1X8FA

Crystal structure of apo-kdo8p synthase
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
284
structure length
272
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 76
structure length 272
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2004-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1x8fA00
4NU7A 1T99A 3ABOA 2QCHA 1VGAA 1LBFA 2WO5A 2D73A 3U6WA 1SW0A 1TPEA 3PULA 2C6QA 4XQ6A 1NF7A 4X22A 2ZRWA 3EX3A 2ATSA 3LLDA 4CNPA 2B0MA 3MYOA 3TQ0A 1VC4A 3IGXA 3NQFA 2X1TA 1XXXA 1GEQA 2Y7DA 3LTSA 5A5WA 3ABSA 5K7JA 3GDLA 3B4UA 1UCWA 1LLZA 3T44A 2OT0A 2JBMA 2ZDRA 3ABRA 4UR7A 4OU1A 5EPDA 3CEUA 4PTNA 4O1AA 1DORA 3LCFA 4AHQA 4S1FA 4IMGA 1M6JA 1QCWA 3TXVA 1QWGA 4I9AA 4BWLC 1TPVA 4OHQA 3EX6A 3IVTA 2YYUA 2Z2UA 4NZJA 4JTUA 2GJLA 1LZOA 3QSRA 3NQ6A 4I7WA 4RK8A 3KAOA 3CT7A 3HPZA 2NXHA 4CCCA 4ZQMA 1VYSX 2QCGA 2NUXA 3VI2A 3TKFA 1SO5A 2J6XA 3DGRA 1W31A 2ZZ4A 4MYAA 1OK4A 1XI3A 5EL1A 1XBZA 2CWNA 4G1KA 3L21A 1OFAA 3GDRA 2J9XA 1TTPA 3LBCA 4JY9A 2NZLA 4HPJA 4OT7A 3W2UA 4A2RA 4RR4A 2WSQA 4M5PA 1DV7A 1Z44A 5HMSA 3OBKA 1TPFA 2RDUA 3UWWA 1TV5A 2VFHA 3SGUA 1A5BA 2E5BA 3LERA 3QRHA 3S5ZA 1QO2A 4OWGA 1SZEA 2CLHA 3GLCA 4GJ1A 1R2SA 1H60A 4FXRA 3BVJA 2GVLA 4O8RA 2ZTKA 5EKYA 2E6DA 3G22A 2BSLA 3MI6A 2FQIA 4JTFA 1SZFA 4WD0A 3EX2A 2GOUA 3LI0A 3S8HA 3BGJA 2QCDA 3NQVA 3A23A 4C1LA 3SGZA 2B4GA 2YCEA 4N4QA 1TSIA 3G0SA 2FB2A 4IWWA 4M6VA 4LUIA 5AYZA 1OHLA 3TSDA 3G18A 2Z6JA 5IBXA 1LOQA 2WNQA 2E5DA 3PUEA 2OCZA 4U4MA 4BK9A 1EWDA 3TQVA 4JX4A 3T4CA 2NUWA 3F1QA 1UUOA 2ZRZA 1EIXA 4A21A 4IMEA 3WFAA 3BG3A 4UTTC 4PL1A 1MXSA 1AMKA 3QW4B 3RU6A 3EKZA 2YYTA 3LCXA 3KXQA 1O94A 3NM3A 1NEYA 1L6YA 2NV2A 4O14A 5CPNA 3W1LA 2WKJA 4A3UA 5EBUA 3SI9A 3G1FA 5T26A 4HNTA 5HJLA 1R2TA 2VEIA 3C52A 4MZ1A 1KM5A 5C55A 1IXOA 4YL2A 1WOBA 1GZGA 3QZEA 1UUMA 3M5YA 4O53A 5CZSA 1D3HA 2PRHA 2V9DA 3GNNA 4DPQA 1PCWA 5E93A 4ZQCA 5I3JA 3CEPA 3SW6A 1YTDA 2GVGA 4CLMA 1PE1A 4JN6A 1KW1A 3K30A 5K4XA 2C16A 2NV1A 3W2KA 2A2IA 5FEZA 1J2WA 3S9YA 1QPOA 1C8VA 2CLLA 2ZFAA 1LTDA 1BEUA 5F4SA 1VCVA 2TYSA 4JTTA 4GC4A 5LNRA 2QCEA 3NQDA 3M7WA 3N14A 1SFJA 3B04A 1OF6A 3LRKA 2YW3A 3MWAA 1L6WA 3P5ZA 5AHEA 1EEPA 4FO4A 3S6DA 1LYXA 2FFCA 1JVNA 1I45A 5EMUA 2A7NA 4K39A 1G4EA 4AB4A 1KM6A 3PBVA 3G1DA 2ZA2A 2R8WA 3IIVA 1QR7A 3VE7A 3GK0A 4TR9A 4LV9A 4MZYA 3S1XA 1SO4A 3TSMA 1GWJA 1L2UA 5E1QA 3FJLA 3QPYA 3NO5A 3UNDA 2B7OA 1O5XA 2RH9A 3LBMA 4OGZA 3UWZA 3NAVA 2ZA1A 1IIHA 1OX4B 3RMJA 3USBA 5G2IA 3DI1A 3BARA 4AXKA 1OFQA 1YDVA 2AQWA 4FX6M 3SIZA 3FOKA 1GT8A 2CLFA 1TV8A 1YTEA 3IGUA 3P61A 3AJXA 3GDTA 4AHOA 4WY0F 4ZZ9A 4UFJA 3GVGA 4E38A 4OV4A 1FX6A 3R13A 4LVDA 3NQCA 3W7MA 3W73A 4DO6A 2ISWA 2YSWA 5K9XA 4LS0A 7TIMA 3O16A 1OVDA 2A6NA 4MOZA 2EAWA 3QYQA 3UZJA 4RZ6A 4IUOA 4YLWA 3KVMA 3B0PA 4O50A 3TW7A 4P61A 1ZALA 3LXAA 3W88A 1FUYA 3P7YA 4AVFA 3I6RA 4BI6A 3W6YA 3UWYA 1KFJA 4RCXA 5AC6A 4Y8FA 3W7RA 1VR6A 2V5BA 1HL2A 4KFPA 3WJZA 5FEWA 2W79A 3EEGA 5CG7A 3LCIA 2A7RA 3QM3A 4Y6GA 2G95A 4JTLA 3W7IA 3TJXA 2XN1A 2Y88A 4TO8A 5LZLA 3IV3A 1F5ZA 2FPTA 1TV7A 1TYGA 4HPXA 4UTWA 3PBWA 1ICPA 3CB8A 1BWKA 1F73A 3FIGA 1W0MA 3RFAA 5FF4A 2GUUA 5A8GA 2GQAA 2JKEA 2JGQA 3Q94A 2CLKA 3UY8A 3DI0A 1L9WA 3QQ1A 3DFSA 4WY0B 3IIZA 2CLEA 4XBSA 5CZ0A 3PB0A 4UIOA 3FKKA 5CPOA 2VC6A 4O18A 4YXGA 1DJNA 2ZRUA 2NXIA 1HG3A 1Z41A 3NQGA 4WXYA 3PBUA 1XFBA 4DEFA 3W7NA 4DF2A 3TW6A 4BI7A 3L68A 3W07A 1OK6A 5D03A 3O1NA 3TQKA 3GZ3A 1I2NA 1ZCOA 1VPXA 3I65A 3W7QA 1JRBA 2RDWA 2WQPA 4DO4A 4O10A 4JD4A 5DCEA 4ZQPA 2RKXA 3I68A 1VH7A 1PIIA 4FXSA 3TV8A 5HWNA 2R91A 1K8XA 2FJKA 1T0OA 3CPRA 1TQXA 5D30A 3CTLA 4O57A 4FB7A 2Y7GA 3LHVA 4RKAA 1VLIA 3LRLA 4QNEA 3TIMA 3C0JA 1FXQA 2VOMA 4QM1A 3MW7A 3M5VA 2E6FA 4UTKA 1LP6A 4YWIA 4W9TA 5LNVA 3EWBX 3SR7A 4AHPA 1GG0A 2DZVA 1W54A 3DH7A 4UNLA 3G1VA 3W84A 3TSBA 1HFBA 3MHFA 1T8XA 3PG8A 3HBLA 5HWMA 5K9CA 1VRDA 4K6AA 3ZR4A 5BRBA 4WX2A 3PUDA 1G4PA 2J24A 4UTWC 3CIWA 4POCA 3SECA 3W2JA 3KVLA 2ZCGA 1WX0A 3JS3A 5FF7A 3W1QA 3HF3A 4HNNA 4UFHA 3OEXA 3T7VA 4IOTA 5D2TA 1ZY9A 4JGDA 5LHFA 4S2CA 3W76A 3MHUA 5K3VA 2ZZ3A 1DQWA 3PY2A 4GRSA 5D04C 2FIQA 2QUVA 4JXCA 3W7DA 1OFRA 3DFTA 3RNDA 3VNDA 1IXPA 2VFIA 2QDGA 3W7CA 3EXTA 3CIXA 2C14A 3IRDA 1A53A 1GYLA 2WSRA 1SW7A 3W2LA 4MFEA 4M7SA 3CU2A 2E1DA 5I3GA 5DXYA 2B7PA 5AHMA 3W1XA 4NZFA 3GYEA 3FEMA 2G5WA 3QMRA 4N02A 5L9FA 5G4EA 4PA8A 1FWNA 5F2IA 5D2YA 2ZRXA 3NEVA 3VE9A 1GVOA 3G1HA 1MO0A 3W72A 4X9SA 1U5JA 3TC7A 3STGA 1XCFA 1W37A 1PHQA 1KFCA 1PHWA 3HGRA 5F4WA 1XBVA 5CGQA 3UXDA 4HNVA 4LY8A 1J5TA 1I2PA 5HR7A 3P67A 1H1ZA 2KZHA 1B4KA 3W7OA 2Y85A 1X7FA 5DCBA 1UJPA 1EA0A 4IJBA 1YPFA 4N9CA 5KTLA 2NXGA 1PVNA 3O8AA 3G3DA 3NZRA 3JRKA 3M0ZA 2NLIA 3G24A 3BO9A 3M16A 1P0KA 3EWWA 3CWNA 3PUOA 3LXCA 2H8ZA 3LHTA 1G67A 1B3OA 3P82A 2XN2A 3LDVA 1VYPX 3E0IA 4IMDA 4QITA 5LNUA 1ZAIA 3FKRA 2OJPA 2CW6A 3BGGA 1QPQA 4WOQA 1JQXA 5C5YA 3OG3A 5D33A 4N6EA 1WAUA 2WJZA 2EGZA 1YXCA 4O12A 4P2VA 1XKYA 2QCLA 1PS9A 4GNJA 4HSNA 5G1TA 1OF8A 1LORA 3UWQA 2QCDB 1K7XA 1FCBA 3AO0A 3O6DA 3NL3A 3LV6A 4Q33A 1G7VA 4O16A 3O05A 1H50A 4MJZA 3LTYA 1FBAA 2GVJA 5C54A 1W5MA 3NL6A 2E5CA 4MUZA 1R2RA 4NNCA 3TAOA 2PURA 4TIMA 4JEQA 3M43A 3MP4A 2Y89A 3ATYA 4UC5A 2NWSA 1G6CA 4WXZA 4QNWA 5I3IA 5AC8A 1H63A 4DXVA 4LVAA 4FX7A 3S1WA 3UPBA 4LC8A 4H6KA 3TX9A 1MEIA 1W3IA 1SSDA 4BF9A 4DBDA 4NVTA 3LCHA 3L0KA 4GXMA 2A7PA 4LRTA 3S0CA 8TIMA 3LCGA 1ME9A 4MVAA 1TB3A 4UTTA 1V5XA 3L9CA 4K38A 3N19B 3QW3A 3W3OA 5KZEA 1WQ5A 4XBKA 1FCQA 3GB6A 1H1YA 1N55A 2VXNA 2PRLA 4LU0A 4AF0B 1IXNA 4ZMGA 3IGSA 3E9AA 3LXBA 4O4WA 1W1ZA 2CZFA 1PL9A 2PC4A 2FDSA 3S5OA 3ZS4A 5K2ZA 3MO7A 1GG1A 3DHFA 3U2OA 1ZJIA 2R14A 1TPC1 1W5QA 4K8EA 3S1UA 5BMXA 2TPSA 4ADSA 4E0CA 4ORIA 2C18A 5KZMA 2QJHA 4XKYA 4LVFA 3N34A 5AHLA 3N2MA 1DBTA 3S5NA 1MEHA 3UYCA 3SZ8A 5AHNA 5BOOA 2TMDA 6TIMA 4NQ1A 4X3ZA 1LBLA 1ML1A 1DVJA 2DZUA 4WJEA 1P0NA 4KKXA 3S1VA 4K36A 2FTPA 3Q37A 4FNRA 3L66A 2Y61A 4UFMA 1S5VA 5TBOA 4OE7A 4GUIA 3SJ3A 5KSWA 4HKPA 5G4WA 4RZ5A 3L5MA 4R7JA 2RFGA 2P10A 3GNDA 1RPXA 4R33A 3NOEA 5HQEA 2B7QA 2E09A 3P5YA 1K7EA 3STCA 1KV8A 1U83A 1W5PA 4PH6A 1TPUA 4ORMA 1ZNNA 1JUKA 2ZZ6A 5CZTA 3W1PA 2GPTA 1AL8A 4Y90A 5E0KA 2ABBA 3B8DA 3THQA 1SO3A 3QSTA 4L4LA 4NJHA 3TC6A 3WJXA 3IEBA 5KMYA 1G69A 1P5BA 5DELA 2G97A 3RLVA 3DAQA 4NX5A 2V0TA 3P80A 4AWTA 4UMCA 1B4EA 1Z48A 4DQWA 3STFA 4GFSA 1LRTA 3W7PA 1OFOA 3TUUA 4LRSA 4LT9A 3FA5A 1KFLA 4TMCA 1KTNA 3O6YX 2PE4A 4FEZA 1NSJA 1KTBA 3PBYA 3NGJA 2V30A 3GXPA 1Q45A 2JKPA 2BXVA 2ZRVA 3W1UA 4N2YA 1TJRA 2CLIA 1FWRA 1LCOA 1YXDA 4GBUA 4WQ6A 1QMLA 4PC8A 4O11A 1UASA 2ZZ2A 4M6PA 4IXHA 3HGOA 2Y7EA 3G1YA 3E49A 3HG3A 1KBIA 4S2BA 4XZ9A 1H7NA 3FJ6A 4K7YA 1LOLA 3DFOA 4MJMA 2A0NA 1H5YA 4O17A 2DZXA 1QPNA 3C3NA 5F4XA 2Z6IA 3VCRA 2NUYA 4RZ4A 3BLFA 1UB3A 3HPXA 2BLEA 3W22A 3NPXA 1THFD 1TO3A 2V8ZA 3DZ1A 5DCDA 2WNNA 5LHEA 3FFSA 4FHAA 1HO4A 4RJEA 2ZZ5A 3QQ0A 3ATZA 3GKFA 3R89A 4NX0A 4FX8A 2TRSA 1F6PA 4CQAA 3KVKA 3NM1A 4HN4A 4O52A 2I9EA 3OVQA 1TIMA 2DP3A 3LV5A 1OX5A 3EXRA 1LRQA 4NNBA 1LROA 3NQMA 5HWJA 3W87A 2A4AA 5FEXA 4AH7A 1SU5A 3PB2A 1OJXA 1IGSA 3GIYA 1D9EA 4GE8A 3EWYA 3LCLA 3GR7A 1RD5A 3W71A 3A5FA 1K02A 1N8FA 1YPIA 1H7WA 2HS6A 1B57A 2H8XA 1O5KA 5CZJA 4E2BA 1FWSA 2AAMA 2YFNA 3B0UX 1OG0A 4JX5A 5ABTA 3HGJA 1S3HA 1ZFJA 3KFTA 1VJIA 5U4NA 4MKNA 4O19A 2V5LA 3B06A 3PM6A 3MP3A 1JRCA 4WOZA 2VELA 3LLFA 3HG5A 4LVGA 2IQTA 4M19A 1C29A 3W7KA 3Q2DA 3W7GA 4MY8A 3HQ1A 4ONVA 2YR1A 2A21A 3E02A 1Q6OA 1EB3A 3DFQA 4ML9A 2NWRA 3KRSA 4IX2A 4AEOA 3WJYA 1JCMP 3C61A 2XFWA 1TTIA 1WOAA 2FB3A 4EF8A 3E12A 1H7RA 1OABA 2YX0A 3L5LA 3W23A 2DJXA 1H7PA 2ZZ1A 3W2NA 5KINA 3DFPA 3QPZA 3QC3A 1TPDA 1TTJA 4R53A 1DOSA 3LI1A 3NA8A 1HO1A 4Q32A 4UTHA 5AYYA 1SW3A 4RXGA 4GUJA 1VHNA 2X30A 4TU1A 4GUFA 3TDFA 5HNRA 4UMAA 1K7FA 1TPH1 1R47A 4FNTA 1FY6A 1BKSA 1E51A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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