1YDNA

Crystal structure of the hmg-coa lyase from brucella melitensis, northeast structural genomics target lr35.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
283
structure length
283
Chain Sequence
AEHVEIVEMAARDGLQNEKRFVPTADKIALINRLSDCGYARIEATSFVSPKWVPQLADSREVMAGIRRADGVRYSVLVPNMKGYEAAAAAHADEIAVFISASEGFSKANINCTIAESIERLSPVIGAAINDGLAIRGYVSCVVECPYDGPVTPQAVASVTEQLFSLGCHEVSLGDTIGRGTPDTVAAMLDAVLAIAPAHSLAGHYHDTGGRALDNIRVSLEKGLRVFDASVGGLGGCPFAPGAKGNVDTVAVVEMLHEMGFETGLDLDRLRSAGLFTQALRQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two bacterial 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyases suggest a common catalytic mechanism among a family of TIM barrel metalloenzymes cleaving carbon-carbon bonds.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA LYASE
molecule tags Lyase
source organism Brucella melitensis
total genus 89
structure length 283
sequence length 283
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date 2004-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ydnA00
1OK6A 4O19A 3ABQA 1X8FA 1KBJA 2CLOA 5E93A 4UMAA 3GXPA 4EOUA 2UV8G 4RXGA 2YXGA 1W5PA 3FYPA 1F73A 4RCXA 2QCLA 1HG3A 4LV9A 4MLRA 5MHBA 3JS3A 1TSIA 1TPVA 3EXTA 1SZEA 1WXJA 5GVJA 2C16A 4QAIA 5IM51 3THQA 1VCGA 2JGYA 2CLFA 3TW7A 2J9ZA 1C29A 1GZGA 3C8FA 5K9XA 1SO4A 4OQVA 2E1DA 4BI5A 3ATYA 3L65A 4XTDA 5F2MA 1FWTA 4PEKA 2CLKA 3IIPA 4ALDA 3EX1A 3KXQA 1H63A 3HG2A 2CW6A 1Z41A 3O07A 1ZHAA 3QSTA 1IIHA 3CEUA 5C54A 1KA9F 1PCWA 3L68A 5EMUA 3JRKA 3CU2A 3G3MA 4N6EA 2OZ0A 5AHIA 4Z0JA 4DQWA 1JCXA 1WBJA 2NXHA 1J5TA 2A7PA 3I7QA 2AQWA 4RR4A 3W3OA 1EX5A 4LS0A 1QCWA 3B03A 1A5AA 4AHPA 3IV3A 3UXDA 2Y63A 2JKAA 1SO3A 1OFPA 2Y85A 2ZRXA 3NYZA 4TO8A 2QCCA 2V5BA 1OFOA 1GQNA 1H1ZA 3TMLA 1Z42A 2O7QA 1JUKA 1VS1A 2ISWA 4HN4A 4HNTA 3W71A 1OYAA 3NPXA 5AHNA 4NNBA 1XUUA 3U8GA 2F84A 4ZQPA 4O4WA 1R30A 1I45A 1GG1A 2A1YA 3PBVA 2X1TA 3KVMA 3SW6A 1LORA 5D32A 3BLEA 3NM1A 1L2UA 4XWUA 2BTMA 4JGDA 3W23A 4CCEA 4H4IA 5CPLA 1OABA 3F03K 5EY5A 2QJGA 3EXSA 4OV9A 1VCFA 2VEKA 4JIQA 5AOUA 1BKSA 5SWUA 1B4KA 1FCVA 2J88A 1KFKA 3BG9A 3W7OA 2FPVA 1G4PA 3W2UA 1H1YA 4FX8A 3LTPA 2O7SA 1JUBA 5LHFA 3N2MA 1G4TA 4DO6A 3N34A 1SFJA 4UFIA 4DPPA 5L6UA 4GUFA 4IPJA 2YR1A 2I14A 4EF9A 4M6PA 3GYEA 1A50A 3MW7A 4KWVA 1GYLA 2J6XA 4GUGA 4JTJA 2ZZ1A 3M5XA 2X16A 4RZ5A 3PR2A 4WQ6A 3S9YA 3DZ1A 1IXNA 5G1YA 1O94A 1SW3A 4AWSA 3EWWA 2CZEA 3S6DA 4K6AA 3FEMA 1FUYA 4JTKA 3C2VA 5I3GA 3LLDA 1VHCA 3LHVA 3L5AA 4Z1DA 1Q6QA 2NX3A 5D38A 1KM5A 4NUWA 3LDVA 4S1FA 3W7JA 3M47A 3M5VA 4TMCA 3W75A 4IQLA 3EKLA 4L4MA 3NNTA 4AMAA 1T99A 4WJEA 4WOQA 1PV8A 1UUMA 2H90A 1GVOA 2Y7FA 3C6CA 1JCMP 3MI6A 2P0OA 3LCLA 3PSVA 3MHGA 2B7PA 4UNLA 2FIQA 3ZWTA 4JTGA 1TYGA 2G97A 4NXKA 1WBHA 3EWXA 1HTIA 4BWLA 3OG3A 4PL1A 1SR9A 4WX2A 1VYPX 2A0NA 4ZQCA 3P80A 3C2EA 3WJXA 4IJBA 3B0UX 5H91A 1RVGA 1JUEA 3UWWA 1XUZA 1NSJA 3W1QA 4NJKA 3PBUA 3RU6A 3TJXA 3QPYA 4NXSA 3W7PA 1OFDA 2ZZ3A 2ZFAA 1G7VA 4K8HA 4MVAA 2VFEA 1F5ZA 3SZ8A 4Z1BA 3IIZA 2VFHA 4WOZA 3M1ZA 4QNEA 4IMCA 3EWZA 3LOTA 3NQ6A 2GVLA 4WUIA 4M6QA 1OYCA 2CFFA 3GKAA 3L5LA 4QISA 3W2KA 3QW4B 2VXNA 2ZZ4A 5G2WA 4EIVA 1PE1A 1YDNA 4Y9AA 3PUDA 3UZJA 3TQVA 4NNCA 2H3BA 4MIMA 1GTHA 1CW2A 1HO1A 3M0ZA 5I3KA 1VGAA 3W9ZA 3NQAA 1W5OA 1T0OA 3Q58A 4OE7A 5DBTA 2ZRYA 4S2BA 3E9AA 5I3JA 2YFNA 2NXGA 2GPTA 1W5NA 3STEA 1QAPA 3S5OA 2WSRA 1H50A 1W3NA 2WSYA 3GXTA 3UWYA 1ZJIA 4JY9A 1DVJA 4K7VA 4K7YA 3FJ6A 4A2RA 4Q4KA 4BF9A 3CIWA 5DY2A 1PCKA 3DENA 3TX9A 3CLMA 4BWLC 4ZVJA 3CT7A 1I2QA 4PTNA 2QCHA 5EL1A 5F4XA 5K2ZA 1OFAA 3NAVA 4N9BA 1TTIA 1KFBA 3FS2A 3DFPA 5LHEA 2CU0A 3M7WA 3W1MA 2F7FA 2WNNA 2P1FA 1K7EA 2YFOA 5BNKA 3P60A 3A5FA 4IXXA 5D2YA 2Q8ZA 4JYDA 1K7XA 4ORIA 3OBKA 1RZMA 3TCEA 1SFLA 3W1XA 4O57A 1VC4A 2FDSA 1QOPA 3W76A 2Z1BA 3NQEA 4LVDA 2EHHA 4M6VA 1TPUA 3MWAA 1GG0A 3MO7A 5DLCA 3TSDA 3DKJA 5HWMA 5A5WA 1J4EA 4A21A 1H7NA 4FIRA 3O16A 4XTIA 2W0UA 1MEIA 1H7RA 4LRTA 2B0MA 1ML1A 2ZRVA 3TE9A 4DXVA 2FPYA 3PUEA 1OX4B 4MFEA 2JKEA 2NLIA 1TMHA 2DZXA 2Q8LA 1TPC1 3QSRA 1VJIA 3UWUA 4NX5A 2PRHA 4E2BA 5C6MA 1RV8A 3A23A 5HJLA 1VLIA 1NF0A 3G1FA 5D33A 1KM1A 1R46A 5G1TA 3OEXA 4O52A 1TPDA 3TV8A 3PY2A 1OVDA 3WFAA 1XC4A 4JICA 1KFEA 1V5XA 1D3GA 3MP4A 1SSDA 1IIGA 1WV2A 3LRKA 2VFDA 4H3DA 4FNQA 5EYWA 2DJLA 1OX4A 4TU1A 3P8JA 1H7PA 1QPNA 1XBXA 1SZGA 3W22A 3IIXA 3TJLA 4UTUA 5CKSA 4QM1A 1WX0A 4O1BA 5LNWA 1PHQA 2C3ZA 5K9DA 2ZRUA 4MOZA 1O95A 1SW7A 3HG4A 1OYBA 1ZFJA 3PS7A 2QUTA 1VYRA 4OBTA 5F2LA 1BEUA 1IXOA 1OK4A 5HUPA 3UWZA 3A22A 4HNVA 5D2XA 5BW6A 2QCNA 3QMRA 1ONRA 2PURA 4UTTA 5HULA 1TJPA 1SPQA 3FA5A 3L67A 3U6WA 3VI2A 3W87A 2ATSA 3N2XA 4KFPA 3DFSA 1VPXA 5KSWA 4L4LA 1TRDA 1XDMA 2ZZ2A 3GR8A 3U2OA 2B7QA 1QPOA 2CLIA 4ADSA 2JKPA 1FXQA 4BI7A 7TIMA 2I9EA 4IWWA 4UMBA 1TPH1 1ZCOA 3TC7A 1AK5A 4OT7A 3LTYA 3INPA 3CB8A 2I1OA 1NAL1 3M41A 3R2GA 4CQAA 1TPFA 1G69A 4OV4A 4GUJA 3PULA 3W88A 3QRHA 2QDHA 3BG5A 3VFLA 4JEQA 1NFBA 3ATZA 4UIOA 1ICQA 3W1NA 3D0CA 1S5WA 3HGRA 4ORMA 3LXCA 1F6KA 1KV5A 1EB3A 3GDLA 4FX6M 3NQ8A 2YCEA 2CWNA 2JBMA 5F2GA 3A5VA 1PHWA 2WV8A 3NGJA 4JTTA 3W1PA 3YPIA 3MMTA 2H8ZA 3G22A 3Q94A 1AL7A 3M44A 3S42A 5CZTA 5CSSA 3W1RA 4O12A 3A24A 1LBMA 2RHGA 1TV5A 3C61A 1LRTA 3L21A 2BWGA 3W2MA 4CQ9A 3LRMA 2WO5A 4KKXA 4RK8A 1JVNA 4JTUA 3MI2A 3E96A 4QSHA 1V7YA 2Z6JA 4PCFA 4M5PA 1SUXA 4N4QA 1XBVA 4O1AA 1R2SA 3G24A 4RZ6A 2VFFA 3S5NA 2YW4A 1F74A 4U28A 3LXAA 1TTJA 5HINA 5AB3A 3R8RA 1F7BA 3RMJA 3MHFA 3PB2A 4UTTC 5DY3A 1XM3A 2YYTA 4R33A 4UC5A 2VENA 3GDMA 5KZDA 3JR2A 3BG3A 4LOCA 1OHLA 4ADUA 2XFWA 3IVSA 3IGXA 4N9EA 3W73A 3BARA 1XBZA 3CM4A 1QWGA 1SO5A 3UZ5A 4LVFA 1DL3A 1ADOA 3HG5A 2V81A 1A53A 3UXAA 4ONVA 4LT9A 3GNDA 3SFKA 1EWEA 4O1DA 4XQ6A 2NUXA 4N2YA 3LX9A 4N6FA 3SIZA 3KVJA 1HO4A 1JCJA 1OFRA 3ELFA 3W85A 1WQ5A 3MP3A 3EEGA 4CLMA 2NV2A 4JD4A 1JCYA 2A7RA 3FJLA 1H7WA 3DKLA 5AHFA 4DF1A 4R7JA 3LRLA 1N8FA 2DP3A 1X1OA 4CNPA 4JY8A 4I7UA 4QIUA 3P84A 1GEQA 4O0KA 1QNVA 3V75A 4KWWA 1LROA 4B5NA 5AHEA 1O5XA 3IRDA 2GOUA 4DBEA 1GYNA 4OWGA 1QPQA 3LB0A 5G2HA 3NQCA 4ZQMA 1YTEA 3LBCA 1XDLA 3HMJG 2ZCGA 4Z08A 3QC3A 3P7YA 4A29A 5D03A 1K02A 5F1VA 3TIMA 4Q32A 4ZL1A 3O6DA 6TIMA 1T8XA 3W7EA 4JYFA 3L5MA 5HMSA 1IF2A 2QR6A 1YPFA 1MO0A 2OX1A 4I7VA 2FLIA 1G67A 4YL2A 3SGZA 4GNJA 1M6JA 4FF7A 1TQXA 2E6FA 3T44A 4JIPA 2R8WA 4BI6A 2RDTA 5C5YA 4GE8A 3NL5A 3W74A 4O28A 1D9EA 3BVJA 1RQHA 5AC7A 2Y88A 5AHMA 5HWNA 4N4PA 1FWRA 4DO5A 5KZMA 1U83A 1QDSA 3WK0A 4X2RA 2ISVA 3QW3A 2V82A 2WKJA 4JTIA 4FNUA 5HR6A 3DI1A 3EX6A 1JQVA 1GOXA 3W7HA 2R94A 2X1SA 5DXXA 3TXZA 3IVUA 2FTPA 3P82A 1B4EA 5U7SA 3B0VC 4X3ZA 4P2VA 3GLCA 1EP3A 5LNUA 1VH7A 1EP1A 3VNDA 4AVFA 3N9RA 2Y61A 2ALDA 1Q6LA 1GJPA 3OIXA 3F1QA 4IPIA 2IQTA 1MEHA 2FFCA 2ZA1A 4FHAA 4AXKA 4O18A 4LY8A 3GVGA 3F4WA 2VEPA 3GAYA 4HNNA 3EB2A 4WXZA 3WK2A 4UTWA 5I3IA 4UTJA 4JX5A 3PVFA 1A5SA 3LHYA 5FF0A 3B8DA 2J24A 3KOFA 5EBUA 3LCWA 1HL2A 4AAJA 4JTHA 1JCNA 3FIGA 3LHWA 4YCOA 1GVSA 1R2RA 2RKXA 2EF9A 4UFLA 3HG3A 3G8RA 3QMTA 1TPEA 1PL9A 4QNWA 3SSJA 4K8EA 5D04C 1W3TA 1DORA 1NF7A 5H2ZA 1WA3A 4MY8A 2H6RA 2FB3A 3I68A 4CNOA 4TR9A 4LWWA 1OF6A 3LV5A 1TREA 1GVFA 3KVLA 4RX0A 3UQNA 2VFIA 2DJXA 3KHJA 4C1LA 5AHLA 4NNAA 4M19A 3G1YA 1DHPA 3G0SA 4JTSA 4UTIA 3TSBA 3LTSA 3RLUA 3QMSA 1AMKA 3CHVA 3CTLA 3QZEA 1SZFA 4GWEA 1S5TA 2C19A 5EKYA 3BLFA 4NU7A 1UJPA 3QYQA 4K38A 4FO4A 4IGHA 3Q37A 3H55A 3QJAA 1KM3A 3S0CA 3I65A 4UCGA 3IIOA 2B4GA 1B57A 4KFOA 5KITA 4O11A 5ABTA 4IMGA 1W5QA 4RLIA 4Z1AA 1Q45A 1PIIA 1PS9A 3GKFA 3G1DA 3TU9A 3L2IA 1S5VA 4C1KA 1VZWA 3PAJA 2ATMA 1JQXA 3RF9A 3TQKA 1VYSX 1H62A 3LI0A 5AFDA 1SSGA 4LC6A 3B05A 1MSSA 5FEXA 4YCPA 4FXRA 3G3DA 3DH7A 2WJZA 2YW3A 4IMFA 3OHIA 3PWAA 5CPOA 3TK7A 4UTWC 2J9YA 1D3HA 2DZWA 4LS2A 4XZ9A 3QQ0A 3B06A 3UY8A 4LTSA 2YPIA 3M6YA 1CX9A 2Y7DA 4FNPA 3EXRA 1H61A 2TSYA 3N19B 3M16A 1EPXA 4EWND 3DXIA 5G2IA 3L0KA 1EIXA 3FLUA 3P5ZA 5LNRA 3G0XA 3UY7A 3HPXA 3GZ3A 3HGOA 1VR6A 4X9SA 5BMXA 5J5DA 2W79A 1HUVA 1QO2A 4NT0A 1R47A 2VELA 3S1UA 3CWNA 3BGJA 3RFAA 4MPQA 5D09A 1J2WA 1MZHA 3W1LA 1AL8A 4LNYA 2R14A 1FWSA 1XI3A 2R91A 3PC0A 4LRSA 5IBXA 1XCFA 3TUUA 4JXCA 4BK9A 3FKKA 5D30A 1M7OA 3ZWSA 3QPZA 1QFEA 3ABRA 3QQ1A 1KV8A 1JRBA 5HQEA 1TQJA 5HUOA 1FXPA 3V1PA 1LBLA 4WY0F 5TIMA 3CIXA 2CLMA 1WOAA 2Y6ZA 2J9XA 3I6RA 3BO9A 1OX5A 3O63A 3NA8A 3NDOA 4FNRA 2NZLA 1KFLA 5EA9A 1KTNA 3B0PA 2E68A 1S3HA 3TMQA 4LVAA 2OMAA 3NQVA 1EEPA 2C15A 1W5MA 2DORA 3L0NA 3ABSA 3S5ZA 3P5YA 1TCDA 4O4VA 2C13A 3W7MA 2ZA3A 3SY5A 4QJ1A 4UTLA 3OVRA 4O50A 3H53A 2A6LA 2B7OA 2CZFA 4IX0A 2E6AA 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 5D2W A;  4DEL A;  1FWW A;  3CEP A;  5TBO A;  3B4U A;  5EPD A;  3R13 A;  1DKW A;  5I3F A;  1F6P A;  4ICN A;  3BV4 A;  1XXX A;  2QCF A;  5F1U A;  3W2J A;  1C8V A;  4DF0 A;  4NJI A;  1K03 A;  1YXD A;  1ALD A;  1Z44 A;  4Q33 A;  3MHU A;  2J27 A;  2ZZ7 A;  5TQL A;  2KZH A;  2H3D A;  2PE4 A;  3NO5 A;  4MJM A;  3W7Q A;  2QJI A;  3E12 A;  1K8Z A;  4PC8 A;  5BOO A;  1JUL A;  3MJY A;  4NJH A;  3T78 A;  4HPX A;  4OGZ A;  3TC6 A;  2FQI A;  5LGX A;  3W1U A;  3FFS A;  2ABA A;  2V9D A;  3M5Y A;  4MFD A;  1YLV A;  4A22 A;  1KLZ A;  3R5E A;  3FYO A;  2A85 A;  2GVG A;  3STC A;  3KAO A;  1O5K A;  5HWJ A;  1W54 A;  1ZAI A;  3A9I A;  5FF4 A;  4UFK A;  2E6Y A;  1LOQ A;  3ZS4 A;  2A7N A;  3NL3 A;  1UAS A;  1FCQ A;  3CPR A;  3NEV A;  1IXQ A;  3DU0 A;  2QAF A;  3W7G A;  3LCI A;  2RDU A;  4E38 A;  4NJJ A;  2B7N A;  3HB9 A;  3UWQ A;  2TPS A;  1TV7 A;  3R12 A;  3EWU A;  2ZA2 A;  2DU2 A;  1OX6 A;  3GAK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FMO A;  4EOU A;  2UV8 G;  2QMJ A;  3ZM8 A;  4A8R A;  2ODO A;  3DDM A;  4RCX A;  2QCL A;  4FLR A;  1PTA A;  3JS3 A;  2GGH A;  3N18 A;  1GOQ A;  4QAI A;  5IM5 1;  5JQ9 A;  1R0M A;  1FHL A;  2J9Z A;  2ZOX A;  1K8C A;  3AHZ A;  4I8D A;  2OEJ A;  1E55 A;  3C8F A;  4PSP A;  3S2N A;  1MQQ A;  4BI5 A;  3ATY A;  3VPL A;  1CB2 A;  2OSW A;  4HA0 A;  3M46 A;  4W8A A;  5F2M A;  2J75 A;  4I9T A;  2CLK A;  3HG2 A;  4DZI A;  5M5D A;  1IEQ A;  3H7V A;  4HJF A;  1ZHA A;  3QST A;  3AHX A;  1H5V A;  3H7U A;  3L68 A;  2Z2B A;  3G3M A;  1JPI A;  4PMD A;  5C9U A;  4TV5 A;  5AHI A;  1VJZ A;  4YJ5 A;  1JCX A;  1WBJ A;  1C90 A;  2NXH A;  1QK2 A;  3OO2 A;  4ERG A;  1TE1 A;  2A7P A;  3EOE A;  3OQ8 A;  1HVQ A;  5I00 A;  3VIN A;  3IV3 A;  2HPM A;  2JKA A;  2Y85 A;  4H9Z A;  4OBR A;  1J18 A;  2Z7G A;  1BQC A;  4S3C A;  5IFT A;  4HN4 A;  1OYA A;  2WVS A;  4RNJ A;  2Z27 A;  4ZQP A;  4O4W A;  1DWA M;  1R9X A;  5G4H C;  1ISV A;  3AML A;  3T0B A;  4GGB A;  3KVM A;  4KS0 A;  3HN3 A;  5D32 A;  2VEF A;  2YA0 A;  2VP8 A;  3MS8 A; 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