1WA3 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	202
structure length	202
Chain Sequence	KMEELFKKHKIVAVLRANSVEEAKEKALAVFEGGVHLIEITFTVPDADTVIKELSFLKEKGAIIGAGTVTSVEQCRKAVESGAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVNLDNVCEWFKAGVLAVGVGSALVKGTPDEVREKAKAFVEKIRGC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__856863334597398__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__856863334597398__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1WA3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__856863334597398__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"856863334597398","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1WA3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__856863334597398__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz): 1877 ms

reading 202 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

202 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:201});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Mechanism of the Class I Kdpg Aldolase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
total genus	73
structure length	202
sequence length	202
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2004-10-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1wa3A00

3QM3A 1P0NA 3P5ZA 1SR9A 3UWVA 3GX9A 4FX8A 5H91A 4GNJA 3IEBA 3Q37A 1H50A 1SSGA 2A6LA 2FDSA 5FF2A 4LVDA 3TNOA 2ZQ0A 4AWSA 1OFQA 1ZY9A 2CZEA 5K4XA 3PUOA 2Y61A 3LCLA 4UTHA 5F2IA 3BLEA 4DF1A 4XTDA 3HG5A 3TR2A 3T78A 1HTIA 3M9YA 3HJZA 3EX1A 3M5VA 4FNTA 4DBEA 4FO4A 4O10A 1JQVA 1SZFA 2GQ8A 4M19A 3GKFA 3SGUA 1W5PA 5D38A 2ABBA 3QFEA 1O5KA 4O12A 4O14A 2FB2A 1B4KA 1O94A 5K3VA 1GT8A 3B03A 5BOOA 2FIQA 3PSVA 3WFAA 3B0PA 1P5BA 4GXMA 3NQGA 1SW7A 3IV3A 3O63A 3CU2A 4IMCA 1KTBA 4FEZA 3PC0A 4FIRA 3QMRA 3W2MA 1W31A 3TC6A 1P1XA 5IBXC 4LS1A 2DZSA 3PS7A 1YDOA 2A2IA 5FEWA 4LU0A 1ME9A 2VEIA 4GJ1A 2QCCA 2E6FA 1GVQA 2VC6A 4ZQPA 4L4LA 3EWZA 4JTGA 2V82A 1WBHA 4WZHA 2YYUA 3NR0A 3GXNA 3TX9A 4UC5A 4S2BA 3C2FA 5HR7A 1XBXA 2VFGA 3NL6A 3F4NA 3W1PA 3ZWSA 2P0OA 3F03K 2ZZ1A 3W9ZA 1RPXA 3E49A 5AYYA 1PS9A 2PRHA 1HO1A 1SPQA 3LCFA 2E5DA 4Y96A 1A5AA 3W84A 4TR9A 3ABSA 4UXDA 5HINA 1F74A 3P61A 4GWEA 1OFDA 3EWYA 3VCRA 1FBAA 1CI1A 1A5CA 3LB0A 1XBZA 1GVRA 4FX7A 4AMAA 2VKZG 4WD0A 3BGJA 1Q6OA 1X1OA 4Z0JA 1HL2A 1S5WA 2JKEA 2QKFA 3C6CA 3S9YA 4OV9A 1KM3A 3NL2A 4NJJA 4N4PA 1F7BA 2Y88A 3N34A 1OYAA 3W7QA 4CQAA 4FB7A 1NEYA 2EF9A 1ALDA 2EHHA 3O8AA 4AHQA 3VKJA 4UUIA 4KFNA 3OIXA 3W07A 4K38A 3GR8A 4XKYA 3L65A 4YL2A 4EF9A 2FTPA 1QFEA 2QCDA 5FF3A 4Q4KA 3W83A 2WSQA 5DBUA 1W3NA 2YR1A 5AHMA 2H90A 4XZ9A 5GVJA 4GUJA 1KLZA 3DFSA 2J9ZA 3L67A 1G69A 5LHFA 3TJLA 2IQTA 2E6DA 3CEPA 2CZFA 5AYZA 3UWYA 5IM51 5DXXA 1VYPX 3HGSA 1GVFA 2ZZ5A 2A1YA 4AEOA 5CZTA 3S5OA 4NUWA 5G4WA 3G3DA 3UXAA 4NX0A 3SIZA 4AXKA 1AL8A 4B5NA 2ZRVA 2CLLA 2EKCA 1ZFJA 2NX1A 3P74A 1SSDA 5KITA 3W2LA 3WJZA 3IGXA 1TV7A 4O1DA 3W1XA 2QCNA 4LRTA 2C14A 3QSTA 4LTSA 2P10A 4GE8A 1H7OA 4UCGA 2YCEA 3EWBX 1ZJIA 2BTMA 1OFPA 1VCGA 5F4SA 7TIMA 3GNDA 3ZWTA 5AHLA 2ISWA 3R13A 4NZJA 4O57A 4MOZA 3F1QA 3TFXA 3P60A 5DBTA 2PRMA 2RFGA 4A3UA 5FEPA 1GOXA 1C29A 1KFCA 3MI3A 3P8JA 3TK7A 2ZRZA 1MO0A 3I7SA 1KFLA 3W7GA 4MZYA 2FJKA 2OMAA 2VEMA 1LOQA 3C2EA 3GK0A 2PC4A 5E93A 1EWDA 3BG9A 3F4WA 1JCLA 4Y90A 3E9AA 3TAOA 3IIPA 3CQ0A 2GQ9A 1VH7A 1KW1A 3G1FA 4FNPA 5C54A 4ZQOA 2ATSA 3UQNA 4K8EA 3NXFA 4MYXA 3NQDA 3D0CA 3LCGA 3M5ZA 5KZDA 1LORA 4O18A 1FQ0A 1DJNA 1DKWA 1EIXA 1ICSA 3QW3A 2WNQA 4KFOA 4Q32A 5LNWA 3MP5A 4DXVA 3RLVA 1EP2A 4X3ZA 3NQMA 4D2JA 4N9EA 3V1PA 3N2MA 2XFWA 5BW6A 2GVLA 3LLFA 2X1RA 3G1HA 3MHGA 3O15A 3TH6A 3RFAA 1MSSA 2QEZA 4IMDA 3NG3A 4DELA 4LVBA 3CTLA 1RR2A 4LWWA 5CPNA 2C6QA 3HBLA 4JXCA 3BK0A 1H51A 3EKZA 4MFEA 2VELA 4HIBA 3MYPA 4NXSA 1I4NA 4IPJA 1D3HA 2E1DA 1YPFA 2G5WA 1ZCOA 4M6VA 2Y7DA 4O15A 3UWUA 5CGQA 3B05A 2DZTA 4HNUA 3ATYA 2WSRA 4K36A 1Q6RA 2VENA 1QO5A 2R8WA 2X1SA 4XKYB 2Q3OA 1XUUA 2QCDB 4DBDA 4NT0A 4POCA 8TIMA 1AG1O 3W2KA 4CCCA 3MO7A 4YXGA 5L6UA 3M0ZA 5K9DA 3CT7A 5TIMA 2JBMA 3EWWA 3KOFA 1YADA 4RXFA 2P1FA 1D3GA 1GJPA 3LCXA 1EB3A 3TSDA 5CSRA 3G3MA 5FEXA 4CQ8A 2EGZA 4RZ6A 4A29A 3LM7A 1YXYA 3NQ6A 2C1HA 3GLCA 2J27A 2V2CA 5CG7A 4A22A 2ZDRA 1U83A 1MZHA 2R91A 3KAOA 4LUJA 1FUYA 2NXHA 3LX9A 2QF7A 2Y7FA 2TYSA 2YZRA 3A5FA 5AHFA 2JK2A 5LGZA 3THQA 4QSHA 3LTSA 4Y6GA 1AW2A 2VFDA 4UFHA 1WXJA 5H2ZA 1H7NA 2J88A 1PHQA 4JTLA 5CPOA 4AHPA 1KM1A 3RK8A 3W7KA 3PBYA 1VC4A 3UWZA 4E2BA 3BARA 3QRHA 4RLIA 2O7QA 2GPTA 5HJLA 2C0AA 3P8IA 4AWTA 3A5VA 4MY8A 3NYZA 1FWSA 1G7VA 2XN2A 3IIOA 4O53A 4JS3A 4H6KA 1ICPA 1MEWA 4PEKA 2A7NA 1EP3A 4HSNA 3O6DA 4NNAA 1W54A 3TQ0A 2Z6JA 6TIMA 2BX7A 2H6RA 1JUKA 4RKAA 1TPC1 1G4SA 2Z1BA 3NM3A 4MLJA 3KHJA 4Z1DA 3DKLA 1T8XA 2CW6A 3QW4B 1TV5A 4WY0F 1IIGA 1O95A 3GXPA 3G0SA 5KSWA 3W6YA 1TTQA 3W73A 1TSIA 2NV1A 2UV8G 4O0KA 3SFKA 2ZRUA 4JX5A 4RZ4A 4UTJA 4WUIA 3E96A 2ZZ6A 3P81A 4QNWA 3TSMA 2C18A 1KM5A 1UB3A 3UD6A 2JGQA 2CLEA 3LLDA 3L0NA 5K4ZA 3EXRA 1TREA 2I14A 3G24A 3HO8A 2OT1A 2R14A 2A6NA 2FLIA 3OVQA 5A8GA 3W7OA 3RLUA 4M6PA 2WQPA 4N02A 2HSAA 1O4UA 4PL2A 5KINA 3NL3A 1FCQA 4O50A 4ADTA 1DJQA 4TIMA 3PULA 4ZZ9A 1N7KA 3C4UA 3KVKA 4HPXA 3HB9A 3E02A 4NXKA 3MJYA 3FJ6A 2RH9A 1F2JA 3L0KA 1TO3A 2J6XA 1H7RA 4UTIA 2TPSA 3SZ8A 1ME8A 3M43A 4GFSA 4JTSA 4MY9A 2VFEA 1OYCA 2J9XA 1TPB1 1Q3NA 2CLHA 3LCWA 2ISVA 4M7TA 5LGXA 5EY5A 3MP3A 5G2IA 2ZBTA 3UZJA 3RNDA 3K30A 3YPIA 2TSYA 1WA3A 3M44A 1S5TA 4R7JA 2A0NA 3DU0A 3SJ3A 3OEXA 3G1SA 1IXNA 4E38A 5G1TA 1KM0A 1N55A 4KWVA 3W71A 5D2WA 5I3HA 4BR1A 3G8RA 4OWGA 2QCFA 4NZFA 4UIOA 1WOAA 3ABOA 3OVRA 4HSOA 3HGRA 3N73A 4O1BA 4AHOA 3PF3A 1XL9A 2J24A 2ZRXA 1GG0A 3GYEA 4QNEA 1GZGA 3DFOA 3DBPA 2D73A 3TW6A 5DXYA 1LRTA 3W87A 3I65A 4UTUA 5DN1A 3JS3A 1XM3A 2JKAA 4ORMA 3SECA 4MVAA 5D09A 3W70A 1RZMA 2ZRYA 4N9DA 3P67A 1K7EA 1ZALA 2HS8A 4YCPA 6ALDA 5K9CA 3DAQA 1W37A 2A85A 5D2YA 3KFTA 3L66A 2QR6A 3TIMA 3MI6A 1TPDA 3W72A 4IWWA 3KXQA 1XDMA 3W7IA 2DZWA 1OVDA 3SY5A 4MY1A 4P2VA 1M5WA 1LRNA 1SZNA 2C3ZA 3SGZA 3U8GA 3V75A 1YXDA 1IXOA 1TRDA 3W1TA 3DFNA 3BW3A 1Q6QA 3FYPA 2A4AA 2B7QA 1M7PA 3S6DA 4OHQA 4Z0SA 1TQXA 5BMXA 5HQEA 4PFMA 4R34A 4QJ1A 5C55A 1FCVA 2Q8ZA 3HF3A 2GJNA 1MEHA 3P62A 4MLRA 1F73A 3ABRA 1KA9F 3SI9A 5I3JA 1B3OA 4MKNA 3LOTA 2YW4A 4O8RA 4M5PA 3QSRA 4ZQMA 1VCFA 1VR6A 3BO9A 4PH6A 2OT0A 3MWAA 3P5YA 3C3NA 2GVJA 1SU5A 4LOCA 1VGAA 1XFBA 3NQ2A 1I2OA 3M7WA 4XWUA 2NXGA 3FYOA 4RZ5A 3HPXA 4QITA 5U7SA 4GUIA 4OU1A 4O52A 1ICQA 3B4UA 2EAWA 3DFQA 3W7EA 3PVFA 1KTCA 1GPWA 1LLZA 4UFJA 2E09A 3BG3A 3S1XA 4N6FA 5TBOA 1AMKA 1LCOA 4BI5A 4JN6A 3S0CA 1BEUA 3GDLA 5HWNA 1B9BA 3M16A 4LC6A 3W7DA 1K7XA 1V7YA 1PL9A 4BK9A 3GXTA 2B4GA 3R8RA 4CQ9A 5F4WA 3M1ZA 2DORA 4W9TA 3TQVA 3QMTA 1K03A 4UMCA 4FXSA 3PB0A 2YSWA 4O16A 4QIUA 4I7UA 2YFOA 1VYSX 5I3FA 5I3GA 1VHCA 4LC8A 1AK5A 3WJSA 1OF6A 2DJLA 5MHBA 2B7OA 1EUNA 4IXXA 4QQ3A 2GOUA 4AF0A 4C1LA 2WPBA 4MZ8A 3CIWA 3TUUA 4OV4A 3A24A 1DQWA 1BKSA 4JX4A 1TV8A 3UPWA 1H1YA 3FA5A 1T0OA 4O1CA 4O19A 4JTEA 3W7RA 1M6JA 4E0CA 1Y0EA 2E68A 3EB2A 4DF0A 5LHEA 4I7VA 1TJPA 3C2RA 4LUIA 3GZ3A 4ORIA 2FPVA 4GBUA 2BWGA 5DY2A 2V81A 4IPIA 5D30A 3QPZA 2C15A 3QMSA 2O7SA 3NPXA 5G2WA 3NQ8A 4NX5A 3PBUA 4UTLA 1W5OA 1UUMA 3G1VA 3TAKA 3GDMA 3UZ5A 1KM4A 2NV2A 3PY2A 1HG3A 5EYWA 1OF8A 1PE1A 4LV9A 3NQFA 2I9EA 5DCBA 3B0VC 1BTMA 3NVTA 4GUFA 4OE7A 2V8ZA 5D33A 1RQBA 3EXSA 2G97A 1XBVA 3LXAA 1OK6A 3CWOX 3DH7A 2ZA3A 4BFAA 5A5WA 2BSLA 3LBMA 1TIMA 2E5BA 2X30A 5C2XA 3N3MA 5EA9A 3R2GA 4LY8A 4TU1A 1H7XA 2E6AA 1I45A 3LTPA 1QWGA 1JUEA 1IGSA 4Y9AA 1KTNA 4CLMA 4HPJA 3UYCA 2QCHA 3QH2A 3S1WA 3THAA 4WOQA 2DP3A 5HUPA 3TC7A 1VPXA 3B06A 5HULA 1FCBA 1FXPA 3L21A 1OHLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FIQ A;  2VX4 A;  4W88 A;  4EF8 A;  1E51 A;  4JD4 A;  1X96 A;  4BHY A;  3MKV A;  3WK0 A;  3WH9 A;  3ZIZ A;  2X1U A;  2HVM A;  3PM6 A;  3NZQ A;  3SRF A;  2CEQ A;  3VOH A;  3ISI X;  4PC8 A;  4B5S A;  3LNP A;  2JAL A;  2YL6 A;  4A3H A;  1EC9 A;  3G0U A;  3L5A A;  4JYD A;  3CYV A;  3AXK A;  2PTD A;  3QZA A;  2E9L A;  5E09 A;  3AUJ A;  3TJX A;  4BF9 A;  1E6Z A;  5DEL A;  4Z08 A;  1RQH A;  1VFU A;  4K2S A;  3PZV A;  3ITL A;  3VOF A;  3M0X A;  4JTU A;  4HCL A;  1UW9 A;  3H70 A;  3R25 A;  3PJU A;  4KH2 A;  4NZ1 A;  1QW7 A;  4LBR A;  4RNI A;  3OHM B;  4G9P A;  4EXQ A;  4JFW A;  1WZK A;  1TPV A;  3WQF A;  3L4U A;  4BF7 A;  3T0C A;  4FX6 M;  5EKY A;  1F6Y A;  1DVJ A;  4JYF A;  3KWS A;  3GWQ A;  3H26 A;  4HNV A;  3AHV A;  4GHR A;  2NVD A;  3KDO A;  3H2C A;  2NLI A;  2X2Y A;  3LQG A;  1BWL A;  4CCD A;  4NJH A;  2TMD A;  1LG1 A;  3QVQ A;  1K1D A;  5A95 A;  4Q4O A;  3UXD A;  1XYB A;  4FXR A;  1WOB A;  3PBW A;  1EJT C;  1PZ0 A;  4V15 A;  2AL2 A;  7PTD A;  1UA3 A;  2PP3 A;  1OGS A;  1EA9 C;  5I78 A;  2R24 A;  1QW9 A;  1KQY A;  2CU0 A;  2I7G A;  3IRS A;  1OD8 A;  1PII A;  3AS1 A;  3GDK A;  2WKL A;  3UWE A;  2V5B A;  5DF0 A;  3WLK X;  5LZL A;  3WO8 A;  4GVI A;  4Z1A A;  3EDE A;  2DUZ A;  2X42 A;  3NA8 A;  1ZJH A;  1QHO A;  2OOF A;  3P3B A;  4D1I A;  3GB6 A;  1PKN A;  1T8Q A;  1R2S A;  3UEQ A;  3CTT A;  3I7R A;  4GQB A;  5E0C A;  3VKK A;  2FJU B;  3I68 A;  4ZE5 A;  4M6U A;  2CXE A;  4DJF D;  1PYF A;  1IQ8 A;  3CXO A;  1ZPT A;  2P3E A;  2FHC A;  4BWL C;  1VRD A;  1UWT A;  2G41 A;  4L4M A;  5HQL A;  2E77 A;  4K7Y A;  1FXQ A;  3HV9 A;  1DHP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1WA3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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