1WA3 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	202
structure length	202
Chain Sequence	KMEELFKKHKIVAVLRANSVEEAKEKALAVFEGGVHLIEITFTVPDADTVIKELSFLKEKGAIIGAGTVTSVEQCRKAVESGAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVNLDNVCEWFKAGVLAVGVGSALVKGTPDEVREKAKAFVEKIRGC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__512985060761083__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__512985060761083__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1WA3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__512985060761083__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"512985060761083","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1WA3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__512985060761083__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc5519ee96c459215613be/pdb.gz): 79 ms

reading 202 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

202 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:201});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Mechanism of the Class I Kdpg Aldolase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
total genus	73
structure length	202
sequence length	202
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2004-10-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1wa3A00

1OK6A 3NM1A 4K36A 1QO2A 5EMUA 3GKFA 1FCBA 4CQ8A 3EXSA 1VZWA 1W54A 5I3JA 2AGKA 3PS7A 5DELA 3P67A 3TUUA 1G7VA 1KTNA 4KWVA 3LHTA 4ORMA 3PAJA 2QR6A 3BPWA 1J5TA 5TBOA 1PCKA 2ZDRA 2QJIA 3K30A 1KLZA 3N2XA 3W2MA 3W72A 5KITA 3GDRA 5HMSA 3GXPA 3GNNA 2Y63A 4JEQA 4U4MA 3E96A 3M43A 4GXMA 5D37A 4LS1A 5D38A 1B3OA 4MZ1A 3MHFA 3U6WA 3L5AA 2Y7FA 4A2RA 1IXOA 4HNVA 3G1SA 3LHZA 1YPIA 3DFNA 3MYPA 3FKRA 1JRCA 4MYAA 3PB2A 2EGZA 2OMAA 3FIGA 3C52A 3W7RA 1I2PA 5D2VA 1SQ7A 3IV3A 3E49A 1QCWA 1QR7A 1WOBA 2I14A 1GG0A 4O16A 2VEMA 1XI3A 3PG9A 1EP2A 1CX9A 4NZFA 1XBVA 3B4UA 1K02A 1LROA 5J5DA 3BW2A 4O1AA 1EP3A 1EB3A 1FQ0A 4AAJA 1VPXA 3W1LA 5E0KA 4BWLC 1QAPA 3UXAA 5AB3A 2QDGA 2FB2A 4JTTA 4WZHA 4CNPA 3V75A 5AC7A 4JX6A 3BGJA 4HPXA 4HHPA 4O18A 4KFNA 1F05A 1OX4A 3QSRA 1KBIA 1VR6A 3EWZA 3UWUA 2Y7DA 4FHAA 3GR7A 1AW1A 4IPJA 4NJKA 1G4EA 3P74A 3SJ3A 1YDVA 2ISSA 1VCFA 3NYZA 1HTIA 1WV2A 1J2WA 3W1UA 1TMHA 4RXGA 1XUZA 4NJJA 5CPNA 3W6YA 4N6EA 2YXGA 4NX5A 2Y61A 5ABTA 1I2OA 1G4TA 4MJZA 1WYIA 1TPDA 2BX7A 2HMCA 3HO8A 3P81A 5AHLA 4AXKA 3T4CA 5HULA 5DY3A 3AJXA 1K3UA 1X7FA 4JTLA 1QFEA 2ZZ4A 3NQFA 1JRBA 1SO6A 1TCDA 3W7QA 3NQEA 3TFCA 1V7YA 2E6FA 1KFJA 1Q6QA 3HIJA 1S5WA 1RV8A 2DZVA 3L65A 1VC4A 3DAQA 4LVAA 3PY2A 1BTMA 3L66A 4N9EA 4PFMA 5FEXA 3LV6A 3FFSA 5FEWA 1I2RA 1ZAJA 2R94A 3O1NA 4O54A 3G24A 3KVKA 4ZQRA 2A6NA 2PE4A 3M7WA 3C0JA 4I7UA 2DZPA 1FXPA 1AW5A 2XFWA 3NGJA 1KA9F 3CC1A 2BLEA 2DJLA 2HS8A 3NPVA 4BWLA 4CCEA 3G8RA 3KX6A 4AWSA 4O15A 2R91A 4Y90A 4Y6GA 1PE1A 2ZZ1A 3F4NA 5DLCA 1GJPA 1NFBA 4BI5A 1EIXA 4IJBA 3QRHA 3NQVA 3STFA 4Y8FA 5F2IA 4KWWA 2HTMA 1TJPA 2OT1A 4YMZA 3L0GA 1PHQA 1W0MA 1F76A 4TU1A 4O17A 3G1FA 4RX0A 3JS3A 3FEMA 1GVQA 3ZS4A 2A7RA 3BVJA 3STGA 4IMGA 4DQWA 2E77A 3H55A 3LCGA 4JTEA 4IMFA 4ZQNA 3O6CA 1YDOA 4S1FA 1XL9A 1FX6A 3HG5A 3DU0A 3SFKA 1B4KA 4UNLA 4DEFA 2A0NA 3HF3A 4JY8A 3Q94A 3BW3A 5F2LA 3WK3A 1WA3A 1JR1A 1RQHA 4NNCA 1OYAA 3RNDA 1DJQA 1TPFA 4WY0F 1C8VA 1ZHAA 2F84A 4Z1DA 5EL1A 1QO5A 2YFNA 3TR2A 5BMWA 2C18A 3DFOA 3S9YA 1K7XA 2BTMA 2CU0A 2A85A 2Y85A 2ZA1A 2Y6ZA 4LVBA 4I9AA 3MUXA 4JTUA 1LLWA 4XUGA 1EUAA 1L6SA 3EKLA 3UZ5A 3TSBA 5H2ZA 3LTSA 2VEKA 1IIHA 4FNTA 1YXDA 4K8EA 2H3DA 1QOQA 4NNAA 1SW7A 4LRTA 1WBJA 4OWGA 1OFOA 1VS1A 4DF0A 5F1VA 1XKYA 2QCEA 5F4WA 1JCMP 2NUXA 4JDBA 3QW4B 3TU9A 4ZQMA 4CNOA 3B06A 2ZZ6A 1W37A 3EWBX 5K4ZA 4O1BA 1C9DA 3LRKA 3MO7A 2ISWA 1LZOA 1IGSA 1OYCA 1HG3A 2CW6A 3NA8A 4M5PA 3LLDA 4O53A 5DY2A 2X16A 3MP3A 1XM3A 3O16A 5AYYA 3MP4A 3W1MA 2Z1BA 2ZTKA 3TJXA 1NF7A 1W5PA 2YDAA 4JTHA 3GIYA 4HPJA 3GXTA 2Y88A 1KTCA 1XBYA 4HT3A 4OV4A 3PR2A 1FWRA 3CU2A 2NUYA 4K39A 2NXGA 2ZRXA 3HGRA 3M0ZA 1I2QA 4M6PA 2I1OA 2PRMA 3TQ0A 1W5OA 2NLIA 5I3KA 1JJKA 1T96A 4UTUA 4H4IA 2X1TA 2CZ5A 2NUWA 5I3FA 1SZNA 3TE9A 2QCFA 4AHOA 4Z08A 2V82A 1G67A 4MIMA 5J5RA 5D03A 6TIMA 4GJ1A 4Q32A 5K7JA 1YYAA 1R2SA 2YPIA 4UTTC 3FYPA 1GG1A 5LNVA 5KZEA 4RK8A 5TQLA 1B4EA 1KM3A 3DKJA 3W83A 1AG1O 4MZ8A 3F1QA 2A7PA 2YW4A 3UWQA 4N02A 1ME8A 4UTIA 1UASA 1H1YA 1OFPA 4JXCA 4K6AA 4RV8A 3W75A 2VFEA 4O57A 3TAOA 1RD5A 3S1WA 3W76A 3GAKA 2ZQ0A 3OG3A 3W2KA 1NAL1 4HNUA 4GUGA 4J9JA 1QPQA 3O6YX 3M47A 1WOAA 3W7JA 2QJGA 4UFMA 3S5ZA 2QCGA 3G0XA 4UNKA 1TPB1 2TYSA 1DV7A 4PL1A 1YTDA 1FUYA 2E5BA 5I3HA 5HWJA 2C1HA 3I7QA 2JK2A 2RDTA 3HG4A 2GPTA 1XCFA 3E0IA 1Q6RA 4UTLA 2V9DA 3GLCA 1JUKA 5C54A 4YCPA 4UCGA 4GNJA 1EX5A 2J6XA 2XN1A 1BEUA 2ZTJA 4IOTA 3RFAA 3HG2A 3KXQA 3BV4A 3F4WA 4PTNA 1W3NA 5AHEA 3W7IA 5EPDA 4WY0B 3C3NA 1FDJA 5D2XA 1MO0A 1VYPX 3A22A 3RMJA 3P5YA 2RH9A 4LV4A 3RU6A 1VH7A 4IMEA 3GXNA 4MY8A 3NM3A 4NZJA 4WXYA 1DVJA 4KFOA 1H5YA 5K9CA 1MEWA 3C2OA 4JTFA 3VKJA 1IXNA 5LKYA 3I6RA 3NL6A 5K2ZA 3NZ1A 3TMQA 1HFBA 1OFRA 4P2VA 1LOLA 4YL2A 1TPEA 1FWTA 2ZA2A 1F73A 5AYXA 4N4QA 4FXRA 2Y62A 3KRSA 1FWWA 1L2UA 3UPBA 4UTHA 1H62A 4AB4A 3S1VA 5HJLA 4LWWA 1N55A 2B0MA 2VENA 3LRLA 4LU0A 1IIGA 1N7KA 2G95A 1DOSA 3HBLA 4UFKA 4UFIA 4YXGA 3N34A 3IEBA 4O11A 3PC0A 3WJWA 1VQTA 2BZNA 1S5TA 3UD6A 1AW2A 3IGUA 1P5BA 2A7NA 3R5EA 3USBA 3P82A 1M7PA 5CSSA 5CGQA 4ZMGA 3PM6A 2VELA 2CLFA 3BK0A 3G18A 4AEOA 4ORIA 1SZEA 2E6DA 1SO5A 3CM4A 1SSDA 2OJPA 1UCWA 1YXCA 4DBDA 4YCOA 3PUDA 5CPLA 5E93A 1H50A 2DJXA 1LBFA 3P7YA 4E0CA 1TV5A 1I8JA 3FJ6A 3GKAA 3B0UX 1A53A 5HR6A 4LVDA 3CQ0A 1JUBA 2C19A 3UWZA 3SY5A 2DZTA 3W1PA 5T26A 4DO6A 5HINA 3TSMA 4E2DA 5G1YA 4POCA 5D04C 4QAIA 5F4XA 2VFGA 1KM0A 1EPXA 4Z0JA 1TTQA 3ZWTA 4MLJA 4OT7A 4JTJA 3W3OA 1QPOA 4FXSA 4GWEA 3W7CA 3GK0A 3W7DA 2CLLA 4NXKA 2DP3A 1EP1A 3V1PA 2ZFAA 2EF9A 5DN1A 1UBSA 3FLUA 1DL3A 4AHQA 1VYRA 2ALDA 4NU7A 1U5JA 2EAWA 4WJEA 4FNUA 2FPTA 3EX3A 3DGRA 3TFXA 3W1NA 2QUTA 3P80A 2ABAA 2EKCA 4IMDA 3ZWSA 1K7FA 3DBPA 3A9IA 3N9RA 2D73A 1GT8A 3DHDA 3L9CA 2ISVA 1O5KA 4N4PA 2GOUA 3N3MA 1TPC1 2GUUA 6ALDA 1F6PA 2QCHA 1VHCA 2WSRA 4RKAA 4PA8A 2J9XA 2ZRVA 3G1YA 1KFEA 4AWTA 3W2LA 1SSGA 2J88A 3QH2A 3LBCA 4LTSA 1W5QA 3W86A 4LC8A 3MMTA 5FI8A 1O4UA 2FPYA 1TRDA 3T40A 2CFFA 2BXVA 2Z6JA 4O0KA 2PRLA 3SR7A 3GNDA 2YX0A 4X2RA 1OFBA 3QMRA 3QEZA 1FCVA 4NXSA 1R2TA 2Y89A 2FDSA 3QYQA 3NPXA 2Q3OA 1OYBA 4CCCA 2XN2A 4UTMA 1VGAA 4WY0A 2JGQA 1X8FA 5KMYA 3CPRA 4HSNA 3LHUA 5G2IA 1YXYA 3IVTA 4O1DA 5FF4A 2V2DA 4IMCA 2CWNA 3OEXA 3TCEA 3MBFA 1GEQA 2VFFA 1VYSX 4CLMA 5LGZA 3O06A 4O0ZA 3N19B 1JCNA 4MKNA 1KTBA 1TPH1 1GVSA 3DFQA 3WK0A 2QAFA 1SFLA 3W1AA 3FYOA 1H1ZA 3LHWA 2W6RA 3M9YA 4O28A 4L4LA 1H7XA 7TIMA 1LRTA 3WJXA 3LXCA 1MSSA 3W7MA 4M19A 5C55A 5DXYA 3W7PA 4N9CA 4GUJA 1VRDA 3CLMA 2P1FA 3W1XA 1H60A 1JQVA 4LVFA 1LYXA 1ME7A 3EX4A 5HR7A 2GQAA 3I65A 2Y70A 4A22A 2RHGA 1GVRA 1YTEA 1R2RA 1LOQA 3IRDA 4DELA 1MZHA 1H7NA 1H7OA 1VLIA 3LERA 3OIXA 1WDWA 3VNDA 1Q6OA 4D2JA 5LNRA 4NX0A 5G2HA 3BLEA 3HQ1A 2J24A 1TV7A 3UZJA 3GDLA 1GPWA 2XN0A 1ME9A 5G5IA 1W5NA 1A5BA 1DORA 1LOSA 4KKXA 4H6KA 4BI6A 1QPRA 1J4EA 3LXAA 1TTJA 4M7TA 2BWGA 1F74A 4LUJA 3MI2A 3GR8A 1CW2A 5DCDA 2WQPA 3WFAA 2J27A 3EWYA 5AHIA 3VE9A 1DJNA 2FQIA 4NQ1A 3UWYA 3S5YA 2H8ZA 3MI3A 4LS0A 2X1RA 1O5XA 2QEZA 3CIXA 2Z0IA 3S1XA 3UY7A 1NEYA 2P0OA 5LGXA 1RQBA 4RLIA 5BNKA 2W0UA 3R12A 4MFDA 2NXIA 4AF0B 2VOMA 4K7VA 1QPNA 3B05A 3ABRA 4DPQA 3BLFA 2GJNA 1JULA 2ZRUA 4ZVJA 4Z0SA 3M44A 4C1LA 3C2RA 2RFGA 5AHFA 1FDYA 2C16A 5G4EA 5AC8A 2CLOA 3NQCA 1S3HA 3ZR4A 3W2NA 4IWWA 3GDKA 2WV8A 4PH6A 3N2MA 3LCFA 3W22A 2Z6IA 1N8FA 2B7PA 5LNUA 2ZZ5A 3M6YA 3HPZA 3N73A 4W9TA 3A21A 4EF8A 5HWNA 1RQEA 3OA3A 4NJHA 1GOXA 3G0SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1P0N A;  8RUC A;  2EPM X;  1IWB A;  3THA A;  3BJT A;  4Q7N A;  2ABB A;  2WO5 A;  2HBV A;  4DF1 A;  5EY5 A;  3TON A;  3OYZ A;  1F2J A;  5LA2 A;  4UIO A;  3UG3 A;  1IR2 A;  1Q6F A;  1QNP A;  4BQ4 A;  3DYM A;  3HGJ A;  3BLO A;  5EMK A;  3FND A;  1JVN A;  1XC4 A;  4XTI A;  3NDO A;  5EMJ A;  2J8F A;  4D71 A;  2ZDS A;  1EFZ A;  1XXX A;  2XH7 A;  3RCN A;  4UR9 A;  2GGE A;  1DQW A;  1T99 A;  1TZZ A;  1DHP A;  4IX2 A;  3HPX A;  3CT7 A;  2OLA A;  5HUO A;  3W73 A;  1YNY A;  2GUB A;  3NO3 A;  3H7V A;  5K3V A;  5FF7 A;  2PTZ A;  3M16 A;  3GO2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1WA3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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