1W1Z | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	319
structure length	319
Chain Sequence	VHRPRRLRRTAALRNLVQENTLTVNDLVFPLFVMPGTNAVEEVSSMPGSFRFTIDRAVEECKELYDLGIQGIDLFGIPEQKTEDGSEAYNDNGILQQAIRAIKKAVPELCIMTDVALDPFTPFGHDGLVKDGIILNDETVEVLQKMAVSHAEAGADFVSPSDMMDGRIGAIREALDETDHSDVGILSYAAKYASSFYGPFRDALHSAPQFGDKSTYQMNPANTEEAMKEVELDIVEGADIVMVKPGLAYLDIVWRTKERFDVPVAIYHVSGEYAMVKAAAAKGWIDEDRVMMESLLCMKRAGADIIFTYYAKEAAKKLR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Prosthecochloris vibrioformis
publication title	The X-ray structure of the plant like 5-aminolaevulinic acid dehydratase from Chlorobium vibrioforme complexed with the inhibitor laevulinic acid at 2.6 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus	108
structure length	319
sequence length	319
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2004-06-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1w1zA00

1CW2A 3G1VA 1BWLA 1SO4A 3BLIA 4JTGA 4RXFA 3PB0A 4NJHA 3L66A 1QDSA 3L9CA 4LU0A 4IMEA 4IMDA 3L0GA 2C15A 4TR9A 5G1TA 4WOQA 3PG8A 4M19A 5IM51 4LUJA 1WA3A 1XBZA 1GVFA 5BRBA 5LNVA 3STFA 1WDWA 4LTSA 3H54A 2OT0A 1R2RA 3GNDA 3W7OA 1G4TA 1NF7A 5D32A 3UPBA 3H55A 1ZCOA 1PCWA 5DLCA 4JTUA 3NXFA 4A22A 4CQAA 3O63A 4RJEA 4HN4A 4CQ9A 5EKYA 3NQDA 4LW7A 2E5DA 1GZGA 1Q6OA 3PBVA 5LHFA 1VPXA 3WFAA 3EWUA 1K7FA 2Y63A 3GDMA 4J9JA 2CZFA 3LOTA 3CTLA 5FESA 3L2IA 3HB9A 1V7YA 2V9DA 1XBXA 1AG1O 3DH7A 2WNZA 3PF3A 1NSJA 1HTIA 4UTWC 3IGXA 1H51A 3CU2A 1QO2A 3L5LA 4WD0A 1VYSX 3ELFA 4UFHA 3LI1A 1VC4A 3W7IA 1RZMA 2DZPA 4LV4A 3TQKA 1AK5A 2CZ5A 1TV8A 4A2SA 2FB2A 5CZJA 4PA8A 2Y62A 2ZZ6A 1X7FA 1GVQA 5HUPA 5K9DA 3TQ0A 1TPFA 1LBMA 4UTJA 3C8FA 1G4EA 3LX9A 5TBOA 4UXDA 3UZJA 1R30A 1O4UA 2A4AA 1EP3A 3EB2A 2H8ZA 3DAQA 1TQXA 1JRCA 1RQEA 3W7JA 5CKSA 1IF2A 2VEIA 2JKPA 3GDTA 4JN6A 4KKXA 1G6CA 1GPWA 2JGQA 2C0AA 1VZWA 5D02A 1ZAIA 3DENA 3S9YA 4O57A 3MI6A 3W7GA 3Q37A 5F2MA 2YW4A 4N9EA 5CZSA 2GVJA 3LBCA 3MBFA 2HMCA 1I2PA 1UASA 3CQ0A 4WXYA 1YTDA 2ABAA 1TRDA 1KLZA 4MZYA 2YW3A 2WSQA 3ABQA 3M5XA 4UCGA 2CWNA 3VE9A 4PODA 4IUOA 1IXQA 5AB3A 3LM7A 4AVFA 4O54A 3W7DA 1NFBA 1DORA 3OVPA 4K8EA 1H7NA 5L6UA 3PULA 2CU0A 4FB7A 3G8RA 2C1HA 1OF8A 4IMCA 4JS3A 4WX2A 1IXNA 1VRDA 3TE9A 3SR7A 4BWLC 5F4SA 3P74A 3VKJA 2CZDA 1RR2A 1K8XA 1QPRA 1YADA 5K7JA 3GKFA 1LM1A 4M6VA 4O1DA 4ZQOA 1QPNA 5LGZA 4JXCA 3VCRA 4HSNA 4NUWA 1G7VA 2HSAA 1UCWA 4M7TA 1SO6A 2G97A 2ZA1A 2FJKA 3W1MA 1H7RA 2YYUA 4K7YA 2NV2A 3W70A 3QW4B 3N2MA 4MUZA 5D30A 4I7WA 5L9FA 5D09A 2YDAA 4P2VA 5U4NA 3S5OA 3TH6A 3A21A 1AW5A 3N2XA 3CWNA 2ZRXA 1AL7A 4KFOA 4M6PA 3LXBA 1C9DA 3RNDA 4O53A 5AOUA 3W2UA 2Y7FA 1H50A 4MFDA 2NZLA 2NXIA 2TYSA 1F6KA 3QSRA 3ZFHA 5C2XA 4XBKA 1FXQA 3N9SA 2GPTA 3S5ZA 2YCEA 3SSJA 4O10A 3W07A 1NF0A 4JDYA 5DELA 4FNSA 2H6RA 2DZTA 3O15A 1M5WA 3FLUA 3CM4A 4X22A 3FYPA 4GUGA 4PH6A 1I8JA 4FEZA 1F05A 3ZS4A 1K8ZA 1OX4B 4K6AA 2NX3A 5FI8A 1KFBA 3W23A 4WXZA 2VEKA 1HO1A 4IWWA 1R46A 5EY5A 2AQWA 5HWNA 3E96A 1OFPA 1AW1A 1EEPA 1KA9F 3NPVA 4FX6M 3PC0A 4NXSA 3W1NA 4UMAA 3NQ8A 3W6YA 1XUUA 1GYLA 3B06A 1RQBA 1DJQA 2Q8LA 2NUWA 3NPUA 4IX0A 1N7KA 3KAOA 4DPPA 4MLRA 4FF7A 3TIMA 3CB8A 3W2LA 1T96A 1O94A 1W5NA 3PSVA 4HPXA 3WK1A 3W1UA 1H1YA 3LDVA 1JCXA 4UC5A 1O95A 3BLEA 2AAMA 3E12A 3NPWA 1I2QA 1G4SA 1O5KA 2ATSA 3G1AA 3JRKA 1GOXA 2WSRA 3G0UA 3UWYA 3P8JA 1XKYA 1ZAHA 3ATZA 3NQ7A 2BSLA 5HINA 5I3IA 3W7PA 3E02A 4OT7A 4O16A 4MJZA 4M6QA 3TKFA 2ZFAA 1G69A 4S2CA 4ICNA 1R2TA 2ZCGA 3AO0A 3W7EA 2X1SA 1TPVA 3HBLA 2E1DA 3NVTA 3QRHA 4JTJA 3LRLA 4QNWA 5K9CA 1OVDA 1G4PA 4CLMA 4HKPA 1XXXA 3KVMA 3E49A 2DP3A 4K38A 3WK3A 4MLJA 4IXXA 3DFQA 3PG9A 5D37A 1JCNA 3M43A 3OEXA 3QZEA 1ME7A 3DFSA 3IGSA 5C6MA 4Y96A 3C2VA 1WBJA 1XDMA 1SR9A 4ORMA 3LBMA 3ZWTA 3HPSA 4AWSA 4N6FA 5E93A 1A5SA 2HTMA 4DO6A 1ME9A 1TJRA 4EF9A 3TC7A 4OV4A 3M1ZA 4XKYB 2A85A 1H5YA 3IVSA 4C1LA 4O1AA 4FNPA 5GVJA 3UNDA 2ZTJA 4QQ3A 3LRMA 3K30A 1GVOA 2PE4A 2C16A 2VELA 2VXNA 3STEA 2NX9A 2BX7A 3TSDA 2VFDA 5AYZA 1S5WA 3C2OA 3DI0A 2FTPA 3M7WA 2QCLA 4O52A 3GZ3A 4JEQA 4NX5A 4O50A 2NXHA 2DZXA 3PM6A 3CC1A 1CI1A 3W1XA 5HR6A 2ALDA 3NL2A 3O6YX 1I4NA 1Z42A 4IXHA 2GQ8A 3S0CA 3CIWA 4JYEA 1ONRA 3NPXA 1W54A 3M6YA 3LHVA 3LHTA 3N3MA 3W7RA 3MJYA 3EEGA 2ZRVA 3F4WA 4O0ZA 5KMYA 1P4CA 1TTQA 3QF0A 3N34A 3LXCA 4ZL1A 3EXRA 4Z1CA 3OBKA 3E0IA 2YGYA 1HFBA 1FBAA 3RLUA 3QW3A 4N9DA 4JGDA 2Q3OA 2FLIA 2QDGA 5DXXA 1JCLA 2VFEA 1BEUA 4K7VA 1D3HA 2E6DA 4NVTA 2G5WA 3F1QA 4M5PA 3NQFA 1OX6A 1JCJA 3TC6A 2ISVA 1OYAA 3NOEA 4CNOA 4JTFA 1KFKA 1W5QA 2NV1A 2TSYA 1GTEA 4IOTA 4UTTA 3O06A 1MEIA 4UFMA 3R5EA 1KFLA 3RLVA 3C52A 1TPH1 1TPUA 1LBFA 3LI0A 1TRIA 2DJLA 2CLMA 3MHGA 5D33A 3C3NA 4YXGA 1AW2A 1ZNNA 3MP4A 2A7RA 5CZTA 3F4NA 3VFLA 3TMLA 2ZYFA 3H53A 1UUMA 3MI3A 1U83A 3NM3A 3PBUA 4LS1A 1X1ZA 1YXDA 1KM0A 2NUXA 2X2GA 1XL9A 2B7OA 5DY3A 5D2WA 3FJ6A 1K02A 1IXPA 2A7NA 1YDVA 3NQCA 2J9ZA 1KM3A 1FWNA 2EGZA 2XFWA 2ZRYA 5AC7A 4Y90A 4PL2A 5K2ZA 1QFEA 2NXGA 5HQEA 1BWKA 4LS0A 1M7PA 1JCMP 1SFJA 2ZA2A 3NQ2A 3RFAA 3C61A 2RDUA 2GQAA 1F76A 3RF9A 1K03A 3NAVA 3I68A 1LOQA 5KITA 2TPSA 1QO5A 4AWTA 1QOQA 4O12A 3M41A 2BTMA 1VYPX 4JTHA 4OGZA 3MO7A 1JUEA 4YCOA 4ALDA 3NQAA 1LYXA 1Q6LA 1TV7A 3C6CA 4IPIA 2OZ0A 3T78A 2F7FA 3FIGA 1W3IA 3W85A 1SQ7A 4H6KA 3OHIA 4L4LA 3GDRA 1KBIA 2OT1A 2W6RA 4RK8A 1EP1A 3NEVA 4GRSA 3HQ1A 3PB2A 4ADSA 2E6YA 2PRMA 3EWWA 3C2FA 2RFGA 3SY5A 3TNOA 2V0TA 2VC6A 3THAA 3HG2A 1A5AA 4XQ6A 4KFPA 4LOCA 4DBEA 1SO3A 1WAUA 2JKEA 1KFJA 3NM1A 2TMDA 4JYDA 3R2GA 4WJEA 3C0JA 1W3TA 2I9EA 3CPRA 3L5AA 1LORA 3HGOA 3ZWSA 1JRBA 3OVQA 3W1TA 5AHNA 3TFCA 1VLIA 4OHQA 3G1FA 3W7KA 1QCWA 1GVSA 2V5BA 2VENA 4Z1BA 1Q6QA 3LHYA 3UWWA 1KBJA 2ZZ1A 3Q2DA 1RPXA 3STCA 1A5BA 2Y61A 2CFFA 3MBDA 3UWQA 2VEPA 4MPQA 4K37A 4X2RA 1J2WA 4GC4A 2QCMA 4FIQA 3W71A 4NJKA 1ZAJA 4E2BA 3L67A 4QJ1A 4AXKA 3TAOA 2QUTA 3TU9A 3FFSA 1KM2A 4IMGA 4A29A 1LRNA 1ICPA 2FDSA 3P62A 1J4EA 1ML1A 3QEZA 4LVDA 2DJXA 5D03A 3EWZA 3S8HA 4JDBA 5EA9A 4JX5A 1FQ0A 1W37A 2Q3RA 2CW6A 2EKCA 2V8ZA 4JY8A 1HUVA 4Q32A 2R8WA 3V75A 3QH2A 1VS1A 3UD6A 1MEWA 1W1ZA 5AHEA 3KVLA 1GEQA 2E68A 1DBTA 2PURA 4ML9A 3KRZA 1N55A 1U5JA 5LGXA 2Y88A 4UMCA 3BGJA 3QMSA 2A6LA 1ZFJA 1H63A 3N19B 5G2IA 3MI2A 3DXIA 1JUKA 1DV7A 2F84A 2NUYA 1W0MA 5TIMA 4UTKA 3GR7A 1WOAA 1PHWA 3GXTA 6TIMA 3L5MA 2Y70A 1Q6RA 3ANYA 4WOZA 3O07A 3B8DA 1JCYA 3HF3A 3BG9A 3P5YA 4ZVJA 1YXYA 3G1SA 2C14A 4GJ1A 2ISSA 1WQ5A 2QDHA 1AMKA 1Y0EA 4K8HA 3WJXA 3W1AA 5LKYA 3LERA 4FIRA 1P1XA 4LV9A 3U2OA 3M5ZA 1ZHAA 5AC6A 1F6PA 2A2IA 5H91A 3USBA 3R13A 1YTEA 1KFEA 4LUIA 1JQVA 2X1UA 1TPB1 4Z1AA 2YPIA 3TV8A 2WV8A 1H7PA 5FEWA 3W1QA 3LHWA 2GVGA 3Q94A 3N9RA 3TFXA 1YLVA 1KW1A 3A5VA 4MZ1A 1ICSA 4TMCA 1OHLA 3O6CA 1ZY9A 3QC3A 1L9WA 3RMJA 5DN1A 1B3OA 1MXSA 3NR0A 1SO5A 4UUIA 3PBYA 4E0CA 1FY6A 3W2JA 4GUFA 4A2RA 1OFBA 4GUIA 3KFTA 3P5ZA 3IRDA 3B03A 4JTKA 5G2HA 3T44A 2CLKA 4RKAA 1YYAA 5HUOA 5CZ0A 3LCGA 5KZDA 2NWSA 3HIJA 3GNNA 3M44A 4ZQMA 1K7XA 5HR7A 3GDKA 4Q33A 2E09A 4I9AA 2QCFA 1RQHA 3LXAA 4UFIA 5G4EA 1I45A 3B0UX 3STGA 5AFDA 2ZTKA 4QITA 1ZALA 1IIGA 1KV8A 3NGJA 4BI6A 3S5YA 4O18A 2CLFA 1LROA 1FUYA 1MSSA 3DGRA 4QISA 3AJXA 4UTTC 1OABA 5F1VA 2QCGA 2Y89A 4FNRA 3S1VA 5KINA 2RDTA 4AF0B 3C56A 1I2RA 5F4XA 1QMLA 5HNRA 4HHPA 2ZZ4A 1C29A 3JS3A 1ICQA 2J9YA 5IBXC 3TUUA 5FF2A 1SW3A 4WZHA 3IIOA 3SI9A 1R2SA 1LBLA 3FYOA 4HNTA 3BARA 1KM6A 3GX9A 4O11A 4JTIA 3R12A 3GYEA 4OU1A 5AN7A 5TQLA 1ZENA 4OV9A 2UV8G 3PUDA 4LVAA 3HG4A 4LRTA 3L0NA 3MWAA 2CLEA 3W74A 4O19A 3LHZA 2AGKA 2Z0IA 3NZRA 1F74A 2WNNA 1EWEA 4MY8A 1VQTA 4JIQA 1FCVA 5EPDA 3SGZA 4TMBA 5SWUA 4GWEA 1PHQA 2JBMA 2WO5A 2ZZ2A 1FDZA 2ZBTA 4EVZA 2X16A 3N14A 1LZOA 3O16A 2YZRA 3HJZA 1OFDA 2QAFA 5EMUA 3LCIA 4AMAA 3NDOA 4NT0A 3INPA 1ALDA 4AWUA 1QPQA 3TK7A 4GUHA 1X6UA 1D9EA 3SIZA 1LRQA 3BV4A 4PTNA 1Z41A 4Z0SA 3LLFA 4DEFA 3EXSA 1FWRA 1P5BA 3THQA 3LTYA 2PC4A 4PL1A 5CPMA 2PCQA 1JULA 4ORIA 1OF6A 4NX0A 1FXPA 1SW0A 4WUIA 4LC6A 4LT9A 4UFKA 4AHOA 1GQNA 3SFKA 4Z1DA 4YCPA 2D73A 3RU6A 4O14A 5BMXA 2V5LA 2P1FA 3W22A 4N2YA 5FF7A 2HS6A 5EBUA 3LB0A 3N73A 1NVMA 3LCFA 3WJSA 1FWTA 4XWUA 2FIQA 3UXDA 3M9YA 3W3OA 3W7HA 1FX6A 3QMTA 4X9SA 4S1FA 1SZEA 3BO9A 3IIZA 4U28A 4C1KA 4WY0F 1VR6A 5G4WA 1EP2A 2DORA 2OJPA 2DZVA 1L6WA 1GVRA 3G1YA 4YLWA 3M5YA 3G1DA 3KXQA 1XCFA 3QYQA 1OYBA 5E1QA 1TTJA 2J24A 2C3ZA 3ABOA 1F7BA 4PC8A 4WY0B 3G18A 2ZRZA 3G3DA 2CLHA 1VHCA 1PL9A 2A7PA 5CPLA 3GXPA 4NQ1A 3A9IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1W1ZA

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