1W5N | Genus

Total Genus 123

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	329
structure length	322
Chain Sequence	NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALCPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__313209586895671__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__313209586895671__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1W5N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__313209586895671__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"313209586895671","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1W5N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__313209586895671__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Synthase
source organism	Pseudomonas aeruginosa
publication title	Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus	123
structure length	322
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2004-08-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1w5nA00

4UNKA 1ME7A 1GTEA 3PWAA 1M7OA 5D33A 5C5YA 2RFGA 3DXIA 4MOZA 2NUYA 5FEPA 2Y62A 1DHPA 2VEKA 5DXXA 1OF8A 3EEGA 3GK0A 4WOZA 3R2GA 4JTEA 2RKXA 3NQMA 1G69A 1RQBA 3NZRA 3F4NA 5KITA 3NM3A 5BW6A 1GVOA 4LT9A 3RMJA 1UJPA 5H2ZA 4IMDA 1KFLA 1W54A 1TIMA 1SR9A 4JR5A 1TRDA 1L9WA 2OMAA 3NQCA 4FEZA 2DZVA 1EP2A 3SJ3A 1AL7A 1ZJIA 1K7XA 4O12A 2YSWA 2CFFA 1BWKA 4WJEA 2VELA 1W5OA 3B0VC 4ZZ9A 3OA3A 4UFJA 4H6KA 2EGZA 4AWTA 2RDWA 3NVTA 1Q3NA 3G1DA 1EP1A 3NG3A 4XKYB 2I1OA 4PFMA 3OVRA 3W84A 4WY0B 2ISWA 1XUUA 3GXNA 1PV8A 1IIGA 3HPSA 3OBKA 3BVJA 1KV5A 3HPXA 3O6YX 1A5BA 3FYPA 4DBEA 3NQ8A 3NZ1A 3S9YA 4O15A 2YW3A 1EA0A 3W7NA 1F5ZA 2F84A 2E6FA 3RFAA 5CPLA 3KVKA 2E5DA 3C56A 3INPA 4JIPA 3MWAA 1ZENA 3FIGA 3A22A 3LHTA 1K8YA 3M44A 3LRLA 1TV8A 3NDOA 3MYPA 4IXHA 2Y70A 2NX1A 5CPOA 2CZEA 3STEA 3TROA 1XKYA 1H7XA 2TRSA 1GYLA 5F2GA 2AQWA 1H5YA 3EXSA 1O95A 1LORA 4O0ZA 3GXTA 3G3MA 3QSTA 1KM5A 2WO5A 3TMQA 4BWLA 3H53A 3PG8A 3C8FA 2O7SA 2QF7A 5G4EA 3WK1A 3GDMA 3C2FA 5FF7A 2DZWA 3MHGA 4QSHA 4IWWA 3M6YA 3VNDA 4M19A 4MY9A 2DJLA 2V5LA 1TPFA 4NJJA 4S1FA 1IXNA 3T78A 1NF0A 4ZVJA 1KTCA 5A5WA 1ZAJA 3LLFA 4LVBA 3M41A 3W6YA 1IGSA 4AVFA 5J5DA 3NO5A 5L6UA 3GDKA 4CQAA 3TSMA 1HL2A 1JQXA 3WK3A 1H7OA 5DCDA 1V5XA 1Q45A 2BSLA 4UTWA 1SZGA 3IIXA 1Z44A 4GFSA 1SO4A 2BX7A 5E0KA 1SW3A 2NXIA 1VCVA 2H3BA 1FXQA 3GVGA 2P10A 2V8ZA 2H3DA 3L67A 1VHNA 2QCDA 4U28A 4K36A 2GQAA 2Y7EA 2QAPA 2X1SA 1WAUA 2A1YA 1IXPA 3MMTA 3PF3A 4PA8A 2TSYA 2ZQ0A 4HHPA 3P61A 1HG3A 3HG3A 1W56A 1HFBA 3UWUA 5K3VA 3S0CA 2ABAA 4FNSA 3DI1A 5J5RA 1XBYA 2CLLA 4HT3A 1I2QA 1LOLA 3NEVA 3L5LA 3N19B 4AEOA 1VZWA 5FEWA 3MYOA 4RZ6A 1FDJA 5CG7A 4BR1A 4IUOA 2QUVA 1B3OA 1ICPA 3QPYA 5AC6A 4GXMA 1LRNA 2QCLA 3HJZA 2VFIA 3QRHA 3C2EA 2VFHA 4IQLA 1W37A 5I3JA 1S3HA 3S5OA 1RV8A 1TPC1 3EX3A 2V9DA 2AAMA 1ONRA 4QNWA 4LVFA 4QM1A 1SSDA 3R12A 4N9EA 4N9BA 4JTIA 4UXDA 4O11A 4LVGA 4CNNA 3D0CA 2V2DA 2EKCA 3B05A 4NX0A 3NXFA 5FEZA 2OX1A 2QCNA 1PL9A 3VE9A 1DJNA 3M47A 3BLFA 1K8ZA 2VFDA 2NWSA 3W1XA 5F2IA 3WK2A 3QYQA 3EWUA 1R2TA 4JS3A 3N2XA 1KM1A 1K03A 1TREA 5ABTA 2ZRUA 1QPNA 1U5JA 4OT7A 5D2VA 4JYDA 2QUUA 3CPRA 4CCEA 1B4KA 3W1TA 2C1HA 3S42A 5HWNA 3SECA 3VI2A 1VC4A 1EWEA 2V5BA 5L9FA 2J6XA 4TIMA 3ZWTA 2C16A 1KTBA 4A2SA 3SR7A 3FOKA 1UUMA 1H60A 3KFTA 4O4VA 4HNUA 5BNKA 3W7QA 1SZFA 3EWXA 3PY2A 5C6MA 2DP3A 5TQLA 3BG3A 4KWVA 2FPYA 4RV8A 3L0NA 3I65A 2GOUA 4FNTA 2A6NA 3EX6A 3LTSA 2A7NA 5SWUA 2FLIA 5D2XA 3GR7A 3LCIA 5K9DA 1X1ZA 2A4AA 3GDTA 3L65A 1Y0EA 4S2CA 1NAL1 1OFAA 1YXYA 3LI0A 4NVTA 4EF9A 5TIMA 4GC4A 3MP5A 4O18A 3NL5A 4JN6A 4PEKA 3C2VA 3MI6A 4AXKA 4Q32A 4CCDA 3S1XA 3O07A 5KZMA 3PULA 2GQ8A 4JX4A 3TMLA 1H61A 3IEBA 2XFWA 2QR6A 1LCOA 4O28A 4WUIA 4NXKA 1YDNA 3RU6A 4Y6GA 1JCXA 3UNDA 3G1AA 3NQVA 3O6CA 4N4PA 3UQNA 2PC4A 1WDWA 5DELA 4IMCA 1P1XA 1GWJA 3EX1A 2Y88A 1G7VA 3LI1A 1PIIA 1XDLA 2ZA1A 3MJYA 3TV8A 3MI3A 3MW7A 3FJLA 1UBSA 5DCEA 1GYNA 4MZ8A 5AFDA 2WSQA 1VGAA 2C14A 3SFKA 1ZFJA 4Y90A 3HGJA 2FPVA 1OX5A 2Y7GA 3HPZA 1W5NA 3P84A 5LNWA 4UFMA 3EXTA 5CPMA 3UPWA 2WPBA 2EPHA 3MP4A 4UMCA 5C55A 5U4NA 2Y85A 1H7PA 5U7SA 3IGSA 3W74A 3L2IA 3TUUA 1LYXA 3C61A 4O10A 1QNVA 3K30A 4N9CA 3EX4A 1FWRA 3B03A 5D2TA 2YPIA 1PCKA 2H6RA 2FFCA 2ZZ3A 2E5CA 3HGOA 3G18A 1DORA 4MLJA 1BKSA 2WQPA 5E93A 1XBZA 4LV4A 2F7FA 3T40A 1F6PA 4AAJA 3DKLA 2QCCA 4LC8A 4FF7A 1EUNA 1P0NA 5LNRA 4PL1A 3AO0A 2NWRA 2HS8A 4UTTA 5IBXC 1F74A 2Q8LA 3ATZA 3QC3A 4OU1A 5CKSA 3EKLA 1ICQA 1K8XA 1L6WA 1W8SA 3GIYA 3UYCA 1TTJA 1VPXA 1I2OA 5EBUA 1UCWA 3LLDA 3O16A 5K7JA 4FIQA 2R94A 2VKZG 2TYSA 1XL9A 4A22A 1HO1A 3W72A 3LXCA 1SZNA 3DH7A 3HG5A 1J4EA 5LGZA 3PBYA 4PH6A 2B7QA 4X3ZA 3DKJA 3QPZA 1X8FA 4M7SA 2BTMA 1W5PA 3BG5A 1WBJA 1F7BA 1TV5A 2ALDA 3CU2A 2NXGA 3U8GA 2B0MA 1F05A 5C2XA 3LERA 3M5YA 1AL8A 4LWWA 3N2MA 3EXRA 2QDHA 2W0UA 5DY2A 1SSGA 4LS0A 1W3NA 3ABRA 1OFDA 4MZYA 4O17A 1FDYA 3LHZA 2WKJA 4MKNA 4XWUA 3IGUA 4NNCA 4EF8A 3W76A 1B4EA 2OZ0A 1JRBA 1X1OA 4IXXA 4ML9A 1TPDA 4R33A 3IIZA 4UTIA 4JTUA 1FCUA 2Q3OA 2YGYA 3RNDA 2J9YA 3DZ1A 2FB2A 1QWGA 3LGEA 3S8HA 3IV3A 3WJSA 5K4XA 3WFAA 4O13A 1DVJA 3NAVA 1RPXA 3N9SA 3SGUA 3VFLA 1TJRA 1N55A 3SW6A 3N9RA 1T96A 1TPEA 5AYYA 5IM51 1NF7A 5EY5A 1A53A 3QMSA 3ZS4A 1T99A 2XN0A 3HF3A 2A5HA 1TYGA 3PAJA 4E0CA 1K7FA 3G1HA 2WV8A 3DENA 2DU2A 1MXSA 1OYCA 3A21A 2JGYA 4NQ1A 1JJKA 2Q8ZA 2VXNA 5HUPA 2YR1A 4HNTA 5F4SA 1S5WA 1H51A 4HNVA 1Q6RA 4XUGA 3P67A 3LHWA 5HJLA 3C2RA 4MLRA 1TO3A 2VFEA 4Z1BA 1Z42A 5KMYA 2QCGA 3V1PA 1Q6LA 3VE7A 3FJ6A 3QH2A 2Z2UA 3NM1A 4AHQA 5DY3A 2QCMA 3OEXA 4Y96A 3W71A 2G97A 1ALDA 3F4WA 1PE1A 2A7RA 1AMKA 3HG2A 4RXFA 3LXBA 3W1RA 1GPWA 4TR9A 5LSMA 4LUJA 4MYXA 3UY7A 2J27A 1FCVA 1VYSX 2VFFA 1ME8A 4LNYA 1R2RA 4FO4A 5K9XA 3UZJA 4FX6M 1G4PA 2ZZ4A 5FESA 1FUYA 2CLOA 3NQDA 1GTHA 1JR1A 5KSWA 2Z6JA 1L6YA 5HR7A 1ZHAA 2Z6IA 4ZQPA 2BZNA 1SUXA 5AHIA 4RZ4A 1K7EA 1JULA 3DFOA 3DFTA 2XN1A 1N7KA 2V81A 2DZPA 3BPWA 3LBMA 4XQ6A 5G2WA 3U2OA 1D3GA 5A8GA 3KHJA 3PBUA 3O63A 3P8IA 4FX7A 1SFJA 1TB3A 2DZXA 3MHFA 4N2YA 1LBLA 4K7VA 3ELFA 1JCLA 2R8WA 1EP3A 1VYRA 4BF9A 1JCMP 2W6RA 1VCGA 4KFOA 2CLMA 2ZYFA 3TSBA 5AOUA 3B8DA 4YMZA 3BGGA 5E1QA 3M43A 4UUIA 3W1MA 3S5NA 2E77A 4DF0A 1KBJA 3NOEA 3NQGA 3THQA 1XCFA 1SU5A 2LLEA 5KINA 3TR2A 3CQ0A 3LTPA 4MY1A 1TPH1 4O8RA 1KFEA 2V30A 2E6YA 4O1DA 3PVFA 2YCEA 3L0GA 4G1KA 2CW6A 3G1FA 3M5VA 3G1YA 4HSOA 4R53A 4W9TA 4RXGA 4JTKA 2QUTA 1AW5A 3STCA 4NJKA 5AYZA 1EB3A 3G1SA 3NQ7A 5H91A 1GVFA 3WJYA 4UTLA 3GKAA 1DV7A 3PUOA 1LTDA 3I7QA 4N4QA 4JY9A 4PL2A 1FWNA 2WNQA 4ONVA 3S5YA 2FIQA 2ZRXA 2GUUA 4X2RA 3LCLA 4C1KA 4BI6A 3QQ0A 5F4WA 1Q6OA 1DBTA 4N6EA 1HTIA 2G95A 2YYTA 1TPUA 3R5EA 3ABOA 4HN4A 3S1WA 5LHFA 4TMBA 2QJGA 3TXZA 5HINA 1W0MA 4FX8A 4GNJA 1LROA 1TQJA 1F2JA 3VKJA 5AYXA 2B7PA 2ZDRA 5D03A 1LZOA 1KM2A 3TK7A 3TQ0A 4FNQA 1MZHA 4EOUA 2QKFA 5G4WA 3LB0A 3LX9A 1LLZA 5FF4A 1TCDA 3CC1A 1R47A 3W7LA 4GRSA 5AC8A 3FS2A 2ATMA 4MFEA 4WX2A 4MJMA 3QSRA 3UWZA 4OV4A 3LDVA 4JY8A 5HQEA 1SZEA 4JYEA 1YPFA 3G24A 3UD6A 1O5KA 1ML1A 2H8ZA 5D30A 1W3TA 1GT8A 1E51A 2EAWA 2HMCA 2PE4A 2Y6ZA 3BO9A 3GX9A 4UFLA 1JUEA 2J9ZA 4CNOA 5HWJA 5FI8A 3UWWA 5HULA 1FQ0A 1SW0A 1I2RA 4JIQA 4Z0JA 4QITA 5EYWA 3CT7A 1LLWA 3BG9A 3OHIA 4FNRA 1JCYA 1KTNA 4GUGA 1MEWA 4DF1A 4K7YA 1H1ZA 4RX0A 4JX6A 1F73A 1K3UA 3W1AA 2ZTJA 4DO5A 3C52A 1OFOA 1QDSA 4O16A 4MIMA 1M5WA 4B5NA 1IF2A 4JXCA 4E2DA 1ICSA 1W5QA 3LBCA 4CNPA 4DQWA 3EWWA 3LRKA 3USBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4L4L A;  4QEH A;  4Q3M A;  2OEJ A;  1XLA A;  1PHQ A;  4NF7 A;  4MPQ A;  1ISX A;  4ATD A;  1YE4 A;  1EJR C;  4AEF A;  1EGZ A;  2OSX A;  3N29 A;  4YYC A;  2ZX5 A;  4PCN A;  1WA3 A;  5FOO A;  4CQ8 A;  4YHE A;  3M1Z A;  3WY1 A;  4J1O A;  1E55 A;  4O53 A;  2BVT A;  1HJX A;  3EWD A;  4LAU A;  1RK6 A;  3GD6 A;  2X16 A;  4LUS B;  4JQA A;  2A85 A;  3FKR A;  4L6O A;  1HGY A;  5LZL A;  3FA4 A;  5EMU A;  2FVL A;  4HIB A;  1SFL A;  1HF6 A;  3GND A;  3VDC A;  6ENL A;  4B4F A;  3TFC A;  3W7P A;  1WOB A;  2WAN A;  3SGG A;  1A0D A;  3ZM8 A;  3P6L A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1W5NA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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