1VJZ | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	325
structure length	325
Chain Sequence	IPRWRGFNLLEAFSIKSTGNFKEEDFLWMAQWDFNFVRIPMCHLLWSDRGNPFIIREDFFEKIDRVIFWGEKYGIHICISLHRAPGYSVNKEVEEKTNLWKDETAQEAFIHHWSFIARRYKGISSTHLSFNLINEPPFPDPQIMSVEDHNSLIKRTITEIRKIDPERLIIIDGLGYGNIPVDDLTIENTVQSCRGYIPFSVTHYKAEWVDSKDFPVPEWPNGWHFGEYWNREKLLEHYLTWIKLRQKGIEVFCGEMGAYNKTPHDVVLKWLEDLLEIFKTLNIGFALWNFRGPFGILDSERKDVEYEEWYGHKLDRKMLELLRKY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__121258970322692__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__121258970322692__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1VJZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__121258970322692__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"121258970322692","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1VJZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__121258970322692__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc488060e22460896009ce/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc488060e22460896009ce/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Endoglucanase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Crystal structure of Endoglucanase (TM1752) from Thermotoga maritima at 2.05 A resolution rcsb
molecule keywords	endoglucanase
total genus	117
structure length	325
sequence length	325
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2004-04-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1vjzA00

2XGIA 1FP9A 2Y4SA 3CZ8A 2JF7A 1ODUA 1SR0A 2D23A 2BVTA 3FHAA 2IUZA 2XJ7A 4CN6A 2J7BA 2WPGA 3K4DA 4W86A 1FP8A 3T2PA 1TE1A 3WQ8A 3NSMA 1OD8A 4WF7A 3HJEA 1C8YA 2Y5EA 3WUEA 3L2MA 4KRUA 3SCRA 4Z2IA 1L8NA 2D0GA 1NWRA 2O9PA 4AMCA 2OWXA 4EK7A 2W61A 1EIBA 1JDDA 4B3LA 3WUFA 2VQTA 2YL8A 1BYDA 5FIPA 5M5DA 1HJVA 3SCNA 3WMSA 3UG5A 2GFTA 1GHSA 2D2OA 2WWCA 3VIPA 3CUIA 4UQDA 4J3WA 1HXJA 1CGTA 2J8FA 1E3ZA 2Z1KA 3L4ZA 3CPUA 4BQ3A 4W89A 3QHMA 2ZX5A 3UR8A 2A3HA 1JI1A 5LA0A 3ARXA 2PBOA 3PZ9A 2W66A 1N82A 1M04A 3I3BA 5GNXA 1OGBA 1MYRA 2W63A 4DWSC 1D7FA 1PEZA 4GZEA 3VD7A 1QBAA 3WEOA 3ZO9A 1WE5A 3AHTA 5AC4A 3T08A 2F2HA 5M03A 4AD5A 3W37A 1UR9A 3K8KA 1H5VA 3AMGA 4LYPA 4N42A 1JD9A 3AFBA 5JBEA 5I6SA 2IXVA 4MDPA 2GVYA 1AMYA 3WD2A 3VO0A 2QMJA 3GNOA 3ECQA 1GQLA 4D6HA 1NP0A 3N15A 2PWDA 4W7WA 2ZUTA 1KQZA 7CGTA 1HL9A 2VT0A 1LL6A 3BMVA 3RM9A 2DQXA 4D6GA 1Q6EA 1VFUA 2GUYA 3OGSA 4B3KA 1E0XA 1TG7A 1ZS2A 2FHBA 2VL4A 2XFYA 4TTUA 3L4XA 1DWAM 2RGLA 1JGIA 1H09A 4MB1A 3IANA 3LPFA 2GJPA 2WZIA 4NSBA 3AIEA 2J7EA 3DHUA 2WYSA 1NP2A 4CD4A 3CZGA 1MFUA 5A3HA 3BSGA 3VM7A 1BPLB 1VEPA 1E6RA 3A4XA 1MWOA 1UR0A 4Y7EA 2VR4A 1GZJA 3VMOA 4CCEA 1W3HA 1W9VA 5A94A 3PZUA 2OYKA 2DT0A 5A8OA 2OWCA 3AHYA 4K68A 4HOZA 2J47A 1JFXA 5BXSA 5JIPA 2VJXA 2J7DA 2ZX6A 1XHGA 2W92A 2C7FA 2Y8VA 1K9TA 3AICA 2OYMA 3ZR5A 4J3UA 4W93A 1KR0A 3VIKA 3ARUA 1G1YA 3ZSTA 3S6TA 6CGTA 4DM2A 4PMYA 2XFFA 1CNVA 3AXXA 4P7OA 3WEZA 1UWUA 4MNMA 1OT1A 1MW1A 3MKKA 2CEQA 1H49A 1KGUA 5A8QA 4AY1A 4H8UA 3VGHA 1HP4A 2JF6A 2PWHA 4ZENA 5JBDA 1GVYA 3U5UA 1E0WA 3WQ6A 1KR1A 1CGWA 4CCCA 2O9RA 4QCFA 1DWHM 1G01A 3CHDA 3W38A 1R7OA 3WEMA 2X0YA 2WAGA 4GI6A 3ZT5A 1OGGA 3CZJA 3WELA 4HMEA 1VBUA 3AQUA 3G6LA 4XB3A 2ZUUA 5E09A 4P7LA 3U7VA 2EXOA 5I5RA 3WNMA 1G5AA 2GK1A 3WQWA 5C8BB 4ZEPA 3AHZA 3SEPA 3WDIA 5KZ6A 3BAIA 5E0CA 1HJQA 3OZOA 4AZBA 3WH5A 5FOOA 2E9BA 1NARA 4YHGA 1O6IA 1Y7VA 4BS0A 3M6DA 1B30A 1B3WA 3LPGA 3VINA 1OT2A 4F79A 5F7UA 1MQPA 2QPSA 3AZRA 2PBGA 1XC6A 2C8NA 2WC3A 1G0CA 3WMBA 3WNOA 2G8ZA 2BHZA 3DECA 1UKSA 2CKSA 1OM0A 1QI2A 5CLWA 1E43A 2D1ZA 1TR1A 3PN8A 4Z2GA 3W29A 4MNJA 1H11A 3CMGA 4GZJA 3CHFA 2VR5A 1Q6GA 1V0NA 3W28A 2UWFA 2YBUA 3K46A 3BC9A 4P7QA 2WCAA 2OSXA 3IJ7A 1EO7A 1UA7A 3VIJA 1UH3A 3OLEA 3RIKA 2BV9A 5CPQA 4LXFA 2WKLA 5ABFA 1CIUA 1QVBA 1JIBA 3CLWA 3PZVA 4RE2A 4OKDA 3W25A 4JL1A 1XCXA 3A47A 4UOQA 3WFZA 1TVPA 4HMCA 4UQEA 1LG2A 4P7NA 1B2YA 1E3XA 1XV8A 3MSDA 3ZIZA 4M81A 1LQ0A 1MQQA 1KXVA 4D6CA 1VJSA 5I78A 3MMUA 3AYRA 4MNLA 4AZIA 4PMUA 3ZM8A 2JIWA 1WCGA 3QR3A 1KFWA 3KEHA 1UYQA 1W1TA 4ZFMA 2CBUA 2D3LA 1Q6DA 2PB1A 2WHKA 4KRTA 2QF8A 3VMPA 3VKKA 2E9MA 1A47A 1RD6A 4UOZA 3WMCA 4JKMA 5AYBA 3A3HA 2JFEX 1UR8A 2VZOA 1KWGA 3VGGA 1NQ6A 4W85A 3M07A 3OLIA 3A4WA 2E0PA 2ZUNA 2OSWA 4HP5A 1WDRA 3GH4A 3KL3A 2XM2A 1JZ8A 5D9MA 1HKIA 5BXTA 3O9NA 3KE0A 4H04A 4AD0A 3WH8A 1E9LA 1KGXA 2CHOA 4WKHA 1J10A 4GQRA 1ECEA 3VDBA 1AQMA 3THCA 1H3GA 2V3EA 4GPNA 2QHAA 1E5JA 4ZXOA 4HOWA 4R27A 1DWJM 3VD9A 3FAXA 3RJYA 1ISYA 1BGGA 3WQ5A 1BHGA 1V02A 2DIEA 1MW3A 2GJXB 3CUFA 3QHOA 4GKLA 2GDUA 1VF8A 1BFNA 2ZX9A 1BAGA 1R87A 1KXQA 1ZBCA 3PZIA 3WL1A 4F9DA 1LL4A 1F4AA 1OBAA 2WCGA 1ITCA 1PPIA 1IV8A 4AEEA 1SMAA 2Y2WA 3QOKA 3UR7A 1IZKA 1BVNP 4YPJA 4RE3A 2VVNA 1ZBVA 1HN1A 4W87A 4LQ1A 3ARSA 4Z2HA 4BQ2A 4M1RA 1UWTA 4EE9A 3E1F1 3AIWA 4H41A 1BYAA 1J0KA 2VX6A 4UQCA 4PSRA 1J0ZA 2W67A 5HBFA 2X8RA 2UY3A 1XYZA 4U2ZA 1ISZA 4UFHA 1C90A 3WL0A 1PIFA 2CERA 2VX4A 4QFUA 1UWRA 4AIEA 1PAMA 1CXFA 1RPKA 2XHYA 1I1WA 3SCVA 1HIZA 4JFWA 1E6PA 3UG3A 1B3ZA 2A3BA 1XRVA 1UD2A 1H0IA 4C7FA 5A6AA 1QI4A 1EHNA 4CUCA 4XZWA 4CN4A 2W91A 3AMDA 5IHRA 1UZ4A 1HJWA 5CQ1A 2WVTA 1K9FA 1MVYA 1LJYA 4OJYA 3AIQA 4GQQA 1LL7A 1B9ZA 2PWFA 4PMQA 2JEQA 5EFDA 1CDGA 1UHVA 2WZEA 1M7XA 1UD5A 1SYTA 2A3CA 1GQKA 1UZ1A 3FN9A 1WO2A 2WVVA 3LPPA 2Z1SA 2VRKA 3EMZA 2ESCA 4ATLA 3OLDA 4AD2A 3N11A 6TAAA 1QBBA 3ARTA 3VGDA 5A6KA 7TAAA 3M46A 1WP6A 2W62A 3CIVA 4WK9A 3MUZ1 5A2BA 5I23A 1B3VA 5IFTA 4B15A 5C70A 3RM4A 3UETA 4E4PA 2WC4A 4W88A 3PBGA 1VIWA 2AOSA 3W6LA 3L4YA 2BVYA 1CLVA 2WM0A 3OGVA 1E4NA 1KCLA 3F4VA 3VIHA 4PEEA 1SMDA 3W82A 3DYOA 1B3XA 2J4GA 1BQCA 1V3JA 5BXPA 2A3AA 4UTFA 3IK2A 2VCCA 1VFMA 4C7DA 1V6VA 4A3YA 1Q6FA 2YDRA 1J0YA 1UR1A 1C7SA 2WMIA 5CJ5A 1BYBA 3OG2A 1W9PA 2CBVA 3QGVA 3GZAA 1FHDA 3RMEA 2WK2A 1EDQA 3VNYA 3PTMA 4PTXA 2OLHA 1GOQA 3MMDA 3ZMRA 1B0IA 1UH4A 3MUY1 5ABEA 1UR4A 1XSIA 4H8VA 1QW8A 5BXRA 4MB5A 2WMJA 2CIPA 1ZBWA 3N18A 2VZUA 4OBSA 3GBDA 4V28A 4KH2A 2X0HA 3GNRA 5BRQA 5A6SA 3ZJ7A 5DF0A 1E4LA 3MU7A 3VPLA 3N1AA 1KQYA 1W2VA 4HA3A 1QI5A 1QI0A 4P8UA 2XTKA 3FY1A 1E56A 3GXDA 1ISXA 3ARZA 1CECA 3K8MA 1EH9A 1E15A 5ECUA 2ZICA 1HP5A 4AZHA 3WN6A 4LX4A 1AQHA 5BROA 1MFVA 2W4XA 3ZJ8A 4TTGA 2VZTA 4JFSA 2TAAA 2YDSA 4AZ7A 4CU6A 2JE8A 1EHAA 5E70A 3NIYA 1QW9A 1JZ2A 2XVLA 4GI9A 4CD8A 2BY1A 4UFJA 3BAWA 3A4AA 1L0PA 1OD0A 1HF6A 4W8LA 4CVUA 3ARPA 4TUFA 2RGMA 3RCNA 4WJXA 5GNYA 1CGUA 1DEDA 3ZJ6A 2DSUA 1R85A 3PZGA 1GUVA 1WZLA 3T2QA 2ZUSA 1H2JA 3ALGA 4L4OA 3RM8A 1V0MA 4UFLA 5E6YA 3W53A 2WC7A 1JNDA 2DT1A 3UG4A 1IZJA 4U3AA 2WMIB 1M01A 1CGVA 2FGZA 5CGMA 5FD0A 3CUGA 2ZXDA 2XIBA 1KCKA 4PN2A 4CGTA 3BAXA 2O9TA 3PZOA 1FH8A 2HVMA 2WMHA 5CZKA 4Z2JA 1ZU8A 1JFHA 1KXHA 1W3LA 3EDFA 4AEFA 3SCPA 3EMCA 4JZ5A 1UWSA 4TVDA 3WUGA 1ESWA 1UUQA 3WBEA 1WDPA 2E8ZA 5D8ZA 1FH9A 3CGTA 3MMWA 3VOCA 2EBNA 3VGFA 1BGAA 1CPUA 1UD8A 4MAVA 3L4UA 4OBRA 4KMQA 4CVWA 4XV0A 4B9YA 3VIIA 4P8WA 1HJUA 1WKYA 1WDSA 2QPUA 4MB3A 3TTQA 2WXDM 1UKQA 3AI0A 4E8DA 4ZE5A 3IJ8A 3AHXA 1ZBKA 4J7RA 1E6XM 1QOXA 3SUUA 4B16A 5HOSA 3EDKA 4BF7A 4V27A 5M3WA 5I77A 1CLXA 1PBGA 3AIVA 5CPTA 4J3XA 1E5NA 5I79A 4U31A 2G41A 3VGEA 1V03A 2XPKA 4Z2LA 3GNPA 2ZE0A 1CGXA 2X09A 2YL6A 4PCSA 4TX6A 3GH7A 2ZUWA 2J78A 2NW0A 3WNLA 1DWIM 1V3LA 1B31A 1Z32X 3BSHA 5DO8A 5CSUA 1VEMA 4YHEA 1GOOA 2CCRA 4X0VA 1M03A 4PMXA 1US2A 2DEPA 3IAQA 4FF5A 5E9AA 5A2CA 3TTYA 2DDXA 3BH4A 3D3AA 2XGBA 3ZSSA 3GTNA 4IPNB 1V3IA 3RPMA 1CBGA 1WZKA 4BQ4A 2VRJA 1JDCA 4JFVA 1DHKA 3RILA 1US3A 2E9LA 4RL3A 3L4TA 1GJWA 3MS8A 1W32A 1LLOA 4QCEA 1NH6A 3GXFA 1BG4A 1JL8A 3WIJA 7A3HA 2ZWZA 4GO9A 4GI8A 4UFMA 1BG9A 2F8QA 4WIWA 3KZSA 4B9ZA 2QV4A 2FHFA 3ZQ9A 3WF1A 1JI2A 4OUEA 4HPHA 1TMQA 4HU0A 3UEQA 4TVUA 4UOJA 1DP0A 4EKJA 5HPOA 5DFAA 4UFKA 3WSUA 3VD4A 3CHCA 2NT0A 1JD7A 1JAKA 4X9YA 2B31A 1J0JA 2YBTA 3ARWA 1V3KA 1PZ3A 2WKGA 2YL9A 4IISA 2D0HA 3B9EA 4PMRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DIO A;  1O5X A;  3FCP A;  2XGI A;  5K4X A;  1FP9 A;  2Y4S A;  4FHA A;  3CQH A;  4NU7 A;  1ODU A;  3WLL A;  1VQT A;  2XJ7 A;  4C6O A;  5HAO A;  1J5S A;  2NZL A;  2IQ0 A;  1JUK A;  1OD8 A;  4J2M A;  3HJE A;  2Y5E A;  3SCR A;  3WLK X;  2QDD A;  3S3G A;  4BF9 A;  4MOZ A;  1L8N A;  2XN1 A;  2YSW A;  4R33 A;  5XIN A;  1NWR A;  4TIM A;  4Q8W A;  1SW0 A;  4MZ8 A;  2R9R A;  3UWY A;  2DV0 A;  1QTW A;  5I3F A;  2GWN A;  4FNP A;  3R13 A;  3WUF A;  2HCV A;  2YL8 A;  4A3Q A;  4NXK A;  3SIZ A;  2HE8 A;  1GHS A;  3B05 A;  2D2O A;  1B3O A;  1RXO B;  3CUI A;  1Q8A A;  3QKE A;  4J3W A;  2G96 A;  1HXJ A;  3N3M A;  5DQP A;  1CGT A;  3TYA A;  3AXM A;  3LA4 A;  3CPU A;  4BQ3 A;  2ISW A;  4W89 A;  3QHM A;  2ZX5 A;  3EPO A;  4JHM A;  1JI1 A;  2ZZ1 A;  1MYR A;  2W63 A;  4DWS C;  1D7F A;  1PEZ A;  4HD5 A;  3QFW A;  2GL5 A;  2QDE A;  3NPX A;  2YCL B;  3VD7 A;  1M1B A;  2F2H A;  2PDG A;  3K8K A;  3MBF A;  1F76 A;  5B7Z A;  3AFB A;  3P62 A;  4B5U A;  1QAT A;  5I6S A;  4MDP A;  3UR2 A;  4G7E A;  3WD2 A;  3VO0 A;  1REQ B; 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1VJZA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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