1YHT | Genus

Total Genus 139

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	139
sequence length	344
structure length	344
Chain Sequence	TKQTGLMLDIARHFYSPEVIKSFIDTISLSGGNFLHLHFSDHENYAIESHLLNQRAENAVQGKDGIYINPYTGKPFLSYRQLDDIKAYAKAKGIELIPELDSPNHMTAIFKLVQKDRGVKYLQGLKSRQVDDEIDITNADSITFMQSLMSEVIDIFGDTSQHFHIGGDEFGYSVESNHEFITYANKLSYFLEKKGLKTRMWNDGLIKNTFEQINPNIEITYWSYDGDTQDKNEAAERRDMRVSLPELLAKGFTVLNYNSYYLYIVPKASPTFSQDAAFAAKDVIKNWDLGVWDGRNTKNRVQNTHEIAGAALSIWGEDAKALKDETIQKNTKSLLEAVIHKTNG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7432379112584067__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7432379112584067__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YHT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7432379112584067__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7432379112584067","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1YHT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7432379112584067__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc7eea8454d17f813fcb59/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc7eea8454d17f813fcb59/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc7eea8454d17f813fcb59/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc7eea8454d17f813fcb59/pdb.gz): 1147 ms

reading 344 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

344 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:343});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Aggregatibacter actinomycetemcomitans
publication title	Structural Analysis of Dispersin B, a Biofilm-releasing Glycoside Hydrolase from the Periodontopathogen Actinobacillus actinomycetemcomitans. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DspB
total genus	139
structure length	344
sequence length	344
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2005-01-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1yhtA00

1E56A 2O9TA 3NJ3A 4J28A 5AC4A 3CZKA 4AZBA 3AROA 1DWIM 1UKPA 4HOXA 1OGBA 5E6ZA 4JFUA 1C90A 1UWUA 3BAXA 3GZAA 1C91A 1WCGA 1E15A 2QPUA 1GVYA 1X1NA 1DHKA 1EHNA 4TTGA 1KBBA 3WF1A 4CN6A 2B31A 2EO7A 3GBEA 3W6MA 3CHCA 2AOSA 1J0KA 3WH5A 1E5NA 2V3EA 1W1YA 3MUY1 3CHFA 4URIA 2BY1A 2O9OA 3B9AA 4MB3A 3VX1A 3QHNA 3OLEA 1PBGA 4HTYA 3WDRA 3AMCA 1CGWA 3WNOA 3PBGA 1MQQA 1Y7VA 4XV0A 1ZBVA 4HA4A 4PMVA 2WHLA 4QFUA 2NSXA 3KWXA 3AZSA 5DF0A 1JL8A 1B90A 3FW6A 1J9YA 3VD5A 2GJRA 4AW7A 5IXEA 1ZL1A 6A3HA 3KE0A 1TA3A 2YL9A 2ZUMA 3QHMA 3RILA 3WMSA 3WEZA 1KBKA 1UR1A 1CGUA 4HMDA 1UWSA 1SMAA 4CU6A 3F5KA 5FOOA 1PEZA 4P8XA 1PX4A 2J4GA 5FL1A 3SCTA 4HA1A 5I5RA 2NT1A 3M46A 3J7HA 1BVNP 2DSKA 2CBVA 2VQUA 2XG9A 2WZIA 3UG4A 3VX0A 2GK1B 3SURA 1JDCA 4JHZA 1G1YA 1G5AA 3VIFA 4TOQA 2ZX7A 2JF6A 3L2MA 5CPTA 1UH3A 5CZKA 1E4MM 4PMRA 1C8XA 5EMYA 3L2LA 4H04A 2G41A 3BC9A 1GOOA 2OWCA 1E5JA 4R27A 2J79A 3VILA 2DQXA 3VGEA 1GNXA 1VEOA 3BLKA 3MUZ1 4PMZA 4AZIA 3CUGA 1S46A 1HJUA 3ECQA 3T0BA 2CYGA 1V02A 1LG1A 1W3LA 4PN2A 4W84A 4AZCB 2VCCA 1HF6A 3CGTA 1AQ0A 4CD8A 1KR0A 5E0CA 3SCRA 3MU7A 1E0VA 1WNOA 2W62A 1BFNA 2X09A 1BYAA 1XV8A 2CKSA 4WK9A 3W27A 1LF1A 3ZJ7A 5A8MA 5LA2A 4DUXA 2J7HA 4ACZB 4N0RA 1WDRA 1UWQA 2E3ZA 1C92A 2QPSA 3F4VA 3NUKA 4H2CA 4EE9A 3O2LA 4U2ZA 4GKLA 2OYLA 3T2PA 1UA7A 4MJ2A 4F9JA 4TVCA 2Q8XA 1R86A 4KWUA 1J0YA 3VMNA 1QW8A 1UKTA 1OINA 4F8XA 4UNIA 1VEPA 5BXPA 4JFVA 1VEMA 3ZR6A 3L4TA 1E4LA 1WKYA 4QCFA 1HJWA 4HOWA 2D0FA 3SCSA 3THCA 3AIUA 5KZ6A 2OYMA 1JYNA 5CQ1A 4X0VA 4GO9A 1US2A 1B2YA 1XSKA 2GK1A 1PJ9A 3CUIA 2AAAA 3WQ8A 5A94A 1UZ4A 3DYOA 4E2OA 2WKLA 1OGGA 4ML4A 3PN8A 1PIGA 2Z1KA 4P7OA 4PTWA 2XHYA 4NZCA 1VFFA 4YHEA 1B31A 1B3YA 4MPKA 4TXEA 2E9BA 3DYPA 4EKJA 1X6LA 2IXUA 3ARUA 3NCOA 4XZBA 3VMPA 2WSKA 5JIPA 2CESA 5JBDA 1JDAA 1I75A 4JKKA 1MW2A 1V03A 1QNPA 1VRXA 1W1PA 4KGJA 1UD4A 4HU0A 2VRJA 2WW5A 2E8YA 2J7EA 2A3EA 2BY2A 4CN4A 2EPKX 2VC9A 1F4AA 2UWFA 1QI2A 1GQLA 3IAPA 4X9YA 3GXFA 1CWYA 5A2AA 4J3UA 5IHSA 4PBGA 4BZYA 2PWDA 3AIBA 4A3YA 4P7RA 2VRQA 3WEMA 1ISXA 5BXRA 1OSEA 2HISA 3FAXA 3POCA 4JL1A 1M03A 1CXFA 2WK2A 2CBUA 1HIZA 5IHRA 2DEPA 3AHZA 3MKKA 5CPSA 4U31A 1MQRA 4QP0A 1HN1A 2XIBA 1JZ7A 3K8MA 8CGTA 3RDKA 5ABFB 1OBAA 3WDJA 2XVKA 5A6BD 3AIQA 1ITCA 4UOZA 1PZ3A 4AIUA 4V2XA 1E6QM 4FLQA 2WC4A 5A6LA 1NWRA 3IAQA 3RM9A 3CUFA 2ZWZA 4JAWA 5JBEA 2WMFA 3BMVA 2EPNA 2YDQA 1WDSA 3AMDA 3ARVA 3TTSA 1GJWA 1M7XA 1FH7A 1RP9A 1VB9A 2XFYA 2QLYA 2WC3A 4W8LA 3N17A 3O9NA 2EXOA 3TA9A 2UY2A 3L4ZA 2W92A 3PZMA 4ZXOA 7A3HA 1ZS2A 4K68A 2VOTA 3BAJA 3OZOA 1CBGA 2CNCA 2ZUVA 1HJSA 2O9PA 5FKYA 1EDGA 2D0GA 1NOFA 3UG5A 3ZQ9A 3B9DA 2V5DA 3LPOA 2CBIA 3ARPA 1UR9A 1Q6DA 3OA5A 1QHZA 4FLOA 2YBTA 4OJYA 1OGSA 1MXGA 1BG4A 1E55A 4PMNA 4J3WA 4C7GA 1PIFA 1UWRA 4EAMA 3SIMA 4DWSD 2YA1A 2WVSA 4U3CA 2WBGA 1BSIA 4GQQA 1TVPA 1DWAM 1E3XA 3MMWA 4D6GA 4Z2KA 1HL8A 1XH1A 3I3EA 1NOUA 1QOXA 4CN1A 2FH8A 4KRTA 1JZ3A 2W91A 3UR8A 4UCFA 5CJ5A 3NIYA 3CHEA 2YDSA 1GOIA 2D20A 1HP5A 3EMQA 4W7UA 1GQKA 1X6NA 1UZ1A 4M8UA 2EEXA 2C7FA 3VNZA 4L4PA 2XGBA 4UQCA 3PZTA 4TVUA 1C93A 4D6DA 1V3LA 3L4UA 1JXJA 3SEPA 1ZBCA 2UY4A 4PSRA 3OGSA 3F5LA 4MJ4A 1OIMA 4PRWA 1E40A 2WVVB 4QDMA 1ECEA 2D0HA 1LL6A 4HPHA 2G8ZA 3ZT6A 4PYSA 1CDGA 2V3DA 3EYPA 4GZJA 5A8NA 3U5UA 4LX4A 2J77A 2D23A 5IFTA 1R7AA 1FP9A 3MO4A 2WKGA 1BYDA 1VFUA 3VGDA 4WF7A 2WHMA 7TAAA 3N12A 2VX5A 1GQJA 5EBAA 4P7NA 4XUYA 1GW1A 3OG2A 1MQPA 3RIKA 4D71A 2YL8A 2ZUNA 3CUJA 3RJYA 3WN6A 4F66A 2PWHA 4ZFMA 4D6CA 3GDBA 5GPRA 3ARXA 2WLYA 1KQYA 3KEHA 4UFJA 3BAKA 2W5FA 1UHVA 1UR4A 2Y5EA 1W3HA 4D6FA 3D3AA 1UOKA 2WVTA 1JI2A 3QOKA 1GOQA 2DH2A 3EDKA 1M53A 5I6SA 2X0HA 2ZIDA 1JZ2A 2TAAA 2F2HA 4BS0A 1V3MA 2YLAA 1KXTA 1TCMA 4EANA 1EQCA 1H1NA 3GNRA 3SCQA 2CEQA 5C8BB 4AMCA 2CHOA 3ZIZA 1OD8A 1V3JA 2DH3A 1KB3A 4NF7A 1V3KA 2VMFA 3TOPA 4FLRA 4MNLA 2BVTA 3SCUA 1CXKA 2EPLX 3AOFA 4W7VA 1GJUA 1UKSA 1W3JA 3ZR5A 2YDRA 2OSXA 4NSBA 1NWTA 1H5VA 2F8QA 1BQCA 4MADA 2VO5A 2XUCA 2WVVA 4OZOA 4OUEA 4YN5A 3AXXA 3K8KA 4D6IA 3AS2A 4CCEA 3VIIA 6TAAA 4UOJA 2Y8VA 1RP8A 3FNDA 4U5KA 5JIWA 4D6HA 3A4AA 3KL0A 5E0FA 1CGXA 4A3HA 4KMQA 1AQMA 3L4XA 4IPLA 1LWHA 3G6LA 2J8GA 1E9LA 3AMGA 4MNMA 3A6OA 3WUEA 1EOKA 3WDPP 1UKOA 1MW3A 3SUVA 4UTFA 3UEQA 2VR5A 1EQPA 1SR0A 4F9DA 1CXHA 4AY1A 1E73M 1UKQA 3K4AA 3T08A 2VX4A 1LWJA 4E4PA 3RPMA 8A3HA 4TX6A 3PTMA 3WUGA 3NDYA 1K9EA 2VZOA 2VT0A 1V3IA 4CU7A 4JKMA 3LMYA 4BQ4A 4D6JA 3WQ5A 2OLHA 3L4WA 2XGIA 1GORA 1WO2A 4UFKA 2FHBA 5BWFA 1Z32X 4AIEA 2PWGA 5CG0A 1H0IA 1AMYA 3W0KA 2XSAA 5A6AA 3VINA 2ZUWA 1CXIA 3CMGA 3VGGA 5I3DA 4X0NA 1CNVA 2ZUTA 3WNMA 5D9OA 2OSYA 3WKZA 5ABEA 4OKDA 4IUGA 3A4WA 1VJZA 4LYQA 1GPFA 4U3AA 1DWFM 2FHCA 3ARRA 4R5EA 2ZXBA 4HMEA 4Q7NA 2V3FA 4J27A 1NH6A 1FFRA 1E43A 1YQ2A 1UUQA 1J18A 3AIRA 2EJ1A 4NI3A 3WNLA 1H0GA 2J7CA 1ZU8A 2DPEA 3ZO9A 1H3GA 5FL0A 5A2BA 4ATWA 1C7SA 2PI6A 1UR8A 1US3A 3N13A 1NARA 4AD5A 3G6MA 2E9MA 1TUXA 2OYKA 3WNPA 5KEZA 3VKKA 5A2CA 3T0AA 1EH9A 1KR1A 4CD7A 1JNDA 1HX0A 1XC6A 5A6MA 1LG2A 2PB1A 3WD0A 4MTVA 3MS8A 3I3DA 3E1F1 3WFLA 4V27A 1OCQA 1C8QA 1EIBA 3NYDA 3HN3A 3TTYA 3GXMA 2BY3A 1JXKA 1HKJA 3WUFA 1V6UA 1WAWA 3AIEA 3GXDA 1HJQA 3NSXA 5I78A 3HJEA 2VQTA 2DT2A 3OLDA 1A3HA 2EPOA 4PUEA 2WPGA 2BVDA 1QHPA 1FP8A 3K4DA 5A3HA 1RH9A 3TTQA 3L4VA 3K1DA 4GZIA 2GSJA 5DT5A 2C0HA 1M01A 3W4RA 3WF0A 5DMYA 4UZSA 1G9HA 1I1XA 4W8BA 2XPKA 2J7BA 3ALGA 1JI1A 3CUHA 4Z2IA 1TE1A 1KGXA 2BY0A 1FFQA 2WCAA 3RO8A 5CGMA 1JD7A 2J78A 2GJXB 3N9KA 3WBEA 3WL1A 1UD6A 1EHAA 3UCQA 3VMOA 5HOSA 1RPKA 4CVUA 2RGMA 4PMQA 1AQHA 4W89A 1Q6FA 2BXYA 1QI4A 1XHGA 3W53A 1KCLA 1E4IA 1QBBA 1JYWA 3VIJA 1E6ZA 4RL3A 4YPJA 1WPCA 1H2JA 3WH7A 3B9EA 3T09A 3RM4A 4FLSA 4M56A 3PTKA 1FH9A 4NRSA 5D8ZA 5ECUA 2O92A 2UY3A 1GVIA 4JFWA 4FF5A 3THDA 3BAWA 4GXPA 4FMVA 2J62A 3K8LA 4GIAA 1OIFA 2VX7A 2J25A 3MMDA 4YHGA 1H49A 3BH4A 1EOMA 4CUCA 1CXLA 4JKLA 3S6TA 4D6EA 3AS1A 1XD0A 1DEDA 2BVYA 2JFEX 1J0JA 1BYBA 4U2YA 5HPCA 2QMKA 5A8QA 4GI8A 5FD0A 2DDXA 5AYIA 3GXIA 1BLIA 5HNNA 2XM2A 1HKIA 1DWHM 3ARSA 4MNJA 1HKKA 1KWGA 5M17A 3UR7A 2V5CA 2EQDA 3W6LA 2XVLA 3BXWA 3GH4A 1E6RA 5GNXA 1SYTA 3ZSSA 4GI6A 4B9YA 4P8WA 4AIOA 1LQ0A 4BQ3A 1ZB5A 2DSVA 4JHOA 1D2KA 1ISZA 4UFIA 1C7TA 1LLOA 1UQYA 2C8NA 3AYSA 4W86A 4AZCA 3N11A 2G3IA 1TR1A 4Z2GA 3CZJA 3L4YA 4XZWA 2QMJA 4JFSA 2WMGA 4MAVA 1PZ2A 2GJXA 1EXPA 3TTOA 2AMGA 3IJ9A 1E1FA 4ACZA 2NW0A 4M1RA 4LYPA 2XIIA 4LQ1A 4JCMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1YHTA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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