1WDPA

The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
493
structure length
493
Chain Sequence
SDSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of threonine 342 mutants of soybean beta-amylase: role of a conformational change of the inner loop in the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
molecule keywords Beta-amylase
total genus 185
structure length 493
sequence length 493
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2004-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1wdpA00
1UD8A 3IANA 2E0PA 2EEXA 3TTSA 3OBAA 3ARSA 3RJYA 1J9YA 4W5UA 2ZX5A 3MV11 3WEMA 2WMFA 4S3KA 3PN8A 4CD6A 5I5RA 4J27A 2V5CA 3S6TA 1E72M 4J3UA 1OGBA 3W26A 1XD0A 4X0NA 4HOXA 2D0GA 2W61A 1K9FA 5CGMA 5DMYA 2ZUUA 1KGWA 4E8CA 4CKQA 1UZ4A 2AMGA 1UWIA 4QLKA 3KE0A 3K8KA 5EB8A 3BXWA 3PTMA 4PMDA 3IJ9A 2AAAA 2ZX7A 4UFLA 2X09A 2CIPA 4Z2KA 1CGTA 2JFEX 4EE9A 1TA3A 5CZKA 2WZHA 4D1JA 9CGTA 1VFFA 1DHKA 1E70M 2J7HA 2ZUNA 5I2UA 3WNKA 4DWSC 5E09A 2J7GA 2GK1A 3GNPA 1DP0A 3BAKA 1PIGA 3ALFA 3KL3A 1C90A 5KEZA 1VEPA 4TX6A 4KGLA 2UWFA 4M81A 3ARWA 3QOMA 3A47A 2WCGA 5A6BD 2WYSA 2EO7A 3CZGA 3VIIA 1BTCA 1HJUA 1PIFA 1O7AA 2RGMA 1ZBWA 4W5ZA 1NWUA 4D6CA 1TUXA 2BY3A 1E6NA 4HOZA 3MANA 1XYFA 5BXTA 2O9RA 1R8LA 4D71A 1W1TA 1CWYA 2DT0A 3ZSTA 1JZ6A 1QOXA 3AXIA 4HMDA 1JNDA 4J3WA 4AMCA 3WNLA 4JAWA 1PX4A 2BXYA 1R7OA 2G3JA 4OJYA 3W37A 1HKMA 4E4PA 1HN1A 4B9YA 1YQ2A 1WDQA 4WK9A 4S3JA 2IXVA 1H11A 1C8YA 1M03A 3N13A 1OIMA 5M03A 3VIHA 2YDSA 2NT0A 4F66A 1UWSA 3SUTA 1HP4A 4DUVA 4QLJA 4U5IA 4HZ7A 4FK9A 2WWDA 2DQXA 3RIKA 3SCNA 1OWQA 5JIPA 3WY1A 2OYKA 1VJZA 2W92A 1EGZA 3WD4A 4AC1X 2DT3A 3SUSA 4ATWA 2E8ZA 2E9LA 1MXDA 3CUIA 5ABGA 4NF7A 1CTNA 5I79A 4H41A 3POHA 4QDMA 1DWIM 3VM7A 3NSMA 5C70A 3VX1A 4AIOA 2VZTA 3AMDA 2TAAA 2F61A 3WH6A 1NM9A 1US3A 5CSUA 2E40A 3WF2A 7TAAA 4OZOA 3SCOA 4W8AA 3SIMA 3ARXA 1JD9A 3NJ3A 1L0PA 3CHFA 3ZJ7A 3I3EA 3WD0A 1GQIA 3T0BA 4YHGA 1E3XA 1EA9C 2YL5A 1W9DM 2OWXA 1V0LA 2DT2A 3CPUA 1J0JA 3VPLA 1H41A 2PWFA 4NSBA 3KZSA 2X2YA 4U3AA 4AYSA 4XZWA 3VIFA 2EBNA 2VOTA 1JNEA 3ZM8A 2XIBA 1XSIA 2WWCA 3AROA 3DHPA 4MNLA 2DH2A 3QHMA 3EYPA 2DSKA 4IPLA 4P7NA 2QMKA 3RM9A 2VO5A 1BF2A 2YL8A 1FHLA 3EMCA 3PZTA 3SCSA 2WXDM 4GPNA 2WMHA 2DSVA 1NH6A 1GVYA 5I6SA 3TA9A 4GINA 1C8XA 1U30A 4A4AA 2CEQA 3WNOA 1JXJA 1TCMA 1LG1A 3N1AA 1UKPA 5IHSA 3VIGA 1JZ7A 4LYRA 4W88A 1H49A 1W9XA 1B3YA 1BGGA 5CG0A 1EDQA 1W1YA 4AIEA 4JHZA 5AYIA 1UA7A 1JDCA 4P8XA 4URIA 3WMCA 4D1IA 3WQWA 2QMJA 1GHSA 3CHDA 3UETA 4PMVA 2WHLA 4FLOA 1MQPA 2A3CA 2ZXAA 2G3NA 1X1NA 2CNCA 1BHGA 1UR1A 2DT1A 4E8DA 1X6LA 1N82A 3WKZA 2XWEA 2D0HA 3W6LA 5ABFB 4XX6A 1UD5A 4ATDA 5A6AA 1WNOA 2VRQA 4HA3A 3VGHA 5CQ1A 3VD7A 2EJ1A 2VCBA 3QHNA 2JE8A 4PMYA 5CSYA 4W87A 1E0WA 1FH9A 1GNXA 3TTQA 5KZ6A 2WC7A 1W3HA 1B31A 1XGZA 2VZUA 1CDGA 3SCUA 4JL2A 5AC5A 2FGLA 3AXXA 4C7GA 4CU8A 1BG9A 3RCNA 2CHOA 3KWXA 4W7UA 1JG9A 4TTGA 3UCQA 1MW1A 1I1WA 1H5VA 3OGRA 4GO9A 2WK2A 3VOCA 3WH7A 1V3HA 5A94A 3VMOA 5FL1A 2C8NA 4BQ4A 4P8UA 3F4VA 1GW1A 1OT2A 2XIIA 1GOIA 3WBAA 4ACZB 1GJWA 3WQVA 1BVZA 4XUYA 1SYTA 1FP8A 4PMOA 3SCQA 1Q6GA 1R7AA 3AI0A 4QP0A 3WIJA 4MB3A 4FLSA 3AMGA 2WW5A 1VIWA 4AD0A 1U33A 2XFRA 3ZMRA 1QI3A 2VCAA 4UNIA 3RM8A 3WELA 1Q6EA 2J8GA 3ARTA 4ZENA 3FY1A 4B3KA 4F9DA 1PZ2A 1J0YA 3L2LA 4BS0A 3VGGA 1E5JA 4TTUA 4ZXLA 3RMEA 5HXMA 4M8UA 4N0RA 4GI6A 5A8PA 2W62A 1FP9A 3TONA 1CZ1A 2QHAA 2WLZA 2IUZA 1XC6A 3D3AA 1TR1A 1Q6CA 3ARYA 3GM8A 4EANA 4AXNA 2PWGA 3GXIA 3BC9A 4GI8A 3T2PA 5M3WA 2J25A 1DWJM 5A6KA 4LQ1A 3VMNA 1H3GA 4J3SA 3CUFA 5JUVA 3AS3A 3VIKA 2DH3A 3OZPA 4OKDA 1KCLA 2XHYA 1J11A 4DWSA 1FH8A 2VQUA 4CD4A 4LGXA 2YA1A 3WUFA 5I78A 2BV9A 4M29A 2XPKA 3VTRA 2FHBA 2DSZA 1OGSA 1BAGA 3BLPX 3PZ9A 2WZEA 2VVSA 5FCZA 1QW8A 3QOKA 1W9UA 2YLLA 3GNRA 4AEFA 4J3VA 3W6MA 2G3IA 3U5UA 3HU7A 4GIAA 2CHNA 1UOKA 1WE5A 3ZOAA 3QHOA 2J7EA 3L4XA 2YA2A 1EO5A 2YBUA 1EXPA 3EMQA 3T09A 1G9HA 3OA5A 3UG4A 3WDRA 4DM2A 5EFFA 4AZ6A 3BAYA 1TMQA 4JKMA 1QI0A 4ATLA 1E73M 1B3WA 1PAMA 2O92A 1QI2A 4AZ5A 2OYLA 3I3DA 3IAPA 1VRXA 3SCWA 3WUBA 1EQPA 4AZIA 3M6DA 4FMVA 1XCWA 1V02E 2WC3A 1FA2A 1JZ3A 3EDDA 3ZR6A 4BCEA 4F9JA 4CCDA 3WQ6A 1OCQA 1E0XA 4OBSA 1Z32X 3UERA 1G1YA 3CZ8A 1HJXA 2GDUA 4UQBA 2EXOA 3A4AA 2WVVA 1B30A 3CHCA 3PBGA 4UFJA 5TD4A 4X0VA 3PTQA 1PX3A 1V3KA 1JL8A 2E4TA 3T0AA 2C7FA 4GI9A 2QF8A 3AJ7A 2CPUA 3N17A 1Q6FA 3MUIA 3WMBA 3WD3A 1ITXA 1JFXA 2G41A 4J7RA 1ISZA 5IFTA 1GOQA 5EBAA 3ARVA 5IDIA 3L4TA 5D9NA 4E2OA 2NT1A 2CYGA 1HKJA 1UD6A 5DFAA 5ABEA 3AZTA 4PEEA 3AHXA 3W82A 3WDPP 3HMCA 2WNWA 4P8WA 1E1EA 2JF6A 4HTYA 3L4ZA 2VCCA 4OBRA 4UFHA 2XGIA 2VX4A 4FLRA 1W3LA 3SCRA 1ECEA 3F5JA 1JFHA 1Y7VA 1CENA 2D24A 5HDRA 1EOKA 3VGBA 1EHNA 1XH1A 1RPKA 1G94A 3IJ7A 4MDOA 4Z2IA 3W25A 3ZSSA 2A3BA 3HN3A 3THDA 1UZ1A 2JIEA 5BYWA 1GQJA 1H0GA 4JFTA 5EMYA 3ARPA 3QR3A 4Z2HA 1C7SA 3AOFA 4M80A 3BMVA 4GQRA 1VBRA 2YL9A 2YDQA 3ARRA 1CXEA 1JI2A 4RE3A 2WM0A 1WAWA 2D1ZA 1S46A 4W93A 5JIWA 4UZUA 1E6PA 4CUCA 3W53A 3CMGA 5GQBA 1B0IA 2WCAA 2XFFA 1FOBA 1JDDA 1EHAA 1PJ9A 1TG7A 3RILA 3BAXA 4EKJA 4LX4A 3GXFA 2GDVA 4H7VA 1QI5A 1TA3B 3AHZA 3EDJA 1GQKA 3PZNA 1UKOA 4JKLA 4QLLA 2ZUMA 1V3JA 5A6JA 2VJXA 1XD1A 2GK1B 4FF5A 1EDTA 1RH9A 2CETA 2V3GA 1GOKA 2YLAA 3BMWA 1LJYA 1BYBA 3N11A 1UKSA 4CVWA 2GSJA 4HA1A 4F79A 5JBEA 1NP0A 5E6YA 1XSJA 1GZJA 1E6XM 4M82A 1NQ6A 3AHTA 2J7BA 4U3CA 4CU6A 3W0KA 3G6LA 1UWUA 1UD3A 3CH9A 1E1FA 2VX5A 5LA1A 1QNRA 3PZGA 2BS9A 3NDYA 2GFTA 4PSPA 5DT7A 3WDIA 4GZJA 1MFUA 4H04A 3AYSA 4W8BA 1E56A 1JXKA 1K9DA 4BQ3A 5A2AA 4MDPA 3E1F1 2XYLA 4Q7NA 2XM1A 2XWDA 2OWWA 3AISA 3CUGA 3AZSA 1J0KA 3WFZA 5IHRA 4QCEA 1WO2A 5E70A 3B9DA 2QPSA 1MWOA 2EPOA 2A3HA 4PMNA 4JCMA 2VZVA 2X0YA 4V27A 4PMQA 3NIYA 3WMSA 1VB9A 2J8FA 2ZXBA 4WKFA 1ZBVA 2XG9A 4Q22A 1CLVA 1W91A 3CZLA 1C93A 1E6SM 1TE1A 2CBUA 4MJ4A 1X6NA 4IPNB 2J77A 5C71A 1HKKA 2A3EA 1UHVA 2BHYA 4KRTA 4P7LA 3VX0A 2YDRA 1B3XA 5DEZA 3MKKA 1P6WA 1QNQA 1QNOA 1ISVA 1C8QA 1HKIA 3BCFA 2CKSA 1JF6A 1VAHA 4YN5A 3VDBA 3T2OA 3ZR5A 4RE2A 3AFBA 1JAEA 5CLTA 4KMQA 3NUKA 3OLGA 4FLQA 1G01A 5CGTA 4WLCA 3PZMA 2WVTA 1J10A 4LPCA 1XH2A 1JYXA 2WC4A 4AW7A 4UR9A 3VU2A 5IFPA 2FGZA 1E15A 2J7CA 2WANA 3VILA 3ZJKA 3K46A 4ZE4A 2VVNA 3MUY1 3OZOA 4W89A 5CJ5A 3W38A 1CGVA 1ODUA 4HPGA 3W29A 1WZLA 3VNZA 3ARUA 1K6AA 4PMXA 2WHKA 1XH0A 1CBGA 1JD7A 1V0KA 4AD3A 1HJVA 4TVCA 1UWQA 1V6YA 3VVGA 1ISYA 3W4RA 4DWSD 2RGLA 1ZBKA 1JIBA 4UZSA 1QVBA 2WAGA 4WKHA 1V0NA 3O6AA 4XB3A 3N15A 1V6VA 2WBKA 1B1YA 3BAIA 3AZRA 3WQ8A 1KGXA 5BROA 4CN4A 4EK7A 1MQQA 2G8ZA 3AXHA 1W1VA 1W32A 3W28A 1UH2A 2V3DA 1LWHA 1HJSA 3BSGA 3OLIA 3VGFA 1VBUA 1UUQA 1ITCA 2YKKA 3APGA 2J4GA 3MMDA 3WD1A 1JGIA 2D2OA 1LQ0A 1CIUA 3AMLA 1PPIA 1H1NA 1LG2A 1DWHM 1NWTA 2EPKX 2FHCA 2VT0A 1QPKA 3AIWA 1K9TA 4ML4A 4AZCA 2D3NA 1SMDA 2X0HA 3O9NA 2W4XA 1KWGA 4W8LA 2PF0A 2XUCA 1GHRA 1A47A 1FFQA 4YHEA 1IZKA 4QFUA 1WPCA 3SCVA 4UOJA 1KWKA 3DYMA 4HMEA 2FHFA 4GKLA 3AHYA 4DUXA 1I1XA 3CUJA 3DYPA 1MQRA 2X8RA 5AYBA 1CYGA 2Y8VA 4M24A 1HX0A 3VIOA 1J12A 4D6JA 3T0DA 2VZSA 5LA0A 2OSWA 4BQ2A 3DYOA 4V2XA 1HVQA 4DM1A 1GCYA 5E6ZA 1MW0A 2QLYA 3TTOA 3AIBA 5CPTA 5A2CA 4JKKA 1K9EA 3CO4A 4PTMA 4AEEA 3T08A 1WZKA 2JALA 3VIJA 3QGVA 3JUGA 1WZAA 3EBVA 4D72A 2FDMA 2PWDA 4PTWA 1EDGA 1FHDA 4MB4A 1JF5A 4H8VA 2WMGA 4R5EA 2Y4SA 1ZBCA 4OOUA 3MV01 3WFLA 1BSIA 1WP6A 2OWCA 1VFUA 1V08A 1HIZA 1JZ2A 5E0FA 4UQDA 3IAQA 2XVNA 2J62A 1V0MA 3LPPA 1GONA 2UY2A 5I0DA 1E40A 2D0FA 2ZWZA 1BYAA 2WSPA 4PCTA 2Y24A 5HBFA 2VL4A 3LMYA 3CLWA 2UY4A 4PTVA 1KGUA 4TUFA 4CD7A 1CGYA 1RD6A 1SFSA 4KGJA 1E3ZA 3WF3A 4PN2A 1E4IA 1HJWA 1V6UA 2WZIA 1J01A 3CZEA 4HPHA 1LL7A 4AZHA 1CXLA 4W7WA 1JZ5A 4L4PA 5FD0A 1AQHA 1BPLB 1CGUA 1AQMA 3WH9A 1JYVA 3AQUA 2CXGA 4CVUA 2W91A 1UH3A 1MXGA 2W66A 1EO7A 3L4VA 1W1PA 3WL0A 1IV8A 2YL6A 4U2ZA 4ZFMA 1XSKA 4A3YA 1PX8A 2WVSA 3K4AA 1CXIA 1VF8A 4BZYA 2GUYA 2VRKA 3O2LA 1BGAA 1BVNP 2W5FA 3A4WA 5HNNA 1UYQA 2BVYA 3LPGA 1ZS2A 4OUEA 4X9YA 1W3JA 3WUGA 1C7TA 1TZ7A 2AOSA 3AS0A 3NCOA 3J7HA 1ZU8A 4W86A 2VR5A 2OLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UD8 A;  3IAN A;  2E0P A;  2EEX A;  3TTS A;  3OBA A;  3ARS A;  3RJY A;  1J9Y A;  4W5U A;  2ZX5 A;  3MV1 1;  3WEM A;  2WMF A;  4S3K A;  3PN8 A;  4CD6 A;  5I5R A;  4J27 A;  2V5C A;  3S6T A;  1E72 M;  4J3U A;  1OGB A;  3W26 A;  1XD0 A;  4X0N A;  4HOX A;  2D0G A;  2W61 A;  1K9F A;  5CGM A;  5DMY A;  2ZUU A;  1KGW A;  4E8C A;  4CKQ A;  1UZ4 A;  2AMG A;  1UWI A;  4QLK A;  3KE0 A;  3K8K A;  5EB8 A;  3BXW A;  3PTM A;  4PMD A;  3IJ9 A;  2AAA A;  2ZX7 A;  4UFL A;  2X09 A;  2CIP A;  4Z2K A;  1CGT A;  2JFE X;  4EE9 A;  1TA3 A;  5CZK A;  2WZH A;  4D1J A;  9CGT A;  1VFF A;  1DHK A;  1E70 M;  2J7H A;  2ZUN A;  5I2U A;  3WNK A;  4DWS C;  5E09 A;  2J7G A;  2GK1 A;  3GNP A;  1DP0 A;  3BAK A;  1PIG A;  3ALF A;  3KL3 A;  1C90 A;  5KEZ A;  1VEP A;  4TX6 A;  4KGL A;  2UWF A;  4M81 A;  3ARW A;  3QOM A;  3A47 A;  2WCG A;  5A6B D;  2WYS A;  2EO7 A;  3CZG A;  3VII A;  1BTC A;  1HJU A;  1PIF A;  1O7A A;  2RGM A;  1ZBW A;  4W5Z A;  1NWU A;  4D6C A;  1TUX A;  2BY3 A;  1E6N A;  4HOZ A;  3MAN A;  1XYF A;  5BXT A;  2O9R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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