1W3HA

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
SPGLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHTLVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNNYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
molecule tags Xylanase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 137
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w3hA00
1QNSA 1V0LA 4U3CA 1ZBWA 4GINA 2QPSA 1GZJA 2VCBA 2A3CA 3M6DA 3KZSA 1US2A 4CGTA 4HZ8A 4W86A 1MW3A 1QPKA 4LYQA 2DIJA 1ZBCA 1CPUA 1HJVA 5A8QA 3L4TA 2XIBA 3PZUA 5E6ZA 1TUXA 1JDDA 4W87A 3OZOA 1DTUA 1KGWA 1TG7A 1ESWA 3QGVA 2J62A 4AD5A 4BA0A 2WXDM 2WSKA 3U7VA 3AHZA 3AIQA 2Y8VA 3EDDA 1IZJA 1UQZA 4HA1A 3VMOA 1OSEA 3POHA 4WSKA 1CNVA 5D9OA 3WUFA 2E3ZA 3N1AA 1KXHA 1FP8A 3VOCA 4OKDA 3WF1A 2WVSA 3SIMA 4HPHA 1V02E 2EPLX 3CPUA 4WLCA 2WBGA 4XZBA 3T0DA 5TD4A 3FAWA 3AXIA 3CUGA 2XVGA 1CTNA 1OINA 2OWWA 2BHUA 2CHOA 3POCA 5CG0A 2XYLA 2ZUTA 5A8OA 3A4WA 4D6EA 5LA0A 4J27A 2XWEA 4P8XA 1B31A 1C92A 1XHGA 4M82A 3HMCA 2ZUUA 3AS2A 3PZGA 2BY0A 3WDJA 3FW6A 4PBGA 4AC1X 5JBFA 1SFSA 4YHGA 2XG9A 1WO2A 2J8FA 9CGTA 1PIGA 1GJWA 4QLJA 2V3GA 3BAKA 4WKFA 1BVZA 3KL0A 4PMNA 2XVNA 4YHEA 4PMXA 3VILA 3LMYA 1KWGA 1JDCA 1KXQA 2GSJA 3MANA 3FHQA 3GXMA 4EAMA 1VENA 1Q4NX 2XTKA 4AZ7A 7TAAA 3AMCA 1E4IA 5BXTA 2GJRA 2ZX7A 4W8AA 1BSIA 3WQVA 4PMUA 1UD3A 4QFUA 4W85A 4LYRA 4D1IA 3W4RA 3UERA 5A95A 1UR2A 1X1NA 1VAHA 1FOBA 1WDSA 2YL8A 1LL7A 4CCDA 1J0HA 4CKQA 1UA7A 4ZENA 1W91A 4ACZA 3TTYA 2ZXDA 4PTVA 1GNXA 2XPKA 1UUQA 2V3FA 4QLLA 2J7CA 4NRRA 2UY4A 4V27A 2G3NA 4JL1A 2CKRA 2FH8A 2MANA 1GOOA 2WBKA 2A3EA 4GPNA 1G5AA 4A3YA 3VDAA 3AIWA 5AY7A 2XVLA 5BXSA 2OWXA 3VINA 5JIWA 3OA5A 1LWHA 1N82A 3WSUA 1BF2A 1KXVA 1NM9A 5IFPA 4TUFA 2J7DA 3RM4A 4XX6A 1GOKA 5GNZA 5BROA 1CDGA 1UR1A 1VJZA 1ITCA 4GO8A 1FHDA 4H04A 2CHNA 2YA0A 4Z2IA 4X9YA 1B2YA 1JNEA 1OGSA 1PPIA 1JD7A 4V28A 2PWFA 3D5HA 4CD7A 3W6MA 5I3DA 4KGJA 1QHPA 3NYDA 5AC5A 3NCOA 4YN5A 1EH9A 1J0ZA 4F66A 2E9BA 4PMQA 4DM1A 3L4VA 1E6QM 2UY2A 1E3ZA 4UZUA 2OSXA 3SUVA 3WNPA 3S6TA 4PUDA 1E73M 4U31A 5I0DA 5CSYA 3RM8A 3ARRA 1O7AA 4L4PA 4UZSA 4KH2A 3BAXA 3SCQA 2XHYA 4FK9A 1MWOA 1E40A 3WDIA 1V08A 5D4YA 5IXEA 7CGTA 4BQ5A 4CU7A 7A3HA 3ALGA 1EGZA 3ARVA 3BH4A 1F4AA 2G3JA 1BYDA 1JI2A 1VEPA 4D6GA 3MUY1 4GQQA 3GXIA 1NP0A 1PX4A 3ZSTA 2ZUVA 4P8WA 3WFZA 3SCPA 1XSKA 2GJPA 2V3EA 1QHOA 2XVKA 4QLKA 4HTYA 2G3MA 2XSAA 4HA4A 2J75A 1RH9A 2J78A 3U5UA 2J7EA 1J11A 3MSGA 4ZE5A 1W9VA 1G94A 4Y7EA 1J18A 4AD2A 1A3HA 1ITXA 1JFXA 3E1F1 5D9MA 2VCCA 2D0GA 1QI2A 2EQDA 4J3VA 3CZKA 1JZ4A 3AHYA 1H09A 4ZE4A 5D8WA 1CYGA 3AISA 1HP5A 1WDRA 5DFAA 4CD8A 4V2XA 3RIKA 1NOUA 4UTFA 2PBOA 3WKZA 4AD1A 4PMZA 3ARQA 1NWRA 2XFYA 4TX8A 3BCDA 1UR0A 3WF4A 1HJSA 3ZJ7A 3CZGA 1OM0A 3QOKA 3ZMRA 1V6WA 2JE8A 6A3HA 3T09A 2RGMA 1IT0A 3VPLA 1X6NA 4B3KA 3K8KA 4BQ3A 4J3WA 3VM7A 4UFIA 1Q6CA 3SCVA 1RP9A 1CGYA 2VJXA 5GPRA 5CLWA 3AROA 3K4DA 5E9AA 1KCLA 3NDZA 3AIEA 2JIWA 3DYOA 4PCTA 4ZEPA 2WC7A 1TE1A 2DT2A 3BCFA 5A69A 2VQUA 4MJ2A 1TVNA 1FH8A 4JZ5A 5A6KA 2W91A 4ML4A 4AD4A 1CGTA 2V38A 3T0AA 2EPNA 1E9LA 2FGZA 3M46A 1C7SA 3T08A 1I75A 3EDJA 3WNKA 1CGXA 3AHVA 1ISVA 3F5KA 4IUGA 3L4WA 1XSIA 3VMPA 5ABFA 4PMOA 1EQCA 3WDQA 4TX6A 3W27A 3AFBA 1R8LA 4CCEA 1GHRA 1V3HA 2WVVA 2YA1A 5A6MA 2CBIA 2EEXA 4PMYA 1JZ2A 3TP4A 4PYSA 4AEFA 4D6CA 3S2CA 4D6HA 3GXDA 1E0WA 2F2HA 4B9YA 2J7HA 4UOJA 5CQ1A 3W6LA 1UKPA 4JFTA 1XYFA 2D20A 2QF8A 5A6BA 2WLZA 4MAVA 3AZSA 3WNOA 5FL1A 1E55A 1CXEA 1E6SM 2E9MA 2XVPA 4HOXA 4MAZA 1FFRA 1JL8A 2VT0A 4S3JA 2PWEA 3UG4A 4AYSA 1SMDA 2J47A 4TTGA 3OGSA 4A4AA 4M81A 4QAWA 1GHSA 1XSJA 2J77A 3BAJA 3WL0A 1UD4A 4CN6A 3LPOA 2GDUA 2YDRA 1C8YA 1TFVA 2XM2A 1UWTA 1CXFA 4AIOA 4Z2KA 2CESA 5BXPA 4KGLA 2E0PA 1OCQA 1W2PA 1TR1A 2WM0A 4D71A 2J7FA 1JFHA 5A8PA 1XC6A 1VEMA 1TMQA 5C71A 3THCA 1VJSA 4P7LA 5HBFA 1JYWA 3KWXA 1KWKA 1KXTA 1JF6A 1BYAA 1PJ9A 1GVYA 1G9HA 1VBRA 2VZVA 1OD0A 1B3ZA 2YBTA 3WUBA 1QBBA 3WEOA 1L8NA 5JBDA 1JDAA 1QW9A 5AC4A 5LYRA 4LGXA 2CKSA 1DWHM 2YKKA 4UR9A 4S3KA 4DM2A 1JNDA 1UD8A 3DHPA 1OGGA 3PZTA 4IPNB 3M07A 4FF5A 3BLPX 1HP4A 4M8UA 3AQUA 1DEDA 2W4XA 2QPUA 2WZHA 3VGHA 1H11A 3K46A 3W81A 2XSBA 3VNZA 4AIUA 4Z2LA 2YDSA 2V5DA 2DSWA 2EPMX 1TA3B 4W7UA 3APGA 1TCMA 5E70A 6CGTA 1B3YA 2D1ZA 1UR9A 1NWUA 1CIUA 3PN8A 1GOQA 1NWSA 4D6IA 1HX0A 1M7XA 3VO0A 1SR0A 4URIA 4HMEA 2CBJA 1W9PA 2X0YA 2QLYA 4GQRA 1E1FA 3WD3A 1NH6A 2X05A 1HXJA 2DQXA 3ZOAA 3NJ3A 1XCWA 1BGAA 1WB0A 3AJ7A 1FHLA 4C7GA 1C93A 1W1TA 2YOCA 1D2KA 1XH2A 4D6JA 3PZMA 3BAWA 3DYMA 4W5ZA 1QHZA 1M01A 2WMIA 3BMVA 1E71M 1HL9A 2DIEA 3CZEA 5BRQA 2W62A 1H1NA 1J10A 3IANA 3VGDA 1W1PA 1WE5A 1W9UA 4OOZA 1DWGM 2YDQA 3AMDA 3OB8A 1UKSA 1UR8A 3PTQA 2GJXA 2GFTA 3GBDA 1GVIA 2E8ZA 3QHOA 4Z2JA 4N0RA 5I23A 3WH5A 2UWFA 4LPCA 1OWQA 1RP8A 4AZCA 3W37A 5DT7A 2BVDA 2J79A 4GO9A 2CNCA 1HF6A 2BY1A 1JAEA 1AQHA 1VFMA 5CPQA 3VGBA 4EE9A 2DH2A 1PIFA 3TONA 4WKAA 1VIWA 3VX1A 1UWQA 4TOQA 1FH7A 4PSPA 3CUIA 3GH5A 3MO4A 1UZ4A 1ODUA 3NSMA 1BGGA 4MB5A 2WMGA 3W0KA 4JCMA 1NWTA 3ZSSA 3N18A 2D23A 1A47A 1CXKA 3WUGA 4AMCA 3D3AA 3U57A 1KBBA 3SCTA 1UD5A 3BAYA 3ZM8A 1ECEA 2J7BA 1LQ0A 3BC9A 3G6MA 4U5IA 3ARZA 2ZUWA 2EXOA 1BLIA 3SCNA 1IV8A 2WMJA 2WCSA 4QCFA 3WNMA 2E8YA 1E72M 4E2OA 2WZIA 1W2VA 2VCAA 3IAPA 3FXYA 4JFWA 2RGLA 1PBGA 1UG6A 3W26A 1ZL1A 3B8SA 5FD0A 3W82A 3GNPA 4M29A 2XGBA 4QDMA 1MYRA 4CD4A 4PMDA 4UQBA 2D24A 2WCGA 2OWCA 2EPOA 2D0FA 3O6AA 1GQJA 4LXFA 1MVYA 5FIPA 3RDKA 3MSDA 3W24A 5A2BA 4BS0A 2BXZA 1XD1A 1WZLA 1C3FA 3LPGA 1CXIA 1F4HA 1MQRA 2CIPA 2Q8XA 2VRQA 2OYKA 2WHJA 2NSXA 2YLLA 5A94A 3GM8A 2VX7A 3MUAA 3SUSA 2YA2A 1ZB5A 3I3EA 3IK2A 4ACZB 3UG3A 4WK9A 3WH7A 2D0HA 3OGVA 3MMUA 2VX6A 3KL5A 4AY1A 2OYLA 2VZTA 4NSBA 3NIYA 2WHMA 1JXJA 2WWDA 4CN1A 5JBEA 2WKLA 4HU0A 5FOOA 2DEPA 2XFRA 2EO7A 5CLTA 3L2LA 4JFSA 4NF7A 1B30A 1MW2A 1WZAA 1JYNA 4CUCA 1G1YA 4MNKA 1V3MA 2W63A 2WHKA 3PHAA 3TTQA 4ZXLA 8A3HA 1E6XM 2JF6A 5IHRA 1EDQA 2ZUSA 3WENA 4AZ6A 1E43A 3VKKA 2GK1B 4MTVA 1Q6EA 3GH4A 2BHYA 4RL3A 2ZIDA 4PTXA 2PBGA 3F4VA 1VRXA 4HP5A 3VDHA 3CIVA 3L4ZA 1CGUA 3PZNA 3PTKA 5EMYA 1BFNA 5A6SA 3WH8A 2JEPA 4FLOA 4WJXA 3RPMA 1L0PA 1WDPA 1H41A 4B16A 1J01A 5CPTA 3N04A 4U2YA 4AZBA 3I3BA 1KGXA 1QI4A 5A6LA 2QMKA 5KEZA 1LJYA 4UFLA 2VX4A 1W9DM 3LPFA 5HDRA 2YIHA 3PZOA 1NARA 1V6XA 3UESA 1G01A 4KRTA 3AIVA 3OGRA 4KRUA 1GOMA 2YL6A 1AMYA 1AQ0A 2EJ1A 3ZJKA 1JF5A 1KQYA 3ZQ9A 2ZX5A 4DUWA 2G4FA 1W3KA 4C7DA 4GZJA 1B3WA 3GDBA 2F61A 3VMNA 4AZGA 4F79A 3CGTA 4PMVA 2EPKX 1ODZA 4OIFA 3IJ7A 3ECQA 3SCWA 2GVYA 3CZJA 4WF7A 4HZ7A 3AS0A 3ALFA 3QHNA 3U5YA 3WQ4A 1Y7VA 2VRJA 1QNRA 1LWJA 2A3HA 2WNWA 1H0IA 1GUVA 3W38A 1E1EA 4UFJA 4M80A 3VIFA 3MUZ1 1AQMA 1EHNA 4EKJA 2CBVA 4BF7A 2G3IA 3CH9A 4QP0A 4ATWA 1LG2A 2W5FA 4ACYA 4P7QA 3WF0A 3SURA 3WBEA 2J4GA 5HPOA 2VL4A 4AXNA 3BMWA 1UKTA 2VI0A 1FFQA 2BHZA 3CUFA 4UQAA 2PC8A 3WIJA 3VD3A 1HKKA 1YQ2A 2AMGA 1DWAM 5HNNA 3VD9A 2J7GA 2E40A 2JFEX 3FN9A 1UD6A 2WMFA 3MMDA 2VUYA 1VBUA 3OLGA 1BYBA 5CXPA 1K6AA 5JUVA 1JZ5A 1E4LA 1DWFM 2ZUMA 3RJYA 3VTRA 1E70M 2V3DA 4HOWA 5HXMA 1BVNP 2VVNA 1CENA 1J12A 4U5KA 2GUYA 2A3AA 3TTSA 4CD5A 3AYRA 1O6IA 3JUGA 1V3KA 3A4AA 1R87A 2E9LA 4J28A 4PN2A 3W29A 3CBWA 4CD6A 1UKQA 3AS1A 1CXLA 1U30A 4XV0A 2PI6A 4K68A 2QV4A 3SCUA 1M53A 1I1XA 4ATDA 5GNYA 1B3VA 4HZ6A 1BQCA 3CMGA 1V6YA 2NW0A 2VR5A 5M5DA 2C8NA 3RMEA 2ZWYA 1HKMA 2G41A 1H0GA 3UCQA 3UR7A 5DF0A 4DWSB 1UWIA 1QNOA 1LL6A 5M17A 1CEOA 1EA9C 4AIEA 4HMCA 3KEHA 3BSHA 1ZJBA 4UQDA 3MU7A 3RILA 1UH2A 3UR8A 1RPKA 1CLVA 4R27A 2BXYA 1H3GA 2J74A 2BS9A 3N12A 2UY5A 4JAWA 4W7VA 4GKLA 1EOMA 4JHOA 2VOTA 3AIBA 3WD2A 1W1VA 4AZIA 1V03A 3SUUA 1GOWA 4FLQA 3VIHA 3BLKA 4DWSD 3ARWA 3WQ6A 2FHBA 3VD4A 3T0BA 4JL2A 1HNYA 4CN4A 4WIWA 3A47A 3SCSA 3OG2A 2EBNA 4UFKA 1NOFA 2BV9A 3GYCA 3AICA 5CZKA 1V02A 3WMCA 4RE2A 4LQ1A 2XM1A 2ZX9A 3II1A 3NDYA 3HN3A 4MNJA 4N42A 3ZT6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QNS A;  1V0L A;  4U3C A;  1ZBW A;  4GIN A;  2QPS A;  1GZJ A;  2VCB A;  2A3C A;  3M6D A;  3KZS A;  1US2 A;  4CGT A;  4HZ8 A;  4W86 A;  1MW3 A;  1QPK A;  4LYQ A;  2DIJ A;  1ZBC A;  1CPU A;  1HJV A;  5A8Q A;  3L4T A;  2XIB A;  3PZU A;  5E6Z A;  1TUX A;  1JDD A;  4W87 A;  3OZO A;  1DTU A;  1KGW A;  1TG7 A;  1ESW A;  3QGV A;  2J62 A;  4AD5 A;  4BA0 A;  2WXD M;  2WSK A;  3U7V A;  3AHZ A;  3AIQ A;  2Y8V A;  3EDD A;  1IZJ A;  1UQZ A;  4HA1 A;  3VMO A;  1OSE A;  3POH A;  4WSK A;  1CNV A;  5D9O A;  3WUF A;  2E3Z A;  3N1A A;  1KXH A;  1FP8 A;  3VOC A;  4OKD A;  3WF1 A;  2WVS A;  3SIM A;  4HPH A;  1V02 E;  2EPL X;  3CPU A;  4WLC A;  2WBG A;  4XZB A;  3T0D A;  5TD4 A;  3FAW A;  3AXI A;  3CUG A;  2XVG A;  1CTN A;  1OIN A;  2OWW A;  2BHU A;  2CHO A;  3POC A;  5CG0 A;  2XYL A;  2ZUT A;  5A8O A;  3A4W A;  4D6E A;  5LA0 A;  4J27 A;  2XWE A;  4P8X A;  1B31 A;  1C92 A;  1XHG A;  4M82 A;  3HMC A;  2ZUU A;  3AS2 A;  3PZG A;  2BY0 A;  3WDJ A;  3FW6 A;  4PBG A;  4AC1 X;  5JBF A;  1SFS A;  4YHG A;  2XG9 A;  1WO2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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