1WBJ | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	267
structure length	267
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	On the Structural Basis of the Catalytic Mechanism and the Regulation of the Alpha Subunit of Tryptophan Synthase from Salmonella Typhimurium and Bx1 from Maize, Two Evolutionarily Related Enzymes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	101
structure length	267
sequence length	267
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2004-11-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1wbjA00

3LCWA 1EX5A 3G18A 3NG3A 1M6JA 3RK8A 4EVZA 4UXDA 3S6DA 3W71A 4FNQA 1QOQA 2J9XA 2G97A 3GAYA 3JS3A 3SGZA 1UUMA 3EX2A 2XN2A 5D32A 1QPNA 4XTDA 1KM2A 4C1KA 3E12A 3HO8A 2ISWA 3VE7A 3OVPA 3EWZA 1W37A 3WJYA 3U2OA 3OBKA 3CEPA 4CQAA 1PS9A 4EF9A 5I3FA 4N2YA 5F2GA 3A22A 1C9DA 4FHAA 1KTNA 4AXKA 4IXHA 4AB4A 1SUXA 1B4EA 1QWGA 3ANYA 4GRSA 1XBZA 3HBLA 3TW6A 4TX9A 4K39A 4JGDA 2E77A 4MY9A 3W23A 2G5WA 2VFFA 3TQ0A 3NPVA 3CEUA 4NJIA 3W7NA 5DBUA 2C0AA 1G4TA 2VFGA 1YDVA 1FDZA 1XDLA 5LNUA 1AG1O 3QJAA 5BMXA 4K7VA 5AFDA 5HR7A 5C2XA 4EWND 4IX0A 4UIOA 3UWZA 4Q4KA 1O95A 3PM6A 3PUEA 3GYEA 4YCOA 4HSOA 1FDYA 4EF8A 1FCBA 3STCA 5AN7A 4RXGA 1LOSA 3LDVA 4N4QA 1ICQA 4NNAA 1KM6A 2DZWA 5HQEA 4ZQMA 3W74A 3P5ZA 3MUXA 4DPPA 2AGKA 3G1FA 5AYZA 3CT7A 2C13A 3NQFA 3K30A 3DBPA 5F2LA 1LLWA 2QDGA 1VYPX 1LORA 1QO5A 4QM1A 1DKWA 4NZJA 4Q33A 2J27A 2E6YA 3E02A 3Q94A 7TIMA 2ZRZA 2PE4A 1IF2A 2ZRVA 3Q2DA 2DZUA 3WJWA 4LRSA 5G1YA 3LHYA 1YPFA 5L6UA 2V2HA 2QCNA 3ZFHA 2J9YA 4O16A 2GJLA 4OT7A 4X2RA 4JXCA 2TSYA 3FOKA 1QPRA 2A6LA 3PBUA 1RVGA 2ZA3A 4HKPA 3P84A 1UASA 4OE7A 1MXSA 4NUWA 3W7RA 3EXSA 4NNBA 4AHOA 4FIQA 2B4GA 1YXYA 1T96A 1EB3A 3CB8A 3MHFA 4X22A 3SY5A 1F05A 4WUIA 5DELA 2HS6A 5FESA 4UR8A 1K7FA 5U7SA 3OEXA 4LWWA 4P2VA 5LKYA 5AC6A 1W31A 5TBOA 1TPC1 3KVJA 4DBDA 2NXIA 1LTDA 1GG1A 3G24A 1HUVA 2Z0IA 3O6CA 1O5KA 4DF2A 1SO6A 1XKYA 1KV5A 5F4XA 1C29A 5TQLA 1OX5A 4RJEA 1L2UA 4UFMA 4B5NA 1LBMA 1S5WA 4UTLA 2OCZA 2PC4A 1J2WA 2QCLA 1VYSX 3IVUA 4DO4A 4Y90A 1PHQA 2E6AA 3B4UA 3LHZA 4N9DA 8TIMA 5AYXA 4KKXA 2J6XA 2EF9A 1VR6A 1SZEA 1TPDA 2QAFA 3HF3A 3G8RA 2HSAA 3MYPA 1OFPA 3MJYA 1ZENA 1TQXA 4O1DA 3TC6A 3W1XA 5C5YA 4QIUA 2CU0A 4JX4A 3M5XA 2YW4A 4MZYA 4GWEA 5EPDA 4FB7A 2F7FA 3THQA 1AK5A 4IMGA 1WBJA 1XCFA 3NAVA 4CCDA 3PUOA 1FCQA 4UFJA 3HMJG 2FQIA 3TMLA 4FNPA 3M43A 3B8DA 1DL3A 5K4ZA 3UNDA 3ZR4A 4O12A 5G2WA 1BTMA 2ZRWA 4O0ZA 3V75A 1OK6A 3TFXA 3TSDA 4TR9A 1G4EA 1FWNA 3PF3A 4Z1BA 4Q32A 2QCEA 4R33A 1VZWA 3LXAA 4NJJA 2V9DA 4QITA 3T7VA 1OFBA 3W76A 3DXIA 3L9CA 3QPZA 3BV4A 1X8FA 3DI0A 4TIMA 3F1QA 3BLEA 3L65A 1DQWA 1IGSA 3P8JA 1LRTA 1SFJA 3DAQA 1WA3A 3TMQA 3NM3A 1JCYA 1ZY9A 1JCJA 1SPQA 2H3BA 2HS8A 4JTIA 1GQNA 2PRLA 4UTJA 2Y6ZA 5LHFA 3G22A 2W6RA 1XFBA 1TPEA 3W7LA 2CLOA 4IMFA 2DJLA 1XBVA 3FYOA 2O7SA 4UTWC 1RV8A 4UFIA 1WQ5A 5CZSA 5CZTA 2BXVA 4QSHA 5EYWA 2NLIA 1TPH1 4LW7A 4FF7A 4FXRA 3SGUA 2CZFA 1OHLA 4JTTA 3G1SA 3WK2A 3G1AA 2I1OA 2WNZA 3FJ6A 4WY0F 1Q6QA 3TXVA 1JUEA 1GYLA 1G4PA 1SFLA 2QCCA 2WSQA 4IWWA 4DQWA 2AQWA 2E5BA 5E0KA 4O19A 1F5ZA 3L67A 3QQ1A 3FA5A 3ZWTA 1W5NA 4M7TA 1NF7A 3QQ0A 1WV2A 1WBHA 1EUAA 1GEQA 3W85A 2QUUA 4EOUA 3W83A 3MI6A 5AC8A 4MY8A 4JDBA 1SZFA 2ABAA 5AHIA 1SO4A 4JTFA 1WOAA 1BWKA 3P5YA 3HG2A 1FQ0A 4ML9A 5I3HA 4PA8A 1H5YA 1LYXA 3DENA 4WD0A 3W7OA 4YCPA 2I9EA 3W7DA 1B3OA 4JYEA 3IIPA 2C3ZA 4HNNA 1QPQA 2H6RA 3CC1A 4OBTA 5BRBA 4XKYA 4YWIA 1NEYA 1DORA 1UUOA 1W1ZA 5CKSA 5G2IA 1SQ7A 3UWVA 3LB0A 3NEVA 5C55A 2WPBA 3QW3A 3NQVA 5I3KA 4AHQA 1LRNA 3G3DA 5HJLA 1LZOA 2OJPA 1WDWA 3HJZA 1F73A 2R91A 3CU2A 5E1QA 1F7BA 1U5JA 3L21A 1XBXA 5FF4A 2E09A 3EWWA 4HSNA 1ZALA 3SI9A 3TSMA 1XUUA 2Z1BA 3T55A 1KFLA 4RCXA 1VHNA 3I65A 3LRLA 3TX9A 4JYFA 3FLUA 3GR7A 1OJXA 5LGZA 3PWAA 1OFRA 3QYQA 1TTPA 1GYNA 4A21A 1ICPA 2A2IA 4RZ4A 1KTCA 2KZHA 3GNDA 1I8JA 5CZJA 4G1KA 3SW6A 1KFBA 1FWTA 3GVGA 2OT0A 5EA9A 3BVJA 4CQ8A 3R8RA 1PL9A 4FIRA 1FWRA 1PE1A 1QNVA 1L9WA 3W9ZA 5G1TA 3S1XA 3BGJA 3NQ2A 2VXNA 2VOMA 2E68A 5KZMA 4RXFA 1GVRA 3B05A 3C2FA 4JY8A 3LHVA 4FNTA 4O53A 3P82A 5HWMA 3PB0A 4UNKA 3RF9A 5DY2A 3A5VA 5AHFA 1Y0EA 2FDSA 3CWNA 1W5OA 1KM4A 5MHBA 5FF0A 3R12A 3L5MA 1I2PA 4BI5A 2QCDB 4JR5A 4A2RA 3PBYA 1LRQA 1QR7A 4ICNA 3MW7A 1TYGA 4N9CA 5DBTA 4Z08A 3L66A 4UTMA 4UFLA 1LM1A 4O18A 3EKZA 1RQHA 1TPFA 4PEKA 1VRDA 3S1WA 2A7PA 5CZ0A 5C6MA 2RDTA 2Y7FA 3STGA 1KFEA 3GNNA 1EWEA 3HGOA 1VYRA 4PFMA 1TPUA 3QMSA 2CLFA 5H2ZA 1GTHA 3DKJA 3W70A 4BWLA 2Y85A 2QUTA 4HT3A 5FI8A 2VC6A 1Z42A 1LDCA 2I14A 3HGRA 4HHPA 1ICSA 3TSBA 4HIBA 4O4WA 5IBXC 2X2GA 4IPIA 5ABTA 3QF0A 1OX4A 1OX6A 1OFEA 3OIXA 3E96A 4S2BA 5HWJA 1TPVA 4IXXA 1IXNA 4PCFA 3DZ1A 4CNOA 5DXXA 4AF0B 4IQLA 1I4NA 3SR7A 1SSDA 3N2MA 1KM1A 3DU0A 2QCGA 3UQNA 1SW7A 3P8IA 2DZVA 1CX9A 3DKLA 4UTKA 2B7OA 3I7SA 3NPWA 5HULA 3F4NA 3NM1A 3LI0A 1GVOA 2A0NA 1Z41A 3FIGA 3IVTA 3TKFA 5HUOA 3LXCA 1OVDA 2UV8G 5FF3A 4IMEA 1I2NA 6ALDA 3CLMA 4A29A 4LC6A 3W72A 2A21A 2NWSA 3M7WA 2ZRXA 4GC4A 5EL1A 4CQ9A 2X1RA 1PVNA 2WQPA 3LLDA 3C2EA 2JBMA 1G4SA 1W5PA 4GBUA 5KITA 2E6DA 3KRZA 3N2XA 3R2GA 2R8WA 5HINA 4CCCA 3STEA 4QNEA 2ZA2A 3TE9A 1LOQA 2V81A 1OK4A 1P0NA 2GQ9A 4AWTA 3NQCA 3TQVA 3VKJA 3UD6A 2RDWA 3M5ZA 1X7FA 3KRSA 3TAKA 3GDTA 3SFKA 5SWUA 5D2VA 1XUZA 2QJGA 2V30A 4CLMA 3IEBA 4TMCA 2JGQA 5D30A 3L0KA 1TCDA 2GVGA 2Z6IA 4Y8FA 4JD4A 1FUYA 3LCIA 3LHUA 3PB2A 3VI2A 3W1NA 3NR0A 1FY6A 4AWUA 2PURA 4HNTA 1ZJIA 4LS1A 1W5QA 3HGJA 3F4WA 4LV9A 3KHJA 2C18A 1DHPA 4JX5A 2B7NA 1TREA 1AL7A 2V2CA 5F2MA 3W7KA 3TK7A 4UTTC 2Y89A 2YSWA 2RHGA 1XL9A 2P0OA 2ZZ7A 3LCFA 2OZ0A 1THFD 3TU9A 3O05A 4O1AA 4O1BA 1GVFA 3U8GA 4TMBA 3A5FA 4A3UA 3LCXA 2YFOA 3Q37A 1FXQA 5DCDA 3N3MA 1OABA 1R46A 4GFSA 4LNYA 4O15A 4A22A 2FFCA 2EAWA 4JTGA 3MHGA 3NGJA 4GUHA 4U4MA 1O5XA 1YLVA 3TAOA 4LTSA 1VCGA 4MY1A 3MP5A 1K8ZA 2ALDA 4WOQA 3H55A 1VCFA 1TTJA 1A50A 1P1XA 1JRCA 1PCWA 2WJZA 3IIXA 4ZMGA 5TIMA 1TPWA 2CWNA 2HTMA 3A24A 5CPMA 3W7QA 3MBFA 5F4WA 3EWUA 3KAOA 2B7QA 4IUOA 2C14A 3IVSA 2NUWA 2H8ZA 3MI3A 1EP3A 2DZTA 4FEZA 4AVFA 1NF0A 3H53A 4JY9A 3EWXA 3C52A 3QSTA 3L2IA 2WSRA 1YDNA 1MZHA 2NX9A 2ZRYA 3S1UA 2Q8ZA 1EWDA 1VCVA 1Z44A 3IRDA 1JQVA 2CZDA 2J88A 3C4UA 3PG8A 4X3ZA 4ZQOA 1JUKA 2XN1A 4M7SA 4WY0B 1H51A 3PR2A 1EA0A 1GTEA 1ME8A 3LXBA 1FDJA 5A5WA 2NX3A 3LTYA 3LRMA 3GLCA 1X6UA 4J9JA 4QNWA 3W2NA 3WJXA 2VKZG 1WXJA 4IGHA 1OF8A 1I2QA 1ME7A 5BMWA 4NXKA 2YR1A 3W7IA 1K02A 3NA8A 1VQTA 5AC7A 1H7XA 1SU5A 3QRHA 5LNSA 2H8XA 2FB3A 3W86A 2TYSA 2FPYA 3LM7A 1J5TA 4POCA 1ZAHA 1DQXA 4NVTA 4CNNA 4ZQCA 1NFBA 1N7KA 4AWSA 3W1AA 1S5TA 3VFLA 3NPUA 2CLEA 5D2TA 3ABOA 1BKSA 1TRDA 3EEGA 1SW0A 4UFHA 1VH7A 2ZZ5A 1FWSA 3O6DA 1B4KA 4ZZ9A 3BG3A 1JRBA 5CPOA 2NXHA 1OFAA 4MLRA 3L5AA 3TV8A 2ZRUA 2Y88A 3S8HA 4GE8A 3OVRA 5FEPA 1BWLA 5I3JA 2CW6A 5G4EA 3QFEA 4ADUA 3W1UA 4MUZA 5J5DA 2V0TA 5IM51 1UB3A 3OG3A 4OU1A 4PL1A 3C61A 1PCKA 4QQ3A 4OV4A 4N9EA 1IIGA 1XDMA 3FEMA 1JUBA 1UJPA 2FPVA 3F03K 3DHFA 1R30A 3O16A 2F84A 3C8FA 5D04C 1Z48A 5EY5A 2EHHA 3ABSA 2CLMA 3LCLA 4K36A 5LNVA 5F2IA 3UZJA 5BOOA 3KOFA 1H7RA 5F4SA 3GK0A 4BI6A 4LUJA 4XBKA 1OYBA 2JGYA 3W1PA 1TQJA 3W1RA 4Z0SA 1WOBA 3VE9A 1VLIA 1KLZA 3FFSA 3IIZA 3RLVA 4W9TA 3W2JA 5K7JA 3TH6A 1TV8A 2R94A 3PVFA 3LOTA 3IGUA 4DELA 2BX7A 1R2RA 4GXMA 4BR1A 2WO5A 4NQ1A 2RKXA 4IMCA 4PC8A 3PAJA 1R2SA 2ISVA 1F6KA 3B0PA 3C3NA 2Q3OA 1IXPA 2Y61A 2A1YA 4JTJA 3UPWA 4FX6M 2NV1A 3QMRA 1TMHA 3TW7A 1A5AA 3SZ8A 1TJRA 1JULA 5K9CA 3W2UA 1H7OA 1VJIA 1KFJA 3O1NA 1JCLA 5K3VA 4TO8A 3PSWA 3NL5A 2RFGA 5KINA 3TQKA 1YDOA 2GUUA 2OMAA 2HMCA 3PBVA 4QISA 1ADOA 1NSJA 3HG4A 3BW3A 3WK1A 3LGEA 1KTBA 1KFCA 3HPZA 4E38A 4FX8A 2GQAA 2BSLA 3KVKA 2CZEA 5EBUA 3IIOA 3PUDA 1OFQA 3M1ZA 3PSVA 3KVMA 5CSSA 4ZVJA 3W88A 1N8FA 3A21A 5G4WA 5GVJA 1V5XA 1OYCA 1MEHA 1PIIA 1Q45A 1KV8A 3EX3A 4O57A 4AMAA 3I7RA 3QSRA 1W54A 5KTLA 2TMDA 4UNLA 5LNRA 1H1ZA 3R5EA 2WSYA 5CPNA 4NZFA 1EP1A 2CLKA 4RR4A 3LX9A 3THAA 3W7EA 1KLYA 1Q6RA 4A2SA 4M6VA 4UCGA 3R89A 3CPRA 3G1DA 3S5OA 3G1YA 2J24A 3VCRA 2P10A 1TB3A 2X30A 3L0NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1WBJA

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