1XXXA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
GFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQGCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKACAAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRALASHPNIVGVKDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLAMGATGFISVIAHLAAGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLCNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRLPQVAATPEQIDALAADMRAASVLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Crystal structure and kinetic study of dihydrodipicolinate synthase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 114
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xxxA00
1XFBA 2AGKA 2DU2A 4MUZA 3C8FA 3STFA 4UTKA 3HPZA 3BK0A 1A50A 1KV5A 3L0GA 2UV8G 3PR2A 1C8VA 2R8WA 2VEIA 5LGXA 1K7EA 3TSMA 1SW3A 1TPWA 4FNRA 1W37A 4O0ZA 2OZ0A 4EVZA 4ONVA 3NQ7A 2FLIA 3N34A 4MY1A 2FDSA 3GAYA 3Q94A 5CPLA 4YMZA 2RFGA 3G1AA 2D73A 3P81A 4RZ4A 3W2MA 4JS3A 1XXXA 3TQKA 2J6XA 1QPNA 3BG3A 5K3VA 3IVSA 3P8JA 1ZFJA 3A5FA 4FX8A 4HNUA 4AF0B 5DY2A 1ZALA 4MLJA 4E0CA 3GIYA 3UZJA 4O16A 3N14A 2W0UA 3R12A 3L9CA 1DHPA 1U83A 1I8JA 4JEQA 4NNBA 3O05A 1JJKA 3UWYA 3EX3A 4GUIA 3PBWA 2CFFA 1XBVA 4W9TA 4O1DA 4HSNA 1FWWA 4XTDA 2FPYA 1GEQA 4JTLA 4ML9A 5G2IA 1H7RA 1VQTA 3W07A 1VLIA 1EPXA 1GG1A 2V5LA 2A5HA 4JTEA 5AHMA 2V8ZA 1XKYA 3PB2A 3W83A 3DAQA 1UUMA 5EMUA 3EX4A 4O54A 2EKCA 1VR6A 4JIQA 3NDOA 1JUBA 2WQPA 5AN7A 3W2KA 3DFQA 4C1LA 1RVGA 1K3UA 4LW7A 1LRNA 5AFDA 1IF2A 3KVMA 1GVRA 4ADSA 5LHEA 2WJZA 1F05A 5CZ0A 1K7FA 2ZA3A 3ABSA 2A7NA 3UY7A 1MEHA 1NVMA 4DO6A 5F2IA 3E9AA 1KBJA 3EKZA 2OT1A 4UMAA 4OHQA 3ANYA 4DBEA 1R2RA 4Z1BA 1D3HA 3ZR4A 4JDBA 4XWUA 2JGYA 2P0OA 1LROA 5AHLA 4IJBA 2ZZ5A 2OJPA 1JUEA 3M6YA 2X1UA 3R5EA 1KM1A 1H60A 1DORA 2FB3A 2NV2A 3O07A 2ZYFA 5FEZA 4WY0B 1WV2A 1F5ZA 3C52A 4E2BA 5HWNA 3M5YA 4UR7A 4LRTA 1QR7A 3S0CA 1SO4A 3G8EA 3NQVA 1G7UA 1SQ7A 1O95A 3A21A 3FKRA 3HB9A 2RHGA 2HTMA 2P1FA 1P0KA 4HN4A 4A22A 3BV4A 4O18A 2A2IA 3RLVA 3OVQA 5K4XA 5D2YA 4H6KA 3H53A 1Q45A 1TPDA 3W85A 4S1FA 1SW7A 1TTQA 3CWOX 1WYIA 3EWWA 1KFEA 4HNTA 3CPRA 3A23A 5TBOA 5G5IA 2Q3RA 1FWTA 4Z08A 2DJXA 2GOUA 1K8XA 4O1CA 5FF0A 3W7JA 1TQXA 3Q37A 4CCCA 3R2GA 1T0OA 3M0ZA 1IGSA 4JDYA 3NL3A 3W75A 3THAA 6TIMA 2NXHA 4HPXA 2V81A 2CLHA 2FQIA 5T26A 3P5YA 2E6DA 2ISWA 5HR6A 4JTTA 1VHCA 4RCXA 5GVJA 3KX6A 3NPXA 4NXKA 1EP2A 3PUDA 5K9XA 1W5PA 4WD0A 3NQFA 3W84A 3TFXA 1UCWA 3NNTA 4CQ9A 3R13A 2Z6JA 2H90A 3ATYA 3UWWA 1G67A 4DF1A 3PUEA 2RDUA 4FNPA 3LHUA 3HBLA 4ZQCA 1W54A 3P80A 4MY8A 4RXFA 1ME8A 5U4NA 5TIMA 3GNNA 2Z6IA 2FIQA 2I1OA 3W7NA 3KRZA 5FESA 3QRHA 3TAOA 2VOMA 4PL2A 4AMAA 2DZTA 1JUKA 1Z44A 8TIMA 3MI6A 1VYSX 1MEIA 3K30A 4RZ5A 4UTHA 5C54A 2VFEA 5HQEA 2Y7EA 1O5XA 4WJEA 2QCDB 2NX9A 3VE9A 5H91A 3G24A 1QNVA 4UCGA 1SZFA 1EP3A 4UTWC 5D02A 3PBYA 3FJLA 3W1LA 3WK2A 2V5BA 3CQ0A 1I2OA 3HO8A 2CLFA 4MFEA 3W7IA 3MI3A 4WOQA 4MPQA 2OMAA 2R14A 3G3MA 2ZZ1A 3GXPA 3H55A 4JX5A 1X7FA 1PE1A 3N3MA 3SSJA 4UTIA 1XI3A 2C0AA 2QCGA 3W86A 4IPIA 5HR7A 2JKPA 1H7XA 2XN0A 4O12A 1PCKA 5BNKA 2X30A 3BPWA 1NAL1 3RU6A 4TMCA 2NXIA 2AAMA 1G6CA 2ALDA 4AHQA 3M5VA 3HGRA 3PC0A 4JYEA 3GDTA 1YTDA 1I2QA 4JY9A 5FF3A 3W2UA 3G18A 3NPVA 3HPSA 1A53A 1VYPX 5AHNA 4EF8A 3E02A 2GPTA 1H51A 4WXYA 1QPQA 1JRCA 4JNMA 4AXKA 4UC5A 4AHOA 3FIGA 2EPHA 2PC4A 4TIMA 3MMTA 4AH7A 2TYSA 4CCDA 4RZ6A 4IX0A 3FJ6A 2A4AA 3M44A 4TR9A 3LLDA 2VEKA 3A22A 4Y6GA 5AYYA 1NEYA 1ZJIA 1GPWA 2RKXA 2QDHA 4LT9A 1YXYA 1YPFA 1VPXA 5G4EA 3DFOA 5FI8A 5D38A 3LGEA 2FPTA 1ONRA 1LLWA 3BG9A 1ZY9A 3CIXA 1B4EA 3DFPA 3QQ1A 1H1YA 4MKNA 2EAWA 1GG0A 4AAJA 1H63A 1UBSA 3OVRA 4WXZA 2ZCGA 3NR0A 3DGRA 5EL1A 3RNDA 2VEPA 3G1YA 4LWWA 1KA9F 1YXCA 2E5CA 2Y61A 5KTLA 5D2XA 3MP3A 1KFBA 3HGOA 5TQLA 3LX9A 2Y7FA 3BGJA 1J4EA 2ZRWA 1JR1A 1RV8A 1JQVA 2HSAA 3HQ1A 4N02A 3W71A 3THQA 5EKYA 1GQNA 5A5WA 1G7VA 2I14A 3TC7A 4AVFA 2QJGA 1DL3A 3U8GA 2V82A 5AC6A 3B0UX 3UZ5A 1K8YA 1LP6A 2J9ZA 2CLKA 4WQ6A 2J27A 4N2YA 1FUYA 2Y63A 4TMBA 1JQXA 2J9YA 3KOFA 4N9EA 3HG3A 3GAKA 3G0SA 1BKSA 1VCGA 4GFSA 1OYAA 2V2DA 5D09A 5AYXA 3NZRA 2VFDA 4NJHA 2QF7A 4LY8A 4NVTA 5BMXA 5CKSA 1TPC1 1T96A 5KINA 3PBVA 2CLEA 1F73A 1VLWA 1W8SA 3LV5A 1K03A 4A2SA 3HF3A 4OE7A 1JVNA 4QAIA 2PCQA 4O1AA 3W6YA 1B9BA 4CQAA 4MJMA 4QISA 1WXJA 4K6AA 4JTJA 4QITA 3S5OA 4JYFA 3SGZA 1OFEA 3UWVA 3KVKA 3S9YA 1FCVA 1B3OA 3ATZA 5LHFA 4HHPA 2FJKA 2ATSA 3PG9A 2X1TA 4YCOA 2H6RA 4XBKA 2WSYA 1FCQA 1OK4A 2YCEA 3RK8A 3M1ZA 3MHGA 1I2NA 5EYWA 3ZFHA 3WJSA 2IQTA 4IQLA 4O8RA 2B0MA 4MYAA 1K7XA 3MHUA 3LI1A 3I7RA 4LS0A 5LSMA 4MLRA 1FQ0A 3JR2A 4M5PA 4ZVJA 3L21A 2R91A 3H54A 1TRIA 1TTJA 1WBHA 1SZEA 1OFDA 1KFJA 2E09A 4X9SA 3QMRA 1M5WA 2PE4A 5K2ZA 3QPYA 4Q33A 5D33A 5DBUA 1QPOA 3W7CA 1OABA 2F7FA 3IRDA 3T78A 3W3OA 1BWKA 1IIHA 2B7OA 2J24A 5HULA 2FPVA 1QDSA 3RMJA 4MFDA 1F74A 1PL9A 4N9CA 3W73A 5I3HA 3MO7A 2CLMA 3PBUA 3IVUA 4IXHA 3O06A 4UFJA 4I7VA 1TTIA 4NZJA 2VENA 2VFGA 3TX9A 3GDMA 1ZENA 3I7SA 3LHYA 1ML1A 3LERA 1RR2A 3N19B 1WX0A 2B4GA 3WK1A 2RH9A 1Q6OA 2QUVA 3IIOA 5BMWA 3LRKA 4MZ1A 3HGSA 2TPSA 4NT0A 4PC8A 3D0CA 2QCHA 1NFBA 4AHPA 1I2RA 4XKYB 1LM1A 3EXSA 4ZZ9A 1KTCA 1SO6A 1RD5A 1XL9A 3W22A 1DV7A 3AJXA 5IM51 2C13A 2R94A 3QMTA 3TR2A 3IEBA 1F6PA 4K8HA 4ZMGA 3GDKA 3P60A 3G1FA 1W5MA 1MO0A 3TH6A 4ALDA 3GYEA 4G1KA 1X8FA 1GOXA 1L6SA 1FXPA 1HO4A 1JCXA 1S5TA 2XN1A 4GUJA 3GZ3A 4EOUA 1QO2A 6ALDA 3TU9A 3NQ2A 1QMLA 2YPIA 3F4NA 3O16A 4UTTA 1W3NA 3O63A 2QUTA 5A8GA 2BXVA 4POCA 2PURA 2JBMA 2E5BA 3TROA 3OEXA 2ZTJA 1PHQA 1LOQA 3PWAA 4I7UA 5G4WA 5C6MA 5HJLA 3C6CA 1SSDA 4Z1AA 5FF4A 1Q6RA 3VI2A 3MI2A 1M7PA 1OFBA 3MP4A 5I3IA 2NV1A 2Q8LA 5D30A 2QCFA 4PCFA 4LVBA 1P5BA 3W1QA 5AC8A 1S5WA 5LZLA 3LCHA 1EWDA 3KFTA 3P5ZA 4YL2A 3KRSA 4JTKA 2Q8ZA 1W0MA 2CZFA 3EWBX 4O0KA 4LVGA 3W1UA 4WX2A 4RLIA 5LNVA 2ZRZA 3T4CA 3C2OA 3FFSA 1QCWA 3T7VA 1SO5A 4S2BA 4H4IA 2HS6A 4KWWA 1OX4B 4LVDA 4BR1A 1EUNA 2Y85A 2G95A 3MYOA 3RFAA 3RLUA 2E6YA 2O7SA 2DZUA 3G1XA 3IGUA 2EHHA 3NQEA 3GB6A 2TRSA 3S8HA 2WNZA 3DH7A 5CPNA 3P61A 1HFBA 3DFSA 1ICQA 3MUXA 2BX7A 4FNSA 1XDMA 1QPRA 1YADA 4JXCA 5F4SA 4H3DA 2WV8A 4UR8A 3FA5A 3CC1A 3W7PA 4CNOA 1AMKA 5F2GA 2OX1A 4ZQMA 3VFLA 4HNVA 2KZHA 2AQWA 3N9RA 1X1ZA 3MYPA 3UPBA 1SZGA 5L6UA 3MBFA 3UYCA 1BWLA 2GVGA 1WAUA 2ZRXA 3I68A 1AG1O 4OV4A 4DBDA 5EPDA 3FKKA 2QEZA 2RDWA 1WOBA 1V7YA 1G4EA 2ABAA 5H2ZA 1YXDA 5F4WA 1LYXA 4Q4KA 3M16A 5KITA 4DPQA 4LUIA 3QPZA 5HUPA 1OG0A 3DI0A 4UNKA 1DBTA 1LZOA 2C18A 1ME9A 1TIMA 3NVTA 3O15A 1JCLA 4MY9A 4N6EA 3WK3A 4N4PA 1TREA 3GX9A 1HUVA 4K8EA 2QCLA 4PA8A 1HO1A 1VZWA 1DQXA 1K8ZA 1XBXA 3DBPA 3S5NA 5D04C 1XBZA 2YFOA 4L4LA 4GNJA 3BARA 3LTPA 2F84A 4CNPA 2I9EA 3TDFA 5CPMA 3SR7A 2DZWA 3OHIA 1Q6QA 4OU1A 1H7WA 1AK5A 4K38A 3G22A 5DLCA 2E1DA 5AHFA 4M6PA 4MZ8A 2YYUA 4UTMA 1J5TA 4AF0A 3W2JA 3E96A 5HNRA 1D3GA 4O52A 4YLWA 4IMFA 2B7NA 3OG3A 1W1ZA 4BI7A 1I4NA 4DQWA 5AHIA 2JK2A 5FEPA 5F1UA 1W31A 2CZDA 3LCGA 1FCBA 4O4WA 3TW6A 4AWTA 1GYNA 4UFIA 1A5CA 3G1SA 2ZA1A 4BK9A 3EB2A 3C2VA 4FX6M 2C16A 2YR1A 5DN1A 1EUAA 1VGAA 3RF9A 2NX1A 1TPB1 4IMGA 3TXZA 3W1XA 1TSIA 1ADOA 4M7SA 1L9WA 1DJQA 1Y0EA 2YDAA 3MJYA 4ZQRA 4O17A 2GQ8A 5CZSA 3BLEA 2H8ZA 3QFEA 1KV8A 4GRSA 3PY2A 3PSWA 4S2CA 2TSYA 4JTIA 3TXVA 2ZRYA 3HJZA 3TSDA 2A6LA 1P0NA 4LS2A 2BLEA 3DU0A 2ATMA 3M5ZA 4NXSA 5D05A 3IIXA 3CHVA 3T55A 1QOQA 1TO3A 4OT7A 1RZMA 1FWSA 4O28A 4Z1DA 1EWEA 2NUXA 4MIMA 3IIPA 1KW1A 4IPJA 3EXTA 3M9YA 4NU7A 3UXAA 1SR9A 3HMJG 3W23A 1V5XA 2YSWA 3PS7A 1W3IA 3DKLA 4GUGA 5KZMA 1SFLA 1TV7A 3A5VA 4JN6A 3GLCA 3N9SA 2O7QA 4BI6A 3QW4B 2ZZ4A 1LCOA 1HL2A 1J2WA 1TMHA 3TNOA 2VFIA 2RDTA 3B0PA 4D2JA 3OIXA 3C4UA 1UB3A 1ICSA 2DORA 3NXFA 2Y70A 3SZ8A 3TV8A 3QF0A 2ISSA 2C19A 2V2CA 3KVLA 5D2VA 1AL8A 3LCLA 4O53A 3T40A 3LCWA 3BLFA 1N55A 2H3BA 1KM3A 3NM1A 2VXNA 1Q6LA 3UNDA 4XUGA 3P82A 3LBMA 3Q2DA 1LTDA 2BTMA 3SFKA 1GT8A 5LNRA 1OX5A 4HIBA 2TMDA 4N6FA 1YDNA 1T99A 1O94A 4CQ8A 1BEUA 4KFOA 1GJPA 3QEZA 3DHFA 4MZYA 1JCYA 4DF2A 1LRTA 1QFEA 2A6NA 3BG5A 4ZQPA 1WA3A 1YPIA 4BF9A 3NQDA 4Z0SA 4FO4A 2DJLA 2ZZ7A 2Y88A 1W5NA 2GVJA 2OT0A 4JTSA 3PAJA 2WSQA 4QQ3A 4A29A 4AEOA 1GVSA 4BFAA 3NYZA 1XUUA 4OQVA 4Z1CA 3HG4A 3W7EA 3W72A 1KM0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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