1W1Z | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	319
structure length	319
Chain Sequence	VHRPRRLRRTAALRNLVQENTLTVNDLVFPLFVMPGTNAVEEVSSMPGSFRFTIDRAVEECKELYDLGIQGIDLFGIPEQKTEDGSEAYNDNGILQQAIRAIKKAVPELCIMTDVALDPFTPFGHDGLVKDGIILNDETVEVLQKMAVSHAEAGADFVSPSDMMDGRIGAIREALDETDHSDVGILSYAAKYASSFYGPFRDALHSAPQFGDKSTYQMNPANTEEAMKEVELDIVEGADIVMVKPGLAYLDIVWRTKERFDVPVAIYHVSGEYAMVKAAAAKGWIDEDRVMMESLLCMKRAGADIIFTYYAKEAAKKLR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The X-ray structure of the plant like 5-aminolaevulinic acid dehydratase from Chlorobium vibrioforme complexed with the inhibitor laevulinic acid at 2.6 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags	Lyase
source organism	Prosthecochloris vibrioformis
total genus	108
structure length	319
sequence length	319
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2004-06-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1w1zA00

3VNDA 1RR2A 1FCVA 3KVLA 1TTQA 1VC4A 2E5BA 4IXXA 3W1PA 3EWZA 1FWWA 2E6AA 2JK2A 4ZQOA 1V7YA 4O54A 4PCFA 1JQXA 2ISWA 2Q8LA 4NUWA 5F4SA 4EOUA 1T96A 1ZAJA 3G0UA 1B57A 3TC6A 2E77A 2FB2A 1IIGA 2WPBA 3NQVA 4ZVJA 3LOTA 3TJXA 2B7NA 3C8FA 4DO5A 2BSLA 3G8RA 5K4XA 3W71A 3GNDA 2CZEA 1K03A 1VCGA 2C16A 1QO2A 3MP3A 3Q2DA 1SSGA 4UFJA 4IGHA 4AWUA 2NUXA 3HG5A 3VKJA 1GVQA 1TPH1 3T55A 5HWMA 1K8XA 3BW3A 3SY5A 4NX5A 5EYWA 5EL1A 1AG1O 1NAL1 2I14A 2QUUA 5FI8A 4ZMGA 3B03A 5HUPA 1KV8A 1JUKA 3M5ZA 3ATZA 1EEPA 4Q33A 1VS1A 2ZZ6A 3TQKA 3KX6A 3IVTA 1WQ5A 1P0KA 1HO1A 3S5ZA 4O16A 4IX0A 3GXNA 2VKZG 4HPXA 3O1NA 3NQGA 1PHWA 1H7OA 3NXFA 4GXMA 3L9CA 2QCNA 1W5PA 1YTKA 4IWWA 3LERA 2O7SA 3EWWA 3PG9A 5LSMA 3W85A 1DL3A 3RLVA 3MI6A 1KLYA 1EPXA 3P81A 2FPVA 2AQWA 1J4EA 3FYPA 4OQVA 1YPIA 3O6YX 3PC0A 4QITA 1W5MA 1YTEA 1LRTA 4ZQMA 2GJLA 2HSAA 3M5YA 2TPSA 4WD0A 2WV8A 4YMZA 1HL2A 3GAKA 3O6DA 5DXYA 3EB2A 3UY7A 3QFEA 5G2HA 1AMKA 1RPXA 4JDBA 3TC7A 3W6YA 2VEKA 1ME8A 2DJXA 3LI1A 2VELA 3O16A 1A5CA 2ZZ7A 4QQ3A 2CLHA 1W56A 2FFCA 5KITA 2DJLA 1UUMA 5AHLA 5E0KA 3WK1A 3BPWA 4XTDA 1YDNA 4HN4A 3W1RA 1LORA 2CFFA 2Q8ZA 2YDAA 1ZFJA 1KBJA 3DH7A 5BMXA 1OJXA 2X30A 1XCFA 1VQTA 3C3NA 1FBAA 3PAJA 2A6NA 2FPYA 3HGOA 2DU2A 1C9DA 5C5YA 4HIBA 3I68A 2C13A 3YPIA 4HPJA 2QAFA 1ICQA 4ICNA 3W1TA 3MJYA 3T78A 1GG1A 1SPQA 4MZ1A 2NX1A 1H63A 5F1VA 2PRLA 5D02A 3W1AA 4WY0B 1AK5A 4Y96A 2XFWA 4Z1AA 3NPUA 1N8FA 2G5WA 3W7LA 1H60A 3LCFA 4Y9AA 5GVJA 4MKNA 1ME7A 5A5WA 4NXKA 4O0ZA 1XUUA 4JTGA 3HG4A 3P60A 1J2WA 1K8ZA 1BWLA 1T99A 3PSVA 3OBKA 1W3TA 2ISVA 5EA9A 5AHIA 4PC8A 1IF2A 2J6XA 3OIXA 3VE7A 3DHFA 1F7BA 2J9YA 3G1VA 1Z44A 1M6JA 2YZRA 4BWLA 2E1DA 2X1TA 1H7NA 2ISSA 4FNSA 3NEVA 3W22A 3UWZA 2ZRUA 3TUUA 4UMBA 5E93A 3E96A 4POCA 1LOSA 4LRTA 1X7FA 2PURA 2VFHA 2ZDRA 3W7GA 1JUBA 2WKJA 3LI0A 4JD4A 4JYFA 3LHVA 3DBPA 1WDWA 3R13A 4DPQA 1L6SA 1ZALA 2ZRYA 3U8GA 3W1XA 4CQ8A 1XI3A 3LB0A 4GNJA 4QISA 4AWSA 1PCKA 4XQ6A 4L4LA 1DORA 3W86A 3EWBX 3EXTA 1K3UA 3NR0A 4YXGA 3TE9A 4HKPA 3BW2A 5CPLA 4MY1A 2QCGA 4ZQCA 4NT0A 5I3HA 1QPRA 4BI5A 2R8WA 4FNUA 3TAOA 3W2NA 3DENA 4UTLA 5J5DA 3BV4A 2ZFAA 5CZ0A 2C18A 2QCFA 3EEGA 1GPWA 3TW7A 2OCZA 3M0ZA 3EWUA 4MJMA 3E49A 3B4UA 6TIMA 4WQ6A 2IQTA 2JKEA 4JYEA 2Q3OA 3LCXA 4UC5A 1QCWA 4FB7A 3O07A 3P74A 5CSRA 5LHEA 4M6VA 2A0NA 2CLEA 2QCCA 1G4PA 4UXDA 4NJHA 2A7PA 5LGZA 1G4TA 1FY6A 3NNTA 2CLLA 4I9AA 1SUXA 3KVKA 1FWNA 4UTHA 5KZEA 3BLEA 2HTMA 4UTTC 3NQMA 4NX0A 3DFSA 2VFIA 1OFOA 4MLRA 1JULA 2ZYFA 4NNCA 2GPTA 3PBVA 5AHMA 3FYOA 1VZWA 3LDVA 2NZLA 5TQLA 4JYDA 5EMUA 1XDLA 5AHNA 2GJNA 3TSDA 4ADSA 3DFOA 5BRBA 1Q6RA 1QPOA 3G1FA 3HF3A 1W5NA 5AOUA 7TIMA 5TBOA 4K7YA 3O6CA 3OG3A 4AVFA 5DBUA 4MYAA 2Z2UA 3LXBA 4YWIA 3B05A 5AYZA 3L5MA 3P5YA 4N2YA 1IXNA 3W7HA 1RZMA 2W0UA 3HPSA 2CZ5A 1BWKA 3W88A 3P5ZA 3SGZA 3H55A 1B3OA 2YPIA 5BNKA 2YCEA 3RFAA 2V5BA 5K9CA 4R34A 5HQEA 4DBEA 5L9FA 3EX4A 4K8HA 2V8ZA 5KZMA 3DKJA 4JDYA 1XC4A 3QQ0A 4O1CA 3TJLA 1VGAA 1I2QA 5G5IA 3HG3A 2YW4A 1DV7A 5D05A 1OFDA 4K7VA 2Y7FA 3T4CA 1B4EA 1KFKA 1YTDA 2QCEA 3L2IA 1BTMA 1O94A 2J9XA 3QQ1A 1Q6LA 3P62A 1OFRA 4EF8A 3LCIA 3UXAA 3JR2A 1FWSA 2ZZ5A 1QOQA 3LCGA 4IJBA 4KFPA 1GVRA 3TFXA 4M19A 4QAIA 3GDKA 4Z0JA 3LTPA 1VJIA 4WOQA 1KTCA 2ZQ0A 3W7IA 1GWJA 2NV2A 3G1DA 4RK8A 2DZTA 1JCYA 1XBYA 4A21A 2QUVA 1QPQA 4JIQA 1RQEA 3C2VA 4LU0A 3PB2A 4C1LA 3QRHA 5AB3A 4TO8A 4MFDA 1W0MA 5FEPA 4ALDA 5K9DA 2Z0IA 3EWXA 4LY8A 4MYXA 4Q4KA 4U28A 4GUFA 4WY0A 3M41A 3CU2A 2F7FA 4LRSA 1F05A 2DZWA 3LBMA 4Q32A 4H3DA 1DQXA 1EWEA 3IGUA 4NQ1A 3W7KA 4CLMA 3FKKA 1K7EA 1YYAA 2XN0A 3LCLA 3OHIA 1GJPA 3S5NA 3FIGA 1X1OA 3R89A 5C6MA 3W1MA 4MY8A 1ZHAA 3UWQA 4N6EA 3W7MA 3M16A 4ORMA 2FIQA 4XBSA 3TX9A 2ZCGA 3E9AA 2WOQA 3MYOA 3QPYA 1KM6A 4OU1A 3WJWA 2VFDA 5D2VA 2OT0A 4FXRA 4N4PA 2H6RA 2R94A 2X2GA 3C2RA 1VCFA 2A4AA 2V9DA 3E12A 3F4NA 1GQNA 3TAKA 5G2WA 5D03A 4XTIA 2FPTA 1GYNA 4LUIA 1LYXA 4W9TA 3UZ5A 1WV2A 4DQWA 3NA8A 5ABTA 1LLZA 4GUGA 4UTKA 1OYBA 3L0GA 3UPWA 3PR2A 3W84A 3T7VA 2Y7GA 3C0JA 4QJ1A 3QYQA 1F2JA 2GQAA 4AHQA 2QEZA 1VR6A 1GTEA 1VHNA 2PCQA 2XN1A 3W83A 5HWNA 4O4WA 1SO6A 1SW7A 4CCDA 3B0VC 3O05A 4AWTA 2CZFA 4PL2A 3HPXA 2KZHA 4K36A 4YCPA 4QIUA 1FX6A 4DO6A 1ALDA 4LS0A 1GT8A 1W5OA 2V2DA 1TO3A 2WSQA 5EPDA 3PSWA 4DF0A 2B7QA 3GR8A 1QOPA 3QPZA 3C4UA 3N34A 5FF7A 4ONVA 3W70A 2BLEA 3MP5A 4UMAA 1SFJA 4RZ5A 4DPPA 5E1QA 3S5OA 1IGSA 3L0KA 4QSHA 4DO4A 3A5VA 4NJJA 2RFGA 1W3IA 4JTIA 1N7KA 3LHYA 3M5VA 4UR8A 4AB4A 3IGXA 1KW1A 4I7UA 4N02A 1TTPA 1TIMA 3KRSA 1GOXA 3PY2A 5AYXA 1H5YA 2LLEA 3LTSA 4N4QA 5FEWA 1QMLA 4LVDA 3W1NA 3GX9A 3F1QA 5BW6A 1QPNA 4FX8A 3TA6A 5FF0A 5HINA 1YLVA 3HBLA 4ZQRA 1B4KA 3UWYA 5G4EA 2YXGA 4S2CA 2Y70A 3NZRA 3ZS4A 2Q3RA 1KM5A 2BXVA 3R12A 4LV9A 3EKLA 2DZPA 3HJZA 2VOMA 3A5FA 4FIRA 1JCXA 1PS9A 1W31A 3GZ3A 4M7TA 4S1FA 1KLZA 1MEIA 3RU6A 4JTUA 3O06A 2YGYA 1R30A 3LGEA 3TMLA 3W7PA 3NQ6A 4HT3A 3TSBA 2Y89A 1CX9A 5LNRA 2C19A 1TCDA 1QNVA 5K4ZA 1Z42A 4MOZA 3HMJG 2BZNA 3S1XA 1A53A 1ME9A 2PC4A 4OHQA 1WBHA 1JR1A 3R5EA 1JCJA 4FX6M 5K3VA 1PE1A 2B7PA 5HWJA 4QM1A 1UJPA 3M7WA 1J5TA 5D30A 4RCXA 4Z1CA 3W2KA 1W54A 5D09A 2PRMA 1OFAA 2V0TA 4B5NA 3FJLA 4JTFA 3TNOA 4AHOA 1MXSA 3FS2A 1LROA 1XL9A 4RXGA 3CLMA 2BTMA 1WBJA 3I7RA 2CLMA 4IOTA 4JX5A 1EWDA 3NPXA 1VRDA 4I7VA 1IXQA 2QCMA 3HQ1A 1FCQA 2QF7A 4DF2A 4XUGA 5IBXA 1XKYA 4L4MA 3S42A 3NAVA 5U7SA 2J88A 3MUXA 5D33A 4P61A 3U2OA 4BWLC 2HS8A 4K37A 3ABRA 1VYSX 2E5DA 2GVLA 4RR4A 3UPBA 3WK3A 1OX6A 2B0MA 2DZUA 1KTBA 4GUIA 4WXYA 3QSRA 1PL9A 5DCDA 3F03K 2G95A 1JUEA 1UUOA 4LS2A 3HPZA 2NXIA 4O57A 4LVAA 3KXQA 3NPWA 3LX9A 2QCDB 4M5PA 3L21A 1DHPA 4JY9A 4NJGA 4JX4A 3NQDA 3TR2A 3OEXA 1UB3A 3TDFA 1LDCA 3B0UX 2F84A 1H51A 3QMSA 1ZAIA 2NX9A 1WOBA 1G7VA 5LZLA 1EA0A 1RVGA 3QSTA 2VEMA 1M5WA 4KKXA 2Y63A 6ALDA 5F2IA 3NQ7A 1OF6A 1A5BA 4OBTA 3W7JA 2TRSA 4O50A 2RDTA 3IIXA 5AC8A 3RNDA 1DBTA 3CHVA 2C6QA 4TR9A 5DBTA 5C54A 3A9IA 3E02A 4D2JA 3I7SA 4AF0B 4X2RA 5EKYA 3FEMA 3GYEA 3DI0A 3CEPA 2D73A 4EVZA 4ML9A 2E6FA 3WFAA 4H6KA 2Z6JA 4N6FA 2EKCA 3P84A 3W7NA 3S0CA 3ABSA 2OMAA 4TX9A 3KAOA 3GDLA 2VXNA 4XKYA 2H3BA 2X1UA 3IIPA 2DZXA 3DZ1A 3TU9A 2NV1A 2X1RA 3NQFA 2BX7A 4LUJA 3TV8A 4N9BA 4TMBA 2QR6A 5LNWA 3W2JA 1VLWA 3F4WA 4WOZA 5G1YA 1I2OA 2YFNA 3MO7A 5FEZA 8TIMA 4KWVA 5CZJA 3G18A 2GQ9A 4A2RA 5AC6A 2CLKA 1LTDA 1NF0A 1XUZA 1SW0A 4S2BA 1FDJA 3ELFA 3NL6A 3W76A 1KFJA 1SU5A 1TREA 1KM4A 3HGJA 4FNTA 3UWWA 4AMAA 4IMGA 2JGYA 3NL3A 3BK0A 4RZ4A 2NWSA 4AEOA 1OFEA 3N73A 2TYSA 4E2BA 3ZFHA 4OV9A 1TPC1 3LCHA 1ICSA 1GYLA 3L65A 4E38A 3EXRA 2P1FA 3M43A 3PBYA 2VC6A 3STCA 2YW3A 3HG2A 3CIWA 2H90A 3KHJA 3PWAA 4UUIA 3DGRA 5AYYA 2NWRA 5D2TA 4K6AA 1KFCA 3C56A 4TIMA 5F1UA 1N55A 2W79A 3OVRA 2RHGA 4FO4A 3W2MA 3BG3A 4IPJA 4JNMA 3A24A 1W3NA 3KRUA 3M1ZA 3W07A 2JKAA 3M47A 3FFSA 2Y7EA 2I9EA 1MZHA 1ML1A 3EKZA 4JS3A 1VYRA 3KVMA 1O95A 1C8VA 1TYGA 5LNUA 4O1BA 1W37A 2CLFA 3AJXA 4DELA 1JRBA 1LZOA 3KFTA 1T0OA 2Y7DA 3C6CA 1GVSA 5HULA 3LHWA 3MW7A 3GKFA 4RXFA 5DCBA 1LRNA 1VCVA 4WUIA 3OA3A 1FWRA 2C14A 2WQPA 1AW1A 3C2OA 3V75A 1OF8A 2FLIA 4E2DA 3IGSA 5I3GA 4O19A 4YL2A 1PCWA 3B8DA 1V5XA 1PIIA 5DLCA 3N19B 3AO0A 2ZRWA 5EBUA 1UBSA 4X22A 4PA8A 5K9XA 2GUUA 2QJIA 3GNNA 5CZTA 3FOKA 1ZJIA 4IMCA 5BOOA 2GOUA 3PM6A 4K38A 3MYPA 4JN6A 5F4WA 2A21A 3THAA 4H4IA 3EX1A 5HNRA 1K7FA 1LRQA 1ONRA 3H54A 2E09A 3W3OA 2PRHA 1TV7A 4LC8A 3LHTA 5F2LA 1M7PA 2RDWA 1W8SA 4LT9A 4RKAA 3M6YA 3QMRA 3STEA 3D0CA 3M5XA 5AFDA 3SJ3A 1AW2A 4LWWA 3G0SA 1OX5A 3GIYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1W1ZA

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