1VGAA

Structures of unligated and inhibitor complexes of w168f mutant of triosephosphate isomerase from plasmodium falciparum
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLFAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Unliganded and Inhibitor Complexes of W168F, a Loop6 Hinge Mutant of Plasmodium falciparum Triosephosphate Isomerase: Observation of an Intermediate Position of Loop6
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 93
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2004-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vgaA00
4U4MA 4RX0A 4MLJA 3BLEA 4JTKA 3GX9A 4FNTA 4OWGA 3TV8A 2QUTA 1TRIA 1SSGA 4BWLA 1FDYA 3HPZA 1W3IA 3QFEA 4RR4A 5LHEA 3LDVA 4PL2A 3LI0A 3VNDA 5LGXA 4OT7A 3PBUA 2CLIA 3LCXA 1FDJA 2I9EA 4AEOA 2AQWA 1UUMA 1GG0A 4NJIA 3TXZA 4DQWA 2V5LA 2Y6ZA 4JN6A 4BI6A 1OJXA 1X1OA 2J9ZA 1K7XA 3L2IA 3HOJA 3W7QA 1YPIA 4UFKA 3C2VA 3ELFA 1IIHA 3I7RA 3NDOA 1F7BA 4CNNA 1J4EA 1FWRA 5DELA 2J24A 2NXGA 3EX1A 3C56A 3UD6A 4UTUA 2GJNA 2FIQA 1W0MA 1T96A 2Q3OA 4WOQA 3NPXA 1G4PA 3HG3A 3W83A 1G4EA 4ADSA 1G4TA 3AJXA 1WX0A 3UNDA 4QNWA 3L5AA 2NX1A 1TPWA 2GQAA 1T99A 3O06A 2YFOA 4O12A 5F2MA 4Z0JA 4AWSA 3NQVA 3QMTA 4JDYA 5I3IA 1BKSA 1WYIA 1ICPA 3V75A 4QSHA 1OF6A 1G4SA 1I2NA 1VCFA 4LW7A 1PCWA 5DY3A 3G0XA 4P61A 2NUYA 5G4EA 3LOTA 3C4UA 2VEPA 1L9WA 3P81A 2E6DA 3NOEA 2YW4A 4GE8A 3UPBA 4ADUA 5HMSA 4LOCA 4MFDA 3FEMA 6TIMA 2C18A 2XN1A 2ZRZA 4O8RA 2VFIA 3KHJA 4GRSA 2ABBA 5F2GA 1IGSA 3NL5A 5FF4A 3BK0A 3M47A 3NGJA 3GR7A 4UTWC 1SFJA 4LRSA 2QR6A 3HGSA 3IGUA 3BPWA 3A22A 1VCGA 3GKFA 3M7WA 2FB3A 4PL1A 3GLCA 3B0UX 2NV1A 1AL7A 3PB2A 2QJGA 2Q8ZA 4N02A 5FEXA 3E9AA 4JTIA 3RFAA 3OA3A 1FWNA 3DU0A 5LNRA 1OK6A 2J88A 1W3NA 3FYOA 3PS7A 5CPNA 3G0UA 1O4UA 4IMDA 1A5CA 3RMJA 2DZWA 5A8GA 4FXSA 1LRQA 2RDWA 5F4WA 5AC8A 3W72A 3LHTA 3LGEA 3GB6A 2V8ZA 3DFSA 3NM1A 2QAFA 1D9EA 1GVRA 4LUJA 1D3GA 4LNYA 1W5QA 3MBDA 3FJLA 2Q3RA 3BG5A 4JTEA 3QC3A 3W1AA 4R7JA 1XL9A 1XBYA 3HMJG 3L68A 2QDHA 3IIZA 4O0KA 3ZWTA 1R2RA 4ORIA 4O52A 5AHFA 1G7UA 1H7OA 1XI3A 4JIQA 1CX9A 1EIXA 3M5ZA 2AGKA 1DKWA 1QDSA 3GKAA 4MZYA 5DLCA 2OCZA 2CWNA 5D2XA 3B04A 2QJHA 4D2JA 3LM7A 3GNNA 3HF3A 1PIIA 1B57A 3QEZA 5AHLA 1Q6QA 3C2RA 5F2LA 4Z1BA 4HHPA 1K03A 3BW4A 3O8AA 4O1AA 3S6DA 2ZTKA 3STGA 5DN1A 1XM3A 3C52A 1MSSA 3C8FA 3VCRA 4ZQNA 3GAYA 2WSYA 3MP5A 4UR8A 1ZHAA 2V30A 4GWEA 1KTNA 4HNVA 1OFBA 3RLVA 1KM3A 1WV2A 2JKPA 4MZ1A 4O11A 5DCDA 3DAQA 1TTJA 3A5FA 1YXDA 4DPPA 1YDOA 3VE7A 3GDRA 3HPSA 3FKRA 2QCEA 1DOSA 1O5XA 4UC5A 2BSLA 5G2HA 1F74A 3LV5A 4FX6M 4PC8A 2W79A 3TE9A 2AAMA 3NQ8A 5U7SA 1DQXA 4IMGA 1FCQA 4FNUA 1B9BA 3NR0A 1ZENA 3HQ1A 4G1KA 5CPMA 5J5RA 1OX4B 3GVGA 3RLUA 4LY8A 1RVGA 1W31A 5G1TA 3ZS4A 3FS2A 1L2UA 4Y8FA 3S5OA 4LVDA 4BI5A 4CLMA 1GYLA 5G1YA 5CSSA 2QUVA 3L67A 4UTJA 1LBMA 2ATMA 3MP3A 5K4ZA 1FDZA 1TPB1 1QPOA 3CQ0A 1ONRA 1QPNA 4IPJA 2E6AA 4DO6A 3W7EA 1FY6A 4CQAA 5HR7A 1VRDA 4OV4A 3W7PA 1OFAA 3MHUA 1JRCA 3EXTA 1EPXA 5D32A 3KAOA 3CU2A 4UTTC 2CLOA 3QF0A 3UWVA 3CIXA 1EX5A 3PY2A 3W1PA 1R30A 4ZQPA 3W7JA 1EB3A 2R91A 4OGZA 1HO1A 1RD5A 2ATSA 2CLKA 3W2UA 4DF0A 4EIVA 3W1NA 2QEZA 4IUOA 4JXCA 5CPLA 4UIOA 5MHBA 4O18A 1KBIA 2TPSA 2B0MA 2JGYA 4Z1DA 4JGDA 1JUBA 4RZ6A 3PG8A 1D3HA 3MMTA 1EUNA 3R12A 4IGHA 3UWUA 4LS1A 3OVQA 1RZMA 2J27A 4O28A 2JKEA 1X1ZA 4JTUA 4EF8A 1QO2A 2FJKA 4JTFA 1AMKA 5K4XA 2JGQA 3LTYA 1JJKA 3U8GA 1A5SA 2ZZ7A 1LLZA 1VC4A 2OZ0A 2GPTA 1W37A 3V1PA 3N14A 4S2BA 3IIXA 1BTMA 4NJGA 3WJSA 4N9EA 1XBZA 3NQEA 4UFJA 1B3OA 1PL9A 2LLEA 3M5YA 5D02A 2YDAA 4K39A 5FESA 3G1YA 5G2WA 1WAUA 4RV8A 4GFSA 1WBHA 3GDKA 1NEYA 3G1SA 4WD0A 2YR1A 3GXTA 4GJ1A 4U28A 4LTSA 3NZRA 3LBMA 4NNCA 1P4CA 4GNJA 2ZA2A 1VYSX 3STFA 1ZALA 1F6KA 2BLEA 3EX4A 4M5PA 4A2SA 3W1LA 1AK5A 1YYAA 5EY5A 2ZCGA 1LZOA 1P0KA 3T44A 1BWKA 4FF7A 5K2ZA 1DVJA 2CLHA 1SQ7A 5LNUA 1S5WA 3QH2A 1FXQA 3GDTA 1JCXA 3D0CA 2PCQA 2CZ5A 2X16A 4UCGA 3HGOA 2E5BA 4PTNA 3PWAA 5DXYA 1EWEA 2GOUA 4HT3A 2NX9A 3TC6A 3WK0A 3TX9A 3TFXA 3L0KA 3W71A 4QAIA 1OX5A 3JRKA 3O1NA 2ISVA 1WOAA 5AB3A 1KFJA 2P0OA 2RDTA 1QOPA 3OHIA 3R13A 5D33A 3NAVA 3NO5A 1Q6OA 3O05A 1KV5A 3GXPA 4JNMA 4PFMA 1JCLA 4MY9A 3LRKA 1MEWA 4AWUA 4NT0A 3KRSA 1TTIA 5AHIA 1TPVA 3T40A 2OX1A 3B0PA 2FTPA 2NUXA 2CZEA 3R8RA 1GZGA 3TR2A 4MUZA 5AOUA 2Y63A 4PEKA 1JCMP 4XUGA 3BLIA 4QQ3A 1Q6LA 1H51A 3CEPA 1H1ZA 5I3HA 3W7RA 5LHFA 3G24A 4ORMA 5AC6A 2VXNA 1OF8A 3RK8A 3B03A 4PODA 4M7SA 5HULA 4CCEA 2EF9A 3ZWSA 1I45A 1ICQA 2GQ8A 3MW7A 5D05A 3BW3A 1XDMA 3GYEA 1FCVA 4LC8A 3KOFA 4AHQA 4RLIA 4JD4A 1WA3A 3QSTA 3N2MA 2O7SA 5DXXA 5LKYA 1LTDA 1SW0A 4AHPA 3STEA 5ABTA 4MLRA 5KTLA 4JEQA 2QCHA 3DFOA 2V5BA 3W7GA 4RCXA 1IXQA 3THQA 3W23A 3USBA 4ZQOA 3M9YA 1TQXA 4FXRA 2QCGA 2EKCA 3O07A 3LHUA 1VR6A 2DU2A 4JTTA 1G7VA 4QM1A 2V2DA 3ZR4A 1YXYA 2B7PA 2GJLA 2ZZ1A 3Q94A 4OQVA 2CW6A 1LYXA 1NAL1 4HKPA 1OHLA 5FF7A 2ZRYA 3EX6A 4AHOA 1Z44A 3CIWA 1IIGA 5D09A 1ZAIA 1AW2A 3WJZA 2ZQ0A 2Y7GA 2QUUA 3LERA 2D73A 1F73A 1JQXA 4UUIA 1LROA 4N6EA 3C3NA 4K38A 3TJXA 3UWZA 1JCJA 1TYGA 3TW7A 1KLYA 3DKJA 1SO4A 1ICSA 1LOLA 1TRDA 4MFEA 2HMCA 1VLIA 4O14A 3LRLA 4KFOA 2FPYA 4Z0SA 1N7KA 1WOBA 5AN7A 3TQ0A 1T8XA 4JX5A 1ME7A 1OFEA 2ABAA 1G6CA 4TX9A 4ZVJA 3INPA 1EWDA 3TQVA 4DBEA 2FQIA 3QQ1A 5CSRA 3O6CA 5I3KA 2JK2A 2WNQA 4Y96A 3QW3A 5L9FA 4UTTA 1RQBA 2G95A 2DZUA 5DBUA 1NVMA 2C16A 4DBDA 3KFTA 2NUWA 3UQNA 5BOOA 4H6KA 1H7PA 2ZRVA 5F1VA 4TO8A 2A2IA 3WK2A 3GDMA 2VFDA 5IM51 3DH7A 2CLEA 3LB0A 4HSNA 4K36A 2V2HA 1RQEA 4AVFA 3LX9A 5AHNA 1LCOA 4HPJA 1KFCA 3JR2A 4N2YA 3IEBA 3O6DA 4LWWA 5A5WA 3LHWA 2J9YA 4TR9A 3T78A 3F03K 4RZ5A 2YX0A 5LNVA 3HG4A 3NQFA 3TSBA 5BW6A 4JR5A 4HIBA 4L4LA 3PUOA 4O1DA 4UMAA 3LCHA 7TIMA 1XDLA 1ML1A 3GIYA 4UFIA 1Q45A 3TQKA 2J6XA 1W5PA 3BGGA 1TREA 3NA8A 5KZMA 3W1TA 4UNLA 4C1LA 5HJLA 3LXAA 1JRBA 1P5BA 1N8FA 1GPWA 3T55A 4JTJA 1UBSA 1E51A 3U2OA 4MJMA 2V81A 3P74A 5D30A 3NQAA 3G1DA 3C61A 4UR7A 3VFLA 3TMLA 8TIMA 4IPIA 3KVMA 5EBUA 4FHAA 3CPRA 1EUAA 1SO3A 4PH6A 3DI0A 3TAOA 3C6CA 1ALDA 4IJBA 1W56A 3DHFA 4YCOA 3S1WA 5HWMA 1M6JA 3TJLA 3PUDA 2H90A 2GQ9A 4UFLA 2BWGA 2EPHA 4NVTA 3NM3A 1TPH1 5CKSA 3S8HA 1TV8A 3HG5A 2TSYA 3M43A 1MO0A 1GTHA 3BLFA 3MWAA 1YXCA 2WNNA 3IIOA 2B7QA 2B7OA 2RDUA 4XWUA 5T26A 1A5BA 3LLDA 3CWOX 1K8YA 2QCDB 1OG0A 1F5ZA 4JS3A 4K7VA 5D03A 3WFAA 3L0NA 1GG1A 4QITA 4K7YA 1TJRA 3W86A 1KM2A 3MHGA 3S1UA 1VJIA 5HUPA 2GVJA 1GVSA 5AFDA 1CW2A 1QMLA 4K6AA 4YXGA 1TPC1 2A5HA 4IMFA 2ZA3A 4MPQA 2NZLA 4BFAA 3S42A 1GWJA 1YTEA 2R94A 3MO7A 3PR2A 2QKFA 2X1RA 4FB7A 2PURA 5HUOA 1AW5A 4FNPA 3P82A 5FF3A 1UB3A 2NWSA 2Z6JA 5KMYA 3ATZA 1VZWA 3W76A 4CNPA 4KFNA 1GVQA 2VFEA 4GBUA 4A29A 1A50A 1BEUA 4O0ZA 3QW4B 4XZ9A 4Y90A 1SUXA 3TIMA 3TKFA 4GUJA 1Q6RA 4UTLA 1WXJA 1TPFA 3NQMA 3CHVA 4NX0A 2Z6IA 3Q58A 3W7IA 1FXPA 3DFNA 5DCEA 3QSRA 1SZGA 4X9SA 4XTDA 1L6WA 1VS1A 4GC4A 1C8VA 2DZVA 2J9XA 4EVZA 3DBPA 4ZZ9A 4X22A 2XN0A 4LV9A 3KXQA 4MIMA 3MUXA 5CZSA 1DL3A 2PE4A 3QPYA 4MYXA 1VHCA 1MEHA 2ALDA 3N9RA 4X2RA 5C2XA 1TJPA 2A7RA 4IXXA 1C9DA 2X1SA 2ZRWA 4OV9A 1OX6A 2B7NA 1PV8A 3NNTA 3IVTA 1ME9A 1H7NA 3S1XA 2Y7EA 1FQ0A 1OABA 2VOMA 3G1HA 5HINA 4HNNA 1I4NA 3QRHA 4OU1A 1R46A 4WY0B 3BARA 4FNRA 2QCDA 5L6UA 2RHGA 3PUEA 1QNVA 1TV7A 3FA5A 3LV6A 1YLVA 4IX0A 3LHZA 3UZJA 1VCVA 1ZAJA 1NF7A 4I7VA 2VFFA 3G22A 3W2JA 1RV8A 3LCIA 1PE1A 5HWNA 1OFPA 3PC0A 1KM4A 1DJNA 3L9CA 1KM1A 3H53A 2ZZ4A 3W2MA 4JTHA 1KTBA 5F2IA 1VYPX 1RR2A 5DCBA 3FLUA 3RU6A 2PRMA 3NEVA 2IQTA 1K7FA 1L6SA 1LORA 5FF2A 3N2XA 2C15A 4KWVA 5LZLA 2QAPA 3G3DA 4ZQCA 3W9ZA 2XN2A 2PC4A 4IOTA 3M5XA 3W3OA 3S5ZA 3NPVA 2WOQA 3M44A 4M6VA 4RXGA 1H1YA 4BK9A 1HFBA 1EEPA 3UWWA 2EHHA 4MVAA 3WJYA 2CZDA 2WQPA 2UV8G 1VH7A 3QPZA 4Y6GA 4H4IA 3N19B 1H7WA 3W7DA 3BV4A 1GVFA 2YXGA 3MHFA 4NU7A 3ABSA 2DZPA 1BWLA 3SGUA 4O4WA 1YADA 2ZRXA 5FI8A 4LS2A 1G67A 1LBLA 3TXVA 5BNKA 2YYUA 3NPWA 4K8EA 1TPDA 4POCA 4L4MA 4CNOA 4ZQRA 1YPFA 1KM5A 2FDSA 4O1CA 3G0SA 2F7FA 3B05A 4RKAA 3S9YA 1M7OA 3GR8A 4M7TA 1XUZA 3KRUA 2F84A 2YPIA 4LVFA 3LHYA 2Y7FA 3C2EA 3L66A 4WUIA 1QWGA 1R2TA 4O4VA 4RZ4A 3NQCA 4XQ6A 3CB8A 1OFDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4U4M A;  2VI0 A;  4MLJ A;  4RE0 A;  3T6C A;  2J7C A;  4OWG A;  2EG8 A;  3TV8 A;  2EG7 A;  3LI0 A;  1NFP A;  1UR1 A;  3W02 A;  3R11 A;  3WUB A;  2D0G A;  1FH7 A;  1Q4W A;  1HKI A;  1ODU A;  2AQW A;  3DFH A;  4JTR A;  1GG0 A;  1ZB5 A;  2V5L A;  4JN6 A;  3WEL A;  4BI6 A;  1K7X A;  3HOJ A;  1P0E A;  3C2V A;  4JL2 A;  3NDO A;  1F7B A;  5B7Y A;  4ZO7 A;  2V68 A;  2Z25 A;  3QLD A;  2GJN A;  3EOL A;  1G4P A;  1QNS A;  5D9M A;  3W83 A;  1G4E A;  2HVO A;  4ADS A;  1G4T A;  3UND A;  3L5A A;  1XLH A;  1T99 A;  3O06 A;  5F2M A;  1V6U A;  4Z0J A;  3NQV A;  4UOZ A;  3S6O A;  1G4S A;  1NQ6 A;  2DW7 A;  3KZP A;  3SCP A;  2ALR A;  5DY3 A;  4P61 A;  4LAZ A;  1HX0 A;  4YHE A;  2NUY A;  3LOT A;  3C4U A;  1EO7 A;  3P81 A;  2E6D A;  1HT6 A;  4PB4 A;  2YW4 A;  4H7C A;  4F8X A;  4X61 A;  5A8M A;  3UPB A;  3GE7 A;  2J78 A;  5HMS A;  3SUS A;  1IR2 A;  5CJ5 A;  2QPS A;  2XN1 A;  4HYW A;  3WBE A;  2ISD A;  4LF1 A;  1UR2 A;  2GK1 A;  1QPK A;  1UW9 A;  3CUX A;  3VD5 A;  1VBR A;  3JVA A;  4PRT A;  3SN4 A;  5FF4 A;  4ZGY A; 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