1W8SA

The mechanism of the schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
NLTEKFLRIFARRGKSIILAYDHGIEHGPADFMDNPDSADPEYILRLARDAGFDGVVFQRGIAEKYYDGSVPLILKLNGKTTLYNGEPVSVANCSVEEAVSLGASAVGYTIYPGSGFEWKMFEELARIKRDAVKFDLPLVVESFPRGGKVVNETAPEIVAYAARIALELGADAMKIKYTGDPKTFSWAVKVAGKVPVLMSGGPKTKTEEDFLKQVEGVLEAGALGIAVGRNVWQRRDALKFARALAELVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the Schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
molecule tags Lyase
source organism Thermoproteus tenax
total genus 94
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2004-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w8sA00
5BOOA 5LNRA 3A23A 3U2OA 2TMDA 1ME8A 4LOCA 2V2CA 3PR2A 5FF4A 4PODA 2CWNA 1K8XA 1SFJA 4FXSA 3W2LA 2DP3A 4JYEA 1OK4A 5I3HA 5MHBA 3B0UX 3W1LA 3E12A 1KM3A 4MZ1A 2H3DA 1FXPA 3C2EA 1KFJA 4UNLA 3PC0A 4O1AA 5IBXC 1P0KA 1H1ZA 1TQXA 3BV4A 1WXJA 4HNVA 4WX2A 3F1QA 4ZZ9A 4X22A 3HPXA 4IOTA 5GVJA 3CLMA 3NQ6A 3N2MA 5HJLA 3WJSA 2J27A 3F4NA 3G1HA 5C5YA 3PS7A 2ZDRA 3O07A 5K7JA 4DO5A 2G5WA 4D2JA 1W8SA 2RH9A 4XTIA 1H7NA 1ZENA 1PS9A 1LP6A 2B7OA 4R7JA 5AC7A 4LRTA 2EHHA 2AQWA 1UUOA 2TSYA 3NVTA 4WOQA 3I7RA 2QJIA 1S5TA 3ATZA 3C0JA 5C6MA 3MI2A 1K03A 1E51A 1I2PA 3KFTA 4EOUA 5DCDA 4IXHA 1XBVA 2OJPA 3UZ5A 2QAPA 4UTTA 1P4CA 2PCQA 2YX0A 3DKJA 5AN7A 3W1AA 1W54A 4NX0A 1GJPA 2YR1A 1LBFA 4DPQA 2E6YA 2ZZ3A 1LRTA 4JICA 4UMBA 3RNDA 1YDOA 1T8XA 2A7RA 4ADSA 2QDGA 4KWVA 1TV7A 1TPFA 3KVMA 5F2IA 3C56A 1G4PA 2GVJA 3QC3A 2A6NA 4H4IA 1ZAJA 1FWRA 3THAA 1NEYA 4JTGA 2CLFA 2BSLA 3A22A 3W7CA 3IVUA 3W1PA 5K9XA 2ISSA 4LVDA 2E77A 4O11A 1P0NA 1FX6A 2GUUA 3OHIA 5KZEA 1XFBA 4IMCA 1NF0A 5HQEA 1BTMA 3LRLA 2JKEA 2R94A 2JK2A 1T0OA 2YZRA 1R2SA 5J5RA 3WK2A 3NPUA 4NNCA 4R53A 1Q6QA 3DBPA 4MJZA 2CLOA 4AAJA 1VRDA 3HGSA 3W7DA 1BKSA 1OF8A 3S1XA 3NDOA 4JY9A 1VLWA 3GDKA 1JCNA 3HGOA 5DLCA 4AB4A 2WO5A 1LRQA 1C8VA 4RV8A 1VLIA 4X9SA 5G2WA 4FNRA 3P82A 2HS6A 1LORA 3LHWA 2VC6A 3ATYA 4O1DA 1UUMA 4YWIA 4LVFA 2O7QA 4NJHA 1LBLA 3V75A 5T26A 4MLRA 2O7SA 2I9EA 3LB0A 3I7QA 5CPMA 1JUKA 3QEZA 1W5OA 5BW6A 4M19A 1G4TA 4XWUA 1FCVA 2PRMA 3GX9A 3CIXA 3GNNA 3M47A 1FBAA 4KFPA 2VFEA 4YMZA 3WFAA 1T99A 3W2KA 1H61A 3NNTA 2DZWA 4O1CA 1U83A 3G1XA 4P61A 2TYSA 4AWUA 3W7LA 2BLEA 2GQAA 4HNTA 3G1VA 1VH7A 4JX5A 3N9RA 4LUIA 4A3UA 4BF9A 4C1KA 5LZLA 4DF0A 1W0MA 4A2SA 1N7KA 2GJLA 1TRIA 2ZA1A 3IIZA 4CQ9A 5K2ZA 4DPPA 1AL7A 1UCWA 4DELA 4AEOA 5AOUA 3CEUA 1DBTA 5EPDA 2H8ZA 3MWAA 3HG3A 3VNDA 5FF0A 4LC6A 3CEPA 2CLKA 3B04A 4UTIA 1OX6A 4E38A 1HUVA 4IMEA 5F4XA 5AC6A 1F7BA 3T44A 2CZ5A 3L5LA 4S1FA 2HMCA 2ZCGA 4TO8A 2CU0A 2FJKA 4FNSA 5EY5A 3M7WA 1KFEA 1GOXA 5LNWA 1YTDA 2B7NA 1TO3A 1R30A 1KV5A 1NVMA 3P81A 3LX9A 4IX2A 5LHEA 4IX0A 2WKJA 4ORIA 3GAYA 4JTLA 4YLWA 2Q8LA 3P8IA 4TU1A 1HFBA 3DU0A 1QOQA 3PM6A 4TMBA 2J6XA 5BNKA 4RX0A 5TQLA 3CU2A 3IGSA 3C8FA 1WYIA 5EL1A 8TIMA 5LGZA 4UTKA 5K4XA 3NQFA 4MFEA 3OVRA 1O60A 3G3DA 3MI3A 1EA0A 3NZ1A 3E0IA 3R8RA 1SZFA 3LGEA 3ZS4A 4BWLC 3M5YA 3C2FA 2YYUA 2E5CA 4HKPA 2A0NA 1PCKA 3NQVA 5AB3A 1UB3A 4JXCA 3W75A 5J5DA 3N3MA 4HPJA 4JEQA 1KM1A 2WNNA 3DI1A 5E0KA 2Z6JA 2QCEA 5AYXA 2A7PA 3WJXA 3C4UA 2XN1A 3QPYA 4AF0B 2BTMA 3GNDA 3VI2A 5F2GA 3HGRA 5H2ZA 3PUDA 4Y90A 4N02A 4HHPA 7TIMA 4JTEA 1L6SA 1EUNA 1X1ZA 1QDSA 3Q37A 1AW5A 3O06A 3JRKA 2Z1BA 2Q8ZA 1GG1A 1DOSA 4O19A 3E49A 5AYYA 3CHVA 5DN1A 4PC8A 3T40A 3CB8A 4HSNA 3MI6A 3KOFA 4ALDA 5EMUA 5DBTA 1XI3A 3D0CA 4GUJA 5CZ0A 4E2BA 3R2GA 1QAPA 1XBXA 5AYZA 4QAIA 1EWDA 2FFCA 4FIRA 3N19B 4KWWA 4POCA 3BLEA 5CSSA 3P67A 1SPQA 3IIVA 4JTUA 2F84A 3W7JA 3C52A 4KFOA 4S2BA 1IIHA 2NX1A 3G22A 4H6KA 1A5BA 2WQPA 3UWVA 5D04C 1DQXA 4O4WA 2P0OA 2QKFA 4DBEA 3NPXA 2ZRWA 3HB9A 3QSRA 3UWYA 1JUEA 3NA8A 2E68A 2W6RA 1D3GA 1Q6LA 2ZZ4A 3PBYA 3NYZA 3PY2A 2XFWA 1MXSA 1TIMA 4Z1CA 1F6PA 2ALDA 4JIQA 4CLMA 2A1YA 1H7OA 2E1DA 1H60A 4JYDA 4LVBA 1ADOA 2QCGA 3MJYA 3W88A 3S5ZA 3FA5A 4JTTA 1QCWA 3MMTA 4XKYA 3TIMA 3DFPA 2IQTA 1X7FA 1OVDA 3DH7A 4O50A 3RMJA 3UWWA 1MO0A 2E09A 3IGUA 3M5VA 3TSMA 2QUUA 1EP2A 1ZCOA 1VJIA 5DY3A 3KVLA 3O6YX 4IPJA 5LNUA 1U5JA 2NX9A 3IGXA 3SIZA 4FHAA 3BLIA 3UQNA 3BG5A 2ZYFA 4E0CA 4LUJA 1A5AA 4O4VA 4FO4A 1TCDA 3W87A 3M5XA 3TK7A 3MHFA 5DXXA 5BRBA 3P60A 2I14A 2TRSA 3NQMA 3NAVA 4UCGA 4A2RA 3VKJA 4UFIA 2QEZA 1RZMA 1EUAA 1B3OA 3BLFA 3ZWSA 3UNDA 4E2DA 3NQ7A 3LXBA 3RU6A 5HR6A 5HWMA 1BWLA 2YSWA 1KLYA 3GKAA 5I3GA 1TV8A 5L6UA 2Y62A 1Q6OA 1PE1A 3NEVA 3WK1A 3UYCA 1QPRA 2XN0A 3GDLA 1IGSA 1X8FA 4CQAA 2GQ8A 2NXIA 3A9IA 3LXCA 1DVJA 1LOSA 1GT8A 1ZAHA 2VENA 3VCRA 4BK9A 2Q3RA 3H55A 4JTSA 1OK6A 3L68A 1KFCA 3I68A 2OT0A 5AFDA 3LLFA 4UFLA 3B8DA 1YYAA 1VGAA 1SO6A 2Y7FA 4O0ZA 4JN6A 1TJRA 4WXYA 4RZ5A 1J2WA 1MZHA 4GXMA 2OZ0A 3W7GA 1LCOA 3TAOA 4UTWA 1WV2A 2YW4A 3CM4A 4M7TA 4Y8FA 2E6AA 4JY8A 1H50A 4WXZA 2FB2A 1ME9A 2ZZ5A 4DO6A 2EGZA 1LBMA 1QNVA 3THQA 3TC7A 1IXPA 3O05A 5DY2A 1FWTA 4UXDA 3UY8A 5FEXA 3W6YA 1JCXA 3NQDA 2DZVA 4OHQA 3MYOA 4CCCA 1FWSA 1KBIA 3C6CA 3C2OA 1GQNA 5CPLA 3HQ1A 4Z1AA 1OHLA 3GZ3A 3HO8A 2A6LA 5EBUA 1I45A 3LCWA 3L5AA 3W7IA 3OA3A 3T78A 1G67A 3NL3A 3USBA 1VQTA 1R2RA 3QW4B 1D3HA 2ZRZA 1SU5A 3P61A 4FX7A 3STCA 3UWZA 4ICNA 2ZA2A 3W1MA 1W3TA 2A85A 3M9YA 5CZTA 5D05A 1WAUA 4CCEA 1H7XA 4K8EA 4UC5A 4AH7A 2YPIA 4QM1A 4U4MA 1LOQA 5I3JA 2CZFA 4N9CA 2CLIA 1O5KA 2QCDA 2LLEA 1TV5A 4OWGA 2VELA 3O15A 1OYBA 3W76A 1H7WA 3MBFA 1O4UA 2Y6ZA 4FNPA 2Z0IA 4QIUA 3M43A 5D37A 3MP3A 3QZEA 3C2VA 4A22A 2C18A 1JUBA 3L0GA 1YXYA 5IBXA 1RD5A 1GVRA 3S1VA 3GXTA 4RZ4A 4BI7A 4N9DA 4GE8A 1OFDA 4NJIA 5D33A 3GR8A 4QISA 3B0VC 4LRSA 4O17A 1TQJA 3LHUA 2WJZA 4BR1A 4NJJA 1KTBA 1F76A 1K8YA 4Q4KA 3W71A 4B5NA 1KM0A 5G5IA 4CNNA 2FPTA 3ANYA 1AK5A 2YCEA 2DORA 3W9ZA 5IM51 1A53A 3U6WA 1W3IA 3QM3A 2RKXA 4GBUA 3WJZA 1EX5A 2Y63A 3NM1A 3LCLA 4M6PA 1O94A 2Q3OA 1ICQA 4XTDA 1UASA 1A5SA 2QR6A 3FEMA 4HNUA 4PH6A 1Z42A 5C2XA 3EX4A 4UUIA 1ML1A 2G96A 3INPA 2GQ9A 2FPYA 5F4SA 1TPH1 6ALDA 4MIMA 3TCEA 3ABQA 1ZJIA 4HT3A 5FF3A 3S5YA 4K7VA 3GYEA 4PA8A 4AXKA 3U8GA 4N2YA 4MZYA 3DFNA 3NQEA 3EKZA 1W5MA 2ISWA 2ABBA 3OBKA 2P1FA 3EWUA 3GDTA 4CNPA 3FKRA 1VCVA 4RK8A 2H3BA 4ADUA 3NQ8A 4HN4A 2H6RA 2HS8A 4O12A 1B9BA 3LRKA 3LOTA 5HULA 3NG3A 3LHVA 2FQIA 6TIMA 1L6YA 3BO9A 5D03A 3S5OA 3L67A 3TQVA 4MLJA 1QO2A 4GUGA 1NSJA 4QNWA 2J88A 5LNVA 1AMKA 2FTPA 3W7HA 4N4PA 2YFNA 4NVTA 3CTLA 3NL5A 2Y70A 3QJAA 4O52A 4BI6A 3N73A 1IIGA 3T7VA 1XUUA 5K9CA 1P5BA 1I8JA 3QMRA 3UY7A 3P84A 1SO5A 5KZMA 1TB3A 3I7SA 2Y7DA 2DU2A 4ORMA 3QRHA 4FIQA 3LTYA 1TPVA 4PCFA 2Y7GA 4I7WA 3L66A 1EP3A 3MP4A 5D2VA 4YL2A 1ME7A 4JD4A 3W2UA 4IXXA 3SGUA 3TX9A 1JR1A 2DJXA 1FCQA 1CW2A 2C6QA 1TPB1 1K3UA 5K3VA 2ZQ0A 4X2RA 1RR2A 1A5CA 2C16A 2V30A 2WSYA 4Y6GA 2J9ZA 2YXGA 1QWGA 4JYFA 4L4MA 3KRSA 4WQ6A 3O8AA 4XKYB 4JIPA 2FDSA 4JR5A 2WNZA 1ZY9A 4GRSA 1TJPA 1YPIA 4OV9A 1WX0A 3W7MA 1FWNA 1PCWA 2RHGA 3MYPA 5LKYA 3MW7A 3P7YA 4RCXA 3MHGA 2RDTA 4OBTA 1WBJA 2NWSA 3FS2A 1BWKA 5G4WA 1KM2A 4PFMA 3IVSA 1K8ZA 1FXQA 2NX3A 1IF2A 3W1TA 2D73A 3IIOA 1FCUA 2C0AA 5E1QA 4ZMGA 2C13A 3PBUA 3DXIA 4R34A 3TQ0A 2AGKA 2PRLA 2JGQA 1JQXA 1RQHA 3PBVA 2JKPA 4Q32A 4MZ8A 1A50A 4K6AA 5BMXA 1Q3NA 5HWNA 3EXRA 4P2VA 3W3OA 3UWQA 3LHYA 5FESA 3BG9A 3LI0A 1QR7A 1W37A 3G1FA 2B4GA 3QMSA 4LY8A 4LC8A 3EWYA 3TSBA 3S8HA 4HIBA 2PRHA 3WK3A 4C1LA 4NXSA 3GDMA 5LSMA 3W7QA 3RLVA 4MJMA 4QNEA 4UIOA 1LLZA 1D9EA 1KV8A 4ZVJA 4JTKA 5H91A 3W2JA 3M1ZA 4O54A 3IRDA 3G24A 5AHMA 2EAWA 3EB2A 3FJ6A 2VXNA 4GUIA 3MBDA 3DFOA 2EPHA 3NPVA 4EF8A 3UXDA 2C14A 3W1UA 2R8WA 1MEWA 3IV3A 2V2DA 4UFMA 3GB6A 5I3KA 2CLHA 3TNOA 5CGQA 4O16A 4BWLA 5D09A 3PF3A 1WDWA 2NXGA 4QSHA 3TAKA 3G0UA 4RLIA 1XXXA 4R33A 1VR6A 1QOPA 3DHFA 4GUFA 3S5NA 4NJKA 2NXHA 1THFD 4EVZA 1W5QA 5HINA 4O14A 1C29A 3LCHA 1S5WA 3GXNA 2YFOA 2X1SA 3ABOA 4NNBA 4O8RA 4PTNA 1DORA 1XBZA 3C61A 4UMAA 1LDCA 1QPOA 1RVGA 4FNTA 1GYNA 1R2TA 4O57A 2X1RA 2OMAA 1OX4B 3HBLA 4FNUA 4JGDA 1PHWA 1GG0A 1YXDA 3Q94A 3PUEA 1G7UA 5ABTA 1VHCA 3AO0A 3ELFA 2DZXA 5A8GA 1B4EA 2A4AA 3BW2A 1XDLA 1YADA 2QCDB 3VFLA 5D2TA 4HSOA 1ZFJA 3BGGA 1OYAA 2V81A 2CW6A 1FDYA 2A2IA 3TJXA 3W7NA 4NXKA 2QCMA 5G1TA 4BI5A 1B57A 5G1YA 3NM3A 4KKXA 2A7NA 1VCFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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