1W2VA

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
GLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHTLVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNEYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 138
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w2vA00
3FY1A 4JFSA 1CGVA 2WHKA 2VL4A 1E70M 1W9XA 1UA3A 1UKTA 3VDHA 1BGGA 2ZIDA 1PIGA 1CPUA 2D1ZA 5CPTA 5C70A 3VILA 2VX4A 1UD2A 1GUVA 1JZ3A 2WBKA 1GQIA 4GXPA 2ZXAA 4D6EA 3THDA 4W5UA 4R27A 1E4MM 3CTTA 3WEMA 2ESCA 4AYSA 1VBUA 2BVTA 1CIUA 1UG6A 1UWSA 3TTQA 4WIWA 2WKGA 2Z1KA 4D71A 1Q6CA 1NH6A 3AJ7A 3O6AA 3N9KA 5A6BA 4GI9A 1VBRA 2RGMA 1E56A 2CIPA 1G0CA 4FLSA 5IHRA 3WQ8A 4QAWA 1KR0A 4JFVA 1MFVA 4MB3A 5GNZA 1EGZA 1AVAA 1FOBA 2W4XA 4J3UA 3LMYA 1H11A 1CGTA 2VQTA 3B9EA 2PWDA 2ZX7A 5TD4A 2D23A 2PI6A 2ZUSA 2VRQA 3QOKA 1VFFA 2EO7A 2FDMA 4Z2IA 1E9LA 1ITXA 4AZHA 2ZX8A 3DYMA 4AMCA 2WMHA 3A4XA 1XSJA 5CSYA 3PBGA 1ISZA 5GNXA 3CHCA 3W81A 2PF0A 5EB8A 2WMIA 3QHMA 3OLDA 5A2CA 4M1RA 4Z2KA 4F9DA 3N13A 1MVYA 5BWFA 3ZOAA 2YA1A 1JDCA 3B8SA 5D9NA 3TP4A 2WW5A 4UZUA 4PN2A 1HJVA 3QR3A 3W27A 3CUIA 3K4AA 3RCNA 6A3HA 1HIZA 4H2CA 4OOZA 4C7FA 2WSPA 4MAVA 1BLIA 1EHAA 3CHFA 2GK1A 1J0JA 3BGAA 1EOMA 2CYGA 4P8WA 2AMGA 7TAAA 2ZX5A 4W8LA 4WSJA 4W5ZA 5D4YA 4JKLA 1QI4A 1KBKA 3VNYA 4CU7A 1E55A 3PZQA 3POHA 2TAAA 2WVVA 2VX7A 4WK9A 4HOXA 1H2JA 1CWYA 4R5EA 3MANA 4ZXOA 4J3XA 2XFRA 1G1YA 1M04A 4JHZA 4V2XA 1UZ4A 1Y7VA 8A3HA 1TVNA 1NARA 2J7DA 1RPKA 5JIWA 2JE8A 1C8QA 1DWJM 4UFMA 2NT0A 4HA1A 1C90A 4XV0A 1EA9C 5E0CA 1XSKA 1E3XA 4DWSA 4OIFA 3VIMA 3KEHA 1K9DA 1V08A 4A3HA 1ODZA 2NT1A 3U7BA 2G3MA 2JIEA 2D22A 3SIMA 2E40A 1UOKA 2YBTA 3QGVA 2JEPA 1W9DM 2WSKA 1V6XA 1BG4A 3MMDA 1V0NA 3OZPA 4AIOA 1BTCA 3ARPA 3BAXA 1R7AA 1HP4A 2OSXA 3BAIA 4M80A 4QLKA 4LYQA 1X6LA 1TCMA 1U33A 4TXEA 4W7VA 3ZJ8A 4PMOA 2PBOA 4FF5A 3CMJA 3UETA 1UD3A 3MS8A 1AMYA 1WB0A 1NWUA 4DWSC 2W62A 1JL8A 3L2MA 2FHCA 3BAWA 1WPCA 3BCFA 5ABFA 3AI0A 1DEDA 3EDKA 5DT5A 2DSWA 2YOCA 1JYNA 5F7UA 3EMZA 1JI1A 3AMKA 5E6ZA 4A4AA 3FN9A 4X9YA 1CEOA 4AIUA 1QHOA 1C8XA 1Q6FA 1MFUA 3TA9A 4B15A 4AZ6A 1MXGA 1BYCA 2NSXA 3B9AA 1CNVA 1PZ3A 3WFLA 2E0PA 2VNCA 2XVPA 1Z32X 4J28A 1VEMA 1X6NA 4JCLA 4MNLA 3WQWA 2WMIB 1TR1A 1A3HA 4D6JA 3VO0A 1Q6EA 4WKAA 4HTYA 1ZBVA 4ML4A 1UWQA 3VGEA 5AYBA 1FH9A 3AMLA 4D6FA 5HXMA 1GQKA 3WSUA 3ARRA 1BFNA 1HVXA 1UZ1A 4URIA 4AZGA 1UD6A 2DGAA 4H04A 3WF4A 5CLWA 3VMNA 2WC3A 4MDOA 1P6WA 1US2A 5KZ6A 2WXDM 4QCFA 2XVLA 1BGAA 1B3WA 3OBAA 5A8MA 5D8WA 1EO5A 3CHEA 1JXJA 4LQ1A 2GK1B 2WZEA 1EHNA 4MB5A 1WNOA 4GKLA 2FGLA 3W26A 5FOOA 2EPLX 1QBAA 3PZTA 2WMKA 5CSUA 1NWSA 9CGTA 1KBBA 4H7VA 3THCA 3WD1A 1LWHA 2J25A 3CUHA 3VMOA 3D3AA 3WUFA 4AISA 1B3VA 5LA1A 1O7AA 1V0LA 1E72M 1H41A 1UH3A 4UQAA 4P8VA 2J7BA 1R87A 2WVVB 5DF0A 1MW1A 4D1JA 3UR8A 4UFJA 2VX5A 3I3DA 3T2PA 4RL3A 1EOKA 3K8KA 3IK2A 5GNYA 2EEXA 4BA0A 2BY0A 1C92A 2VR5A 3WNPA 3GXIA 3VVGA 4CGTA 1DWAM 3FXYA 3PZVA 2BXYA 2AAAA 3L4WA 4DWSB 3HMCA 1UUQA 5AY7A 2Y2WA 3PZMA 2W63A 1CLVA 1WZAA 1X1NA 4B16A 3U5UA 3FHQA 3OA5A 1QW9A 1XSIA 4PSPA 2J7HA 1VJZA 4PRWA 5D8ZA 2XSAA 3WNMA 4UQBA 5BXPA 1ISXA 1J0HA 5GPRA 3AMDA 4J3WA 1J9YA 1HKKA 5ABGA 1K9FA 3CUFA 3L4XA 3G6LA 5JUVA 3VDCA 1ISWA 5CJ5A 2Y4SA 2F61A 3W29A 5LYRA 4UQEA 4PTVA 1JFXA 5D9MA 4AEFA 1EQCA 3ZQ9A 1JNDA 3W6MA 1LL7A 2D0GA 4ZE4A 1UWRA 5AYIA 1UWUA 1IZKA 2WLYA 2D0HA 2YA2A 4M8UA 1J11A 2YLAA 3VGHA 1LG2A 3IAQA 3NIYA 3U5YA 1KFWA 2QLYA 2ZUUA 5EFFA 2X0HA 3SCOA 2QMJA 1UD5A 2VJXA 3UCQA 1CDGA 2HVMA 4J3VA 3GM8A 4ACZA 1KR1A 5ABFB 3L4VA 1R8LA 2PWEA 4CKQA 1JD9A 1AQHA 2VZUA 1JG9A 3O9NA 1KXQA 4PMNA 1QI3A 3MUIA 3WQ6A 3PTKA 2WANA 4GI8A 4D6IA 1B90A 1XYFA 1HT6A 1GNXA 3WF0A 1FFQA 3SCWA 4UOQA 1HX0A 4AW7A 3ZMRA 4CCDA 4MNMA 1DWGM 1UQYA 3ZT6A 1SMDA 1XCWA 4GZJA 1GHRA 1NP2A 2BFGA 1GJWA 1GJUA 3AYRA 1JZ4A 3RDKA 1H3GA 5D9OA 3VD9A 2F8QA 4TUFA 5JBEA 3TTYA 4UZSA 2DPEA 5A8OA 2QHAA 5A6KA 5IDIA 1D2KA 1JNEA 3AISA 1PJ9A 3BSHA 1M7XA 2BXZA 4FLOA 5BRQA 4JFWA 3T0DA 1U2YA 4U5KA 4CN1A 2XVNA 4P8XA 1BYBA 2AOSA 3WH7A 3WQ4A 3SCTA 3WEOA 4D6CA 1ZBKA 2ZWZA 5HPCA 1XH2A 1H4PA 4PMQA 3K4DA 1NOWA 3VGGA 3N17A 4EKJA 1D7FA 4PBGA 2GVYA 3BAYA 1V02A 3K46A 5IFPA 2JF7A 4ACYA 1JZ5A 2WC7A 3LPGA 1XH0A 3ZSTA 1UR1A 3EDFA 2ZXBA 4FMVA 3VIHA 4RE4A 4PTXA 2XHYA 1MW3A 2ZX9A 1UH2A 4BZYA 4S3JA 3VM5A 3ZR6A 4HU8A 1E6SM 4DUXA 3EMQA 2CBUA 4HPHA 5A95A 1DHKA 1LL6A 3M7SA 2G3NA 4HMDA 4C7GA 1MXDA 4CCCA 4JAWA 3KZSA 4WJXA 5D9PA 4BQ4A 1TZ7A 4YPJA 1QOXA 2CBVA 2XM2A 5LA2A 3CZGA 1CXFA 3AXIA 3DHPA 1V6UA 3VIIA 3VGDA 1I75A 1ZB5A 2WNWA 3POCA 4ATWA 3BAKA 1W1YA 3UG3A 4ZFMA 2A3EA 5C8BB 2MANA 2WVTA 1PZ2A 3SEPA 4P8UA 3WD2A 3BLKA 4J3TA 4Y7EA 5JBFA 4M24A 4FLRA 2WKLA 1B2YA 1KWKA 3MU7A 3WUEA 5I23A 2YKKA 2QV4A 1JFHA 1E6ZA 3GXMA 3BC9A 1V0KA 2WVUA 3SCQA 2BVYA 3WH5A 3SUSA 1VJSA 4UFHA 1K9TA 1QNPA 4ACZB 4CD4A 3AMCA 1H5VA 4PMYA 2JFEX 4E2OA 4NRRA 4NRSA 3VD4A 2IUZA 1UWTA 2Q8XA 1VIWA 5JBDA 4DUVA 4BQ3A 1C7SA 3WDHA 2WHJA 3PTMA 3U7VA 4BCEA 3VU2A 2GUYA 3UERA 3T2QA 2WCAA 5FKYA 3UESA 1FP9A 2G3JA 6TAAA 4W86A 3L4TA 1TE1A 3ALGA 1UKSA 2HISA 3HN3A 7CGTA 2WHMA 1GOOA 4HPGA 1HXJA 4KGJA 1CTNA 1CECA 1E43A 3AZRA 4IM4A 2WPGA 3VIPA 2W61A 4AZ7A 4UOJA 4W84A 5CPSA 4OUEA 4CN4A 3CO4A 1UKOA 2GDVA 2XVGA 2E8YA 1PIFA 2E3ZA 1E40A 5A6SA 2YL5A 3VD5A 1V02E 1ZJBA 1ISYA 3PZIA 1JDDA 1WDRA 3UG4A 1HJWA 5E0FA 1G5AA 3VGFA 2B31A 1JZ6A 1GORA 3CGTA 4TTGA 5A8NA 3CUGA 2QPUA 4W85A 5DFAA 1FHLA 1KXHA 1UA7A 2ZUVA 4HZ6A 5CGMA 4NSBA 1W1PA 1WO2A 2BY2A 4PMUA 2G41A 1BAGA 4CU6A 5EFDA 1ZL1A 5JIPA 4AY1A 3RO8A 1UKPA 3RJXA 4YN5A 3WD3A 1NWRA 1US3A 1JZ7A 2GJPA 1E0VA 1XV8A 5GQBA 1B3ZA 2BHYA 1UR9A 2IXVA 1GVIA 1OGBA 3VUPA 4LYPA 2J8FA 5BXRA 1C7TA 4PTWA 2UY3A 2FH6A 3DYOA 4W7UA 1QVBA 1EIBA 5A6LA 1QHPA 3NSMA 1WKYA 1QNOA 1WAWA 4EAMA 1W2PA 2WWCA 4UFLA 2VOTA 3DHUA 1QNRA 3PTQA 4P7OA 4ZXLA 3VIFA 4Q22A 3RMEA 2XTKA 1JYVA 3DECA 2D3NA 1TA3A 4V28A 4M56A 2X2YA 1B0IA 4Z2LA 1LWJA 3ARUA 2CKSA 1OCQA 2YBUA 4LPCA 3L2LA 1XGZA 4U3AA 3CH9A 1Q6GA 4AD2A 5A69A 2XYLA 2WMGA 2ZUMA 4MNJA 2VCBA 1UWIA 3N15A 1EH9A 3UG5A 2CBIA 2G4FA 1G94A 1PX8A 5I6SA 4OOUA 4QLJA 1VFUA 1W3LA 1PX3A 1E6RA 1UQZA 2C8NA 4A3YA 4ZEPA 4JZ5A 3AOFA 1VF8A 3K1DA 1VEPA 1JZ2A 4L4PA 2YL6A 1HJXA 3T0BA 3RPMA 4AXNA 3W28A 2A3BA 2ZOXA 3AS2A 2IXUA 2XSBA 4PEEA 4U5IA 4WF7A 3WN6A 2VRJA 1E0XA 4CU8A 3W37A 2GJRA 3VKKA 3ZM8A 4PCSA 4C7DA 3SUTA 2A3HA 2WVSA 2CNCA 1XRVA 2GSJA 2J4GA 4P7LA 3FAXA 3AS0A 5I79A 1HL9A 2GDUA 1MW2A 3FNDA 3WUBA 2OWXA 5FCZA 2XM1A 1OSEA 1XC6A 2EBNA 1LLOA 2ZXDA 3AS1A 1JYWA 3W0KA 3CIVA 3PZOA 3SCSA 3ALFA 4W88A 3FAWA 2DSKA 2V3GA 2YLLA 5E9AA 4EK7A 1KGWA 1NM9A 2V5CA 3BXWA 5HNNA 1H49A 2BV9A 3VDBA 4WSKA 5A94A 2PWHA 2VR4A 4MTVA 5IXEA 3TOPA 4JFUA 1GOQA 2O92A 3CZJA 1VAHA 2CBJA 1FH7A 3WENA 7A3HA 1V6YA 5A8PA 1KB3A 4DM1A 2XG9A 3ZIZA 3ARSA 3RIKA 4AIEA 4JHOA 2J77A 4UFIA 2J74A 1WCGA 4ZENA 4ZE5A 1QI5A 3AIRA 5IHSA 1W3KA 2EPNA 1EXPA 1V3LA 3CHDA 3ZSSA 4KH2A 4JL1A 4QP0A 3A6OA 3OLGA 3KL0A 1ZJAA 4PMXA 1KQZA 4LXFA 1MWOA 2ZE0A 2CKRA 3VIKA 1W91A 3WDIA 2O9PA 2XVKA 1E1FA 1ECEA 3UEQA 1GOIA 3I3BA 4KRTA 1CENA 3TONA 4W8BA 1HN1A 2Z1SA 1NOFA 2WZIA 3N12A 2XFYA 2J75A 1CXLA 1KCLA 4Z2GA 1FP8A 3AS3A 3ARQA 1TA3B 2V5DA 4ATLA 2E9MA 2X8RA 4MB1A 2D0FA 4HMEA 4WKHA 4B9ZA 3ZT7A 1E15A 1W9VA 3CLWA 2W92A 3PHAA 4KGLA 3GH7A 4OBSA 3NCOA 4D6HA 4F8XA 2J79A 3LPOA 3ARZA 4L4OA 3VNZA 4H8UA 3ARYA 4WLCA 4CD8A 2Y8KA 2J47A 3WBEA 2UY5A 4AZ5A 3GH4A 1GOMA 3AIVA 2D24A 3FHAA 1E1EA 4PCTA 3WMSA 3NSXA 1J12A 4TX8A 4XZBA 2BHZA 5CQ1A 3GXFA 2OSYA 1JYXA 2W91A 1UR8A 2V3EA 1PX4A 2EPOA 4LYRA 1JI2A 3SCPA 2OYKA 2BY3A 5BXTA 3VIOA 1V3MA 3AMGA 3GTNA 5I2UA 1EQPA 4U3CA 3MUZ1 4UQCA 3CPUA 2OSWA 3M46A 3QOMA 3VTRA 3CZKA 8CGTA 3PZ9A 2VCCA 2DT3A 3VX1A 2F2HA 2XWEA 2JIWA 1HJQA 1JZ8A 2YDQA 1PAMA 4UNIA 2FGZA 5I24A 3VX0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FY1 A;  4JFS A;  1CGV A;  2WHK A;  2VL4 A;  1E70 M;  1W9X A;  1UA3 A;  1UKT A;  3VDH A;  1BGG A;  2ZID A;  1PIG A;  1CPU A;  2D1Z A;  5CPT A;  5C70 A;  3VIL A;  2VX4 A;  1UD2 A;  1GUV A;  1JZ3 A;  2WBK A;  1GQI A;  4GXP A;  2ZXA A;  4D6E A;  3THD A;  4W5U A;  4R27 A;  1E4M M;  3CTT A;  3WEM A;  2ESC A;  4AYS A;  1VBU A;  2BVT A;  1CIU A;  1UG6 A;  1UWS A;  3TTQ A;  4WIW A;  2WKG A;  2Z1K A;  4D71 A;  1Q6C A;  1NH6 A;  3AJ7 A;  3O6A A;  3N9K A;  5A6B A;  4GI9 A;  1VBR A;  2RGM A;  1E56 A;  2CIP A;  1G0C A;  4FLS A;  5IHR A;  3WQ8 A;  4QAW A;  1KR0 A;  4JFV A;  1MFV A;  4MB3 A;  5GNZ A;  1EGZ A;  1AVA A;  1FOB A;  2W4X A;  4J3U A;  3LMY A;  1H11 A;  1CGT A;  2VQT A;  3B9E A;  2PWD A;  2ZX7 A;  5TD4 A;  2D23 A;  2PI6 A;  2ZUS A;  2VRQ A;  3QOK A;  1VFF A;  2EO7 A;  2FDM A;  4Z2I A;  1E9L A;  1ITX A;  4AZH A;  2ZX8 A;  3DYM A;  4AMC A;  2WMH A;  3A4X A;  1XSJ A;  5CSY A;  3PBG A;  1ISZ A;  5GNX A;  3CHC A;  3W81 A;  2PF0 A;  5EB8 A;  2WMI A;  3QHM A;  3OLD A;  5A2C A;  4M1R A;  4Z2K A;  4F9D A;  3N13 A;  1MVY A;  5BWF A;  3ZOA A;  2YA1 A;  1JDC A;  3B8S A;  5D9N A;  3TP4 A;  2WW5 A;  4UZU A;  4PN2 A;  1HJV A;  3QR3 A;  3W27 A;  3CUI A;  3K4A A;  3RCN A;  6A3H A;  1HIZ A;  4H2C A;  4OOZ A;  4C7F A;  2WSP A;  4MAV A;  1BLI A;  1EHA A;  3CHF A;  2GK1 A;  1J0J A;  3BGA A;  1EOM A;  2CYG A;  4P8W A;  2AMG A;  7TAA A;  2ZX5 A;  4W8L A;  4WSJ A;  4W5Z A;  5D4Y A;  4JKL A;  1QI4 A;  1KBK A;  3VNY A;  4CU7 A;  1E55 A;  3PZQ A;  3POH A;  2TAA A;  2WVV A;  2VX7 A;  4WK9 A;  4HOX A;  1H2J A;  1CWY A;  4R5E A;  3MAN A;  4ZXO A;  4J3X A;  2XFR A;  1G1Y A;  1M04 A;  4JHZ A;  4V2X A;  1UZ4 A;  1Y7V A;  8A3H A;  1TVN A;  1NAR A;  2J7D A;  1RPK A;  5JIW A;  2JE8 A;  1C8Q A;  1DWJ M;  4UFM A;  2NT0 A;  4HA1 A;  1C90 A;  4XV0 A;  1EA9 C;  5E0C A;  1XSK A;  1E3X A;  4DWS A;  4OIF A;  3VIM A;  3KEH A;  1K9D A;  1V08 A;  4A3H A;  1ODZ A;  2NT1 A;  3U7B A;  2G3M A;  2JIE A;  2D22 A;  3SIM A;  2E40 A;  1UOK A;  2YBT A;  3QGV A;  2JEP A;  1W9D M;  2WSK A;  1V6X A;  1BG4 A;  3MMD A;  1V0N A;  3OZP A;  4AIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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