1W56 | Genus

Total Genus 125

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVCLCPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__828671636655724__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__828671636655724__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1W56/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__828671636655724__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"828671636655724","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1W56/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__828671636655724__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Synthase
source organism	Pseudomonas aeruginosa
publication title	Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus	125
structure length	329
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2004-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1w56A00

1R47A 1AW5A 2A6LA 3P7YA 1YDVA 1AK5A 4MLRA 1TTPA 2NXIA 1EUNA 3GAKA 4CCDA 1SSGA 2GVGA 1Z48A 1XBXA 4GE8A 3PBWA 4JTKA 4UTLA 3LLDA 5CGQA 3KAOA 2ZDRA 3L0KA 2VKZG 1O5XA 4FXSA 1QWGA 4Z0SA 3HBLA 4ZVJA 3BARA 1TTQA 5EMUA 4UFLA 2CLHA 3N3MA 2QKFA 1GVSA 5J5DA 2LLEA 1YXYA 3ZS4A 4UFIA 1LRNA 3SJ3A 2Y6ZA 5G2IA 2GQAA 4Q4KA 4K7YA 1FCBA 3TE9A 1PCWA 4JTSA 1V7YA 4IQLA 3T7VA 2VOMA 1HO1A 1LOLA 3C8FA 4UTKA 5DXXA 2TSYA 4N4PA 1OHLA 4O11A 3W7NA 3N34A 4MJZA 4FX8A 3PR2A 2Z6JA 3DGRA 1RPXA 4EF8A 4NX0A 5AHNA 2AGKA 3FLUA 3P5YA 1F76A 1JCYA 1SFJA 3LCFA 2RH9A 3TNOA 1R2SA 2J9ZA 3I65A 3W70A 3SGZA 4ZL1A 1CW2A 5BNKA 3QMSA 3UPWA 2DZTA 3M41A 4R7JA 3WJZA 1SQ7A 5DCDA 1V5XA 1LM1A 3V75A 1KV5A 3RK8A 4PTNA 4FNUA 1ZENA 1W5PA 2YFOA 1G69A 3W7GA 1TREA 4LVBA 1JUBA 3ABOA 4WY0F 3BV4A 3E0IA 1FWSA 1TQJA 2ALDA 1KA9F 1XBYA 4BWLA 2B7NA 2J88A 2QR6A 2WOQA 1ZAJA 3DFTA 4IUOA 1TCDA 1NF7A 1QO2A 1OFQA 3G1YA 3MW7A 1VH7A 5K4XA 1NEYA 5FESA 2DZVA 4JTGA 3CIWA 3S5YA 2B7PA 3W1MA 1ZFJA 4ZMGA 8TIMA 3QFEA 2WV8A 3NL6A 3PC0A 1SO6A 3P74A 1GYLA 1SW7A 5D2XA 4PEKA 4JTJA 4UXDA 5F4SA 3STCA 4EVZA 3PG9A 3EB2A 1H7XA 1B4EA 2VXNA 3P84A 1LRQA 3NQGA 3L5LA 4AEOA 4BF9A 5D32A 2ZZ3A 1R2RA 1KBIA 2X1RA 3OBKA 4JX4A 1SZGA 1Q3NA 3JS3A 3S1UA 2ZYFA 4WOZA 4HKPA 3WJYA 2NLIA 3DFPA 5AHLA 3UY7A 4YLWA 3MHGA 4Z1DA 1OX5A 1VJIA 4RZ5A 2OMAA 4R53A 5T26A 1W0MA 3IIXA 2CWNA 4O4WA 1HG3A 4E38A 3A9IA 3ABQA 1GOXA 1LROA 5EPDA 3GXNA 2F84A 4LTSA 4MPQA 3S5OA 4KFPA 1THFD 3TAKA 3W73A 2P10A 1KFKA 1TV7A 3EKLA 5F2IA 3TSDA 4LOCA 3VKJA 3G1AA 4PC8A 4EF9A 1CX9A 2X1UA 5HMSA 1I2RA 3F4NA 3BLIA 5EL1A 4O52A 1WOBA 3BW2A 3MJYA 2RFGA 1SO4A 4WD0A 3GX9A 5I3JA 1OFPA 1OFAA 4O0ZA 3GKFA 3UWWA 1FBAA 2QCGA 3GNNA 2ZA3A 3PUOA 3NG3A 1HTIA 3FKRA 3FYOA 3L65A 4KFOA 1GTHA 2AQWA 2C15A 1SZEA 5K2ZA 3QQ1A 3GK0A 1PS9A 3HPSA 4LVGA 4HNNA 4LWWA 3TMQA 1Q45A 5LNWA 3GB6A 3PF3A 2DZUA 3LRMA 3DFOA 2V30A 1F73A 4GWEA 1EX5A 4DQWA 1T99A 5K9CA 4JGDA 3C2RA 4RKAA 2X1TA 4JD4A 4MYXA 1TPWA 1LP6A 2FJKA 5K4ZA 5U4NA 1OJXA 4O4VA 4CNNA 1NSJA 1QCWA 1TV8A 3FIGA 3NQAA 3P5ZA 4DO4A 4ADUA 2YSWA 3KXQA 1WXJA 2OT0A 4MY8A 4TIMA 4TR9A 4JTTA 3TR2A 1G4EA 3W1TA 3EXRA 3L2IA 1B9BA 4O1CA 1H61A 2JGQA 3ANYA 2O7QA 2YFNA 4OQVA 4K8EA 3O63A 2DZSA 1Q6LA 3CLMA 3P82A 5AHEA 1ZALA 3BW4A 1BTMA 2Y70A 1PV8A 3OG3A 4ML9A 2J6XA 4GXMA 4H4IA 1X1ZA 3PG8A 3W7HA 4YWIA 2H8XA 1YPFA 4QAIA 4DBDA 4Q32A 4E2DA 5G2WA 2ZZ7A 1P4CA 1M5WA 1PHQA 2HTMA 2R91A 5F4WA 2V0TA 4AVFA 1LLWA 4I7VA 3W07A 3KHJA 4FNPA 3BPWA 4DELA 1JQXA 3NDOA 1L6YA 3LXCA 1W37A 2YW3A 3FS2A 3GNDA 3W1UA 3CWNA 2NX1A 2ZA2A 4G1KA 3CPRA 3G1DA 3NPWA 3L67A 3M5VA 1KM5A 2ZBTA 3EKZA 1W3NA 4NXSA 3ZFHA 4N02A 4WXYA 2J9YA 3LRKA 3LHVA 3S1WA 2HS6A 1DKWA 2FTPA 2ZRVA 3C0JA 3U2OA 3G0XA 3M1ZA 4HHPA 2YXGA 1XCFA 1Q6RA 1SO5A 4CCCA 1IXOA 2PURA 4X22A 4K37A 4FNQA 5D2VA 3TDFA 2EAWA 5I3KA 3BG3A 4DF0A 5CZJA 1OF8A 1FXPA 3P80A 4NT0A 3PBVA 1H7NA 1O4UA 3PBUA 3HMJG 1OK6A 3NQMA 2DJXA 5I3IA 4UC5A 1TPFA 2QCEA 1F6KA 3VFLA 1ZNNA 3W87A 4ONVA 3STEA 2WPBA 3M5XA 3N14A 5EA9A 3B8DA 1ICPA 3W2LA 5AHMA 1XBZA 2C13A 2UV8G 1PIIA 3RU6A 2JGYA 1G7UA 4JYFA 4JIQA 1ADOA 5D09A 4ICNA 1R30A 1YDNA 3OA3A 1QPNA 2A0NA 4GFSA 5K3VA 2E68A 4MIMA 1LZOA 1UJPA 3MWAA 1UBSA 3TKFA 1WBJA 4IXHA 3W1QA 3BG9A 1NFBA 3ZR4A 4UIOA 3O07A 2QDHA 1K8ZA 5LZLA 3TFXA 4RZ6A 3HG5A 2C6QA 3W84A 2NXHA 1H7OA 1VC4A 4IOTA 3SY5A 5CG7A 3W1AA 1W54A 4Y6GA 2ZFAA 5A8GA 3G24A 2GVJA 3CTLA 3QYQA 3CU2A 3N19B 1KLYA 3LCGA 1LDCA 1GZGA 4JYDA 2X2GA 1TYGA 1W1ZA 3BLEA 1FUYA 1WX0A 4QNWA 3M5ZA 4FIRA 1XKYA 2YX0A 3TQ0A 4RR4A 3EWZA 4JYEA 5KTLA 3M16A 4QJ1A 3W7OA 5KZEA 1ZJIA 5E93A 1FWTA 1H5YA 2CLFA 1PCKA 4O19A 4BFAA 3TQKA 1SW3A 2CZDA 4LS1A 2ATMA 3F03K 1A5SA 3IIPA 5BMWA 3FA5A 3MYOA 3KVKA 3P81A 3Q37A 1W8SA 4RX0A 3EX6A 3M43A 1K7XA 2WNQA 3L5MA 1P1XA 3DKLA 1KBJA 3LHYA 4GC4A 3G1VA 4Y96A 1G4SA 3TUUA 2QCNA 4A21A 2R94A 5C6MA 5D05A 4E0CA 3GDTA 3L0GA 1OYBA 3MI6A 3Q2DA 3W2UA 4AB4A 1A5BA 1S5TA 1FDJA 4A22A 1XDMA 1KFEA 4PA8A 3DBPA 2PRMA 1SFLA 2WQPA 4WJEA 3ELFA 3OEXA 2QCDA 4XTDA 2RDUA 1G6CA 2YCEA 1WYIA 2GJLA 1XXXA 3DKJA 1BKSA 4JX5A 1A5AA 4O28A 5I3HA 5K9DA 1K7EA 1I2NA 1XM3A 1IF2A 2I14A 3EWBX 3SIZA 3TK7A 1O95A 3W88A 4JTFA 4UTHA 2G5WA 3UYCA 4LRTA 4QITA 2OCZA 5AC8A 2ZCGA 5AC7A 2NWRA 5CKSA 5AHFA 5L9FA 2NWSA 1JCJA 2VELA 2XN0A 3N9SA 3L9CA 2JKPA 3LCIA 2PRLA 3W22A 4W9TA 4ZZ9A 3NVTA 3LHTA 4HN4A 2IQTA 2ISVA 3U6WA 1QMLA 3EWWA 1OK4A 3C6CA 3RLUA 4BI6A 3W76A 5E1QA 2J27A 4HSNA 3W7JA 1JRCA 2QJHA 3GDMA 4M5PA 2J9XA 1QFEA 3SGUA 2QCHA 4YXGA 2DZWA 4AWUA 4IMEA 1H7RA 3NL5A 3QJAA 4XZ9A 5HULA 5F2LA 4UCGA 1H50A 3HO8A 3RF9A 1L2UA 3C2FA 4A2SA 2QCDB 1DV7A 2PCQA 1ML1A 4X3ZA 1T0OA 3NGJA 2QAPA 5DELA 5H91A 3N2XA 4RK8A 3LDVA 3LV6A 3RMJA 3S0CA 2QDGA 4YCPA 5G4WA 3FJ6A 3QH2A 3KRZA 4WY0B 2R8WA 4HT3A 1GWJA 1QPRA 4JEQA 3F4WA 3L21A 3B05A 4LC6A 5HR7A 3O1NA 2P1FA 5I3GA 4ZQCA 3P60A 3M44A 3NPUA 1AL8A 1BWKA 1PVNA 1I4NA 1TPC1 3W2JA 1TRIA 3DENA 4OHQA 3NNTA 2ISSA 1JVNA 5AHIA 3O06A 2C0AA 5H2ZA 2FDSA 3E49A 4LU0A 1SPQA 2E1DA 4NZJA 5DBTA 4FX6M 3TX9A 4IXXA 5FI8A 1N7KA 2QUVA 1SR9A 1QPQA 2FIQA 1ALDA 2G97A 1YLVA 3W75A 1TTJA 4UTIA 1TIMA 3CHVA 4FIQA 1ONRA 4JTLA 1MEWA 4LRSA 4O1DA 1DORA 3M47A 5HWJA 1UB3A 1E51A 2CLMA 1QPOA 4PL2A 3TA6A 4O17A 1W5OA 3PS7A 4K6AA 2W6RA 1OVDA 4HIBA 3UWUA 3KX6A 4IX2A 1SW0A 3W7CA 3NPXA 5DXYA 1VCFA 2WNNA 4X9SA 4AHQA 1DQXA 1RV8A 3BLFA 1VCVA 2E5DA 2BXVA 1YTKA 1D3HA 3PWAA 3QPZA 3VE7A 3JRKA 3DFQA 5LGXA 2ZRZA 4LNYA 1FCVA 1PHWA 3F1QA 2YPIA 1AW2A 4K36A 1ME9A 3FFSA 4O10A 5E0KA 3NQ2A 1DJQA 4JXCA 3QM3A 2WKJA 5HUPA 4P2VA 3QMRA 2CLIA 3DZ1A 3W6YA 2CLEA 4Z0JA 2EGZA 5LKYA 1MZHA 3HG2A 1ZY9A 3NM1A 4WUIA 5IBXC 3LBCA 3LXBA 3W83A 4HNTA 4FHAA 1I2PA 1TV5A 4IMGA 4PH6A 4IGHA 2NX9A 1SZNA 3PY2A 5ABTA 1NVMA 3LGEA 3GDLA 3E9AA 1KTNA 4UR8A 3G1XA 4IPIA 3E12A 1FCUA 3HIJA 3W7MA 3MI2A 3P62A 4NNCA 3KRSA 4TMBA 5LNVA 3ATYA 3CQ0A 5DCBA 3LI1A 1XDLA 2CZEA 3PUEA 4N9BA 3T55A 1WQ5A 4O0KA 3TMLA 3GAYA 1HUVA 3IGSA 3TC7A 3USBA 1LTDA 3BG5A 1KFJA 5FF2A 4MFDA 1TSIA 2OZ0A 3GR8A 1LBLA 3GLCA 3UY8A 2WO5A 3UWQA 4Z1BA 1U5JA 3MP3A 3I6RA 1PL9A 3E96A 4TMCA 4OBTA 2C1HA 3S5NA 1FWNA 4RZ4A 5EY5A 2C3ZA 3W74A 4H3DA 4OE7A 4MZYA 4MJMA 2VFIA 3EX4A 3LRLA 3S42A 1I45A 1QDSA 3UZ5A 2PC4A 4NU7A 3C2OA 3C56A 4RXFA 4OWGA 3DHFA 4UMBA 2Y61A 2CFFA 4OV4A 4M6VA 1GVRA 3S9YA 2QCMA 4O14A 1KW1A 4R34A 1Q6OA 1QNVA 4O57A 2QEZA 4LV4A 4MFEA 2Q8LA 3S8HA 1ME8A 2Y63A 3TJLA 1I2QA 1EPXA 5LHFA 2ZZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MUC A;  1PE1 A;  1XQK A;  3W6M A;  1VJS A;  3GHT A;  4JS3 A;  1K4H A;  3SRH A;  2BY0 A;  3C0L A;  4KFN A;  1AG1 O;  4WGH A;  2GK1 A;  2PDF A;  1TJP A;  3TLL A;  2NUW A;  3UZW A;  2V3G A;  1XRT A;  5DMN A;  4I7W A;  4UTJ A;  3I7Q A;  1IEI A;  2WJD A;  1NP2 A;  2OGJ A;  5H8M A;  3SFW A;  1EP3 A;  2J77 A;  1FWI C;  1ZBC A;  1S3H A;  3N2T A;  3GVR A;  4LAL A;  3RJX A;  1KM2 A;  4IPJ A;  1FDY A;  1A50 A;  3B0V C;  4MM1 A;  1QTW A;  4M19 A;  1K77 A;  3EX3 A;  3EXT A;  3LLF A;  4U4M A;  4UMA A;  2WNZ A;  3AXM A;  4QXI A;  4FF7 A;  2YW4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1W56A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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