1YLV | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	341
structure length	341
Chain Sequence	MHTAEFLETEPTEISSVLAGGYNHPLLRQWQSERQLTKNMLIFPLFISDNPDDFTEIDSLPNINRIGVNRLKDYLKPLVAKGLRSVILFGVPLIPGTKDPVGTAADDPAGPVIQGIKFIREKFPELYIICDVCLCEYTSHGHCGVLYDDGTINRERSVSRLAAVAVNYAKAGAHCVAPSDMIDGRIRDIKRGLINANLAHKTFVLSYAAKFSGNLYGPFRDAACSAPSNGDRKCYQLPPAGRGLARRALERDMSEGADGIIVKPSTFYLDIMRDASEICKDLPICAYHVSGEYAMLHAAAEKGVVDLKTIAFESHTGFLRAGARLIITYLAPEFLDWLDEE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__991479342395019__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__991479342395019__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YLV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__991479342395019__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"991479342395019","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1YLV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__991479342395019__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	The Schiff base complex of yeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase with laevulinic acid. pubmed rcsb
molecule keywords	PROTEIN (5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE)
total genus	119
structure length	341
sequence length	341
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	1999-02-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ylvA00

3NPVA 1CI1A 1YPFA 3A21A 3B04A 4A29A 4FNSA 2I1OA 3QMSA 2FFCA 4M5PA 3B4UA 3WJXA 3UPBA 1TV7A 3KX6A 1LBFA 3HJZA 4UFJA 3YPIA 3TW7A 3LRLA 4X9SA 2B7OA 1XDLA 1EA0A 5D09A 5CPNA 4PL2A 3LDVA 1TPVA 1XDMA 5HULA 3TJXA 2RFGA 3M5VA 2E5BA 2F7FA 1RPXA 1VCGA 5KZEA 4UTWA 1LBLA 3FIGA 1SFJA 1D3HA 1W3TA 1GVRA 4HN4A 3NPUA 5U7SA 3F03K 4S1FA 4LVGA 3S5OA 1GYLA 3ZFHA 1XM3A 1LOQA 4WOZA 4H3DA 3NDOA 3NQVA 3S1WA 1VHNA 1AK5A 4XKYA 1GTEA 2CZDA 5L6UA 4UMBA 1VJIA 2Y89A 2V8ZA 2FLIA 5G4EA 1WBHA 4AHOA 4UR8A 3LCWA 2V30A 1EWDA 7TIMA 2XFWA 3HB9A 3WK2A 2O7SA 2YYTA 1H7PA 5LGXA 4UUIA 4YXGA 3PBUA 4LVFA 1O5KA 1M5WA 5CSRA 1LTDA 1LZOA 2C15A 4NJIA 3H53A 4LWWA 2VFFA 4DBDA 3FKKA 1WX0A 2AQWA 3P62A 4U4MA 5AHIA 1F74A 1W5PA 3STGA 1JQVA 3W7JA 4Z08A 3W7HA 3PUOA 4P61A 3BGGA 5HNRA 3WJSA 2BTMA 2DORA 1YTKA 3W7DA 1TQJA 4ML9A 1GVOA 4PC8A 4RR4A 4ORMA 2QCNA 3U8GA 2TYSA 3NAVA 1PCWA 4MLRA 2PE4A 3S5NA 3NGJA 5AHNA 1HTIA 2ZZ2A 4C1KA 3S1UA 1JULA 3IIZA 5G1YA 1H7OA 3LX9A 1TSIA 4FX8A 2OT0A 3RNDA 1SW7A 1RQBA 2DJLA 1Z42A 1F6PA 2H6RA 4IXXA 2P1FA 3L21A 3OVQA 2G5WA 2RDTA 4N4QA 3EX1A 3LCXA 4R34A 4UIOA 4JDYA 3TC7A 2R94A 3LGEA 1KBJA 1FWWA 3KVLA 4IOTA 5HWMA 2R14A 2BXVA 5E1QA 5LNRA 3FA5A 4NU7A 5KINA 2J88A 5K9DA 3P80A 2QF7A 3O05A 3G22A 2A7RA 2NWSA 4JY9A 4E38A 5F4WA 5D05A 5CPMA 1P0NA 4TR9A 1OX5A 4A3UA 1JUBA 1YDOA 2YW4A 1FY6A 2WNQA 3QF0A 3ATYA 2G96A 3LHWA 3M0ZA 3QSRA 3G18A 4DF1A 3T40A 1VZWA 5I3GA 3SGUA 3LRMA 2YX0A 3IGSA 2YFNA 3HIJA 4JX5A 2NUWA 2BSLA 3WK0A 1SFLA 3N2MA 3PULA 2ATMA 2FPVA 5AFDA 2QCDA 5EMUA 5E93A 5D02A 1IIHA 2E6FA 3GR7A 3LXBA 5KMYA 3ABQA 5TBOA 1R2RA 1KTBA 4OBTA 1OYAA 3TQ0A 4RX0A 1O60A 1GG1A 4QSHA 3W2MA 5HWJA 3T78A 4N6EA 1JVNA 4WOQA 2V81A 4NXKA 2JBMA 3TFCA 4GXMA 1Q6QA 1K03A 2VXNA 3PAJA 1AW5A 2P0OA 1SZNA 4O18A 4UFIA 3E0IA 3L9CA 4HNVA 4RXGA 1KM5A 3N2XA 2QJGA 3P84A 2D73A 3P60A 1K8YA 1A5SA 4BFAA 3W7RA 2X1UA 4QNWA 3CWOX 4UTUA 3QYQA 1P1XA 1SO3A 4XQ6A 5IBXC 6TIMA 4POCA 3GXPA 4JTEA 3PUDA 1TIMA 4O52A 1L6YA 2I9EA 1KV5A 2QDGA 1H51A 3W7NA 1FCVA 3W71A 3P7YA 4OHQA 3TU9A 4OV4A 3B0VC 3L0KA 2JKEA 2TMDA 4NUWA 3KHJA 4AWUA 2ZTKA 3FJ6A 3L2IA 3DFNA 4FIQA 4KFOA 2NV2A 1GJPA 3S5YA 3VFLA 3W75A 1SSDA 3W2KA 3U2OA 4N9DA 1F6KA 2J9XA 3QW3A 5I3HA 4GNJA 4JR5A 2R8WA 3BLEA 1KLZA 3BO9A 2CLKA 2JKAA 1WA3A 1W5NA 4LY8A 5DCBA 5FEXA 2RKXA 2QCFA 5F2MA 5H2ZA 2QAPA 3UWQA 5D03A 3LCLA 1R47A 3DENA 3CM4A 2Q8ZA 1O4UA 4UTJA 3G1HA 4FNUA 4JTJA 1ME8A 2B7QA 4Q4KA 4JTIA 1T0OA 3WJZA 3M7WA 1OJXA 1TPUA 3L5AA 4NXSA 3BK0A 1TJRA 3W6YA 5J5DA 1EP3A 3MHGA 1E51A 2NXGA 5HR6A 3TV8A 4O12A 4X2RA 1H7XA 1LRQA 1SZEA 1T96A 4PTNA 4TX9A 3EX2A 3W1LA 4JX6A 3WFAA 5AHEA 2X30A 2ZA1A 3IGXA 2WNNA 4DELA 5MHBA 3EX3A 3M1ZA 1VS1A 3FKRA 4WD0A 4IX2A 2GQ8A 5G5IA 2E6YA 1Q6RA 5GVJA 1W37A 1S5WA 2FPTA 3TQVA 4FB7A 5G1TA 3S5ZA 2J24A 3UY7A 3WJYA 2WQPA 3MYPA 3NYZA 1F5ZA 1LRTA 3DFSA 3KAOA 1L6SA 3PSVA 5AHMA 2JGYA 3I6RA 1S5TA 5D37A 3QRHA 1A5BA 2VOMA 4JN6A 3B0PA 1VYRA 2J27A 2P10A 3R12A 2DZSA 3UWVA 1C9DA 3PBVA 1KV8A 3GDMA 1TTIA 1TCDA 4S2CA 3BW2A 3L68A 3GAKA 3IRDA 5FF7A 2JK2A 3MHUA 3MP4A 3TX9A 1RQEA 2WKJA 3HPSA 3FJLA 1G69A 3GAYA 3QSTA 2CW6A 4RJEA 3LTSA 1QNVA 3W85A 3BW4A 3TE9A 4E2DA 3T7VA 3CQ0A 4QQ3A 3DFOA 4O16A 3LTPA 1QOPA 3CEPA 3E12A 4DEFA 1W0MA 3NPWA 3I7SA 3NL3A 1T8XA 4UNLA 4YLWA 1UUOA 3F4WA 1Q6LA 2E5DA 4UFMA 1EP1A 4IMDA 2C19A 4HNUA 3GDTA 2CFFA 3W70A 4HHPA 3MBDA 3CIWA 1TV8A 2QKFA 1LRNA 4Q32A 2C13A 1DKWA 3N3MA 4MZ1A 5HQEA 3TAKA 3DFTA 3LLFA 3IV3A 3LRKA 5G2HA 3M9YA 2Q3OA 4I7UA 1LBMA 3W1MA 1OFRA 2Q8LA 2QDHA 1X1ZA 3C52A 1VCVA 4HNNA 4GUHA 2H8ZA 3HG3A 3TCEA 3LHYA 3IGUA 2FB3A 2A6NA 4PCFA 1TPB1 4Q33A 3Q37A 5I3FA 1NFBA 5K9XA 3P8JA 3W1QA 3G1DA 4XUGA 3LV6A 3BGJA 2OCZA 1A53A 3LLDA 1SW0A 1ME9A 1W54A 4O17A 3TSMA 1H7NA 3NEVA 1LOLA 1XL9A 4YWIA 1UUMA 2A7NA 2JKPA 3P5ZA 4K36A 4LVDA 1DJQA 4ADUA 1B4KA 5CGQA 5C54A 1BTMA 2OT1A 3NM3A 4CLMA 2NXIA 2J9ZA 3W7CA 3UQNA 5FI8A 2JGQA 3TIMA 4EF9A 1PHWA 1KFJA 4LTSA 2DP3A 5FEZA 5G2WA 3LTYA 1ZAIA 3MHFA 1W1ZA 4CQ9A 5AN7A 4O50A 3W1XA 4IQLA 3QEZA 5LNUA 4IUOA 3MP3A 2Y85A 1H7RA 4FF7A 2Z6JA 2A5HA 1OYBA 1TPEA 4GC4A 4ZQNA 1H1ZA 2NX1A 1CX9A 3S42A 2GUUA 1FX6A 3PY2A 5D30A 2DU2A 2YW3A 1IF2A 1G4TA 5F4SA 4XWUA 3LI1A 5LKYA 1NEYA 3DHDA 3C2OA 3GK0A 5DELA 5DLCA 1DOSA 2QCDB 3TK7A 5DBUA 4GUGA 4MFDA 4WQ6A 1KM0A 2V0TA 3IIVA 1OF6A 2LLEA 3PVFA 1VYPX 2BWGA 1GYNA 4TMCA 3TNOA 4Z0JA 1ZALA 1AW1A 1R2SA 3DKLA 3M43A 1G4PA 1MEIA 3BLIA 1WXJA 4FEZA 6ALDA 5D33A 2VFIA 4X22A 4LW7A 1W5MA 1V5XA 2X1SA 3ANYA 4IMGA 3E02A 4LUIA 4O14A 1O95A 1FCUA 3TSDA 1FWNA 3HGOA 2J9YA 3ABOA 3TXVA 3UD6A 3C6CA 4CCDA 1MSSA 1OF8A 2WV8A 3CEUA 2OJPA 3FS2A 2Z2UA 1MO0A 3L66A 2QJIA 5F2GA 1G7VA 1W8SA 1EPXA 4JGDA 4LU0A 1FQ0A 3BPWA 3DU0A 3GXNA 1K7XA 2DZTA 3H55A 1DBTA 1YLVA 4Y8FA 5BW6A 2Y63A 1C29A 2B7NA 2ZBTA 4BK9A 2GQ9A 4K37A 3RLUA 3SECA 1J4EA 1PIIA 3NO5A 1I2PA 3QM3A 1OFBA 3KOFA 5FF2A 4TO8A 1GT8A 3TAOA 1FWTA 3CIXA 5D2TA 3HG4A 2QCCA 2ZZ5A 2ZRWA 1AMKA 1FWSA 4XBSA 4A2RA 4UTHA 4JICA 1W56A 1GQNA 1N8FA 5D32A 3PC0A 1SZFA 4Y96A 4R33A 3MI6A 1I2RA 4WXYA 3OIXA 4JTSA 4Z1BA 3OVPA 2C18A 2Z1BA 3BV4A 4N02A 1ZFJA 2EHHA 5J5RA 3ZS4A 3DFQA 4KWVA 3KVMA 2Y61A 3C3NA 3CU2A 1OFOA 3SJ3A 2YR1A 1LM1A 4W9TA 4RZ5A 4IPIA 5L9FA 1XC4A 4FX6M 1OK6A 2FIQA 4AB4A 5KTLA 1GVFA 1W5OA 3W74A 5CG7A 2GJLA 3HGJA 1IIGA 3MI2A 3GIYA 4TMBA 2A7PA 1KM4A 3QFEA 3G1SA 4LS1A 1EP2A 3OA3A 3RU6A 1K02A 4M6VA 1ML1A 1W5QA 1OK4A 2NUXA 2ABAA 2ZRZA 1KFBA 4ZQPA 5FEPA 1I4NA 3P67A 1M7OA 3W83A 2ABBA 4GRSA 3W1UA 1DORA 1FWRA 4DPPA 1ICPA 2X1RA 3STCA 2OZ0A 4LRSA 2DJXA 3HBLA 4AHQA 1LDCA 3LM7A 3LERA 3BW3A 4IX0A 3I65A 1G7UA 4O0KA 4YMZA 2W0UA 2RDWA 3OBKA 4XTDA 5T26A 3LCFA 3W2LA 3FFSA 3BG3A 4AXKA 1NSJA 4O1DA 3EKZA 4GWEA 4JEQA 4JTFA 3NXFA 4NNAA 2B4GA 2ZDRA 2GQAA 4JDBA 4JTUA 3E9AA 3N19B 3G24A 3AO0A 3DI0A 1TTQA 1TPH1 1OX4B 1H60A 4WY0A 3NL5A 4H6KA 1GTHA 4HPXA 1X6UA 1JQXA 3QH2A 5LNWA 4DO6A 3LB0A 3RLVA 4RV8A 2GVJA 3A24A 3LHUA 5K9CA 1L6WA 1EIXA 3TROA 1YXCA 4Y90A 1U83A 3RMJA 2WPBA 3L67A 2ISWA 4KKXA 1HG3A 2O7QA 5LHEA 3MUXA 1VQTA 4M6PA 3W7EA 2DZXA 4M19A 4MOZA 1QFEA 2CU0A 1IXNA 5LZLA 5AB3A 4QISA 4Z0SA 5LHFA 3SY5A 3DBPA 3UY8A 2H8XA 2TPSA 1KFKA 5G2IA 3GXTA 3EX6A 1AL8A 1I8JA 1GWJA 2TRSA 5F1VA 4O1AA 3G1VA 4TIMA 4JXCA 3TDFA 4J9JA 3LI0A 4K39A 1VYSX 1WBJA 1KM2A 4FNQA 1LLWA 3HGSA 5KZDA 2H3DA 3THAA 2QAFA 4XTIA 3EWWA 3INPA 1IGSA 2CZ5A 2PC4A 3P82A 4ZZ9A 2NLIA 4OU1A 3PSWA 4OV9A 5FF3A 4HPJA 2VC6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1YLVA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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