1VH7 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	LAKRIIACLDVKDGRVVKGTNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELVFLDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVSINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project pubmed doi rcsb
molecule keywords	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF
molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	89
structure length	250
sequence length	250
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2003-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vh7A00

2CLFA 4H4IA 1HO1A 4BR1A 4WY0B 5AYYA 3SJ3A 1ZNNA 3M44A 1OHLA 3LV5A 1TO3A 3HG3A 2GQ8A 4FHAA 4O10A 5D38A 4O50A 6ALDA 3HO8A 3W2JA 1I2PA 3L5LA 3BW4A 1WQ5A 4BI7A 1TREA 1IXPA 3HB9A 1K8ZA 1TV8A 3HOJA 2GQAA 2OJPA 3SY5A 4RZ5A 3UZJA 3L21A 3NL2A 1GT8A 3MP4A 1R2RA 1FDZA 1SU5A 3IIXA 2HSAA 4E2DA 1KM6A 1WAUA 3ZWSA 4MKNA 1HFBA 2CFFA 4RCXA 4O13A 3B06A 3PUOA 3A5FA 5F1UA 3L0NA 2VFGA 1FWSA 3CTLA 4UXDA 4EF8A 3R89A 1DHPA 1BTMA 3W72A 4HNVA 4HKPA 1XM3A 2E5DA 2ZA2A 4UC5A 1QAPA 1OYCA 4O28A 3WK1A 1QWGA 4DPPA 1EUAA 4ADSA 3NYZA 3W23A 2QCFA 3JS3A 1ZAJA 3PB2A 3TR2A 1XC4A 5HQEA 3W7RA 3M41A 4GRSA 3KVJA 5LNRA 2F84A 3T44A 3SI9A 3V1PA 1KFJA 4MYAA 1O4UA 2B0MA 4AWSA 5AYXA 4LVFA 4POCA 2A6LA 4IMFA 4JTUA 4NU7A 1W5OA 2P1FA 2WOQA 3TCEA 3FS2A 3NQ7A 1KA9F 4WOZA 3AJXA 3UY7A 5BMXA 1EWEA 4GBUA 1IXOA 1H7WA 3NQCA 2RDUA 1P0NA 2C0AA 2Y85A 4O11A 5AN7A 3W87A 4AWUA 1QR7A 5E1QA 3QFEA 1SZGA 4Y96A 1QFEA 1FWTA 1KTBA 2A2IA 4UFJA 5DBUA 4U4MA 4N02A 1F6PA 3S5NA 3UQNA 1IIHA 4O12A 1MZHA 4UTLA 5AC7A 5CSSA 2H90A 2Z6IA 5EY5A 4AF0B 1P5BA 4PEKA 2C1HA 1YDVA 3TA6A 4O0ZA 1W5NA 1R2SA 4UTMA 1TPVA 4XUGA 5AHIA 1XBVA 3PS7A 1L6SA 2GQ9A 1TPDA 3L65A 1AW1A 3L9CA 4NX0A 5K4ZA 3NAVA 1NF7A 3WJXA 2E6AA 3BGGA 3C56A 4AWTA 3Q2DA 4NJKA 1Q6RA 2YPIA 1Q6LA 4JDYA 4JX6A 4ZQPA 3TAOA 3W7HA 4QNEA 1TYGA 2HMCA 4R53A 2NXIA 5FEZA 3PBUA 4ALDA 3TROA 2DZVA 4FIQA 3U2OA 1EEPA 1RV8A 2Y88A 1GYLA 4XZ9A 1TPH1 3QPZA 4LW7A 2QKFA 3B8DA 2VFHA 1PHQA 2ZRUA 2ZZ6A 2FFCA 3W1XA 4A3UA 3PULA 3HGJA 3IGXA 3BW2A 1VHCA 4O54A 3QW4B 2V9DA 4R34A 2VFFA 5HULA 4M6PA 3WK3A 3W83A 2PE4A 4C1LA 5F4XA 4TMBA 1I2QA 4ORIA 1TJRA 3SIZA 4EVZA 2WNZA 3LXBA 4NJHA 2CZFA 2YFNA 3CEUA 3BLFA 3L66A 5LNWA 1SW7A 4JR5A 4RXFA 1W56A 3UWYA 2JGQA 3C2OA 3FOKA 2GOUA 3LHVA 3RK8A 4UFMA 3BLIA 2UV8G 3NPWA 3EX4A 4WX2A 2C3ZA 3HGRA 2ISVA 2QCDA 5H91A 5G5IA 4JDBA 1TB3A 3B0VC 3GDLA 3R12A 3FA5A 2ABBA 2ZZ7A 3TE9A 4A2RA 1G4EA 3L68A 2FTPA 4AB4A 3NDOA 3CIXA 1F76A 3W84A 3ATYA 1DOSA 3TQVA 1SFLA 2WV8A 4TMCA 3GK0A 4MZ8A 2DZXA 4CQ9A 3O8AA 2GVJA 2A6NA 2CLOA 3NA8A 4MLRA 4OV9A 3O05A 4GFSA 3NVTA 3KX6A 3QW3A 3PBYA 2B4GA 2E09A 1K02A 2VEIA 3W9ZA 2JK2A 3LV6A 2VFDA 2RDWA 4LT9A 3UWZA 5L9FA 1OJXA 2ZZ5A 3E96A 1K03A 5C2XA 1JVNA 1VLWA 4UTKA 1QOQA 3EEGA 3TH6A 2FIQA 2QEZA 4LOCA 4G1KA 4O16A 5BNKA 3O1NA 1I2NA 1O5KA 4NX5A 2Y61A 4UTTA 5AOUA 1Q45A 1ZJIA 1SW0A 4PODA 5CZSA 4MPQA 3LCXA 1JCYA 1DV7A 3M7WA 3M43A 1UBSA 4Z1AA 2VFIA 2QDHA 1RQEA 4NVTA 2ZA3A 3VNDA 3S5ZA 3IIZA 1N7KA 1AG1O 4M6QA 1RVGA 3KVMA 3M0ZA 4AMAA 5D30A 3UWUA 3IVSA 4Z1BA 3HF3A 2OZ0A 3LI0A 4NQ1A 1ZHAA 4O4VA 1Q6QA 1T99A 2Y70A 3MBDA 3QQ1A 2NX3A 3S1XA 2DZTA 3W76A 2NV2A 4NXSA 3VE9A 1TTPA 5DY2A 4K39A 3T78A 4IMEA 1W3IA 4FIRA 4JTKA 1XDLA 2VXNA 4O1DA 4O1BA 1BWKA 3DKLA 4NUWA 4CNNA 1Z42A 3LTYA 3G1XA 4NJGA 5D2TA 3BGJA 3GIYA 3W1TA 4O1AA 1JCMP 5CZ0A 1OX5A 4A21A 2ZZ2A 3GX9A 2B7OA 1OVDA 2ZA1A 3P60A 3W7OA 5J5DA 1WX0A 3GDTA 5G4EA 5CG7A 3P5ZA 1YTEA 4UFHA 5FF7A 3TSBA 3SGUA 4Z0SA 3FFSA 4XWUA 4MFDA 5HR6A 4BWLC 3IGUA 4NJJA 2WSYA 3A9IA 2R91A 4UFLA 2VEMA 4LNYA 1YDOA 2XN0A 1KFEA 3HIJA 4GC4A 5AHLA 2Q8LA 2GVLA 3O06A 3PY2A 3LTPA 3W7LA 1MEIA 1YXCA 2CLLA 4OWGA 4X2RA 3SSJA 5K4XA 2E5CA 2X16A 4XBSA 4B5NA 2QCCA 5FF0A 3B04A 1TJPA 4BK9A 4PFMA 3USBA 4FB7A 1NFBA 4LUIA 4WY0A 1JQVA 1V7YA 5FEWA 5I3GA 1RD5A 4NNAA 2AAMA 3QSTA 2WKJA 3GXPA 3Q37A 4JTFA 3C2EA 3A23A 3MHFA 3KRUA 1UB3A 3PSWA 1S5VA 5DCDA 1YXDA 1JCLA 3PB0A 4NJIA 4UMCA 3S9YA 4PL2A 1QOPA 3W2LA 3S1UA 1OFRA 2YZRA 5CPMA 2BTMA 4UTTC 4Y8FA 1KTNA 5U4NA 4LV4A 1LBLA 3B03A 3W7KA 2ALDA 2C13A 2V2DA 2VOMA 4Q33A 3THQA 2PRHA 1JUKA 1KM1A 1YLVA 3ELFA 3W1AA 3EWBX 5DCBA 3CEPA 4ONVA 4YMZA 3BG9A 4Z08A 3W1UA 4Z1CA 4FO4A 5DELA 1H50A 3NQ6A 1UUOA 4QM1A 3W7PA 4LS1A 2NWSA 4MVAA 4O18A 3E12A 4N2YA 2V5LA 1GJPA 4HNUA 1W8SA 4FXRA 4K7YA 1F73A 4MUZA 4HPJA 1VCGA 4LVDA 4I9AA 1EWDA 5FEXA 5IM51 3ZR4A 2Y7GA 1D9EA 2VFEA 3TSMA 4EF9A 3HQ1A 5D02A 2BX7A 4N6FA 1YADA 3D0CA 5TBOA 3GR8A 1TPFA 2Z2UA 3OBKA 3H54A 5CGQA 1THFD 3R5EA 4E38A 1WOAA 3U6WA 4WD0A 3A22A 3T4CA 1RQHA 1LLWA 5L6UA 4AH7A 1ML1A 3RFAA 5BOOA 3EX2A 3HPXA 5KSWA 1DJQA 4N4PA 4TIMA 1A5AA 4JYDA 2Y7EA 4IX2A 2XN2A 3DFOA 4RV8A 3TJLA 5LNUA 1M7OA 3EWZA 5G4WA 5D2WA 1OF8A 1H7PA 3MI3A 3EKLA 3TIMA 4DQWA 5K7JA 4UMAA 3MUXA 3G0UA 4RJEA 1EP1A 2ZDRA 3EWUA 1R30A 2YCEA 4RX0A 2EAWA 1FBAA 4HT3A 2OT1A 2NV1A 3S1VA 4JYEA 3PC0A 4UNKA 3WJYA 1JR1A 2H6RA 1EB3A 2PRMA 3G3MA 1J5TA 3FKRA 2QJHA 4UNLA 2EF9A 1PS9A 2GJNA 1WOBA 1LM1A 1OK6A 4O17A 4JTLA 2FPYA 2OX1A 1H1YA 4UR8A 3KXQA 2QCGA 2WSRA 5CZJA 3DHDA 4GE8A 3Q94A 4JD4A 4NNCA 4FNSA 2CLKA 4M7TA 3CLMA 4Z1DA 5KZMA 4D2JA 1CX9A 1GG1A 2A4AA 2Y62A 2ZTKA 5F4SA 3SGZA 4UTWC 5C5YA 1W37A 3N34A 4FEZA 4H3DA 2X2GA 4OT7A 1MEWA 3NQGA 4JX4A 2ATSA 1FCBA 1HTIA 4HSNA 4DF1A 1C29A 1TPEA 3QF0A 5E0KA 3VKJA 3NQVA 2RDTA 3LM7A 2NX1A 1KTCA 4GXMA 1LZOA 1OFEA 1KLZA 3DHFA 4ADUA 3N19B 3N9SA 1KFBA 2C19A 3C3NA 3VFLA 3WK0A 1HUVA 1X1ZA 1UUMA 5HMSA 1J4EA 2JBMA 3TAKA 5FF2A 1EA0A 3DGRA 3GZ3A 3NL3A 3LBCA 4CNPA 4RK8A 5AHNA 1GYNA 2NUXA 3PBVA 2ISSA 1EX5A 2Z6JA 4CQAA 1TRDA 2Z1BA 3OHIA 2IQTA 1IXQA 4LV9A 3HG4A 3OIXA 3PVFA 4ZQCA 3TC7A 2QCLA 3PUDA 1V5XA 4QQ3A 1KV8A 2PURA 3NQ8A 4O4WA 1VRDA 1H60A 1KM4A 4LU0A 2YR1A 3ABOA 3RMJA 5DN1A 4TO8A 3R8RA 5LHFA 1SSDA 5CKSA 1KFKA 3P7YA 1JJKA 3FIGA 2ATMA 1X8FA 1YTDA 2DP3A 2Z0IA 4RKAA 3M47A 1F6KA 4W9TA 2Y6ZA 4O15A 5A5WA 1GVRA 2V30A 1CI1A 4HPXA 4K38A 3CPRA 4M5PA 1A5BA 3W1RA 4IPJA 3UY8A 1FXQA 5D2YA 3TW7A 3TJXA 1O60A 5K3VA 1M6JA 2J24A 1F2JA 3MP3A 1AMKA 1IF2A 4ADTA 4YLWA 4LVGA 3G1YA 4DEFA 4IQLA 1SW3A 5AHFA 2G95A 2C6QA 3GR7A 1JRCA 4LS0A 3IGSA 1I4NA 2WJZA 4M7SA 2ZZ4A 2QCNA 1CW2A 3ATZA 3NQ2A 3NL5A 4E2BA 1QPRA 3HGSA 2VEPA 4GJ1A 2XFWA 2HS8A 3DZ1A 4I7UA 2JKEA 4YCPA 4XKYA 1MEHA 2FB2A 3QQ0A 5D04C 3M5VA 5I3FA 3M6YA 5F2MA 3EX1A 3IV3A 4U28A 3NPUA 3OVQA 5FF4A 1X6UA 2X1SA 3O07A 4H6KA 4O0KA 1LLZA 3NPXA 1LDCA 1VZWA 1M5WA 3WK2A 2J9XA 4IOTA 3BV4A 3L5AA 1YDNA 5F1VA 4OE7A 4AEOA 1QPNA 3BW3A 3TC6A 2A85A 5C6MA 3TX9A 2H8ZA 1XBZA 5LKYA 3S6DA 4MIMA 1PCKA 2NXHA 2WO5A 3BG5A 1LYXA 1QMLA 2B7QA 1JCNA 1H1ZA 1KBIA 2X1RA 3CHVA 3ABSA 1LOQA 2DJXA 3LI1A 3W1MA 3LLDA 4X22A 5IBXA 2DZSA 4WXZA 8TIMA 3W71A 1OFDA 1Z41A 3LRMA 4PL1A 5LSMA 5AHMA 2E68A 3P61A 1ICPA 3W2MA 1LBMA 4PC8A 1LBFA 1YTKA 2ISWA 2W79A 4JYFA 3JR2A 4LVAA 3TV8A 5LNSA 3IIOA 4I7WA 4Q4KA 3W6YA 1XL9A 3QMRA 1LRQA 1SSGA 1PVNA 3P82A 3LHWA 3N9RA 3INPA 4EIVA 4DO6A 4AAJA 3RLUA 2G96A 2OT0A 3PWAA 1VC4A 3UWQA 2PC4A 1H7XA 4OV4A 3ABQA 1EUNA 3G22A 4JTSA 4TR9A 1VGAA 2FJKA 3FYOA 1H7RA 2TMDA 3W7MA 2QJGA 2OMAA 5D33A 2ZZ3A 2I9EA 1FDJA 4N4QA 5I3HA 3WFAA 1VLIA 1F7BA 4ZL1A 3NNTA 5EA9A 4IUOA 4KWVA 4JTGA 5LGXA 3W1NA 2QAFA 2F7FA 4R7JA 1PV8A 3CB8A 3VCRA 2CZDA 1DJNA 3TUUA 3PM6A 2YW4A 2HTMA 3KRSA 4JY9A 4K36A 2EPHA 3G1DA 1NF0A 3TK7A 5FESA 4OBTA 3B0PA 3STCA 2BSLA 3TMLA 3BG3A 2AQWA 1W31A 1EIXA 2ZBTA 4FX7A 3BVJA 5AC8A 3W7CA 2J88A 4FNPA 3DI0A 2A0NA 3CT7A 3FYPA 3DFPA 5DY3A 2V2HA 2QAPA 2P0OA 2NLIA 3QMSA 2V8ZA 4UTJA 3T55A 1ZFJA 2GPTA 2A21A 2CLIA 1B4EA 5TIMA 3TXVA 3S1WA 3HG5A 1F05A 3LRKA 5K9CA 4TU1A 1W5PA 3DH7A 2JKAA 4ORMA 2FPTA 1EP2A 2C18A 2O7SA 5LZLA 3LGEA 4MY8A 1R2TA 4Y6GA 4BI6A 2B7PA 3TFCA 4MFEA 3S5YA 1JULA 3OA3A 1QPQA 2R94A 3EX3A 3NZRA 3EKZA 1O5XA 3TW6A 1OYBA 1ME7A 3C8FA 4OGZA 4WQ6A 3P67A 3GAYA 3WJWA 1OX4A 3C4UA 3VI2A 3EWXA 3W7EA 3CWOX 3W2UA 4JS3A 1T0OA 1VCFA 4OU1A 1FQ0A 3O6YX 2YYUA 1WV2A 2V0TA 3W7QA 3QJAA 3UXDA 5CPLA 4MJZA 4FX6M 3FKKA 4GUIA 4JTIA 2ZZ1A 2EKCA 5KZDA 3E02A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1VH7A

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