1VRDA

Crystal structure of inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (tm1347) from thermotoga maritima at 2.18 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
457
structure length
321
Chain Sequence
MKEALTFDDVLLVPQYSEVLPKDVKIDTRLTRQIRINIPLVSAAMDTVTEAALAKALAREGGIGIIHKNLTPDEQARQVSIVKKTIMSVIEHPNAARDEKGRLLVGAAVGTSPETMERVEKLVKAGVDVIVIDTAHGHSRRVIETLEMIKADYPDLPVVAGNVATPEGTEALIKAGADAVKVGVGPGSICTTRVVAGVGVPQLTAVMECSEVARKYDVPIIADGGIRYSGDIVKALAAGAESVMVGSIFAGTEEAPGETILYQGRKYKAYRGMGIEGMVPYKGTVKDVVHQLVGGLRSGMGYIGARTIKELQEKAVFVKIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (TM1347) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.18 A resolution
rcsb
molecule keywords inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 102
structure length 321
sequence length 457
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00478 IMPDH IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A PF00571 CBS CBS domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vrdA00
3W1PA 4XTIA 1DQWA 1OG0A 3PBYA 4I7UA 2V82A 1ICPA 2BWGA 4JTIA 4AAJA 5H2ZA 5HUPA 2GUUA 4UR7A 3GX9A 4K7VA 3LOTA 1XDLA 1FCBA 1YTDA 3I65A 2E68A 1SO4A 1ICQA 3D0CA 1FX6A 3IVTA 4K39A 5CSRA 4O19A 5H91A 2EHHA 2A4AA 3BG3A 4R53A 3V75A 1T99A 4QQ3A 3TV8A 4S2BA 3LTPA 1TTIA 4NZFA 3NOEA 3W1LA 4QNEA 3L67A 5D04C 3UWVA 2RDWA 3RU6A 3Q37A 1CW2A 4GUHA 3TUUA 5K2ZA 4O52A 4HNUA 1H7WA 4JTSA 5FEXA 1HO4A 4Z08A 7TIMA 2R91A 5SWUA 4FHAA 4ML9A 5D03A 4O15A 3LX9A 1VPXA 5C54A 2WNQA 3SIZA 1DORA 1KW1A 1NAL1 4O12A 3KRZA 5G4EA 3G1YA 4DF1A 3M0ZA 2ABAA 1KM0A 1V5XA 1J4EA 5BMXA 5EYWA 3B03A 3KHJA 5FF4A 1OFBA 3W7QA 2DORA 2CZDA 4NJKA 3MYPA 3A5VA 3LHTA 3EX1A 4YL2A 4UUIA 3HBLA 3GXTA 1OX4A 1TV5A 5TIMA 3W23A 2V5BA 2ZFAA 1RQBA 3U6WA 4ZQCA 1QDSA 4OV9A 3QSTA 4O57A 3M41A 5IM51 1G69A 4H4IA 1LDCA 1QWGA 2ISSA 4Z1DA 5F4SA 4FX8A 3W7GA 3SFKA 3UY8A 1KFKA 3GK0A 4TR9A 4OE7A 2CLLA 4JX4A 1EWDA 3SY5A 4BI7A 1SZGA 3W7LA 4DO4A 1Z48A 3TQVA 2TYSA 3A23A 3W1UA 3P5YA 5I3IA 1GVFA 3O6CA 3BGGA 2Z0IA 4RR4A 5DN1A 1G7VA 1WBJA 2O7SA 2TPSA 4JEQA 2QEZA 3O6YX 4M5PA 4XWUA 2CLKA 2XN0A 5FEWA 1I2NA 3MI2A 2A5HA 3WK2A 3FS2A 1ME9A 4GUIA 4A3UA 1LOLA 5L6UA 2NZLA 1I4NA 1G67A 2NX1A 4XKYB 4PH6A 1H7PA 4OGZA 5I3HA 3WJYA 2A85A 4GNJA 3W83A 1H1YA 1LZOA 3O07A 3E9AA 3GR8A 3L5LA 4O50A 3OVPA 1OFAA 2R94A 3HGOA 4LUIA 1X1OA 4HSNA 2FFCA 2EKCA 1AW5A 3Q2DA 3EWYA 1GPWA 1Z44A 1EEPA 4ZQPA 1W3NA 3EWUA 5F4WA 4UFHA 5KSWA 5IBXC 1G6CA 3C4UA 5AYZA 4FNRA 1OFDA 3MBFA 3CIWA 3M5ZA 3N34A 2NV2A 3GDRA 1LBMA 3PR2A 4O17A 3CHVA 4POCA 5D2YA 2QF7A 1VCGA 5DLCA 3U2OA 4KFPA 3OHIA 1XBYA 3TE9A 4YCOA 3HGSA 1VYPX 1IIGA 1R47A 3HIJA 1SUXA 4MPQA 3MJYA 1W5OA 2A1YA 2WJZA 2WPBA 3W7RA 3N2MA 3NM3A 3UQNA 2JKPA 3CIXA 2WQPA 1O5KA 4L4LA 1EP2A 1PVNA 1TRDA 1EUAA 1R2TA 5AHNA 2J27A 3L0KA 4JR5A 2FDSA 2V81A 4AHOA 1LBFA 3W87A 4DF0A 2ABBA 3PUOA 2QCDA 1AMKA 2FB3A 4ORIA 3NQDA 5G2WA 3I7SA 3PVFA 3A24A 3C61A 3FJLA 1DBTA 4PEKA 4UMAA 3LCWA 5DY2A 4LV4A 3W7EA 4PC8A 2PRMA 2QCDB 1GTEA 3CU2A 3C56A 1VYSX 3KX6A 3P80A 4M7SA 1OK6A 4GE8A 1KM1A 2A6LA 2E09A 1YYAA 1HFBA 4UTIA 4AB4A 4AWUA 4WUIA 4BF9A 2GJLA 3GB6A 4RZ6A 3WK3A 3PBUA 5LNSA 5TQLA 1B4EA 5CPNA 2J6XA 3NQAA 3GAKA 3MMTA 4HHPA 2HMCA 3PC0A 3NZRA 3SECA 1R2RA 4NJIA 3S1VA 4JYEA 5BOOA 4RCXA 1TTQA 4RLIA 4AWTA 1TREA 1QPOA 3I68A 2B0MA 3W88A 2WV8A 4FNTA 4MZ8A 3HOJA 1LRQA 4UCGA 2B7QA 4UFIA 3S5OA 3CWNA 1UB3A 3TFXA 4J9JA 1W56A 1M7PA 1OFQA 5D30A 3L66A 3G1AA 1FCVA 4K8EA 2CLEA 3NEVA 2Y70A 1EP3A 3PB2A 1PCWA 1QO2A 3ZWSA 2FPTA 4MLJA 4P61A 3GDLA 4ZQMA 6ALDA 3UNDA 5DXXA 2DZWA 2V2HA 2VEKA 4UFJA 1HG3A 5ABTA 1VJIA 2E6DA 3YPIA 1O94A 3EWBX 1EA0A 4NJHA 1IXOA 2R14A 3TNOA 2PRHA 1NFBA 1JJKA 4NNCA 2Z2UA 1TTPA 1TPEA 1TPB1 3N3MA 3S9YA 1XBXA 1MEHA 3HGRA 1NF0A 3S8HA 4BWLC 5DCEA 1OFPA 3W2LA 5HJLA 3OG3A 5LGZA 4KWVA 4O13A 2ZRWA 2RDUA 3CEUA 1WDWA 3NL6A 3NR0A 4M6PA 3DZ1A 3G8RA 2Y89A 1NEYA 4MY9A 3MBDA 4MUZA 2FJKA 2VENA 3QSRA 3LRLA 5HNRA 3TSBA 4NT0A 3LV6A 4YCPA 4IPJA 4FNQA 1FXPA 3STGA 3VI2A 2V5LA 1P0NA 1I2QA 2F7FA 2Y85A 5CPLA 4HNNA 4IXHA 5EBUA 4HPJA 3W1NA 3ZWTA 3DFPA 2CLFA 5LZLA 1FCUA 3EXTA 5AC6A 3IVUA 4ZVJA 4U4MA 4NX0A 3STFA 3F1QA 3A9IA 4JNMA 3W7KA 5KMYA 1RQEA 4MLRA 4NX5A 4C1KA 3ZFHA 4LTSA 4NQ1A 3CPRA 4E0CA 1KFBA 2FB2A 3G0UA 3ABQA 3LCFA 3NQ6A 1SO5A 1FXQA 4JDBA 4GUFA 5KITA 3CEPA 1LTDA 3BW3A 5AC7A 3RNDA 2FPYA 3FOKA 1ZNNA 2FPVA 2A0NA 4RX0A 5HR6A 3QMTA 5DBUA 4FXRA 5AHMA 4UNKA 1BKSA 3DHFA 3TSMA 1K8XA 4ZMGA 2B7NA 3KVJA 4UMBA 3ZR4A 3C2RA 4PL2A 3LXCA 5HWJA 5AB3A 5HULA 1UUOA 1PCKA 4XUGA 4ALDA 4ORMA 4MY1A 5F2LA 4FB7A 3TJXA 3LCLA 2JKEA 3DI0A 3O06A 3W7CA 3TA6A 3WJWA 2QUTA 3M5YA 3DGRA 5KINA 1DKWA 5AHIA 2ZQ0A 1OFRA 1GVOA 2QCMA 3T40A 3W7NA 1KFLA 1V7YA 3NZ1A 3S1WA 2HS8A 2BTMA 3QMRA 3B0VC 1W3IA 3PBWA 3KOFA 3P74A 3O05A 5GVJA 1TMHA 2C6QA 1FDZA 3IIOA 2AGKA 3ATZA 3UXAA 3LXBA 3LB0A 3PG9A 5D38A 1SW3A 1O95A 3S5NA 4JIQA 2YFNA 3IGUA 3Q58A 2Z6IA 4I7VA 1S3HA 4MOZA 1LRTA 4GWEA 4LS1A 3MP4A 2VFHA 4O16A 2B7PA 4CCEA 1OK4A 3KVMA 3DI1A 3T44A 2OCZA 4GXMA 5C2XA 3T7VA 3ZS4A 4YLWA 3NM1A 5D37A 5CKSA 3P82A 2Y7DA 1K7EA 1H7NA 2E6AA 3QW3A 4WJEA 3C6CA 3G18A 1A5SA 3M9YA 4JY9A 3GIYA 5LNWA 1EX5A 1VLIA 3E02A 5E1QA 1GVRA 1GT8A 2A2IA 3DENA 4DELA 1WV2A 3QFEA 4HSOA 4IOTA 3NO5A 1Z42A 4CQ9A 3TFCA 2HSAA 4WY0A 3AJXA 1D9EA 1DJQA 4BK9A 1S5TA 3W1AA 3BVJA 2PE4A 3W2JA 4FIRA 4CNNA 5I3FA 4OQVA 2LLEA 4WY0B 1VGAA 3MUXA 2H8XA 1CI1A 4OU1A 2ALDA 1FY6A 1HTIA 1XC4A 4ADSA 4CLMA 4MIMA 1XKYA 1K8ZA 3TAKA 5CZTA 1VS1A 2EAWA 3PULA 4NU7A 3W1RA 3M44A 3S5YA 1X1ZA 4JXCA 2WSRA 3THAA 3WK1A 3IGXA 2QJIA 2YW3A 1RD5A 1MZHA 5K9DA 2Y61A 1FWNA 5K4ZA 4GBUA 3IIXA 3BG9A 4R33A 4BI6A 3NQVA 1JCYA 3UWQA 1H63A 3CM4A 4C1LA 1M5WA 3IV3A 2V2DA 3U8GA 3EX2A 3P8IA 1A53A 2EF9A 2J9YA 3MI3A 5BRBA 3DAQA 4GUJA 2A7RA 1HO1A 1XFBA 3C2EA 1OX6A 1B57A 3JS3A 4MFEA 4UMCA 3TDFA 2DJLA 2VEIA 4XBKA 3IVSA 1ONRA 4OBTA 2C3ZA 3W7OA 3EWWA 1FWRA 1QPNA 2I14A 2A6NA 1J2WA 1ZCOA 1FBAA 3GNDA 1ZY9A 3TQKA 3M6YA 1JRBA 1YTEA 2CLOA 1KTNA 3N73A 3PAJA 1I8JA 2ZZ3A 2DZSA 3G1SA 3LTYA 2Q8LA 3DFNA 2NXIA 1VQTA 2VFDA 3G0SA 3M5VA 3LLDA 4JGDA 3M47A 3IGSA 3LHVA 4O14A 2WKJA 1GOXA 5BW6A 2OT0A 3PSVA 4UNLA 3EX6A 1P4CA 1A50A 4LRTA 5A5WA 2Y7GA 3NQCA 1UCWA 1SFLA 1W0MA 3G8EA 4FF7A 3B8DA 1P5BA 3JR2A 3LM7A 1TPWA 3UWYA 2QR6A 3OEXA 1AW1A 1KBIA 1TQXA 4NVTA 3PF3A 4M7TA 3HMJG 4KFOA 2DP3A 3OIXA 3QPYA 4JY8A 4N9BA 5D09A 1H62A 1RPXA 1H7OA 3W1QA 1JQXA 3IIPA 3C2FA 1W37A 2ZZ6A 3G1HA 2AAMA 4O10A 1SSGA 2PURA 2VEMA 2X30A 4PCFA 1L6SA 5G2IA 2QAFA 3MHUA 2A21A 1EIXA 2QDHA 2CZFA 1A5AA 3BGJA 2J9XA 3STEA 4G1KA 3LXAA 2NXHA 3S5ZA 3NQ8A 5DCBA 4Z0SA 5K4XA 2YYUA 1WOBA 1G4TA 2ATSA 3BW2A 3WK0A 1DQXA 3W2NA 1KFJA 5KTLA 3W9ZA 1QPRA 2RDTA 3M5XA 4QM1A 3E49A 4XKYA 4LW7A 3P81A 3SZ8A 3R12A 5CG7A 4DO6A 3G1VA 1VRDA 3BG5A 4O53A 2C15A 1FQ0A 3ANYA 4JTUA 1MEIA 4OT7A 2QCFA 3THQA 3ABOA 3TW6A 3RK8A 3TXZA 3NQMA 3QF0A 1YTKA 1WOAA 4O18A 1N8FA 1Z41A 4JX5A 1OVDA 1LRNA 1VH7A 6TIMA 4O11A 1H1ZA 3NQ7A 1GWJA 4O1DA 1ME8A 4JYDA 1M6JA 5J5DA 1TV7A 1WBHA 3N14A 4TIMA 3LI0A 4B5NA 1DOSA 3PUDA 2WNNA 3L5AA 4ZQOA 3QH2A 3R13A 3EXSA 1GVSA 3DFSA 1R46A 3TIMA 3LHZA 5C5YA 3TXVA 1GEQA 3T4CA 1S5WA 3WFAA 1YLVA 1PV8A 3LBCA 1EUNA 3FKRA 3BLEA 2Q3OA 3W76A 1OHLA 3P61A 1ZAHA 4UTTC 3CB8A 3GXPA 4O1AA 2EPHA 2VFFA 4RXFA 4K36A 1TB3A 3FA5A 5F1VA 2H8ZA 1TPH1 1OF6A 3B0UX 5K9XA 2CU0A 1SPQA 4A21A 3PWAA 1QAPA 4PFMA 5FF2A 5DBTA 1WYIA 2E1DA 4JX6A 3RFAA 3VNDA 4MY8A 1OF8A 1H60A 2G97A 4IGHA 1QFEA 3L65A 5TBOA 2G96A 3WJSA 3LERA 1C9DA 4QSHA 1ZAIA 2WSQA 3NQGA 3W07A 1IXQA 2FIQA 4LUJA 4RKAA 1DL3A 4YXGA 2OZ0A 3M1ZA 4K8HA 1A5CA 4IUOA 4WD0A 2DZVA 2X1SA 2C19A 4TO8A 1MSSA 1WAUA 2QCEA 1IF2A 1HL2A 1KA9F 5EKYA 3IRDA 4N4PA 4AXKA 3LCXA 3TK7A 4O28A 3C52A 2ISVA 1SO6A 4YWIA 4JS3A 1KLZA 4LNYA 3PG8A 1SO3A 5L9FA 4O0ZA 1FWSA 2VXNA 4M19A 4EIVA 3QM3A 1AL8A 1GYNA 3EKLA 4RJEA 1LOQA 4IPIA 4O4VA 4OV4A 2ATMA 3GDKA 5LSMA 4UFLA 3GZ3A 1XUUA 3NPVA 3C2VA 2Y6ZA 4WQ6A 2HTMA 3SW6A 3OVQA 3TC6A 1Q6LA 3NAVA 4LV9A 3W7DA 2QCGA 1OFEA 2JGQA 2Y63A 1F74A 1YXCA 1YDNA 2V30A 3RF9A 2OJPA 2V2CA 2H3BA 1TPUA 3LTSA 3VKJA 1QO5A 3W7JA 2IQTA 1ZALA 3CLMA 3O8AA 2DZUA 3A21A 3FJ6A 1B3OA 3SI9A 3PS7A 3LGEA 1TJRA 4GJ1A 1JCXA 4LWWA 2DU2A 4UFMA 4N9EA 1H7XA 4X3ZA 4MVAA 1OYCA 1SSDA 1F5ZA 3HB9A 3UWWA 2C13A 3H54A 4O8RA 3UZ5A 4N9DA 1B9BA 2VC6A 2J9ZA 2A7NA 1KM2A 2YX0A 3FFSA 2GJNA 4NUWA 3UZJA 1GG1A 2QAPA 1JCNA 4ZZ9A 2NUXA 5CGQA 1KM3A 3DFTA 3MHGA 4LRSA 4N6EA 4HIBA 4DEFA 3TH6A 3LCIA 2E6FA 3LDVA 4HNVA 2TSYA 3R8RA 1TPFA 3LBMA 1YPIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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