1YDV | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__187117807522712__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__187117807522712__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YDV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__187117807522712__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"187117807522712","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1YDV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__187117807522712__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Triosephosphate isomerase from Plasmodium falciparum: the crystal structure provides insights into antimalarial drug design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	86
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1997-04-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ydvA00

2GVJA 4DO5A 2E1DA 2YR1A 1YYAA 5DCEA 1RQBA 4H3DA 1OX6A 2RDTA 3N9RA 2BXVA 1LTDA 1BWKA 1HO1A 3FIGA 3A5FA 2F84A 2Q8ZA 4ZQRA 3TW7A 3TUUA 3HPZA 5G4WA 2NXIA 3ABRA 3V1PA 3P7YA 1M6JA 1KM4A 4GRSA 2J27A 1THFD 3W2JA 3EB2A 5DXXA 1H51A 1GVFA 1VR6A 3MI2A 3SECA 3FLUA 4RXFA 4ADSA 3SY5A 1ZHAA 4FXRA 2QCNA 3L66A 2C6QA 3DXIA 3L68A 5D05A 1JCXA 3CWNA 1A5CA 4N9EA 4Y90A 3L0NA 3LGEA 4FHAA 4IMFA 5AHLA 1EWDA 2A6LA 1RZMA 5CZ0A 3CC1A 5AOUA 5CGQA 3B4UA 3VKJA 1WAUA 4CCDA 3TSMA 4ZZ9A 3NZ1A 1XI3A 5KINA 2YPIA 5D2XA 2OZ0A 1SO4A 3GKAA 3WJSA 2B7NA 1B4KA 4O10A 1UB3A 3GYEA 3BG3A 1MEIA 3RNDA 4CQ9A 1OG0A 4K38A 2ZQ0A 2DZPA 4CCCA 4LVBA 1PS9A 4JY8A 4O50A 3N14A 1HFBA 1O95A 1I2RA 2XN1A 3IVSA 3TAKA 1JQVA 1Q6OA 3W84A 1O4UA 3W3OA 3C2FA 2NUXA 3NQ8A 5F1VA 1XDLA 3C2OA 2NUWA 5FF2A 2EGZA 3GIYA 1P0KA 4TU1A 4N4QA 1DQWA 4BI5A 3PM6A 1GTHA 2HS6A 3MBDA 3B0VC 4WOZA 2NXGA 3KOFA 5L9FA 5TQLA 1XL9A 3G22A 3MI6A 3HG3A 3V75A 1R47A 5TBOA 3S8HA 3WK3A 5D02A 1PHQA 2V30A 1I2PA 3FA5A 3EWBX 3WJWA 2XN2A 2X1SA 2V8ZA 1B3OA 1H7WA 3E9AA 1GJPA 4S2CA 4DXVA 3CT7A 1OFAA 3TROA 4XQ6A 2YFNA 4AEOA 3H55A 1KV8A 1F5ZA 1I8JA 1R2TA 4HPXA 2WO5A 2CLOA 4UFIA 4JYDA 3NO5A 3N3MA 4HN4A 1W5QA 2VEIA 1SW7A 3QPYA 5CZJA 1GVOA 4EIVA 5CZSA 1VCVA 3ZS4A 1O60A 2VFEA 2TSYA 3TV8A 3YPIA 1VYSX 1M5WA 3HBLA 3W7HA 3PUOA 1SFLA 2QUTA 3W22A 4LW7A 3LCLA 1A5BA 4TR9A 5HR6A 3GDMA 5KITA 1NF7A 5GVJA 2J88A 3G18A 3ATZA 4UC5A 2E6YA 1W56A 2LLEA 4O1DA 2JK2A 2Z6JA 5G2WA 3U6WA 3THQA 1QO5A 3I65A 3LCWA 3G1FA 3EWWA 4KFOA 4JEQA 3P61A 3TCEA 1DORA 4BI7A 3LRMA 5IBXC 2JGYA 1N55A 1ZCOA 1AMKA 4UTWC 3JRKA 3NM3A 5HUPA 3RU6A 3TKFA 3BW4A 5IBXA 2E6AA 4FEZA 4YL2A 3E12A 3QMSA 1H7XA 1W5MA 4TX9A 4Y96A 5EMUA 4IMDA 3SI9A 1M7OA 3GR8A 1H7OA 2BTMA 4HNTA 3LCFA 1F05A 3PY2A 3QZEA 4WOQA 3NZRA 3GXPA 4CCEA 1DKWA 2B7QA 1EUAA 1QMLA 3WK1A 4EVZA 1GT8A 3KX6A 1DV7A 5AHMA 4J9JA 1CI1A 4C1LA 4AXKA 5HJLA 3RLUA 5DELA 4HPJA 4O54A 1S3HA 4NX0A 4LS0A 3NL2A 3W7EA 3HF3A 4ZQMA 5AC6A 5D33A 4HSOA 2OMAA 3UXAA 4IOTA 2VC6A 3LTPA 3BPWA 2OX1A 4MLRA 1YDOA 4UTJA 4PTNA 3HB9A 2ZYFA 3W72A 1W5NA 3M5VA 3STFA 3OA3A 3W07A 1LRNA 1GOXA 5D09A 2OJPA 1TPUA 4JGDA 2GJNA 2WNZA 2E6FA 1KM5A 5KZMA 4ZQOA 2FFCA 1X7FA 4YXGA 4GXMA 1JRCA 4GUHA 4LVAA 5EL1A 3UY8A 4M7SA 3UZJA 4HHPA 5C54A 4O0ZA 2ZZ2A 4QSHA 1OFEA 4Y8FA 2QCFA 1LBFA 2PCQA 3P67A 4AMAA 4CNPA 2ZRYA 5LNWA 4NT0A 5BNKA 3PF3A 4U28A 4H6KA 2KZHA 1G4SA 4OT7A 2B7OA 2CLKA 3O15A 4O1CA 2Y61A 3TH6A 3P74A 1K8XA 5K3VA 3W76A 2R91A 3STEA 4NXKA 1Q6QA 1OABA 5CG7A 3PSWA 1ZALA 1QFEA 2GUUA 2Y7FA 5K4ZA 1TYGA 3TQKA 5K2ZA 2YX0A 5LNSA 4K8EA 1HUVA 4UFMA 1KM0A 3DBPA 3S5OA 1FXPA 1NEYA 5AC7A 4PC8A 5TIMA 3EWYA 3LHVA 4AAJA 3W7QA 1ME9A 5HR7A 3P8IA 4A22A 3W1PA 4UFJA 1KLYA 3M5XA 3CIWA 4O19A 4NU7A 4Z0SA 1D3GA 4M7TA 5C2XA 4RLIA 1HL2A 3DFOA 1DBTA 3TSDA 3NPXA 1SO5A 1Q45A 1F7BA 1QPRA 4LV9A 4O17A 2CLFA 1UUMA 3T44A 1TPVA 2V5BA 1O5XA 4IXHA 3NPUA 5FF3A 1H7RA 2VFGA 1P0NA 3G3DA 1X6UA 3NQFA 5FEXA 3WJYA 4JYFA 4Q33A 2DZVA 1XDMA 1MEWA 1G6CA 3RK8A 1R2RA 4M6PA 2E5BA 1JQXA 1RPXA 1ZNNA 2Y62A 3CPRA 4S2BA 2FIQA 3ABSA 3TMLA 3NGJA 2QJHA 1AW5A 1XM3A 3G1XA 3LLFA 5F2GA 2IQTA 3W7GA 3N2XA 1WYIA 5HINA 4JR5A 2YGYA 3TNOA 1ZAHA 3M5ZA 1ZAJA 2X30A 3HGSA 4UTTA 4IPIA 4UXDA 3W1LA 1XUZA 1OFBA 2HTMA 1I45A 1T0OA 1ONRA 1MZHA 1W3IA 1EA0A 1K7EA 5AYYA 4NJKA 5J5DA 3PVFA 3EKLA 3P8JA 3NG3A 1TQXA 5CPNA 1VZWA 4DPPA 4M6QA 1VRDA 3LHUA 1X8FA 2I9EA 3SIZA 2FPYA 1JCNA 1LM1A 2C0AA 2JKEA 3P81A 4IJBA 5C55A 5C5YA 1GPWA 1JULA 5DY3A 5CPOA 1Q6LA 3S1VA 3R2GA 5AB3A 1D9EA 1RQHA 3QFEA 3DFQA 4RJEA 1OFQA 3N73A 1FWSA 1DHPA 1LOSA 4JYEA 4O12A 1K8YA 3N2MA 3HG4A 4L4MA 1MSSA 4MJMA 1WV2A 5J5RA 1EP1A 5G1TA 1QPNA 3HG5A 4NQ1A 2H3DA 3IIXA 4JTFA 1H1YA 2WOQA 4MY1A 3NDOA 1XUUA 2I14A 1FX6A 2Y63A 4ML9A 3QQ1A 4FF7A 2C3ZA 3LTYA 3Q2DA 4JTGA 4GUJA 4IPJA 2R14A 3HG2A 3W7PA 1W3TA 2QAFA 5E1QA 1SZGA 5BMXA 1G69A 1WBHA 4I7VA 4UTLA 4XZ9A 4UMAA 4O57A 3PSVA 2P1FA 3O1NA 1L6SA 3S6DA 2PE4A 3CU2A 3PBWA 1QCWA 1FCQA 1O94A 1VC4A 3TJLA 1YPIA 5D30A 3GDLA 1KBJA 3GNNA 4G1KA 2CWNA 3KVKA 4GFSA 1DVJA 3HGOA 2ZTKA 4MZYA 2V9DA 1OFDA 4JX5A 3ABOA 1PCKA 2FPTA 3Q37A 2CU0A 1C8VA 2Y7DA 3LXAA 4QQ3A 3THAA 4MLJA 2NLIA 2ZZ1A 2V81A 2FPVA 1GYNA 4FNSA 3FJ6A 1WQ5A 3DKLA 3GKFA 3C0JA 4MYAA 5EKYA 5AN7A 3STGA 3BV4A 4QNEA 5LKYA 3W7NA 5KZDA 4XBKA 2FTPA 1YPFA 2QCEA 3NPWA 4QNWA 3R89A 1QOQA 4PH6A 2YW4A 3FYOA 4UFLA 5AC8A 1ZAIA 1Z48A 1ZY9A 2E09A 4OGZA 2B7PA 1K3UA 4D2JA 2VFHA 1HO4A 3GX9A 3W6YA 3LHYA 1E51A 4DF1A 1FDZA 3CEPA 4X3ZA 4ZMGA 4RZ4A 2FQIA 3LCGA 4DBEA 2HSAA 2QUUA 3OBKA 2VKZG 3BW2A 5D2YA 2TYSA 3W23A 1FXQA 1N8FA 4O4WA 2R94A 1ZFJA 3SR7A 2F7FA 3PG9A 3TDFA 4GWEA 4O8RA 3W2MA 1SO6A 2JKAA 3GXNA 3PS7A 5LGXA 1KFEA 3C2VA 4K6AA 4JTKA 2Z6IA 2DP3A 4A29A 3QMRA 3LCXA 4O0KA 5AHIA 3P80A 2QF7A 5I3KA 4XTDA 1L9WA 5K9XA 2C15A 3BGJA 1FCBA 3MO7A 4FX8A 3A9IA 1OK6A 4RXGA 2ATSA 2CFFA 4MYXA 3P62A 3M44A 3BO9A 3IV3A 1F6PA 5KMYA 3QMTA 3MYPA 1RV8A 2DZSA 5E93A 1TV8A 2VEKA 5AHFA 3UPBA 2FB3A 3PULA 2TMDA 3WK2A 3F03K 2BSLA 2ISVA 4MZ8A 4RZ5A 4LNYA 3MHUA 2J24A 3OIXA 4N9CA 1A5AA 3W7OA 3O16A 3DI0A 4K39A 3PBUA 3EX2A 4UMBA 3LOTA 4EOUA 4O18A 4Z1CA 2ZZ6A 4BWLC 4AF0B 5KSWA 3E0IA 3DU0A 2VOMA 1SZNA 5K9DA 3MUXA 2VEMA 1KLZA 3W7MA 1JCYA 1FWTA 3CIXA 3NM1A 2A6NA 2D73A 4PEKA 3G8RA 5LZLA 1PL9A 1KFCA 3O06A 3W1QA 4UFHA 5MHBA 2QCLA 5IM51 2WSRA 1XCFA 2QEZA 3HGJA 1KV5A 1FUYA 3S1XA 4FNPA 4IQLA 4MUZA 1RR2A 2Z2UA 3G1DA 4O13A 4AHQA 1AW2A 2ABAA 4OQVA 5H2ZA 2WJZA 2DJXA 4MVAA 1G4PA 2ZCGA 3O05A 3Q58A 3C56A 1DL3A 4Z08A 5DBTA 4YMZA 2ATMA 4ICNA 2WSYA 1I2OA 3CLMA 3NEVA 1SU5A 3EX3A 4R33A 4YLWA 2OT0A 2EKCA 4N9BA 1SW0A 5DXYA 3LXCA 1GEQA 1I2QA 4PCFA 3TW6A 1JUKA 4XWUA 3HO8A 5G4EA 4WZHA 3HPSA 2DU2A 4JN6A 1VGAA 1AL8A 1SQ7A 5DLCA 4LC6A 3W85A 3UQNA 4AWUA 3P60A 4GBUA 3M7WA 4W9TA 3W1MA 1W31A 2AAMA 4UTWA 2GQ8A 4LT9A 2VEPA 4DF2A 1TPB1 1XBXA 1TPC1 4JX6A 2ABBA 3PAJA 4U4MA 5F4WA 1OF6A 2O7SA 4A2SA 1XFBA 1YXYA 3GAKA 2DZTA 1LRTA 5EY5A 1QPOA 2ZBTA 1OYAA 4IMCA 3HOJA 4Z1DA 1SZEA 2GVGA 3W2NA 5AHEA 1GVQA 3EWUA 4O16A 1LORA 3KVJA 2PURA 4EF8A 2A7NA 3LTSA 1P5BA 5LNRA 2Q3RA 1DQXA 1NVMA 5T26A 2CLIA 8TIMA 3LHTA 3UNDA 4E38A 4IX2A 4O11A 3OG3A 1H7PA 1T99A 1QOPA 2BX7A 1VPXA 5I3HA 4MKNA 1OYCA 1TQJA 3JR2A 1C9DA 3TAOA 1SZFA 1YTEA 4MJZA 4DPQA 2X1RA 3P5ZA 3DFNA 5G5IA 4M6VA 3USBA 2TRSA 1VLIA 4FO4A 3L67A 2V0TA 1OYBA 4JY9A 3DI1A 1OX5A 4JXCA 4QM1A 2J6XA 1WOAA 4OU1A 1VHCA 3HJZA 3NQGA 1TTQA 1V7YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1B30 A;  2R1N A;  1A50 A;  1VRX A;  4QIT A;  1R85 A;  3UYI A;  4QLL A;  3ZJ8 A;  1Q63 A;  3TR2 A;  2PWU A;  5I3F A;  1CX9 A;  4Z0J A;  3LRL A;  4FLO A;  2IKI A;  3L23 A;  3UEQ A;  1TUF A;  5U4N A;  1IZC A;  2V5K A;  4B5T A;  1QNR A;  2BOD X;  5BYW A;  3QJA A;  2ZZ4 A;  3WNL A;  3S5Z A;  2YOC A;  3GNP A;  1RP9 A;  1U1H A;  4MMW A;  1BRL A;  4LUY A;  4E2D A;  1XYA A;  4N6F A;  4JIH A;  4DXX A;  5A6K A;  3V1H A;  1M7P A;  1UD3 A;  1IQ8 A;  4GIY A;  4JN7 A;  5CPL A;  2CZ5 A;  2VC5 A;  4XAZ A;  1A0D A;  1IXP A;  1UW9 A;  2VEN A;  3NFU A;  6XIM A;  2PDF A;  4GQ0 A;  4H41 A;  1JYN A;  5G1Y A;  3CQH A;  2XZ9 A;  2GJR A;  3M6Y A;  2VUY A;  3H24 A;  4TMB A;  5I07 A;  3VM7 A;  3N17 A;  3UWV A;  4QP0 A;  4G56 A;  2O4Q A;  2GDU A;  3AHV A;  4PRW A;  3B8V A;  5HNR A;  1W3N A;  1BPL B;  3GNR A;  3OVP A;  1U1U A;  1XH1 A;  3PFM A;  3R7M A;  3LD5 A;  3XIN A;  4FNR A;  4PZV A;  4Z2K A;  2PDW A;  4YYC A;  1I0B A;  5GJM A;  1LG1 A;  3L7R A;  2C16 A;  1DJN A;  4RDZ A;  2BY0 A;  3W7I A;  3IJ6 A;  3QZ6 A;  3JW7 A;  4Q4K A;  2J66 A;  4YTU A;  4IFK B;  4ZA0 A;  4PTM A;  3WQP A;  2Y89 A;  1XRV A;  1TX0 A;  5D2V A;  2CLP A;  3QW4 B;  4HD5 A;  3ISI X;  1EHA A;  3MW7 A;  1UIO A;  4ONV A;  4U10 A;  2ZIC A;  2ZTJ A;  3MZN A;  2G4J A;  2X40 A;  1QWG A;  3UA4 A;  2PCE A;  1B3V A;  3U7V A;  1LL7 A;  2DPE A;  2PDQ A;  1RCX B;  4AIB A;  2RJH A;  3VI2 A;  4Y7E A;  1UKT A;  3SUS A;  3AXH A;  4Q4M A;  1W9X A;  4JDB A;  1XIH A;  3RF9 A;  4BCE A;  3W01 A;  3V36 A;  3GH5 A;  2YW3 A;  1Y0E A;  1S2U A;  3IPW A;  1IEI A;  5HUO A;  3EDD A;  3FA4 A;  2XU2 A;  4GJI A;  3CV2 A;  4YPJ A;  5AKQ A;  4A3Y A;  4H6Q A;  5LSM A;  4H4I A;  3LI1 A;  3N9K A;  4B3K A;  5C7V A;  1ZP3 A;  3KRS A;  3PR2 A;  4PBE A;  4KRZ A;  1TRD A;  2ZC1 A;  4E8G A;  5PTD A;  3ME3 A;  4WD0 A;  3W74 A;  2FGB A;  1EDQ A;  2ZWZ A;  4QDW A;  3BAW A;  3Q94 A;  3L5L A;  2OKO A;  3QH2 A;  4B2D D;  2ZKM X;  4ZEN A;  3N9S A;  5C2G A;  3CT2 A;  1KXT A;  4O1B A;  1EPX A;  2YBV A;  3W7C A;  3OU8 A;  4BK9 A;  3CUH A;  3G1Y A;  1LQA A;  3N4A A;  3OBE A;  2WC3 A;  1GKQ A;  4H9Y A;  3HMJ G;  4KPL A;  5GQB A;  1H63 A;  2EJA A;  3VIH A;  4C6L A;  3H26 A;  4GC3 A;  2BFG A;  1ML1 A;  2YYU A;  4AMC A;  5DX7 A;  1M7X A;  3LQL A;  1B0I A;  1H5Y A;  1DE5 A;  1P1M A;  1FDY A;  3CM4 A;  3NYD A;  5I3J A;  5FF4 A;  1FWW A;  1ICS A;  3TIM A;  1P0D A;  3LCH A;  3BLP X;  2RDX A;  3GXI A;  4UNL A;  1TUX A;  3ELF A;  4E4U A;  4AXN A;  3K30 A;  5TF0 A;  3EWX A;  1QR7 A;  1XR2 A;  4IMG A;  1JFH A;  4WSH A;  3WSU A;  1V8E A;  1R3Y A;  2NUY A;  3FFS A;  1C91 A;  3CL7 A;  3S6T A;  3HM7 A;  3DHD A;  3N25 A;  2GQA A;  4RK8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1YDVA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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