1YDO | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	298
structure length	298
Chain Sequence	MPYPKKVTIKEVGPRDGLQNEPVWIATEDKITWINQLSRTGLSYIEITSFVHPKWIPALRDAIDVAKGIDREKGVTYAALVPNQRGLENALEGGINEACVFMSASETHNRKNINKSTSESLHILKQVNNDAQKANLTTRAYLSTVFGCPYEKDVPIEQVIRLSEALFEFGISELSLGDTIGAANPAQVETVLEALLARFPANQIALHFHDTRGTALANMVTALQMGITVFDGSAGGLGGCPYAPGSSGNAATEDIVYMLEQMDIKTNVKLEKLLSAAKWIEEKMGKPLPSRNLQVFKS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__336091448082513__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__336091448082513__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YDO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__336091448082513__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"336091448082513","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

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Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__336091448082513__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz)

Time for openFile(/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz): 10 ms

File Error:unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz

Service Unavailable

loadScript /static/js/j2s/core/coretext.z.js

script ERROR: unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz

Service Unavailable

----

load <<<<"/file/5cfc7c4989da35180e2cce96/pdb.gz"

Script completed

Jmol script terminated

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis
publication title	Crystal structures of two bacterial 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyases suggest a common catalytic mechanism among a family of TIM barrel metalloenzymes cleaving carbon-carbon bonds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HMG-CoA Lyase
total genus	97
structure length	298
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date	2004-12-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ydoA00

1MEHA 4UCGA 2NUXA 1QOQA 4NZFA 1VJIA 3T44A 5AN7A 1KW1A 4JGDA 4FX8A 2CLFA 1KM6A 2B7QA 3GAYA 3G1HA 4JTIA 4CLMA 4QAIA 3NQEA 3DFSA 2QUTA 3EX1A 1TO3A 3NNTA 3GDTA 3KHJA 3L66A 4IJBA 4LV9A 4UXDA 5CGQA 3ZWSA 3MP5A 1JRCA 2F84A 2YCEA 4Z1BA 1TTJA 1OFEA 3M6YA 1TRIA 1SFJA 5EPDA 4LV4A 2H8ZA 2J24A 3W7LA 2OT0A 1LBLA 4XWUA 3W7JA 1HO1A 1TTIA 1F74A 3B05A 5J5RA 3L0KA 2QUUA 3EKLA 5LGXA 3EWUA 5K3VA 2ZRXA 5DXYA 1U5JA 4NJKA 2AQWA 5K7JA 3HBLA 1FWSA 2RFGA 3DZ1A 3WK0A 5AC7A 4ADUA 4IUOA 5G1TA 5G2HA 3RK8A 4JTSA 1R46A 2FIQA 3KXQA 3R89A 3M47A 5BOOA 4MZ8A 1DL3A 1ZFJA 4DXVA 3W2KA 3QSRA 4YXGA 2RDWA 1TV8A 2NUWA 5I3HA 4QSHA 3O15A 5D32A 5KSWA 3NGJA 4GWEA 3IIPA 3S5YA 4PL1A 2CLIA 1K8ZA 1HUVA 1S5VA 2YFNA 1TRDA 5T26A 5AC6A 3MBDA 4WJEA 4RXFA 4BR1A 2A7PA 4LS1A 1F76A 3DU0A 5KZMA 3G18A 3RF9A 3M16A 2QCHA 3CLMA 2VENA 3LXBA 3P74A 1GTEA 3GDMA 2QKFA 3PG9A 1XBVA 3MYOA 3WJYA 3TQVA 3TQ0A 4HN4A 5HNRA 1AL7A 1W5NA 1KTCA 5MHBA 4HPXA 3EX4A 2FPTA 1UJPA 1PHWA 1SW0A 1XKYA 3GIYA 4MZ1A 3IGUA 4LTSA 2CZ5A 3W7MA 3BARA 3CWNA 1L2UA 2V5BA 4RV8A 4XZ9A 1SO4A 4CQ8A 2J9XA 1OFRA 2ZA3A 1VHNA 4PFMA 4Z0JA 1X1ZA 3MI3A 4MLJA 3PBYA 3Q37A 2VC6A 2Y88A 5C2XA 3BLEA 1YXYA 5U4NA 4LNYA 3LCLA 4J9JA 4E0CA 3HGRA 4IMEA 1TPWA 4O16A 4DPPA 1LOQA 1OK4A 4UNKA 4IXHA 1KFKA 1A5AA 4Z1CA 4UTTA 4KWWA 3PUEA 1U83A 2QCCA 4U4MA 5DY3A 4DO4A 3WJWA 2Q3OA 4O1DA 2X30A 1SZFA 3A5FA 3OVRA 1YDVA 1FDYA 1THFD 4NQ1A 1WYIA 4M19A 3M5VA 1YTDA 1OFDA 3PF3A 3CU2A 4LVGA 3IGSA 3W83A 1H7WA 2A21A 5DBTA 5CZJA 2FDSA 2JGQA 5H91A 1ZENA 2KZHA 4LUJA 3O1NA 2ZTKA 4MYAA 1XDLA 3W9ZA 3GYEA 4ML9A 5DY2A 2A6LA 4LVFA 3BPWA 4K7YA 4UFHA 1BWKA 3SGZA 3G1FA 3TX9A 4IMGA 3PULA 2R14A 1EA0A 2OJPA 4FHAA 3CC1A 5DXXA 2EKCA 4JIQA 1ZY9A 1AW5A 3SFKA 4B5NA 4K36A 4MOZA 4DQWA 5LNWA 2WSYA 3M41A 1A5BA 4CQ9A 2ZA1A 5CZ0A 4LRTA 2P10A 2DJLA 1VLWA 3NR0A 4AEOA 5KINA 1KBIA 4UTTC 1GVSA 3NXFA 4JDYA 1FWWA 1BWLA 4W9TA 3H55A 4FXRA 1EUNA 1UB3A 1KFJA 3F4NA 5D04C 1GYLA 4N2YA 2VEPA 3KRSA 4UFIA 1FWRA 4R33A 4TO8A 4X22A 3BO9A 1JQVA 5CZSA 5I3JA 3W1AA 2ZZ5A 1K7XA 1XBZA 3JRKA 3NZ1A 3OVPA 1DQXA 3WJXA 3OA3A 2AAMA 2Q8ZA 4NJIA 3PWAA 3A9IA 1PVNA 3PR2A 4ZMGA 3C2EA 2BXVA 2XFWA 2CLOA 2I1OA 5FEPA 3V1PA 4TX9A 4YCPA 2X1RA 4TMCA 1A53A 1OF8A 5HINA 1B57A 3NPWA 2WNNA 1GWJA 4E38A 2WNQA 2V30A 1R2RA 3E02A 4KFPA 1MEIA 3NOEA 5F1UA 5CSSA 1TPB1 1W31A 2EPHA 3MMTA 1H61A 3THQA 2XN2A 4RCXA 1TPDA 3TC7A 4O4WA 4POCA 2VEKA 3LBMA 4Y90A 4JYDA 2JK2A 3TAKA 2TRSA 1IXNA 1LRNA 3NO5A 4O8RA 5C5YA 1J5TA 2C13A 2B0MA 5HJLA 4YLWA 3EXRA 2ZTJA 1CX9A 2JKPA 2Y63A 1JCJA 3FA5A 1QWGA 3JR2A 2CU0A 2YR1A 3LDVA 4UMCA 2J88A 3SGUA 1K7EA 4PODA 2G96A 4MFDA 4HNNA 4O50A 4XKYB 1YYAA 1UUMA 1DHPA 1X6UA 3B0PA 1PL9A 2A7RA 2YW3A 1LLWA 3TAOA 2Z2UA 1OX4A 2VFHA 3K30A 1VGAA 4LWWA 4AMAA 1FXPA 1ZAJA 1LOSA 3TFCA 1KFCA 3CM4A 5LHEA 1X7FA 1RR2A 1ALDA 3M9YA 4AXKA 5BW6A 4NX0A 1T99A 4A29A 1D9EA 2J9ZA 3HMJG 4H4IA 1TJRA 5F2IA 1P4CA 3PBVA 1L6SA 3WK2A 1W3IA 4HKPA 4EF9A 3L68A 4RZ6A 2RDUA 3HOJA 1H60A 2NV1A 1RZMA 2A4AA 1RV8A 2AGKA 3LHUA 5HMSA 5AB3A 1NSJA 1W1ZA 4FX7A 3W85A 4FNPA 4IGHA 4MY9A 2XN1A 4NUWA 1R47A 4IX0A 1JULA 3W7PA 3TMQA 3NQ7A 1K8YA 3IVUA 3L67A 4GNJA 3UPWA 5LNSA 1GVOA 4JN6A 4Q4KA 2VFFA 1W5MA 4IX2A 1W5QA 3BW4A 3G22A 1ME8A 3LV5A 1EIXA 1IIHA 4IWWA 5G2IA 2FB2A 5HR6A 3IVTA 4PCFA 5G5IA 1AG1O 2I14A 3F03K 1AMKA 3O8AA 3OEXA 3WK3A 5FF2A 3LRKA 3DKLA 3PVFA 1D3HA 1WQ5A 3SZ8A 3HPXA 3W71A 3DKJA 3LCHA 3L5AA 1ZCOA 5D2YA 1K7FA 4UIOA 3G8EA 4I7VA 1YXDA 4UFJA 1K03A 4O19A 3W1LA 3B03A 2YZRA 1LCOA 2WV8A 3STGA 2DZWA 1KM2A 4X3ZA 1OHLA 3P5YA 2QUVA 4MFEA 1LROA 3HGJA 3USBA 3LX9A 5D30A 3KVMA 2GOUA 2H90A 4FNSA 1GJPA 3HIJA 3LLFA 4WY0B 5CPOA 3AO0A 5EYWA 3EWXA 1TSIA 1DKWA 3UXDA 3Q2DA 3WJSA 1LOLA 2OT1A 3O06A 3W07A 5F4XA 4RX0A 2CLHA 3S8HA 1W3TA 1H1YA 1VZWA 1VCFA 5DELA 3TSDA 4ZL1A 3TQKA 3S9YA 2V82A 5D2WA 1MEWA 3S5ZA 3VKJA 3TH6A 3P61A 1AW1A 2JGYA 3Q58A 3FS2A 2BTMA 2DZXA 4DBEA 1Z41A 3FYPA 2ZZ3A 1GQNA 5D02A 1F73A 1OVDA 4YMZA 1QFEA 1F6PA 3UWYA 5C55A 4GFSA 3GB6A 2V2DA 1FXQA 1I2OA 4R34A 1F6KA 2QAPA 2Y62A 1Z44A 1JCYA 2NXHA 4O18A 1EEPA 3LERA 2WOQA 3QC3A 1KLYA 5DBUA 4IMCA 3U6WA 2VEMA 4UTJA 4O14A 2CW6A 3I7RA 4MIMA 1T0OA 3NEVA 2GJLA 4ZQRA 1YXCA 1T96A 3HGOA 1AW2A 2TMDA 1KM0A 2ZDRA 1IF2A 2PRHA 5C54A 2CZEA 3UQNA 4M6VA 1HG3A 3GDRA 2E1DA 4O1AA 4DPQA 2QCEA 3N9SA 3PM6A 4KFNA 3PUDA 3L9CA 1NFBA 1ZAHA 5IM51 1JJKA 3NQMA 1H51A 1BTMA 3LTSA 3HG5A 1VYRA 3NG3A 1W37A 2HS8A 1OG0A 3WJZA 4ALDA 3ABRA 2CWNA 5GVJA 3LCXA 3RLUA 1W3NA 4FNTA 5AC8A 3QMSA 1JRBA 4RZ4A 1NAL1 4PTNA 1TQJA 2HTMA 3G0UA 1LRQA 1W54A 1VCVA 2ZRZA 1X1OA 5D03A 3LTYA 4Q33A 3FEMA 3MWAA 3KX6A 3EXSA 1OFPA 3E96A 4O1BA 3KRZA 4P61A 3O63A 2ISWA 1I2QA 4M6QA 5F1VA 3IRDA 3DFNA 4KKXA 5AFDA 1RVGA 4I7WA 3C2OA 5FEZA 3DHDA 1YPIA 3TW7A 2QDGA 3P67A 1SZEA 3HO8A 4LS0A 1S5WA 3CQ0A 3LXAA 3TU9A 4JX6A 4JTKA 1ONRA 3A5VA 4GUGA 1G69A 3N34A 4WXZA 4N6FA 4HNTA 2B7PA 4QNEA 4MZYA 2IQTA 3R13A 2DU2A 3GKAA 2J27A 3LCIA 3MJYA 2QCGA 2WPBA 4O11A 2NWRA 2LLEA 3EWWA 4E2BA 2NUYA 4FNRA 3B8DA 2W0UA 1OFOA 3WK1A 5FESA 3W88A 4O12A 3V75A 1FDJA 1XBXA 2A5HA 3H53A 3C6CA 3W7RA 1Q6QA 4NXSA 3LHZA 1SQ7A 4WUIA 3TROA 3TKFA 2Y61A 4CNNA 5HWNA 3UZ5A 2HS6A 1T8XA 3W74A 3S1WA 4MLRA 4UMBA 3GDKA 3JS3A 3QFEA 1UASA 4HHPA 4JY9A 4OV9A 1IXOA 2X2GA 3DFTA 3C2VA 3CTLA 3EWYA 3LTPA 4XBSA 1EWEA 1LTDA 1GG0A 1SU5A 1JCLA 4GC4A 1ML1A 3NM1A 3UWZA 3OIXA 1AK5A 1SUXA 3E9AA 3BLFA 1G4PA 4A21A 4H3DA 4M7TA 5FF3A 3RNDA 1VYPX 3GX9A 2DP3A 4MPQA 4ORIA 4ZQMA 2JKAA 1H7XA 2H3DA 3N14A 4MKNA 5LNUA 4JX5A 4LUIA 3I68A 1OFQA 4AHOA 4UTLA 1VRDA 2YXGA 4IMFA 4UR8A 1XC4A 2W6RA 1BKSA 1DOSA 4UUIA 4WQ6A 3PG8A 1LYXA 1S5TA 3DBPA 4JTGA 1JCXA 1KM1A 1V7YA 4JYFA 1MO0A 1FY6A 4O13A 1FCVA 1SPQA 4N9BA 5KTLA 4DO5A 1H7NA 1A5SA 5EBUA 3U2OA 2G97A 1UUOA 4UTWA 2QJGA 2CLEA 5FEWA 2C6QA 3SW6A 3C61A 1ADOA 3GZ3A 1OF6A 2V5LA 3GLCA 1S3HA 3O07A 3NQVA 3E0IA 2ALDA 2E6DA 1ZHAA 4FXSA 3NZRA 4LOCA 2Y85A 3EB2A 3W7DA 4ZQNA 2Z0IA 4N9EA 3MO7A 1H7RA 4QQ3A 2E6AA 2OZ0A 4LT9A 4NT0A 1SW3A 1GZGA 5AHNA 3MP3A 4WY0F 1QPRA 4HIBA 4MJMA 1WOAA 1SW7A 5A8GA 1YDOA 1OX6A 1D3GA 5HUPA 1TCDA 4K39A 5K9CA 2Z1BA 5AHMA 1I45A 4O54A 3EXTA 1F5ZA 3LHVA 2B4GA 5G2WA 2E5DA 2C1HA 1EP3A 2RKXA 3W1QA 1OK6A 5K4XA 4HSNA 3LHWA 4LU0A 3S5OA 3T78A 2YX0A 2E77A 4KWVA 3GK0A 3FJ6A 5U7SA 1M7PA 2YDAA 4G1KA 3HPZA 3LV6A 2C18A 2PRMA 4UTWC 2C14A 5CSRA 2BZNA 4LRSA 1P1XA 4OQVA 1J4EA 3THAA 5LHFA 3LI0A 4RXGA 3VFLA 3NPVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3TR9 A;  1XDM A;  2Z6I A;  3L2I A;  1IXQ A;  1L0P A;  4XKM A;  2YL9 A;  1ZNN A;  1TYG A;  2HEJ A;  5ECU A;  1EYW A;  2FMN A;  1EDQ A;  2G3J A;  1Q6L A;  4ZR8 A;  1J0H A;  1XQL A;  4D8A A;  3GXD A;  3WQP A;  1HIZ A;  5D8Z A;  1GOK A;  3FKR A;  2O9R A;  2ACR A;  1JUB A;  1GT8 A;  3L4X A;  4IIB A;  1EJW C;  4B16 A;  1BXN A;  3MHF A;  4LY8 A;  4HJF A;  4E5T A;  3MAN A;  4HPJ A;  4GG9 A;  1RP9 A;  3UY8 A;  1V6Y A;  1TML A;  2QZR A;  3WLH A;  3ZJK A;  4DF1 A;  1LLO A;  5DN1 A;  2J8G A;  2QUN A;  1IE7 C;  1TPE A;  5HWJ A;  4ZTX A;  3W9Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 1TRD A;  5T26 A;  5AC6 A;  3MBD A;  4WJE A;  4RXF A;  4BR1 A;  2A7P A;  4LS1 A;  1F76 A;  3DU0 A;  5KZM A;  3G18 A;  3RF9 A;  3M16 A;  2QCH A;  3CLM A;  2VEN A;  3LXB A;  3P74 A;  1GTE A;  3GDM A;  2QKF A;  3PG9 A;  1XBV A;  3MYO A;  3WJY A;  3TQV A;  3TQ0 A;  4HN4 A;  5HNR A;  1AL7 A;  1W5N A;  1KTC A;  5MHB A;  4HPX A;  3EX4 A;  2FPT A;  1UJP A;  1PHW A;  1SW0 A;  1XKY A;  3GIY A;  4MZ1 A;  3IGU A;  4LTS A;  2CZ5 A;  3W7M A;  3BAR A;  3CWN A;  1L2U A;  2V5B A;  4RV8 A;  4XZ9 A;  1SO4 A;  4CQ8 A;  2J9X A;  1OFR A;  2ZA3 A;  1VHN A;  4PFM A;  4Z0J A;  1X1Z A;  3MI3 A;  4MLJ A;  3PBY A;  3Q37 A;  2VC6 A;  2Y88 A;  5C2X A;  3BLE A;  1YXY A;  5U4N A;  4LNY A;  3LCL A;  4J9J A;  4E0C A;  3HGR A;  4IME A;  1TPW A;  4O16 A;  4DPP A;  1LOQ A;  1OK4 A;  4UNK A;  4IXH A;  1KFK A;  1A5A A;  4Z1C A;  4UTT A;  4KWW A;  3PUE A;  1U83 A;  2QCC A;  4U4M A;  5DY3 A;  4DO4 A;  3WJW A;  2Q3O A;  4O1D A;  2X30 A;  1SZF A;  3A5F A;  3OVR A;  1YDV A;  1FDY A;  1THF D;  4NQ1 A;  1WYI A;  4M19 A;  3M5V A;  1YTD A; 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1YDOA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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