1YHTA

Crystal structure analysis of dispersin b
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
344
structure length
344
Chain Sequence
TKQTGLMLDIARHFYSPEVIKSFIDTISLSGGNFLHLHFSDHENYAIESHLLNQRAENAVQGKDGIYINPYTGKPFLSYRQLDDIKAYAKAKGIELIPELDSPNHMTAIFKLVQKDRGVKYLQGLKSRQVDDEIDITNADSITFMQSLMSEVIDIFGDTSQHFHIGGDEFGYSVESNHEFITYANKLSYFLEKKGLKTRMWNDGLIKNTFEQINPNIEITYWSYDGDTQDKNEAAERRDMRVSLPELLAKGFTVLNYNSYYLYIVPKASPTFSQDAAFAAKDVIKNWDLGVWDGRNTKNRVQNTHEIAGAALSIWGEDAKALKDETIQKNTKSLLEAVIHKTNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of Dispersin B, a Biofilm-releasing Glycoside Hydrolase from the Periodontopathogen Actinobacillus actinomycetemcomitans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DspB
molecule tags Hydrolase
source organism Aggregatibacter actinomycetemcomitans
total genus 139
structure length 344
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1yhtA00
2PWEA 1B90A 1K9EA 2PBGA 1WCGA 1B3ZA 4CU7A 5EBAA 1UR4A 4D6HA 1V6YA 3D3AA 4MTVA 1UD8A 4JCLA 1B9ZA 1LWHA 1AQHA 5LYRA 5ABFA 1PX8A 2DSVA 4A3YA 1R8LA 1UH4A 4BCEA 1XHGA 1L0PA 1UKOA 5A1AA 1WDSA 3WMCA 4EANA 3W29A 2Y8VA 1E55A 4GXPA 2XSAA 3ZJKA 2VTFA 1B30A 1XD0A 4N42A 4U2ZA 1QI2A 3AZRA 1BHGA 2EPLX 4U33A 4QCFA 1B0IA 1UWUA 1JG9A 1XH0A 1FFQA 2VC9A 3PTQA 2BY0A 4TOQA 5I5RA 4BQ3A 1B3WA 2BXYA 3TA9A 4FF5A 1MQPA 3AHZA 2Z1KA 3GTNA 3A4WA 3BGAA 4D6DA 3WH8A 2ZX6A 4PN2A 2Y4SA 1ZS2A 2V5DA 2EO7A 2WM0A 3FW6A 3CMGA 3N13A 1CNVA 4PMUA 3W4RA 3ARXA 2EPNA 5CLWA 3RM9A 5BCAA 4J3XA 3ARQA 3IAPA 3SCNA 1DHKA 3AFBA 4AEEA 1LL7A 1HKIA 1H0IA 1ESWA 1UZ4A 4WKHA 2E9MA 4AZCA 3WNLA 2WCGA 3CZGA 5GNZA 3MMUA 3GNPA 2GDUA 2YBTA 1QI0A 3MANA 4QLLA 3AIVA 1V6UA 3F4VA 1M03A 4D1IA 2CYGA 2ZIDA 1HJVA 3GZAA 3N9KA 1CYGA 3GBDA 2CPUA 2WANA 3AHVA 3AROA 3AQUA 1H2JA 3K8LA 1KXTA 2V3GA 1OT2A 3CZLA 3PZ9A 3CUHA 1BYCA 3M07A 3D5HA 4Z2IA 4W7WA 1D3CA 1OD8A 1GNXA 3BC9A 3N1AA 3VMOA 3ZQ9A 4TTUA 4P8UA 4UZSA 1GOOA 2A3BA 3QHOA 2CESA 1BVNP 4EAMA 3FAWA 3QGVA 1C8XA 1EH9A 2E3ZA 1JYNA 1EGZA 1CECA 2BHYA 2EPMX 2QF8A 5A8PA 2GJRA 4KGJA 4R27A 2VCAA 4MB5A 3UR8A 5JBFA 4P8VA 4J28A 4UOJA 4U3CA 4GINA 2J4GA 4Y7EA 1X6LA 2FH8A 1E0XA 4FLRA 2OWXA 1QNSA 3WL0A 1WPCA 1ISWA 5FL0A 1LG2A 3WNMA 5I23A 2WWDA 3GXIA 1CGWA 3WDRA 1V3IA 4A3HA 4X9YA 1D7FA 1OB0A 2WMHA 3O6AA 1H49A 3NDZA 1E43A 1CTNA 3ARZA 2FGLA 2GSJA 3GNOA 4MNLA 3UCQA 3BSGA 3VGFA 1ODUA 3WNOA 1KBKA 5CGTA 4PUEA 2JIEA 3WNPA 4P7QA 1TUXA 2PWDA 3L4ZA 3FHQA 3UG4A 3GXMA 2J25A 3BSHA 1UD5A 3APGA 3MS8A 3W81A 1DWIM 1DTUA 2ESCA 3CHDA 3WELA 4M81A 1FA2A 3SCTA 1E6ZA 2VRJA 3ZJ8A 3T0AA 3L4TA 9CGTA 3DYOA 1G5AA 2BVDA 3F5LA 4N0RA 3F5JA 1UA3A 2PB1A 4C7DA 1BG9A 2Y24A 3VD7A 2A3EA 4JHOA 3VO0A 1QVBA 3WF0A 1JYXA 2XWDA 3U7BA 2IXUA 1GQIA 3CZKA 3HJEA 2XM1A 3K4AA 3OA5A 1TVPA 1MQQA 4AD0A 1A47A 1J0JA 1E6NA 4E8DA 2VQTA 1JFXA 1XGZA 2YA1A 5GNXA 1ODZA 5A6MA 4UQBA 1QNPA 4KGLA 3VIIA 3A6OA 3W38A 1QOXA 2X0HA 4HU8A 5CLTA 3WF1A 4ACZB 3MMDA 2J7CA 5AY7A 4CD8A 3RDKA 3WNKA 2GK1A 1E0WA 1E6XM 4GZJA 4U5IA 2J7EA 1PX3A 3GXFA 6A3HA 2UY4A 1ZBCA 3BMWA 4JCMA 3L4WA 1X1NA 3DHUA 3IJ8A 3L2LA 1N82A 4PMNA 4J3WA 5E0CA 4AMCA 3WH5A 3T2OA 3JUGA 1E3XA 2XM2A 1JD7A 3OG2A 4RE3A 3WN6A 3WENA 1WP6A 1F4AA 3TONA 4P8XA 3AZTA 4MADA 2YDSA 2CITA 3UG5A 2ZUUA 1NOUA 2XIIA 1RH9A 1HF6A 3NSMA 4JAWA 4W88A 2MANA 3ARSA 1G94A 3ALGA 3THDA 3RJYA 5A2CA 4J3VA 5FKYA 1HJSA 1S46A 3THCA 4S3KA 4B3LA 4TTGA 1W1TA 1UUQA 2XGBA 2B31A 3VDBA 3K4DA 2CBJA 2JFEX 4PMVA 2VZUA 2YDQA 3MSGA 2Q8XA 2X0YA 3AIBA 3CPUA 5D8ZA 1UWTA 1EOKA 4WJXA 3G6LA 1V3JA 2X1IA 1JZ5A 1MWOA 1CWYA 3MUZ1 5D9PA 2X2YA 1KR1A 1VBRA 1DWAM 4XUYA 3QOKA 1GUVA 4IPNB 1W91A 2VQUA 3ZJ7A 3O2LA 2PWFA 1JI2A 1EHAA 4D6IA 4JKMA 3M7SA 4MNJA 4LYQA 4E8CA 1VBUA 3U5UA 3GXDA 1V6VA 4J7RA 1E72M 2D2OA 1C92A 4CU6A 2WLZA 4M24A 1UD2A 2JF7A 5LA2A 3ARTA 3T09A 5AYIA 3N18A 5DEZA 2WCSA 8A3HA 4QLKA 3CTTA 3MO4A 5DT5A 3UERA 4EKJA 3WUEA 2CERA 1U2YA 3NUKA 4YHEA 4DWSB 4PTWA 1E1FA 3WKZA 3BLPX 5IXEA 1OGGA 3ZT7A 4Q22A 4PSRA 1VF8A 4UFIA 4X0VA 3PHAA 1FH7A 2W61A 1KGWA 4CN1A 2VZOA 2D22A 4KMQA 4B3KA 4IUGA 1E4IA 3VILA 4HOXA 4JL2A 4W89A 4Z2HA 1HKMA 2X05A 4CCCA 3BAWA 5A69A 4AD5A 2DH2A 4XX6A 3RO8A 4WSJA 4GI6A 3II1A 3OGRA 2WVSA 1MW2A 1RP8A 3AZSA 1J12A 4HOZA 2ZX8A 2PC8A 3WDHA 4OOZA 1LJYA 3WFLA 4LGXA 4BS0A 4NSBA 3SCWA 2EQDA 3AIEA 4J3SA 4BF7A 1H0GA 2WK2A 4HU0A 4AZ5A 1TFVA 1U33A 1R7AA 3MUIA 1UQYA 4AZHA 1H11A 2CNCA 1CXFA 1EO5A 3AYSA 2XYLA 2WMKA 4GI8A 2AMGA 1XC6A 3VIJA 3BLKA 1GZJA 1OD0A 3KZSA 4GI9A 1BYBA 1BVZA 1EDQA 3OB8A 1V3KA 1QI3A 3N11A 5A8NA 4UR9A 5AC5A 3UESA 2GFTA 5CZKA 4Z2LA 4OZOA 1E4NA 3AYRA 1WZMA 4AZ7A 2V3FA 4AD3A 1JGIA 2DQXA 4PTVA 1MQRA 2BXZA 2NW0A 2E40A 2WXDM 1KXQA 2BHUA 5IHRA 5HDRA 2JIWA 4B9ZA 4C7GA 3WSUA 1JZ7A 1E5JA 2RGMA 5AC4A 2PWHA 1ZU8A 1IZKA 1NOWA 3VGGA 3S2CA 3OBAA 5ABFB 3AS0A 2NT0A 5IFTA 3PZVA 1W1YA 1PIGA 2WBGA 4U5KA 3B9AA 4W84A 4J3TA 3MV11 2GJXA 1VIWA 3ZO9A 4RE4A 1KFWA 2OYKA 3ZIZA 5BRQA 4XB3A 3RM4A 3VM5A 3SCPA 3AS2A 1BPLB 1GONA 3VIFA 1O7AA 3WBEA 4JZ5A 4H7VA 1V0LA 3LPGA 1QNQA 5A6BD 4M8UA 1UR2A 1XCXA 2WHMA 4ACYA 2VURA 3T0DA 2EEXA 3PBGA 2BY1A 4DUWA 1UOKA 1UKQA 4YHGA 1H4PA 2OLHA 4ZE5A 7A3HA 5BRPA 4NRRA 3N12A 1UG6A 4HA3A 3VX0A 3VDCA 1UQZA 4Z2KA 1TVNA 3CZ8A 3AMDA 1C93A 3WUFA 3TOPA 3MUAA 4AY1A 3GBEA 4Z2GA 2ZUVA 3KE0A 4BQ5A 1VENA 2XVNA 2WBKA 2JE8A 4AZCB 4F8XA 4PMYA 2VVNA 4ATLA 1GVIA 3AXIA 2XUCA 3K46A 3IAQA 1G9HA 1MW3A 1SYTA 5HBFA 2DGAA 1E6RA 1XYZA 2J8GA 1JZ2A 2CHOA 2ZE0A 1W9VA 2V3EA 2RGLA 1HVQA 4UNIA 4WKFA 2NT1A 5A6AA 2VZSA 2BS9A 1G0CA 3UR7A 4EK7A 4M29A 1XH1A 1TA3A 5CXPA 4TX8A 4XZBA 1JXKA 1VB9A 4GQRA 1C8QA 2PI6A 4D72A 1XSJA 3VTRA 1JXJA 1E73M 4H2CA 3WD3A 1E6QM 4FLQA 2ZUSA 4PRWA 1JI1A 2D0FA 1FP9A 2OWCA 4PMOA 5I78A 1KR0A 1UR1A 1W2PA 4TVDA 1B2YA 3GH7A 4KRTA 3N15A 4AYSA 3AIWA 3WF3A 3ARWA 3SURA 1CZ1A 3SUVA 1BTCA 5DT7A 2J7BA 1IT0A 3W27A 1WDQA 1E15A 1W3KA 5CSUA 1W3JA 4MB1A 1ISZA 2WMJA 4MDOA 1VJZA 3EYPA 1X6NA 3CUJA 2E0PA 1UYQA 1BG4A 1E1EA 3CUIA 2DSUA 5CPSA 4PMQA 1WO2A 1UH3A 1GHSA 1VFMA 3VX1A 4UTFA 3WEZA 3CUGA 2CKSA 2O92A 2VCCA 4V27A 2V38A 4CVUA 1AQMA 3EBVA 3FY1A 2J79A 1OM0A 1NARA 1GPFA 2G4FA 2UY5A 1UWRA 4PMRA 1E5NA 2VT0A 5M03A 3AOFA 1JIBA 1ITCA 4YPJA 1FHLA 1LF1A 2WMIA 2TAAA 1QPKA 4OBRA 3ZM8A 1XV8A 3GDBA 4MJ4A 5CJ5A 5I79A 1DWJM 5BXRA 3RCNA 4URIA 3WH9A 1QI5A 1PZ3A 5FIPA 1E56A 1Z32X 1Q6EA 2PWGA 1V02A 4ZEPA 5JIWA 1HJWA 1TZ7A 2C8NA 2V5CA 3BCDA 1GJWA 3ZJ6A 4MNKA 1JAKA 3WEOA 2CBUA 3MV01 2VO5A 3N17A 5BXSA 2GK1B 4L4PA 1E6PA 2CKRA 4PYSA 4CVWA 2DIEA 1CENA 2DT0A 2PBOA 1WDPA 4JKLA 4HMCA 1E40A 1GOIA 2VMFA 1SR0A 1BYAA 4CGTA 1C90A 2O9TA 4U3AA 1EDTA 2XFFA 3AIUA 3GM8A 3AHTA 4HP5A 3SIMA 2ZUNA 3NSXA 2JF6A 4MAVA 2G3JA 3VD9A 1BF2A 1LLOA 4WK9A 4PMZA 2WCAA 4PMXA 2WPGA 2YOCA 4QAWA 4UOZA 2GUYA 4XZWA 1JF5A 5JUVA 1IV8A 1ZJAA 3A4XA 5ABGA 1CGVA 4CKQA 1AVAA 1H1NA 4GZIA 3AI0A 2WKGA 1AQ0A 3PTKA 4W8AA 4WKAA 4GQQA 4QP0A 1NWTA 4W5ZA 1UKTA 7TAAA 2VZVA 1UHVA 2YL5A 2WVTA 3WEMA 3EMQA 4V28A 1UA7A 3BAJA 2FHBA 4UFLA 2D0HA 1NOFA 3DC0A 4W8LA 3SUWA 1OWQA 3RPMA 4BZYA 2VJXA 1KWGA 1KCKA 1OIMA 4NZCA 2CETA 1M53A 2XSBA 3PZMA 4B15A 4A4AA 5FCZA 2DSWA 3AHYA 2HVMA 2Y5EA 5I3DA 1PEZA 5A95A 4S3JA 3U5YA 3K8KA 2DH3A 1WKYA 1TMQA 3WL1A 1E4MM 1C7SA 3OZPA 3VD5A 1EQPA 2VX7A 1Q6GA 3VKKA 1EHNA 2O9OA 1JFHA 1GVYA 2OSXA 1JD9A 4D1JA 1ZBVA 3RJXA 3TTQA 2XIBA 4CD7A 4UQEA 1KQYA 2JALA 2YA0A 3TP4A 1L8NA 2VNCA 3WIJA 4P7LA 2WVVA 3QHNA 1UKSA 5E0FA 3EDFA 1LWJA 3TTSA 4HMDA 3WQ8A 1UH2A 1ECEA 4JFSA 1W9XA 2QPSA 3POHA 2BY3A 1UZ1A 1Q6CA 5LA0A 1J0ZA 1QNOA 5E6YA 1P6WA 1EQCA 1GQLA 2QHAA 2XFYA 3L2MA 3WD0A 3G6MA 1NWUA 4QCEA 4IPLA 4W5UA 1DWHM 3IJ9A 4AIEA 1VEPA 3WD4A 2J7HA 3I3BA 1Q6DA 1UD6A 1BYDA 3DHPA 2DEPA 1XD1A 1R87A 1CLVA 5AYBA 1DWGM 4LYRA 1V6XA 3W82A 4QLJA 5GPRA 3W25A 2WSPA 3NJ3A 2XPKA 1C8YA 4W7UA 5BROA 1PJ9A 5M3WA 4F66A 2W66A 1E70M 5EMYA 1XH2A 2WYSA 2ZUWA 3VGHA 2BHZA 3SCQA 3VPLA 3AIRA 3ZMRA 3VGBA 1BQCA 4H8HA 3WY1A 4ZENA 4JFTA 3HU7A 4HTYA 3VIHA 3WH6A 2JEQA 4F9JA 4WIWA 5BXTA 2ZICA 4UFMA 3MU7A 1W3LA 1W1VA 2WZEA 2YLAA 2D1ZA 5F7UA 3CZJA 3AS3A 3OGVA 7CGTA 1XSKA 2ZUTA 3U57A 2EPKX 2D24A 2CBIA 2EJ1A 1M7XA 5CG0A 1WDRA 3CH9A 5C70A 1K9TA 1J9YA 4FLSA 3AIQA 4OKDA 5BYWA 2CHNA 4PCTA 2O9RA 3VD4A 1LL6A 4OJYA 3SUTA 1JYVA 2VX5A 5IFPA 4NI3A 2E8ZA 1US2A 2WMFA 1KCLA 2XVGA 4RL3A 1OGSA 1RP9A 4P7RA 1OGBA 2ZWZA 1KB3A 2FH6A 1KGXA 2XTKA 4W93A 2W62A 2W92A 3BXWA 4CD6A 1MXGA 3WUBA 1E3ZA 4H8UA 2J75A 4UOQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWE A;  1B90 A;  1K9E A;  2PBG A;  1WCG A;  1B3Z A;  4CU7 A;  5EBA A;  1UR4 A;  4D6H A;  1V6Y A;  3D3A A;  4MTV A;  1UD8 A;  4JCL A;  1B9Z A;  1LWH A;  1AQH A;  5LYR A;  5ABF A;  1PX8 A;  2DSV A;  4A3Y A;  1R8L A;  1UH4 A;  4BCE A;  1XHG A;  1L0P A;  1UKO A;  5A1A A;  1WDS A;  3WMC A;  4EAN A;  3W29 A;  2Y8V A;  1E55 A;  4GXP A;  2XSA A;  3ZJK A;  2VTF A;  1B30 A;  1XD0 A;  4N42 A;  4U2Z A;  1QI2 A;  3AZR A;  1BHG A;  2EPL X;  4U33 A;  4QCF A;  1B0I A;  1UWU A;  1JG9 A;  1XH0 A;  1FFQ A;  2VC9 A;  3PTQ A;  2BY0 A;  4TOQ A;  5I5R A;  4BQ3 A;  1B3W A;  2BXY A;  3TA9 A;  4FF5 A;  1MQP A;  3AHZ A;  2Z1K A;  3GTN A;  3A4W A;  3BGA A;  4D6D A;  3WH8 A;  2ZX6 A;  4PN2 A;  2Y4S A;  1ZS2 A;  2V5D A;  2EO7 A;  2WM0 A;  3FW6 A;  3CMG A;  3N13 A;  1CNV A;  4PMU A;  3W4R A;  3ARX A;  2EPN A;  5CLW A;  3RM9 A;  5BCA A;  4J3X A;  3ARQ A;  3IAP A;  3SCN A;  1DHK A;  3AFB A;  4AEE A;  1LL7 A;  1HKI A;  1H0I A;  1ESW A;  1UZ4 A;  4WKH A;  2E9M A;  4AZC A;  3WNL A;  2WCG A;  3CZG A;  5GNZ A;  3MMU A;  3GNP A;  2GDU A;  2YBT A;  1QI0 A;  3MAN A;  4QLL A;  3AIV A;  1V6U A;  3F4V A;  1M03 A;  4D1I A;  2CYG A;  2ZID A;  1HJV A;  3GZA A;  3N9K A;  1CYG A;  3GBD A;  2CPU A;  2WAN A;  3AHV A;  3ARO A;  3AQU A;  1H2J A;  3K8L A;  1KXT A;  2V3G A;  1OT2 A;  3CZL A;  3PZ9 A;  3CUH A;  1BYC A;  3M07 A;  3D5H A;  4Z2I A;  4W7W A;  1D3C A;  1OD8 A;  1GNX A;  3BC9 A;  3N1A A;  3VMO A;  3ZQ9 A;  4TTU A;  4P8U A;  4UZS A;  1GOO A;  2A3B A;  3QHO A;  2CES A;  1BVN P;  4EAM A;  3FAW A;  3QGV A;  1C8X A;  1EH9 A;  2E3Z A;  1JYN A;  1EGZ A;  1CEC A;  2BHY A;  2EPM X;  2QF8 A;  5A8P A;  2GJR A;  4KGJ A;  4R27 A;  2VCA A;  4MB5 A;  3UR8 A;  5JBF A;  4P8V A;  4J28 A;  4UOJ A;  4U3C A;  4GIN A;  2J4G A;  4Y7E A;  1X6L A;  2FH8 A;  1E0X A;  4FLR A;  2OWX A;  1QNS A;  3WL0 A;  1WPC A;  1ISW A;  5FL0 A;  1LG2 A;  3WNM A;  5I23 A;  2WWD A;  3GXI A;  1CGW A;  3WDR A;  1V3I A;  4A3H A;  4X9Y A;  1D7F A;  1OB0 A;  2WMH A;  3O6A A;  1H49 A;  3NDZ A;  1E43 A;  1CTN A;  3ARZ A;  2FGL A;  2GSJ A;  3GNO A;  4MNL A;  3UCQ A;  3BSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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