1XC4A

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase alpha-subunits from escherichia coli
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
268
structure length
240
Chain Sequence
MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYARCEKVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGYTYLLSRAGAALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKIIEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of wild-type and P28L/Y173F tryptophan synthase alpha-subunits from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 78
structure length 240
sequence length 268
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2004-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xc4A00
3W71A 5CZTA 6ALDA 1XUZA 3BARA 1R2RA 1VHCA 1M7OA 2DZWA 3LHWA 5LHFA 3PM6A 2C19A 4BK9A 1FUYA 2PRLA 4HPXA 1LDCA 3Q94A 2YPIA 3MHGA 3HG4A 4LWWA 5D05A 5F2GA 2CLFA 3W23A 2QUVA 2YFNA 1SU5A 3GXNA 1KW1A 2Z0IA 4JTFA 1IIGA 4OBTA 5I3JA 1J5TA 4XBKA 3NYZA 4UTKA 2XFWA 3EWYA 4UTIA 3DENA 1TTPA 1KM1A 4DPPA 1DORA 5FESA 5K9XA 3FYOA 3GB6A 1TQJA 1T99A 4IMCA 3E9AA 5DN1A 5F4WA 3LBMA 3THAA 4UFHA 1OX4B 1H60A 4UUIA 3G1XA 4YLWA 4HKPA 4NUWA 2O7QA 1HTIA 1T96A 1FCUA 3DHFA 2LLEA 3LBCA 2RHGA 2VKZG 2ABAA 3MWAA 2B7OA 1FWTA 4K7VA 4Q32A 5HUOA 3QZEA 3OA3A 3TC6A 2NUWA 2CLMA 5AHMA 2F84A 2NZLA 2RDUA 4XTDA 5BMWA 4JEQA 5D2VA 1K7EA 3A9IA 3MJYA 1OJXA 3G22A 4UC5A 1XI3A 3HQ1A 1G4SA 4TO8A 3VKJA 1L6WA 3DFQA 4IMEA 5D30A 2PURA 4IMDA 3CLMA 4PC8A 4JYDA 4TIMA 3UYCA 4K38A 3TFXA 4A3UA 4PL1A 2ABBA 1SZNA 3O6CA 2A7RA 5G2HA 3U2OA 1TRIA 4DF2A 3S1WA 3T44A 1W3IA 2V81A 3HGSA 5LNWA 3W70A 1FDYA 4UTLA 1GZGA 1W31A 1P1XA 2DZXA 4DF1A 3SSJA 1YYAA 2Y61A 4OV4A 1GG0A 4LT9A 1ME9A 4Z1AA 2ZCGA 1JCYA 1GTEA 2Y7EA 1N8FA 4Y96A 1OFRA 3O63A 2CLOA 1G4PA 1MXSA 3MBFA 1OYBA 2JKEA 1NSJA 4Y9AA 1PS9A 3USBA 5CPMA 4NNAA 2VFGA 4GXMA 4RJEA 1H7RA 3CQ0A 1DOSA 5FEZA 5FEPA 2C18A 2C6QA 1OFDA 4GWEA 1X1OA 4MLRA 3SR7A 4FX7A 4CNPA 3RNDA 1GPWA 2H3DA 1M5WA 4KFPA 3NQ7A 3Q2DA 3VNDA 5AYYA 3O16A 2X1SA 4Q4KA 4TMCA 1ZAHA 3LLFA 1VZWA 2FPVA 1XBVA 4Y6GA 2GUUA 3BLFA 4MZYA 2VEPA 4O10A 3QQ0A 1ZY9A 2R8WA 2VFEA 5EMUA 5BNKA 3T4CA 4A29A 3ANYA 4GC4A 1P0NA 1RQBA 1TRDA 4DO4A 3OEXA 3GXPA 1GTHA 2FDSA 2QF7A 3K30A 1L9WA 3GIYA 3TQKA 3QEZA 5HULA 1LOSA 1Q3NA 1YDOA 2I14A 2OCZA 1TTIA 2VEKA 3M5VA 3ELFA 5DLCA 4NZFA 3UNDA 3M44A 4AAJA 5AHIA 4Y8FA 2VEMA 2EKCA 4JX4A 2I1OA 5C6MA 4LVFA 4ZVJA 1H1ZA 5J5DA 3TSBA 3EWZA 1OX4A 1VC4A 3W1RA 3JS3A 1MSSA 3ATZA 3G8RA 1SZGA 1WOAA 3G8EA 1YLVA 3O1NA 3N19B 4JTUA 2YYUA 3UZ5A 2BXVA 5IM51 4Z0SA 3GAKA 3MI2A 1K7FA 2R14A 4MY8A 4MY1A 5CPNA 3U8GA 1J4EA 4N4PA 1OHLA 4IX0A 3NQ8A 1KM5A 4HNNA 1GVOA 3W1NA 2R91A 5CZSA 2UV8G 1JCMP 3G1FA 1YTEA 1WAUA 3W7HA 3B8DA 3DFOA 2ZBTA 3E96A 1WDWA 1ZHAA 3G1SA 1D3HA 3TSDA 4UIOA 1B57A 3G0XA 4JY8A 3CTLA 3HG2A 1UBSA 4UFLA 1XUUA 3CIWA 2ATMA 3GDLA 4GUFA 4UFMA 3W7MA 3LX9A 4MJZA 2VOMA 5I3GA 4AHOA 4BI6A 3TH6A 1KLYA 4O14A 4EF8A 1JRBA 5AHEA 1VYPX 1O4UA 1QO5A 2CZFA 3HG5A 2PCQA 4LV4A 4WXYA 4QITA 1XBXA 3UWVA 4N2YA 1ALDA 5DXYA 4M7TA 3O8AA 2WO5A 2Y88A 3CPRA 1A53A 1QWGA 2B7NA 3BPWA 1P4CA 3UXDA 3IIXA 3W7KA 1VQTA 5AHNA 2ZFAA 1UASA 1D3GA 4FNTA 4AWTA 3SY5A 3PS7A 3ZFHA 3MP4A 2H90A 1AW5A 3B03A 1OFQA 3P5YA 3LHVA 3UWWA 1ZFJA 4AF0A 4S2BA 1JCJA 2YW4A 4PA8A 4GUHA 2ISWA 4UNLA 4K39A 4ML9A 1KTBA 4DEFA 5DXXA 3L66A 4O1CA 4FB7A 5FF2A 4O11A 2QJIA 4TU1A 4FF7A 4BI5A 3KVMA 3TA6A 3B0VC 1B4KA 1DJNA 2TRSA 2CLKA 4YXGA 5D09A 1SFJA 4UR7A 3O6YX 3ZWTA 2QJHA 4CLMA 4ADSA 1OK6A 4JX5A 4JIQA 2ZRXA 2HSAA 3HPXA 1QPRA 2EF9A 4HNVA 5FF0A 1PCKA 3FYPA 1TPEA 2ZDRA 3M47A 3P82A 4LY8A 1ICQA 1VLIA 1YADA 2ZZ5A 2FFCA 4P61A 1XBYA 3W72A 4GBUA 3OVQA 4NXSA 3N2MA 4N9EA 1IGSA 2GQ8A 5F2IA 3PY2A 4Z08A 5G5IA 5EKYA 1Z48A 4AB4A 2X30A 1Y0EA 5LGZA 2RDWA 2VEIA 1W5PA 4OQVA 5BOOA 1KFJA 3DFSA 3L68A 4E38A 4O0ZA 1GVRA 2RH9A 4LS0A 3W7OA 4JXCA 3STFA 3KVLA 3R12A 1OFPA 2CZDA 3NL6A 1ME8A 1SO4A 2DJXA 2WSRA 4IXXA 1Z41A 3GNDA 5I3IA 1WBHA 4JTKA 3TK7A 1ZCOA 2C16A 1IXNA 3HGJA 4KWVA 2FPTA 3W2JA 3L0NA 5EPDA 3RK8A 2NWRA 1KTNA 4MFEA 4WJEA 1JVNA 2GQAA 4MJMA 4H6KA 3R5EA 1I4NA 3LGEA 3PB0A 2DORA 1I2QA 2DP3A 4AXKA 3STEA 1L2UA 4O1DA 3LCGA 3QC3A 3HGRA 5D2WA 3C2RA 1Z44A 3GDKA 1GOXA 1H7WA 1LBMA 1W54A 4MOZA 3W1XA 4NQ1A 3FOKA 4R7JA 1GVFA 1IIHA 1ONRA 3TQVA 1TV7A 4QSHA 2E5DA 5G1TA 1RZMA 1J2WA 1DJQA 3LXCA 3QH2A 1KFBA 5F1UA 1RVGA 4KFOA 2EGZA 4LV9A 1OF6A 2J27A 3W7IA 2GOUA 4N9BA 4CCCA 1XCFA 2NWSA 3W85A 4N6EA 3W1PA 5EY5A 3TAKA 4YCPA 2TYSA 3O06A 1LLWA 2WNZA 1UUOA 3G1AA 2ZZ4A 4N02A 1W5QA 1Q45A 4ZMGA 1UB3A 3C2OA 1TIMA 4JR5A 5AC8A 1K02A 2A7NA 4UTTC 4PODA 3P61A 2C1HA 3NZ1A 4UTWA 5DCEA 5HWMA 3P67A 4YCOA 4N4QA 2CW6A 1JCLA 3ATYA 1MEWA 3MP3A 1AMKA 3FEMA 3TCEA 5CZJA 3LRMA 4LS1A 4RK8A 1KBJA 2P1FA 2EPHA 1VYSX 1TJPA 1FDJA 3E0IA 1I2NA 4JNMA 4JTHA 3HBLA 1Z42A 1SQ7A 5EBUA 4POCA 1TB3A 3IIPA 2Y63A 4BFAA 1F76A 4ZQNA 4LU0A 3QMRA 5G4EA 3TXZA 4M6PA 3GVGA 5HWJA 3G0UA 3B4UA 5DBUA 3W7RA 2HS8A 4HN4A 3LTYA 2FTPA 3WJSA 3KAOA 4O50A 5LKYA 3N9SA 2DZUA 3A22A 3D0CA 4O4VA 4C1KA 3UPWA 3SIZA 2ZZ1A 3PBUA 4GE8A 1HFBA 1AK5A 2R94A 3Q58A 3TIMA 2PE4A 2Y85A 4TMBA 1FQ0A 3TQ0A 3LXBA 2E5CA 4OWGA 1KM0A 3VE9A 3P8JA 4CQ8A 1OFBA 4FIRA 3P62A 3NL2A 3W1MA 4FHAA 5I3HA 3P7YA 3NPWA 4H3DA 3T7VA 1WV2A 4B5NA 4DXVA 1K8XA 3FS2A 3LHUA 4NNCA 1SUXA 2WSQA 3QM3A 3NM1A 1U5JA 3LB0A 4O1AA 4MYXA 3VI2A 1F05A 3BG5A 3M0ZA 2C15A 4ORMA 2FJKA 2Q8LA 2E6YA 3L0GA 1LBFA 3BGGA 3TMLA 3NXFA 4M7SA 1H7PA 2WNNA 5AHLA 1EP2A 3IIVA 3L5MA 3CM4A 5KITA 3W22A 3BK0A 2A6NA 3PB2A 4EF9A 5G2WA 3IVUA 2A1YA 3UZJA 2G97A 4ZQRA 2V5LA 4O15A 2QJGA 4XKYB 1QOQA 3WFAA 3EXRA 1KBIA 1UJPA 2A6LA 3L5AA 4IQLA 3PBWA 1FXPA 4MYAA 4XTIA 2CLHA 1LRQA 4M6QA 1ZJIA 3QPYA 4J9JA 2J9ZA 2VFIA 4FO4A 2FIQA 5D2TA 3T55A 1LLZA 3C6CA 5D2XA 4ZZ9A 4HSNA 3W2MA 4IPJA 1U83A 1XBZA 3IVTA 1QPNA 2FB2A 1CI1A 3I7SA 3CIXA 2QDHA 3WJWA 1S5VA 4NJJA 1KM2A 3NPUA 3A24A 3M7WA 1WBJA 3ZR4A 1C29A 1R46A 3LTPA 2QCGA 2X2GA 4BWLA 1FWNA 2Y62A 1P5BA 2QCDA 3P60A 4O57A 1W8SA 4ZQOA 2DZSA 1VH7A 4AH7A 3R89A 1FBAA 1JRCA 2ZZ6A 3WK1A 4WZHA 3AO0A 4UMBA 3M43A 4DBEA 3DKLA 4CQ9A 5D33A 2ATSA 3DBPA 1OG0A 1YDVA 3GAYA 1THFD 3ABSA 4WD0A 1PHWA 4JTTA 4RLIA 3P84A 3W1QA 3W1TA 4MPQA 3BVJA 1OK4A 1UUMA 2AGKA 3W76A 2CLIA 3H54A 4IMGA 5EYWA 3W7GA 7TIMA 1TO3A 3MP5A 3LCHA 4UTHA 3HGOA 2BZNA 3QMSA 2A4AA 3W3OA 1KA9F 2NV1A 5K4XA 2Y89A 2YCEA 3TX9A 3RLUA 2QUUA 4M19A 5D04C 1F6PA 1W0MA 1JQVA 2Y6ZA 5KZDA 3NQCA 2QCLA 3W7DA 1XL9A 4LC6A 4JYEA 3UY8A 2QDGA 3LXAA 3W7PA 2NUXA 2QAFA 3LOTA 3LERA 4LS2A 4UFIA 2AAMA 2XN2A 4FIQA 4PEKA 3PC0A 2AQWA 5K4ZA 3QW3A 3C61A 1G7VA 3GYEA 1O5KA 5SWUA 2GVLA 3DI0A 4Y90A 3SECA 3R13A 1B3OA 3HF3A 1H7OA 1TSIA 3QF0A 1X1ZA 3ABRA 1OYCA 1OX5A 4FX6M 4JYFA 2OX1A 1LCOA 1KTCA 2D73A 4CNOA 4E0CA 2VC6A 4A21A 3SW6A 4BR1A 1FCBA 4LOCA 1VYRA 3PULA 4NZJA 1VLWA 2P10A 3GNNA 3TE9A 2QKFA 1SPQA 1YXCA 4FNSA 1H7NA 3AJXA 3WJYA 1W1ZA 1DV7A 1ZAJA 4N6FA 1EEPA 2JKPA 3R2GA 4LUJA 3FKRA 1I2PA 4XKYA 1BWLA 4MUZA 3C2FA 4K37A 1W5NA 1TJRA 1V5XA 2J88A 1GG1A 2Z6IA 5LGXA 1XC4A 2ZA3A 1EWDA 2B7PA 3NQDA 1EA0A 4NXKA 1F5ZA 4NU7A 3BG9A 3WK3A 3DKJA 1QAPA 3PF3A 1L6YA 2QCFA 4WXZA 3S1XA 2ZA1A 3WK2A 4Z0JA 1VRDA 4MVAA 4UCGA 4JDBA 2FLIA 4CQAA 1PL9A 4HSOA 2H6RA 2BLEA 1TV8A 1W56A 5KZEA 3TFCA 1EP1A 5IBXA 2A2IA 4N9DA 1SR9A 4FNQA 3JR2A 5DCDA 3BLEA 3W7NA 3TXVA 4JTIA 1LRNA 4GUIA 2QEZA 2YFOA 3F1QA 2ZRYA 3CEUA 3TMQA 3ABQA 2QR6A 4RCXA 3OG3A 3W2NA 1PCWA 1JULA 4GUJA 3C56A 2ZQ0A 1LRTA 3EWWA 1KFCA 2YXGA 1OABA 4BF9A 2WOQA 5E93A 1W5MA 5G2IA 3RLVA 4RKAA 3I6RA 3G1HA 3HJZA 1AL7A 5I3FA 2HMCA 1AW1A 1QCWA 1K7XA 1TCDA 1N55A 1W5OA 1LYXA 3EWUA 4IOTA 4L4MA 5KINA 2A5HA 2WJZA 3NL5A 3G24A 4O19A 2I9EA 3F4WA 5D2YA 5HINA 2X1UA 5L6UA 2E6FA 4DF0A 3DAQA 4LVDA 5AOUA 3NOEA 3S5YA 3BW4A 3LCIA 4HPJA 4OU1A 3A21A 3DU0A 3NDOA 4LVAA 2E6DA 2GVGA 2CZEA 3LCXA 3NQFA 1PV8A 2B4GA 4NT0A 3LLDA 3PSWA 4AWSA 3NQ6A 2J9YA 1GT8A 3DGRA 3W75A 4ONVA 1VCVA 1RR2A 5AYZA 1TPUA 1OX6A 3M6YA 3G18A 3PG8A 5DELA 2V0TA 3HO8A 4E2DA 3P80A 4XQ6A 1KFKA 1TMHA 1R30A 1PHQA 4IUOA 3RFAA 3W6YA 3W7LA 1BEUA 4W9TA 3T78A 3LHYA 4RZ4A 5AC6A 2O7SA 1X6UA 2OT0A 4EIVA 1DVJA 4OE7A 3EWBX 1ICPA 2G96A 3W84A 3NO5A 1LTDA 4O1BA 1ME7A 3TSMA 4IGHA 3G3DA 4ZQMA 5D38A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3S5O A;  1PKY A;  2PLM A;  4AIS A;  4L4L A;  3MO7 A;  1HVQ A;  3MW7 A;  1BWK A;  1MDR A;  4AUB A;  1HQT A;  2QJJ A;  4QCF A;  1UWI A;  4V1X A;  3M1Z A;  2BAS A;  1N2V A;  1TPD A;  1TV5 A;  2PC8 A;  4XB3 A;  3M9Y A;  1XYM A;  5FJP A;  1DJH A;  3AMG A;  5B80 A;  4IP4 A;  4C6M A;  2EHH A;  4CN6 A;  4PFM A;  4FF5 A;  4XSM A;  1NFB A;  1X38 A;  2DFA A;  2PF0 A;  4PRT A;  1P0K A;  4ZEP A;  3U4A A;  4XBS A;  2QJM A;  3CUF A;  4IPI A;  3T2O A;  3ONB A;  2OEM A;  3N2O A;  2ISV A;  5DY3 A;  2B7Q A;  4OBS A;  3UZX A;  3AS3 A;  3W29 A;  2A3B A;  3MMU A;  1B54 A;  2NQ5 A;  1J0I A;  4HA4 A;  3E02 A;  1EIB A;  3AIB A;  2A3C A;  5A6A A;  3VZX A;  2CXG A;  2YL9 A;  2QCD B;  2VEN A;  3K5X A;  4F2T A;  4TVD A;  1SZF A;  2F8Q A;  4LNC A;  1E0V A;  1V3M A;  2E4T A;  4J3S A;  1IT7 A;  1SSD A;  3TJL A;  3B0Y A;  1EPX A;  4IPL A;  3LRL A;  2PRM A;  4LPC A;  2XIO A;  1YHT A;  5KTL A;  5BU9 A;  3AIV A;  1HNY A;  1UZH A;  1TJ0 A;  4NHV A;  3NO3 A;  3AML A;  4LVG A;  3UET A;  3CZG A;  2V5B A;  3KXQ A;  3EOE A;  4NYY A; 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