1W5NA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations d131c and d139c)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALCPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
molecule tags Synthase
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus 123
structure length 322
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5nA00
1FWWA 4O1DA 5CZ0A 3B06A 1L6WA 3K30A 3SW6A 3HIJA 2BZNA 2QAFA 5G2IA 2G97A 5KSWA 4LY8A 5FEWA 1I45A 4HIBA 3L68A 2ZZ4A 1S5VA 1V7YA 3HGOA 3UXAA 3MBDA 1JCMP 1TREA 1H60A 1I2NA 3PVFA 4HSNA 3VNDA 3WJYA 1P5BA 1XBVA 3TH6A 4IXHA 3EX2A 5DLCA 3OBKA 5K9XA 2VXNA 2NV2A 2FTPA 3WK1A 3PBYA 1R47A 5AC7A 3UWYA 2E5DA 3KXQA 3QW4B 3STEA 2F7FA 3G1HA 1R2RA 3W7RA 4O50A 2JKPA 4MYAA 1OYBA 4Z0SA 1BKSA 5FF2A 1LM1A 5D33A 4ML9A 3L5LA 4XKYA 1V5XA 1F7BA 3IIVA 4LU0A 2CZ5A 5CZTA 4YCOA 1KLYA 1YXDA 4LVDA 4JGDA 1K7FA 4GE8A 4LUJA 5DY3A 5FF4A 1TTQA 1KM3A 3NPUA 2I1OA 4NQ1A 1OFPA 5HUOA 4NJGA 5CPOA 1B4EA 2YPIA 3RMJA 4QNWA 1DV7A 1KTBA 1LBFA 2IQTA 5C54A 3SI9A 2WQPA 1RQHA 2WSYA 1JRBA 3MUXA 5A5WA 3AJXA 3W1UA 5CZJA 4A21A 4XKYB 1K02A 1QPOA 4GBUA 1VJIA 3W1RA 3C56A 3DAQA 3HG5A 3C0JA 2VOMA 2W79A 1SQ7A 4LV4A 1FXPA 1BEUA 1W8SA 1I2PA 4RXFA 3CB8A 5LNSA 1ZAIA 3FOKA 1WOBA 3USBA 5HNRA 4NNBA 1JUBA 4J9JA 5E0KA 2VEIA 3B8DA 1MXSA 2YFOA 2B7OA 3UY7A 2ZZ1A 2G95A 3DKLA 3GR8A 3GK0A 4IUOA 4O1BA 2C14A 4LNYA 4KWVA 5F4WA 3F03K 1IXOA 4MY1A 3W73A 2VFDA 4JX5A 1O94A 1RR2A 5D37A 3T78A 4Q4KA 4YLWA 2ZFAA 1WV2A 3FJLA 3LHZA 4JTGA 1BWLA 2A4AA 4QISA 5AHNA 3UWZA 1JVNA 1WA3A 3E9AA 1OYAA 2Y63A 3U8GA 3HPSA 3LLFA 3QQ1A 2TSYA 1WOAA 4GUIA 8TIMA 3GR7A 1GOXA 2XN1A 2VFEA 1ADOA 2R91A 4O0KA 2NUWA 5AHMA 1Z41A 4JTJA 2C1HA 1JUEA 5CZSA 2Q3OA 3MI2A 4FHAA 4ALDA 4ADUA 4LVGA 2ZTKA 2AGKA 3P67A 4MKNA 2V5BA 4CNNA 1GYNA 1OX5A 4O4VA 4RV8A 1GT8A 3RU6A 2EF9A 2FLIA 3EXRA 2V2CA 1KFKA 1XDLA 4E2DA 2E6YA 3NQDA 5D38A 3L9CA 3W07A 1M5WA 1GWJA 1XC4A 3QPZA 3IIOA 1HL2A 4LUIA 3G18A 1G69A 2JBMA 5F1VA 4EWND 1QCWA 3LI1A 3M9YA 3W7QA 2Q3RA 1GTHA 1J2WA 3TV8A 1TMHA 2E77A 4UTHA 4ORMA 1TTPA 4FEZA 3GDLA 3H53A 4FX8A 1TQJA 3C2FA 4O12A 2C3ZA 5G2HA 2DZPA 1XXXA 2QJGA 3A22A 1OX6A 1PHWA 2E6AA 3W1TA 1W3NA 3KOFA 1ICSA 5G1YA 3EWZA 5CSSA 3V1PA 4O52A 3D0CA 2V30A 3KHJA 3LBCA 3F4NA 3GNDA 3N19B 4UFMA 4L4MA 3EX3A 1D3HA 4MY9A 3G1XA 3LERA 2PRHA 2A5HA 1YYAA 3GVGA 2NWSA 4CQ9A 4DQWA 1H1YA 3DHDA 3MP3A 3DI0A 4I7WA 1GVQA 4WJEA 3W70A 3BGJA 4AF0A 4GNJA 3I7SA 2RFGA 2ZRYA 2RKXA 1H7PA 2TPSA 3G3MA 2QCNA 4N9CA 1GG0A 4Y8FA 5LNRA 4PH6A 1ME9A 1OFRA 3UD6A 4HNVA 4UC5A 1CX9A 2WNNA 1OFBA 1EIXA 3CEUA 5BMWA 2WOQA 3LB0A 3SECA 3WJXA 2Y89A 1P0KA 2GQAA 3UXDA 2VELA 2QR6A 3UNDA 1H61A 4QQ3A 3QF0A 3UWQA 2PC4A 4K38A 3TAKA 4FF7A 2JKAA 2BLEA 1HO1A 3CC1A 4RZ6A 3FKKA 4UMCA 3RLVA 3TU9A 3EWBX 3DU0A 1N7KA 5FF7A 1G7UA 3GKFA 3S5NA 3WK3A 3LRLA 3A9IA 3V75A 4O1CA 3QYQA 4R7JA 4ONVA 2GPTA 3P7YA 4UFHA 3H55A 5KZMA 1L9WA 4UNLA 4K36A 2VFGA 2ZRZA 2QCLA 4NXKA 4YMZA 3C2RA 5C2XA 3DFSA 5DELA 1Q6QA 3DENA 3L67A 1E51A 4QNEA 5EY5A 2ZRVA 4A3UA 1YDNA 3EWUA 3LV5A 5EA9A 1H7RA 4NT0A 4JIPA 4OE7A 5H2ZA 1GVSA 1GQNA 1VLIA 4HNNA 5HQEA 3TXVA 4AH7A 3N9SA 3QH2A 2QF7A 2A1YA 2ALDA 3ABRA 4M19A 3QC3A 5KTLA 3I6RA 3HBLA 3W7DA 4Q32A 3W7HA 3TROA 1FWRA 3O6CA 4S2CA 3HPZA 4O28A 1W56A 3HG2A 2GUUA 4DEFA 2QDHA 4ADTA 3O16A 4FIRA 3KFTA 1TPB1 4I9AA 4DF2A 3CHVA 2DU2A 2GJNA 2ZA3A 1IXQA 1SSDA 2P10A 2NX3A 1TPEA 2D73A 3C2VA 4MVAA 4AHOA 1VC4A 3T4CA 4AXKA 1KFJA 4H3DA 3OHIA 3E49A 2W0UA 1LBLA 3P8IA 2Q8ZA 3HGRA 4HNUA 1LP6A 4JTEA 3UWVA 3TJXA 2ZRUA 1OHLA 4PCFA 5LNWA 3W84A 3WK2A 4UTTC 3M44A 3FJ6A 3W1XA 4EIVA 5LSMA 2Z6JA 4UTTA 1Z42A 4DF1A 1DQXA 3GXNA 3PB0A 2WSQA 5FF3A 1EUNA 1DQWA 1ZNNA 4MUZA 1KLZA 2E68A 2RDWA 2YSWA 1U83A 2CLFA 2X1TA 1I4NA 2FB3A 4XTDA 4JTHA 4AAJA 3FIGA 3LXCA 5F2IA 4LT9A 4QIUA 1YPIA 4N02A 3P61A 1JCJA 2YYUA 1PCKA 1R46A 4PODA 7TIMA 2EKCA 3EX1A 1RQEA 5LZLA 3TCEA 1H7WA 1M6JA 1H7NA 3KRZA 3R12A 4IMGA 1EWDA 3IVUA 2DZTA 3W76A 2FPVA 1ZAHA 3NQAA 4ADSA 3S1VA 3NZ1A 1NAL1 1OX4A 2NWRA 3S1WA 2B7QA 4L4LA 3LRMA 1SW3A 2YR1A 1I2RA 3QW3A 2QCDB 2ZA2A 1XBYA 3ABOA 3P81A 4QM1A 4YWIA 2X1UA 4E0CA 3A23A 1ONRA 3VE7A 1FXQA 2GVLA 2HSAA 3PM6A 2TYSA 4GXMA 3LM7A 5AFDA 1H7OA 4WXYA 3OEXA 4UFLA 5HJLA 3FEMA 3BV4A 1ICQA 2VFFA 3TW7A 2E5CA 3LTSA 3NL3A 2NX1A 3SGUA 4JY8A 5AHLA 1TJPA 3NQGA 3GLCA 2DP3A 3QJAA 1FCBA 3R2GA 5CKSA 5K3VA 3BPWA 2J88A 4GJ1A 4UTJA 3NPXA 4FNSA 3HGJA 4M7SA 5CPMA 4O53A 4MLJA 1XM3A 4H4IA 5LNUA 3TW6A 1BWKA 2TRSA 2Y85A 2BXVA 1FDZA 1KM2A 4HN4A 4GFSA 1S3HA 4JYFA 3P80A 4K37A 3G22A 3STFA 4E2BA 1H63A 1LLZA 2DJLA 3QFEA 1SPQA 1DJNA 3QMTA 1Y0EA 2W6RA 3W2NA 4A2SA 2B4GA 4IMCA 3W1NA 1A5SA 3DFPA 3T55A 3MYOA 1GVFA 2A2IA 3UWUA 4CQAA 2ATMA 5LGXA 4MFEA 2H8ZA 2ZRXA 3GZ3A 4R34A 5FESA 2QUUA 4WD0A 2QJHA 3M0ZA 1KM5A 1AL8A 3MP5A 3W2UA 2NZLA 2V2HA 3W1MA 3TAOA 5K7JA 4JD4A 1QOQA 5EBUA 4FO4A 1QR7A 5MHBA 1EX5A 2JGYA 1YXYA 2NXIA 2QCHA 2YW3A 3IVTA 4LRSA 3GDTA 1Z44A 3GDMA 2E09A 1G4SA 3L5AA 3B0UX 3NDOA 3S5ZA 3LGEA 3HO8A 2E1DA 2HMCA 4C1KA 3A5VA 1H62A 3PUEA 1KM6A 3G1VA 4JYEA 1YXCA 1TV8A 1FWTA 1MEHA 2WO5A 3BG5A 2CLHA 4Z08A 1DL3A 1FCQA 3FYOA 1F5ZA 2HS6A 1EP1A 1XL9A 3E02A 2QAPA 3GXTA 1GVRA 1EEPA 2EAWA 1MEWA 3NYZA 4BI6A 3FKRA 3R13A 3BW3A 4JTFA 1ZAJA 4MIMA 5E1QA 2PRMA 3TE9A 2Y88A 3O15A 1B3OA 4RJEA 3T7VA 5K9CA 3NPWA 3O1NA 4I7VA 3PBUA 4MFDA 2C16A 3LXAA 4MJMA 1JCYA 2ABBA 4HPXA 4OV9A 1TYGA 3O07A 2V82A 3TA6A 5GVJA 4C1LA 1B9BA 2ZRWA 2Q8LA 2X30A 4FIQA 3R8RA 4XBSA 2QUTA 5DBTA 5C5YA 3LXBA 3PG8A 3AO0A 1XBXA 2RH9A 5HULA 3TQKA 3UY8A 1O60A 5BW6A 3NA8A 4LS1A 1DKWA 1P4CA 3P5YA 2Y61A 4Z1CA 4ORIA 3G1FA 2OMAA 4RX0A 2OX1A 4GUHA 1LDCA 5L6UA 3W7MA 3ATYA 2X16A 4RZ4A 2PRLA 4MY8A 3MHUA 3TK7A 3TQVA 1AW2A 1W5OA 3MI3A 1A5CA 2VKZG 4NX5A 5AOUA 1T99A 2VFIA 4OHQA 1KBIA 5C55A 3A24A 2G96A 2PURA 3W7CA 4IXXA 3TFXA 3FA5A 3M47A 2DZXA 5DXXA 4UR7A 2X1SA 5BOOA 1TPH1 4IPIA 4JTSA 5FEXA 4EVZA 4FNPA 4RLIA 3LCWA 4WOZA 3R89A 4O13A 2AQWA 2H3BA 1AW5A 2ISSA 5AHFA 1TIMA 3OVQA 4I7UA 3ZFHA 3PY2A 1X8FA 2HTMA 1PVNA 1F74A 2Y7FA 4WY0A 2OCZA 2QDGA 4K39A 2ZTJA 1KA9F 3C3NA 4Z1AA 1C8VA 3WJWA 5AHIA 3PB2A 5T26A 1HFBA 5IM51 2QCEA 2XN2A 4IWWA 4KFPA 4UTIA 4D2JA 3LCXA 4Y96A 4UTLA 4WZHA 3NAVA 3TKFA 2CLKA 1VS1A 4KFOA 4PA8A 4JX4A 4WY0B 2I9EA 4N4QA 1U5JA 2JK2A 2V9DA 4TR9A 4NXSA 2QCCA 5D30A 4N9BA 3NOEA 3EEGA 1M7OA 4IGHA 2H3DA 2CW6A 3HOJA 1QPRA 3CLMA 4ZQRA 4AMAA 3NG3A 2J9XA 4Y9AA 3OVRA 3TC7A 1YTEA 3GDKA 3CEPA 1RZMA 1W0MA 2VFHA 4PC8A 4JDBA 4MZYA 3O63A 2VC6A 1X7FA 1C29A 4NVTA 4NZFA 1GVOA 1SR9A 3LHUA 3MO7A 2NXGA 1UUOA 1MZHA 4IX2A 1SFJA 3ZS4A 4JDYA 3TSBA 1Q6LA 3TNOA 1FCVA 3HF3A 5G5IA 2F84A 3HJZA 5HWMA 3U6WA 3W2JA 3LRKA 4ICNA 3NQVA 2WPBA 4ZQMA 2CWNA 1W5MA 3C6CA 3FS2A 4YCPA 2DZUA 3PAJA 3IGXA 4P61A 1TV7A 3W1AA 2J6XA 3DHFA 5AYZA 5BRBA 3A21A 5ABTA 4OT7A 1LYXA 3M5XA 2DZSA 1SO3A 3E96A 1OFOA 4G1KA 3CWNA 1QPNA 1ZJIA 5F2GA 3BLEA 1WAUA 3PBVA 2R8WA 4Z1BA 3INPA 3RNDA 1R30A 3MMTA 1EPXA 1A50A 2C19A 1NVMA 4JEQA 2VEKA 4QAIA 1FY6A 1RVGA 3MI6A 1VYPX 3E0IA 2VEPA 3PUDA 5DXYA 2CFFA 3LV6A 3WJSA 4R53A 2QEZA 4H6KA 5FF0A 4UCGA 2WNZA 2UV8G 4MLRA 3GX9A 4AF0B 3NNTA 5K9DA 1QPQA 5K4XA 3LHVA 1UCWA 3C61A 3W1LA 1T0OA 3CQ0A 1OK4A 1DBTA 3C8FA 3BVJA 4XZ9A 1KBJA 4AHQA 1LRQA 3WJZA 3GNNA 1X6UA 1LTDA 1ZHAA 3F1QA 5EKYA 1PE1A 1T8XA 1PHQA 2FB2A 1XBZA 2ZYFA 3BW4A 3L0GA 4K7VA 4BK9A 4K6AA 3N9RA 2WJZA 2OZ0A 2ZBTA 5D2XA 3LHYA 1EP3A 5CPLA 1AW1A 1LOQA 3VI2A 4O17A 2GQ9A 1SO4A 3NQ7A 4O1AA 3BGGA 3SZ8A 1PIIA 3SY5A 4EF8A 4UUIA 3DBPA 1FBAA 1G4TA 1W31A 2VENA 1MO0A 1FUYA 5DCEA 1QWGA 3W2KA 4N6FA 2CZDA 4WY0F 1KFCA 5L9FA 1JCXA 3KVLA 1DHPA 4UTMA 3STCA 4X2RA 3C4UA 3RK8A 1TO3A 1W37A 2DJXA 4HKPA 3YPIA 3NO5A 5G1TA 3I7RA 5LHEA 3G0UA 3EKLA 3IVSA 3MHGA 2H8XA 1TPUA 4MOZA 4O10A 3TMLA 2R14A 3Q58A 2V5LA 1OJXA 5E93A 2G5WA 1AMKA 4ZQCA 3I68A 2H6RA 3B05A 4K7YA 3DFOA 5CG7A 3S1UA 1GEQA 1S5TA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FWW A;  4UQD A;  1J0K A;  1EZ2 A;  1L6W A;  1NOU A;  3APG A;  3W82 A;  2QAF A;  2Z2B A;  3GQY A;  4ZTX A;  5FAG A;  5FAC A;  1EPV A;  3L68 A;  1JYX A;  3KBW A;  3H7U A;  4A8N A;  4GVG A;  4U33 A;  1I2N A;  3WJY A;  1BSI A;  1XBV A;  1Q7Q A;  1RSC A;  4IXH A;  1A0E A;  3OBK A;  2VXN A;  3HZ3 A;  2WJF A;  1RJP A;  1R47 A;  4RW5 A;  1KKO A;  2E5D A;  3KXQ A;  3VZX A;  1P0D A;  4IIH A;  5JH2 A;  3VPL A;  1OYB A;  7TAA A;  4L7Z A;  1XKJ A;  1ECE A;  2POZ A;  3SAZ A;  3L5L A;  3RX2 A;  1SFS A;  4YCO A;  4JGD A;  1K7F A;  4GE8 A;  4LUJ A;  5DY3 A;  1TTQ A;  1F61 A;  1ONX A;  1KM3 A;  4NQ1 A;  1OFP A;  1J5S A;  3PUG A;  1PZ1 A;  4HOX A;  1DV7 A;  3MU7 A;  1KTB A;  2IQT A;  4NZC A;  4DIA A;  2WQP A;  4DUW A;  4Q3M A;  4OFC A;  4PMZ A;  2DW6 A;  5CZJ A;  1K02 A;  1EO7 A;  1EEX A;  1VJI A;  2R82 A;  5REQ B;  3N6Q A;  3RCY A;  3DAQ A;  2VOM A;  2W79 A;  4MG4 A;  3HFY A;  1W8S A;  1I2P A;  3CB8 A;  4CQB A;  3IRS A;  3A64 A;  4C6J A;  2ZX7 A;  3VOF A;  1WKE A;  3RR4 A;  3FK4 A;  2FZD A;  1JUB A;  2VEI A; 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