1WYIA

Human triosephosphate isomerase of new crystal form
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
APSRKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of a high-resolution crystal form of human triosephosphate isomerase: improvement of crystals using the gel-tube method.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 90
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2005-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1wyiA00
3W1NA 3NPWA 4N02A 3B0UX 3LB0A 3W72A 2E5BA 4TMBA 3HGJA 1FDJA 3W1XA 2V30A 3FLUA 4RZ4A 1OFDA 1PVNA 4Y96A 2Z6JA 2ZRWA 1DHPA 4K37A 3IGUA 1UUOA 4FNUA 1A5SA 5BOOA 1KM5A 4LVGA 5LHEA 2X1RA 1O5XA 3SGUA 1TCDA 4MIMA 1F6PA 3C2EA 3EX1A 3S9YA 4YWIA 1XBZA 3KRZA 2WNQA 3DZ1A 3GAYA 3G1XA 5CG7A 4CQAA 3EKLA 4U4MA 1OFPA 3RLUA 2VFIA 2XN0A 4OV9A 1ZNNA 4BWLA 3MHFA 2WSYA 1VCFA 3W87A 1X1OA 3TV8A 2V5LA 3P5YA 3SY5A 1OJXA 4FXRA 1FDYA 1L9WA 1ZJIA 1H1ZA 1L2UA 1W3TA 4IMCA 3TC7A 3M41A 1EP3A 4H4IA 1F2JA 2ZZ7A 3SR7A 1AG1O 1LP6A 4K8HA 3WJZA 2EGZA 4LW7A 1W37A 1WDWA 2QCGA 3NL6A 3S1VA 1YPFA 4GFSA 3P61A 4DXVA 4R53A 1FQ0A 1DKWA 4HNUA 3I7SA 3NNTA 1T99A 2CLHA 3W85A 2Y89A 3VE9A 4IOTA 2V5BA 3ANYA 3QQ0A 1TTIA 3O06A 3TJLA 5FF2A 3FFSA 3SI9A 5D02A 3MI3A 3ZFHA 5ABTA 2CLEA 3BO9A 1Q3NA 4MOZA 1O60A 2I9EA 3BK0A 4GUFA 1KM3A 3OIXA 5G4WA 3BARA 2TSYA 3EX4A 4J9JA 2Q8LA 4O12A 1A50A 3CC1A 2ZZ3A 1RPXA 5H91A 4PTNA 4WXZA 2QJGA 4UFKA 2B4GA 4ICNA 1TV8A 4Q33A 3OHIA 2E1DA 3BV4A 1O5KA 1A5CA 1OK4A 3JS3A 2ZA3A 2I14A 2JKEA 1H5YA 4ORIA 4UMAA 3KVMA 1W3NA 3NO5A 1ME9A 4K38A 4K6AA 1I2OA 2X16A 2WV8A 3C6CA 3QC3A 4OU1A 4HNTA 3TU9A 8TIMA 1H7RA 4O1DA 4ZQOA 3VI2A 2B7OA 1QDSA 1TPEA 1W0MA 3LLDA 3FKRA 3QEZA 5IBXC 5LGZA 1K03A 3MMTA 1TPVA 3NEVA 4CCEA 1TJRA 1WOBA 1LBMA 4UNKA 1JCMP 3KHJA 3S6DA 4O52A 3TSBA 1FCBA 1TTPA 2H90A 4OWGA 4AEOA 1AW5A 3NDOA 3S8HA 3NA8A 1LOLA 2ALDA 1RD5A 1FWSA 1LYXA 2QCMA 1B3OA 3LI1A 2B7QA 3LXBA 4Q32A 4IXHA 3BLEA 3S1XA 3W1AA 2Y85A 4UTTC 3LCIA 4RLIA 3W2KA 4I7WA 2PE4A 5DY3A 5D2VA 4A2SA 5EBUA 1M5WA 3W2MA 1NSJA 1JUEA 3I7RA 1DL3A 1DORA 4OBTA 1TPH1 4KWVA 4OV4A 5BMXA 3AJXA 5AN7A 4FX6M 5C5YA 1MEHA 4DPQA 3K30A 3G1DA 1L6WA 3PR2A 2JGQA 2OT1A 2FJKA 2ZCGA 2ZZ1A 4JTSA 1B4EA 1F5ZA 4UTLA 1V7YA 4JTGA 1ZENA 5AYZA 2P1FA 3B03A 3LLFA 4A3UA 3SECA 4UXDA 2OCZA 3F03K 3G1VA 5LGXA 4HKPA 4CNOA 1KM4A 1WBJA 3MP3A 4K7VA 1G69A 1QOPA 3W7QA 1RR2A 4KKXA 5AHIA 1KBIA 4UTWC 3S5YA 1SO5A 5A5WA 3TR2A 3BG5A 2ZBTA 4YXGA 3HGOA 2W79A 5KTLA 2DZXA 5D04C 3N9RA 2BX7A 2RH9A 4N9DA 1GG0A 2AQWA 2W6RA 4K8EA 2PC4A 4QNWA 5K4ZA 1WQ5A 1IXOA 2TRSA 4KWWA 3UWZA 1KV8A 4Z1DA 1OFEA 3OBKA 3VCRA 4QQ3A 4XTDA 3GDRA 3EWXA 3W7GA 3P60A 2WNZA 1VGAA 1UJPA 1YXDA 4O50A 2P10A 1D3GA 3TIMA 2VEIA 5E1QA 3NZ1A 3A23A 2A0NA 3NPVA 2X30A 1XUZA 3G1FA 2E5CA 1LLZA 3TKFA 1TPB1 1MEWA 3GDTA 4W9TA 5EL1A 3B04A 5FEZA 4FF7A 1ALDA 1HUVA 1VLWA 2VELA 2CZFA 2H8ZA 3BGGA 4ZZ9A 4DF0A 2A1YA 1KFBA 1O94A 5HINA 1P0KA 2BXVA 4BK9A 3QYQA 4XBSA 3W7JA 4LNYA 1KFJA 3E49A 3TMLA 3RF9A 3T7VA 3NQ6A 4TO8A 3LX9A 3NL3A 1I4NA 4AAJA 3F1QA 3ELFA 1KLZA 1MSSA 4CQ8A 1L6YA 3O1NA 4NZFA 1HFBA 2F7FA 3R5EA 3IVUA 3PS7A 1KFEA 4JIPA 2NWSA 3HO8A 4RXFA 3GKAA 3UZJA 1YDOA 2YW4A 1IF2A 2QDGA 3G1YA 3VE7A 4L4LA 5F2GA 1SSGA 1KA9F 4IJBA 5CPNA 3BLIA 5K4XA 1KTNA 3TFCA 4IMDA 3GAKA 1W54A 3CTLA 3GNNA 5U7SA 1IIHA 2QCDA 2ZTKA 1EIXA 3NM1A 3N2XA 5K9CA 4NNAA 1YXYA 3QH2A 3CLMA 4MLJA 3CB8A 2QCEA 3VNDA 4JIQA 4NU7A 5TBOA 5I3GA 5G2IA 5HR6A 1LRTA 2V8ZA 3IGSA 3DU0A 2Z6IA 3W7EA 3OA3A 1YDNA 4MYAA 3BLFA 1B57A 3PBYA 2XN2A 1H60A 3W7OA 2NV1A 1V5XA 2KZHA 4IMEA 3GX9A 4O19A 3LCLA 3FEMA 4IMFA 4CQ9A 1W5PA 2Y88A 4LVDA 3OVRA 1I2RA 4ADSA 1P1XA 5FI8A 4QSHA 5AC8A 4IXXA 2C18A 4IX2A 1D3HA 5AFDA 2QUUA 1PS9A 4IMGA 3S1UA 1XDMA 3WK0A 1DJNA 4XWUA 1WV2A 3LHUA 2NLIA 1TIMA 4HPJA 3FOKA 3L2IA 4HN4A 4RR4A 4NXKA 1FCUA 4N9CA 3W2NA 4AMAA 3W88A 3L9CA 3STCA 1X6UA 5DY2A 4JTIA 3W2UA 1WX0A 1K8ZA 1TPUA 2E6AA 3NYZA 3G24A 4U28A 3HJZA 3TAKA 5BNKA 3B8DA 1QO2A 4TIMA 1I8JA 1MZHA 1LDCA 3GDKA 3CIXA 2EPHA 3H53A 3LCXA 4HIBA 2UV8G 3UWUA 3M43A 3NQ8A 3EXSA 1D9EA 3N34A 3ABOA 3P62A 4UCGA 1KFLA 1R47A 4HSNA 2YW3A 4QAIA 1NEYA 3UWYA 4RXGA 1U5JA 3L66A 2ISWA 3UNDA 4IGHA 2TPSA 3VFLA 5FF4A 3NG3A 3FS2A 1TV5A 1BEUA 3TQ0A 2ZZ4A 3G22A 1XXXA 1VRDA 2X1TA 4JEQA 4O28A 4O18A 1HL2A 2JKPA 2V2HA 3W23A 1H7NA 3G8EA 5J5DA 1RV8A 4AHOA 4FNTA 5CPMA 4PEKA 4DQWA 4WUIA 2BLEA 3QQ1A 1N55A 4O1AA 4MJZA 2Z2UA 5I3KA 1ADOA 1TRDA 3W9ZA 1I2PA 3NPUA 2E68A 1OYCA 4MKNA 2E6FA 1FWTA 3UWQA 4N9EA 4CCDA 3E02A 2VEKA 4HNVA 1GTEA 2PRHA 4O15A 2Y70A 5HQEA 2G95A 3IIXA 4AWUA 1M7OA 3O6DA 2QKFA 1QCWA 2YYTA 1NVMA 4UMBA 2ISSA 2NX1A 5EY5A 5HUPA 2NUYA 3N19B 3GYEA 3I68A 3WJWA 3W6YA 3DFPA 3B0VC 1JUBA 1TMHA 5DXXA 3C8FA 2TYSA 3SZ8A 5AHFA 4MFEA 3MYOA 3TSMA 4JTTA 3HB9A 4XUGA 5DCBA 3PUEA 4WX2A 4JN6A 1W31A 3TA6A 4UTHA 4H6KA 2FB3A 1JCNA 3P81A 2CFFA 4XZ9A 4LTSA 4XKYB 2QJIA 5L6UA 2E5DA 1AW1A 2P0OA 1ME8A 3D0CA 3A24A 1W5OA 3W7DA 4FNRA 1SO4A 1G4EA 1F6KA 3IIOA 2QF7A 4LVAA 3QMRA 1G67A 3PB2A 3NQMA 3NQEA 4KFOA 2Y62A 2V2DA 3A21A 1G4SA 4QNEA 1GEQA 2FPYA 1KW1A 4N6EA 3T4CA 5EA9A 2RFGA 3PM6A 3GXTA 2Z0IA 4AHQA 5SWUA 3VKJA 2PRLA 5K2ZA 1VHNA 2DZSA 1TTJA 4GUIA 2J88A 1EB3A 5EKYA 2BTMA 4LVBA 1KV5A 5C54A 4WJEA 4LS1A 1FWWA 1TYGA 1OF8A 2JBMA 4CCCA 1KTCA 5CPOA 4L4MA 3W83A 1XKYA 3W71A 1TQXA 4JYEA 3G1HA 2A6LA 2GQ8A 3UY8A 1SW7A 2RDWA 2ABBA 4WD0A 3O63A 4LRSA 4UTUA 1Q6QA 3G0SA 3KFTA 4UR8A 4AWTA 4GJ1A 1H51A 1ICPA 5F4XA 2HSAA 3FYPA 5G1YA 1W5MA 1R2TA 4CLMA 4DBEA 1J4EA 2QCDB 3IRDA 3R8RA 4AVFA 3O16A 1TREA 1JCLA 1UUMA 1F74A 5CZ0A 5G4EA 1XDLA 4O0ZA 5HNRA 4IPIA 3W2LA 3TMQA 4I7VA 4DO4A 1A5BA 2Y6ZA 1GZGA 2J27A 3RFAA 3SGZA 1LOSA 1KFKA 2HS6A 4JXCA 1FDZA 3TC6A 3BG3A 2Z1BA 3HG5A 1LROA 5TQLA 5F1VA 2J24A 1OF6A 3IIVA 3EWYA 4JTHA 3STFA 2DP3A 3GIYA 3NXFA 1JCXA 4UFIA 1TPDA 4CNPA 3QFEA 1R46A 3DFTA 3WK2A 2ZRZA 2ZA1A 3B06A 3LGEA 1GVOA 1TRIA 2QCCA 3TFXA 4O14A 3W1LA 2GVGA 2E6YA 6ALDA 3TJXA 1SW3A 1EWDA 4N4PA 5K7JA 1DV7A 5L9FA 3NOEA 3QPYA 4IWWA 4MZ1A 2DZTA 1K8XA 1KM6A 2GVJA 5D32A 4AF0B 1C9DA 5DN1A 4NJGA 2C13A 1VCVA 1KM0A 4ZQRA 4HT3A 1XI3A 3RK8A 1RQHA 3LOTA 3LCWA 1GPWA 5A8GA 2E77A 4LV4A 3LBMA 4FB7A 2JGYA 4M7TA 4BF9A 2C0AA 4G1KA 1SZNA 1KTBA 2YCEA 3DFNA 3RU6A 3GVGA 1QR7A 3A5FA 1WAUA 5AHMA 4UIOA 2QR6A 4Y8FA 2PURA 1PV8A 4Y9AA 4ONVA 3NAVA 1Q6LA 2Q3OA 2QEZA 3W7LA 1W1ZA 1I2QA 3CEPA 3NM3A 4EVZA 1T0OA 1K3UA 3M5XA 3Q37A 4LVFA 3O05A 3L68A 4JY8A 1HO1A 4WXYA 1G4TA 5DBUA 3W2JA 1K8YA 4JDYA 2QDHA 2C15A 1AW2A 3C61A 3NQFA 3UWWA 2RKXA 5AHEA 4A21A 3PG9A 3CPRA 3BG9A 1ML1A 1OFBA 4QM1A 3O8AA 2YSWA 3NQ7A 1GT8A 2G5WA 3LCHA 1OFQA 1NF0A 3HF3A 1TTQA 4D2JA 1QFEA 2FPVA 4JDBA 1TPWA 3M0ZA 1OABA 3QPZA 2ATMA 3O07A 3TW7A 4GUGA 3BPWA 3TQVA 2YDAA 3E9AA 4IPJA 4IX0A 4O8RA 3QSRA 3EWWA 3TROA 2B0MA 3M6YA 3F4NA 3PF3A 3E96A 3UD6A 4MUZA 1SPQA 2H3DA 5D2TA 4JTJA 5K9DA 2A85A 3GR8A 3C2OA 5CPLA 1M7PA 3OG3A 2EKCA 3ZWTA 1S5WA 3UPBA 1LORA 1ZAIA 4Z0JA 2D73A 1G4PA 3WK1A 5F1UA 2HMCA 1THFD 2A6NA 2NXGA 4MJMA 2NXHA 5D33A 3TQKA 3T44A 4XKYA 2GQAA 1FBAA 3O6YX 1ICSA 4FXSA 2V9DA 2X1UA 3HG4A 1FY6A 3BW3A 4WOZA 1OX6A 4DELA 3I65A 2NX9A 4UR7A 1R2RA 3OVQA 3NQ2A 1J5TA 3MI2A 4JTUA 3DFSA 5D05A 2YYUA 4C1LA 3NQVA 1XCFA 5BRBA 4O10A 1H7PA 4CNNA 2YPIA 1LRQA 4ADTA 3M1ZA 1K7EA 2CLOA 4GXMA 1LCOA 4XTIA 1JRBA 1HTIA 3PG8A 3W1TA 1L6SA 1FWRA 5E0KA 3L65A 3TNOA 3W7PA 1QWGA 3HPZA 1JUKA 4B5NA 3UZ5A 4ZQPA 4M6QA 5I3HA 2Q3RA 4ADUA 5D2WA 4MVAA 3M5YA 3W70A 2Y63A 1PL9A 4ZL1A 2A7NA 1VH7A 1GVFA 3W76A 1H63A 3P8IA 4UTJA 4UTIA 2XFWA 3N14A 3M7WA 3THQA 5HR7A 4LUJA 4UUIA 2X1SA 2AAMA 1TB3A 3MI6A 4EIVA 5LNUA 2FDSA 2CLMA 1EUNA 3H54A 5DBTA 1TPFA 2ABAA 1A5AA 3GZ3A 1OG0A 3LXAA 3UY7A 1LM1A 2NZLA 1H62A 2GOUA 4GC4A 4JNMA 3LDVA 3Q2DA 3FJ6A 3LHZA 4I9AA 4O1BA 2C16A 1C8VA 1ZHAA 4ZQCA 3W7MA 3EB2A 2FTPA 4Y90A 3W74A 1DVJA 1KLYA 1KM2A 4AHPA 3ZS4A 4A29A 4BFAA 2YXGA 5KZMA 3NQAA 1IXNA 3NL5A 2TMDA 1Z48A 2A4AA 4K36A 1SU5A 1P0NA 5CSRA 3W07A 1M6JA 4Z08A 3TE9A 4JD4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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