1XI3 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	206
structure length	202
Chain Sequence	NLRNKLKLYVITDRRLKPEVESVREALEGGATAIQMRIKNAPTREMYEIGKTLRQLTREYDALFFVDDRVDVALAVDADGVQLGPEDMPIEVAKEIAPNLIIGASVYSLEEALEAEKKGADYLGAGSVFPTDARVIGLEGLRKIVESVKIPVVAIGGINKDNAREVLKTGVDGIAVISAVMGAEDVRKATEELRKIVEEVLG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Thiamine phosphate pyrophosphorylase from Pyrococcus furiosus Pfu-1255191-001 rcsb
molecule keywords	Thiamine phosphate pyrophosphorylase
molecule tags	Transferase
source organism	Pyrococcus furiosus
total genus	72
structure length	202
sequence length	206
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.3: Thiamine phosphate synthase.
pdb deposition date	2004-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02581	TMP-TENI	Thiamine monophosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1xi3A00

4ML9A 1KV8A 1FCUA 3A5VA 1H7XA 3EXSA 1UB3A 3W7OA 2E68A 1GG1A 5G4EA 5DY3A 4UTJA 1R2SA 2OT1A 4KWWA 4ICNA 1GJPA 1H7PA 1MEWA 3U2OA 1Q6RA 1SR9A 2QEZA 3W22A 2QCDB 2E5BA 3CIXA 3S1XA 5BOOA 3E0IA 4TU1A 1ZY9A 4D2JA 1VHNA 2HS6A 2YZRA 2ZQ0A 3BO9A 1I2OA 3VI2A 3PBVA 4LRSA 3EWWA 1TJRA 3L66A 4Q4KA 1GG0A 1N55A 3TSMA 3H55A 3N2MA 1LROA 1L6YA 5AC7A 4WY0B 1JCXA 3QQ0A 3EWYA 3NL6A 1ZFJA 2QJIA 4XQ6A 1UCWA 1OYCA 1W56A 1ZCOA 1UUMA 3W85A 3P61A 1YXDA 2G5WA 1P4CA 4LW7A 3GDKA 3KVKA 4LT9A 3ZWSA 3G22A 1M6JA 1C9DA 2JKAA 5MHBA 3B05A 2TYSA 2WPBA 1QWGA 3UZ5A 4M6PA 1TPFA 3WJYA 1HFBA 3OIXA 4JTGA 1I8JA 3NQAA 2J24A 1EUAA 3UWQA 2A85A 2ZRZA 3QQ1A 4NVTA 5AYXA 2YXGA 4JYFA 5AHMA 4LVDA 2QAFA 3W7KA 4BK9A 2CLEA 3G0UA 3IIXA 5IM51 5BRBA 3DENA 4GRSA 1D9EA 2BLEA 5AFDA 2V2HA 4EF8A 5D03A 3W86A 1ME7A 2R94A 2AGKA 2ZBTA 4O18A 4RJEA 5T26A 3NM1A 1YYAA 2P0OA 4IPJA 5D2XA 1L6WA 3OA3A 1B57A 5U7SA 3UWVA 3GLCA 4UCGA 2VELA 4XUGA 2WSYA 1IIGA 2DZXA 2FLIA 4WOZA 2WNNA 4MY1A 4MKNA 1M5WA 1PVNA 5AYZA 3B0UX 5I3JA 4NX5A 1VLIA 4QAIA 4NQ1A 3S0CA 1KFEA 3L5MA 4DEFA 4ZQRA 1XFBA 1T99A 4C1KA 3QMRA 3BLFA 3FFSA 3MUXA 4NJHA 3HPZA 2A2IA 3LGEA 1ZNNA 3WK1A 2ISWA 3OVQA 3QZEA 4AB4A 4JY8A 3GXNA 1TMHA 3HG4A 5G1TA 3HG5A 2V8ZA 4A22A 1W5OA 5D2WA 3GR8A 3N9SA 3DI1A 1LOQA 3W71A 2WKJA 4TX9A 3ZS4A 4I7UA 3I7SA 1JCNA 4TIMA 2G95A 3DXIA 3IIPA 4UFHA 4K8EA 1FWNA 3FJ6A 4Z0SA 3SI9A 4DF2A 4A3UA 4HSNA 1VGAA 4AVFA 1GVQA 3CEPA 2NX9A 3U8GA 4AXKA 4O1CA 3MBDA 3LCXA 5F2GA 1QO2A 2F84A 1GPWA 3TQVA 3PG9A 3C56A 2Y61A 1LZOA 3R13A 1ZAIA 4Z1CA 4DO5A 3QF0A 3I6RA 1LM1A 3T44A 3ABOA 4XBSA 2BSLA 2JGYA 4JR5A 5HWJA 1OK4A 2OT0A 3C8FA 1D3HA 5AOUA 5HULA 1ADOA 1PCWA 1H7NA 1T8XA 4YCOA 1OVDA 1OJXA 2VFIA 2EF9A 1I2QA 2C3ZA 1SU5A 4GFSA 3G1FA 1G4SA 4IMDA 2GPTA 2W6RA 4HT3A 1WYIA 4CNPA 3ELFA 2V9DA 1OG0A 5LNSA 1N7KA 3MYPA 3C2RA 5EA9A 4YL2A 3ABSA 1G67A 1LOSA 3QJAA 2PRLA 1TPB1 3KAOA 2QF7A 4ALDA 1WA3A 4WY0F 2WSQA 1EIXA 4AAJA 4AHPA 4UTHA 4JTJA 1GYNA 4N9BA 5EY5A 1GTEA 3M0ZA 5K4ZA 3I7RA 4RXGA 1LP6A 4A29A 3ATZA 5IBXA 3PB2A 3WJZA 1XBVA 2A6LA 3P80A 3JRKA 4Y9AA 4UTTC 4O52A 3RLUA 3Q37A 4NJJA 3UWZA 2RDTA 1OF6A 4BI6A 3O6CA 4UTTA 3MHFA 4YXGA 3WK2A 4RCXA 1R2TA 3Q94A 3N2XA 3TFXA 1G69A 1H5YA 3BW3A 5K9XA 1VCGA 1LLZA 3M7WA 1QPQA 2W79A 2A1YA 2V2DA 4S2CA 1V5XA 2QUVA 3W23A 4N9EA 1YDOA 1M7PA 3W76A 1KFJA 4UFIA 1TSIA 4JX5A 2ZZ7A 4MVAA 3B0VC 3BARA 1Q45A 3DBPA 2BXVA 2ISSA 5L9FA 2Q3OA 4GUGA 3GAKA 4HIBA 5CZJA 4DBEA 3A9IA 4CCDA 1TTIA 1KM5A 1KTBA 1VYRA 1YPIA 1W5PA 1GVRA 4H3DA 4UFMA 1W3TA 2C13A 3HJZA 4MPQA 4ZQMA 2DP3A 4FHAA 1SO3A 2ZRXA 5AHIA 2FB2A 1QOPA 1ONRA 5FF3A 2CLHA 2ZRUA 4DO6A 3C2OA 4UC5A 4O19A 2OJPA 3L2IA 1ICSA 3CB8A 1LLWA 1YXYA 5FF0A 3G18A 5C6MA 4NUWA 3GX9A 4LV4A 1H7OA 4JTUA 4NX0A 2Y6ZA 3USBA 1EUNA 2QCGA 1K7FA 4N2YA 4MY9A 1PHQA 3EXRA 3EWUA 2E6YA 4WXZA 3STGA 2V5BA 3TMQA 3C0JA 3FS2A 1G4EA 3KX6A 3NQCA 1DKWA 1MO0A 3HPSA 3DFSA 2OZ0A 1UBSA 3TFCA 3UY8A 3HGJA 3PC0A 4KFNA 3PUEA 1EP2A 5I3IA 2ATSA 4JDYA 4Q33A 1VCVA 5CZTA 2XN0A 1TQJA 2C6QA 2DZTA 1OX6A 1X6UA 3TR2A 4DPQA 3TSDA 1H1ZA 4YMZA 3G1XA 4S2BA 2GQ9A 2OX1A 2WNQA 3LCIA 4IWWA 5DLCA 4UMCA 3W72A 3O07A 3M43A 1OYAA 1O95A 4UIOA 3EWZA 1SSGA 1FCQA 1T0OA 2R8WA 1G4PA 3FKRA 1A5BA 2EGZA 1KLYA 1F74A 4WOQA 5I3GA 1QAPA 1X1OA 3HGSA 3LHWA 5G2WA 4KWVA 3TCEA 2NWSA 1BWLA 1L6SA 3SJ3A 3LHUA 1IXQA 4UTMA 4O12A 1ALDA 4JD4A 1NSJA 4GUHA 3L5LA 1KBJA 1EB3A 2V81A 1U83A 3L5AA 1QPRA 5I3HA 2O7QA 3E49A 4N02A 3VCRA 1UASA 3W7NA 2DJXA 3W75A 5GVJA 2J88A 4UFKA 1OX4A 3A22A 2C14A 1AG1O 1Q6QA 4P2VA 1B4EA 1TTPA 1VR6A 1FWTA 3S9YA 1YXCA 1HTIA 2C15A 2B4GA 5CKSA 4DBDA 3A23A 1W3NA 3R2GA 2QAPA 3BGGA 4KKXA 2PRMA 3S5OA 1Z48A 3B8DA 4O11A 3IIZA 4WJEA 4H4IA 1W3IA 3S5ZA 1EP1A 1K8ZA 3ATYA 1ICQA 4RLIA 4QM1A 1JRBA 1THFD 3PULA 2Y7GA 3LCFA 2JKPA 1FWRA 1DHPA 2E6FA 3KXQA 5K3VA 1FDYA 2BWGA 3DZ1A 4R33A 3PB0A 5LKYA 3P84A 2TRSA 2QR6A 4WX2A 1YADA 1ZALA 3PG8A 4O1BA 1VYPX 1JCYA 4LRTA 4A21A 3C2EA 3UZJA 1O94A 4PL2A 3UNDA 3LDVA 3NVTA 1GWJA 4MIMA 3CHVA 4LS2A 3M5YA 4N6FA 1W0MA 3O63A 4MZ8A 3T4CA 5BW6A 1QCWA 1YLVA 4NZFA 2P1FA 3PBYA 2HSAA 1Q3NA 4X3ZA 4JXCA 2ZCGA 1X1ZA 4ZQPA 2ZTJA 3L65A 3LCGA 4PEKA 1P0KA 3CWNA 1KFBA 1NVMA 1XBZA 3W07A 2H3BA 3WJSA 1FQ0A 3T55A 5AB3A 4LS0A 5KZMA 2Q8ZA 2DORA 3NG3A 2FQIA 2IQTA 3O8AA 2QCDA 4M6VA 1RQEA 5H2ZA 3OEXA 3EX1A 2HTMA 8TIMA 2ZRYA 3DFOA 2AQWA 4RK8A 2X1UA 3EB2A 3R89A 5AC8A 2DZUA 2E09A 3N3MA 2EHHA 3T7VA 4CQ8A 4UR7A 4FF7A 4OBTA 1R2RA 5TBOA 3GDRA 1LTDA 5BNKA 3UWWA 4E0CA 1FXQA 3A21A 4S1FA 2VFFA 5KINA 2Z6IA 2WV8A 1B3OA 2Y62A 4TMCA 1AW2A 4YLWA 5C2XA 3KRZA 4IXXA 5C54A 4PCFA 2FPYA 3O6YX 3LRKA 2BTMA 4FNTA 5KITA 1KFLA 5BMXA 2A5HA 5D33A 1LDCA 2ISVA 4UFJA 1FBAA 2ZZ2A 2ZYFA 3BVJA 1OYBA 3E12A 3LLFA 3PUDA 1O60A 5AHFA 2E6DA 4N9DA 1JCJA 3NOEA 2YPIA 2ZFAA 1VC4A 2RH9A 2WO5A 3G3MA 4M19A 1F05A 1F5ZA 4QNWA 1F2JA 1PL9A 3STEA 4K7YA 5C5YA 5CPMA 3DH7A 2J27A 1JUEA 2E5DA 3M6YA 4W9TA 5DN1A 2Q3RA 4FX8A 4JTKA 1Z44A 1CX9A 1EX5A 2AAMA 3IV3A 3O05A 4ZVJA 4O15A 3UD6A 4M6QA 2O7SA 1R30A 2VEMA 4H6KA 4ZQNA 4FXSA 5CSSA 2ZA3A 1TO3A 1WOBA 5EMUA 1JUKA 3GR7A 2QCLA 3UWYA 5C55A 1AL8A 5LNUA 4LVGA 4ORIA 2ATMA 3GIYA 4O4VA 5LZLA 4NU7A 3HQ1A 2QCCA 5EBUA 4QJ1A 3W1XA 3NQVA 3SGUA 1S5VA 1OFBA 5HR6A 1XDLA 1KM1A 1QFEA 3LX9A 3NQ8A 1DQWA 1JVNA 2TMDA 4DPPA 1K7XA 2A7NA 3L9CA 4HPXA 3MBFA 4QIUA 4BWLC 4IOTA 1GVOA 3TX9A 4LY8A 1V7YA 4AEOA 1KM6A 1QPOA 4N4QA 1TPC1 5FEPA 4BWLA 3F03K 3IGXA 3W7CA 3TUUA 4JTSA 3W6YA 2Y85A 1YTDA 1KM2A 3P82A 2D73A 5CPNA 3DKLA 3N9RA 3O6DA 4FB7A 4E2DA 1FX6A 2EKCA 5HWNA 3NEVA 2QCHA 3N19B 3W2NA 4DF1A 2JBMA 4EWND 1TPWA 4O1DA 4MLJA 1DV7A 2PURA 3E96A 4UNLA 1RQBA 1PHWA 2VOMA 4CQ9A 4PA8A 1WXJA 5KSWA 1W5MA 4JX4A 4K39A 3G1YA 5AYYA 3NO5A 2FB3A 4LV9A 3D0CA 3W9ZA 3DHFA 5D32A 4HKPA 1JRCA 2J9XA 3S42A 5KZEA 3QYQA 3IRDA 4UTWC 1NF7A 1L9WA 1P1XA 1RV8A 3T78A 3O16A 3HIJA 3NZ1A 4ADSA 1FDZA 4UTWA 1LRNA 4ADTA 3I7QA 4UTIA 1Y0EA 2B0MA 3KOFA 4HN4A 3DI0A 4O0ZA 3G1DA 3CM4A 2Y63A 4Q32A 4LU0A 1J5TA 1QNVA 5K9CA 2NX3A 3BK0A 3QM3A 2C19A 1PV8A 4Z1AA 2QDHA 4HNUA 4IUOA 3F1QA 1A5CA 3MW7A 1R47A 1OFRA 4QISA 2VXNA 5CZSA 2WQPA 1OABA 3H53A 3GDTA 3W7JA 1RZMA 3O15A 3W88A 4OHQA 4UTKA 3W7LA 5D04C 4X9SA 3W7DA 3HB9A 5CPLA 5G4WA 3GYEA 1SW3A 3BG5A 4OQVA 3NYZA 1BEUA 3PVFA 3PBUA 3KRUA 3EXTA 3W7QA 1XCFA 1KFCA 3DGRA 1TPUA 4Y90A 4E38A 1QR7A 3RMJA 4A2RA 4PODA 3CT7A 1F6PA 2WNZA 3M5XA 2FPVA 3MP4A 4BFAA 4BI7A 3B03A 1MZHA 1OHLA 3G8RA 3E02A 2Y70A 1B4KA 4LTSA 3HG2A 2B7QA 1HG3A 3S6DA 2TSYA 3WFAA 5KMYA 2E77A 2QDGA 3HBLA 3RNDA 3W1RA 3M16A 3NM3A 3OHIA 4UFLA 4PL1A 2PC4A 1SO6A 3MYOA 3V1PA 4QNEA 5KZDA 3MMTA 4IMFA 3NQ6A 3Q58A 3CEUA 3NL5A 4O53A 4FIRA 4XTIA 4WXYA 3LCWA 5EYWA 4GE8A 1I2NA 1SW7A 1EEPA 1SZNA 3NXFA 4Y6GA 3FYOA 3TE9A 1C29A 3VKJA 3MHGA 1YTEA 4JDBA 1WBHA 3DFPA 2OMAA 4RXFA 5K4XA 1BKSA 4O10A 1HUVA 3MHUA 1AMKA 1GEQA 3P7YA 3W7IA 3ANYA 4LWWA 3W87A 2RKXA 2X1TA 1DJQA 3OG3A 3NDOA 5LGZA 2RDWA 2FJKA 1PE1A 4BI5A 3P74A 4GNJA 2Z6JA 1O5XA 3C3NA 1KA9F 2ALDA 2HMCA 4BF9A 3WJWA 4K37A 3B4UA 3LM7A 3CC1A 5D05A 1KW1A 2Y89A 1Z41A 5G1YA 3CIWA 3EKZA 4N4PA 2YGYA 3UPWA 3C61A 5LHEA 3QFEA 4R53A 3ZFHA 3QW3A 5D38A 1WBJA 4LUIA 3MI3A 1JR1A 3NR0A 4Z1BA 4TMBA 1AK5A 5LSMA 1WQ5A 2F7FA 3RK8A 3INPA 2CLMA 3BPWA 5D09A 3VFLA 3C2VA 4AF0A 3GNNA 4EF9A 3S8HA 2RDUA 1SW0A 3NPVA 1TV5A 2GVGA 3LBCA 1K7EA 2H8XA 5AHLA 1G4TA 1TB3A 1F7BA 3NNTA 5FEXA 2B7PA 2PE4A 1W37A 3SFKA 4OU1A 3A24A 3TSBA 1DJNA 3LTYA 3KFTA 3TU9A 1BTMA 3EWXA 4NXSA 1VS1A 3I65A 4RZ5A 3STCA 1F6KA 3TC7A 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1IXPA 1VRDA 3L0KA 4XKYB 1YTKA 1H60A 4IX0A 4AHQA 4CNNA 2DZPA 2UV8G 3Q2DA 3DFNA 4TR9A 4HSOA 4HNTA 2FTPA 1LRTA 5ABTA 4RZ4A 3KVMA 5F4SA 2H6RA 1BWKA 4NNCA 2GJLA 3BGJA 4UMAA 3E9AA 4WD0A 3LHZA 3W2LA 2VC6A 3PSVA 4O54A 2CLOA 1XI3A 5J5DA 1M7OA 4FEZA 1KM3A 2X30A 5DBTA 1G7VA 2FPTA 4LC8A 1TPEA 4Z1DA 3GDMA 3HF3A 3NL3A 4WY0A 1F76A 3NPXA 1LBLA 1DBTA 1R46A 2Y88A 5SWUA 2ZZ4A 1SFJA 5HUOA 1YDNA 1S5TA 1MXSA 2I9EA 1W31A 3TJLA 2CWNA 3FKKA 4JYDA 2CW6A 4M7TA 4CNOA 5LNVA 3LV5A 5DELA 3QPYA 3ABRA 3RU6A 2VEIA 3W7PA 2YW3A 5F2MA 1QMLA 3QMSA 3G1HA 3JR2A 3T40A 4RX0A 2CZFA 3P60A 3NA8A 2JK2A 4JEQA 5E0KA 1F73A 3M41A 3ABQA 1QOQA 5FF2A 2VEPA 3UXAA 4AHOA 3LHTA 2OCZA 1ZHAA 1XXXA 1W5NA 1XC4A 3TQKA 4LNYA 2YFNA 2NUWA 4PC8A 5AHEA 1PIIA 4GXMA 3I68A 3N73A 2E6AA 4B5NA 3TAKA 2HS8A 2GQAA 3SIZA 1ML1A 4Z08A 4WZHA 1XUUA 4O4WA 4O57A 2NXHA 1MEHA 3H54A 3EWBX 4QSHA 5EKYA 2H3DA 3N34A 4N6EA 3S5NA 3KVJA 3W2MA 4JTFA 2CU0A 5D2YA 3MJYA 3MP3A 5A5WA 4N9CA 1U5JA 5F2IA 1H63A 3QC3A 1JJKA 1NEYA 1RQHA 1VZWA 4JGDA 4AWSA 2C16A 4UUIA 5LHFA 4OV9A 5DBUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XI3A

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