1X1ZA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase (odcase) complexed with bmp (produced from 6-cyanoump)
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An unprecedented twist to ODCase catalytic activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1x1zA00
4FHAA 3N9SA 2NUYA 3GXPA 4R53A 3W70A 2H3BA 1S3HA 1OYBA 1OFBA 1O95A 3PUOA 2QF7A 1H1YA 3LHYA 5I3JA 3P7YA 1XUUA 3LM7A 4FB7A 2QDGA 2JKAA 3S6DA 2B7OA 5CPMA 4LVFA 4I9AA 2DU2A 1XC4A 2J88A 3M7WA 2CLFA 3G24A 4AXKA 3L66A 1F2JA 5K9XA 4N02A 3TSMA 2NXGA 2OT1A 4LS0A 4ZL1A 4K37A 4Y8FA 4UIOA 1PHWA 2C13A 3MI3A 1N7KA 4XZ9A 5AHNA 3CPRA 4O0KA 3E9AA 4RZ5A 3O07A 5CZTA 4PC8A 4OU1A 2UV8G 2P10A 1ZENA 2H90A 1L6SA 3OIXA 1OK4A 4RZ4A 4UFIA 4M6PA 2NUWA 1LP6A 4NX0A 5F4WA 5DXXA 2Z1BA 2WNNA 4Z0JA 3BGGA 3I65A 4UTKA 4A21A 1C9DA 1GEQA 3NOEA 3GDMA 3M1ZA 5EPDA 4GUJA 1P1XA 1VHCA 1ZCOA 4I7UA 1OFAA 4YWIA 2NV2A 3W88A 4S2CA 5TQLA 1QWGA 4J9JA 5HWMA 3P67A 1AW2A 5FF0A 2FFCA 3S1UA 4TMBA 1X1OA 3H55A 4YXGA 3NZRA 1GZGA 2BTMA 3TR2A 4DBDA 2ISWA 3DFTA 4MZYA 4IPIA 1LOSA 2GVLA 2QDHA 1VCFA 4JEQA 4O13A 4O16A 2A5HA 2NWRA 3PG9A 4X9SA 1YTDA 4MPQA 5C54A 2VXNA 3IEBA 4HN4A 3MBDA 4DQWA 1BWKA 1XI3A 1YDVA 2VFGA 2DP3A 4HSOA 3EWZA 2A6NA 4ZZ9A 4UCGA 1QPOA 1AW1A 4YCOA 2CZFA 1G7UA 2TRSA 3W83A 1SW7A 2CWNA 3R89A 4MYAA 2V0TA 3DKLA 1FY6A 4IOTA 3TC6A 3ZWSA 1I4NA 3TDFA 4FEZA 1EA0A 5HR6A 1E51A 2AAMA 4X2RA 1R46A 4A2SA 5I3GA 1TPVA 4O57A 3ZFHA 5U7SA 3TC7A 2VC6A 1DBTA 1EIXA 2TSYA 1ZAIA 3O05A 2V2HA 5F2MA 3BARA 5K7JA 3HBLA 1SZFA 1J2WA 5LNVA 1SSGA 4WY0F 3VKJA 3KX6A 3GYEA 2EHHA 2Z6JA 5BMWA 3T78A 3F03K 3DHDA 4WOQA 1KM1A 3MUXA 1A53A 3FFSA 3LB0A 5E93A 4JD4A 3WK2A 1IXNA 4MFEA 1LCOA 2OCZA 1KFJA 3W72A 2CLKA 1FQ0A 1I2RA 2E6FA 3V1PA 5CSRA 1W37A 3M5YA 3NQDA 5FF2A 3UWWA 3SFKA 5EL1A 4GUGA 4JR5A 2J9XA 3P82A 3PVFA 2CLOA 4IJBA 1W54A 3MP3A 4OGZA 3M44A 4MYXA 4AWUA 1SW0A 5A5WA 5G2HA 3C2OA 4HNTA 4UTHA 4UNLA 3BVJA 4JXCA 3PM6A 3MP4A 1MEIA 1GVFA 1SR9A 3VE7A 4JYEA 4MFDA 2CLIA 1W5OA 2Y61A 2WO5A 1LLZA 2Y70A 4NQ1A 2A7NA 4OV9A 3RNDA 5K9DA 1SSDA 2J6XA 2BWGA 3G22A 4QJ1A 3W7PA 2E09A 2FPYA 3PBUA 1TPWA 3M9YA 1FCQA 1JQXA 2C19A 4UTWA 3S1WA 3UQNA 1HFBA 3CC1A 5DCEA 1FUYA 4JDYA 3IIVA 3G1HA 2I9EA 1KM0A 3QJAA 1GQNA 1XM3A 3SI9A 3LI1A 5FI8A 1T0OA 3TE9A 1G67A 2YX0A 4WUIA 4XTDA 3RU6A 4CCDA 3BW2A 3U8GA 3ANYA 3HJZA 3DZ1A 4BWLA 1LDCA 2OJPA 3IIXA 2QJIA 3B03A 3MHUA 2R94A 2E6DA 1HL2A 1R2SA 5CPLA 3W7EA 1VYRA 5G4WA 2YFNA 3W87A 3BLFA 2QUUA 3HGSA 1DQXA 3LHUA 4NJJA 8TIMA 4LC6A 4O0ZA 1KM2A 1UBSA 3SW6A 4NXSA 4TR9A 2QKFA 2ZZ1A 5FEPA 3TA6A 1H61A 3P5YA 1Z42A 1QNVA 3TK7A 2ZRWA 1GVOA 4NT0A 2Z2UA 4M7TA 4P2VA 3L2IA 4FNQA 1A5SA 4G1KA 1XKYA 3L67A 3S5YA 3N2XA 2QEZA 3G1DA 3RFAA 2PRMA 4U4MA 3LCIA 3MYOA 5L9FA 1EP3A 1SW3A 3LGEA 3L9CA 3GR8A 1IF2A 1Q45A 3T7VA 1OX6A 4H3DA 4RR4A 4O18A 4FXSA 4O1AA 2A7PA 2ISVA 3NPXA 3PUDA 4N9BA 2V30A 4K38A 4WY0B 1FDZA 5IBXA 3TFXA 2HS8A 4MY8A 3CHVA 3GDLA 4UTMA 1SO6A 1TTJA 1F73A 1WBJA 3EEGA 3QF0A 2YW3A 4ONVA 3G3DA 3P84A 4UMBA 1QPRA 3LTSA 1P0NA 4GC4A 2PRHA 3NQEA 3IGSA 2EF9A 3PSVA 4OQVA 3LI0A 2CLMA 4Z0SA 2EPHA 4K7VA 1EUAA 4GNJA 4RXFA 3PUEA 3AO0A 2VFIA 4UTTC 4C1LA 3HPXA 5HMSA 3EX1A 1TV8A 3I7SA 5DLCA 3GNDA 1WV2A 3FLUA 1EWEA 4QM1A 4CCCA 2NWSA 3W7GA 3EWXA 3QRHA 1PL9A 3FJ6A 4LS2A 1K3UA 3N3MA 4Q32A 2QUTA 1FWWA 3KFTA 1GYLA 3P61A 3IIPA 2HS6A 4IQLA 3NDOA 4TX9A 3UWQA 3U2OA 5TBOA 4MY1A 3THQA 3PBWA 3W9ZA 5LNUA 1LBFA 1SZNA 5D2YA 2R8WA 1AL7A 1HUVA 3QH2A 3CTLA 4MUZA 1I2NA 3M6YA 1UUOA 3HGOA 5C55A 2FB3A 3Q37A 5K2ZA 4O1CA 3DFNA 5KINA 1H7WA 5D02A 3CWOX 4CCEA 3P80A 1SZEA 3TXZA 5G2IA 1ADOA 1JCYA 5KTLA 3TJXA 5TIMA 2V5BA 1GPWA 3A23A 4K39A 3FYOA 1M7OA 1W56A 1SO3A 4DXVA 4O11A 4OHQA 1BEUA 4BK9A 2CU0A 3QYQA 4LTSA 1MO0A 3NEVA 4NXKA 2BSLA 1XL9A 1FDJA 5CPNA 3G8EA 1KM6A 2X1SA 3B4UA 1O5KA 1TV5A 2P0OA 3O6CA 1RVGA 4UMCA 4CNOA 2H3DA 3NA8A 2QCFA 3S0CA 5CZ0A 4DO6A 5AC8A 3SGUA 4GRSA 1YYAA 2ZZ2A 1JUBA 2J9ZA 3PS7A 3TX9A 3HG2A 3MP5A 4WXYA 5FF4A 3USBA 3LRKA 3PC0A 1LOLA 1SU5A 5E1QA 1W31A 2CZDA 3W84A 4IGHA 3HOJA 2E77A 3GX9A 4L4MA 3QQ0A 3DI0A 4LV9A 4X3ZA 5A8GA 3C2FA 5G5IA 1SUXA 3LHZA 3GKAA 1LOQA 1OFPA 3UD6A 4LRSA 4LT9A 4E2DA 1YADA 3EXRA 3HG3A 1QPNA 2TPSA 1V5XA 3W2KA 3MWAA 1GT8A 2ZFAA 1VS1A 3GXTA 1DJNA 3O6DA 2JGYA 4C1KA 2ZA3A 3M5ZA 2Y89A 2ATSA 2AQWA 3NL5A 1TQJA 3D0CA 3W86A 4FO4A 5KITA 3RLVA 5D38A 1JR1A 3OA3A 2C18A 3ATZA 4YLWA 1RPXA 2OZ0A 1O5XA 1WX0A 4QAIA 2OT0A 1W3NA 5HQEA 1LRTA 3B04A 4A22A 1MZHA 1OX5A 1S5TA 3I7QA 3L5MA 1Q6QA 3DBPA 4QSHA 4MZ8A 1WDWA 5D30A 1VCGA 5LNRA 3LX9A 3F4WA 2CZEA 1AMKA 2V9DA 1Q6LA 3SGZA 4KWWA 2NXIA 1TPB1 3IIZA 1F74A 2H8ZA 3NXFA 5K3VA 1DKWA 2XFWA 3PSWA 4HPXA 5AC7A 4Y96A 4Z1CA 4E2BA 3CLMA 5SWUA 2ZTJA 5DBTA 3T44A 1AG1O 3N9RA 2DJXA 2RKXA 2E6YA 4Z1AA 1OFEA 1KLZA 3DI1A 2YYUA 5D03A 4LW7A 1UUMA 4CQAA 1BTMA 1GTHA 1PE1A 3NL2A 5EY5A 2CLLA 3NQFA 4W9TA 4RLIA 1FX6A 3M47A 5DXYA 1VYSX 2LLEA 4GXMA 5BMXA 1N8FA 2B7PA 3CQ0A 3PBVA 3QSTA 3BK0A 2QUVA 2CFFA 2ISSA 2WSYA 1G4PA 1KV5A 1B57A 2V8ZA 4GUHA 3W2UA 5FF3A 3HF3A 1WBHA 3A5FA 1LBMA 1ZAHA 3EWWA 1NSJA 3TIMA 2BLEA 3QW3A 1XDMA 3EXSA 2CW6A 5FEXA 3P62A 1TV7A 3TSBA 4IWWA 2FB2A 1EP2A 2ZA1A 4OBTA 3HMJG 1RZMA 1OF6A 2ZZ6A 3B0PA 3EWYA 4MLJA 3N19B 4O4WA 2DZXA 2VEMA 5HINA 3STFA 4QITA 3GLCA 1JUEA 3DFSA 4ZQCA 4JTSA 1R47A 1GVQA 2NLIA 4JICA 3C52A 3CIXA 4JTJA 2PRLA 4O54A 5DELA 1VC4A 2DZPA 1RQHA 3DU0A 1QOQA 4MKNA 3W73A 3MYPA 3U6WA 3MJYA 4WXZA 4OWGA 1SZGA 1ML1A 1TPDA 3NQVA 3E96A 4M7SA 3LDVA 4CQ8A 4UC5A 4XQ6A 3CEPA 4LUJA 1OF8A 1ME7A 5KMYA 2TMDA 1GWJA 6TIMA 4HIBA 3C4UA 3EWBX 3KRUA 4KFOA 4O15A 1FXPA 5L6UA 2V81A 5HWNA 1QCWA 3EKLA 1I8JA 1KFKA 4GBUA 3G0SA 4FF7A 3STEA 1FDYA 1L9WA 4MIMA 3MHGA 5T26A 1KBJA 4FX6M 1HTIA 2QCEA 3VI2A 3HB9A 4K6AA 4JX5A 3GZ3A 3ELFA 1RD5A 1EB3A 2FPVA 2ZDRA 2G96A 2QAPA 4ML9A 4TMCA 2A7RA 1R2TA 4LVDA 4RZ6A 2VFDA 1JUKA 1G6CA 5D2XA 3DFQA 1Q3NA 3GB6A 3B0VC 3IVTA 3W1NA 2A21A 3QC3A 4N9CA 2VEIA 2DZUA 2E5CA 2CZ5A 1RQBA 3WJXA 3GR7A 3V75A 5I3KA 1WXJA 3MO7A 1T8XA 1TTIA 2ATMA 3PWAA 3M41A 4AB4A 1QMLA 5HJLA 4EOUA 3GNNA 1D9EA 1TPC1 3CWNA 1M7PA 4UUIA 3NPWA 4NNCA 1TPH1 3NO5A 3LTYA 2VEPA 1ICSA 3S8HA 5IBXC 4N4QA 5HNRA 2HMCA 4UFLA 4OE7A 1EWDA 3KHJA 3K30A 3FKRA 4L4LA 4PCFA 1EUNA 2ABAA 3N14A 3BG5A 3KOFA 2F84A 2IQTA 2QCDA 4DPQA 1VHNA 5FEWA 2C15A 3SZ8A 3KVMA 3QZEA 2V2DA 1WOBA 4UTUA 4HNNA 3STCA 1JCXA 5J5RA 3TCEA 4NNAA 1VPXA 4PEKA 5AHMA 4O50A 1BKSA 1X7FA 3KXQA 3M16A 1LBLA 3TKFA 4AHOA 3A21A 3W1XA 3EXTA 3LRLA 4O28A 1OX4A 1M6JA 1DV7A 5KZEA 2RH9A 5AC6A 2C0AA 5LZLA 3B0UX 5BW6A 3L0GA 3HPSA 5D32A 4GJ1A 4DO5A 3HQ1A 3NZ1A 4FX7A 4XBKA 1KTNA 1N55A 5G4EA 3BLEA 2WV8A 3LCFA 3T55A 3W1MA 4A2RA 2FJKA 1V7YA 3RK8A 5CSSA 1SFLA 4AEOA 4AF0B 3IIOA 1TJRA 1L2UA 4XKYA 2ABBA 2C14A 4M5PA 1ICQA 3A22A 1MSSA 4S2BA 1KM5A 3MI2A 4O1DA 4POCA 4Y90A 1LRQA 3O06A 5MHBA 1KM4A 1Q6RA 3M5VA 2GQ9A 4Q33A 4S1FA 4D2JA 3E49A 3C56A 4OV4A 4ORIA 5CZJA 3CEUA 1TTPA 4IUOA 1U83A 3MI6A 1UB3A 4N4PA 5C2XA 3NR0A 1K7FA 3PY2A 2H8XA 3NYZA 1WQ5A 4AWSA 3LCGA 4PFMA 1JRBA 1K03A 1XCFA 1YXDA 1EP1A 2NXHA 1KM3A 2YCEA 1TRIA 1VH7A 2X2GA 2YPIA 5F4SA 4PL2A 3C3NA 3HG5A 1SO5A 3G1AA 3TJLA 4XWUA 1F6KA 1Q6OA 2W79A 3FA5A 1UJPA 3GIYA 1FWTA 1FWRA 4FXRA 6ALDA 3TU9A 3TAOA 1Z41A 4ICNA 3VE9A 4MOZA 3OG3A 4HSNA 3W1LA 5F2GA 3QFEA 4KKXA 4DF1A 3ATYA 5CZSA 4IPJA 1PVNA 1O60A 2Y7FA 4MVAA 4TU1A 3DHFA 2ZZ3A 2FLIA 2Z6IA 4N6EA 1K7EA 2X1RA 5DY2A 3QW4B 3TQVA 3N73A 5LGXA 1TQXA 2ZYFA 3DGRA 2E5BA 3P60A 4P61A 4Y6GA 3LERA 5J5DA 3UZ5A 3EX4A 5FESA 3NGJA 3MW7A 5AN7A 1H7RA 3R13A 3EX3A 1DQWA 1L6WA 3OVRA 1DVJA 3BPWA 1XDLA 4ZQPA 1H7NA 3TSDA 1UASA 1OFOA 1W5NA 3DAQA 3GAKA 3W7QA 1DHPA 1VGAA 4DELA 1ONRA 3QPYA 5GVJA 7TIMA 3TW7A 2EKCA 1X1ZA 4IXHA 3QMSA 4I7VA 2YR1A 4JYDA 3TV8A 3C2RA 2X1TA 3ZR4A 1IXPA 4WOZA 3G1YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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