1VS1 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	270
structure length	270
Chain Sequence	VAGFKGVKLALKSEERRETVVEVEGVRIGGGSKAVIAGPCSVESWEQVREAALAVKEAGAHMLRGGAFKPRTSPYSFQGLGLEGLKLLRRAGDEAGLPVVTEVLDPRHVETVSRYADMLQIGARNMQNFPLLREVGRSGKPVLLKRGFGNTVEELLAAAEYILLEGNWQVVLVERGIRTFEPSTRFTLDVAAVAVLKEATHLPVIVDPSHPAGRRSLVPALAKAGLAAGADGLIVEVHPNPEEALSDAKQQLTPGEFARLMGELRWHRLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) from Aeropyrum pernix in complex with Mn2+ and PEP rcsb
molecule keywords	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
molecule tags	Transferase
source organism	Aeropyrum pernix
total genus	91
structure length	270
sequence length	270
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2006-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vs1A00

2RDWA 2ZQ0A 3LHTA 3T44A 1GVSA 2ZZ2A 4MZ8A 3QQ1A 4XWUA 4XUGA 3TDFA 2CZDA 1D3HA 1H1ZA 1KBJA 3JR2A 1YTDA 4WQ6A 3SJ3A 3W7CA 2YFOA 3F03K 2J9ZA 1ZAHA 5J5DA 3M5YA 2KZHA 1LROA 1OVDA 3O8AA 3UWYA 4NXSA 4PTNA 3B03A 5AC6A 3DFSA 4OV9A 3VFLA 3EWYA 3L66A 1KLZA 4UTTC 2Q8ZA 4LRTA 1VS1A 4IPIA 3N9SA 3B06A 1H7XA 2Y61A 3RMJA 4LC8A 2ISWA 3IVSA 1W54A 3G3MA 2Y85A 2TYSA 1L6WA 1RZMA 2J88A 3W1UA 1H62A 1TRIA 2PC4A 3QJAA 4OWGA 1Y0EA 3W1MA 3S5YA 5CKSA 4GJ1A 1RQBA 1TIMA 5H2ZA 4NJHA 2ALDA 1C8VA 2J24A 4JN6A 5DBTA 4Z0JA 1IGSA 3KVJA 3W7HA 1W3IA 4YMZA 4CCCA 5KZEA 3PR2A 4NX5A 5HINA 5DELA 4FB7A 1UBSA 3NL5A 8TIMA 2WSYA 3QM3A 4E38A 2H8XA 4PEKA 1YADA 3E49A 3G0SA 2DJLA 1EA0A 3VNDA 4B5NA 3OVPA 3EX6A 1HTIA 2HSAA 5AC7A 5D03A 1LBLA 1BTMA 4M7TA 4N6FA 3ZR4A 3NOEA 3N9RA 3LTSA 3HGOA 4AEOA 3LCIA 5D38A 1KV8A 3QYQA 3C2OA 3DFTA 2J27A 3QC3A 3NGJA 3KRZA 1Q3NA 3BW4A 4FXRA 4OBTA 3L65A 3W7MA 4ZVJA 5CZSA 1BEUA 2H3DA 3PULA 4JNMA 4WX2A 2QCLA 4RCXA 3EX2A 3VKJA 5K4XA 1I4NA 1FDJA 1G4PA 4M7SA 4WXZA 2BZNA 2JKEA 1ZCOA 3LGEA 1XC4A 1QNVA 3QW4B 5H91A 1A5AA 1MSSA 3JRKA 1ZAJA 3QF0A 7TIMA 2DU2A 3GK0A 3P5YA 3TAOA 1LTDA 1PVNA 3RLUA 1VGAA 2ABBA 4Z1CA 4CNPA 2QCGA 4LNYA 3BK0A 1GVOA 1OFRA 3I6RA 4O1BA 1TPC1 3C2FA 3A5FA 3P5ZA 3G0UA 3CIXA 5CPMA 1PV8A 1AW5A 3FJLA 3P8IA 4X2RA 1XDMA 3R5EA 4O1AA 2QUVA 3DBPA 3A22A 5LNRA 1B4EA 1ZFJA 1P0NA 1L6YA 3W76A 3LRMA 2NV2A 2GJLA 1D3GA 1GQNA 2Q3RA 3OEXA 5CZTA 3MBFA 1DQWA 2VEKA 2Y62A 3IVTA 5FEPA 2C0AA 2WSQA 2HS8A 3C56A 3TAKA 3IGUA 3W2MA 2V2HA 1W31A 2V5BA 3LHZA 1DHPA 3TC7A 4FX7A 2W79A 4N9EA 1Z42A 2VC6A 1TTPA 4TX9A 4FNPA 4YLWA 4CCEA 3C52A 3PC0A 3L9CA 3MWAA 2YZRA 3JS3A 4N9CA 1A5BA 2V82A 1NEYA 3L2IA 1TV8A 3G1VA 4FF7A 3FIGA 2WQPA 5DXYA 3LB0A 1IXOA 5G2IA 3E96A 2ZZ3A 1UUOA 3EKZA 4CQ8A 3EEGA 1ZALA 2C13A 3EWXA 3HO8A 3IIOA 4EVZA 1JCXA 3S6DA 1ZNNA 2B7NA 3V1PA 3I65A 2A7RA 3HJZA 3UXDA 1TO3A 4OU1A 4JD4A 5CPOA 4E2DA 4O50A 2VFIA 4LW7A 3YPIA 3RFAA 5HUPA 4FO4A 4RJEA 4AWTA 2RHGA 3M47A 1ZY9A 4JTSA 4UTMA 3STEA 3GDTA 4JTLA 1OF6A 5CPNA 1M7OA 3EB2A 4HPJA 1ONRA 3W2UA 2CW6A 2XN2A 3B0VC 4A2RA 2TPSA 3G1DA 1LCOA 3B04A 1IF2A 5K7JA 2J6XA 1RR2A 4JDBA 3G18A 4MFEA 3HB9A 1FCQA 1F6PA 5F1VA 3E02A 3P62A 1G6CA 1Q6RA 1UB3A 1YPFA 3NL6A 1LM1A 2PRMA 5D33A 2ISVA 3O05A 4PC8A 1VRDA 4WD0A 4XQ6A 5K9DA 1XCFA 1A5SA 2GVJA 2DZPA 3UNDA 3P61A 3NQCA 1XM3A 2CZEA 1GYLA 2QR6A 5CPLA 5G2HA 1L9WA 1KM4A 3GDLA 1J4EA 3EWWA 1OFDA 1L6SA 4ZQNA 3S8HA 4CLMA 4Z1AA 2A85A 3SGUA 2EPHA 1FXQA 4NUWA 2C14A 2VFHA 2ZYFA 4K7YA 4A3UA 4IOTA 3M9YA 4A22A 4ZZ9A 3OHIA 3CWOX 2VFFA 4GUIA 2ZZ5A 5D2TA 3C0JA 1A53A 1W3TA 1UASA 2ZFAA 3MJYA 5EYWA 4GXMA 1IIGA 4JEQA 4R7JA 2QJIA 5AFDA 5AHFA 5AC8A 1KFKA 4K7VA 4LT9A 2A5HA 3QPYA 4O12A 4XBKA 3C2VA 5K9CA 1XXXA 3PBWA 3THAA 1QWGA 3QH2A 3WJXA 5TBOA 4Y9AA 1QPNA 4O18A 4DBDA 4HN4A 3TSMA 4MLJA 1TTJA 2A6NA 1ZJIA 4LUJA 3E12A 3NG3A 3W2JA 4MLRA 1DOSA 2NUXA 4O14A 4IXXA 3EWUA 1W56A 1LOQA 2C16A 3BLFA 3TKFA 3WJYA 3DZ1A 2X1RA 3HQ1A 4MYXA 3BG9A 1WDWA 1SO3A 1NFBA 3DENA 1SO5A 3UZJA 4C1KA 4QISA 3M5ZA 1H7OA 1WA3A 2ZRXA 2YPIA 2C3ZA 2OMAA 2RFGA 1DBTA 1EPXA 2BX7A 3O16A 3M43A 3M16A 4NJGA 1M5WA 3ATYA 1MEIA 3HPZA 1T8XA 4UFKA 1R30A 2Y7FA 3USBA 1T0OA 2H3BA 1KM0A 1AL7A 4X9SA 1SZNA 3FEMA 2ISSA 1FCBA 1QAPA 2G5WA 5HJLA 2HS6A 5J5RA 2NXHA 2RDTA 2BSLA 3NQFA 3TCEA 1K7EA 4O54A 3WK3A 1F76A 4JTTA 3TQ0A 1JCNA 3PBUA 4IX0A 4CQAA 4O13A 3W1LA 3GX9A 4M6QA 4O10A 1F5ZA 2CLKA 4AHOA 3LCFA 3NPXA 5LNSA 2Q3OA 4UFMA 1R46A 2OZ0A 4NQ1A 2LLEA 2E68A 2X1UA 3FYOA 5FEZA 1TQXA 5L6UA 3QRHA 5D2XA 5DXXA 2V8ZA 4Y8FA 1AW1A 1DKWA 1TPVA 1ME9A 3W2KA 3M1ZA 3HGSA 4GUJA 4QNWA 5D2YA 1WOAA 1R2TA 3C6CA 1IXPA 3T40A 3STCA 5DBUA 2FQIA 3NQDA 5TIMA 1EP2A 2ATMA 4UTWC 5C54A 1ICQA 3IVUA 3PBVA 5AYYA 4QQ3A 1JVNA 3MBDA 1PCWA 1PHQA 1FWTA 1PCKA 2E77A 4CCDA 5HNRA 3LOTA 1VH7A 1UUMA 4WY0A 3STGA 2J9XA 5A5WA 3TA6A 2Z1BA 2FFCA 4HKPA 3F1QA 3E0IA 3TXVA 4O4WA 1HL2A 2J9YA 1YXCA 1AG1O 1Z41A 1GVRA 2G97A 3EXSA 3DGRA 2HTMA 5EL1A 3PB0A 4JTEA 2ABAA 4WOZA 5I3FA 3W7RA 4A29A 2RKXA 3N2XA 3KHJA 1NSJA 3N34A 2B7OA 4NNCA 3MMTA 3MP3A 1WAUA 4MY1A 2B7QA 4TR9A 4UXDA 4DF0A 2YYUA 3IEBA 4N9BA 3W88A 1I2PA 4FNTA 4XTDA 4BK9A 1W37A 2Z0IA 1OFEA 3T55A 2QCFA 3TC6A 3GXTA 3BW2A 1LRNA 3G3DA 4UTJA 2G95A 3IGXA 3M0ZA 4NXKA 4WOQA 3SY5A 3TJLA 3SZ8A 2FTPA 5D09A 1GEQA 3KFTA 4LVDA 3G1AA 3GDRA 3SW6A 2B0MA 4AWSA 4DF2A 1KTCA 2CFFA 3QMSA 3N73A 2NWSA 1GTHA 1KV5A 3LHWA 3UY8A 2JKAA 1THFD 3DXIA 5I3GA 3S0CA 1YDVA 2RDUA 4M6PA 1TPEA 1F7BA 4HPXA 1LORA 5D37A 1LZOA 1N8FA 1OG0A 3S9YA 1VZWA 2I1OA 3O6CA 3LM7A 1SW7A 2A0NA 2I9EA 3TSBA 4HNTA 2DJXA 3FKRA 2H6RA 1YTEA 1FWRA 4OE7A 3KVLA 1S5WA 2QCEA 3NL3A 3SI9A 1EX5A 2Y7GA 2DZWA 1KW1A 1UJPA 1O60A 1OFPA 1FWWA 2CZ5A 5AHNA 1H63A 1DQXA 1V7YA 1TPFA 1N55A 3SFKA 5F2GA 5BW6A 3TW6A 3I7QA 2JKPA 5I3HA 1AK5A 2Y7EA 4FXSA 5C55A 1BWLA 3FS2A 3RK8A 1O5KA 4BI7A 2Y89A 3NZ1A 3G0XA 1OFBA 3ABSA 2ZA2A 1SU5A 2FPVA 2YSWA 3C61A 4MY9A 1KLYA 1JRCA 3TIMA 4RXGA 1JCYA 1GG0A 1H50A 1C29A 1GG1A 4UTHA 5FI8A 4ZQOA 3TQVA 4UR8A 3QSTA 2ZDRA 3CLMA 2V5LA 1I2QA 3HBLA 1LOSA 2NV1A 2R14A 4DO6A 3IRDA 1FWNA 3O07A 4XZ9A 3WJWA 2ZZ6A 1X1OA 2V0TA 2VOMA 1OFAA 1U83A 3TV8A 2V2CA 1DL3A 4FX6M 5EKYA 5CZJA 4IXHA 1OFQA 1KTNA 1XBYA 2EGZA 2H90A 4GFSA 3MW7A 2H8ZA 2DZSA 3NQ8A 1HUVA 3W1NA 4YXGA 1OABA 4NJIA 4TO8A 2PRLA 4PA8A 3W7NA 2QUUA 1YTKA 2NXIA 4O1CA 2ZBTA 1MZHA 2QCNA 3MP4A 5CG7A 3VI2A 1HO4A 4UTKA 2Y70A 1I8JA 3THQA 1TMHA 2JBMA 3NQ2A 2OX1A 3UPBA 1QDSA 1FQ0A 3B05A 2GQ8A 1SO4A 4FNRA 3NXFA 2FJKA 4RZ6A 4DELA 1J5TA 3IV3A 3TXZA 2GQ9A 3CEUA 3C2RA 3QMTA 3IGSA 1EEPA 1KFJA 1ZAIA 3I7SA 1S5VA 4Z08A 4LC6A 4HT3A 4J9JA 3B8DA 5G1YA 1JCJA 4HHPA 2QDHA 2OT0A 1JQVA 1GT8A 1PIIA 4EWND 2Q8LA 4NJKA 3GKFA 1P1XA 3TMQA 3SIZA 3MUXA 4FEZA 3W85A 5TQLA 4LV9A 1QR7A 2ZZ7A 3GDKA 3TR2A 4DF1A 4GC4A 1O4UA 4NNAA 2A1YA 4KWWA 4L4MA 3R13A 5BMXA 1S5TA 1SW3A 4JTUA 5SWUA 3W7PA 1H7WA 1QFEA 3LCHA 3LRKA 4AAJA 1EWEA 1WBHA 4DQWA 3KOFA 3W07A 3I7RA 4C1LA 1T99A 4O16A 4ONVA 3ANYA 4LS2A 3UZ5A 1RQEA 3PVFA 1OHLA 4AHPA 2DZXA 3ZWSA 3LX9A 2TRSA 3NAVA 2ZZ4A 1FCVA 2VFEA 4JGDA 4ZQMA 4AF0A 1G7VA 1JRBA 4MJZA 5BMWA 1E51A 4O28A 4FX8A 3UY7A 1EB3A 4UTLA 3PWAA 4NZFA 1UCWA 4JTJA 1VHNA 1SZFA 3S1XA 3A23A 1B57A 3NQVA 1CX9A 5D2VA 5D04C 4MIMA 4MYAA 2BXVA 3NNTA 1GZGA 4H3DA 5BNKA 3BVJA 6TIMA 1XUUA 1R47A 3CQ0A 1QO2A 1LLZA 4UTUA 4AVFA 4TIMA 2R8WA 4KFNA 1L2UA 1WXJA 3GVGA 4IJBA 4DXVA 1H5YA 1JULA 3KRUA 1KBIA 3S1WA 3WK1A 2DZVA 2QAFA 2ZTJA 1G4EA 3HPSA 3MHGA 3PB2A 3W7JA 3KXQA 1EUAA 3W22A 5BOOA 1AL8A 3WJZA 4D2JA 1KM5A 3G1FA 3IIVA 1OYAA 2QJGA 2GVLA 4ZQRA 4ALDA 3PM6A 4S2CA 3M7WA 1I2OA 1H61A 4MJMA 1YXDA 2FPYA 3LV6A 3O6YX 4RK8A 1QOPA 2NXGA 5AHLA 1OX4B 1SUXA 2WV8A 1ZENA 2Y7DA 4POCA 5K4ZA 2YW4A 3NQ6A 4RZ5A 5FEWA 1Z44A 4UCGA 1GPWA 2C15A 2VEPA 3PAJA 4GNJA 2XN1A 1W5PA 2QCDB 2UV8G 3P60A 2ZRWA 3PSWA 6ALDA 3HG3A 3HIJA 4UNKA 5HWJA 2YX0A 4I7WA 4FIQA 3HG4A 2VELA 3FLUA 2Z6IA 4U28A 1ALDA 2YCEA 4I9AA 3GAKA 4H4IA 2BWGA 1JQXA 2VKZG 2DP3A 3DU0A 3GNDA 1JUEA 2W6RA 3TW7A 3H55A 4YL2A 2TMDA 3LXCA 3BPWA 3L68A 3T78A 4RR4A 1VCGA 1LLWA 1NAL1 1O94A 2X2GA 1BWKA 3ABQA 1TV5A 3W6YA 3KRSA 1U5JA 2O7SA 4Y6GA 2D73A 1DORA 3W7OA 3N3MA 3RLVA 5LNVA 2CLIA 5HWNA 3AJXA 4O0KA 1KFBA 4MZ1A 3CHVA 3LHYA 3MYPA 4TU1A 2EKCA 4WXYA 5HWMA 4KFPA 1VLWA 3W3OA 4RZ4A 4PH6A 3W71A 3B4UA 3CEPA 4BR1A 4QSHA 3W7EA 3QEZA 4JX4A 3NA8A 5K9XA 4LU0A 3CC1A 4M6VA 2WJZA 4HSNA 4MFDA 4DO5A 3OIXA 3D0CA 5FF7A 1H7RA 4IMCA 2E5CA 1K03A 3L21A 3W7GA 1W5QA 2VEMA 1EP1A 1K8YA 3B0UX 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1VS1A

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