 4PH6A 2A85A 4GUFA 4WOQA 4XKYA 5LGXA 1PHQA 4K6AA 3BG9A 5HNRA 2Y7DA 3NOEA 5EYWA 3P84A 3G8EA 3C8FA 4MYAA 2Y6ZA 4MJZA 1JCLA 1QPOA 3C2FA 1P5BA 1W3IA 8TIMA 1KFEA 5KZMA 2VFFA 1WOAA 1O4UA 3PVFA 2PURA 3NDOA 1W8SA 3TW7A 3DFTA 3WK3A 3NA8A 3QSRA 5K4ZA 4UTJA 2ZFAA 1TPH1 1LORA 4JYFA 3R13A 1NAL1 2ISSA 3L21A 1HO1A 3U2OA 1YTEA 3S5ZA 2Y63A 3KRSA 5LSMA 3BW4A 1YTDA 3M41A 3E9AA 4PA8A 5G2IA 3HG3A 3BO9A 1I2OA 3I7RA 2NWSA 1LP6A 1VYSX 3DZ1A 4RZ6A 1OYBA 1SR9A 3LTPA 1CI1A 2FPTA 4ALDA 3A21A 4AWSA 3LLDA 2QDGA 4IJBA 4UTWC 3N9RA 5KITA 3TQ0A 3E49A 4MLRA 5KTLA 2QCNA 3GNNA 2J9YA 3HPSA 2EKCA 4NQ1A 3QH2A 5AHMA 2CWNA 3PBVA 3TSDA 4GWEA 1GVOA 3OIXA 4JICA 2PCQA 4N6FA 3BLFA 1EUNA 4J9JA 4FO4A 1WAUA 4N2YA 3W9ZA 3CHVA 2FPVA 1DJNA 5A8GA 3I7QA 6TIMA 1TPEA 1X8FA 1OFPA 3W6YA 4LW7A 3MWAA 3GIYA 2H6RA 5DCBA 2JBMA 1H63A 4NUWA 1VC4A 1G6CA 3MP4A 3T78A 4QIUA 2ZYFA 3O16A 1UJPA 3Q58A 3EKLA 3CPRA 2ISVA 1TPC1 5HQEA 1KFBA 1GPWA 3GZ3A 4K37A 3GYEA 1OFQA 5D30A 3TC7A 1F6PA 1QPQA 3W7PA 4O12A 3SGZA 1UUOA 1QOPA 3GR8A 3L67A 3BGGA 1GVSA 2DZXA 1LM1A 4JGDA 5FESA 3L5AA 2BSLA 3BV4A 3NQMA 4DELA 2OJPA 1IIHA 3W2KA 2Z1BA 2Z6JA 5AYXA 1JCMP 3SJ3A 2NUYA 1JQVA 2RFGA 3JS3A 4O8RA 4WOZA 1UB3A 1RQHA 3NR0A 3T7VA 3QRHA 1EA0A 3BVJA 1RV8A 4N4QA 4QISA 1W1ZA 1OFBA 2VFIA 3M44A 2GQ9A 4O15A 3S9YA 4KFNA 1SPQA 3KXQA 4N02A 3IIZA 2HS8A 2GQAA 5HUPA 4H6KA 4DF0A 1K3UA 1FQ0A 3E02A 3M5YA 4LS2A 4DXVA 2C18A 2FB2A 3LHTA 4FXSA 2PRMA 3TQKA 2E77A 3HGSA 3N73A 4LOCA 4E0CA 2ALDA 1R30A 1NF0A 4Z0SA 3EEGA 3MMTA 3USBA 2DZTA 3EWXA 1ME8A 3TH6A 5F4XA 1NEYA 1W5QA 3CEUA 3GK0A 1FCQA 3NGJA 2E1DA 1KFKA 4R33A 3G0UA 4PCFA 5H91A 4O13A 3B03A 3F4NA 3G1AA 2YZRA 4LT9A 3NL6A 1KV8A 3NAVA 3P61A 2FTPA 3B05A 4RJEA 5IBXC 4RZ4A 1YXCA 2LLEA 3DH7A 4BF9A 3D0CA 4HPXA 3BK0A 3QQ1A 4UTIA 1C9DA 4DEFA 1F76A 3C6CA 3H54A 4AMAA 5TQLA 1ME7A 4WXYA 2ZZ3A 3G3DA 3S1UA 1KW1A 4FX7A 3O6CA 5KZEA 4YCOA 1W5OA 1TPB1 1B3OA 3ZWTA 4UTTA 2YGYA 1ZAJA 4MJMA 1H51A 2V8ZA 1HTIA 5AC8A 1WQ5A 1LLWA 4JDBA 3OG3A 4YWIA 1L6SA 2A4AA 2ABBA 2QDHA 3P7YA 4YMZA 3NL5A 3R2GA 3C61A 2VKZG 4LU0A 1YADA 5FEZA 3V75A 1QCWA 1WA3A 2A7PA 2H3DA 3TXZA 1JCYA 4I7UA 1IXOA 1GYNA 1Z48A 4JDYA 4HKPA 1ZALA 3PBYA 3A22A 4N9EA 3W7CA 3N3MA 3W7OA 3HG2A 3M5ZA 3M9YA 3ZS4A 3HJZA 2WNQA 4JX4A 1WX0A 3OVRA 2QCGA 1FCUA 3MHUA 3T4CA 4JTGA 4HSNA 1AL8A 4O4VA 4YLWA 1RQEA 2E6YA 4GE8A 3P67A 5K9CA 1LOLA 5EL1A 3LCIA 4Z0JA 3EXTA 4GC4A 3IRDA 1S5VA 4AHPA 3DFPA 4FEZA 4IQLA 1AK5A 2B0MA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DZV A;  2J62 A;  4MDO A;  2PZN A;  1TQJ A;  1HP5 A;  2QEZ A;  4P61 A;  1ZPT A;  4LAL A;  4O18 A;  1FWC C;  3CUX A;  1UD8 A;  2BDQ A;  3LCH A;  2BP1 A;  3VOH A;  4HVX A;  2Y7G A;  3WLP A;  4QX4 A;  3V35 A;  2PU0 A;  1W31 A;  5AKQ A;  1Q2S A;  5KET A;  5KSW A;  5LA0 A;  1UOZ A;  2ZRX A;  3VIO A;  2HEJ A;  5A94 A;  2PRL A;  3SRK A;  3A4J A;  3MSR A;  3B8U A;  5DXX A;  4Z1C A;  4DPQ A;  2O92 A;  2JAL A;  3FA4 A;  3THC A;  1E4L A;  2VZS A;  1GVF A;  3IAQ A;  3HB9 A;  2XH2 A;  4GIS A;  4PMD A;  3OA3 A;  3WIJ A;  1M68 A;  1SSD A;  2C6Q A;  1KXH A;  2NQL A;  3LNM A;  3NL2 A;  3T6C A;  2FMN A;  2OR2 A;  3NEV A;  1O5X A;  2XFR A;  5FJR A;  1LRO A;  3PUL A;  3BMX A;  3UXK A;  3AXI A;  3SEC A;  2WK2 A;  4DY1 A;  1X1N A;  1Q6R A;  1EF3 A;  2J7G A;  4D6J A;  3CUI A;  4ZEP A;  3KZS A;  1AQM A;  5D38 A;  4Q8P A;  1GJU A;  2YCI X;  3LHY A;  1KCL A;  3VMO A;  3S1X A;  1V6T A;  2FJU B;  2ZE0 A;  5AN7 A;  2HK0 A;  3II1 A;  3S5Y A;  4MZY A;  2JF7 A;  2YLA A;  1B9Z A;  3ATY A;  2I1O A;  5A6S A;  1NAR A;  2Q3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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