1X1ZA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase (odcase) complexed with bmp (produced from 6-cyanoump)
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An unprecedented twist to ODCase catalytic activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1x1zA00
3O6YX 2DP3A 4R33A 1GG1A 2B7NA 1VCGA 4OQVA 1FCBA 5D32A 4YCPA 4RLIA 3UWQA 2EGZA 1SUXA 1KFBA 2ZRWA 4Z1AA 4DBEA 5AC7A 4HSOA 2VXNA 3C2FA 1QWGA 3M5XA 5LZLA 4ICNA 4KWWA 1WXJA 3NZ1A 1K8YA 2E68A 3PY2A 2FIQA 2J9ZA 2QF7A 2CLFA 2HS8A 3SZ8A 4EIVA 4ZZ9A 2G96A 1H62A 4Y96A 3KX6A 1I8JA 5EKYA 3DFQA 2PRLA 1VRDA 5AFDA 5TIMA 3CU2A 3P5YA 3MP3A 3EX6A 2W0UA 3QYQA 5LHFA 4Y90A 3MO7A 1PCKA 3W7CA 4AWTA 4DF2A 2B0MA 4AAJA 3FA5A 2BTMA 2VEIA 3HJZA 3PS7A 1R2RA 2Y7DA 1RV8A 3GK0A 2DZXA 3ZS4A 3PR2A 3W7NA 1EEPA 5KINA 4QNWA 4EVZA 1MEHA 3W7HA 2B7PA 4JTJA 4XTIA 2AQWA 2BLEA 4CNNA 1K7EA 2EKCA 2YXGA 4GWEA 1GOXA 3LRKA 3BLIA 1F05A 3B8DA 1IIHA 4PTNA 1WV2A 1EUAA 1F7BA 2VFDA 3GDKA 3BW4A 4NUWA 2OMAA 5AHLA 1IIGA 3E02A 1IF2A 4FXRA 4R34A 1QNVA 4OGZA 4RXFA 4I9AA 1GPWA 1YXDA 2A21A 3F4NA 1JRCA 2AAMA 2C18A 3S42A 3PG8A 3G0XA 1KM1A 3G0UA 4H4IA 4NJHA 4O17A 4UUIA 1XBYA 2YZRA 2DZVA 1Q6QA 3KVLA 2ABBA 3UPWA 1JCMP 3PF3A 2Y61A 4NNAA 3LOTA 1LP6A 4BI7A 4JR5A 1HO1A 3O63A 3M5ZA 1X7FA 4IX2A 4C1LA 4CCEA 1N55A 4BK9A 1P0KA 1H1YA 3QW4B 1ZCOA 1GQNA 3N2XA 4GUGA 3VKJA 3W1RA 4N6EA 1ICQA 3WJXA 1FDZA 2Z6IA 2I1OA 4AB4A 4Z1CA 3W7EA 4L4LA 3RLVA 3TFXA 3NA8A 5EPDA 2ISSA 3GNNA 2F7FA 1EWEA 5HQEA 4DPQA 3EXSA 4ZMGA 4QAIA 3CT7A 3LHZA 5F4XA 5H91A 1VHNA 3FKKA 2R94A 3UNDA 3P5ZA 2NUXA 4S2CA 3NM3A 4FIQA 5E1QA 2WSYA 4K8HA 2JK2A 4MPQA 4UNKA 4BI5A 1YTKA 2ZZ7A 2C16A 4AXKA 1OF6A 3W2LA 4LY8A 4O57A 1SU5A 3PUDA 3W2JA 1GJPA 3TC6A 4K38A 4ADSA 4AWUA 2Y88A 4WXYA 1QOPA 2EHHA 2QUTA 2I14A 2QUUA 4O0KA 2DZTA 3OVRA 4ML9A 1J5TA 2VOMA 3LHWA 4M7TA 5HWJA 5C2XA 3S5ZA 1DKWA 1W3NA 4O14A 4FEZA 2NZLA 4IUOA 4GBUA 5SWUA 4RZ5A 1XXXA 3THQA 1G6CA 4LVDA 4GC4A 2Y63A 3NQ6A 1OFDA 5DXYA 2ZDRA 1OFPA 4YCOA 3ZWSA 4IJBA 4UFHA 3NQAA 3LERA 4CNOA 2J9YA 1F5ZA 4O4VA 5H2ZA 3TUUA 3EWXA 2X1TA 2ZRZA 2ATSA 4FX8A 3ANYA 1RVGA 4WX2A 1K7FA 4TMBA 2P1FA 3THAA 2Z6JA 5IBXA 2NUYA 3LTPA 5DLCA 1BTMA 1OX6A 3N19B 4FXSA 5EMUA 1XL9A 1TQXA 4LV4A 2E6FA 4P61A 3CIWA 3I7SA 3TR2A 5FF4A 4UFLA 2CWNA 4JY8A 3W83A 1O5XA 1OK4A 1IXQA 4LC6A 3NO5A 1JR1A 1TPC1 5LNSA 3LXAA 5G2HA 1TRDA 3QW3A 1LDCA 3DFTA 4FIRA 4WY0F 3M47A 4TU1A 3U2OA 3NVTA 2JBMA 3E49A 3B0UX 4N02A 3SY5A 3DI1A 4FHAA 3OG3A 3NGJA 3W1LA 4ZQCA 1LRQA 2E5DA 2QJIA 1EA0A 4O10A 5DBUA 3W1XA 2RKXA 4A22A 1TPDA 5CPOA 3RMJA 3PSVA 5FEXA 3WJYA 3GIYA 2GJLA 3PULA 1MXSA 4NU7A 1KM5A 5CZTA 3O1NA 3C2OA 3HG4A 2ZA3A 3JR2A 3WFAA 3HPZA 3IVTA 4IWWA 1OHLA 3MI2A 1G69A 1THFD 1EP1A 5G4EA 3TH6A 3L5MA 1I2QA 3PB2A 3DBPA 3DZ1A 5D04C 1G7VA 1TREA 2PE4A 4JTFA 2GUUA 1XI3A 3A23A 3EWWA 3P7YA 4OV4A 5HWMA 5LNRA 2OJPA 4M6VA 3UZ5A 2QAFA 1W5QA 1W5MA 4LVFA 5ABTA 2VFGA 3BO9A 3R13A 2V82A 2DORA 4XUGA 4A2SA 4TMCA 4J9JA 1IXOA 3GX9A 2QDGA 4Y9AA 5D38A 3S5OA 1DJNA 4JIQA 3TSDA 3TDFA 3MI3A 2CU0A 1I2OA 4HN4A 3TXZA 1Z44A 1QDSA 3TAOA 1WA3A 1QMLA 1O4UA 4UTKA 2E77A 5LSMA 3CLMA 4YWIA 4GUFA 3TA6A 5KZMA 2A2IA 4WD0A 1Z42A 1KV5A 3DAQA 4H3DA 3FJLA 2QCMA 2DJLA 1LBLA 2Q3RA 4UTHA 3IIPA 1TJRA 2NWRA 1H7NA 1LTDA 1TPEA 1KTBA 1BKSA 2WSQA 4AHPA 5AYYA 4K37A 2Y70A 3CPRA 1WYIA 4MLRA 1FY6A 4W9TA 1KTCA 2JKAA 2FPYA 1ML1A 2BWGA 3HGOA 1G4TA 1ZFJA 3L66A 1DV7A 5KITA 1W8SA 3MYPA 4UTUA 5G1YA 3DFSA 3S1WA 4PFMA 1KFKA 1I45A 1S5VA 2ZA1A 3SGZA 2NXGA 1YLVA 1BWKA 1GVQA 3C0JA 1Q6LA 4Z1DA 4A2RA 4XKYB 3BV4A 1X6UA 3KVMA 2ZRYA 3HPXA 2D73A 3G1AA 3W2MA 2PRMA 5DCDA 4XBSA 2VFIA 2E5BA 1SW7A 3HGRA 5J5DA 3C8FA 2FLIA 3STFA 4LS2A 1G4SA 2WQPA 5CZ0A 4KKXA 5DXXA 2C6QA 3W86A 1QPOA 1SZNA 2FDSA 3QFEA 3T78A 1M5WA 4UMCA 3OA3A 4MVAA 3C56A 1H7WA 3RLUA 1OYCA 3BPWA 6ALDA 4LNYA 1Q3NA 1CX9A 1VLWA 5A5WA 3AJXA 3SJ3A 2X1RA 5HJLA 3QSTA 4CCCA 4O1BA 3P67A 3GR8A 3L5AA 1ICPA 1RPXA 4U4MA 2DZWA 3V75A 1QPRA 1VR6A 2A6NA 3W76A 5AHMA 1TPWA 4RV8A 3IGUA 5D37A 3NEVA 3O07A 4CQAA 2WPBA 3B03A 3LV6A 2YX0A 3FEMA 1TTIA 4WZHA 1ZAIA 1KFJA 5J5RA 4GE8A 2ATMA 2Z0IA 2WNNA 3NZRA 3UPBA 5F1VA 3UXDA 1J2WA 3W9ZA 1W5PA 5EL1A 3GVGA 4DPPA 1VPXA 5EY5A 4O19A 1KLZA 1VZWA 4N9DA 1AL7A 4AHOA 4ALDA 1KM6A 1R30A 3SIZA 4JTSA 2V0TA 4IQLA 4NVTA 5K4XA 3KVKA 4LV9A 4UXDA 5FEZA 3NL2A 2EF9A 3H54A 1QAPA 3N73A 1XM3A 4H6KA 2XFWA 2GOUA 5A8GA 5BMWA 5HMSA 5TBOA 3NL6A 4XTDA 3DFNA 1OYAA 4BWLC 1L9WA 3LCGA 3W7DA 3L0GA 1S3HA 2E1DA 4K39A 2J88A 1ME9A 3L21A 3RNDA 3EX2A 5HR7A 1PL9A 3IIZA 3W7IA 3LCWA 4LVAA 3EWBX 4IGHA 1OFOA 2A6LA 4NJKA 4JDBA 1DORA 1X1OA 4JNMA 2ZZ6A 4N4QA 4RK8A 3M16A 3SW6A 4EF8A 3WJSA 1TYGA 3CQ0A 4ZQOA 4HPXA 4JTGA 2OT0A 3QEZA 5G2IA 2GVLA 4AEOA 3W1QA 3P80A 3BLFA 3TQVA 1ZALA 3NL3A 5F2IA 3R8RA 2A0NA 3FFSA 3NQ2A 4NJIA 2H6RA 5F2LA 1WBHA 4NNCA 1EUNA 1QR7A 3TMQA 2TRSA 2CLHA 1A5SA 4OWGA 3C4UA 3DU0A 2VEKA 3LX9A 4R53A 1QPNA 3IIXA 4IMFA 3H53A 3LCXA 1EPXA 3O05A 1ZHAA 3EWZA 4TR9A 2ZBTA 1HTIA 1QCWA 5DCBA 2ABAA 3HBLA 3NPXA 1EX5A 2RH9A 3DFPA 5AB3A 5C55A 2PC4A 5KTLA 4AWSA 1TMHA 4A3UA 2FPTA 4LOCA 4O16A 1H63A 8TIMA 4BI6A 2A7RA 4JYDA 2J9XA 3E0IA 1DQXA 2DZUA 4FNTA 4XKYA 2XN1A 1EP3A 3G1HA 1ADOA 3IGXA 4HNVA 1PHQA 1ZAHA 3E12A 3TMLA 3NQCA 1LBMA 4NNBA 3E9AA 3BG5A 3Q94A 4MY9A 4MIMA 3WJWA 5AC8A 5EA9A 3FKRA 1K02A 3QH2A 4KFNA 2V8ZA 3N34A 5D05A 4OE7A 2NV2A 3C2VA 1LORA 1SO3A 4RCXA 2BX7A 2V30A 4O4WA 4NJGA 1NAL1 3LHYA 2DZSA 4GXMA 2CLMA 1VHCA 3PB0A 3SFKA 5D09A 3QJAA 1A5CA 5FEWA 4UFMA 1W5OA 3IVSA 3T40A 3P61A 1N7KA 5G1TA 3UWYA 3EX1A 4UTWC 3P82A 1GWJA 3KVJA 1HO4A 4AHQA 4GUHA 4N9EA 1BWLA 3S1XA 5GVJA 4K7YA 4OHQA 1FXQA 2JGYA 4GNJA 3STCA 4K7VA 2GJNA 2ZTJA 4JYFA 1R47A 1KTNA 1JCLA 1TPB1 3UWZA 5DN1A 4O18A 2C1HA 3ABSA 3K30A 3EEGA 3W7KA 2VKZG 5DY3A 5KSWA 1XDLA 1QO2A 3CB8A 4RJEA 3MI6A 3HGSA 5I3FA 5I3IA 1KA9F 4NT0A 3N2MA 1B9BA 1WBJA 1XCFA 4JIPA 3W7GA 5DCEA 4AVFA 4O11A 2NWSA 3W87A 1H51A 1QFEA 4UCGA 1T96A 4YL2A 1OX4B 2G97A 3B4UA 5AHFA 3L2IA 1UB3A 2Y7GA 1ME8A 4O12A 3IGSA 4O1CA 3HG5A 3W7QA 2B7QA 3MBFA 3EXRA 4GUJA 4PC8A 2IQTA 2HSAA 3NQ7A 1UUMA 1TPH1 2YYUA 4FNQA 4CQ8A 1YDVA 3EX4A 4C1KA 4JTHA 3M6YA 1LRTA 3MUXA 3STEA 4UMBA 1KFLA 2VEMA 1D3HA 1HFBA 3NNTA 4DELA 3M1ZA 2RDWA 4TO8A 1YDNA 4S1FA 5U4NA 3TAKA 2FPVA 4UFKA 4E2BA 3OVPA 3W74A 1O5KA 3A24A 1TPFA 3QF0A 5FF3A 4MJZA 2EAWA 1MSSA 2WO5A 4UR7A 4MFDA 3TKFA 1L6YA 5FF2A 1M6JA 3E96A 5BOOA 4EF9A 3TSBA 1YPFA 4BR1A 3BG9A 1PE1A 3NDOA 4DEFA 1YPIA 1FCQA 3LTSA 4JTLA 4JTEA 4X2RA 1EWDA 4FX6M 3NR0A 2NX9A 3LM7A 4IMDA 4PCFA 4YLWA 5DELA 7TIMA 2A5HA 1TV5A 1SO6A 3B04A 2YW4A 1L6SA 4HNUA 5LGZA 3GR7A 4HT3A 2VENA 1P0NA 2ZTKA 3GDLA 3LBCA 1CW2A 1WOAA 4IOTA 4IXXA 2DZPA 1M7PA 5D33A 4KFPA 1RQHA 1GTHA 4PODA 2YFOA 4CNPA 4K36A 3CWNA 2YSWA 4GRSA 2ZRXA 1ZNNA 1L2UA 4Z0SA 5G2WA 1C29A 4M6PA 4LS1A 5AHNA 4QJ1A 4MLJA 3W3OA 1JQXA 1NF7A 3STGA 2ZCGA 4UNLA 1TV8A 3GLCA 3IRDA 1MO0A 4POCA 1HL2A 3QQ0A 4YMZA 3HQ1A 2Y7FA 1OG0A 4G1KA 4QQ3A 3RK8A 3FYPA 4Q32A 4MJMA 3L5LA 4MOZA 2QEZA 3DI0A 1H7PA 1R46A 4MYAA 3LLFA 1H60A 1F73A 1LOSA 3W7LA 3NXFA 3FYOA 5HUOA 4DO5A 3G1XA 1SFJA 3GXNA 3NQMA 3W23A 3W22A 3GZ3A 5BNKA 4LVGA 2O7QA 4K6AA 2WV8A 4WY0B 2RHGA 3BK0A 4NJJA 1UCWA 4O54A 3VE9A 4IMCA 3GB6A 3M44A 1C8VA 2ZZ4A 2AGKA 3PBYA 4UTLA 1VYPX 4ORIA 1V7YA 5HWNA 1JUKA 4MYXA 3A21A 2R14A 2QJGA 1SQ7A 3C2EA 2J6XA 1G4PA 2FTPA 1KM0A 1V5XA 3NQVA 1FDYA 2ZZ2A 1O95A 3CEPA 3P74A 1JUBA 3PUEA 4IX0A 3VI2A 1W3IA 2BZNA 3A22A 4OT7A 4OU1A 1KFEA 4ZQNA 2GQAA 2VELA 1R2SA 2OT1A 4WJEA 4GUIA 3UY8A 5F2GA 4LUIA 3HO8A 4LUJA 3W1MA 3HG2A 1WAUA 3UWWA 1EIXA 2KZHA 2A4AA 3M41A 4XWUA 1W31A 2NUWA 3I65A 1ZENA 1OX4A 3KHJA 2QCDA 4JTIA 3Q2DA 1I2NA 1GTEA 2H3DA 1F76A 3BGGA 4A21A 3HB9A 4D2JA 1VCVA 1FWNA 3CWOX 3NYZA 2Y7EA 3KAOA 4MY8A 2OCZA 1ZJIA 1SZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1SW3 A;  5LKY A;  3D0C A;  1H1Z A;  3NQF A;  3O16 A;  4E0C A;  1SO5 A;  3W1T A;  4JD4 A;  1GVF A;  2C14 A;  4I7V A;  1GYL A;  1TJP A;  3SSJ A;  1NVM A;  2RDT A;  4ADT A;  1T99 A;  1MZH A;  5FEP A;  5D2X A;  1PII A;  1W1Z A;  2Z2U A;  4DXV A;  3T4C A;  4B5N A;  1SSD A;  1FCU A;  4NXK A;  1WX0 A;  5CZS A;  4MKN A;  4WUI A;  3O15 A;  1M7O A;  4O52 A;  3UY7 A;  5U7S A;  3CC1 A;  3LCH A;  5F4S A;  5L9F A;  2DJX A;  4PL2 A;  4JY9 A;  3ABQ A;  2ZRU A;  4N9C A;  5D2V A;  2BXV A;  3C6C A;  4LS0 A;  1LZO A;  1U83 A;  1P5B A;  1A5A A;  1UBS A;  1O94 A;  1O60 A;  1SO4 A;  3NM1 A;  1LCO A;  3QC3 A;  3PG9 A;  5KZE A;  4AF0 A;  1JCX A;  4ORM A;  3N9R A;  1MEW A;  2QR6 A;  1LLW A;  2GPT A;  3F4W A;  1TTP A;  3KOF A;  1I2P A;  1SSG A;  3BLE A;  3FIG A;  5HUL A;  2TPS A;  1U5J A;  3KRS A;  4O13 A;  1RR2 A;  1SPQ A;  3NOE A;  2Q8Z A;  3N3M A;  3LCI A;  4PEK A;  5LGX A;  2VC6 A;  2QCG A;  2H8X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GG1 A;  4H19 A;  3VK5 A;  4IP7 A;  1FCB A;  5A6S A;  3WQV A;  1E9Y B;  3UWQ A;  1E5N A;  2CZV A;  1SUX A;  4NYY A;  1KXT A;  3PJX A;  3BJF A;  3UJ2 A;  1DXF A;  2TOD A;  1QWG A;  3M5X A;  4GBD A;  1V3J A;  3GNP A;  1E4I A;  1FWE C;  3D3F A;  2WC4 A;  4UQB A;  2FIQ A;  2QF7 A;  3A4X A;  1US2 A;  4A8L A;  1H62 A;  2XSB A;  1SVD A;  2WW5 A;  1VFS A;  4PYS A;  3WL1 A;  3JUG A;  1VRD A;  4BZY A;  2GWG A;  3WZ0 E;  3TTY A;  3CUX A;  5CG0 A;  1QWK A;  4MNK A;  4ECL A;  4N42 A;  5A95 A;  3W7C A;  2GQ3 A;  1KBB A;  1DWF M;  4WGH A;  2CBU A;  3HJZ A;  4DBU A;  4HA1 A;  3TYC A;  2DZX A;  4CN6 A;  5FAC A;  3ZR5 A;  1E0T A;  3W7H A;  4QCE A;  3EB4 A;  2BLE A;  1GOX A;  2GZX A;  4PEE A;  1J0Y A;  4PTN A;  5AYB A;  1E56 A;  5J8L A;  3KEH A;  3V4B A;  4IIF A;  4NUW A;  2E8Y A;  1FWJ C;  3E02 A;  1JYN A;  1XRF A;  1WDD A;  3SY8 A;  4RXF A;  4RE4 A;  1KXV A;  1JRC A;  1EO5 A;  1UHV A;  4EAN A;  2OR2 A;  2A3C A;  3G0X A;  4UQC A;  3VMO A;  1UR9 A;  5HNT A;  4D6I A;  4IGM A;  1VP5 A;  2FZM A;  1BGA A;  3KVL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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