1XBYA

Structure of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase e112d/t169a mutant with bound d-ribulose 5-phosphate
Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIDLTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVAGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (5-10)TIV1 (26-29)AH9 (192-196)AH1 (15-26)AH10 (200-214)TI1 (54-57)AH4 (69-79)AH5 (92-105)S4 (83-87)TI2 (87-90)S5 (108-112)AH6 (119-128)AH8 (150-162)S6 (132-136)AH7 (139-144)S8 (187-190)O1 (183-185)S7 (165-169)TIV2 (169-172)3H1 (174-180)TII1 (180-183)AH2 (36-42)AH3 (44-54)S3 (58-65)S2 (31-34)TVIII1 (197-200)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Unknown function
source organism Escherichia coli
publication title Evolution of enzymatic activities in the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase suprafamily: structural basis for catalytic promiscuity in wild-type and designed mutants of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus 82
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2004-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xbyA00
5K3VA 3NPUA 2Y89A 3LCXA 3S0CA 3C2VA 3CM4A 3UPBA 3QYQA 2CLMA 5I3IA 1SO3A 4TU1A 3EEGA 5G2IA 3DXIA 4TX9A 4K39A 3S5NA 2WJZA 3FKRA 3M0ZA 4IMDA 3BGJA 3SGUA 3LCGA 2NXIA 4XWUA 1KBJA 2QCLA 5CZTA 3SIZA 2V30A 2X30A 3KXQA 3KX6A 2FJKA 4LNYA 3FA5A 3SFKA 4MZ8A 4A22A 3M7WA 1IF2A 2JKAA 1GVSA 4O15A 4ONVA 3MO7A 2Y7GA 2ZFAA 4FB7A 4UIOA 3V75A 3MHFA 4ZQPA 4Z1DA 1LBLA 4N6FA 3QSRA 1NVMA 2ZZ3A 1B4KA 3KFTA 1UUOA 6ALDA 1A50A 4DEFA 3R5EA 1FWSA 1H51A 2ZA2A 3L66A 3F03K 4WQ6A 3GXTA 2QF7A 5D03A 1MSSA 2CLLA 1X1OA 5LHFA 4RXFA 4BWLA 5G4EA 1L6SA 5HUPA 3WK3A 2V9DA 1SQ7A 2RDUA 3BLEA 4UTLA 1LOSA 2VEPA 3PVFA 2W79A 2CLKA 3QQ0A 4GJ1A 3HPSA 3GYEA 2Z2UA 3LOTA 3VKJA 1R2TA 1OK6A 3C0JA 5LZLA 4BK9A 1TYGA 2OX1A 4PODA 1ICPA 3HQ1A 3RLUA 4DO5A 3SJ3A 1TO3A 3IEBA 4KWVA 3PM6A 4UR7A 2QKFA 5K2ZA 4AWTA 2W6RA 2BLEA 1GG1A 3BW2A 3C8FA 3ELFA 3I6RA 2FTPA 1WQ5A 2ISWA 3DZ1A 4R34A 1LDCA 1VHCA 1LROA 1XUZA 3GX9A 3I65A 4M6QA 4TMBA 4DPPA 1A5BA 2ZRUA 2YCEA 1JRCA 1X1ZA 4JY9A 4OT7A 2DJXA 1VLWA 2ZZ6A 3GR8A 1AW1A 3CB8A 1K7XA 4GUHA 4JY8A 3OHIA 3TSDA 2RDTA 3PUDA 1WDWA 1H62A 2VFHA 1GYNA 3A24A 4C1KA 3AJXA 4JX5A 1W56A 3W7MA 4WZHA 2NXHA 1O5XA 5G5IA 4Y90A 4BWLC 3C4UA 2ZTJA 4Y6GA 3LRMA 2HS8A 3LHWA 5U7SA 4FX6M 4O57A 4O0KA 2DZTA 5HWMA 4NX0A 3GK0A 4JTLA 2BXVA 2CZFA 4K8HA 1YTEA 1OYAA 4P2VA 4OV9A 4WY0F 1R47A 5E0KA 5LNVA 2Q8LA 3W72A 5DXYA 3IGXA 1KM5A 2H3BA 1KTCA 5EY5A 4BI6A 3NZ1A 4OV4A 3MHUA 3TFXA 4Y96A 4UTHA 2DZVA 3GB6A 4LC8A 2V81A 1FDJA 1DBTA 3TKFA 4CNPA 2HMCA 3Q94A 4M7SA 2CLEA 2EHHA 1Z41A 5C54A 2QJGA 2X1SA 1R2SA 2QCNA 1GWJA 2YGYA 5D37A 4UUIA 1EP1A 3STCA 4LVDA 3QC3A 2TSYA 3EKLA 5AHLA 2PURA 3S1VA 3SW6A 3HO8A 2VENA 1G7UA 4EWND 2GJNA 4NXKA 1RVGA 5LSMA 4IPIA 5AHMA 4XTDA 5KITA 5J5RA 2VEMA 3CWNA 3E96A 4FNRA 4IOTA 3L5MA 1F6KA 2V2HA 1MO0A 1O60A 3ATZA 1OFRA 2B4GA 1QPOA 2YYTA 3C56A 4G1KA 3UY8A 5HR7A 1PHQA 1ZAHA 4ZQMA 4RXGA 2NZLA 1H1ZA 4WOZA 3LBMA 3NVTA 1W3IA 1F05A 3KVMA 4D2JA 5D09A 2Y7EA 3O16A 5HULA 4QAIA 1VCFA 5BMWA 3TNOA 5FEPA 5G2WA 4N6EA 3PB2A 5E93A 1A5CA 3CEPA 5H2ZA 3DFNA 3DI0A 4DF1A 4UTWA 5IBXA 3G1YA 1UB3A 4ZQNA 4P61A 4YLWA 2ZCGA 4NUWA 1TPC1 5SWUA 1OX4B 3ZWSA 2H8ZA 3BLFA 3SR7A 1K8XA 1B4EA 3P82A 3W2UA 4FO4A 2P1FA 3T4CA 2F84A 2YX0A 1EA0A 3HGSA 3FJLA 4OHQA 2Q3RA 1YDNA 3EWYA 2V2DA 3L5LA 5CKSA 4KWWA 1OX5A 1F5ZA 3IIXA 1G4SA 5HWNA 3W7HA 4FIRA 4ZVJA 2DZXA 5F1UA 3WK1A 2ZZ5A 3AO0A 2CLHA 2EGZA 3M1ZA 3ANYA 5CPNA 1FY6A 1AK5A 4IMGA 4GWEA 2FB2A 3DFPA 3T78A 4RLIA 1UBSA 5CPLA 3W7CA 4EIVA 4JTIA 5DN1A 4M6VA 3MP3A 1QR7A 3MHGA 2YZRA 4LRTA 4BF9A 2O7QA 2ZRWA 2G5WA 1IIHA 1FXPA 4E2BA 3HBLA 3RU6A 1YDOA 2GPTA 2A6LA 3B0UX 3TXVA 1FWNA 1DQXA 2BX7A 1WAUA 3UXAA 2TYSA 4EF9A 5AYZA 1P1XA 4Y8FA 3W1XA 3TAKA 1TTIA 4FNPA 2VFEA 1SSDA 5DCBA 3WJZA 3UD6A 3O6CA 1R46A 2CLIA 1SZFA 4FIQA 3T40A 2XN2A 4IPJA 2NX9A 4NNBA 3PULA 1TTQA 2EF9A 4MZ1A 1E51A 1N7KA 3L0NA 3NDOA 5D2VA 4DO6A 1FBAA 1G7VA 4L4LA 1L6WA 4EVZA 4UNLA 4B5NA 4LW7A 1EP3A 2DORA 1KFCA 4I9AA 4X9SA 2ABBA 4LS0A 4S2CA 4KFOA 2ZRYA 3FKKA 4HNVA 1XCFA 1DOSA 4N9CA 3LB0A 3QSTA 5BW6A 1YLVA 5F4XA 5G2HA 5HR6A 3LERA 3VE7A 5CSRA 3RNDA 3W76A 2DU2A 3LTSA 3SGZA 1I2NA 1YYAA 4UNKA 1Q6LA 3EX6A 2Y6ZA 4AVFA 5CPOA 1OFEA 4NT0A 4AH7A 4HNTA 3DFOA 4N02A 4QSHA 1D3GA 1H1YA 4PA8A 2WNNA 3DFSA 4N9EA 1WOBA 1N8FA 4XBKA 2RDWA 4IMFA 1OFDA 2VEKA 4WX2A 3W2MA 3DFTA 3M47A 3PC0A 4QJ1A 3R2GA 3HG2A 2QUUA 4LRSA 4LU0A 3MI6A 1LOQA 3G24A 4CQAA 3U6WA 3O15A 5DLCA 3Q2DA 1CW2A 3P74A 3I7SA 3W1QA 5DY2A 1LCOA 3FJ6A 4LWWA 3G1SA 4GNJA 4C1LA 1TPFA 3LCWA 1PS9A 2QCHA 2E6YA 3LRKA 1DJNA 4JDBA 2C18A 1WYIA 5DY3A 3S42A 2YDAA 1XDMA 1LORA 3B0VC 4HHPA 3LXBA 3L9CA 1Z42A 1JCXA 1GVFA 3DGRA 4O1DA 3NQ8A 1LZOA 3O63A 1LP6A 5BRBA 2X1TA 2NUWA 1NAL1 3W83A 2ZZ7A 3ATYA 1UJPA 1SFLA 4AHPA 4QISA 2ZBTA 2RKXA 4WJEA 1J5TA 4L4MA 4EOUA 1HFBA 4UFIA 2E5CA 4H4IA 3OVRA 3G1XA 3RK8A 3B06A 4RZ5A 4YMZA 2QCEA 1KW1A 3JRKA 3S5ZA 3M9YA 1VJIA 1IXQA 1EIXA 3L0KA 5AHIA 3EX4A 1H7WA 3GXNA 4JTFA 1TPDA 3UYCA 5AC8A 3P84A 2YXGA 4ICNA 4O10A 1OFOA 4JTEA 1KA9F 1H7PA 2JK2A 3GAKA 3Q37A 3W7LA 3TA6A 3MUXA 3CPRA 1L9WA 3NQ6A 1NFBA 3EWUA 5KMYA 2Y61A 1H5YA 1B57A 3DI1A 3G0SA 4JS3A 4E38A 2GVLA 5EPDA 1KM6A 2BZNA 4O4WA 5LNSA 3WK0A 1KFKA 1RV8A 3TROA 1RPXA 4LY8A 4MJZA 4N9DA 2A1YA 3MBDA 1GPWA 1TPEA 1TTPA 2AGKA 1Q3NA 5I3HA 2Y62A 1EB3A 5D05A 4A2RA 1XUUA 1ZALA 2EPHA 3KRSA 3T44A 1DHPA 3EWXA 3LCHA 4WUIA 3B0PA 4K36A 4LS2A 4NJHA 5LGXA 2PRLA 2CLFA 2FIQA 2JKPA 1UUMA 2A5HA 5F2IA 3TW7A 2Z0IA 3UZJA 3I7RA 1HTIA 4N4QA 4O18A 4CCDA 1T99A 1THFD 1W5QA 3EX3A 3NA8A 2YPIA 4UC5A 3A22A 4FXSA 4QNWA 3H55A 3S9YA 4RX0A 4U28A 3F4NA 4UFHA 1LM1A 4PL1A 4GUJA 1HG3A 1Z48A 4O11A 3TC7A 4Q32A 5EKYA 1P0KA 3W75A 1VC4A 2EKCA 3OBKA 2GQ9A 4FEZA 5AC7A 3BLIA 1H7OA 3TE9A 3B8DA 3H54A 4EF8A 5J5DA 1WV2A 4R33A 1GVRA 1KLZA 1A5SA 1SO4A 3P7YA 1XM3A 3C2RA 5MHBA 1IXPA 2X2GA 1I2PA 3GDRA 3LI0A 4AXKA 1IGSA 1SU5A 2YFOA 3EKZA 3W7KA 2ZTKA 4YXGA 3NQFA 4MLJA 4XTIA 4UFJA 3NOEA 4MKNA 5C55A 2A2IA 2WQPA 2J24A 1MZHA 5C6MA 4JIQA 2ZDRA 3W1NA 4RK8A 4CLMA 3TSMA 4PH6A 1W0MA 3ZS4A 5F4WA 4FXRA 4QITA 1G4EA 4DF0A 4JYEA 4DXVA 4IXXA 1FCVA 1AW2A 1Q6OA 3NGJA 1LTDA 2ZRVA 5IM51 1VS1A 4UTMA 3HPZA 3N14A 3GKFA 3TQVA 3HG5A 3CIXA 1GZGA 1T96A 2A21A 3BG3A 3NPWA 3G1AA 3NL2A 1SPQA 3SI9A 3DENA 3CLMA 4MPQA 1P0NA 4RZ4A 1FDYA 3W6YA 3DU0A 4A29A 5K4XA 4LV4A 2TMDA 4O14A 3M5XA 2CZ5A 1K8YA 2ZZ1A 3JS3A 4WD0A 4HNNA 5G1TA 4H3DA 4MYXA 3LTYA 3CHVA 1GEQA 2B7QA 2NXGA 1XBYA 1GQNA 3P81A 1M7OA 1W5PA 3G8EA 3P80A 3HG4A 4Z08A 2NUXA 2R91A 1RZMA 1UASA 4AHOA 1OFBA 3G1DA 1W54A 4O54A 1WBHA 3ZFHA 4RCXA 5FEZA 3MBFA 5L9FA 1V7YA 3P8IA 2GQAA 1BEUA 4OWGA 1NEYA 3UXDA 2B7NA 4Z1CA 3STFA 4N4PA 2JGYA 3LXCA 2E5BA 5A8GA 1X7FA 2LLEA 1PVNA 5DCEA 2FPYA 1S5TA 4M5PA 2Y88A 2WNZA 2C0AA 4MFDA 3N2MA 1I4NA 3UPWA 3W73A 2G96A 2GVGA 2Z6IA 3OIXA 4O0ZA 3TAOA 3QEZA 1PIIA 3G3DA 3MWAA 4HIBA 3A5VA 3W1PA 4IX2A 3G1FA 3PUEA 2QUVA 1Q6RA 3TDFA 5BMXA 4PTNA 1M7PA 1QCWA 3TMLA 2E68A 2H3DA 3FEMA 1I2QA 4R7JA 1Q45A 4LVGA 2E1DA 4ZMGA 1L6YA 1TPUA 2BTMA 3W1UA 4A3UA 1W37A 1TJRA 3PAJA 1KTBA 3LX9A 1FCBA 3NYZA 3KOFA 4DPQA 3LI1A 3GZ3A 1LRTA 4OU1A 2A0NA 4PCFA 1W3TA 3CU2A 4GUFA 5G1YA 3O6YX 5AYYA 4MYAA 4UFMA 3PBUA 1BWKA 2ZQ0A 3NQAA 3S5YA 3NNTA 2WNQA 1QNVA 3QMSA 4JN6A 4A21A 1OHLA 4GBUA 4X2RA 1GT8A 1EP2A 4NJGA 4A2SA 4GC4A 1C29A 3P8JA 4Q33A 1EUAA 1FCUA 5D2YA 3BGGA 3W7DA 1JUEA 3P61A 4MZYA 2QAPA 4AMAA 3EWWA 2ATSA 5K4ZA 4IUOA 1GTHA 4K7VA 3O8AA 2CW6A 3LCFA 1OX4A 1VYPX 3PWAA 1VYSX 4I7WA 3S6DA 4ZQRA 1UCWA 3DFQA 5DBTA 1F73A 3TV8A 1ME8A 1LRNA 3BK0A 4AWUA 1QOQA 3OG3A 4UFKA 2W0UA 3W1RA 3NL5A 1LBFA 1R30A 1HL2A 1EX5A 2OCZA 3N19B 2E5DA 3LV5A 1JUKA 4JTSA 1MEHA 4K37A 1F6PA 3TH6A 5LKYA 4DBDA 4ADUA 4PFMA 4HPXA 3PBWA 1VZWA 2QCDB 3P5YA 1F76A 1TPH1 1I2RA 3BPWA 4M6PA 5A5WA 3W23A 2Z1BA 3D0CA 4DELA 4E2DA 3WJYA 3I68A 1TV8A 1KFBA 2PRHA 4ADTA 3F1QA 3NQDA 1VR6A 3E49A 3GDTA 2DP3A 4PEKA 1O5KA 3EB2A 4HKPA 1NSJA 4NJKA 3NM3A 1K7EA 2DZUA 2QCGA 1MEIA 3E0IA 3L21A 3OEXA 3QFEA 4GUIA 2E6AA 5T26A 2X16A 2NV2A 3P67A 4Z0JA 1C8VA 4K38A 3NZRA 4CQ9A 2CWNA 3PB0A 3VE9A 4JTGA 2A7PA 2PCQA 2I9EA 2PRMA 4QM1A 2C19A 5C2XA 4ZZ9A 1G69A 4O19A 3K30A 1DL3A 5FF0A 3QRHA 3LCIA 3TSBA 1W3NA 1BWLA 1RD5A 3CTLA 1QAPA 4DQWA 4I7UA 3LCLA 2QJHA 2QUTA 1Z44A 1WBJA 2P10A 4O17A 3S5OA 3W1TA 3UNDA 2QCFA 3FLUA 1WA3A 1SW7A 3H53A 4JYFA 3FS2A 3G22A 3LBCA 2ZZ4A 5FF3A 4LUIA 2QDHA 2R94A 4YCOA 4Z0SA 1GOXA 2NV1A 1ALDA 4H6KA 3EXRA 5FEWA 1EWDA 2G97A 2V8ZA 3NPVA 1OG0A 3IGSA 3M5VA 3R12A 1JCMP 3O05A 1VH7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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