1VYS | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	364
structure length	364
Chain Sequence	SAEKLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLYHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGYLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Atomic Resolution Structures and Solution Behavior of Enzyme-Substrate Complexes of Enterobacter Cloacae Pb2 Pentaerythritol Tetranitrate Reductase: Multiple Conformational States and Implications for the Mechanism of Nitroaromatic Explosive Degradation pubmed doi rcsb
molecule keywords	PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Enterobacter cloacae
total genus	134
structure length	364
sequence length	364
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-05-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vysX00

2WV8A 1HL2A 3HG3A 3NDOA 4JTEA 4MJMA 2Y63A 1L6YA 5I3IA 4AWUA 1GVRA 3L2IA 3EWXA 5AN7A 5DXXA 3TU9A 1TPH1 3IV3A 4BFAA 1FBAA 1QO5A 5I3GA 2ZCGA 1D3GA 3V75A 4FNQA 4IX0A 4JNMA 1W31A 3MJYA 2UV8G 5D2TA 2E6AA 3W3OA 4ADSA 1W54A 4MY1A 2NX1A 1BKSA 3CB8A 4JXCA 1XDMA 3O6DA 3HBLA 4O18A 2VKZG 3DFNA 1X8FA 2GPTA 3HQ1A 3L5MA 3ZWTA 3G1YA 3OVRA 3NL2A 5CPNA 1Z41A 3RLVA 1W1ZA 1H7PA 4IMEA 2QEZA 2ZRXA 4N2YA 5HR7A 4MY8A 2C15A 2WNQA 3U8GA 1P4CA 1JJKA 2PRMA 4NNCA 5EL1A 1NVMA 1ZY9A 3NNTA 1KA9F 4AVFA 2GQ8A 3HGOA 4UTMA 1MEWA 6TIMA 1VYSX 3TE9A 5FF4A 4O28A 4NUWA 3KRZA 3IVSA 1SUXA 5DBTA 5LGXA 3I7QA 3TNOA 4DPPA 4FXSA 3MP4A 4O19A 2VELA 1XXXA 2Y7EA 4M6PA 3MYPA 1OF8A 4MJZA 2OCZA 2BZNA 3L5LA 4JTHA 4N4PA 3TFCA 4NQ1A 2OX1A 2HTMA 3W1AA 3IVTA 4E0CA 3C56A 1C8VA 4JTJA 3RNDA 4LRTA 4Y90A 3NQGA 2Z0IA 1PCKA 2E5BA 4UFHA 2P0OA 3BLEA 3MW7A 2VFHA 3LX9A 4O14A 3ABSA 2B4GA 2C1HA 4I7WA 1XUZA 3PG9A 2XN1A 3B0PA 3O16A 3WK1A 2QAPA 4FB7A 1XBYA 1K7EA 1ONRA 1EP3A 4MOZA 3M5XA 2OJPA 5TBOA 5HNRA 1MEIA 4LVFA 1Q6RA 1XCFA 3Q58A 1JCXA 5HWMA 3E49A 4LUIA 2QUTA 1O60A 1VS1A 3NZ1A 4ZVJA 1O5XA 2EAWA 1I2PA 3PY2A 2X2GA 4JTIA 3CLMA 1P0KA 1K7FA 1VC4A 1VQTA 1XM3A 1R2RA 3DAQA 5CZ0A 4PODA 5K4ZA 5K2ZA 1S5VA 5F2IA 4CCCA 1AL7A 2QJIA 1QNVA 3QF0A 3MHGA 1W3NA 2Y70A 1EPXA 4JTUA 3S1UA 3MP5A 5HQEA 1K03A 1FXQA 3GAKA 3L0NA 3UWYA 4EIVA 2H90A 2G95A 2VEKA 5D2XA 4MFDA 1JCNA 5E93A 3WJWA 1ZCOA 3S5YA 1V7YA 3UWQA 1QPOA 3WK0A 3INPA 3SFKA 1TIMA 3DFOA 3N73A 3GK0A 5DCDA 2ABAA 2RKXA 1IF2A 1TREA 3LERA 1S5WA 1HFBA 1ICSA 5CZTA 4O0KA 4S2BA 2DJLA 2CLFA 3TAKA 3Q37A 1OFPA 4O12A 1UUOA 1TTPA 4DO4A 2B7NA 1S5TA 3BO9A 1L6WA 3KHJA 5F1VA 2DZWA 2YCEA 2TYSA 4E38A 1GVFA 1KFLA 1EWDA 3PUOA 1KM3A 5EYWA 2BX7A 4M5PA 3S5OA 4CQ8A 3PULA 1QO2A 4WUIA 1EP2A 4NZJA 1GVQA 3ABOA 4RXFA 2E77A 4UC5A 8TIMA 3R12A 3PBWA 4K39A 5HUOA 1ADOA 5DY2A 1DORA 4I9AA 2A2IA 4XKYA 3P82A 4O10A 1R47A 3BLFA 3W1QA 5FF7A 2A4AA 1QAPA 1P1XA 1H60A 3EKLA 3S8HA 2RDUA 4FIRA 4FNPA 1JULA 4IGHA 1DQWA 1OYAA 4ZQNA 2GVJA 1LYXA 3PUEA 5C5YA 5K7JA 1LBLA 3G1VA 1VGAA 3W76A 1GVOA 3SY5A 4O1CA 2C14A 2J24A 2YW4A 3SECA 2FPVA 1UASA 4MLRA 2DZTA 1UB3A 3G3MA 4Z0JA 1A53A 4XTIA 4JGDA 4RZ5A 1VCVA 1F76A 3LV5A 5CKSA 1M7PA 4NNAA 1H7NA 4MY9A 3JR2A 3LM7A 2J9YA 2Q3OA 1JUBA 2ZFAA 2Y88A 4LC8A 3S5ZA 3DFTA 3NQDA 1BWKA 1IIGA 1OFRA 4YCPA 5AHNA 1TRDA 3HG2A 2J27A 5KZDA 3S0CA 4QNEA 3GXPA 2DU2A 1TJPA 2ZTJA 2DZSA 3O05A 1YADA 3P80A 4LC6A 3HB9A 5HMSA 4RR4A 1E51A 1CI1A 2ZA3A 3MO7A 3TSDA 1RV8A 4A2SA 1KM1A 1H1YA 3N9SA 5BRBA 4X3ZA 4QM1A 1LRNA 3DFQA 1TPVA 4N4QA 1FCUA 1QOPA 2CLHA 2G5WA 4EF9A 1DV7A 2VFEA 4LTSA 1PV8A 4XUGA 1MO0A 5J5DA 3GVGA 4GC4A 4Y9AA 2ZZ2A 2YGYA 2Q8ZA 1FX6A 1UUMA 3NQ2A 5AHMA 1YPIA 1ME8A 1FDJA 1Q6QA 4ADTA 5IM51 3W2LA 1PE1A 4UMAA 1QCWA 2H8XA 3HPZA 3GIYA 3OG3A 4M6QA 1GT8A 4Z1DA 3EWYA 2X1TA 1OX6A 1OFBA 1Z42A 3KVKA 2FB3A 3LHZA 3T4CA 4ZMGA 4QJ1A 1H7OA 4JYEA 2NXIA 3W85A 3TAOA 5G2WA 3DI1A 1VZWA 3LCXA 3UPBA 2V30A 4UUIA 1SZNA 3DXIA 2Y6ZA 3NM3A 3KRSA 3M5YA 4XZ9A 2DZPA 3W1XA 3L0GA 3P67A 3W2NA 1O5KA 4Y6GA 1GTHA 1HG3A 4JTFA 5TQLA 4AWTA 3W7GA 2I14A 1TTIA 1NFBA 3P5ZA 1J4EA 2JK2A 5AHIA 2FDSA 3TA6A 3EXSA 3E9AA 1OYCA 3L65A 1QPRA 1YYAA 1JCJA 4ORMA 1X7FA 4GNJA 3FS2A 3EB2A 5CG7A 4FO4A 3W7MA 3TR2A 3BARA 2E6FA 4TO8A 1ME9A 2QCEA 1TPC1 5FESA 3LHVA 4AWSA 1K8YA 1H50A 4JD4A 2VEPA 1BEUA 1K02A 2ZQ0A 5KINA 1O4UA 1R46A 2QJHA 4GRSA 4ADUA 1W5PA 4YL2A 1WBJA 3QEZA 4FNRA 2EF9A 3NA8A 4O50A 1G7VA 3RK8A 1N7KA 4WXZA 4RLIA 1F6PA 2WSRA 1MEHA 3WJSA 3OEXA 3EWBX 4DF2A 3MP3A 1VLWA 3TXZA 1YTEA 3TW7A 1ICQA 3W7QA 3PVFA 3PUDA 4IMDA 2VXNA 4FNTA 1LOLA 2V82A 2I9EA 3O06A 4L4LA 1WOAA 2Y61A 4RCXA 5D03A 4WXYA 5D04C 3LHYA 4CQ9A 3HMJG 3UY8A 1G4SA 5EY5A 1VHCA 2V5LA 2WQPA 3MHUA 1EB3A 4BI7A 3QW4B 1PL9A 3BK0A 3W1RA 3PS7A 3W72A 1EUNA 2FJKA 3BG3A 3W1UA 4O57A 3L21A 3BGGA 1FUYA 1M5WA 3PF3A 4I7UA 1SO5A 5F2MA 4JYDA 3R89A 1A5AA 3NXFA 5D32A 5CGQA 2YFNA 5CZSA 1G6CA 4IMFA 2TMDA 5D2WA 4IPIA 3MUXA 2QDGA 2Y62A 3NPXA 2P1FA 2Y89A 5F2LA 2V5BA 4YCOA 2ZA1A 3QMTA 3P61A 1YXCA 1LTDA 4UFLA 3LRLA 3W7PA 4ORIA 2CZEA 2WJZA 2R91A 4FIQA 4ZQMA 5IBXA 3NVTA 3TSBA 1Q6OA 4AMAA 3HG5A 3LCWA 5D30A 4H4IA 5AOUA 4JX4A 1TPWA 3P84A 1LM1A 5FF0A 4LS0A 3QQ0A 1NAL1 5L6UA 3F4NA 5AYZA 2NWSA 4BI6A 5AYXA 3R13A 2DJXA 4JTKA 4W9TA 4GUJA 1I4NA 3A5VA 3DU0A 3PBUA 1O94A 4C1KA 3G0UA 1QMLA 4FF7A 2WOQA 3F03K 4LNYA 5EBUA 1GQNA 4X9SA 3T78A 2QCMA 2V2CA 3A22A 3IIVA 4XBKA 4ALDA 4LS2A 1RPXA 1UCWA 5D2YA 1NF0A 2E6YA 3W9ZA 3M41A 3TJLA 1ZAIA 1DVJA 3L9CA 5T26A 4LVDA 3TMLA 4OHQA 4E2BA 4XKYB 3TXVA 3BW4A 3TV8A 5CSRA 1UBSA 4O4WA 2X30A 4MPQA 2YSWA 3PBYA 4WQ6A 2F7FA 4LV9A 3TCEA 3QSRA 4C1LA 1W5OA 5FF2A 2X1RA 5HINA 3T55A 1H7XA 3W84A 3S42A 4OV4A 4UTUA 1TPUA 2ISWA 3UXDA 2CLMA 5LNVA 1L9WA 2PRHA 3NQMA 3E02A 4PA8A 4DO6A 1SFLA 2QF7A 3TQKA 3W2JA 4K7VA 3T7VA 2PE4A 3R8RA 3LBCA 4HSNA 3TC7A 3A23A 2FPYA 1KV5A 3AJXA 2YW3A 1ZALA 3GDKA 4GFSA 4JDBA 3GNNA 3TX9A 3UPWA 5KZMA 5AHFA 3QFEA 4TMCA 3W1TA 2JKAA 1AL8A 3DFPA 1T99A 1SFJA 3DBPA 3WJZA 3C2RA 2CZFA 3KVMA 3PC0A 1FDYA 4GJ1A 3UWZA 4GUFA 1IGSA 1RQEA 1VH7A 3HOJA 3UWUA 3IIZA 4UTTC 4FX6M 3O07A 3EX3A 1T96A 5G4EA 4Y96A 1IXQA 2G96A 5AC8A 1TQXA 3D0CA 3W86A 3NPWA 4FX7A 1I2RA 4NZFA 4EOUA 3BVJA 4R33A 5G1TA 1X6UA 4QNWA 4N6FA 2O7QA 4HNVA 3W7RA 4JY8A 4MKNA 2J6XA 3CWNA 3B4UA 1SO3A 1SSDA 1DL3A 3FJLA 2YX0A 4HT3A 4KWWA 2XFWA 3LGEA 3DFSA 4Z08A 4IX2A 4UR7A 4GXMA 3O1NA 5K3VA 1W8SA 2VOMA 1JUEA 2NZLA 1OX5A 2C16A 3E0IA 3ABRA 3ELFA 2OZ0A 1XBXA 3N34A 4AF0A 4O1BA 2ZRZA 4IJBA 2ATMA 1DKWA 3LLFA 1F7BA 3IVUA 3W07A 4X22A 1H51A 5E0KA 3G0SA 5I3KA 3G8RA 2NUYA 3G1AA 3CHVA 2IQTA 5G2IA 4RV8A 2W6RA 2E6DA 1H7WA 1EA0A 3WJXA 3IGSA 1NF7A 4UMCA 1DBTA 2R94A 2YDAA 2QR6A 3TH6A 5LKYA 2Y7GA 3B0VC 3W7DA 2AAMA 1I8JA 2BXVA 4MYAA 4IXXA 1KM5A 1KFJA 3L66A 4POCA 1YDOA 4WX2A 5BOOA 5KSWA 3C8FA 3BG5A 4OBTA 3M5ZA 3NQVA 2ZA2A 5D02A 1HO4A 5G1YA 1RVGA 3K30A 2CW6A 3CQ0A 5I3FA 1P5BA 4JTLA 5EA9A 3IGXA 5CPLA 4MZYA 4CLMA 4HHPA 1F2JA 3P74A 2GJLA 1XFBA 1R30A 1XC4A 3NQ8A 3SSJA 1FWNA 4FEZA 2TPSA 1QPQA 5AFDA 1XI3A 3QSTA 3HGSA 3M1ZA 3FIGA 3LB0A 2FIQA 1KLYA 2BLEA 3UYCA 3QPZA 4LRSA 1ZNNA 1M6JA 3UXAA 1VYRA 3SGUA 3GR8A 3W1MA 3W7JA 3I7SA 4UFJA 5U7SA 3QZEA 5DLCA 4GUHA 3RFAA 5LNWA 2X1UA 2ZZ6A 2H6RA 3QJAA 3FA5A 2XN2A 4U4MA 2C0AA 5GVJA 3VNDA 3GR7A 2J88A 1QFEA 2QCLA 1IIHA 3CIWA 1W37A 2QAFA 3A24A 2NXHA 5EPDA 1OFEA 3M44A 1AW2A 1JRBA 3NPVA 3KX6A 3W7HA 4TU1A 3GXTA 1D3HA 3BV4A 4A3UA 1A5CA 2NUXA 1AW1A 3HPSA 3LCIA 4RX0A 2D73A 4O53A 4HNUA 3NQCA 4YWIA 3U2OA 3SZ8A 1B9BA 4DXVA 3S1VA 1W56A 2QCHA 3ANYA 2WSQA 3DH7A 4M6VA 3G18A 3G1FA 4K6AA 2DZXA 1KFEA 3QPYA 3L0KA 2DORA 3O8AA 4ZQOA 2VC6A 5KZEA 6ALDA 3UNDA 3F1QA 1OX4B 4O0ZA 4Q4KA 3G1XA 5KTLA 1LOSA 2WKJA 1LZOA 3EX2A 3W23A 3N2XA 3C61A 1Y0EA 4GUGA 3W2MA 2ABBA 5BNKA 4GWEA 4ML9A 5G4WA 1C29A 3L68A 1D9EA 1ZFJA 2V2DA 1A50A 2WPBA 4N9BA 5K4XA 3TSMA 3FJ6A 3VFLA 1IXOA 3GZ3A 4WOZA 1VJIA 2QCDA 1F05A 1OABA 4M19A 1EP1A 5LZLA 3GDRA 2FQIA 1TV7A 1NEYA 2EHHA 4FNUA 3MHFA 2QCCA 3B03A 2JKEA 3LOTA 3S5NA 2CLEA 1KV8A 1X1ZA 2FFCA 4FHAA 3NQFA 1W5NA 4K8HA 3TC6A 4O11A 4O54A 2QUUA 3C2VA 3GKAA 3H55A 2E1DA 5CZJA 4P2VA 1WOBA 3LCLA 4M7SA 3GDLA 1S3HA 3KXQA 3C0JA 2VEMA 4JTTA 1H7RA 4WD0A 3ABQA 3RMJA 1PS9A 2JKPA 5D05A 3TIMA 1ME7A 2BWGA 5LGZA 5I3HA 3NR0A 3IIOA 3QMRA 1HTIA 1OFOA 2Y7FA 4RZ4A 5CPOA 4K8EA 4TIMA 1WA3A 2ZZ5A 3O15A 5K9XA 3SJ3A 3NGJA 3DENA 3VI2A 4CQAA 1KM2A 2JGQA 4PL1A 5A5WA 1Q3NA 3MI2A 1JUKA 3B05A 4X2RA 2GQAA 1RQHA 1LLWA 1VR6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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