1VPX | Genus

Total Genus 73

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	218
structure length	207
Chain Sequence	HHMKIFLDTANLEEIKKGVEWGIVDGVTTNPQRVKEICDLVKGPVSAEVVSLDYEGMVREARELAQISEYVVIKIPMTPDGIKAVKTLSAEGIKTNVTLVFSPAQAILAAKAGATYVSPFVGRMDDLSNDGMRMLGEIVEIYNNYGFETEIIAASIRHPMHVVEAALMGVDIVTMPFAVLEKLFKHPMTDLGIERFMEDWKKYLENL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Transaldolase (EC 2.2.1.2) (TM0295) from Thermotoga maritima at 2.40 A resolution rcsb
molecule keywords	PROTEIN (Transaldolase (EC 2.2.1.2))
molecule tags	Transferase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	73
structure length	207
sequence length	218
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2004-11-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vpxA00

1YADA 3TK7A 3WJZA 3LOTA 2H8XA 4Z1CA 3ABQA 4FXRA 2Q3OA 4UTTA 4L4LA 3QYQA 4ZQMA 1O5KA 2QCLA 4RK8A 2QDGA 2J6XA 5EL1A 4UC5A 1HO4A 3G3MA 2GVLA 4JX4A 3HMJG 3G8RA 3G1VA 3CHVA 1ZNNA 4UMCA 3W6YA 3CEUA 3BLFA 5FF2A 1W5OA 1FQ0A 4QNEA 1A5SA 2B7NA 2JBMA 4NNAA 1KLYA 3USBA 4XZ9A 4DO6A 2H3DA 3OG3A 1RQHA 1XBYA 2ATMA 3W2NA 3LRLA 2QCDB 3P8IA 4CNOA 4O54A 2V82A 4DELA 3KFTA 4O8RA 3NZRA 2GQAA 5IM51 4ZQNA 4LWWA 1GVFA 2R91A 3P5YA 3L5LA 5FEZA 3VE7A 3WJXA 3BW3A 3W7OA 2QF7A 4LVDA 1OYCA 1H51A 2BLEA 5AC8A 2X16A 1GTEA 5I3JA 5KZEA 3QJAA 2E6AA 1EEPA 3O6DA 2CW6A 2YX0A 5EY5A 4XKYA 1VYRA 3RF9A 2V2CA 4JTJA 2Y63A 3THQA 3TR2A 3N2XA 3T44A 4NJGA 5LGXA 3SSJA 1OVDA 3KVJA 1RR2A 1UASA 1W5PA 2VFGA 1H63A 1R47A 2Y7GA 3DFSA 4AH7A 3R13A 2QAFA 1X6UA 2VEKA 1TV8A 4W9TA 3GR7A 1KLZA 3MO7A 5D30A 1LROA 3OIXA 2Y7DA 4JIPA 1ICPA 1R30A 2ZYFA 4LTSA 4O4WA 3CM4A 1G7UA 2NUXA 4YCOA 5DY3A 1KFKA 1TPFA 5CPMA 4CQAA 1K02A 1QPOA 2WNZA 2EF9A 2RH9A 1TTJA 1T96A 5KZDA 3L9CA 2FPVA 1KM6A 4O18A 4UR7A 1ADOA 1G4SA 4AWUA 2CLFA 3NQ6A 3IIPA 4WUIA 5J5DA 2JGYA 2A21A 4WXZA 3W7QA 1TPUA 1ME8A 2PE4A 1JVNA 1P5BA 1K03A 3MJYA 1W5QA 2QCCA 1TTPA 3WK0A 1OFEA 1OFQA 1YYAA 3SW6A 4FEZA 2QCHA 4POCA 4QAIA 4CQ8A 5DCEA 5CSRA 3MP4A 1KM5A 3JR2A 3TXZA 3TUUA 3EWYA 3MW7A 3PG8A 1OYBA 5G2WA 1X1OA 1IIGA 2A0NA 2A6LA 4OT7A 5C6MA 4X22A 4JDYA 4WOZA 3L0GA 1L2UA 4O19A 3C2RA 3PUEA 4K37A 1TTIA 1VR6A 4Y6GA 2OX1A 2CWNA 2OMAA 2RDWA 3Q2DA 4PCFA 1LRNA 1VCGA 1I2NA 4HKPA 3TDFA 3L65A 3GLCA 3N34A 3G0UA 4MUZA 3W7MA 3LV6A 2H8ZA 3HBLA 4YWIA 1YTEA 4MIMA 2YFNA 4GUFA 3TU9A 2ZZ3A 3SIZA 3W7LA 4NX5A 2ISSA 4JTFA 4KWWA 4JYFA 2ZRZA 3LI1A 5K9CA 4N9CA 3MBFA 4AHOA 3UYCA 4O1CA 1ZAIA 3P62A 5G1YA 1UCWA 5D2VA 2RDTA 4FX7A 3C3NA 1NSJA 3W85A 4N9EA 3MHFA 2ZBTA 4UFHA 1LDCA 4TMCA 3BG9A 1TQJA 1GJPA 1HO1A 1EA0A 2JKAA 3G8EA 2P1FA 2R94A 5LHFA 3LGEA 1XDMA 3TSMA 5CPLA 1J4EA 1NVMA 5F4WA 5KITA 3PBYA 4OBTA 1WAUA 5CKSA 1ML1A 1VJIA 1MEHA 1SPQA 1TREA 5G1TA 3W7NA 4K8EA 3PB2A 3FS2A 3M47A 4XWUA 4CLMA 2EAWA 3P8JA 3O6YX 5LHEA 1W8SA 4WOQA 1KM3A 3SJ3A 4BR1A 3W1RA 3TIMA 2TMDA 1C29A 2NWRA 3C2VA 5I3IA 2NUYA 4G1KA 1W1ZA 1JQXA 1SZGA 3DI0A 4O52A 3CIXA 3NG3A 4K38A 2JGQA 2CLKA 2DZSA 3ELFA 2WPBA 1Y0EA 5AYXA 1Q6RA 1XUZA 1H1ZA 5D2XA 1H61A 1KTNA 3CTLA 1VQTA 3W7CA 3HOJA 4GUHA 1PIIA 3VCRA 4A29A 1P1XA 3LCHA 3NQ7A 3EWWA 1AL7A 1R2SA 2KZHA 3GAKA 1SU5A 3TW6A 3TE9A 1YDVA 3LBMA 4LVBA 4UFKA 3UZ5A 5AN7A 2EKCA 3GXPA 4IMDA 4NZFA 2X2GA 1NAL1 2V5LA 1GYLA 4JICA 5D33A 2OCZA 3TROA 2W79A 4UNLA 4LS0A 5D09A 4NU7A 1SFLA 2X30A 3G0XA 4DPPA 4Z1BA 1QO5A 3L5AA 1N8FA 5I3HA 2Z6IA 4RLIA 2Z0IA 1JUKA 4FX6M 4GRSA 2ISVA 3N14A 3MYOA 2H90A 4LOCA 1LOSA 3I65A 4RCXA 3DZ1A 4CCEA 1G69A 3LXAA 3B0PA 2TPSA 3Q94A 4LRSA 4BI5A 2NWSA 5F2IA 1KBIA 3DHFA 3NNTA 3W1QA 3HG4A 2P10A 5C5YA 1GG0A 4N6FA 1ALDA 3EKZA 3C2FA 3B06A 4UTMA 2GQ9A 2QUUA 3DI1A 3W2KA 1ZENA 5FEPA 1A5AA 4O12A 2QKFA 2A7PA 4Z1DA 5DCDA 1QPRA 5G2HA 1SZNA 4JTKA 3LTSA 3PAJA 3HG5A 4DQWA 3HG2A 4YCPA 1H7XA 2VFIA 1AMKA 2QJIA 5E1QA 5FEWA 1NF0A 2CZ5A 3PC0A 3M43A 3LTYA 3W76A 2AGKA 4Q33A 4AAJA 3NO5A 2XN1A 3LCWA 2JKEA 5LNUA 1TJRA 4A3UA 5G4EA 1F6PA 4IWWA 2X1SA 4N9BA 4LV9A 5G2IA 4IMFA 3A9IA 4DO5A 3CEPA 3OA3A 3GDTA 4DO4A 1P0NA 2FLIA 3ZWTA 1VPXA 4KWVA 3LXBA 5FI8A 1CI1A 2DZTA 1G4TA 2F7FA 1ME7A 1O60A 1YDOA 2AAMA 3NQAA 3L0KA 1TPB1 1HTIA 1JR1A 1Q6QA 1A53A 2ABAA 5KSWA 4IUOA 3B04A 2WSRA 1EWDA 1FCUA 1A5BA 3HIJA 1R46A 4EF8A 3HGRA 1N55A 1OF8A 1FCBA 4IX0A 5D2YA 3QC3A 2Y61A 2Y62A 3QMSA 5HUOA 4GWEA 4H3DA 3UQNA 3CU2A 3T55A 5D38A 5H91A 3VFLA 3W72A 3GXNA 1EPXA 3ZS4A 1FY6A 1L6SA 5AHMA 2VFFA 4JXCA 4LU0A 5G4WA 4Y96A 3W7HA 5AYYA 2A1YA 1H7RA 3CIWA 2GJLA 4MJMA 3EX4A 1IXPA 3FFSA 2VKZG 1KTBA 4P2VA 4FNRA 2OT1A 3EX3A 5D32A 1ME9A 2YR1A 1LZOA 5CPOA 3EWBX 3M9YA 4KFNA 2E5CA 3UWZA 3TMQA 2ZTJA 3P84A 4NXSA 2A5HA 3IV3A 3N73A 4O0ZA 4MJZA 3LCFA 2ZZ5A 5HMSA 1SQ7A 2J24A 2QUTA 4TU1A 1AL8A 3RU6A 1MXSA 1PE1A 4IPIA 3FIGA 1NF7A 3C52A 4HNVA 5CGQA 1YPIA 5G5IA 3W84A 1M5WA 2BX7A 1QDSA 4LW7A 3O16A 2LLEA 1B4KA 2QJGA 2V81A 3ANYA 3MI6A 4UCGA 3UPBA 3ABSA 3GDLA 3HGSA 4LS2A 3PR2A 5D2WA 3M5ZA 1QOQA 1FDYA 3NEVA 3ABRA 2E6DA 4JX5A 4MZYA 4ORMA 4DF2A 2R14A 1FWSA 1FWRA 1GPWA 2A6NA 2WV8A 3MI2A 4WZHA 1FWTA 4MZ8A 1J5TA 2QCNA 4JDBA 3UPWA 4DPQA 1H62A 1JJKA 5AB3A 3W1MA 3E0IA 4ADTA 1QFEA 5F2GA 4QISA 1S3HA 4LNYA 2A85A 4MYAA 2GVGA 1ICQA 3W7KA 1AW5A 2Y89A 3NQVA 1TTQA 3NL6A 5DBTA 3RMJA 2I14A 1H1YA 3LRMA 4O17A 5EBUA 1I8JA 4JTSA 2PC4A 4DEFA 3PM6A 1WA3A 4XTIA 1TYGA 3A23A 3NL2A 3W1TA 3TQVA 2ZDRA 4QNWA 2Z1BA 3KRZA 3LERA 3BW2A 3C56A 3FJLA 1T8XA 1VYSX 3GXTA 1O95A 2XN0A 3CB8A 3NQDA 3F03K 3PS7A 3P67A 3LHUA 3G1FA 1WXJA 1VRDA 3TX9A 3PSWA 1KTCA 2DZWA 2PRLA 4XQ6A 2DU2A 1UBSA 2VFHA 4PL1A 1TJPA 3NPXA 1D3HA 3KHJA 2B7QA 5F1UA 4OE7A 2V30A 2J9YA 2Z6JA 4DF1A 3PY2A 4HPJA 1DJQA 1EWEA 2V5BA 3FOKA 2C14A 3I7QA 5EPDA 2A2IA 2XN2A 3TC7A 3C0JA 2ZCGA 3NR0A 4LT9A 2B0MA 4MFDA 5FF3A 4BK9A 1W0MA 4RZ6A 2GJNA 4RR4A 1B57A 3ZFHA 1LLZA 3Q58A 4QQ3A 1HG3A 3LRKA 3U2OA 4RX0A 1TB3A 5K7JA 3INPA 4K8HA 3GDRA 4DF0A 1PCKA 3SGUA 6TIMA 4NUWA 4IPJA 3UD6A 5BMWA 1DL3A 1KM2A 2HTMA 3VKJA 1TQXA 3VNDA 2UV8G 3O1NA 4FNSA 1DQWA 3B05A 3KAOA 3W7RA 4YXGA 2ZFAA 3BLEA 3S5OA 2A7NA 4IXHA 4RV8A 2FPTA 2FFCA 3OBKA 4RXFA 1TMHA 4EF9A 3DKLA 2Y7FA 4JTTA 3UWWA 2QJHA 3O05A 3DKJA 1KM1A 3N3MA 4ICNA 2ZZ2A 1FDJA 1K8ZA 5F4XA 1VC4A 4UFJA 3CC1A 4HIBA 1H7NA 3S8HA 3TA6A 1XI3A 2TRSA 2E1DA 2ZA1A 3M6YA 3QSTA 4LC8A 3C61A 4JY9A 1EB3A 3HPSA 2ZQ0A 1OFAA 1N7KA 3LDVA 4FIQA 5K9DA 3IVTA 3SI9A 3WK3A 4IXXA 4YLWA 3WK1A 1UUOA 3QQ0A 3FYPA 4JEQA 4UTIA 3SGZA 4JGDA 4A22A 3PWAA 1IXOA 3ATYA 4NVTA 1LM1A 1S5TA 5E0KA 3G18A 1S5WA 5L6UA 3UWUA 5LKYA 1Q6OA 3GYEA 1TSIA 4MY9A 5EKYA 3M41A 4U4MA 5C54A 3GKFA 1EUAA 3BG5A 2VOMA 1OFPA 1VH7A 4JIQA 3CLMA 1O4UA 2E77A 3TJLA 1Q3NA 1TV5A 2C0AA 1W37A 3E49A 2BXVA 3JRKA 4UTJA 3RLVA 1K7EA 1SSGA 3M5VA 5FF0A 4DXVA 3QW3A 3PBWA 1MSSA 2YCEA 1I2RA 4PEKA 3R2GA 6ALDA 5EYWA 1H7PA 3PBUA 3QSRA 5HR6A 2CLHA 4ADSA 1EIXA 1K7XA 4H6KA 3CPRA 3HPXA 4FHAA 2ZRXA 1TPC1 4NXKA 1GZGA 1X1ZA 5D04C 1TPWA 3B0UX 4XTDA 2PCQA 1W54A 5EMUA 1CX9A 2P0OA 3OHIA 3W7GA 1OJXA 2NV2A 3WJYA 1B9BA 3QMRA 1QMLA 5BNKA 3I68A 1DORA 4IMGA 3G0SA 3G1SA 2ISWA 2E68A 3A24A 4TIMA 4LVGA 5F2MA 4LY8A 5HQEA 4DBDA 5KZMA 1DVJA 5K9XA 4EIVA 4OGZA 1T0OA 1XXXA 1XCFA 2E6FA 3NOEA 2CZDA 4RZ5A 1HFBA 4CNNA 2Q8LA 4MY8A 3CWOX 2BTMA 2B4GA 3PSVA 4K6AA 1DQXA 1ZAJA 4P61A 4RXGA 1EX5A 5KTLA 1MO0A 5F4SA 3KVMA 3DH7A 3W23A 3W22A 3M0ZA 3SR7A 1VGAA 3NYZA 2J88A 1FBAA 3TFCA 5DN1A 2C1HA 3E02A 4HHPA 2CLMA 1JCMP 3NQ2A 4NJHA 5E93A 3SFKA 1YXCA 3T7VA 1JCLA 2C16A 4JTEA 4UFLA 4XKYB 3P61A 2C3ZA 5DY2A 1H60A 1OF6A 3PG9A 1KW1A 3QQ1A 4GFSA 2J9XA 2YDAA 3EXSA 3C2OA 1D9EA 4GNJA 3LHWA 1RV8A 3LCIA 1BWKA 3GK0A 3IGSA 2WNNA 3LCGA 4E0CA 1SO5A 4L4MA 1TPVA 1V7YA 3EB2A 4JX6A 4N6EA 5CG7A 3DBPA 3V1PA 3OVQA 4MPQA 4OWGA 2BSLA 3LX9A 2QDHA 1YDNA 4TX9A 3ABOA 4OQVA 2QCFA 1WQ5A 1RZMA 2QCEA 3TSBA 4MY1A 3VI2A 1XFBA 3IGUA 4TR9A 4FNQA 2WO5A 1GVOA 3KOFA 1GVRA 2X1TA 1MEWA 1Q45A 3LTPA 2NV1A 1OFBA 2EPHA 4M19A 3UWVA 4BI6A 3NVTA 4FNTA 3LCXA 3O63A 2GPTA 4XUGA 1GG1A 3LHVA 3P82A 3LLDA 1Q6LA 5HWMA 4QSHA 1FDZA 1QO2A 3F4NA 3W2MA 3P74A 1BTMA 3TCEA 4R53A 5CZTA 1W5NA 5SWUA 4KFOA 4NJIA 1RD5A 2GQ8A 3BARA 2NX3A 1IF2A 1EP2A 1OFRA 1G4PA 2O7SA 1YLVA 4MFEA 4BI7A 2ZA2A 2YW3A 3OVPA 4JS3A 4ML9A 1FWWA 2RFGA 1LRQA 3IIVA 1PHQA 4JY8A 1I2QA 1PHWA 3NDOA 3C6CA 3TKFA 2IQTA 4NNBA 4NNCA 3O6CA 4D2JA 3L21A 3HJZA 7TIMA 3S42A 3OVRA 2OJPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1VPXA

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