1XKJA

Bacterial luciferase beta2 homodimer
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
MKFGLFFLNFMNSKRSSDQVIEEMLDTAHYVDQLKFDTLAVYENHFSNNGVVGAPLTVAGFLLGMTKNAKVASLNHVITTHHPVRVAEEACLLDQMSEGRFAFGFSDCEKSADMRFFNRPTDSQFQLFSECHKIINDAFTTGYCHPNNDFYSFPKISVNPHAFTEGGPAQFVNATSKEVVEWAAKLGLPLVFRWDDSNAQRKEYAGLYHEVAQAHGVDVSQVRHKLTLLVNQNVDGEAARAEARVYLEEFVRESYSNTDFEQKMGELLSENAIGTYEESTQAARVAIECCGAADLLMSFESMEDKAQQRAVIDVVNANIVKYHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of bacterial luciferase beta 2 homodimer: implications for flavin binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA2 LUCIFERASE
molecule tags Luminescence
source organism Vibrio harveyi
total genus 124
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.14.14.3: Bacterial luciferase.
pdb deposition date 1996-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1xkjA00
1LUCA 1M41A 3FGCA 1LUCB 1BRLA 1BSLA 5DQPA 1NFPA 1NQKA 3SDOA 3B9OA 1BRLB 1YW1A 3FGCB 1FVPA 2I7GA 1Z69A 1TVLA 2B81A 3C8NA 1RHCA 5AECA 1EZWA 3B4YA 5LXEA 1F07A 4UWMA 3B9NA 1XKJA 4US5D 4US5A 3RAOA 4J2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WCSA 2PRLA 5D9PA 1JDDA 4GYFA 5DF0A 9RUBA 4LVDA 3TCSA 1I0DA 4CKQA 2R1LA 1Z69A 1F9CA 1ZBVA 2B81A 2VDHA 4N4PA 2VVSA 2PTDA 4NG3A 2B7PA 3NL3A 4JFWA 4IHCA 4IQEA 4C7FA 1S5NA 3MP4A 1S1PA 2HCVA 3WN6A 3RRXA 3VNMA 1JGIA 5HINA 1N7KA 5LA1A 5DXXA 4GMEA 4KWVA 3IVUA 4KRZA 3LX9A 3GDLA 4LCRA 4PODA 4LUSB 1QXLA 3N12A 2BZNA 1G4EA 1RBLA 3KS6A 3UYIA 1DP0A 4I7WA 3GR7A 5D2YA 1JYWA 2BVYA 3GW3A 5D8ZA 3VKKA 3CUIA 1GTEA 3H2AA 5EBAA 3P67A 1UR9A 5DCDA 1J93A 3EA2A 4RL3A 3TSBA 2MANA 3OIXA 5FJUA 1PB0A 3V7PA 2DDXA 2PC8A 4O18A 2KAUC 2Q8XA 1B0IA 2X7WA 2XUCA 3ARUA 4ZGYA 2OT0A 3SO7A 3QZAA 6PTDA 5AY7A 3THUA 4D8AA 4XZNX 2Z6JA 2UV8G 4E8CA 4AVOA 4DNHA 1VJSA 2CLOA 4EP8C 4HHHA 3C2OA 3B0XA 3NXFA 4WQ6A 1FWRA 1US0A 4HHPA 3G1FA 2QCMA 3PTMA 4ATWA 3ZOAA 2DT1A 2J9ZA 3BXWA 2PWUA 1XR2A 4K8HA 3A24A 3TMQA 3SQMA 1TZ9A 2NWRA 4IUOA 2AKZA 4QLJA 1V6TA 1HIZA 2ZZ4A 4QG9A 2Q09A 2BV9A 4TX6A 5F4XA 4AXKA 5CPTA 4XZHA 2BVWA 3GC2A 2QJIA 2ZZ2A 4JICA 1P6BA 4JTCA 5CPNA 3ME3A 2G3NA 1SFTA 1HL2A 1M01A 4HD5A 4DPQA 2YBTA 1YBQA 1M3UA 3RPDA 1M1BA 3ANUA 3RCMA 3T55A 3AHXA 3STPA 2VZVA 3F4WA 1DJXA 4PH6A 1KWGA 4HPJA 3PY2A 2DIEA 4FNTA 5CPMA 1XH2A 2DSUA 1EEPA 1ADSA 1GW1A 3RO6A 3KBNA 1XLCA 1UKPA 4AIBA 3AALA 1W5NA 1OD0A 3W25A 1G67A 3AHVA 4IFKA 5LIXX 4QISA 3UPWA 4AEOA 4QTGA 2EGZA 1ZCCA 2VX7A 3P5YA 4O1FA 3GXDA 4Z2GA 3WMBA 2JGYA 1CWYA 4M6PA 1FQ0A 2D73A 4FLQA 4KWOA 1EL3A 3T6CA 1VFTA 2HVNA 1PDYA 5F7UA 1UP2A 2XU2A 3PHAA 4CD8A 4GI9A 3THAA 4BWLC 1XF0A 2VEFA 4IGNA 4DUVA 5JIWA 3W83A 5HA7A 1O5RA 1Q4NX 3W1XA 4CNOA 4KEMA 3TN6A 1J5SA 3W7HA 5KINA 1PX8A 4P61A 4WUIA 4F2BA 1HKVA 1W6TA 1FCBA 4WOZA 4FPSA 1I0BA 2QV4A 3UWYA 3TP4A 4KIRA 2NW0A 3GTNA 1Y7VA 4AX7A 1JPKA 1DYSA 1E70M 5FEPA 3WSUA 1XGZA 2OJPA 1GOQA 1TTJA 3UD6A 4AIOA 1OF6A 3NSNA 1EF2A 3MT1A 2PLJA 5BXSA 3NEHA 1HKIA 1NDYA 5HUOA 1QBBA 2A0NA 2CITA 1TTPA 4XG1A 1B3YA 1DWFM 1LOQA 4TVDA 5BMWA 4W5ZA 6ALDA 3LTYA 5C70A 1US3A 5A2AA 3ISIX 3V18A 1KFLA 4S23A 3SW6A 3P3BA 4F2UA 4GJJA 2QV5A 1UWIA 2PDLA 1W8GA 3AHZA 1BXCA 3PVFA 3W7GA 1QPOA 2YB4A 2YA2A 3T09A 3BJFA 1AFSA 4UZSA 2JF7A 4GQBA 4UWMA 4B92A 1JNEA 2PDIA 3E2QA 3ZZ1A 3ITCA 3RU8X 3BLLA 1J5TA 3FNDA 4IH3A 5DY3A 2JQXA 2PB1A 3I3BA 4QDPA 4L64A 1I45A 3RX2A 3TIMA 2CZ5A 3BJSA 4HN4A 4PMNA 4BF7A 2OSYA 4JX4A 4WR3A 4S39A 4GIAA 5CZKA 3H54A 4N9EA 4GQGA 3BURA 4JTRA 3F2CA 1PAMA 1NTHA 4PCTA 3T07A 4JTIA 2X8RA 1SQ7A 3SUVA 3CHDA 1HXJA 1ZALA 4XKYB 4H9MA 5CSSA 1EBHA 3TKFA 1C8YA 3N17A 1QI0A 4KQNA 1O95A 3RR4A 1RP8A 5LIKX 3W1AA 1CGXA 4JFVA 2CZFA 2DZBA 4BY3A 4Q33A 3P81A 4B5TA 4PZVA 4HA0A 4A4AA 1AL7A 5T9BG 3GG1A 3S2LA 4UQ9A 1XIMA 1X8CA 2E25A 3VU2A 3USBA 5H1WA 4O0QA 2DP3A 3M43A 1KCXA 1QPRA 3TLQA 5MF5A 3TLLA 3WQFA 2HISA 2VFIA 4NNBA 2ZFAA 5I79A 4C6NA 5BRPA 3B04A 4B3KA 2RAGA 1DWIM 2NQZA 3M7WA 3R1ZA 3VCCA 3GTHA 3I7SA 4KRTA 4KIEA 3FHQA 4XWUA 3S5ZA 3HN3A 3EKGA 1JG9A 2VFEA 1AJZA 3NZQA 2YCEA 3CWOX 1QHZA 3BMXA 2DVTA 3PBVA 1K03A 2E28A 1RV8A 2J7BA 1TWWA 3CLMA 3RGTA 3T0TA 4H7VA 1TVPA 1GK8A 3AXMA 4W89A 1Q8AA 2VFDA 2G3FA 2X40A 4TVUA 1FY6A 1RLDA 2GVEA 4AZHA 3GAYA 2PTZA 3N4EA 4HJWA 5EMYA 2I16A 3QM3A 8A3HA 3M7SA 3ZFHA 4UTKA 4I90A 3W7LA 2YCJA 4N2YA 3VDCA 1W37A 3EWUA 4AD2A 1TMQA 1Z7AA 2PS2A 3W2NA 4OVXA 3WH5A 8XIAA 2E6FA 4C6PA 5GNZA 3LBCA 1F61A 1PV8A 4PMUA 2HZGA 2PUZA 4NKCA 3MZNA 2Y7DA 2D3NA 4CQDA 1Q6EA 5LYRA 4EVZA 3VUPA 2GGGA 4C6EA 1SFJA 3ORWA 2PZNA 4UOJA 1SW3A 5M17A 3IV3A 4V1XA 3CIWA 3GTXA 1EPVA 1OX5A 3GU1A 1JJKA 1E51A 3MCMA 1MVYA 3BOXA 3E12A 3N3MA 2A5HA 3G1RA 4AC1X 3GH4A 1H60A 1H7XA 4ZE5A 2PC4A 1Q7ZA 3M0ZA 1ZNNA 2OYLA 3WEMA 1UP0A 4Y6GA 1UZDA 1ZJIA 1UR1A 4JL1A 1TJRA 3EX2A 4MWAC 3SN1A 3BUVA 4UTTA 2I56A 2HNHA 4PEEA 3B03A 3U3HA 2CZVA 3NUKA 2HXTA 3DIPA 3EAUA 5T9CE 1CLKA 5T91A 3WLSA 2Y1HA 2Y5JA 4C6IA 5TF0A 1GVSA 1SW0A 2WVVA 4Q8WA 1FP9A 1R5YA 5CLTA 1EZWA 1B9ZA 1AJ2A 4GY0A 1H61A 1NFGA 4B15A 3L0GA 1OYCA 5FCZA 1RZMA 3VGEA 1I9CB 1ZJAA 3IANA 3WELA 4LTSA 1L2QA 2XH7A 1XSKA 2IQDA 1AQ0A 4NI3A 3L4ZA 2BY1A 4XIMA 1CIUA 2NXGA 3Q94A 4RV8A 5DLCA 3NOYA 1PCWA 2F6KA 1AZ1A 4E4FA 1SJCA 4AHPA 1MWOA 2NLYA 3S1VA 2HJPA 1TVNA 3DHFA 4PGLA 8XIMA 3S1WA 2QJNA 2YR1A 4L80A 3VNIA 2BWGA 3BMWA 3P93A 1T8XA 4XO7A 1MW3A 3AIVA 1UH2A 1H0GA 1J0HA 2G4JA 4JNMA 1XRVA 2WMJA 4B5UA 2BOEX 2NUXA 1NF7A 3U5UA 4AD3A 2XVLA 2GUUA 2OKTA 3UPMA 1UMLA 2C18A 3ENLA 1K7FA 3EEGA 4GK8A 3W27A 4P8UA 5M03A 2GUYA 3S1UA 3PG9A 4MMWA 4E8DA 2JKPA 1R7OA 5E5CA 1J0JA 2E5DA 1J6PA 4O8AA 4RE2A 1KR0A 1JI1A 3H7UA 5IHRA 2ZWZA 4DF0A 4AISA 3H7RA 3RF9A 3E74A 2W61A 4RZ6A 1V0KA 5AC5A 3LMZA 3TDFA 1TE1A 5CQ1A 2DSWA 1QOQA 4K37A 1DJGA 4KWWA 2RFGA 4JYFA 1OCBA 4N02A 3AJ7A 2WCGA 3BV7A 3DBNA 3UA4A 2DW7A 4UZUA 2F84A 3VMOA 2BVDA 3EZ4A 5ABEA 3FKRA 2IUZA 5JBEA 1FOBA 4UFHA 3ARSA 3PB0A 5D37A 4XZ9A 1JCTA 3QW4B 1A49A 2EPMX 1M7JA 2ADAA 2OLHA 3IJ6A 3P60A 2PDQA 2J25A 2NUYA 1RD5A 3W85A 1MW0A 4NZ5A 3W22A 1A5LC 3KE0A 4XD6A 1EUAA 3UBPC 1ONRA 1W1PA 4HPNA 3R79A 1JCMP 4LB4A 5HPOA 4H4IA 3RUBL 1K8YA 3D46A 3I3DA 1F73A 1R87A 3WBEA 3C2FA 5HPCA 2PGEA 4GUHA 3MWCA 2QULA 1DIOA 1F6PA 4REQB 1MNSA 4BCEA 1QPNA 4KWUA 3W7EA 4L1XA 2GJXB 4Q4PA 4M6VA 1XLFA 2ZIDA 4IIGA 1MZRA 4JFSA 3VOGA 1H09A 4DY1A 4DBEA 3LPOA 3KCJA 1LM1A 4BA0A 3VKJA 4JN7A 1IWPA 4GQRA 4MZ1A 1JXJA 2YGYA 1EHAA 5EPDA 2YDRA 5AVNA 2XHYA 1KBIA 4V2XA 3QY6A 3ECQA 4ZBCA 5CZJA 2CBUA 4J27A 3AMLA 5I3GA 4AU0A 4QJ3B 3U2ZA 4FXFA 1ZL1A 1GQKA 4Z17A 1QHPA 2G95A 1I4NA 4DUWA 2TODA 1H5VA 3TTSA 2LLEA 3LLXA 3N11A 1JXKA 2DGAA 4M81A 2WPGA 3LSCA 1BTMA 4M24A 2VR2A 3PZNA 1UWQA 1K3UA 2WM0A 3UG4A 1HJQA 2BXYA 3EB2A 1QATA 4JGDA 1FXPA 3C0SA 3WLIA 4UCGA 3ONBA 1TKKA 3ERPA 5AOUA 3VK5A 1ZTVA 3LHYA 3VIFA 3DC8A 4KGJA 3HBLA 3DXIA 1C9WA 3NZ1A 5D02A 1WX0A 1P4CA 2YSWA 1KRBC 3KVLA 4XVEA 3VILA 4NU7A 2PF0A 4MAZA 3W84A 5D9OA 1L6YA 3D0CA 4TMBA 3CB3A 3EB4A 2ZX8A 4KCWA 3TYZA 4M29A 5BOOA 1KTCA 1EB3A 5JBFA 3T08A 1Y0EA 2XIQA 3HGSA 5EFFA 3CQ0A 1R47A 3AISA 4CLMA 1I8JA 4GA8A 4C1NA 3N13A 4IL0A 1O5QA 1GUVA 3EKZA 4GJ1A 4X61A 2Y8UA 1SZNA 3GD6A 3CT2A 5F4SA 4XISA 3KTCA 4AZGA 4U5IA 4LOCA 2Y0FA 3W2UA 1KFEA 1S46A 2WK2A 3F03K 2G3MA 3TJIA 1EZ2A 4LS0A 5DBTA 3TYUA 4YU1A 3C56A 4S3EA 4DJFA 1JZ6A 3SR7A 3QC0A 3WIJA 1X6UA 3H4GA 3W07A 4JQ4A 4G7FA 4ICCX 4XTDA 2QGHA 4E0CA 3V36A 4PMDA 3VOCA 2WVUA 1TRDA 4O17A 1C92A 1RD6A 4FALA 4UR7A 1VC4A 3TVAA 4YIWA 1RQEA 4YYCA 2J47A 2QVHA 4NRSA 4UIOA 4MWAB 3QTGA 3W73A 3WQ5A 4JTDA 2WKLA 4IIEA 3QGKC 3KP0A 3NR0A 4MGGA 2RJGA 3WNKA 2JIEA 4GNKB 1VYRA 1YEYA 1QPKA 3GXIA 2DQWA 5E9AA 1W1ZA 5CPQA 2J6VA 1BAGA 4JPGA 6XIAA 2GUBA 3TFXA 1VB9A 2DUAA 4MPQA 2E7FA 4LRTA 3LTPA 1ISZA 5BNKA 1L9WA 2H9AA 2JF6A 3N73A 4I8DA 1XFCA 2IPWA 2E6DA 1H2JA 4NYUA 1ISVA 2EBNA 4B5SA 5CC3A 4O1BA 3WJSA 4B16A 4H6EA 3O1NA 4PCNA 1LWIA 3NQAA 3IK4A 2RJHA 3DFTA 2X0SA 1U33A 3EWXA 2Z1WA 2W0UA 3DG6A 2HV5A 4NILA 4N6FA 5D2VA 1K6WA 1X1NA 1YDNA 4N42A 1FTXA 4O1AA 2GVLA 4UTLA 3BE7A 4ES4A 3C0LA 1JNDA 2ZVIA 1V93A 4KCUA 4Q32A 1R3WA 1J96A 2INFA 2YBVA 3LXBA 4N7QA 5LSMA 3SGGA 4AZCB 3OO2A 2J13A 1WZMA 3CEPA 4HIBA 3PBGA 3ZS4A 3KTSA 4GD0A 3IEBA 1MRQA 5DFAA 2A2IA 5EMUA 5BXRA 1O66A 1VEMA 4TU1A 4B90A 1JPMA 5AB3A 1RP9A 7REQA 1H49A 3FOKA 3LCIA 4YMZA 2R1PA 4L9YA 4PUUA 3UWVA 2YLLA 4C65A 4EWND 3E9AA 3G1SA 2GQ3A 4DQWA 4NAEA 3VKDA 1IR1A 1VH7A 2BS9A 4GZJA 4O13A 4O10A 5E70A 2Z29A 3EMQA 1XLHA 1KV8A 1SU5A 2PDPA 5KSWA 2QUNA 5LNRA 4RE0A 5E93A 3WJXA 3WD3A 2X42A 3HV9A 1DTUA 1RPKA 1OFBA 1NOFA 3P8JA 3UXKA 5EMJA 2YL6A 4W8AA 3WK2A 2HPMA 3LCWA 1JQXA 3HPXA 1ME9A 2WSKA 4L6OA 4HOZA 3HGJA 4AWUA 1K9FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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