1W3HA

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
SPGLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHTLVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNNYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
molecule tags Xylanase
source organism Cellvibrio japonicus
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
total genus 137
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w3hA00
5BRPA 1TE1A 1OBAA 3GXIA 5A2CA 2XIBA 3WUGA 2W92A 4EE9A 2J7BA 5E70A 5KEZA 3WN6A 1HNYA 1EDTA 3WMSA 3MANA 1GUVA 2GDVA 1HJVA 5A8MA 5IDIA 3RILA 1UD8A 1E43A 1Q6DA 4XV0A 4GI9A 2GDUA 1E70M 3EDEA 3VD7A 2WLYA 3BMWA 3WMBA 2BVDA 1CGTA 4BQ3A 4HOZA 1JYNA 2WC3A 4UFHA 1MW1A 1EQPA 1OINA 3DYPA 4UZSA 4H8VA 1GOWA 2E8ZA 1E6NA 1W2PA 3LPPA 4FLQA 4ATDA 4KGLA 1FH7A 3K1DA 5A8NA 5EFDA 1NOWA 2GUYA 2JIEA 2XVLA 3MUZ1 1D3CA 5KZ6A 4EK7A 3OLIA 1FA2A 1TA3B 2XM2A 3UESA 3W4RA 2EPMX 3WF1A 2WCGA 1BYBA 1LG2A 1WZLA 3ECQA 3FNDA 3NIYA 3VMPA 3ZO9A 1C93A 2FDMA 3VDAA 7TAAA 3L2MA 4P7RA 4LYQA 3AZRA 3J7HA 1JZ6A 4XUYA 5BXRA 1CLXA 2DDXA 1JF5A 5AC5A 2CESA 4M80A 2CITA 5CLTA 1XH0A 5I5RA 4H7VA 2DQXA 1R87A 3VGEA 5BXTA 3BAJA 2J7EA 4FLRA 3T2PA 2EQDA 3W26A 1HKIA 1JZ8A 3G6LA 4OUEA 4PMZA 1JDCA 2FH6A 2WMKA 1HKKA 1EOKA 2J7FA 2VX4A 2J7DA 3DECA 2WBKA 3PZTA 1WE5A 4E8CA 4LQ1A 5JUVA 4U3CA 1VFMA 4MB4A 1UD4A 2VI0A 3POHA 2WANA 2GJXA 2JE8A 2X0YA 1CBGA 3SCPA 2IUZA 1JDAA 1NOUA 1X6NA 2ZUUA 4PTWA 1JYXA 2OWXA 1V0KA 4UFMA 3WIJA 1ZB5A 4KMQA 1H3GA 1KBKA 2YDQA 1VIWA 3CHCA 4HA1A 6CGTA 2G41A 5A69A 4BQ4A 3WH8A 3OB8A 1PX8A 3KE0A 1GVYA 5I3DA 3QHOA 3AYRA 4M29A 2X2YA 3WH9A 3WNKA 1E6PA 3D5HA 4DUVA 1KB3A 3WDHA 4TUFA 4UNIA 2J4GA 2V3FA 2Y4SA 4AD4A 2X8RA 2VO5A 1SR0A 1JD9A 1ZBVA 3ARZA 3FN9A 1JZ4A 3IAQA 1B3XA 5AC4A 2NSXA 1O7AA 4UQAA 4JFVA 1ZS2A 1B3ZA 1W1YA 5E0CA 1IZKA 3L4ZA 1VBUA 4MNLA 2E0PA 3ZT6A 1M53A 5A6MA 5DT7A 3B8SA 4IM4A 4ML4A 2CBUA 2Y8VA 2BXZA 4MNMA 1LL7A 1GNXA 2A3BA 4AXNA 3VDCA 5EMYA 4W5UA 3IAPA 4B16A 1JYWA 3N12A 1GCYA 2PWDA 1JGIA 1VEPA 5E0FA 3BAYA 4AYSA 1W9UA 4BQ5A 3DHPA 1SMAA 2VCAA 1JG9A 1JNEA 1GPFA 4QCEA 4AZCB 4NI3A 4B9ZA 1E0XA 2BHYA 2VRQA 3KL3A 2W67A 3CZ8A 3OBAA 2WC7A 5E9AA 3VINA 3POCA 1VB9A 3W28A 2EPKX 2Z1SA 1U30A 1M04A 4YN5A 1KR0A 4J3TA 2OSYA 3AI0A 3WD3A 2PF0A 2OWCA 1QI2A 3SUSA 4P7QA 3AHXA 1BTCA 4QDMA 4GPNA 2VVNA 3T2QA 1HJSA 1PJ9A 4UQDA 3AS2A 4Z2JA 3ZT7A 3AMKA 1WDSA 4V27A 1FFQA 5LA1A 1ITXA 3FAXA 3G6MA 1BGGA 3IANA 4AZGA 4HMDA 2PBOA 5JIWA 3TOPA 1KCLA 5CJ5A 3AFBA 4EKJA 2VOTA 5D4YA 1AQ0A 1QBBA 2E8YA 4JKLA 4U3AA 4HU8A 3UG5A 2VCCA 1BHGA 2A3AA 3CLWA 4DUXA 3RJYA 1JIBA 1EHAA 1UKOA 1XSIA 3CUIA 3NDYA 4D1IA 1R8LA 4D1JA 3OG2A 2BHUA 1DEDA 4RE4A 4CD7A 1E73M 4J3VA 1LF1A 1EDGA 1JXKA 1HJXA 4HZ6A 3ZSSA 2JFEX 1J0HA 1W9DM 1R7AA 4AZHA 2YA1A 3K8MA 1JXJA 4RE2A 3ZJKA 1E72M 1GORA 1GHRA 3FHQA 5A94A 1KR1A 1X6LA 1QVBA 4J3WA 4J3SA 4Q7NA 1V6YA 3OZOA 3VVGA 9CGTA 5D9NA 1B0IA 2J8FA 1NWRA 1JD7A 3CUFA 5DFAA 3APGA 2FGLA 1HL8A 4ATWA 3VU2A 4QP0A 3NUKA 1IZJA 3K8KA 3MKKA 1V3JA 3U5UA 4AD1A 1HF6A 2D23A 2QV4A 2VZOA 4XX6A 1AQHA 3VGBA 4CD8A 1J0YA 2F8QA 3EMQA 4UFLA 4UOQA 4DWSD 8A3HA 1B3YA 1ZBKA 4PN2A 4BCEA 4TTUA 3BLKA 2XTKA 5CSUA 2NT1A 2WB5A 5FL1A 1K9FA 2WMGA 3ZJ6A 1ISWA 4JHZA 4K68A 1BGAA 1UR2A 3PTQA 4UQCA 1VEOA 3W82A 1XGZA 3NJ3A 3HU7A 1ZBCA 4NF7A 2VX7A 4OOZA 5FIPA 1MQRA 1QBAA 1TCMA 2YL6A 2J79A 3AISA 5CGMA 4AD0A 1ZJAA 2YBUA 4GZJA 3WEZA 1GOIA 4W84A 1QHZA 1H0IA 1P6WA 4ATLA 5ABFB 2ZUMA 1AMYA 5D9MA 2J7GA 4AISA 4GI8A 1WP6A 4MB5A 2HISA 5CQ1A 1J0KA 3RO8A 3SUWA 3WH7A 1CGVA 4WSKA 1MW0A 1W3JA 2ZUWA 1CIUA 1FOBA 4X0NA 4BA0A 4D6HA 3VTRA 2YA0A 2FHFA 2GVYA 4P8VA 1KWKA 1US2A 2PB1A 2YBTA 1DWJM 2NT0A 4Z2LA 1FHDA 1UWIA 1ZU8A 4AEEA 1TFVA 2GK1B 1ODUA 3PHAA 1HJQA 2QF8A 3WUFA 4AZBA 5DO8A 5BXPA 1V6XA 2YL5A 5BCAA 2OYKA 1WCGA 3WQ4A 3N18A 4UTFA 1QW8A 3WDQA 4L4PA 4RL3A 3N9KA 6TAAA 1D2KA 3GTNA 2XJ7A 5GQBA 2XG9A 4B3KA 2WNWA 2ZXAA 1FH8A 2XFFA 4GQQA 1WDRA 3CZJA 1E55A 4U5KA 2OYMA 3WH5A 5D8ZA 1ZJBA 3UETA 4NZCA 5CGTA 3SCUA 4FMVA 3U7VA 4M82A 1X1NA 2W61A 2ZX9A 1KWGA 1KGWA 1QW9A 1NQ6A 2CKSA 3WUBA 1V02A 1LG1A 4HOXA 1MWOA 4W8BA 1QI4A 1SMDA 1AVAA 1B9ZA 2DIJA 2X0HA 1J01A 1QI3A 3MSGA 4GO9A 4M8UA 1XRVA 2G3JA 1VJSA 1BYCA 1OM0A 4B9YA 1FP9A 1UR4A 4W93A 4DWSA 5LYRA 1LL4A 2PI6A 2QMKA 2WC4A 4AD2A 1JFHA 3QHMA 2WVVB 1TVNA 1K6AA 3T0AA 1MVYA 2WZEA 4MAZA 1E1FA 3S6TA 1IV8A 3GNPA 4RE3A 4HA4A 4W88A 3B9AA 3CO4A 5FOOA 1US3A 4HU0A 3ARUA 3SUVA 4WSJA 4V2XA 3GXMA 4C7DA 5DMYA 4FF5A 4UZUA 4W8AA 4W5ZA 1W9BM 1BAGA 1GZJA 1W1TA 2CIPA 4PMVA 4CU8A 1W3HA 1J18A 1W32A 1MXDA 4Q22A 2W63A 1J10A 2BHZA 1E6RA 3OGSA 3AXXA 3VIFA 2VT0A 1SFSA 4IUGA 1N82A 1KXHA 2UY5A 4HTYA 3PN8A 3FY1A 1W3LA 5ABGA 2VR4A 3CH9A 1H1NA 4Z2KA 2D0HA 4WF7A 1CXHA 3GDBA 1VEMA 4PMYA 2O9RA 5A8PA 2D2OA 3PZVA 1WB0A 2YDSA 2WPGA 4QAWA 3TA9A 3BLPX 2D1ZA 4W7WA 1CGXA 2E9BA 4AZ5A 1BF2A 3K8LA 1LWJA 3EBVA 5FCZA 2YIHA 3OZPA 2YJQA 3RDKA 1LQ0A 2ZX5A 2V3EA 1EGZA 3BXWA 4W8LA 4HPGA 1C3FA 1QNOA 1UUQA 2YOCA 4YHEA 1K9DA 4HZ7A 1BLIA 2XFYA 2VZVA 1I75A 2J74A 4M24A 5E6YA 3WNLA 2G4FA 1C8QA 2J62A 4KGJA 2FHCA 1PZ3A 4P7LA 3EDJA 2CPUA 3T08A 3W38A 4MB1A 2CKRA 1RP8A 1UHVA 4N42A 3WDJA 1H4PA 4AWEA 1CXLA 4MJ2A 2VUYA 5HOSA 3MV01 1G9HA 2FGZA 4ACZB 4IPNB 1ITCA 4OZOA 3KL0A 3SCWA 2O9TA 1MFVA 1E6SM 3PTMA 1J0JA 4ACYA 1BG4A 4X0VA 4PRWA 3ZR5A 2BVYA 1YHTA 3MSDA 1B31A 2DSKA 3HJEA 1QHPA 3VM7A 2WZHA 4PEEA 5CPSA 5EFFA 4GZEA 4L4OA 5I23A 1XYZA 4JFSA 4MAVA 3WH6A 1WZAA 3WEOA 5A3HA 3AMCA 5JBFA 4QLJA 3CUJA 2CNCA 1JI1A 3BSHA 2OYLA 1V3LA 1ECEA 3AYSA 2WSPA 4C7GA 1XYFA 2XYLA 3TTSA 3U5YA 1MQQA 1KQYA 1TZ7A 1M01A 3MMWA 3CZGA 2WCAA 1J11A 3BC9A 2QHAA 2V38A 4U5IA 2G3IA 1K9TA 4D72A 1LWHA 2BV9A 5D9OA 4U33A 2ZWYA 5ECUA 3ZR6A 2FH8A 3GXDA 3N11A 2DSUA 3ZOAA 5GNYA 5C70A 2J75A 2VQTA 4J3UA 1BYAA 1FH9A 3S2CA 2XGBA 4LPCA 1UA7A 4WKHA 2XHYA 3CMJA 1HN1A 3KWXA 1O6IA 1CTNA 1HIZA 1W1PA 1IT0A 4JL1A 3BGAA 4TX8A 4E2OA 3CZKA 4H2CA 1E15A 1PIFA 3VO0A 1GQJA 4HZ8A 1JF6A 1HKJA 1XD0A 1GW1A 1OWQA 1W91A 5M5DA 4AIUA 1Q6EA 1V3IA 1C8YA 2VC9A 2BY3A 3T0DA 3SUUA 3VGDA 2RGLA 3UG4A 1C7TA 1GVIA 2VR5A 1DTUA 1Y7VA 3PZ9A 1EO7A 1G5AA 2E4TA 1XV8A 4JCLA 3M7SA 4W86A 1E4NA 3AOFA 4OIFA 1CZ1A 3MUAA 3K4DA 1B3VA 4U2ZA 1OT2A 4NRRA 4CD4A 5IFPA 3KEHA 1U33A 4P8WA 3NSXA 2BXYA 5TD4A 3AXHA 2DSVA 3PBGA 1I1WA 1V3KA 3OGVA 1TA3A 3AMDA 3MMUA 3M46A 3WD4A 1KXQA 3NDZA 4PUEA 1ISYA 4UFJA 4PCSA 2XVGA 3WD0A 4QFUA 2VZTA 1MXGA 4H04A 4CN1A 1VFOA 3MV11 2DH3A 5F7UA 1J12A 1XH2A 4A3HA 4URIA 1TG7A 1GQLA 3WQWA 2ZUNA 2J25A 3NCOA 3A4AA 2BY0A 2WVTA 2ZXQA 3PZIA 4HMCA 3WD1A 3VM5A 3PZUA 2VCBA 5AYBA 2CETA 1WKYA 5A6AA 1KXTA 4JZ5A 1PEZA 4AZ7A 3WF0A 3L4XA 1D7FA 1CXEA 2ZIDA 3WKZA 3AS1A 2CXGA 4OOUA 4ACZA 1ISZA 8CGTA 1WDPA 3ZM8A 3GH7A 2W62A 2O9PA 4LYRA 4JFUA 1HJUA 4BF7A 1DWAM 1Z32X 1TMQA 2WMIB 1JZ2A 1XD1A 1CXFA 1GJUA 1QHOA 1HP4A 2XWEA 3AHTA 1WNOA 2OWWA 3WMCA 2PWEA 3F5LA 1EXPA 2VJXA 1E5JA 1U2YA 2D20A 1UR8A 4D6DA 3AIWA 4PSRA 5IHSA 3O6AA 2XIIA 2BY2A 3WDPP 1V0LA 4XZWA 4AY1A 3DYMA 1W9VA 2WBGA 5E6ZA 1KGXA 1UR9A 4J7RA 1CXKA 4GINA 1UKPA 2CHNA 2AAAA 2WHMA 3VD4A 1UWSA 3VIOA 4N0RA 4OBSA 4ZXOA 4ZEPA 1YQ2A 4QLLA 4KWUA 1XCXA 4QCFA 3ALFA 5CPTA 5I0DA 1DHKA 3A3HA 3CPUA 4YHGA 5CLWA 4BS0A 2F61A 1WO2A 5I77A 1A3HA 1CWYA 1UOKA 4OBRA 2PWGA 3L4UA 1E4LA 1Q6CA 3ALGA 4JKKA 2DEPA 3WDIA 1XCWA 3L4VA 3CZEA 4MDPA 1QI5A 3CHFA 3SCNA 2W5FA 1GHSA 1UKTA 4D6IA 4JL2A 3L2LA 3PZGA 3WQ5A 1GONA 1DWIM 1PX4A 2O9OA 2OSXA 1EIBA 1V08A 1H0GA 3ARPA 1A47A 3AZSA 5A2AA 3AIRA 3AJ7A 3UG3A 1BSIA 3VD3A 1JL8A 4EANA 1V6WA 4LYPA 1UQYA 2WXDM 4AZCA 4HA3A 2EJ1A 5C8BB 2WAGA 2EEXA 1KCKA 1VRXA 5IFTA 2E9LA 4UOZA 4WKFA 3ZQ9A 3VNZA 3T2OA 3GH4A 2BVTA 1BG9A 4JCMA 3WQ8A 3CTTA 1B2YA 1JZ7A 4U31A 5HDRA 3TP4A 2ZXDA 3PTKA 1ZL1A 4AMCA 5CSYA 5I79A 1Q6GA 3SCVA 4E4PA 3W29A 3OIHA 4F9JA 2F2HA 1CEOA 4PMDA 5LA2A 4WK9A 3DYOA 3VILA 2PC8A 4CCEA 5BRQA 4KRTA 3GBDA 2Y5EA 3CIVA 3AIVA 3LPFA 1QPKA 4MADA 1PIGA 4P7NA 2UY4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BRP A;  1TE1 A;  1OBA A;  3GXI A;  5A2C A;  2XIB A;  3WUG A;  2W92 A;  4EE9 A;  2J7B A;  5E70 A;  5KEZ A;  3WN6 A;  1HNY A;  1EDT A;  3WMS A;  3MAN A;  1GUV A;  2GDV A;  1HJV A;  5A8M A;  5IDI A;  3RIL A;  1UD8 A;  1E43 A;  1Q6D A;  4XV0 A;  4GI9 A;  2GDU A;  1E70 M;  3EDE A;  3VD7 A;  2WLY A;  3BMW A;  3WMB A;  2BVD A;  1CGT A;  4BQ3 A;  4HOZ A;  1JYN A;  2WC3 A;  4UFH A;  1MW1 A;  1EQP A;  1OIN A;  3DYP A;  4UZS A;  4H8V A;  1GOW A;  2E8Z A;  1E6N A;  1W2P A;  3LPP A;  4FLQ A;  4ATD A;  4KGL A;  1FH7 A;  3K1D A;  5A8N A;  5EFD A;  1NOW A;  2GUY A;  2JIE A;  2XVL A;  3MUZ 1;  1D3C A;  5KZ6 A;  4EK7 A;  3OLI A;  1FA2 A;  1TA3 B;  2XM2 A;  3UES A;  3W4R A;  2EPM X;  3WF1 A;  2WCG A;  1BYB A;  1LG2 A;  1WZL A;  3ECQ A;  3FND A;  3NIY A;  3VMP A;  3ZO9 A;  1C93 A;  2FDM A;  3VDA A;  7TAA A;  3L2M A;  4P7R A;  4LYQ A;  3AZR A;  3J7H A;  1JZ6 A;  4XUY A;  5BXR A;  1CLX A;  2DDX A;  1JF5 A;  5AC5 A;  2CES A;  4M80 A;  2CIT A;  5CLT A;  1XH0 A;  5I5R A;  4H7V A;  2DQX A;  1R87 A;  3VGE A;  5BXT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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