1VH7 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	LAKRIIACLDVKDGRVVKGTNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELVFLDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVSINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project pubmed doi rcsb
molecule keywords	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF
molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	89
structure length	250
sequence length	250
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2003-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vh7A00

3GR7A 2NWSA 3RF9A 5D02A 2YFNA 3WK2A 4Y90A 3PG9A 5AC8A 3I7SA 5EA9A 1FWWA 4RJEA 4JTTA 2C1HA 3O16A 4IPIA 1F05A 2J88A 4CQ9A 3IV3A 2RHGA 3W2MA 3BV4A 1XL9A 1I2PA 4NXKA 3W1LA 2YCEA 5GVJA 3YPIA 3EKZA 1DVJA 2W79A 3H53A 3HJZA 3CLMA 5EBUA 1AMKA 3GKFA 4JS3A 3EXTA 3JR2A 2ZA3A 2FTPA 1XDLA 2CU0A 2QCGA 1A5CA 1LOSA 1PIIA 2Y7GA 3DENA 2QDGA 3HOJA 4PFMA 4M6QA 2YW4A 3NO5A 3ZR4A 1KTBA 3LLFA 1ICQA 3LXAA 4QISA 1D3HA 4O4VA 1VR6A 1XCFA 3BGJA 2X16A 2QCDA 1TB3A 2YGYA 3M41A 1MZHA 5U7SA 1NSJA 1RQBA 3G24A 2CLHA 1QFEA 2GVLA 4P61A 4PODA 3TK7A 1GVOA 3NA8A 2CLOA 2P1FA 3FOKA 3TJLA 3STEA 4L4LA 4UTLA 1OFRA 5DXXA 1JVNA 1VPXA 4X2RA 3PR2A 3LCHA 4N6FA 1K3UA 3TMQA 1H7PA 2CZFA 4UMAA 2ISVA 4N02A 3IIVA 3M0ZA 3OVRA 3PBVA 4N9EA 1X1OA 1F74A 3HGRA 2KZHA 2B0MA 6TIMA 5SWUA 3Q94A 1YXDA 3W7JA 3NL2A 4HPJA 3W72A 1EP2A 2O7QA 1XC4A 1TPB1 2ZA2A 3QSRA 3LCFA 1QPOA 3UY8A 1TQJA 4PL1A 4JTJA 4MJMA 5G4EA 3G1HA 3ZS4A 2ZZ6A 3CWNA 3OEXA 2Q3RA 4K39A 2PURA 3PSWA 4LV4A 3LI1A 3W73A 1TYGA 4ZQPA 5AN7A 4O13A 4JX4A 5G2WA 3NR0A 3W71A 4ALDA 3A24A 3P5ZA 2FIQA 4Z08A 1F73A 3Q2DA 2Y7DA 2V8ZA 1DKWA 4FF7A 1SUXA 2VFHA 3WK0A 1K8XA 3NPWA 5HR6A 3BW4A 1JCMP 3N9RA 4XTIA 3C2EA 3H54A 3TKFA 1YDOA 1O94A 2FQIA 2G5WA 1SW3A 4FX7A 3NYZA 2J9YA 2H8XA 5C2XA 3SFKA 3LHUA 2QJHA 3UXAA 2VC6A 1H60A 4MVAA 4EF9A 3UNDA 2UV8G 1Z41A 1FX6A 5KINA 5K4XA 1S5TA 2JKPA 2A7RA 1JJKA 4N4QA 4JDYA 4JTUA 1Q45A 1GQNA 3M1ZA 1G67A 1ZENA 1DBTA 3DFOA 2TPSA 1OYAA 3MYOA 3DFSA 3GDRA 1J4EA 1QR7A 2A21A 2E68A 3MUXA 3UD6A 2ZYFA 1QO2A 1KM1A 3W1AA 5ABTA 3DFPA 1X6UA 3H55A 3ABSA 3Q58A 1TQXA 1I4NA 3QEZA 4K8HA 1GTHA 3E9AA 3UWUA 5D38A 3NZ1A 5AOUA 3VNDA 5C55A 2B7OA 4LUJA 3TQVA 1DORA 5D2YA 4AF0B 4LC6A 2H6RA 3N2MA 3GYEA 4JDBA 2NXGA 2C19A 3TMLA 4JX5A 3DKJA 3LHTA 1EIXA 1W56A 5DCEA 4ZQMA 4W9TA 4FNRA 1UB3A 1W8SA 5IBXC 3BW2A 5BW6A 1ALDA 3MHUA 5KITA 4QAIA 4Y96A 4QQ3A 1QWGA 4JYEA 5HWMA 1WX0A 2C15A 3R8RA 4UCGA 3SW6A 1N7KA 2CLKA 1ME8A 4BFAA 4MOZA 3G1VA 3ZWSA 4O1AA 2CLFA 5AHMA 2WNQA 3RLUA 3O1NA 3WJSA 4CNPA 2CZDA 4Y6GA 3HPZA 2YR1A 4UTIA 1EP3A 4NZFA 1SSDA 2P10A 4FB7A 3V1PA 4EF8A 3S1XA 4K7VA 4HN4A 5AC7A 3NQAA 3NQVA 4UFKA 2FB3A 5D33A 3LV5A 3FKRA 2FLIA 2DP3A 2ISWA 3G1XA 4S1FA 4O18A 3CPRA 2ZA1A 4E2BA 1G7VA 1ZCOA 3M43A 2ZFAA 2ABBA 3PM6A 3TCEA 3G0XA 3P80A 1NF7A 3GNDA 4CLMA 1GVRA 1H7WA 1WQ5A 3HPSA 2E6YA 1L6SA 1R46A 1GVFA 3S5NA 3S5ZA 3G22A 1R47A 4FIRA 4UR7A 3W1NA 4AHOA 3P5YA 1EP1A 1VHCA 1P0KA 4GUIA 4QIUA 4NVTA 3NL6A 3HBLA 5U4NA 3FJ6A 4IGHA 1ZNNA 2GVGA 3GAYA 4IMCA 5FF2A 3T55A 5CZSA 4Z0JA 5KZMA 3EWWA 4K7YA 1G4SA 4GNJA 3NQMA 3PAJA 1XBYA 1AW2A 1U5JA 1XKYA 5FF0A 5BNKA 4O50A 1RD5A 5DY3A 5F4XA 1FWTA 3N2XA 5CPLA 5AC6A 3FYPA 2XN1A 1IGSA 2YW3A 2DZSA 1H7OA 1LYXA 3N73A 3QF0A 4K37A 4JTSA 1KV5A 1Z42A 3WJWA 3NQ8A 1P1XA 3S9YA 1OVDA 3QSTA 4DBDA 3CM4A 4WUIA 4LC8A 5CPMA 1SQ7A 3NM3A 2I9EA 1KM0A 1LDCA 1TIMA 3W1TA 2E6FA 4GRSA 2Q8ZA 3S6DA 3B04A 5K3VA 3W2NA 3I68A 4UMCA 1JUKA 5K9XA 1LM1A 5I3KA 4XWUA 5AHIA 2OJPA 4S2CA 4BWLC 1SFLA 3MI6A 5A8GA 5LHFA 2E5CA 2BTMA 1F2JA 4LT9A 4MZ8A 3G1AA 3G8EA 5CG7A 2V82A 3STGA 4AAJA 4IPJA 3HIJA 3LGEA 5HNRA 5K2ZA 2V9DA 1SO4A 3TSBA 3BLIA 3W70A 4O28A 5LKYA 5DXYA 4DO5A 4AEOA 3CB8A 4XKYA 1VC4A 3W87A 2QJGA 4O53A 2VEIA 1DL3A 1J2WA 2I14A 5KSWA 4KFOA 4JY9A 3DBPA 3BVJA 3DKLA 5FF7A 1XUUA 5HQEA 3L65A 1NVMA 2E6AA 4O57A 1RZMA 2NX1A 5DCBA 2ZZ2A 2VEMA 3FKKA 3KX6A 4NZJA 4QITA 3NVTA 4O17A 4FNUA 5J5DA 1KW1A 2YZRA 3LRLA 1KV8A 1JUEA 1VCFA 1B57A 5D2TA 3CIWA 3W1RA 2GVJA 1W3NA 3IIXA 4NNCA 1BWLA 3UWYA 1W5MA 4G1KA 3WJXA 1C29A 1IF2A 1VHNA 4TMCA 4GUGA 2R8WA 2J27A 2CLEA 1TV5A 2H3DA 5F4SA 4D2JA 3L0GA 4OE7A 1B4EA 2PRMA 3B06A 1OX4A 3C4UA 4WY0A 5D32A 2ATSA 2GQAA 3EX4A 4TU1A 3UWWA 4IMFA 5I3GA 3KVMA 4O19A 2WV8A 3PY2A 4O12A 2HS8A 4U28A 1I2OA 7TIMA 1LCOA 1W1ZA 3HQ1A 2TMDA 1OJXA 3OVPA 3UPBA 2JGQA 4UTWA 4DF0A 4MLJA 4JGDA 1VYPX 4FHAA 2Z6IA 3TXVA 1QO5A 5K7JA 1GVQA 4MLRA 3WK3A 1LLWA 5KZDA 3QMTA 4EIVA 4O11A 3P60A 1G6CA 3B05A 3CU2A 3HGOA 3P82A 1G4EA 3EWBX 1AK5A 3B8DA 2ZRYA 4MIMA 2E09A 4I9AA 2E5BA 2GQ8A 1UASA 3R13A 3GB6A 3LHZA 5AHFA 4JICA 1TTJA 1QPNA 4ZL1A 3MBDA 4L4MA 3IIOA 3KRZA 1TTQA 1XXXA 4AWUA 4JTIA 2BLEA 4IX2A 1JCYA 2NX3A 5TQLA 1TPEA 3O8AA 1Q6RA 3G3DA 4DBEA 3MP4A 1HO4A 1T8XA 1S3HA 4HT3A 5D30A 1TPFA 1I8JA 1JCXA 3RNDA 3GNNA 1SW0A 4LS1A 1YYAA 5EMUA 2C3ZA 3C61A 4LVGA 1A5AA 4LRTA 2OMAA 3PB0A 1P5BA 5D2VA 2BSLA 2DZWA 3IIPA 5DBUA 3P74A 5F2IA 3M5XA 2ZRZA 4B5NA 3DH7A 1YLVA 1R2SA 3P84A 5HR7A 3M5YA 4LY8A 1H1ZA 5LGXA 4RK8A 2YXGA 1SZNA 4RR4A 1D9EA 2B7QA 2V2DA 1P4CA 4TR9A 3EWUA 3TW6A 4YCOA 2VEPA 1KFJA 3I6RA 2BX7A 2G97A 3PBWA 3HB9A 1VH7A 4LRSA 3ATZA 4Q4KA 1L2UA 4RXGA 1ADOA 3N19B 5C6MA 1O95A 1KM4A 1Y0EA 1YADA 3LB0A 4ZVJA 2A7PA 2C0AA 4QSHA 1TPWA 3TROA 2E1DA 1LOLA 1O4UA 2Y7FA 4OV9A 1XFBA 1H7NA 4R7JA 4ADUA 3QH2A 3NM1A 4JNMA 4O4WA 3DI0A 5G1TA 5E1QA 5DELA 3ANYA 2WSRA 4O54A 3CTLA 2P0OA 1HFBA 2WKJA 3SY5A 2JGYA 3L5AA 1ZALA 3MHGA 1C9DA 4GUFA 2E77A 3MP5A 2ZZ7A 1QOQA 3EX2A 3LBCA 1E51A 2NZLA 2R91A 4Z1DA 2B7NA 3FIGA 2OZ0A 4HSOA 3G18A 3PBUA 3E12A 4IMEA 3EWXA 3BK0A 3SJ3A 3W6YA 1SO3A 2X1UA 4O8RA 3C3NA 1FXQA 3L67A 2ZRXA 3BW3A 2ZBTA 3BG9A 1H5YA 1KBIA 3EX3A 2NUXA 5BMXA 2ZTJA 3NXFA 2J9ZA 3IVUA 1YXCA 3DAQA 3MHFA 3FJLA 3QPYA 2DJXA 4LVFA 4GC4A 4I7WA 1PVNA 5DY2A 4CQ8A 4RLIA 2RDWA 3A5VA 3M7WA 5MHBA 1OYCA 3KOFA 2TYSA 3P8IA 4O1DA 4FNQA 4RV8A 3C2VA 3PWAA 4UFLA 1LORA 3M9YA 4LS2A 3QFEA 1WAUA 5F2LA 4LU0A 3EXRA 4UXDA 3DGRA 4A2SA 4JX6A 5I3IA 1ME7A 1QPRA 4LS0A 4MY9A 3NL3A 4E38A 1TTPA 3PUOA 1HTIA 3W7HA 5LHEA 3FS2A 3GVGA 5FEXA 5AB3A 1ML1A 1CW2A 2QAFA 4JY8A 1OF8A 1F76A 4O1BA 2EPHA 1DOSA 4CNNA 2GQ9A 2EGZA 1PCKA 3L2IA 3WJYA 4EWND 3M6YA 3CEUA 2VENA 1THFD 3A5FA 3TJXA 4O1CA 1MSSA 1EA0A 2NV2A 2WOQA 4Z1BA 2R94A 3EWZA 3LHWA 1H50A 3FA5A 4BF9A 5KZEA 1NAL1 4AVFA 1NEYA 3O6DA 3W2JA 3KHJA 4AF0A 3RU6A 4CQAA 3NL5A 1FWNA 4AMAA 1FCVA 4M7TA 5D05A 3O07A 5LSMA 3SGZA 2RKXA 1N55A 4A22A 1TRIA 4JEQA 4UNLA 1N8FA 4LV9A 5TIMA 3WFAA 3QQ0A 1KM3A 2Y88A 4JIQA 1JRBA 4A21A 3E96A 3W86A 4PH6A 3M5VA 3IGUA 5F4WA 4KFPA 3O06A 3W7IA 3W3OA 3P7YA 5LGZA 3LHVA 3FLUA 2CWNA 1LOQA 3G1FA 2WPBA 4ZQNA 4UTMA 1RQEA 3W7GA 1GEQA 4P2VA 3VKJA 4FNPA 3W7OA 3F1QA 2NWRA 3SIZA 4MYXA 2CLMA 1A5SA 4M6VA 1LP6A 3S1UA 2QCCA 1OFOA 1Q6LA 4MY8A 2RDUA 3U6WA 4UTTA 2FPVA 3LXCA 3SI9A 4BK9A 1GYLA 3ABRA 1LBFA 2JKEA 1SZEA 3NQGA 1SSGA 2Z0IA 4N9CA 3GDLA 3NQDA 4FO4A 2C16A 4QNWA 3LXBA 2ZQ0A 3KRSA 1P0NA 1VQTA 3L68A 1W37A 3NQFA 1KA9F 3EX6A 1RPXA 3NOEA 3CWOX 1F7BA 4N4PA 1PCWA 4IX0A 3W74A 2Y63A 3IIZA 4HNNA 1TO3A 1IXNA 4CCEA 1TJPA 1OK6A 1O60A 5E0KA 1H51A 4NJIA 2NLIA 3BGGA 1OFAA 5HMSA 2QCFA 4Q33A 5FF4A 1TRDA 2XFWA 3LTSA 4GXMA 4DQWA 3GIYA 2ZZ1A 1XBVA 4IXXA 1BEUA 1JCNA 1RV8A 2B7PA 3M44A 1TREA 4Z1CA 5HWJA 3USBA 4HKPA 3C2OA 4YCPA 4MYAA 1H61A 2EHHA 3QYQA 5EYWA 2IQTA 5L6UA 5AHNA 4X9SA 3PBYA 3W2LA 4NT0A 5K4ZA 4UNKA 3W1MA 3INPA 1YPFA 3O6YX 4FXSA 1QPQA 3D0CA 2BWGA 1G4PA 5D09A 4Z0SA 3GK0A 4LTSA 3LRKA 5AFDA 1OFPA 4UFIA 3GXTA 1X1ZA 5F2GA 4IMDA 3W85A 4WJEA 5I3HA 1I2NA 1QMLA 3C56A 3UPWA 4WY0F 2R14A 2XN2A 3ABQA 3W1QA 4LVDA 4AH7A 1X7FA 4GFSA 4A2RA 3W7CA 3CIXA 1A5BA 3DI1A 3DHDA 2GUUA 3LTYA 4WQ6A 3P8JA 1JRCA 4BR1A 1NF0A 4H4IA 4JIPA 4DEFA 1FCBA 1RQHA 3TX9A 3W7NA 3EKLA 3UZJA 4IQLA 4YXGA 1W5OA 3FYOA 4TX9A 3TSDA 2ZZ3A 2JKAA 3N14A 3UWVA 2LLEA 3C52A 3W1XA 4OGZA 4X3ZA 1ZAJA 4UR8A 2QCMA 2NV1A 1W5QA 3BO9A 1ZJIA 1WOBA 2FFCA 4RZ6A 4AHQA 3OBKA 4ZMGA 5K9CA 3TC6A 4HPXA 5J5RA 1EPXA 1SPQA 3HF3A 4JR5A 1LRQA 1G7UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1VH7A

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