1XBXA

Structure of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase e112d/r139v/t169a mutant with bound d-ribulose 5-phosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIDLTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSVDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVAGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Unknown function
source organism Escherichia coli
publication title Evolution of enzymatic activities in the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase suprafamily: structural basis for catalytic promiscuity in wild-type and designed mutants of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2004-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xbxA00
1KM1A 3L0GA 3OHIA 2FQIA 5A5WA 4C1LA 4HT3A 2JKEA 4LNYA 5K3VA 3QEZA 4QSHA 3UXAA 4N02A 3P7YA 1LP6A 5EL1A 3L21A 3EB2A 3DENA 1EP2A 1I8JA 1TB3A 2CLHA 4O0KA 4A21A 5AC8A 1Q3NA 3E0IA 2G95A 3PBUA 3HG2A 3GXTA 4R7JA 4IUOA 3HO8A 4TX9A 3SW6A 2NUWA 3AO0A 2NXHA 3EX1A 1M5WA 2ZTKA 1K8XA 3QYQA 2NX1A 3L65A 4GBUA 4LWWA 1Q45A 1QOQA 4TU1A 3W75A 2R8WA 3P5ZA 2I1OA 3U2OA 4S2BA 2R94A 5H91A 5EBUA 5L9FA 3MYPA 3KVLA 1JCYA 3ABQA 2C0AA 4YXGA 2J88A 1A5BA 3GXNA 3TJXA 3LCGA 2ZBTA 3CT7A 2V2CA 5LSMA 3KRUA 1CI1A 1GVOA 1KV8A 5HUPA 3M7WA 1YDNA 3PR2A 1G69A 1H1YA 3IGXA 3W6YA 4ADUA 2Y85A 3OVRA 5LHEA 4LS0A 3SZ8A 4PL2A 1KBIA 3G1FA 3CEPA 4MLRA 4UTJA 5IM51 4E2BA 1VGAA 4RX0A 3LDVA 1SQ7A 5KSWA 4PEKA 1VYRA 3PAJA 3PUOA 1UB3A 4HN4A 3WJWA 1LRTA 4Z08A 3HPXA 2CU0A 4N2YA 3W7JA 2CLKA 2QDHA 5D2TA 4TO8A 1EEPA 3W1TA 2E6FA 5CG7A 3S42A 2EHHA 4NJIA 2PRHA 1MEIA 3BW3A 5DBTA 3EKZA 1KM2A 3OG3A 2WPBA 5C54A 2DZXA 3LRKA 6ALDA 1RV8A 5F1VA 1AK5A 4PFMA 1QPRA 2B4GA 3OIXA 1OVDA 4UMAA 3O6DA 3UY7A 3TX9A 3ATYA 3KVKA 1H1ZA 4LY8A 1MO0A 4XTIA 2E68A 1EIXA 5AYZA 3Q58A 4JTKA 3TW7A 1SZGA 3P8JA 3PG9A 1W5MA 4TMCA 2WSQA 4LU0A 4NT0A 4FIRA 1O95A 4AEOA 1GVFA 3A5FA 3GDRA 1RPXA 1YTDA 3GXPA 4ZQCA 3M43A 3G1VA 3NQAA 2CZEA 2HSAA 3W7IA 4UMCA 4HNNA 4A22A 2WKJA 4JYEA 3GNNA 3HGOA 1XBZA 4E0CA 4MY1A 1UUOA 2OCZA 1W31A 2TYSA 2VEKA 4XWUA 2FDSA 3ZWTA 3LV6A 1TREA 4M19A 4BWLA 3MHFA 1OX4A 2WNZA 2ZA3A 3UZJA 3RFAA 1JRCA 4CQAA 1ICPA 2W79A 3PWAA 3W1PA 3PSVA 2Y62A 2LLEA 2YX0A 1O5XA 3G18A 3QZEA 2Y7DA 1UCWA 3NL3A 1I2QA 1OYCA 3Q2DA 2W6RA 1K7EA 1X6UA 4BK9A 3W71A 5I3FA 3LTSA 4O16A 4Z0JA 4BFAA 5D09A 3W7KA 2E77A 3MUXA 2VEMA 3CHVA 3S1UA 3OVQA 1VLWA 3NDOA 4O0ZA 4UNLA 5FI8A 4K7YA 2TMDA 1PHWA 4RJEA 3MBDA 3QSRA 3DFPA 3PM6A 2ZDRA 1TMHA 4N4QA 1IIHA 1Z44A 4FNQA 3GB6A 5BOOA 5BMXA 3MP3A 3LCWA 2A7PA 2VKZG 1BTMA 1LRNA 4LC6A 1MZHA 4RXFA 5AFDA 1ME7A 2C18A 3S1VA 4IJBA 3GR7A 3M16A 3E9AA 4DXVA 1TV8A 1OF6A 4IMFA 4AWSA 2DU2A 4ADTA 1SR9A 3KHJA 3V1PA 1SFLA 1I2NA 5KZMA 1TQXA 3P61A 3TC6A 1YXYA 5HWJA 5CGQA 5LHFA 4PC8A 5DELA 3W74A 1WAUA 2EGZA 4O18A 2CZ5A 5CPNA 3P80A 4UXDA 2GQ9A 2BTMA 2YZRA 3LBMA 4ONVA 4BF9A 3NM3A 3LTYA 1FX6A 5D02A 3S5OA 4N4PA 1N8FA 3M5ZA 5IBXC 4CNNA 1KM3A 3DFSA 1O4UA 2X2GA 1TTQA 2OMAA 4UNKA 1K03A 3NQ7A 1CW2A 4M6QA 1GZGA 1B9BA 3CC1A 1VCFA 5EMUA 2RHGA 7TIMA 5G4EA 1QFEA 3OVPA 4AAJA 1LYXA 5I3IA 4S1FA 2V82A 2E5BA 1ZJIA 1LROA 4X2RA 4NVTA 4Z1CA 3LX9A 1K7XA 1YPFA 3MHGA 2A6LA 4DBDA 4ZQPA 2QCFA 4LOCA 1G4EA 1IF2A 3QFEA 1O94A 1DQXA 3LOTA 4IMGA 1J4EA 4DF0A 4UTMA 3PBYA 2DZSA 4NU7A 1C29A 1F05A 3DAQA 3H53A 1F76A 3TSMA 4GUFA 3HOJA 1OJXA 2RDTA 3LM7A 3JS3A 4UTUA 1S5TA 2XN0A 3UD6A 4FF7A 1VYPX 1H63A 4WQ6A 1Y0EA 1EP1A 4N9DA 2V30A 3TCEA 3HG4A 1XFBA 3C56A 3KVMA 4FXSA 3FOKA 3WK3A 1UASA 5F2MA 2V5BA 1SSGA 1PS9A 3I7RA 3IRDA 4RXGA 3P5YA 2AAMA 1A50A 2W0UA 3IGSA 1Z42A 1KA9F 5G1YA 3UNDA 1D3HA 4WJEA 4CNOA 3FKKA 4IMEA 2J27A 2DZVA 4LVAA 3L5MA 5C55A 1L6WA 1KLYA 4UFJA 3UWYA 1P0NA 2CLLA 3A23A 4UR8A 5G4WA 3W7DA 2H3DA 3NQ6A 4AWTA 4K6AA 1QO5A 3NGJA 1JRBA 2E6DA 4NXSA 3NPUA 3OEXA 1Z48A 3W73A 3PB2A 3M9YA 1WBJA 1YADA 1BWLA 1GQNA 3W1NA 1R2TA 1WOAA 3EKLA 3A22A 3UYCA 3LXAA 1QPOA 3KOFA 1HG3A 1HFBA 5AHMA 3M6YA 2VXNA 4ZL1A 5KINA 3IIOA 4NQ1A 2CFFA 5TBOA 4RZ6A 1NAL1 2CWNA 3DHFA 4MYAA 4TIMA 2F84A 3M5VA 2B0MA 1KTBA 4RK8A 2BWGA 3W2NA 1V7YA 4QAIA 3ATZA 4HKPA 3EXRA 1T96A 1FCQA 5C6MA 3CWNA 4DO6A 2GVLA 3BLFA 2E6AA 4KWVA 2WJZA 4GUIA 1OK4A 3R5EA 3LGEA 5CZJA 2XN2A 1Z41A 2R14A 1PIIA 4BI7A 2DORA 3STEA 1PL9A 3ABRA 4CNPA 5LNVA 3GKFA 3EX4A 5KZEA 5D37A 4FNTA 4PODA 4MPQA 1ONRA 1G4SA 4QNEA 4MFEA 5I3KA 1H60A 1A5CA 1TPVA 3SGZA 5K2ZA 3FS2A 5D2YA 3TW6A 1LCOA 3IIZA 1JCNA 5CPMA 5TQLA 2G5WA 3KAOA 1SO4A 2PE4A 3IGUA 2BLEA 1G7VA 2Y88A 1VYSX 1ZAHA 5CZ0A 3DFNA 5DBUA 1JCJA 3P62A 5LNRA 4ZZ9A 1KM4A 3UPBA 2Z1BA 3C61A 3W2KA 1KM6A 3N9RA 3FFSA 4FEZA 5FEZA 2TSYA 2A6NA 1A5SA 3HPZA 5D30A 1N55A 4O28A 2QCDA 1Q6RA 3CWOX 5CPLA 4JDBA 3UZ5A 3NZ1A 3QJAA 3T78A 3IVTA 3DXIA 3EX3A 3M5XA 3B0UX 1IXOA 3Q94A 3RU6A 3PBVA 1GVRA 4DF2A 1LBLA 3LHVA 5AYYA 4DBEA 3P84A 5MHBA 1RQEA 4ZQNA 1LTDA 1QNVA 4IXHA 3USBA 4W9TA 1PE1A 4E2DA 3R2GA 1ZENA 2JK2A 3RLUA 4M6PA 4LVGA 3TQ0A 2RKXA 2V0TA 3R89A 3MI3A 2X1UA 3W85A 2X1TA 3BG5A 3ABOA 4O8RA 4UIOA 3UWWA 4EIVA 3PUDA 5AHLA 2YW3A 3NQDA 5D05A 4AH7A 5J5DA 1H7WA 2FPYA 2V81A 4K8EA 2P0OA 2X1RA 5D03A 2EPHA 3G1AA 2CLOA 3CLMA 4FNRA 3W2UA 4RLIA 4K7VA 1CX9A 2ZRZA 5DXYA 1XBVA 4MZ1A 3PS7A 4O11A 3NL6A 1ZY9A 2A5HA 4CCDA 1BEUA 4N9CA 4UTHA 4B5NA 3TAOA 4ZQOA 4IMCA 3JRKA 3UWQA 4JTFA 3LXBA 3UWZA 1P0KA 1F5ZA 3B0VC 2OJPA 1W56A 1QDSA 4JR5A 3R12A 2ZZ7A 4DELA 2VFIA 3MYOA 3SSJA 1I45A 4LUJA 4NJJA 3L0KA 1TQJA 1FCBA 2QR6A 3BW2A 3W7EA 1SO6A 2QKFA 1B57A 1KTCA 2NV2A 3GNDA 4KKXA 2QCEA 3NQEA 4TR9A 4P2VA 4UFIA 1JJKA 3GDLA 3I7SA 6TIMA 4ZMGA 5KTLA 1XUZA 3TMQA 3K30A 1NEYA 2EF9A 3ELFA 4BR1A 3WFAA 4A3UA 1JCLA 3M1ZA 4K39A 1UUMA 2NUYA 5AHNA 3LTPA 5CSSA 1VCGA 1V5XA 2PRMA 2ZA1A 2YCEA 5G5IA 1W0MA 3F4WA 2GJLA 2WV8A 5AC7A 1GYNA 3DFOA 4JTTA 1RD5A 3LCFA 3O63A 3CIWA 1GOXA 5FF7A 1W1ZA 2ZZ6A 4JY9A 4UFLA 4MIMA 4KFPA 2WNNA 3TUUA 1HO1A 4I7UA 5TIMA 2DZWA 4JTIA 3DHDA 3W7MA 5HNRA 4GUJA 4WX2A 3LBCA 4LT9A 1ZAIA 3KX6A 5D38A 3C2EA 1VQTA 3QMTA 3NQ8A 3C4UA 1Q6QA 4NJHA 1G7UA 2YYTA 3NL5A 3QSTA 3G1HA 3P67A 4M7TA 5E93A 2X16A 1QPNA 3G24A 1H7OA 2C16A 3FJ6A 5CZTA 3KFTA 3G0XA 3TFCA 5BRBA 3W1MA 4O54A 2X30A 5H2ZA 1SO3A 3T40A 4OE7A 3C2FA 1DBTA 3G8RA 4Q4KA 1AL8A 4JTGA 3C52A 3BLIA 1OX5A 3DBPA 1JQVA 3SIZA 3NPXA 1OK6A 2JGYA 1DL3A 2ZZ2A 1W37A 2E6YA 2QAFA 5CPOA 5LZLA 3CQ0A 1VS1A 1H7PA 1B3OA 5J5RA 2X1SA 1H51A 2YGYA 1W3IA 3L68A 4CQ8A 1DORA 4LS2A 4NNBA 4PTNA 1LLWA 1KBJA 4Z1DA 2AGKA 1ADOA 4HSNA 4NNAA 1TPEA 1G4PA 3INPA 1XBYA 5LKYA 1GWJA 3TXZA 1TJRA 4NJKA 3W70A 3E49A 4ALDA 1O60A 4HNUA 5F4XA 3W9ZA 3S6DA 3I65A 1KFKA 2OT0A 1QCWA 4TMBA 4NZJA 2CW6A 2CZDA 3PG8A 4ADSA 1NF0A 3GLCA 3KRZA 2ZRUA 2GVGA 1XDMA 1L6SA 2V2DA 4XBSA 3Q37A 5AHFA 4IQLA 3PB0A 2FTPA 4JICA 2ABAA 3N3MA 4UTIA 1BKSA 2VEIA 1XXXA 1ZALA 2YPIA 3DU0A 2C6QA 3PBWA 2Y7EA 1LOLA 3C2VA 1M7PA 3W83A 3B03A 1R2SA 1OFDA 3S8HA 2QUUA 2QCGA 4C1KA 4EF8A 4GFSA 3PUEA 5EY5A 2JBMA 5FF3A 3CM4A 3TKFA 2WSYA 3ZFHA 1GG1A 2ZRYA 5EKYA 3DFQA 5FESA 4UR7A 2FFCA 2GUUA 5D2WA 4XZ9A 2VFGA 3OA3A 1R2RA 2PCQA 3ABSA 4FXRA 3FKRA 5AOUA 2PRLA 4K38A 4FX6M 4WOZA 1EPXA 4AWUA 2GOUA 2UV8G 4O10A 1VCVA 1ML1A 3P60A 3O07A 2Q3OA 4JTSA 3LB0A 1TPB1 1R47A 3HGJA 1EUNA 4O14A 3TV8A 2NV1A 4LS1A 3O16A 2VC6A 4A29A 3PSWA 3EEGA 1NSJA 4DF1A 4L4LA 5GVJA 1TJPA 3W2LA 1JUEA 1OABA 1RQBA 2DP3A 1ZCOA 1LM1A 1TPH1 3MBFA 3B0PA 4R33A 1LZOA 4UTWC 4H3DA 4EVZA 2YDAA 4PA8A 5DN1A 4LV4A 4N9BA 4H6KA 1AW1A 3O06A 4IGHA 4MKNA 1E51A 1JUKA 3EWYA 1FUYA 5D2XA 2CLFA 3KVJA 1IIGA 4O50A 3SY5A 1PHQA 5FF0A 3LCHA 4XTDA 3NQFA 1FCVA 3W3OA 1SW7A 1TPUA 3HJZA 4FO4A 4R34A 5FF4A 1IXPA 5EYWA 5D33A 2C19A 2QAPA 3WK2A 1AW5A 2GVJA 1AMKA 1YTEA 3QPYA 1W5NA 4AF0A 3TH6A 5D32A 3W76A 3P81A 4MLJA 1PCWA 2GJNA 2BX7A 4AVFA 4UTTC 2QCLA 1C8VA 4WXZA 1XDLA 1OX4B 4JIPA 5HWNA 1Q6LA 4WY0A 3C0JA 4CLMA 3IV3A 3N9SA 5K4XA 2H8XA 4O1BA 2GPTA 3QH2A 2GQ8A 4MY9A 4POCA 3HG5A 4Z1BA 3TNOA 1TSIA 4P61A 1VZWA 1U5JA 5EPDA 3IVSA 3VCRA 2E09A 1NFBA 2B7OA 2C3ZA 3EX2A 1GYLA 2YYUA 4LVBA 2PURA 1XBXA 2JKAA 3SJ3A 1EWDA 4QISA 1EX5A 2B7QA 4HSOA 3S5YA 1ZNNA 3N2MA 5HUOA 2C1HA 5T26A 1HO4A 5DCDA 4GNJA 1OG0A 1ICSA 1G6CA 2V8ZA 3BVJA 4IWWA 2F7FA 3W1QA 3LHZA 1I2RA 4ORMA 4QQ3A 3TAKA 2DZUA 4WOQA 1W5PA 3DH7A 1SW0A 1SSDA 4YLWA 1SZNA 1K02A 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 4MVA A;  3LHT A;  1K8Z A;  2FB2 A;  2ISV A;  3MI6 A;  1IGS A;  4OV4 A;  3I6R A;  4JEQ A;  1QML A;  1KTN A;  3TSB A;  1WA3 A;  3B4U A;  1UJP A;  1WDW A;  2A85 A;  1XKY A;  1K3U A;  3L5A A;  3BPW A;  3TR2 A;  1FDJ A;  3EWZ A;  2QUV A;  3A21 A;  4M5P A;  5HR7 A;  3VE9 A;  4UTT A;  3W1U A;  4YL2 A;  3WJS A;  3GDT A;  3W1A A;  2FJK A;  3SEC A;  4OT7 A;  1KLZ A;  4AHP A;  1TTP A;  3MMT A;  3QQ1 A;  4IPI A;  4QM1 A;  3UPW A;  1HTI A;  3MW7 A;  4O17 A;  1QWG A;  2QEZ A;  3NQC A;  3B05 A;  4XQ6 A;  3VKJ A;  8TIM A;  1YXC A;  3NQM A;  1H7R A;  2P1F A;  2I14 A;  1OFP A;  3NL2 A;  4N6E A;  3FYO A;  4WY0 F;  2PC4 A;  1TCD A;  1H50 A;  4HPX A;  4ICN A;  3TU9 A;  3UQN A;  1RR2 A;  4X22 A;  4N6F A;  2A21 A;  1LDC A;  1G4T A;  1QAP A;  4H4I A;  3IIX A;  4O15 A;  1FWS A;  1WX0 A;  1PCK A;  1OYA A;  1FDZ A;  3W86 A;  3F03 K;  4K37 A;  4OGZ A;  1SPQ A;  4K36 A;  3S1X A;  3GAY A;  3IVU A;  4U4M A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FQI A;  5A8Q A;  1PIF A;  1R38 A;  5TAO A;  5K3V A;  2P53 A;  3QEZ A;  2X7V A;  2HBV A;  3PZG A;  2A3C A;  3P7Y A;  3DCP A;  1LP6 A;  4KIE A;  5EL1 A;  3I6T A;  5JH1 A;  1EP2 A;  3EA3 A;  3GUG A;  3QZA A;  2FTW A;  2XZ9 A;  4ZSU A;  1Q3N A;  3BIC A;  4X0N A;  2I16 A;  4WDW A;  2RAG A;  3GXT A;  3MZN A;  3VIJ A;  1XIB A;  4TX9 A;  3T8Q A;  4FR6 A;  3UNT A;  3AO0 A;  1V0N A;  1QHO A;  3EX1 A;  2ZTK A;  3VZZ A;  2NX1 A;  4FAM A;  5CGT A;  3KL0 A;  1TJ0 A;  4PUU A;  2I1O A;  3E2Q A;  4S2B A;  5H91 A;  3WBY A;  5L9F A;  3MYP A;  3ABQ A;  2BOF X;  2C0A A;  4BY3 A;  4YXG A;  1A5B A;  3CT7 A;  2V2C A;  1RAL A;  4AYS A;  1VEP A;  2UZ9 A;  3VDA A;  1RH9 A;  5LSM A;  3KRU A;  2AL2 B;  1I1W A;  1GVO A;  4MM1 A;  4KEV A;  1YDN A;  1G69 A;  1UD3 A;  3P14 A;  1H1Y A;  1PSC A;  3OVR A;  1XII A;  3LGD A;  3ZLF A;  4HBK A;  3SZ8 A;  1GOK A;  4UTJ A;  3VC5 A;  3JW7 A;  3LDV A;  2ZVR A;  4DO7 A;  3WJW A;  5I03 A;  3HPX A;  4J3V A;  3EBV A;  1X96 A;  2QDH A;  1GOI A;  4L6D A;  4AZG A;  1EEP A;  3FA4 A;  1GZJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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