1W5NA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations d131c and d139c)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALCPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
molecule tags Synthase
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus 123
structure length 322
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5nA00
5CZTA 2FIQA 1FCQA 4FNUA 1FDYA 1KM1A 1EWEA 5HR6A 3N14A 4FNTA 4JIPA 2ABBA 2A4AA 4O0KA 1PCWA 3W83A 1D3GA 2QDHA 3GNDA 3LBMA 1B9BA 2YPIA 1SW7A 1GVRA 3W1RA 3SW6A 3WJYA 4LWWA 2WOQA 4NZFA 4NNAA 4M5PA 4HSNA 3DI1A 4Z1AA 3F4WA 3FLUA 4GRSA 4JYEA 4DF2A 1YPIA 3JS3A 4Y96A 1EA0A 2NUXA 2ZRWA 3OEXA 1OX4B 1MSSA 2ZZ5A 3DKLA 2QUTA 2G96A 1E51A 1ZAHA 1X6UA 1IGSA 1Q6LA 4JTTA 1OX6A 1SU5A 2V81A 5KINA 3LCGA 5DXXA 1JRBA 3FYOA 1C8VA 4MIMA 3QYQA 2P0OA 1F76A 1C29A 1SW0A 1PCKA 3NDOA 3W7NA 1WA3A 3NQAA 2WJZA 3LHVA 2C16A 2ATMA 1XBYA 2DZPA 1QCWA 2QCCA 4DPPA 2E6YA 4JN6A 3O1NA 1XXXA 2RDUA 3G8EA 1KTBA 1SW3A 3N9RA 2FJKA 1SUXA 4GJ1A 3KAOA 1I45A 2Y89A 3C2VA 4UTHA 1DORA 3NQCA 4KKXA 4K8EA 5F2GA 4Q32A 4FNRA 3SJ3A 4UFHA 1QOQA 3N73A 5H2ZA 4UMBA 1TPC1 3R2GA 2EAWA 5C54A 4XWUA 4Z08A 1XL9A 3Q94A 1FWSA 1F74A 3L65A 2WO5A 4FEZA 4M7TA 1K8XA 2Y7DA 1BWKA 3EX1A 1A5AA 3CEPA 1WDWA 3W7IA 5DCEA 2DJLA 2GQ8A 2NXGA 4IXXA 4OV9A 1G6CA 3TDFA 2FB2A 3G0UA 1S5WA 4NNBA 4K7YA 2NLIA 1HFBA 1W5PA 1FQ0A 1DBTA 1OFQA 3UZJA 1OG0A 3TKFA 3LHZA 1I4NA 4R53A 2R91A 4M19A 3GB6A 3I6RA 2ZZ2A 1HO1A 1S3HA 3VCRA 1WOAA 4FHAA 4O11A 3W2NA 2NUYA 4PCFA 3EKZA 1GQNA 5F2LA 3W23A 4CQAA 1GVSA 5EKYA 3G1FA 4K7VA 2A7RA 1GG0A 1TTQA 4IMCA 3TC7A 4UFJA 2DZTA 3PC0A 4XZ9A 4UTJA 4WXYA 3ZWSA 1GYNA 3L67A 4N4PA 5F1VA 2XN1A 2Y6ZA 5K9XA 4DO6A 4N6EA 1TRDA 2Y7FA 2GQ9A 3GKAA 3O05A 1BEUA 3LOTA 3GXPA 1YDNA 2GJLA 1F6KA 5CZJA 1ZENA 3SFKA 1H51A 1ME8A 2YYTA 1YDOA 3BK0A 3U8GA 2HSAA 4AWSA 1JVNA 1SO5A 1GJPA 1JULA 4RR4A 1TB3A 3IVTA 3FJLA 4CLMA 3CPRA 4AEOA 4Z0SA 1JUEA 3TQKA 1NF0A 5LNUA 2CLKA 3W9ZA 1TPUA 3BO9A 4DF1A 3GNNA 3EKLA 4ZZ9A 2CLHA 1W3TA 5GVJA 2PC4A 4I7VA 3LHTA 3IEBA 4JTFA 4UMAA 3LTPA 3C6CA 3NM3A 4UC5A 4NVTA 4LC6A 3QPYA 3GDKA 3BGJA 3MMTA 3QSTA 3PBUA 1H61A 4IUOA 4K39A 1KFJA 2NZLA 4UR7A 2VFFA 4J9JA 5AHLA 4FNQA 5SWUA 3QZEA 1VYPX 2E1DA 4M6PA 1GOXA 2FQIA 1EP3A 1YLVA 2J9ZA 3BVJA 3IVUA 4ZQRA 5K9CA 3W7LA 1VJIA 1DV7A 5HWNA 4O1BA 1ZFJA 4M6VA 2V82A 1I2QA 1FCBA 1JCNA 3G1DA 3G24A 5I3HA 5F2MA 1LORA 5AN7A 1O5KA 2QCDA 3CB8A 5I3GA 1OVDA 3TK7A 3EB2A 3KRSA 1KA9F 1RD5A 1W8SA 3W7GA 1WYIA 2CZEA 1LOLA 1OK4A 4MZYA 3PS7A 3PBWA 3FJ6A 1XBVA 4PA8A 4LV9A 3LTSA 4O10A 5IM51 3GAKA 2YFOA 1EB3A 3ATZA 2VOMA 3P74A 5D04C 1T99A 2WV8A 3M5ZA 3S0CA 5D33A 3RNDA 1YXDA 4IMGA 3LLFA 3PY2A 4MZ8A 4UFMA 1XDLA 5D2YA 2A0NA 3UWVA 4AWUA 1VCGA 5HQEA 2C18A 3L21A 4DXVA 3RF9A 2A6NA 1KM5A 2Y70A 4Y6GA 3G1HA 4IJBA 3IIOA 2ZFAA 1F6PA 3NG3A 1TMHA 2ZA1A 3I68A 1VR6A 1WAUA 4CNNA 5DXYA 3DFQA 4Q4KA 2V8ZA 3PAJA 4UTTA 1UUOA 2ZRXA 3KX6A 2CLIA 4RZ4A 4X9SA 2DZWA 4JTSA 1NSJA 1UCWA 2RH9A 1HO4A 5LGZA 2VFIA 2YXGA 3ANYA 3DFNA 3DHDA 3JRKA 4K37A 4ORIA 4AB4A 3EXRA 2FPVA 3SR7A 4UXDA 3GK0A 1Z41A 1KTCA 3KRUA 5G1YA 3KVLA 2NV2A 5HUPA 4UTIA 1W56A 3OVRA 2JKPA 3R8RA 3EEGA 4POCA 2C19A 4IMEA 1SO4A 3PR2A 3NXFA 3HPZA 3NL6A 3UWWA 3TX9A 3DU0A 5EPDA 4MY9A 1QDSA 3EWYA 4LS0A 1K8YA 2ISVA 3STEA 1ME9A 1TQJA 2WSYA 4D2JA 1LDCA 5H91A 3GDTA 4NXSA 3M7WA 1PHWA 1AW5A 2XN0A 1Z42A 3G1SA 4O8RA 1TPWA 2NX3A 2TMDA 1N8FA 1L6SA 1A5BA 1CI1A 2VC6A 3M43A 1TYGA 3WJSA 2AGKA 4A21A 4LW7A 1QFEA 3UD6A 3YPIA 5D2TA 4TX9A 3UWQA 5G2IA 3BG9A 1DHPA 5EMUA 1B4EA 3PG8A 3S5NA 3EWBX 1LZOA 1VHCA 1GTEA 4IXHA 4A22A 4JTGA 3TR2A 2VFHA 3QJAA 1R2RA 1AW1A 2E5BA 1ZALA 3O6CA 2RDTA 1TO3A 1R2SA 1P0KA 3G1YA 4RX0A 4EVZA 4FNSA 3BLIA 1OFRA 3F03K 2ZRUA 3TC6A 1ML1A 3PSWA 1OYCA 1AL7A 3LERA 5F1UA 3KFTA 5D03A 3S1UA 4OBTA 1I8JA 3P7YA 1FWWA 4HN4A 4HSOA 3C8FA 3CT7A 3U6WA 2ZYFA 3DENA 3DFSA 1OJXA 5CG7A 4IMDA 4O12A 4HT3A 4JY8A 2FDSA 2CW6A 1JCMP 1SZFA 3E9AA 3R89A 3PG9A 5D38A 2I1OA 3QMRA 3W1AA 3OBKA 4XTIA 3C0JA 3MJYA 4AF0A 3W1PA 4HIBA 5HR7A 4ADUA 5TBOA 3SSJA 4JR5A 4JGDA 1B3OA 3LB0A 4O1AA 3TQ0A 3MYOA 4KFNA 4ZQPA 1KFEA 2ZBTA 4GFSA 3PVFA 4E0CA 1Q6OA 1M5WA 5AC6A 3FIGA 3EWUA 3NQEA 3MHUA 1H1ZA 1FBAA 1BKSA 4O19A 1ADOA 1K03A 3A24A 4X22A 1QWGA 2DZUA 4FXRA 4FF7A 4L4MA 1TPEA 3FS2A 2BLEA 4BI7A 3W1TA 5AYZA 3W1QA 2DP3A 3HOJA 1VC4A 3G3DA 1W5MA 2VELA 4K36A 4UFIA 1SFLA 2H3BA 1JUKA 1KFKA 1G7UA 1OF8A 5HWMA 2CLMA 5EYWA 2ISSA 1K8ZA 1GEQA 3C56A 3C2EA 1H1YA 3NZ1A 5KZEA 3WJXA 5CPOA 4I9AA 3KVKA 5T26A 4EF9A 5HWJA 4QNWA 3LCHA 4IMFA 3S6DA 1JR1A 2EGZA 4O0ZA 1SSGA 1VYSX 2X2GA 3QMSA 1X8FA 4ZMGA 5CSRA 4JX5A 3STGA 5G2WA 1HG3A 1IXPA 1IIHA 4ONVA 3P5ZA 3UY8A 3DH7A 3LRKA 1RV8A 1OFEA 4JDBA 1RQHA 1ME7A 3UY7A 3UQNA 3JR2A 5AHEA 1W5NA 4KFOA 4PL2A 1D3HA 4FX7A 4DO5A 4UMCA 7TIMA 3L9CA 4JTUA 3TU9A 3CU2A 2Z6JA 2B4GA 1H7WA 5CZ0A 1R2TA 4Z1DA 3UWUA 1FXPA 1TQXA 1JJKA 4UNLA 4U28A 4R33A 3W7QA 3L0NA 4P2VA 3LV6A 3LI1A 3STFA 5DELA 4JTLA 5LNRA 2Z1BA 1FWRA 3Q37A 2TPSA 3HGOA 3DBPA 5G4WA 4O1CA 2CLOA 3E0IA 3O8AA 1P1XA 3NVTA 3LCXA 3HG4A 2X1SA 3IIVA 3D0CA 2YSWA 3KVJA 5EBUA 1GZGA 1UASA 1ZHAA 4O53A 4AHPA 3PUDA 2DZSA 5KTLA 4NT0A 3SECA 1TIMA 2V9DA 1DOSA 3PUOA 5K4ZA 3TA6A 2Q3RA 1NVMA 3NGJA 1EX5A 4DO4A 4NX5A 4OE7A 6TIMA 2E5CA 3W85A 1TV5A 1V7YA 3H53A 4I7WA 3A9IA 1QPNA 4LU0A 3T55A 3UXAA 4FX8A 4HPXA 1Q6QA 1TPVA 2NWRA 3FKKA 3F1QA 4LVBA 1ICQA 5F4XA 1RPXA 1KM2A 4Z1BA 3CWNA 5BOOA 1F05A 4S2BA 4TU1A 1W3NA 2QUUA 2O7QA 1GPWA 3CQ0A 1LRQA 2CLFA 4QAIA 1W5QA 3RU6A 1DVJA 3K30A 1L2UA 3O63A 3TSBA 1B4KA 4PC8A 1K7FA 2VFGA 5CZSA 2QCDB 1YTEA 1O94A 1J2WA 2B0MA 1F7BA 1ZJIA 2W6RA 1NEYA 3BW3A 5G1TA 2I14A 1IIGA 5AYXA 2FB3A 1Y0EA 3W7CA 5K4XA 3PM6A 4MYXA 1RR2A 2JBMA 4HHPA 4PFMA 4UNKA 4K8HA 3BARA 1TPDA 4AH7A 4YCPA 2Y88A 2HS6A 3GDLA 4MFEA 4OT7A 4WY0A 3TUUA 2VKZG 3T7VA 2J24A 1DKWA 3S5OA 3M44A 4O54A 2E68A 1KFLA 3NQFA 5DN1A 2H6RA 2QEZA 2RKXA 3LM7A 3DFOA 4QSHA 2FTPA 1I2RA 1SFJA 2QCHA 4NJKA 2R94A 2VENA 4JIQA 2VEKA 5DCDA 4BK9A 4DEFA 4CNOA 1KFBA 3IRDA 5E0KA 1XBZA 3PBYA 3S9YA 5CPMA 3TW7A 4UIOA 3Q2DA 4Y9AA 1VLIA 4M7SA 4NXKA 1P5BA 1FX6A 1KLZA 1QO2A 1W31A 5ABTA 5AYYA 3USBA 2NV1A 4JNMA 3UYCA 3HMJG 3CM4A 4PL1A 4HKPA 1T0OA 2EHHA 2J88A 4AVFA 2J9YA 3LXAA 4AXKA 1TJRA 3FOKA 2YZRA 2E6DA 3LBCA 5FEPA 2OT1A 2V2DA 3PB2A 2G95A 4O18A 3O07A 4IPIA 4HNVA 1P0NA 2F84A 2A21A 1Q3NA 2YCEA 2OZ0A 1EPXA 4IPJA 1KTNA 1TTIA 1WXJA 3S1WA 3UPWA 5C2XA 2F7FA 1VCVA 5BW6A 1EEPA 1O95A 3WFAA 3IGXA 2C14A 4JTEA 1N55A 3T78A 4IX0A 5L9FA 1YADA 5HUOA 1XCFA 4PTNA 2DZXA 4C1LA 5J5DA 2YW4A 3P62A 5AHIA 3FFSA 4NQ1A 2VFDA 4EOUA 1OX5A 3RMJA 1J5TA 2XN2A 3NEVA 5BMWA 3NYZA 1LOQA 2WNQA 3G1VA 4GNJA 3VE9A 1M7OA 3EWZA 2VEMA 1IF2A 2H8XA 1A53A 1EWDA 4MZ1A 1G4TA 1ZY9A 4JEQA 4TMCA 3QRHA 4XBSA 2W79A 3W75A 3W86A 3W6YA 1HL2A 3LHYA 2DU2A 4TMBA 3TMQA 3E02A 3L5MA 4Y90A 1LLZA 3HJZA 1VYRA 3LHWA 4JYFA 2VEPA 4E2DA 4DBEA 2C0AA 1FCUA 1W54A 1VH7A 3BW4A 5J5RA 3TW6A 1I2OA 4MLRA 3FYPA 5E93A 5AB3A 2BZNA 8TIMA 4LVFA 3IIZA 3EWXA 3NPXA 4DPQA 5LNVA 3NR0A 3B0UX 2QCLA 5AHMA 2ZRVA 3P8IA 4AMAA 1R30A 2PURA 5F4WA 3S8HA 3S5YA 2BSLA 1YDVA 2GPTA 1RVGA 5LHFA 3LXBA 1YYAA 5F2IA 3EX6A 3ZR4A 4ZL1A 5KZMA 3RK8A 2PRMA 5TIMA 3QFEA 1FXQA 5G4EA 4CQ8A 3NOEA 3O6DA 1VHNA 1D9EA 2C6QA 1AK5A 1QPOA 3PB0A 1TREA 3GVGA 2O7SA 3W22A 1FWNA 1SSDA 2J9XA 4PEKA 4S2CA 1UB3A 4CNPA 2R8WA 4DBDA 3LCWA 3SGZA 2C13A 5K9DA 3LV5A 1ONRA 2JK2A 4I7UA 3W7EA 4AF0B 4ADTA 3TFCA 4Z0JA 1MEIA 3UXDA 2QAFA 3M5YA 1OFPA 3TIMA 3MP3A 2TYSA 3N9SA 5D05A 1K02A 1Q6RA 4O16A 1AW2A 1EP2A 4O17A 1GVFA 4HNTA 2E5DA 4LV4A 2V2HA 4LRTA 2HS8A 4H3DA 3NQDA 3FA5A 2DZVA 3BGGA 4RZ6A 3LDVA 1IXQA 4MY1A 3LI0A 1K7XA 2E6AA 2RHGA 3TROA 2VXNA 2A7NA 1DJQA 5FF7A 5FF0A 1AL8A 4DQWA 4EWND 5LHEA 3KOFA 3NL5A 3SGUA 4XBKA 1G7VA 2BXVA 3EX2A 3FKRA 4WOQA 4LS1A 5A8GA 2YR1A 5LNWA 4K6AA 2EPHA 3NA8A 1G69A 1Z44A 4X2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LSB A;  4HCH A;  2XWD A;  5HR6 A;  4TVD A;  4G1N A;  5C2G A;  4GQG A;  4DZ5 A;  2X2Y A;  3W83 A;  1RUS A;  3XIM A;  3F4D A;  2IS7 A;  4LWW A;  4HSN A;  2IKH A;  3SRD A;  3UG4 A;  1MRQ A;  4A3H A;  5A2C A;  2AGT A;  4KCW A;  1EA0 A;  3C0S A;  3OEX A;  1XIF A;  1H0G A;  4C7F A;  3PZU A;  1PUD A;  1OD0 A;  2G96 A;  2YZ5 A;  4V27 A;  1IEQ A;  1SU5 A;  3QY6 A;  2V81 A;  3ABX A;  5KIN A;  3LCG A;  1EKO A;  4RDY A;  1E9L A;  2VCA A;  4MIM A;  1XRS A;  2P0O A;  4L1W A;  1F76 A;  4LAN A;  1SW0 A;  4JL1 A;  3VDC A;  1ZSX A;  1VKF A;  4DNH A;  2WJZ A;  3KL3 A;  2ATM A;  3N12 A;  4DPP A;  4PB5 A;  2E6Y A;  3O1N A;  3QFW A;  2CWX A;  2QGY A;  3G8E A;  1ZL1 A;  1ZPT A;  4J2P A;  1SUX A;  4GVF A;  4H00 A;  3OZY A;  1UOK A;  3UJS A;  1WKE A;  3KRB A;  4FNR A;  3SJ3 A;  1QNR A;  2HV5 A;  4FOK A;  3CQK A;  3MZ2 A;  1MNZ A;  1QU4 A;  4H9Z A;  1XL9 A;  1LL6 A;  1FWS A;  3L65 A;  4JFV A;  2WO5 A;  4B92 A;  1K8X A;  1BWK A;  1OCJ A;  1A5A A;  1XPY A;  1QXL A;  5BWA A;  3MUI A;  3FAX A;  2UY5 A;  3E5B A;  2GQ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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