1VYS | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	364
structure length	364
Chain Sequence	SAEKLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLYHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGYLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Enterobacter cloacae
publication title	Atomic Resolution Structures and Solution Behavior of Enzyme-Substrate Complexes of Enterobacter Cloacae Pb2 Pentaerythritol Tetranitrate Reductase: Multiple Conformational States and Implications for the Mechanism of Nitroaromatic Explosive Degradation pubmed doi rcsb
molecule keywords	PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
total genus	134
structure length	364
sequence length	364
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-05-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vysX00

4O57A 4WXZA 1F7BA 4ZQMA 4HPJA 4GUFA 1MXSA 2V8ZA 3EWWA 4UR8A 4LC6A 5CSRA 4DEFA 1M7OA 1EWEA 4TX9A 2CU0A 4CNNA 4HSNA 1GZGA 5G4EA 3MYPA 1PCKA 3FOKA 3LRMA 4GJ1A 2FPVA 3ZFHA 1JRBA 2VXNA 3QSRA 3SFKA 1ZY9A 4H4IA 1TB3A 2EPHA 3PUOA 3STEA 1TJRA 4IQLA 1QWGA 4YL2A 3UPWA 1OVDA 3PWAA 8TIMA 4LU0A 1GG0A 2A1YA 3UYCA 2E09A 2VEMA 4GE8A 4NZJA 1TPH1 3TDFA 5DY2A 5EBUA 1BWKA 3F03K 5KMYA 1DQWA 2ZA2A 3T44A 1NEYA 3LLDA 3I65A 3OHIA 3TAKA 2A21A 4WOQA 5FEZA 1JJKA 2JKEA 1W37A 5EPDA 4PH6A 2CLHA 4ALDA 4OHQA 4IMEA 1XBZA 3MWAA 5KITA 1GOXA 1DHPA 4LUIA 3RK8A 5CG7A 3G3DA 3VKJA 4Z1AA 4O53A 1VLWA 2FB3A 2AAMA 1S5TA 4FF7A 1TPEA 4O50A 3NG3A 3N73A 4MY9A 3STFA 5HUOA 2ZQ0A 3S5NA 3ABSA 4UMAA 4OV9A 5LNVA 3LHZA 4HKPA 3TC7A 1EP3A 4LS2A 4PA8A 1XCFA 4LRSA 1XDMA 4CQ9A 4A22A 1SPQA 1VH7A 4CCDA 5I3JA 2CLOA 4JX6A 1RD5A 1PE1A 5AYZA 4HPXA 3T4CA 3ZR4A 3NEVA 4K36A 1KFCA 3TJLA 4AF0B 3FS2A 1XBVA 2ZRWA 2OCZA 3QW4B 3I7RA 3LV5A 2G97A 3UY8A 3LTPA 5F2GA 3O07A 3LXBA 3GZ3A 3B0UX 4ORMA 2X1TA 3QPZA 3W7HA 4N4QA 2V2CA 4CQ8A 3FFSA 4ZQRA 3U2OA 3S1VA 1EP2A 5AHEA 1EUAA 1UJPA 4WUIA 1TPB1 1DKWA 1ME9A 2A0NA 1RQBA 4MFEA 3IVUA 2WV8A 3ZWTA 3JRKA 5FESA 4NJKA 3T40A 3TXVA 2DZTA 3UWWA 5HWNA 1SFLA 3D0CA 1WV2A 1O5XA 2A7NA 4RK8A 4UUIA 2I9EA 3WJSA 3CU2A 5A8GA 4IUOA 4FIQA 3UXDA 4R53A 2QCHA 3SR7A 1TMHA 2B7OA 4LVBA 2G95A 2ZZ5A 4N4PA 5DN1A 1YTDA 4UTHA 2YR1A 1OFOA 3S0CA 3W2LA 1KLYA 4JTTA 4K38A 1Q6QA 2TMDA 5T26A 3HGSA 4GBUA 5CPMA 5BMXA 4OV4A 1TQXA 3CPRA 1R47A 3W22A 4O12A 4MJZA 4AVFA 5MHBA 2V5BA 2PE4A 3TV8A 1BTMA 4LOCA 2OJPA 1X8FA 4LVGA 3C2RA 5D32A 3W7MA 1FUYA 2Q3OA 2ZTKA 2G5WA 3G1YA 2VFEA 5BMWA 3NQ6A 3TH6A 2QCMA 1MSSA 3P67A 1F5ZA 1B3OA 4ZQOA 4JTKA 4IX2A 3PY2A 5C2XA 2Q3RA 3ATYA 4R34A 3V1PA 2ZCGA 1GYNA 2CZFA 1VRDA 3GAYA 3MHFA 5AN7A 1IXOA 4PC8A 4JY8A 4XTIA 1ZENA 1HTIA 3M0ZA 1LBFA 4N02A 3QYQA 4PTNA 7TIMA 1T99A 2EKCA 3VFLA 2KZHA 5BW6A 2BZNA 5EA9A 2A6LA 1O5KA 5CPNA 1F73A 3VE7A 3EKLA 2W6RA 1QOPA 3CT7A 4WOZA 1GTEA 3N19B 4NJJA 1ZCOA 4D2JA 4Y96A 2CLLA 1JUBA 5EKYA 5I3KA 3BLEA 3SY5A 1XC4A 2A6NA 3GLCA 1S5WA 3C3NA 4RZ4A 5AC6A 2B7PA 4DPQA 1OYCA 1Q45A 1K3UA 4UTIA 2HS6A 1B4EA 2Y6ZA 4IXHA 1K8YA 3W86A 4XBKA 3GDTA 3HIJA 1W5NA 1FDZA 5HINA 4LV9A 3BVJA 4QM1A 4GFSA 2Y62A 3O6YX 5AC7A 2QCEA 4UNLA 3S9YA 1K03A 1EIXA 1P0KA 3W74A 4WX2A 3S1WA 2FJKA 3W7RA 3IIOA 2OX1A 1ZNNA 4LVFA 3OVQA 3N9SA 2QUUA 4TO8A 3A23A 4UXDA 4HHPA 4IMCA 3A22A 3NQCA 2VFDA 1YYAA 4I7WA 2JK2A 5D38A 3O8AA 4C1LA 4MYXA 3NAVA 5FEPA 2FIQA 1ME7A 5DELA 1TRDA 5H91A 4OBTA 1WQ5A 4M6PA 4JR5A 4NNAA 2YDAA 2VENA 1TCDA 3IIVA 1OABA 3IGSA 3CWOX 1H1YA 1QO5A 2CZDA 5IBXC 2CLMA 3KRZA 4FNRA 2QUTA 5FF3A 3BLIA 4ZQPA 3FA5A 2W79A 4ML9A 4NUWA 2DZWA 1EP1A 4OGZA 1XDLA 5KTLA 1YLVA 3SECA 2QCGA 2QEZA 1YPFA 4X2RA 3RFAA 4JGDA 4O16A 3EXRA 3HQ1A 1OK4A 2CLEA 4RR4A 2CZEA 2WSYA 1IXQA 3W75A 1GVOA 3NPWA 1JR1A 4Z1DA 2ZZ2A 1O60A 1G7UA 4L4MA 4FO4A 1ADOA 1OFDA 2R94A 3DFNA 3M43A 5F2MA 3P5ZA 2CZ5A 2VOMA 3P74A 1F6KA 4UMBA 2QCDB 1WBHA 3RNDA 2ZFAA 2GJNA 1TTJA 4K37A 3OEXA 4KKXA 1Q3NA 1NFBA 3HGOA 2QDGA 2ZBTA 5K9XA 1TV7A 1I8JA 4XWUA 4JTIA 3MHGA 3G1HA 2HS8A 1LM1A 1D3HA 1VPXA 2C15A 5I3IA 4UFKA 3M5VA 1OHLA 3EWUA 3L5MA 3EXTA 1L6WA 5D2TA 4GC4A 5F4SA 3DFOA 1VHCA 5F1UA 5G2HA 1H7PA 1SSDA 2DORA 1K8XA 1LBLA 3UWUA 1VS1A 3DHDA 3HG4A 1L6SA 4M5PA 3R89A 5LHEA 4TU1A 2WKJA 3DI0A 1F05A 4X9SA 3L66A 2JBMA 2B7NA 2H90A 1K7XA 3A5VA 3W71A 3W7GA 5DCEA 4YCOA 1AL7A 4EOUA 3MJYA 1Z42A 4OQVA 3L0NA 5HWMA 3GX9A 4ADSA 4NT0A 4O4WA 4H3DA 4K8HA 2JGYA 2R91A 1JULA 1QCWA 3W7DA 1KTCA 3PUDA 3EX6A 4ZL1A 3MP3A 3LHYA 4AMAA 4N6FA 3G1AA 3BV4A 1B57A 3DKJA 3TMLA 5HUPA 4TR9A 1AK5A 1UUOA 3S1XA 2YPIA 4UFLA 1W56A 2ALDA 2VFFA 1JCJA 2VEPA 1LCOA 3CC1A 2I14A 3M6YA 1FWWA 4WZHA 4N9CA 4DXVA 1EPXA 3LX9A 3TAOA 4XKYA 4ADTA 1Q6RA 2P10A 1BWLA 3B04A 1R30A 4ORIA 4XZ9A 3L9CA 5TBOA 1X1ZA 2ATMA 3L5LA 4S1FA 3W7LA 4LC8A 1WDWA 3PG9A 3W1QA 1QPOA 3TSMA 1ICQA 1N55A 4N9DA 1Z44A 3LV6A 2A5HA 4P2VA 4MZ8A 2GVGA 1A5AA 2C1HA 3HG2A 4HNTA 3R12A 3VE9A 1BKSA 3LBMA 1TPVA 2ZRXA 5EL1A 1P0NA 3WFAA 2DZVA 5SWUA 2YCEA 3T78A 3DH7A 4OU1A 4O28A 2C14A 3G8RA 2DP3A 1W5MA 3CLMA 3CM4A 4GUIA 3S1UA 4CQAA 1HO4A 2I1OA 3P8IA 1PS9A 5F2IA 1JCXA 5KINA 2X2GA 4LS0A 3DAQA 1JCYA 5DCBA 3LB0A 1KTNA 1GYLA 2GQAA 3B4UA 3W2MA 3P8JA 4O54A 3NXFA 1JRCA 4NX0A 4Z08A 4AHPA 3GKAA 3TROA 4Y9AA 1CW2A 5AOUA 1XXXA 4O17A 4BF9A 2EHHA 3TNOA 3HG3A 1FWRA 2V2DA 3DGRA 4A29A 3HG5A 1JUEA 1HO1A 2PURA 4JTEA 4UFHA 5F2LA 4NJGA 2Z1BA 2J88A 2OMAA 1HG3A 1C29A 2BLEA 3BGJA 3PF3A 1M6JA 4G1KA 2PCQA 1RPXA 2X30A 4UIOA 3ELFA 1G6CA 5D2XA 4RJEA 3DI1A 1I2QA 4FXRA 2NUYA 3W70A 3PAJA 4MZYA 4YCPA 2TYSA 3W7JA 2YW4A 3NQ8A 3N3MA 3GIYA 1K7FA 3KRSA 4EF9A 1ONRA 3W7CA 1GVFA 2E6YA 5AHIA 1TREA 4QAIA 1G4TA 1ZALA 1SU5A 2C0AA 3BPWA 4UR7A 2Z6IA 3TQKA 2BTMA 1AW5A 3QRHA 5EY5A 3W9ZA 3G1VA 4O1AA 3W6YA 4JTGA 3BLFA 2Y7FA 3BW3A 1NAL1 2V82A 3O63A 1I2OA 5D04C 3F1QA 5AHFA 3NQVA 4FNUA 4IPJA 2GPTA 2H3DA 1M7PA 3TA6A 4QNEA 2VEKA 2NXHA 5C55A 2PC4A 2NX9A 2TSYA 4YLWA 3FEMA 3P61A 1KFBA 3DFQA 4XQ6A 5CKSA 1LBMA 4Y6GA 3N9RA 2H8XA 5AYYA 1V5XA 3W7PA 3IVSA 4BI5A 4S2BA 5LZLA 5IBXA 3DU0A 3S5YA 4AXKA 3O6DA 3TJXA 4L4LA 3PC0A 3O05A 1K02A 3QZEA 1OF6A 3KFTA 5D2YA 1JQXA 1QPRA 1EUNA 3W1UA 4LVDA 3W1LA 2H6RA 3E9AA 4X22A 4MY8A 3MBFA 1DL3A 2QCNA 4E2DA 2J9ZA 4UTWC 2HMCA 3GVGA 1ICSA 3W1NA 5LGZA 3W7KA 1W54A 5GVJA 3Q2DA 4NXKA 3QF0A 1A50A 3TW6A 3N14A 5HR6A 2QF7A 1OK6A 2WO5A 5K9CA 2TPSA 3KOFA 3NPUA 2VFHA 3C52A 3TIMA 3LHVA 3TQ0A 4N9EA 4JD4A 1Q6OA 5DLCA 1H60A 1FY6A 3UWZA 1G4SA 4FX6M 3HPSA 4OWGA 4EIVA 1OX6A 3F4WA 4JTSA 3T55A 3MUXA 1MZHA 4HN4A 5EYWA 3DENA 4AAJA 1YDNA 2CWNA 1GVRA 2CFFA 4ZVJA 1U83A 2Y61A 3TXZA 2DZUA 3O16A 3P82A 4XKYB 3O06A 1FDYA 2C19A 3PSVA 4MOZA 3M5ZA 4IXXA 3LERA 2QAFA 5LNSA 1I2PA 4KFNA 4FX8A 4NNCA 1OX4A 1VQTA 2YGYA 3UWQA 3UQNA 1C8VA 4BWLC 3LCIA 5CSSA 3ANYA 4FNTA 3O6CA 1SZFA 4ONVA 1HUVA 4NXSA 3W23A 3CB8A 1O4UA 2PRHA 2LLEA 1OF8A 3BARA 3FIGA 4RLIA 4K6AA 3W85A 4DF0A 4M7SA 4RKAA 1SW0A 2C16A 3UXAA 4IMDA 1QPQA 2QAPA 2X1UA 2BX7A 4BK9A 1TPDA 4AB4A 3MHUA 1TTPA 3BG5A 1LORA 1PHQA 4JX5A 4ZZ9A 4EF8A 3PB2A 3HJZA 2A2IA 3NM3A 4FNQA 2E5DA 4BI6A 3W3OA 4IPIA 1J4EA 2FPTA 3KRUA 2QKFA 3W7NA 4UTJA 2W0UA 4UTTC 4O8RA 4IMFA 1RZMA 3SGUA 3L0KA 1KLZA 3STCA 1ZJIA 1QDSA 3A24A 4O0KA 3QFEA 1H61A 2A7RA 4Q4KA 1DBTA 2V0TA 3C2FA 1F2JA 1QFEA 3BG9A 5D09A 2YW3A 4JTFA 3LTYA 1VCVA 4O10A 4QNWA 3OIXA 4BR1A 4U4MA 4MYAA 3NGJA 3CQ0A 4JEQA 2FFCA 4JTHA 1H62A 1WBJA 1XM3A 3LRKA 1V7YA 4N9BA 3G3MA 1UB3A 1JCMP 4I7UA 2J27A 3FKKA 4WQ6A 3VI2A 1PL9A 2OZ0A 4N2YA 2BXVA 1TRIA 3OG3A 3EX2A 1LLWA 2XN1A 1TSIA 4CNOA 4UC5A 1WOAA 4NX5A 3H55A 1SO3A 3NM1A 1DJNA 2E68A 5J5RA 2Y7DA 3Q94A 3WK0A 2AQWA 2NLIA 2V2HA 4O19A 1GJPA 1MO0A 1W31A 3EWYA 3WJWA 3KVMA 2UV8G 3MI3A 3ABOA 1DQXA 2ABAA 3HMJG 3NZ1A 5LKYA 2GQ9A 3CWNA 5HJLA 3C56A 4GNJA 4O52A 3DHFA 1LYXA 1PHWA 5D37A 2Y7EA 5G1YA 4JICA 4IMGA 1H1ZA 2J9XA 3A5FA 3BGGA 5AHMA 3A9IA 4KWVA 4A3UA 2J9YA 4HNUA 3S6DA 3CHVA 4I9AA 2Y85A 4QIUA 4FEZA 1C9DA 4GXMA 3TSBA 1L9WA 5I3GA 3HGRA 3W1RA 3HBLA 3SI9A 2E5CA 3IGXA 1Y0EA 3M47A 1YPIA 1VCGA 3M5YA 2ZZ1A 3G1DA 4AHQA 3CIXA 3W7QA 3LCLA 3TE9A 5AC8A 3PM6A 1QPNA 4O11A 3UWVA 1XKYA 2R14A 1DVJA 1LTDA 1OFBA 1P5BA 2NWSA 4AHOA 2NX1A 4LW7A 2F84A 3E12A 1KM6A 1OX4B 1T8XA 3NQ2A 1SO6A 3C8FA 2VFIA 1H50A 4KFOA 4NVTA 3C6CA 5DCDA 4GWEA 3L65A 3THQA 4WJEA 5K9DA 1GPWA 3NR0A 2A7PA 5AHLA 3EB2A 1VYSX 4UTWA 3P81A 1R2TA 6ALDA 5BNKA 1W3NA 2Z6JA 4TIMA 4AH7A 4HIBA 4MY1A 1VZWA 3M1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1VYSX

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